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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2024-08-08 |
Profiling mouse cochlear cell maturation using 10× Genomics single-cell transcriptomics
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.962106
PMID:36060279
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics单细胞转录组测序技术,分析了幼年和成熟小鼠耳蜗细胞在发育过程中的转录组动态变化 | 首次在单细胞水平上揭示了内毛细胞和外毛细胞在不同发育阶段的成熟高峰期,并鉴定了在耳蜗毛细胞和螺旋神经节神经元成熟过程中表达的长非编码RNA基因 | NA | 研究小鼠耳蜗细胞在发育过程中的转录组动态变化 | 幼年和成熟小鼠的耳蜗细胞 | 数字病理学 | NA | 10x Genomics单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 幼年和成熟小鼠的耳蜗细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 562 | 2024-08-08 |
A Cell Differentiation Trajectory-Related Signature for Predicting the Prognosis of Lung Adenocarcinoma
2022, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/2022/3483498
PMID:36072012
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研究论文 | 本文筛选与细胞分化轨迹相关的基因,并构建了一个用于预测肺腺癌(LUAD)预后的细胞分化轨迹相关特征 | 构建了一个基于细胞分化轨迹相关基因的预后特征,并开发了一个具有高预测性能和准确性的诺模图 | NA | 筛选细胞分化轨迹相关基因并构建预后特征,以预测肺腺癌的预后 | 肺腺癌(LUAD)的预后预测 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自GEO和TCGA数据库的LUAD单细胞mRNA表达谱和TCGA-LUAD转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 563 | 2024-08-08 |
Novel insight on marker genes and pathogenic peripheral neutrophil subtypes in acute pancreatitis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964622
PMID:36072587
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和机器学习方法,分析了急性胰腺炎患者外周血细胞的表达数据,并验证了两个功能基因模块及特定基因作为严重胰腺炎的预测因子。同时,通过结合批量测序和单细胞测序数据,识别了COVID-19诱导的急性胰腺炎中关键的中性粒细胞亚型。 | 首次全面分析了急性胰腺炎患者外周血的基因表达模式,并识别了与COVID-19相关的关键中性粒细胞亚型。 | NA | 旨在深入了解急性胰腺炎的分子机制,并探索COVID-19诱导的急性胰腺炎的预测因子。 | 急性胰腺炎患者的外周血细胞及COVID-19患者的测序数据。 | 数字病理学 | 急性胰腺炎 | 机器学习方法、批量测序、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 本地患者的具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 564 | 2024-08-08 |
The development and function of CD11c+ atypical B cells - insights from single cell analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.979060
PMID:36072594
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究CD11c+非典型B细胞(ABCs)的发育和功能 | 单细胞RNA测序技术使得在不同免疫环境下准确识别ABCs成为可能,并揭示了ABCs是一种高度保守的记忆B细胞谱系 | ABCs的正常功能仍不明确 | 探讨ABCs的发育和功能 | CD11c+非典型B细胞(ABCs) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 565 | 2024-08-08 |
Clustering CITE-seq data with a canonical correlation-based deep learning method
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.977968
PMID:36072672
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研究论文 | 本文提出了一种基于典型相关分析的深度学习方法scCTClust,用于聚类CITE-seq数据,该方法通过两个特定组学的神经网络提取组学数据中的聚类信息,并采用深度典型相关方法找到两个组学的最大相关表示,最后利用一种新颖的分散聚类方法对两个组学的潜在表示的线性组合进行聚类 | 本文创新性地提出了一种适用于多组学数据特别是CITE-seq数据的聚类方法scCTClust,该方法能够克服CITE-seq数据噪声大、维度高和稀疏性强的特点,并通过深度典型相关方法找到两个组学的最大相关表示 | NA | 克服CITE-seq数据噪声大、维度高和稀疏性强的问题,找到适合聚类的组合表示 | CITE-seq数据 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 神经网络 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 566 | 2024-08-08 |
scRNA-seq reveals ATPIF1 activity in control of T cell antitumor activity
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2114740
PMID:36016697
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和遗传学方法,揭示了ATP合酶抑制因子1(ATPIF1)在调控T细胞抗肿瘤活性中的作用 | 首次揭示了ATPIF1在调控T细胞免疫活性中的作用,并证明了ATPIF1缺乏会导致T细胞衰竭,从而影响肿瘤免疫 | 研究主要集中在小鼠模型上,需要进一步在人体中验证ATPIF1的作用 | 探讨ATPIF1在调控CD8 T细胞抗肿瘤活性中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用 | ATPIF1在T细胞中的功能及其对肿瘤免疫的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及B16黑色素瘤和Lewis肺癌模型的小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 567 | 2024-08-08 |
The immune phenotypes and different immune escape mechanisms in colorectal cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.968089
PMID:36032084
|
研究论文 | 研究结直肠癌(CRC)的免疫表型及其潜在的免疫逃逸机制 | 首次详细分类了CRC的三种不同免疫表型,并探讨了各自的免疫逃逸机制 | 研究主要基于样本数据分析,需要进一步的临床验证 | 探索结直肠癌的免疫表型及其免疫逃逸机制,为免疫治疗提供新的研究方向 | 结直肠癌样本及其免疫微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 1802个微阵列队列样本和619个TCGA队列样本,以及447个中山医院样本和60个CRC样本的252,940个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 568 | 2024-08-08 |
Fibroblasts in intestinal homeostasis, damage, and repair
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.924866
PMID:36032088
|
综述 | 本文综述了成纤维细胞在小肠稳态、损伤和修复中的作用 | 利用单细胞转录组学揭示了成纤维细胞在正常和炎症条件下的异质性,表明了不同的功能 | 对于成纤维细胞亚群的数量、术语和功能特性仍缺乏共识,且其如何调节小肠修复过程及其在炎症性肠病发病机制中的影响尚不清楚 | 旨在提供该领域最新进展的简要概述,以帮助阐明当前对成纤维细胞异质性和功能的理解,并推进我们对成纤维细胞在小肠损伤和修复中贡献的认识 | 成纤维细胞在小肠稳态、损伤和修复中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 569 | 2024-08-08 |
Prediction of prognosis, immunogenicity and efficacy of immunotherapy based on glutamine metabolism in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.960738
PMID:36032135
|
研究论文 | 本研究通过建立一个新的谷氨酰胺(Gln)代谢定量系统,预测肺癌的预后和免疫治疗效果,并分析了肿瘤微环境(TME)中的Gln代谢及其相关基因EPHB2的作用。 | 首次全面分析了谷氨酰胺代谢在肺腺癌中的作用,并建立了一个基于Gln代谢的模型来预测预后和免疫治疗效果。 | NA | 揭示谷氨酰胺代谢在肺腺癌中的作用,并为针对Gln代谢的抗肿瘤策略提供理论基础。 | 肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的谷氨酰胺代谢。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析,转录组测序 | Cox回归和Lasso回归分析 | 基因表达数据 | 513名肺腺癌患者,73个谷氨酰胺代谢相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 570 | 2024-08-08 |
CD4+ T cell activation and inflammation in NASH-related fibrosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.967410
PMID:36032141
|
综述 | 本文综述了CD4+ T细胞在非酒精性脂肪肝病(NAFLD),特别是非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝纤维化中的激活和炎症作用 | 近期单细胞转录组分析揭示了NASH肝脏中CD4 T细胞、CD8 T细胞、γδ T细胞和TEMs的扩增 | NA | 探讨不同亚型的CD4 T细胞在NASH相关肝炎症和纤维化中的作用 | CD4+ T细胞及其亚型在NASH相关肝炎症和纤维化中的作用 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 571 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of androgen receptor status in prostate cancer with neuroendocrine differentiation
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.955166
PMID:36033483
|
研究论文 | 本研究通过免疫染色和批量及单细胞转录组分析,深入研究了神经内分泌分化前列腺癌中雄激素受体(AR)的状态 | 首次结合免疫染色和单细胞转录组分析,揭示了AR在神经内分泌分化前列腺癌中的存在及其功能 | 研究样本主要集中在去势抵抗性前列腺癌,可能限制了结果的普遍性 | 深入理解神经内分泌分化前列腺癌中AR信号传导的细胞可塑性,并为治疗开发提供新见解 | 神经内分泌分化前列腺癌中的雄激素受体状态 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 免疫染色、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 8194例前列腺癌病例 | NA | NA | NA | NA |
| 572 | 2024-08-08 |
The combined prognostic model of copper-dependent to predict the prognosis of pancreatic cancer
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.978988
PMID:36035166
|
研究论文 | 本文通过单细胞分析和CIBERSORT方法,研究了铜依赖基因及相关免疫浸润细胞在胰腺癌中的预后价值 | 本文首次提出了一种基于铜依赖基因及相关免疫浸润细胞的联合预后模型,用于预测胰腺癌的预后 | NA | 评估铜依赖基因及相关免疫浸润细胞在胰腺癌中的预后价值 | 铜依赖基因、相关免疫浸润细胞及胰腺癌患者的预后 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序分析、CIBERSORT | Cox回归、LASSO方法 | 基因表达数据 | 训练队列和测试队列来自TCGA数据库,验证队列来自GSE62452数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 573 | 2024-08-08 |
Identification of novel key genes and potential candidate small molecule drugs in diabetic kidney disease using comprehensive bioinformatics analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.934555
PMID:36035169
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research paper | 本研究通过综合生物信息学分析,鉴定了糖尿病肾病中的新型关键基因和潜在的小分子候选药物。 | 首次揭示了糖尿病肾病患者肾脏中浸润免疫细胞的比例显著增高,并通过单细胞转录组学探索了免疫景观。 | NA | 旨在揭示糖尿病肾病中的基因表达变化,并发现关键基因,为诊断和治疗提供新的分子标记和治疗靶点。 | 糖尿病肾病患者和健康供体的肾脏样本。 | digital pathology | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组学, 加权共表达网络分析 (WGCNA), 蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络, 实时定量PCR, 免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据 | 包括健康供体、早期和晚期糖尿病肾病患者的肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 574 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Smooth Muscle Cells Heterogeneity in Experimental Aortic Dissection
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.836593
PMID:36035191
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研究论文 | 本研究旨在阐明实验性主动脉夹层(AD)中主动脉的细胞景观,并详细阐述不同细胞类型中的平滑肌细胞(SMCs)及其功能 | 本研究首次提供了从老鼠AD组织中完整的细胞景观,并鉴定了七个核心差异表达基因(DEGs)和八种SMCs亚型 | NA | 阐明实验性主动脉夹层中主动脉的细胞景观,并详细阐述不同细胞类型中的平滑肌细胞及其功能 | 实验性主动脉夹层中的主动脉细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 28周龄的雄性Apolipoprotein缺乏(ApoE)小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 575 | 2024-08-08 |
Colorectal Cancer Cell Differentiation Trajectory Predicts Patient Immunotherapy Response and Prognosis
2022 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10732748221121382
PMID:36036380
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研究论文 | 本研究旨在探讨结直肠癌细胞的分化状态及其临床意义,并基于结直肠癌的分化相关基因预测患者的免疫反应和预后 | 本研究结合单细胞测序数据和转录组数据,开发了一种基于结直肠癌分化相关基因的分子分型和预后模型,以预测患者的免疫反应和预后 | NA | 探讨结直肠癌细胞的分化状态及其临床意义,并预测患者的免疫反应和预后 | 结直肠癌细胞的分化状态及其相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 5种不同的细胞分化亚群和620个结直肠癌分化相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 576 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of the potential cuproptosis-related biomarker LIAS that regulates prognosis and immunotherapy of pan-cancers
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.952129
PMID:35982953
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研究论文 | 本研究通过多种生物信息学平台分析了LIAS在泛癌中的表达水平及其与预后的关系,并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 首次全面分析了LIAS在多种癌症中的表达与预后关系,并探讨了其在免疫治疗中的预测价值 | NA | 探索LIAS在泛癌中的表达水平及其对预后和免疫治疗的影响 | LIAS在不同癌症中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 577 | 2024-08-08 |
Bioinformatics analysis and experimental verification of the prognostic and biological significance mediated by fatty acid metabolism related genes for hepatocellular carcinoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.972744
PMID:35982956
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,探讨了脂肪酸代谢相关基因在肝细胞癌中的预后和生物学意义 | 本研究首次发现并验证了一个新的脂肪酸代谢相关预后模型,为肝细胞癌的治疗和预防提供了潜在策略 | NA | 旨在发现脂肪酸代谢相关风险特征,并为肝细胞癌患者的预后预测制定更好的模型 | 肝细胞癌患者的mRNA表达数据和临床参数 | 生物信息学 | 肝癌 | 共识聚类、单因素和多因素Cox回归分析、单样本GSEA算法、qRT-PCR、Western blotting和单细胞转录组学 | NA | mRNA表达数据 | 使用TCGA数据库收集的肝细胞癌患者数据,并在ICGC数据集中进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 578 | 2024-08-08 |
Dynamically upregulated mast cell CPA3 patterns in chronic obstructive pulmonary disease and idiopathic pulmonary fibrosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.924244
PMID:35983043
|
研究论文 | 本研究通过基于组织学的方法,定量分析了慢性阻塞性肺疾病(COPD)和特发性肺纤维化(IPF)患者肺部肥大细胞CPA3表达的动态变化及其空间分布 | 首次揭示了COPD和IPF患者肺部肥大细胞CPA3表达的动态变化及其与免疫病理改变和肺功能的关系 | NA | 探讨肥大细胞特异性金属蛋白酶CPA3在肺部疾病中的表达模式及其与疾病发展的关系 | COPD和IPF患者的肺部肥大细胞CPA3表达 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病,特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA,蛋白质 | 控制组和COPD及IPF患者的肺部样本 | NA | NA | NA | NA |
| 579 | 2024-08-08 |
Increased proportion of follicular helper T cells is associated with B cell activation and disease severity in IgA nephropathy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.901465
PMID:35983053
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研究论文 | 本文研究了IgA肾病中CD4T细胞亚群的变化及其在B细胞激活和疾病进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化染色揭示了IgA肾病患者中Th2、Th17和Tfh细胞比例的增加,以及Tfh细胞与B细胞之间的细胞间相互作用 | NA | 探讨IgA肾病中CD4T细胞的特征及其在疾病进展中的作用 | IgA肾病患者中的CD4T细胞和B细胞 | 免疫学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化染色 | NA | 细胞 | IgA肾病患者和健康对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 580 | 2024-08-08 |
Heterozygosity and homozygosity regions affect reproductive success and the loss of reproduction: A case study with litter traits in pigs
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.07.039
PMID:35983229
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研究论文 | 本研究探讨了杂合子区域(ROHet)和纯合子区域(ROH)对中国本土猪种繁殖成功率和繁殖损失的影响 | 首次深入研究了ROHet和ROH对哺乳动物繁殖成功率和繁殖损失的影响,并发现了一系列与繁殖性能相关的新候选基因 | 研究仅限于特定的中国本土猪种和其他五个猪种,可能需要进一步扩大样本范围以验证结果的普遍性 | 揭示ROHet和ROH对哺乳动物繁殖性能的影响,并识别相关的候选基因 | 中国本土猪种(如金华猪、淳安猪、龙游黑猪和嵊县花猪)及其他五个猪种的基因组 | 遗传学 | NA | 关联分析、线性模型、转录组关联研究、单细胞RNA测序 | 线性模型 | 基因组数据、转录组数据 | 涉及四个中国本土猪种和五个其他猪种 | NA | NA | NA | NA |