单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 661 - 680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2024-08-08 |
D3K: The Dissimilarity-Density-Dynamic Radius K-means Clustering Algorithm for scRNA-Seq Data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912711
PMID:35846121
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研究论文 | 本文提出了一种名为D3K的新型聚类算法，用于处理单细胞RNA测序数据 | D3K算法引入了动态半径参数，根据数据特性灵活调整有效半径，并通过数据集的相异密度、候选簇的平均对比度和相异度计算权重，以获取高质量的初始中心点 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的聚类效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-Seq | K-means | 数据集 | NA |
| 662 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular and Transcriptional Changes Associated With Traumatic Brain Injury
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.861428
PMID:35846152
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研究论文 | 本研究通过重新分析小鼠海马体的单细胞RNA测序数据，揭示了创伤性脑损伤（TBI）相关的细胞和转录变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了TBI后的细胞和转录变化，包括发现TBI特异性的ependymal亚群C0和神经元系统的变化 | 研究基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 揭示创伤性脑损伤后的细胞和转录变化，探索潜在的治疗靶点 | 小鼠海马体的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 663 | 2024-08-08 |
Genetic and Epigenetic Regulation of Brain Organoids
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.948818
PMID:35846370
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综述 | 本文综述了脑类器官领域的最新知识和技术，以及其在疾病模型和临床前研究中的当前和潜在应用 | 脑类器官模拟人类大脑的发育、成熟、信号生成和功能，为神经学研究提供了独特的优势 | NA | 揭示神经发育机制和神经疾病发病机制 | 脑类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因转录数据 | NA |
| 664 | 2024-08-08 |
Embryonic Programs in Cancer and Metastasis-Insights From the Mammary Gland
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.938625
PMID:35846378
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综述 | 本文综述了胚胎发育机制在鼠乳腺发育中的关键作用，并探讨了这些机制在乳腺或乳腺癌发生和转移中的作用 | 本文揭示了胚胎发育途径在肿瘤发生和转移中的重新激活或失调，为癌症的诊断和治疗提供了新的视角 | NA | 探讨胚胎发育机制在癌症和转移中的作用，并寻找新的治疗靶点和策略 | 鼠乳腺发育中的基因和信号通路成分，以及这些成分在乳腺癌发生和转移中的作用 | NA | 乳腺癌 | NA | NA | NA | NA |
| 665 | 2024-08-08 |
The Shape of μ-How Morphological Analyses Shape the Study of Microglia
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.942462
PMID:35846562
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综述 | 本文综述了微胶质细胞形态学分析方法，探讨了每种方法的优缺点，并强调了形态学分析在理解中枢神经系统中微胶质细胞功能方面的重要贡献 | 提倡未来研究中使用无偏见的自动化形态重建方法，以利用微胶质细胞所处细胞结构中嵌入的有价值信息 | 尽管高通量方法在其他类型的分析中变得普遍，但形态重建的标准尚未建立 | 探讨微胶质细胞形态学分析方法，并强调其在理解微胶质细胞功能中的作用 | 微胶质细胞的形态学分析方法及其在中枢神经系统中的功能 | NA | 神经发育疾病，神经退行性疾病，神经炎症 | NA | NA | NA | NA |
| 666 | 2024-08-08 |
TBX3 regulates the transcription of VEGFA to promote osteoblasts proliferation and microvascular regeneration
2022, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.13722
PMID:35846885
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研究论文 | 研究探讨了TBX3在调节VEGFA表达以促进成骨细胞增殖和微血管再生中的作用 | 首次揭示了TBX3通过调节VEGFA表达促进成骨细胞增殖和微血管再生的机制 | NA | 研究成骨细胞微血管再生的机制 | TBX3在成骨细胞和血管化中的作用 | NA | NA | scRNA-seq, pySCENIC, qRT-PCR, 蛋白质印迹, CCK-8细胞增殖试验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类骨膜来源细胞(hPDCs) |
| 667 | 2024-08-08 |
ORIGINS: A protein network-based approach to quantify cell pluripotency from scRNA-seq data
2022, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2022.101778
PMID:35855951
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研究论文 | 本文提出了一种基于蛋白质互作网络的方法，用于从单细胞RNA测序数据中量化细胞多能性 | 该方法使用与分化过程相关的蛋白质-蛋白质互作网络作为骨架，结合基因表达矩阵计算分化活性得分，从而量化每个细胞的多能性 | NA | 开发一种计算工具，用于从单细胞转录组数据中量化细胞多能性 | 单细胞转录组数据中的细胞多能性 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达矩阵 | 四个健康人数据集：乳腺、结肠、造血和肺 |
| 668 | 2024-08-08 |
Single-cell entropy network detects the activity of immune cells based on ribosomal protein genes
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.056
PMID:35860411
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研究论文 | 开发了一种名为单细胞熵网络（SCEN）的新计算方法，用于分析单细胞RNA-seq数据，以发现免疫细胞的新异质性并识别现有细胞类型 | 提出了基于基因共表达网络的关联熵（AE）概念，用于衡量单个基因与所有其他基因在单细胞分辨率下的关联强度 | NA | 研究免疫细胞的异质性和多样性，特别是疾病状态下免疫细胞的变化 | 免疫细胞的活性及其在健康/疾病状态下的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 单细胞熵网络（SCEN） | 基因表达数据 | 使用了公共数据集进行分析 |
| 669 | 2024-08-08 |
The Cellular and Molecular Landscape of Synchronous Pediatric Sialoblastoma and Hepatoblastoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.893206
PMID:35860547
|
研究论文 | 本文报道了一例6个月大婴儿同时患有腮腺胚细胞瘤（SBL）和肝母细胞瘤（HB）的病例，并通过全外显子测序（WES）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了肿瘤的细胞和分子特征。 | 首次详细描述了同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞和分子特征，并揭示了化疗后肿瘤细胞的成熟变化。 | 病例数量有限，研究结果可能不适用于所有同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤病例。 | 揭示同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞异质性和化疗后的适应性变化。 | 腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞和分子特征。 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 全外显子测序（WES），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，转录组数据 | 一例6个月大婴儿的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤组织样本 |
| 670 | 2024-08-08 |
Identification and Validation of Immune-Related Long Non-Coding RNA Signature for Predicting Immunotherapeutic Response and Prognosis in NSCLC Patients Treated With Immunotherapy
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.899925
PMID:35860577
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研究论文 | 本研究通过转录组数据识别并验证了与免疫治疗反应和非小细胞肺癌（NSCLC）患者预后相关的免疫相关长非编码RNA（lncRNA）特征。 | 首次识别并验证了39个与免疫治疗反应相关的lncRNA，其中38个被功能注释，并构建了一个新的四lncRNA特征来预测免疫治疗反应和预后。 | NA | 识别并验证与免疫治疗反应和NSCLC患者预后相关的免疫相关lncRNA特征。 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者的免疫治疗反应和预后。 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析 | LASSO和多元Cox分析 | 转录组数据 | 7,693个新的lncRNA被识别，涉及NSCLC和黑色素瘤患者的四个独立数据集。 |
| 671 | 2024-08-08 |
Patient Derived Organoids Confirm That PI3K/AKT Signalling Is an Escape Pathway for Radioresistance and a Target for Therapy in Rectal Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.920444
PMID:35860583
|
研究论文 | 本研究使用患者来源的类器官模型，探讨了直肠癌对化学放疗抵抗的机制，并验证了PI3K/AKT信号通路作为治疗靶点的有效性 | 首次通过患者来源的类器官模型和单细胞测序技术，证实了PI3K/AKT/mTOR通路在直肠癌放疗抵抗中的作用，并测试了双PI3K/mTOR抑制剂在提高癌细胞对放疗敏感性方面的效果 | 研究主要集中在实验室模型上，需要进一步的临床试验来验证这些发现 | 理解直肠癌对化学放疗抵抗的机制，并探索新的治疗策略 | 直肠癌患者来源的类器官模型 | 数字病理学 | 直肠癌 | 单细胞测序，CRISPR-Cas9 | NA | 转录组数据 | 涉及多个患者来源的类器官模型和结直肠癌细胞系HCT116 |
| 672 | 2024-08-08 |
Tracing the cell-type-specific modules of immune responses during COVID-19 progression using scDisProcema
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.066
PMID:35811838
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研究论文 | 本研究提出了一种名为scDisProcema的基因共表达网络构建流程，用于追踪COVID-19进展过程中免疫系统响应的动态变化 | scDisProcema能够更方便地利用scRNA-seq数据提供的异质性信息，并有助于探索疾病进展和器官发育过程中的分子变化 | NA | 深入研究COVID-19免疫响应的分子机制 | COVID-19进展过程中细胞类型特异性分子网络的动态变化 | 数字病理学 | COVID-19 | scRNA-seq | 基因共表达网络 | 单细胞数据 | NA |
| 673 | 2024-08-08 |
A Novel Prognostic Signature Revealed the Interaction of Immune Cells in Tumor Microenvironment Based on Single-Cell RNA Sequencing for Lung Adenocarcinoma
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/6555810
PMID:35812244
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用，并构建了一个新的预后标志物。 | 本文创新性地利用单细胞RNA测序数据，结合WGCNA和LASSO分析，构建了一个包含5个基因的风险模型，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应。 | NA | 研究肺腺癌中浸润性免疫细胞的作用，并寻找潜在的治疗靶点。 | 肺腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 使用了来自FDZSH和两个公共数据集的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的肺腺癌患者生物信息学数据。 |
| 674 | 2024-08-08 |
DDOST Correlated with Malignancies and Immune Microenvironment in Gliomas
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.917014
PMID:35812432
|
研究论文 | 本文研究了DDOST在胶质瘤中的表达及其与恶性程度和免疫微环境的关系 | 首次探讨了DDOST在胶质瘤中的作用及其对患者预后的影响 | NA | 探究DDOST在胶质瘤中的作用及其对患者预后的影响 | DDOST在胶质瘤中的表达及其与恶性程度和免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序分析, GSEA, 免疫浸润分析, 突变分析 | NA | 组织微阵列 | 使用了CGGA 325和CGGA 693数据集进行分析 |
| 675 | 2024-08-08 |
Tumor-Infiltrated CD8+ T Cell 10-Gene Signature Related to Clear Cell Renal Cell Carcinoma Prognosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.930921
PMID:35812454
|
研究论文 | 本研究探讨了浸润性CD8+ T细胞表达的十个基因与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后的关系 | 首次提出浸润性CD8+ T细胞的十个基因作为潜在的ccRCC预后生物标志物 | NA | 阐明浸润性CD8+ T细胞在ccRCC中的保护作用并识别与预后改善相关的候选基因 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC） | 数字病理学 | 肾癌 | 下一代测序（bulk sequencing和single-cell sequencing） | NA | 基因表达数据 | ccRCC、papillary renal cell carcinoma（papRCC）及对照肾脏活检样本 |
| 676 | 2024-08-08 |
Dissecting Immunosuppressive Cell Communication Patterns Reveals JunB Proto-Oncogene (JUNB) Shaping a Non-Inflamed Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.883583
PMID:35812726
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研究论文 | 本文通过整合两个单细胞RNA测序数据集，分析免疫抑制细胞在肿瘤微环境中的通信模式，并识别出关键基因JUNB。 | 首次构建了免疫抑制细胞与肿瘤细胞间的细胞间通信特征，揭示了JUNB在非炎症性肿瘤微环境中的作用。 | NA | 探究免疫抑制细胞在肿瘤微环境中的通信模式及其对肿瘤发展的影响。 | 免疫抑制细胞、肿瘤细胞及其相互作用。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两个不同肿瘤类型的数据集 |
| 677 | 2024-08-08 |
Arginine Regulates Zygotic Genome Activation in Porcine Embryos Under Nutrition Restriction
2022, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2022.921406
PMID:35812864
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研究论文 | 本研究探讨了精氨酸在营养限制条件下对猪胚胎合子基因组激活（ZGA）的调控作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了精氨酸代谢相关基因与ZGA关键基因的显著相关性，并证实了精氨酸通过促进多胺合成调控ZGA的作用 | 研究仅限于体外培养的猪胚胎，未涉及体内环境的影响 | 探究精氨酸在营养限制条件下对猪胚胎发育的影响及其分子机制 | 猪胚胎从合子到桑葚胚阶段的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个猪胚胎样本 |
| 678 | 2024-08-08 |
Significance of Liver Zonation in Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.806408
PMID:35813194
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术，探讨了肝分区在肝细胞癌中的重要性 | 首次通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术，揭示了肝分区相关基因在肝细胞癌中的作用 | 仅限于对肝细胞癌的研究，未涉及其他类型的肝癌 | 探讨肝分区在肝细胞癌中的重要性及其对预后的影响 | 肝细胞癌中的肝分区特征 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 三基因模型 | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 679 | 2024-08-08 |
Identification of Up-Regulated ANXA3 Resulting in Fracture Non-Union in Patients With T2DM
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.890941
PMID:35813617
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研究论文 | 本研究使用加权共表达网络分析（WGCNA）方法，识别与T2DM和骨折愈合相关的易感模块和枢纽基因，并通过单细胞RNA测序和qRT-PCR验证其在临床样本中的表达。 | 本研究首次进行了关于T2DM对骨折愈合影响的基因组学研究，并识别了一些特征模块和枢纽基因，这些发现有助于进一步探究分子机制。 | NA | 探究T2DM与骨折不愈合之间的分子机制，并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点。 | T2DM患者的骨折愈合过程及相关的枢纽基因。 | NA | 糖尿病 | 加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 涉及多个GEO数据库的数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 680 | 2024-08-08 |
Mass Cytometry and Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal the Immune Cell Characteristics of Ulcerative Colitis
2022, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2022.859645
PMID:35813827
|
研究论文 | 本文通过质谱流式细胞术和单细胞转录组测序分析了活动性溃疡性结肠炎（UCa）、非活动性溃疡性结肠炎（UCin）和健康对照（HC）的免疫细胞特征 | 发现了新的免疫细胞亚群，这些亚群可以区分UCa、UCin和HC，有助于区分UCa和UCin患者 | NA | 研究活动性和非活动性溃疡性结肠炎的免疫细胞特征差异 | 活动性溃疡性结肠炎（UCa）、非活动性溃疡性结肠炎（UCin）和健康对照（HC）的免疫细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | UCa、UCin和HC的多个样本 |