单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
581 2024-08-08
Advances in application of single-cell RNA sequencing in cardiovascular research
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
综述 本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管系统研究中的应用及其最新进展 单细胞RNA测序技术为心血管系统的发育轨迹、表型转变和细胞互作提供了新的见解 NA 探讨单细胞RNA测序在心血管研究领域的应用前景 单细胞RNA测序技术及其在心血管系统研究中的应用 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA
582 2024-08-08
Identification of hub biomarkers of myocardial infarction by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞测序、生物信息学和机器学习方法,识别心肌梗死的关键生物标志物 首次综合运用单细胞测序、生物信息学和机器学习三种方法研究心肌梗死中mRNA的作用 研究仅使用了四个RNA微阵列数据集,可能需要更多数据集以增强结果的普遍性 筛选心肌梗死中mRNA的表达,探究其功能,并为心肌梗死的诊断提供科学依据 心肌梗死中的mRNA表达及其在炎症反应中的作用 生物信息学 心血管疾病 单细胞测序(SCS) 机器学习算法 基因表达数据 四个RNA微阵列数据集,包括GSE66360, GSE97320, GSE60993, 和 GSE48060
583 2024-08-08
Defining Patient-Level Molecular Heterogeneity in Psoriasis Vulgaris Based on Single-Cell Transcriptomics
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文利用单细胞RNA测序技术研究了寻常型银屑病患者层面的分子异质性 通过单细胞RNA测序技术,提高了对复杂组织如皮肤中分子异质性的分辨率 NA 确定人类疾病背后的遗传变异,为治疗开发建立目标,并帮助为个体患者定制治疗方案 寻常型银屑病患者的分子异质性 数字病理学 皮肤病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 从活动性病变中分离的CD45细胞
584 2024-08-08
Ednrb -/- mice with hirschsprung disease are missing Gad2-expressing enteric neurons in the ganglionated small intestine
2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和免疫染色,探讨了Ednrb-/-小鼠小肠中表达Gad2的神经元缺失情况及其对胃肠道功能的影响 首次发现Hirschsprung病小肠神经节区域中存在神经亚群的缺失,这可能解释了手术矫正后持续的胃肠道功能障碍 NA 探究Ednrb-/-小鼠小肠神经节区域中神经系统的异常是否导致胃肠道功能异常 Ednrb-/-小鼠的小肠神经节细胞 NA Hirschsprung病 单细胞RNA测序 NA 细胞 Ednrb-/-小鼠及其野生型同窝小鼠的小肠神经节细胞
585 2024-08-08
The Role of NR4A1 in the Pathophysiology of Osteosarcoma: A Comprehensive Bioinformatics Analysis of the Single-Cell RNA Sequencing Dataset
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过综合生物信息学分析单细胞RNA测序数据集,探讨了核受体NR4A1在骨肉瘤病理生理学中的潜在作用 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析,揭示了NR4A1在不同类型骨肉瘤中的表达差异及其与患者生存率的关联 研究结果需要进一步的验证研究来确认 旨在进一步理解骨肉瘤组织的单细胞RNA测序数据,并探索核受体相关基因在骨肉瘤病理生理学中的作用 骨肉瘤组织及其核受体NR4A1的表达 数字病理学 骨肉瘤 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 分析了骨肉瘤组织的单细胞RNA测序数据集GSE152048,识别了11种细胞类型
586 2024-08-08
Single-cell transcriptomics reveals the regulative roles of cancer associated fibroblasts in tumor immune microenvironment of recurrent osteosarcoma
2022, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术探索复发性骨肉瘤的肿瘤微环境,特别是癌相关成纤维细胞的调控作用 首次揭示了癌相关成纤维细胞通过LOX调控骨肉瘤的EMT过程,为治疗复发性骨肉瘤提供了新的靶点 实验部分未详细描述验证相关细胞和标记物功能的实验方法 探究骨肉瘤的肿瘤微环境和基因表达模式,寻找有效的抗肿瘤策略 骨肉瘤的原发和复发组织 数字病理学 骨肉瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 使用了GSE152048和GSE162454数据集中的样本
587 2024-08-08
MAP4K3/GLK inhibits Treg differentiation by direct phosphorylating IKKβ and inducing IKKβ-mediated FoxO1 nuclear export and Foxp3 downregulation
2022, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本文研究了MAP4K3/GLK通过直接磷酸化IKKβ并诱导IKKβ介导的FoxO1核外排和Foxp3下调来抑制Treg分化的机制 发现GLK信号通过直接磷酸化并激活IKKβ,进而诱导FoxO1的磷酸化和核外排,导致Foxp3下调,从而抑制Treg分化 NA 探究GLK和IKKβ在Treg分化和功能中的作用及其机制 Treg分化和功能 免疫学 自身免疫疾病 单细胞RNA测序 NA RNA 使用T细胞特异性GLK转基因小鼠和IKKβ条件性敲除小鼠进行研究
588 2024-08-08
Single-cell RNA-Seq reveals changes in immune landscape in post-traumatic osteoarthritis
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了前交叉韧带断裂后小鼠膝关节中免疫细胞的动态变化 首次详细描述了前交叉韧带断裂后膝关节中多种免疫细胞类型及其亚型的转录组特征,特别是巨噬细胞和单核细胞的显著变化 NA 旨在理解创伤后骨关节炎中免疫细胞在关节退化或修复中的作用,以改进治疗策略 小鼠膝关节中的免疫细胞 数字病理学 骨关节炎 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 多种免疫细胞类型及其亚型
589 2024-08-08
A Study on the Radiosensitivity of Radiation-Induced Lung Injury at the Acute Phase Based on Single-Cell Transcriptomics
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于单细胞转录组学探讨了放射性诱导肺损伤在急性期的辐射敏感性及其细胞微环境变化 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了急性期放射性诱导肺损伤中不同细胞类型的异质性和辐射敏感性 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证结果 探讨放射性诱导肺损伤在急性期的细胞微环境变化及其对不同细胞类型的影响 放射性诱导肺损伤中的细胞类型及其在急性期的辐射敏感性 数字病理学 肺损伤 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 18,500个单细胞转录本,涉及10种主要细胞类型
590 2024-08-08
Monocyte biology conserved across species: Functional insights from cattle
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文深入分析了牛单核细胞在稳态下的批量和单细胞转录组,揭示了它们的功能特化和转录相关性 本文通过单细胞RNA测序揭示了先前未被重视的cM内部异质性,并提出intM作为cM和ncM之间的瞬态分化中间体 NA 探讨不同类型单核细胞的功能特化和转录相关性 牛的单核细胞,包括经典型、中间型和非经典型单核细胞 NA NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 具体样本数量未在摘要中提及
591 2024-08-08
Immunosuppressive landscape in hepatocellular carcinoma revealed by single-cell sequencing
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序技术分析了肝细胞癌(HCC)的肿瘤免疫微环境(TIME),揭示了主要免疫细胞类型的分布及其潜在机制。 发现了调节性T细胞(Treg)在HCC的TIME中的特异性分布,以及多个免疫检查点的过度表达和糖酵解/糖异生途径的富集。 NA 研究肝细胞癌的肿瘤免疫微环境,探索免疫细胞的异质性及其在形成免疫抑制环境中的潜在机制。 肝细胞癌的肿瘤免疫微环境中的主要免疫细胞类型。 数字病理学 肝癌 单细胞测序 NA 单细胞和组织测序数据 NA
592 2024-08-08
A robust experimental and computational analysis framework at multiple resolutions, modalities and coverages
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文构建并评估了一个集成的实验框架和分析流程,用于在全肿瘤切片水平上发现和验证潜在的配体-受体相互作用,无需组织解离 开发了STRISH计算方法,能够自动扫描整个组织切片,重现细胞间相互作用的全景 空间转录组学仍存在低表达配体-受体相互作用的误检问题,但减少了误发现 研究癌症免疫细胞间的通信,以促进癌症免疫治疗的发展 基底细胞癌和鳞状细胞癌 数字病理学 皮肤癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA原位杂交、Opal Polaris多重蛋白染色 NA 基因表达数据、蛋白表达数据 涉及两种癌症类型,占所有癌症病例的70%以上
593 2024-08-08
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Role of Epithelial Cell Marker Genes in Predicting the Prognosis of Colorectal Cancer Patients
2022, Disease markers
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据,探讨了上皮细胞相关生物标志物在结直肠癌(CRC)中的预后价值 本研究首次基于单细胞RNA测序数据,构建了一个基于上皮细胞标记基因的风险评估模型,用于预测结直肠癌患者的预后 研究样本量较小,仅使用了四个CRC样本的数据,可能影响结果的普遍性 探讨上皮细胞标记基因在结直肠癌预后预测中的作用 结直肠癌患者的预后 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) Cox比例风险模型 转录组数据 四个CRC样本
594 2024-08-08
Identification of Human Retinal Organoid Cell Differentiation-Related Genes via Single-Cell Sequencing Data Analysis
2022, Computational and mathematical methods in medicine
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序数据分析,识别了与人类视网膜类器官细胞分化相关的基因 本研究首次通过单细胞测序技术识别了220个与视网膜类器官细胞分化相关的基因,并分析了这些基因在视网膜发育和视觉感知中的作用 本研究主要依赖于公共数据库中的单细胞RNA测序数据,可能存在样本量和数据质量的限制 研究人类视网膜的发育过程,识别与视网膜类器官细胞分化相关的基因 人类视网膜类器官的细胞分化过程及相关基因 基因组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 人类视网膜类器官的单细胞RNA测序数据
595 2024-08-08
A Pan-Cancer Analysis Reveals CLEC5A as a Biomarker for Cancer Immunity and Prognosis
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过分析TCGA、GTEx等多个数据库的数据,探讨CLEC5A在多种癌症中的表达及其与免疫浸润和患者预后的关系 首次揭示CLEC5A在多种癌症中的表达与免疫浸润和患者预后的关联,并发现其作为潜在的癌症预后生物标志物和抗肿瘤治疗靶点 NA 探讨CLEC5A在癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 CLEC5A在多种癌症中的表达及其与免疫浸润、患者预后的关系 数字病理学 多种癌症 单细胞测序 NA 基因表达数据 多个癌症类型的样本
596 2024-08-08
Single-cell RNA sequencing to decipher the immunogenicity of ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222 and mRNA-1273 vaccines in patients with autoimmune rheumatic diseases
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 研究比较了ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222和mRNA-1273疫苗在自身免疫性风湿病患者中的免疫原性,并使用单细胞RNA测序探索了风湿性关节炎患者中高和低抗SARS-CoV-2 IgG水平之间的细胞间相互作用 首次通过单细胞RNA测序揭示了CD16单核细胞在抗SARS-CoV-2 IgG水平较高的风湿性关节炎患者中的主导作用,并发现了与MHC II类分子介导的抗原呈递相关的富集通路 研究样本仅包括445名参与者,且仅限于自身免疫性风湿病患者和健康对照组 探讨ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222和mRNA-1273疫苗在自身免疫性风湿病患者中的免疫原性差异 自身免疫性风湿病患者和健康对照组的免疫反应 数字病理学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) CellChat 单细胞RNA测序数据 445名参与者,包括389名自身免疫性风湿病患者和56名健康对照
597 2024-08-08
Analysis of Single-Cell Transcriptome Data in Drosophila
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文章节旨在指导分析基于液滴的果蝇单细胞转录组数据 本文介绍了针对果蝇单细胞RNA测序数据开发的计算方法 NA 提供分析果蝇单细胞转录组数据的指导 果蝇的单细胞转录组数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) NA 转录组数据 NA
598 2024-08-08
Transcriptome Analysis Reveals Hub Genes Regulating Autophagy in Patients With Severe COVID-19
2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过RNA测序分析了严重COVID-19患者的外周血单个核细胞(PBMCs),揭示了调控自噬的关键基因 首次通过RNA测序和基因表达分析,识别出在严重COVID-19中特异性表达的差异表达基因(DEGs),并发现这些基因与自噬过程显著相关 研究样本量较小,仅包括四名严重COVID-19患者、四名轻度COVID-19患者和四名健康对照 深入了解严重COVID-19的生物学特征和发病机制,并开发新的治疗策略 严重COVID-19患者的外周血单个核细胞(PBMCs) 数字病理学 COVID-19 RNA测序(RNA-Seq) NA RNA 12名参与者(4名严重COVID-19患者,4名轻度COVID-19患者,4名健康对照)
599 2024-08-08
IL-17A Increases Doxorubicin Efficacy in Triple Negative Breast Cancer
2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究探讨了IL-17A在三阴性乳腺癌中增强多柔比星疗效的作用 首次发现γδ T细胞衍生的IL-17A在敏感肿瘤微环境中高度丰富,并能直接增加TNBC细胞对多柔比星的敏感性 NA 研究IL-17A在三阴性乳腺癌中对多柔比星化疗效果的影响 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤微环境中的T细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA 使用4T1同源小鼠模型进行实验
600 2024-08-08
Integrative Analyses Identify Potential Key Genes and Calcium-Signaling Pathway in Familial Atrioventricular Nodal Reentrant Tachycardia Using Whole-Exome Sequencing
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过全外显子测序技术,分析了家族性房室结折返性心动过速患者的基因突变情况,并识别了潜在的关键基因和钙信号通路 首次报道了家族性房室结折返性心动过速的疾病相关基因,并揭示了钙信号通路在该疾病发生中的核心作用 研究样本仅限于20名患者和100名对照组,可能需要更大样本量以验证结果 探究家族性房室结折返性心动过速的遗传贡献 家族性房室结折返性心动过速患者及其基因突变 遗传学 心血管疾病 全外显子测序 NA 基因序列 20名患者和100名对照组
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