单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-08-08	Bioinformatics Analysis Identifies Potential Ferroptosis Key Gene in Type 2 Diabetic Islet Dysfunction 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.904312 PMID:35898457	研究论文	本研究通过生物信息学分析，筛选出与2型糖尿病胰岛β细胞功能障碍相关的潜在铁死亡关键基因	首次揭示了铁死亡与2型糖尿病胰岛β细胞功能障碍之间的关系，并筛选出潜在的关键基因MGST1	仅在两个数据集中验证了MGST1，需要更多实验和数据集来进一步验证	旨在筛选潜在的铁死亡关键基因，揭示2型糖尿病胰岛β细胞功能障碍的潜在生理和病理过程	2型糖尿病胰岛β细胞功能障碍及其与铁死亡的关系	生物信息学	2型糖尿病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89个2型糖尿病关键基因，3个2型糖尿病-铁死亡相关基因
622	2024-08-08	Characterization of Immune-Related Molecular Subtypes and a Prognostic Signature Correlating With the Response to Immunotherapy in Patients With Gastric Cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.939836 PMID:35898512	研究论文	本研究通过无监督共识聚类定义了两种基于免疫相关失调基因的分子亚型，并建立了与免疫治疗反应相关的免疫相关预后签名	首次定义了胃癌的免疫相关分子亚型，并构建了与免疫治疗反应相关的预后签名	NA	探索胃癌的肿瘤免疫微环境并定义分子亚型，以增强个性化治疗和临床决策	胃癌患者的免疫相关分子亚型及预后签名	数字病理学	胃癌	RT-qPCR	LASSO-Cox回归分析	scRNA-seq数据	包括三个独立的外部队列和IMvigor210队列的胃癌样本
623	2024-08-08	Cebpb Regulates Skeletal Stem Cell Osteogenic Differentiation and Fracture Healing via the WNT/β-Catenin Pathway 2022, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2022/2091615 PMID:35898655	研究论文	研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了Cebpb转录因子通过WNT/β-Catenin信号通路调控骨骼干细胞成骨分化和骨折愈合的机制	首次证明Cebpb通过抑制WNT/β-Catenin信号通路促进骨骼干细胞的成骨分化和骨折愈合	NA	探讨骨骼干细胞分化和骨折愈合的机制，以开发新的治疗策略	骨骼干细胞（SSC）和小鼠成骨前体细胞	NA	骨折	scRNA-seq, FACS, qPCR, 免疫印迹, 碱性磷酸酶测定, 茜素红S染色, 微CT, 力学测试	NA	基因表达数据	小鼠骨骼干细胞和小鼠成骨前体细胞
624	2024-08-08	Spatial Transcriptomics for Tumor Heterogeneity Analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.906158 PMID:35899203	综述	本文综述了空间转录组学在肿瘤异质性研究中的应用，包括发现新的空间依赖性机制、肿瘤免疫微环境、基质微环境以及癌症的病理分类和预后	空间转录组学通过提供定位索引的基因表达信息，有望解码癌症的复杂异质性	讨论了空间转录组学技术在癌症应用中的未来挑战和机遇	更好地理解癌症异质性，以促进更精确的诊断和改善患者预后	肿瘤异质性、空间依赖性机制、肿瘤免疫微环境、基质微环境以及癌症的病理分类和预后	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
625	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals the Crosstalk Propensity Between the Tumor Intermediate State and the CD8+ T Exhausted State to be Associated with Clinical Benefits in Melanoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.766852 PMID:35903095	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据分析了黑色素瘤中肿瘤细胞与CD8+ T细胞之间的交叉对话倾向性，并探讨了这种倾向性对临床结果的影响	首次揭示了肿瘤中间状态与CD8+ T细胞耗竭状态之间的交叉对话倾向性，并验证了其在样本层面的临床意义	NA	探讨黑色素瘤中肿瘤细胞与CD8+ T细胞之间的交叉对话倾向性及其对临床结果的影响	肿瘤细胞与CD8+ T细胞的交叉对话倾向性	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
626	2024-08-08	Integrative Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unveils the Characteristics of the Immune Microenvironment and Prognosis Signature in Prostate Cancer 2022, Journal of oncology DOI:10.1155/2022/6768139 PMID:35909899	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了前列腺癌中免疫微环境的特征及其预后标志	本研究首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了前列腺癌中关键的细胞亚群及其在疾病发展中的作用	研究主要基于已有的测序数据，未来需要更多的临床样本验证这些发现	探讨前列腺癌中免疫微环境的分子机制及其在疾病发生中的作用	前列腺癌中的免疫微环境及其预后标志	数字病理学	前列腺癌	RNA测序	蛋白质-蛋白质相互作用网络	RNA测序数据	144个自然杀伤细胞相关基因
627	2024-08-08	Enriched circulating and tumor-resident TGF-β+ regulatory B cells in patients with melanoma promote FOXP3+ Tregs 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2104426 PMID:35909944	研究论文	研究探讨了黑色素瘤患者中表达调节性和促炎细胞因子的B细胞，通过多种技术分析发现患者循环中的调节性B细胞增加，而促炎性B细胞减少，这些B细胞在肿瘤微环境中与T细胞相互作用，促进FOXP3+ Treg的分化。	首次揭示了黑色素瘤患者中调节性B细胞在循环和肿瘤病变中的分布，以及B细胞与T细胞亚群之间的双向交流具有免疫抑制特性。	NA	研究黑色素瘤患者中B细胞的免疫调节作用及其与T细胞的相互作用。	黑色素瘤患者中的B细胞及其在免疫反应中的作用。	免疫学	黑色素瘤	流式细胞术、质谱流式细胞术、转录组学、免疫荧光、单细胞RNA测序、B细胞与T细胞共培养分析	NA	细胞	患者与健康志愿者的B细胞和T细胞样本
628	2024-08-08	Construction and Verification of a Fibroblast-Related Prognostic Signature Model for Colon Cancer 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.908957 PMID:35910200	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与结肠癌相关的成纤维细胞预后标志物模型	首次基于单细胞RNA测序数据，识别出六种新型成纤维细胞亚型，并构建了与结肠癌预后相关的成纤维细胞标志物模型	研究主要基于数据库中的数据，未来需要更多的临床样本验证模型的准确性和实用性	探讨成纤维细胞在结肠癌进展中的作用及其预后价值	结肠癌患者及其成纤维细胞亚型	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型	RNA测序数据	23个单细胞RNA测序样本和452个批量RNA测序样本
629	2024-08-08	Missing Value Imputation With Low-Rank Matrix Completion in Single-Cell RNA-Seq Data by Considering Cell Heterogeneity 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.952649 PMID:35910201	研究论文	本研究开发了一种名为scGNGI的新方法，通过考虑细胞异质性，利用低秩矩阵补全技术对单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值进行插补	scGNGI方法能更有效地插补单细胞RNA测序数据中的缺失值，并改善下游分析，同时更好地保留细胞间基因表达的变异性	NA	探索癌症异质性和精准医学，提高单细胞RNA测序数据分析的精确度	单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	低秩矩阵补全	基因表达矩阵	模拟数据集和真实单细胞RNA测序数据集
630	2024-08-08	Selecting Representative Samples From Complex Biological Datasets Using K-Medoids Clustering 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.954024 PMID:35910222	研究论文	本文介绍了一种名为Cookie的工具包，用于从具有多样性特征的大规模单细胞群体中高效选择最具代表性的样本	Cookie方法通过量化样本间的曼哈顿距离并使用k-medoids聚类，能够从大规模单细胞群体中选择出代表性样本，相比于传统采样方法具有更高的效能、效率和灵活性	NA	开发一种新的方法来从复杂的生物数据集中选择代表性样本	大规模单细胞群体	生物信息学	NA	单细胞测序技术	k-medoids聚类	单细胞数据	从多个候选大小中评估关键属性的覆盖范围来确定适当的样本大小
631	2024-08-08	Neurochemical Signalling Associated With Gill Oxygen Sensing and Ventilation: A Receptor Focused Mini-Review 2022, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2022.940020 PMID:35910553	综述	本文综述了与鱼类鳃部氧气感知和通气相关的神经化学信号传导中涉及的受体类型	近期使用单细胞RNA测序对斑马鱼鳃部的转录组分析开始阐明鳃部特定受体目标	鳃部细胞水平上缺乏受体表征是理解缺氧信号传导神经化学控制的主要限制	总结迄今为止与鱼类鳃部氧气感知相关的神经传递或神经调节中涉及的受体类型	鱼类鳃部氧气感知相关的受体和传入途径	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
632	2024-08-08	Dedifferentiated Schwann cell-derived TGF-β3 is essential for the neural system to promote wound healing 2022, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.72317 PMID:35910794	研究论文	研究探讨了去分化施旺细胞在伤口愈合中的作用及其分泌的TGF-β3对皮肤再生的影响	首次揭示了去分化施旺细胞在伤口修复早期上调Wnt信号通路的作用，并发现TGF-β3补充能增强糖尿病小鼠慢性伤口的愈合	研究主要基于小鼠模型和糖尿病患者的scRNA-seq分析，可能需要更多临床数据验证	探究神经源性细胞在皮肤再生中的作用，并寻找治疗伤口愈合障碍的新策略	去分化施旺细胞及其在伤口愈合中的作用	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	涉及小鼠和糖尿病患者的样本
633	2024-08-08	Identification of cortical interneuron cell markers in mouse embryos based on machine learning analysis of single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.841145 PMID:35911980	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和机器学习方法，预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性	首次使用最小冗余最大相关性方法分析单细胞转录组数据，并通过增量特征选择和两种分类算法提取关键基因，构建强大的分类器	NA	预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性	小鼠胚胎中的皮层中间神经元	机器学习	NA	单细胞转录组测序	随机森林和重复增量剪枝产生误差减少	转录组数据	2669个单细胞
634	2024-08-08	Multimodal Dimension Reduction and Subtype Classification of Head and Neck Squamous Cell Tumors 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.892207 PMID:35912202	研究论文	本文开发了一种计算策略，通过多模态整合与谱聚类及现代降维技术如PHATE，对头颈鳞状细胞肿瘤进行亚型分类	本文首次将主要为单细胞测序开发的分析方法应用于大量肿瘤测序数据，并展示了其在捕捉肿瘤动态异质性和识别新亚型方面的有效性	NA	开发一种更强大的癌症亚型分类方法	头颈鳞状细胞癌（HNSC）肿瘤样本	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	多模态整合、谱聚类、PHATE	NA	基因表达、DNA甲基化、微生物组数据	514个头颈鳞状细胞癌肿瘤样本
635	2024-08-08	Integration of Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing to Reveal Uveal Melanoma Tumor Heterogeneity and Cells Related to Survival 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.898925 PMID:35865532	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性及其与生存相关的细胞类型	本研究首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，全面分析了葡萄膜黑色素瘤的免疫亚型及其免疫特征，并通过伪时间轨迹分析和SCENIC分析探索了细胞分化轨迹和单细胞转录因子调控网络	NA	探索葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性	葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性和与生存相关的细胞类型	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	11,988个细胞来自6个葡萄膜黑色素瘤样本
636	2024-08-08	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals New Immune Disorder Complexities in Hypersplenism 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.921900 PMID:35865544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了脾功能亢进（HS）组织中的细胞转录组特征	首次揭示了HS中B细胞的缺失及其在HS合并肝细胞癌（HS-HCC）中的存在，并发现了HS中CD74-COPA和CD94-HLA-E的上调	NA	探索脾功能亢进的遗传特征	脾功能亢进组织及其对照组织的细胞转录组	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	43,037个细胞，来自四个HS组织和一个对照组织
637	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Mesenchymal Stem Cells in Cavernous Hemangioma 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.916045 PMID:35865633	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了海绵状血管瘤中的细胞异质性，发现大量胚胎间充质干细胞，并提出海绵状血管瘤可能起源于胚胎间充质干细胞	首次在海绵状血管瘤中发现大量胚胎间充质干细胞，并揭示了这些细胞在免疫反应中的作用	NA	探究海绵状血管瘤的起源及其相关的细胞类型和分子机制	海绵状血管瘤中的细胞类型和分子机制	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
638	2024-08-08	From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes? 2022, Advances in protein chemistry and structural biology DOI:10.1016/bs.apcsb.2022.05.006 PMID:35871896	研究论文	本文探讨了从单组学到相互作用组学的发展，以及配体诱导的扰动如何调节单细胞表型	介绍了单细胞转录组学数据与其他组学数据（如蛋白质组学和表观基因组学数据）的整合，以阐明细胞水平的扰动效应和机制	文章提到当前计算工具和算法的局限性，以及大量数据处理的挑战	旨在通过单细胞组学数据和计算工具，提高对药物研究和开发的认识	研究对象包括单细胞表型、药物治疗对生物系统的影响以及相关的计算工具和算法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组学数据、蛋白质组学数据、表观基因组学数据	NA
639	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Yields Insights in the Evolution of Foot-and-Mouth Disease Virus Persistent Infection 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.940906 PMID:35873170	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，探讨了口蹄疫病毒（FMDV）持续感染细胞系的细胞异质性及其机制	首次通过单细胞测序技术揭示口蹄疫病毒持续感染的形成机制，并首次应用伪时间轨迹分析于口蹄疫病毒持续感染细胞系	NA	阐明口蹄疫病毒持续感染细胞系的细胞异质性机制	口蹄疫病毒持续感染细胞系	数字病理学	口蹄疫	单细胞测序	NA	基因表达数据	BHK-Op细胞系
640	2024-08-08	A Novel Artificial Neural Network Prognostic Model Based on a Cancer-Associated Fibroblast Activation Score System in Hepatocellular Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.927041 PMID:35874676	研究论文	本文构建了一种基于癌症相关成纤维细胞激活评分系统的新型人工神经网络预测模型，用于肝细胞癌的预后评估	本文创新性地利用12个癌症相关成纤维细胞相关基因构建了人工神经网络模型，并通过功能、突变、免疫和临床分析揭示了模型的信息	NA	识别肝细胞癌进展机制并预测患者预后	肝细胞癌患者及其癌症相关成纤维细胞	机器学习	肝细胞癌	单细胞转录组和配体-受体相互作用分析	人工神经网络（ANN）	基因表达数据	数据来自The Cancer Genome Atlas、International Cancer Genome Consortium和Gene Expression Omnibus数据库