单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-19 |
Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods
2022, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0011
PMID:39285948
|
综述 | 本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接 | 本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节 | 综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景 | 生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 机器学习 | NA | NA | NA | 序列数据 | NA |
| 42 | 2024-09-11 |
Alternative neural systems: What is a neuron? (Ctenophores, sponges and placozoans)
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1071961
PMID:36619868
|
研究论文 | 本文探讨了神经系统的多样性，特别是早期动物分支中独立进化的不同神经整合系统 | 提出了神经元的新定义，并支持神经元和突触的多重起源假说 | NA | 重新定义神经元，并探讨早期动物分支中神经系统的多样性 | 早期动物分支中的神经整合系统，包括栉水母、海绵和扁形虫 | 神经科学 | NA | scRNA-seq 和显微镜技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 43 | 2024-09-11 |
Benchmarking automated cell type annotation tools for single-cell ATAC-seq data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1063233
PMID:36583014
|
研究论文 | 本文评估了五种单细胞ATAC-seq注释方法的分类准确性和可扩展性 | 首次对单细胞ATAC-seq数据注释方法进行了基准测试 | 研究主要集中在小鼠和人类组织数据上，未涵盖其他物种 | 评估现有单细胞ATAC-seq数据自动注释工具的性能 | 五种单细胞ATAC-seq注释方法在不同数据集上的表现 | 单细胞测序 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 使用来自小鼠和人类组织的公开单细胞数据集，包括脑、肺、肾、PBMC和BMMC |
| 44 | 2024-09-11 |
Nuclear envelope, chromatin organizers, histones, and DNA: The many achilles heels exploited across cancers
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1068347
PMID:36589746
|
综述 | 本文综述了核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响 | 本文探讨了核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中对染色质组织和基因表达的异常调控，并介绍了单细胞测序、成像技术和高级数据挖掘方法在设计靶向癌症细胞生长和增殖的小分子药物中的应用 | NA | 探讨核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响 | 核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA | NA | 癌症 | 单细胞测序、成像技术、高级数据挖掘 | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-09-10 |
Multiomic analysis for optimization of combined focal and immunotherapy protocols in murine pancreatic cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.73218
PMID:36451859
|
研究论文 | 本文研究了在小鼠胰腺癌中结合局部和系统性免疫疗法的优化策略 | 通过多组学分析，结合磁共振引导聚焦超声（MRgFUS）消融和抗体疗法，优化了免疫疗法在小鼠胰腺癌中的应用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 优化结合局部和系统性免疫疗法在胰腺癌中的应用 | 小鼠胰腺癌和乳腺癌模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、光谱流式细胞术、组织学分析 | NA | 基因组数据、细胞数据 | 两个小鼠模型：KPC胰腺腺癌模型和NDL乳腺腺癌模型 |
| 46 | 2024-09-10 |
Sparcle: assigning transcripts to cells in multiplexed images
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac048
PMID:36699413
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Sparcle的概率模型，用于在多重图像中将转录本分配给细胞 | Sparcle模型基于基因协变模式和空间特征（如到细胞核的距离）重新分配转录本，无需精确的细胞分割，适用于多种技术平台 | NA | 提高空间转录组学中转录本分配的准确性 | 多重图像中的转录本分配 | 计算机视觉 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 概率模型 | 图像 | NA |
| 47 | 2024-09-10 |
Single-cell RNA-seq data analysis using graph autoencoders and graph attention networks
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1003711
PMID:36568390
|
研究论文 | 本文开发了一种基于图神经网络的多模态模型scGAEGAT，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了结合图自编码器和图注意力网络的多模态模型scGAEGAT，用于处理非欧几里得空间数据 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的基因插补和细胞聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA测序数据集 |
| 48 | 2024-09-10 |
LFSC: A linear fast semi-supervised clustering algorithm that integrates reference-bulk and single-cell transcriptomes
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1068075
PMID:36531230
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LFSC的线性快速半监督聚类算法，该算法利用参考样本（来自bulk RNA测序数据）来识别单细胞转录组中的细胞类型 | LFSC通过构建锚点图来描述参考样本与细胞之间的关系，并通过应用连接性约束来保留底层聚类结构，其总体复杂度与数据大小呈线性关系，显著提高了有效性和效率 | NA | 研究细胞异质性在疾病中的作用，并开发新的聚类算法来识别复杂组织中的细胞类型 | 单细胞转录组数据和bulk RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA测序 | 聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 49 | 2024-09-10 |
Single-cell profiling of T cells uncovers a tissue-resident memory-like T-cell subset associated with bidirectional prognosis for B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.957436
PMID:36532049
|
研究论文 | 研究分析了B细胞急性淋巴细胞白血病患者外周血T细胞的单细胞RNA测序数据，发现了一种与双向预后相关的组织驻留记忆样T细胞亚群 | 首次发现了一种在B细胞急性淋巴细胞白血病患者中升高的循环CD103+ T细胞亚群，该亚群具有双向发育潜力，与患者的预后密切相关 | 研究样本量较小，仅包括三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照 | 深入理解T细胞亚型与B细胞急性淋巴细胞白血病患者预后之间的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者的T细胞亚型及其与预后的关系 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照，共分析了16,143个B-ALL患者T细胞和53,701个健康成人T细胞 |
| 50 | 2024-09-10 |
Advances in Single-Cell Sequencing Technology and Its Applications in Triple-Negative Breast Cancer
2022, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S388534
PMID:36540278
|
研究论文 | 本文综述了单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用进展 | 单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用，揭示了肿瘤细胞的异质性、转移、耐药机制、突变和克隆性 | NA | 探讨单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用及其对临床治疗的指导作用 | 三阴性乳腺癌肿瘤细胞 | 生物技术 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-10 |
Detection of differentially expressed genes in spatial transcriptomics data by spatial analysis of spatial transcriptomics: A novel method based on spatial statistics
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.1086168
PMID:36523429
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为空间转录组学空间分析（saSpatial）的新方法，用于检测空间转录组数据中的差异表达基因 | 提出了一种基于空间统计学的新方法saSpatial，能够同时考虑基因表达的位置和数量信息，相比传统方法FindMarkers，能够检测到更多有价值的差异表达基因 | NA | 开发一种能够有效检测空间转录组数据中差异表达基因的新方法 | 空间转录组数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间统计学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 52 | 2024-09-10 |
Single-cell analyses reveal the therapeutic effects of ATHENA and its mechanism in a rhabdomyosarcoma patient
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1039145
PMID:36523982
|
研究论文 | 研究报道了ATHENA疫苗在一名横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制 | 开发了一种改进的全细胞肿瘤疫苗ATHENA，并展示了其在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及一名患者 | 探讨ATHENA疫苗在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制 | 一名6岁男性横纹肌肉瘤患者 | NA | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名患者 |
| 53 | 2024-09-10 |
Single-cell atlases link macrophages and CD8+ T-cell subpopulations to disease progression and immunotherapy response in urothelial carcinoma
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.77281
PMID:36451860
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了上尿路上皮癌中的免疫细胞亚群及其与免疫治疗反应的关系 | 首次使用单细胞RNA测序研究上尿路上皮癌，并开发了一种新的基因表达特征（Macro-C3评分）来预测免疫治疗反应 | 研究仅限于上尿路上皮癌和膀胱尿路上皮癌，样本量相对较小 | 探讨上尿路上皮癌中免疫细胞亚群与疾病进展及免疫治疗反应的关系 | 上尿路上皮癌患者的手术组织样本 | 数字病理学 | 泌尿系统癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 13个手术组织样本，404个膀胱尿路上皮癌样本，158个上尿路上皮癌样本，348个转移性尿路上皮癌样本 |
| 54 | 2024-09-08 |
Single-cell RNA-sequencing analysis of aortic valve interstitial cells demonstrates the regulation of integrin signaling by nitric oxide
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.742850
PMID:36386365
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析主动脉瓣间质细胞，揭示了硝酸氧化物通过调节整合素信号通路来预防钙化过程 | 首次描述了硝酸氧化物介导的S-亚硝基化作为预防钙化过程的新机制 | 研究仅限于猪主动脉瓣间质细胞，且需要持续的硝酸氧化物暴露来抑制钙化 | 探讨硝酸氧化物和S-亚硝基化在主动脉瓣钙化中的作用机制 | 主动脉瓣间质细胞和硝酸氧化物 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,247个差异表达基因 |
| 55 | 2024-09-08 |
Single-cell transcriptomic characterization reveals the landscape of airway remodeling and inflammation in a cynomolgus monkey model of asthma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1040442
PMID:36439114
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的细胞图谱 | 发现了新的成纤维细胞亚型，该亚型介导了哮喘肺中的I型炎症反应，并揭示了细胞间相互作用网络在哮喘和气道重塑中的作用 | NA | 研究哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的机制 | 哮喘猕猴模型的肺部组织 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 56 | 2024-09-08 |
Identification of COVID-19 severity biomarkers based on feature selection on single-cell RNA-Seq data of CD8+ T cells
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1053772
PMID:36437952
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据中的特征选择，识别了CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序数据和多种特征选择方法，识别出CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物 | 研究仅基于三个CD8 T细胞亚型和三种疾病状态的数据，样本量有限 | 探究CD8+ T细胞在COVID-19感染中的免疫调节机制，并识别潜在的严重程度生物标志物 | CD8+ T细胞的单细胞基因表达数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 梯度提升机 | 基因表达数据 | 三个CD8 T细胞亚型（效应T细胞、记忆T细胞和幼稚T细胞），每种亚型包含三种疾病状态（急性COVID-19、康复期COVID-19和未暴露个体） |
| 57 | 2024-09-08 |
Reprogramming landscape highlighted by dynamic transcriptomes in therapy-induced neuroendocrine differentiation
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.031
PMID:36382181
|
研究论文 | 本文研究了在药物治疗诱导的神经内分泌分化过程中，动态转录组学揭示的重编程景观 | 通过结合单细胞和批量mRNA测序工作流程，本文首次在时间解析的方式下展示了前列腺癌细胞在AR抑制剂enzalutamide作用下，从上皮形态转变为神经内分泌样形态，并激活了特定的神经内分泌相关转录程序 | 本文主要集中在AR抑制剂诱导的神经内分泌分化过程，未涉及其他治疗方式或不同类型前列腺癌的影响 | 探讨在AR抑制剂治疗下，前列腺癌从AR阳性腺癌向AR阴性神经内分泌前列腺癌转变的分子机制 | 前列腺癌细胞在AR抑制剂治疗下的转录组变化和形态学转变 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序和批量mRNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及17-25%接受AR抑制剂治疗的患者样本 |
| 58 | 2024-09-08 |
A review of spatial profiling technologies for characterizing the tumor microenvironment in immuno-oncology
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.996721
PMID:36389765
|
综述 | 本文综述了空间分析技术在免疫肿瘤学中表征肿瘤微环境的作用 | 介绍了最新的基于成像和下一代单细胞测序技术的空间转录组学方法，这些技术为系统量化整个肿瘤微环境中所有或大多数基因的表达提供了平台 | NA | 探讨空间分析技术在免疫肿瘤学中的应用及其对肿瘤生物学和精准治疗靶点的潜在影响 | 肿瘤微环境中的基因表达和转录活性 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 59 | 2024-09-08 |
Alzheimer's disease alters the transcriptomic profile of natural killer cells at single-cell resolution
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1004885
PMID:36405736
|
研究论文 | 研究阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响 | 首次在单细胞分辨率下分析了阿尔茨海默病患者自然杀伤细胞的转录组特征，并发现了一个独特的自然杀伤细胞亚群 | 研究仅限于血液中的自然杀伤细胞，未涵盖其他组织或器官中的细胞 | 探讨阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响 | 阿尔茨海默病患者和对照组血液中的自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 转录组数据 | 阿尔茨海默病患者和对照组的血液样本 |
| 60 | 2024-09-08 |
Immune niches orchestrated by intestinal mesenchymal stromal cells lining the crypt-villus
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1057932
PMID:36405734
|
综述 | 本文综述了肠道间质基质细胞在免疫微环境中的作用及其空间分布和功能异质性 | 利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了肠道间质基质细胞在不同肠段的功能多样性及其对免疫细胞和上皮细胞的调节作用 | NA | 提供对肠道间质基质细胞异质性及其与免疫细胞相互作用的整体视图，以丰富对这些细胞免疫调节功能的理解 | 肠道间质基质细胞及其在免疫微环境中的作用 | NA | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |