单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-10	Single-cell analyses reveal the therapeutic effects of ATHENA and its mechanism in a rhabdomyosarcoma patient 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1039145 PMID:36523982	研究论文	研究报道了ATHENA疫苗在一名横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制	开发了一种改进的全细胞肿瘤疫苗ATHENA，并展示了其在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果	研究样本量较小，仅涉及一名患者	探讨ATHENA疫苗在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制	一名6岁男性横纹肌肉瘤患者	NA	横纹肌肉瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	1名患者
42	2024-09-10	Single-cell atlases link macrophages and CD8+ T-cell subpopulations to disease progression and immunotherapy response in urothelial carcinoma 2022, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.77281 PMID:36451860	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了上尿路上皮癌中的免疫细胞亚群及其与免疫治疗反应的关系	首次使用单细胞RNA测序研究上尿路上皮癌，并开发了一种新的基因表达特征（Macro-C3评分）来预测免疫治疗反应	研究仅限于上尿路上皮癌和膀胱尿路上皮癌，样本量相对较小	探讨上尿路上皮癌中免疫细胞亚群与疾病进展及免疫治疗反应的关系	上尿路上皮癌患者的手术组织样本	数字病理学	泌尿系统癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	13个手术组织样本，404个膀胱尿路上皮癌样本，158个上尿路上皮癌样本，348个转移性尿路上皮癌样本
43	2024-09-08	Single-cell RNA-sequencing analysis of aortic valve interstitial cells demonstrates the regulation of integrin signaling by nitric oxide 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.742850 PMID:36386365	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析主动脉瓣间质细胞，揭示了硝酸氧化物通过调节整合素信号通路来预防钙化过程	首次描述了硝酸氧化物介导的S-亚硝基化作为预防钙化过程的新机制	研究仅限于猪主动脉瓣间质细胞，且需要持续的硝酸氧化物暴露来抑制钙化	探讨硝酸氧化物和S-亚硝基化在主动脉瓣钙化中的作用机制	主动脉瓣间质细胞和硝酸氧化物	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,247个差异表达基因
44	2024-09-08	Single-cell transcriptomic characterization reveals the landscape of airway remodeling and inflammation in a cynomolgus monkey model of asthma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1040442 PMID:36439114	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的细胞图谱	发现了新的成纤维细胞亚型，该亚型介导了哮喘肺中的I型炎症反应，并揭示了细胞间相互作用网络在哮喘和气道重塑中的作用	NA	研究哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的机制	哮喘猕猴模型的肺部组织	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
45	2024-09-08	Identification of COVID-19 severity biomarkers based on feature selection on single-cell RNA-Seq data of CD8+ T cells 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1053772 PMID:36437952	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据中的特征选择，识别了CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物	首次通过单细胞RNA测序数据和多种特征选择方法，识别出CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物	研究仅基于三个CD8 T细胞亚型和三种疾病状态的数据，样本量有限	探究CD8+ T细胞在COVID-19感染中的免疫调节机制，并识别潜在的严重程度生物标志物	CD8+ T细胞的单细胞基因表达数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	梯度提升机	基因表达数据	三个CD8 T细胞亚型（效应T细胞、记忆T细胞和幼稚T细胞），每种亚型包含三种疾病状态（急性COVID-19、康复期COVID-19和未暴露个体）
46	2024-09-08	Reprogramming landscape highlighted by dynamic transcriptomes in therapy-induced neuroendocrine differentiation 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.031 PMID:36382181	研究论文	本文研究了在药物治疗诱导的神经内分泌分化过程中，动态转录组学揭示的重编程景观	通过结合单细胞和批量mRNA测序工作流程，本文首次在时间解析的方式下展示了前列腺癌细胞在AR抑制剂enzalutamide作用下，从上皮形态转变为神经内分泌样形态，并激活了特定的神经内分泌相关转录程序	本文主要集中在AR抑制剂诱导的神经内分泌分化过程，未涉及其他治疗方式或不同类型前列腺癌的影响	探讨在AR抑制剂治疗下，前列腺癌从AR阳性腺癌向AR阴性神经内分泌前列腺癌转变的分子机制	前列腺癌细胞在AR抑制剂治疗下的转录组变化和形态学转变	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和批量mRNA测序	NA	转录组数据	涉及17-25%接受AR抑制剂治疗的患者样本
47	2024-09-08	A review of spatial profiling technologies for characterizing the tumor microenvironment in immuno-oncology 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996721 PMID:36389765	综述	本文综述了空间分析技术在免疫肿瘤学中表征肿瘤微环境的作用	介绍了最新的基于成像和下一代单细胞测序技术的空间转录组学方法，这些技术为系统量化整个肿瘤微环境中所有或大多数基因的表达提供了平台	NA	探讨空间分析技术在免疫肿瘤学中的应用及其对肿瘤生物学和精准治疗靶点的潜在影响	肿瘤微环境中的基因表达和转录活性	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
48	2024-09-08	Alzheimer's disease alters the transcriptomic profile of natural killer cells at single-cell resolution 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1004885 PMID:36405736	研究论文	研究阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	首次在单细胞分辨率下分析了阿尔茨海默病患者自然杀伤细胞的转录组特征，并发现了一个独特的自然杀伤细胞亚群	研究仅限于血液中的自然杀伤细胞，未涵盖其他组织或器官中的细胞	探讨阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	阿尔茨海默病患者和对照组血液中的自然杀伤细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	转录组数据	阿尔茨海默病患者和对照组的血液样本
49	2024-09-08	Immune niches orchestrated by intestinal mesenchymal stromal cells lining the crypt-villus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1057932 PMID:36405734	综述	本文综述了肠道间质基质细胞在免疫微环境中的作用及其空间分布和功能异质性	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了肠道间质基质细胞在不同肠段的功能多样性及其对免疫细胞和上皮细胞的调节作用	NA	提供对肠道间质基质细胞异质性及其与免疫细胞相互作用的整体视图，以丰富对这些细胞免疫调节功能的理解	肠道间质基质细胞及其在免疫微环境中的作用	NA	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
50	2024-09-08	Increased stromal PFKFB3-mediated glycolysis in inflammatory bowel disease contributes to intestinal inflammation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966067 PMID:36405760	研究论文	研究探讨了PFKFB3在炎症性肠病（IBD）中的作用及其对肠道炎症的影响	首次揭示了PFKFB3在IBD患者中的表达增加，并探讨了其在肠道炎症中的作用	NA	研究PFKFB3在IBD中的作用及其对肠道炎症的影响	炎症性肠病患者的肠道样本和纤维母细胞	NA	炎症性肠病	单细胞测序、ssGSEA、海马实时细胞代谢分析	NA	基因表达数据	IBD患者和健康对照者的肠道样本
51	2024-09-08	Single-cell and single-nuclei RNA sequencing as powerful tools to decipher cellular heterogeneity and dysregulation in neurodegenerative diseases 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.884748 PMID:36353512	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的细胞异质性和失调方面的最新进展	介绍了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的应用，提供了新的细胞类型和状态的识别方法	讨论了在研究阿尔茨海默病和帕金森病中应用这些技术的挑战和局限性	探讨单细胞和单核RNA测序技术在理解神经退行性疾病中的应用	阿尔茨海默病和帕金森病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
52	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.945347 PMID:36339426	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和细胞簇反卷积，探讨了人类排卵前卵泡液细胞在卵巢低反应性中的病理生理机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢低反应患者与正常反应患者在卵泡液细胞类型和基因表达上的差异，并发现了与卵巢反应性相关的关键细胞簇	研究样本量较小，仅包括18名IVF患者，可能影响结果的普适性	探讨卵巢低反应性的病理生理机制，并评估其在IVF临床结果预测中的作用	人类排卵前卵泡液中的体细胞	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18名接受IVF治疗的患者
53	2024-09-07	Establishment of inclusive single-cell transcriptome atlases from mouse and human tooth as powerful resource for dental research 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1021459 PMID:36299483	研究论文	本文通过整合人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，为牙科研究提供了强大的资源	本文首次整合了人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，并发现了小鼠牙釉质细胞谱系的新候选转录调控因子以及人类牙齿特定上皮区室之间的发育联系	NA	建立全面的单细胞转录组图谱，以促进对牙齿生物学、发育和疾病的创新研究	人和小鼠的牙齿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同类型的牙齿组织（健康和疾病）的人和小鼠样本
54	2024-09-07	Analysis on heterogeneity of hepatocellular carcinoma immune cells and a molecular risk model by integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1012303 PMID:36311759	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性，并构建了一个分子风险模型	本研究首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了HCC免疫细胞的异质性，并构建了一个基于异质性的八基因预后分层签名	本研究仅使用了Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，可能存在数据来源的局限性	研究HCC免疫细胞的异质性，并构建一个分子风险模型以精确评估预后风险	肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性及分子风险模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	使用了GSE149614、HCCDB18、GSA14520和GSE76427数据集中的样本
55	2024-09-07	Recent advances in deciphering oligodendrocyte heterogeneity with single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.1025012 PMID:36313617	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析少突胶质细胞异质性方面的最新进展	引入单细胞和单核RNA测序技术揭示了健康中枢神经系统和多种疾病中少突胶质细胞的广泛异质性	NA	总结当前对哺乳动物中枢神经系统中少突胶质细胞异质性的理解	少突胶质细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	NA
56	2024-09-07	Spatial transcriptomics technology in cancer research 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1019111 PMID:36313703	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的最新进展和应用前景，并探讨了其面临的挑战	空间转录组学技术能够构建空间组织图谱，并表征癌症的时空异质性，有助于识别和理解肿瘤界面和三级淋巴结构等特殊空间区域	本文未具体提及空间转录组学技术的局限性	探讨空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其前景	空间转录组学技术在多种癌症类型中的空间异质性分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
57	2024-09-07	From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.994069 PMID:36263428	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成和分析的最新进展	介绍了从批量RNA测序到当前能够生成数十万细胞的单细胞技术的演变，以及计算工作流程的改进	未提及具体的技术或计算方法的局限性	探讨scRNA-seq技术在生物医学研究中的应用及其发展	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	数十万细胞
58	2024-09-06	Characterization of cancer-related fibroblasts (CAF) in hepatocellular carcinoma and construction of CAF-based risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1009789 PMID:36211448	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建了CAF相关的风险特征	首次基于单细胞RNA测序数据识别出肝细胞癌中的四个CAF簇，并构建了包含六个基因的CAF相关风险特征，用于预测肝细胞癌的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索肝细胞癌中CAF的特征，并建立基于CAF的风险特征以预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）及其相关的风险特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	Lasso回归	RNA测序数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据
59	2024-09-06	Prognostic characteristics of immune subtypes associated with acute myeloid leukemia and their identification in cell subsets based on single-cell sequencing analysis 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.990034 PMID:36211454	研究论文	研究分析了急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型特征及其在细胞亚群中的识别	通过单细胞测序分析，识别了与AML预后相关的九个关键免疫基因，并构建了预测模型	研究结果需要在更大样本量的研究中进一步验证	探讨AML患者的免疫微环境特征及其在细胞亚群中的表达，并构建预后评估模型	急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型和细胞亚群	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	151名AML患者
60	2024-09-05	Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.935749 PMID:36186467	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与鼻咽癌（NPC）相关的潜在分子标志物PKP1和肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs），并探讨其在NPC治疗中的潜在价值	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞在鼻咽癌发展中的相互作用及其治疗潜力	NA	旨在通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别鼻咽癌中的新型生物标志物	鼻咽癌（NPC）中的分子标志物和免疫细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA