单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 641 - 660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2024-08-08 |
Missing Value Imputation With Low-Rank Matrix Completion in Single-Cell RNA-Seq Data by Considering Cell Heterogeneity
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.952649
PMID:35910201
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研究论文 | 本研究开发了一种名为scGNGI的新方法，通过考虑细胞异质性，利用低秩矩阵补全技术对单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值进行插补 | scGNGI方法能更有效地插补单细胞RNA测序数据中的缺失值，并改善下游分析，同时更好地保留细胞间基因表达的变异性 | NA | 探索癌症异质性和精准医学，提高单细胞RNA测序数据分析的精确度 | 单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩矩阵补全 | 基因表达矩阵 | 模拟数据集和真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 642 | 2024-08-08 |
Selecting Representative Samples From Complex Biological Datasets Using K-Medoids Clustering
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.954024
PMID:35910222
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cookie的工具包，用于从具有多样性特征的大规模单细胞群体中高效选择最具代表性的样本 | Cookie方法通过量化样本间的曼哈顿距离并使用k-medoids聚类，能够从大规模单细胞群体中选择出代表性样本，相比于传统采样方法具有更高的效能、效率和灵活性 | NA | 开发一种新的方法来从复杂的生物数据集中选择代表性样本 | 大规模单细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | k-medoids聚类 | 单细胞数据 | 从多个候选大小中评估关键属性的覆盖范围来确定适当的样本大小 | NA | NA | NA | NA |
| 643 | 2024-08-08 |
Neurochemical Signalling Associated With Gill Oxygen Sensing and Ventilation: A Receptor Focused Mini-Review
2022, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2022.940020
PMID:35910553
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综述 | 本文综述了与鱼类鳃部氧气感知和通气相关的神经化学信号传导中涉及的受体类型 | 近期使用单细胞RNA测序对斑马鱼鳃部的转录组分析开始阐明鳃部特定受体目标 | 鳃部细胞水平上缺乏受体表征是理解缺氧信号传导神经化学控制的主要限制 | 总结迄今为止与鱼类鳃部氧气感知相关的神经传递或神经调节中涉及的受体类型 | 鱼类鳃部氧气感知相关的受体和传入途径 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 644 | 2024-08-08 |
Dedifferentiated Schwann cell-derived TGF-β3 is essential for the neural system to promote wound healing
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.72317
PMID:35910794
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研究论文 | 研究探讨了去分化施旺细胞在伤口愈合中的作用及其分泌的TGF-β3对皮肤再生的影响 | 首次揭示了去分化施旺细胞在伤口修复早期上调Wnt信号通路的作用，并发现TGF-β3补充能增强糖尿病小鼠慢性伤口的愈合 | 研究主要基于小鼠模型和糖尿病患者的scRNA-seq分析，可能需要更多临床数据验证 | 探究神经源性细胞在皮肤再生中的作用，并寻找治疗伤口愈合障碍的新策略 | 去分化施旺细胞及其在伤口愈合中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和糖尿病患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 645 | 2024-08-08 |
Identification of cortical interneuron cell markers in mouse embryos based on machine learning analysis of single-cell transcriptomics
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.841145
PMID:35911980
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和机器学习方法，预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性 | 首次使用最小冗余最大相关性方法分析单细胞转录组数据，并通过增量特征选择和两种分类算法提取关键基因，构建强大的分类器 | NA | 预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性 | 小鼠胚胎中的皮层中间神经元 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 随机森林和重复增量剪枝产生误差减少 | 转录组数据 | 2669个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 646 | 2024-08-08 |
Multimodal Dimension Reduction and Subtype Classification of Head and Neck Squamous Cell Tumors
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.892207
PMID:35912202
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研究论文 | 本文开发了一种计算策略，通过多模态整合与谱聚类及现代降维技术如PHATE，对头颈鳞状细胞肿瘤进行亚型分类 | 本文首次将主要为单细胞测序开发的分析方法应用于大量肿瘤测序数据，并展示了其在捕捉肿瘤动态异质性和识别新亚型方面的有效性 | NA | 开发一种更强大的癌症亚型分类方法 | 头颈鳞状细胞癌（HNSC）肿瘤样本 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 多模态整合、谱聚类、PHATE | NA | 基因表达、DNA甲基化、微生物组数据 | 514个头颈鳞状细胞癌肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 647 | 2024-08-08 |
Integration of Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing to Reveal Uveal Melanoma Tumor Heterogeneity and Cells Related to Survival
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.898925
PMID:35865532
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性及其与生存相关的细胞类型 | 本研究首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，全面分析了葡萄膜黑色素瘤的免疫亚型及其免疫特征，并通过伪时间轨迹分析和SCENIC分析探索了细胞分化轨迹和单细胞转录因子调控网络 | NA | 探索葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性和与生存相关的细胞类型 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 11,988个细胞来自6个葡萄膜黑色素瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 648 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals New Immune Disorder Complexities in Hypersplenism
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.921900
PMID:35865544
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脾功能亢进（HS）组织中的细胞转录组特征 | 首次揭示了HS中B细胞的缺失及其在HS合并肝细胞癌（HS-HCC）中的存在，并发现了HS中CD74-COPA和CD94-HLA-E的上调 | NA | 探索脾功能亢进的遗传特征 | 脾功能亢进组织及其对照组织的细胞转录组 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 43,037个细胞，来自四个HS组织和一个对照组织 | NA | NA | NA | NA |
| 649 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Mesenchymal Stem Cells in Cavernous Hemangioma
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.916045
PMID:35865633
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了海绵状血管瘤中的细胞异质性，发现大量胚胎间充质干细胞，并提出海绵状血管瘤可能起源于胚胎间充质干细胞 | 首次在海绵状血管瘤中发现大量胚胎间充质干细胞，并揭示了这些细胞在免疫反应中的作用 | NA | 探究海绵状血管瘤的起源及其相关的细胞类型和分子机制 | 海绵状血管瘤中的细胞类型和分子机制 | 数字病理学 | 血管畸形 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 650 | 2024-08-08 |
From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes?
2022, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2022.05.006
PMID:35871896
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研究论文 | 本文探讨了从单组学到相互作用组学的发展，以及配体诱导的扰动如何调节单细胞表型 | 介绍了单细胞转录组学数据与其他组学数据（如蛋白质组学和表观基因组学数据）的整合，以阐明细胞水平的扰动效应和机制 | 文章提到当前计算工具和算法的局限性，以及大量数据处理的挑战 | 旨在通过单细胞组学数据和计算工具，提高对药物研究和开发的认识 | 研究对象包括单细胞表型、药物治疗对生物系统的影响以及相关的计算工具和算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学数据、蛋白质组学数据、表观基因组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 651 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Yields Insights in the Evolution of Foot-and-Mouth Disease Virus Persistent Infection
2022, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2022.940906
PMID:35873170
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，探讨了口蹄疫病毒（FMDV）持续感染细胞系的细胞异质性及其机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示口蹄疫病毒持续感染的形成机制，并首次应用伪时间轨迹分析于口蹄疫病毒持续感染细胞系 | NA | 阐明口蹄疫病毒持续感染细胞系的细胞异质性机制 | 口蹄疫病毒持续感染细胞系 | 数字病理学 | 口蹄疫 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | BHK-Op细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 652 | 2024-08-08 |
A Novel Artificial Neural Network Prognostic Model Based on a Cancer-Associated Fibroblast Activation Score System in Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.927041
PMID:35874676
|
研究论文 | 本文构建了一种基于癌症相关成纤维细胞激活评分系统的新型人工神经网络预测模型，用于肝细胞癌的预后评估 | 本文创新性地利用12个癌症相关成纤维细胞相关基因构建了人工神经网络模型，并通过功能、突变、免疫和临床分析揭示了模型的信息 | NA | 识别肝细胞癌进展机制并预测患者预后 | 肝细胞癌患者及其癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组和配体-受体相互作用分析 | 人工神经网络（ANN） | 基因表达数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、International Cancer Genome Consortium和Gene Expression Omnibus数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 653 | 2024-08-08 |
Integrative Analysis From Multicenter Studies Identifies a WGCNA-Derived Cancer-Associated Fibroblast Signature for Ovarian Cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.951582
PMID:35874760
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研究论文 | 本研究通过多中心研究的综合分析，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定了与卵巢癌相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征。 | 首次通过多中心研究的综合分析，利用WGCNA方法鉴定了与卵巢癌相关的CAF特征，并构建了预后标志物。 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证。 | 旨在鉴定与卵巢癌高发病率和死亡率相关的CAF预后基因。 | 卵巢癌患者的癌症相关成纤维细胞及其预后基因。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 机器学习 | 基因表达数据 | 2742名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 654 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Unravels Distinct Tumor Microenvironment of Different Components of Lung Adenocarcinoma Featured as Mixed Ground-Glass Opacity
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.903513
PMID:35874770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了混合磨玻璃影特征的肺腺癌中不同成分的肿瘤微环境差异 | 首次通过单细胞测序技术，详细分析了混合磨玻璃影肺腺癌中固体成分和磨玻璃成分的细胞组成和转录组特征 | 研究样本仅限于三名患者的六对成分，可能限制了结果的普遍性 | 探究混合磨玻璃影特征的肺腺癌中不同成分的肿瘤微环境差异及其机制 | 混合磨玻璃影肺腺癌的固体成分和磨玻璃成分 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 19,391个单细胞数据，来自三名患者的六对成分 | NA | NA | NA | NA |
| 655 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics of Immune Cells Reveal Diversity and Exhaustion Signatures in Non-Small-Cell Lung Cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.854724
PMID:35874785
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究了非小细胞肺癌患者肿瘤、正常组织和血液中的CD45免疫细胞，揭示了免疫细胞的多样性和耗竭特征。 | 本文首次识别出三种具有免疫抑制作用的免疫细胞簇，包括耗竭的CD8 T细胞、具有促炎M2表型的肿瘤相关巨噬细胞和具有肿瘤促进特性的调节性B细胞。 | NA | 旨在理解肿瘤微环境中免疫细胞表型，以解释和预测非小细胞肺癌的进展及其对免疫治疗的反应。 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤、正常组织和血液中的CD45免疫细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 656 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Pathogenic Relevance of Intracranial Atherosclerosis in Blood Blister-Like Aneurysms
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.927125
PMID:35874788
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了颅内非分支部位血泡样动脉瘤（BBA）与颅内动脉粥样硬化的致病相关性 | 首次通过单细胞RNA测序技术研究BBA的转录组景观，揭示了其与颅内动脉粥样硬化的致病相关性 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定的颅内动脉瘤类型 | 探究颅内血泡样动脉瘤的转录组景观及其与颅内动脉粥样硬化的潜在致病机制 | 颅内血泡样动脉瘤和囊状颅内动脉瘤的细胞 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat-based pipeline | 细胞 | 12,245个细胞来自1个BBA和2个囊状颅内动脉瘤，以及10个BBA和30个颅内动脉瘤用于病理验证 | NA | NA | NA | NA |
| 657 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Difference in Human Normal and Degenerative Nucleus Pulposus Tissue Profiles and Cellular Interactions
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.910626
PMID:35874809
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序技术，比较了人类正常和退变髓核细胞的表达谱，揭示了两者在细胞类型和功能上的差异 | 首次在椎间盘组织单细胞转录组测序研究中发现并鉴定了表达疼痛炎症基因的软骨细胞4和钙化软骨细胞5 | NA | 阐明人类正常和退变髓核细胞的转录组差异表达谱，探索其细胞异质性及功能 | 人类正常髓核细胞（NNP）和退变髓核细胞（DNP） | 数字病理学 | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两组样本，分别包含正常和退变的髓核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 658 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing for Analyzing the Intestinal Tract in Healthy and Diseased Individuals
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.915654
PMID:35874838
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在健康和患病个体肠道分析中的应用 | scRNA-seq技术能够揭示在整体水平上难以观察到的罕见和中间细胞状态 | NA | 探讨scRNA-seq在识别新的细胞亚型和状态、目标以及解释肠道疾病分子机制中的应用 | 肠道中的不同细胞系及其在疾病中的变化 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 659 | 2024-08-08 |
Arecoline Is Associated With Inhibition of Cuproptosis and Proliferation of Cancer-Associated Fibroblasts in Oral Squamous Cell Carcinoma: A Potential Mechanism for Tumor Metastasis
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.925743
PMID:35875097
|
研究论文 | 本文探讨了槟榔碱与口腔鳞状细胞癌（OSCC）中铜死亡和癌症相关成纤维细胞（CAFs）增殖的抑制之间的关系，以及这种关系对肿瘤转移的可能机制。 | 首次揭示了槟榔碱通过影响铜死亡和CAFs的增殖，可能在OSCC的转移中发挥重要作用。 | 研究主要基于基因表达数据和细胞实验，缺乏临床样本的直接验证。 | 探究槟榔碱在口腔鳞状细胞癌转移中的作用机制。 | 口腔鳞状细胞癌、癌症相关成纤维细胞、槟榔碱的作用。 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 基因表达分析、LASSO回归、GO和KEGG分析、单细胞测序。 | NA | 基因表达数据 | GSE139869数据集（n=10）和TCGA-OSCC数据集（n=361）。 | NA | NA | NA | NA |
| 660 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling of the immune space-time landscape reveals dendritic cell regulatory program in polymicrobial sepsis
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.72760
PMID:35832091
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研究论文 | 本研究利用多隔室单细胞RNA测序技术，分析了脓毒症进展过程中免疫细胞亚群的异质性，并揭示了树突状细胞在脓毒症中的免疫调节程序。 | 首次全面描绘了多微生物脓毒症的单细胞免疫时空景观，并发现了树突状细胞中与超炎症和器官功能障碍相关的保守且可靶向的免疫调节程序。 | NA | 揭示脓毒症中宿主免疫反应的全面视图，并探索树突状细胞在脓毒症中的免疫调节功能。 | 小鼠脓毒症模型中的免疫细胞亚群，特别是树突状细胞。 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型中的多个免疫相关组织部位 | NA | NA | NA | NA |