单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2024-08-08 |
Integrated multi-omics reveals the activated retinal microglia with intracellular metabolic reprogramming contributes to inflammation in STZ-induced early diabetic retinopathy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.942768
PMID:36119084
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和多组学分析，揭示了链脲佐菌素诱导的早期糖尿病视网膜病变中，激活的视网膜小胶质细胞通过细胞内代谢重编程促进炎症的机制。 | 首次识别出在糖尿病视网膜病变中，具有代谢途径改变的小胶质细胞是IL-1β的主要来源，并通过多组学分析揭示了这些细胞的代谢特征。 | NA | 探究糖尿病视网膜病变中，视网膜特异性细胞类型产生促炎细胞因子的机制。 | 链脲佐菌素诱导的糖尿病视网膜病变小鼠模型中的小胶质细胞。 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞测序, 代谢组学, 脂质组学, RNA分析 | NA | 细胞样本 | 代表糖尿病视网膜病变微环境的微胶质细胞系样本 |
| 522 | 2024-08-08 |
MS4A6A is a new prognostic biomarker produced by macrophages in glioma patients
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.865020
PMID:36119086
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研究论文 | 本文研究了MS4A6A在胶质瘤中的表达及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次揭示了MS4A6A在胶质瘤生物学和预后中的作用，并通过蛋白质相互作用网络和单细胞RNA测序分析了其表达特征 | NA | 探讨MS4A6A在胶质瘤中的作用及其作为预后生物标志物的可能性 | MS4A6A在胶质瘤中的表达及其与临床结果的关系 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个数据集（CGGA1, CGGA2, TCGA, Rembrandt, Gravendeel）中的胶质瘤样本 |
| 523 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of the adaptive immune response to SARS-CoV-2 infection and vaccination
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964976
PMID:36119105
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综述 | 本文综述了单细胞多组学技术在分析SARS-CoV-2感染和疫苗接种后适应性免疫反应中的应用 | 利用单细胞多组学技术深入研究SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的免疫反应机制 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的适应性免疫反应，为疫苗和治疗策略的开发提供支持 | SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的适应性免疫反应，包括T细胞和B细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞多组学技术，包括流式细胞术、单细胞转录组学、单细胞TCR和BCR分析 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 524 | 2024-08-08 |
Identification of a novel histone phosphorylation prognostic signature in hepatocellular carcinoma based on bulk and single-cell RNA sequencing
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.965445
PMID:36120466
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研究论文 | 本研究构建了与肝细胞癌（HCC）预后相关的组蛋白磷酸化调控（HPR）基因签名，并探讨了HPR基因是否能预测HCC患者的总体生存 | 首次构建了与HCC预后相关的组蛋白磷酸化调控基因签名，并验证了其在预测HCC患者生存中的作用 | NA | 探讨组蛋白磷酸化调控基因在肝细胞癌中的预后价值 | 肝细胞癌患者及其组蛋白磷酸化调控基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | Cox回归分析，Lasso回归分析 | RNA测序数据 | 使用TCGA、ICGC和GEO数据库中的差异表达基因数据，以及从Gene Expression Omnibus（GEO）下载的HCC单细胞RNA测序数据 |
| 525 | 2024-08-08 |
Systematic Characterization of Expression Patterns and Immunocorrelations of Formin-Like Genes in Breast Cancer
2022, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2022/8577821
PMID:36124068
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研究论文 | 本文系统分析了乳腺癌中formin-like基因（FMNL）的表达模式及其与免疫相关性 | 首次全面阐述了FMNL基因在乳腺癌中的表达模式及其在临床应用中的可变预后意义 | NA | 研究FMNL基因在乳腺癌中的表达及其与免疫浸润的关系 | 乳腺癌组织中的FMNL基因表达及其与免疫细胞浸润的相关性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（IHC） | NA | mRNA | NA |
| 526 | 2024-08-08 |
RAB20 deficiency promotes the development of silicosis via NLRP3 inflammasome
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.967299
PMID:36131930
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析硅肺病患者的支气管肺泡灌洗液，发现RAB20缺乏与硅肺病的发展密切相关，并通过小鼠模型验证了RAB20缺失加剧硅晶体诱导的肺间质纤维化和呼吸功能障碍，主要通过NLRP3炎症小体的激活和IL-1β的释放。 | 首次揭示了RAB20在硅肺病发病机制中的关键作用，为理解环境刺激介导的先天免疫提供了新的分子见解。 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，需要在人体中进一步验证。 | 探究RAB20在硅肺病发病机制中的作用及其分子机制。 | 硅肺病患者和小鼠模型的单细胞测序数据。 | 数字病理学 | 职业病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 包括硅肺病患者和未发病矿工的支气管肺泡灌洗液样本 |
| 527 | 2024-08-08 |
FLT3LG and IFITM3P6 consolidate T cell activity in the bone marrow microenvironment and are prognostic factors in acute myelocytic leukemia
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.980911
PMID:36081495
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研究论文 | 本研究旨在通过分析基因表达数据，识别与急性髓细胞性白血病（AML）中T细胞功能抑制相关的关键基因，为免疫治疗提供证据 | 确定了FLT3LG和IFITM3P6作为与患者总体生存和微环境免疫活性正相关的关键基因，并揭示了FLT3-FLT3LG和IFITM3P6-miR-6748-3p-CBX7信号轴在CD4+和CD8+ T细胞激活中的作用 | NA | 寻找与T细胞耗竭和抑制相关的关键基因，为AML的免疫治疗提供证据 | 急性髓细胞性白血病（AML）中的CD4+和CD8+ T细胞 | NA | 白血病 | 基因转录组表达分析 | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA和TARGET数据库的基因转录组表达数据 |
| 528 | 2024-08-08 |
The transcription factor Zfp503 promotes the D1 MSN identity and represses the D2 MSN identity
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.948331
PMID:36081908
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研究论文 | 本文研究了转录因子Zfp503在促进D1型中棘神经元身份和抑制D2型中棘神经元身份中的作用 | 发现了D1型中棘神经元在缺乏特定条件下会转变为D2型中棘神经元，并揭示了转录因子Zfp503通过影响侧脑室旁核祖细胞的分化来调控这一过程 | NA | 探究中棘神经元两种类型的命运决定机制 | 中棘神经元及其转录因子调控 | 神经科学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 529 | 2024-08-08 |
Knowledge structure and emerging trends in the application of deep learning in genetics research: A bibliometric analysis [2000-2021]
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.951939
PMID:36081985
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综述 | 本文通过文献计量分析，总结了2000年至2021年间深度学习在遗传学研究中的应用知识结构和新兴趋势 | 利用CiteSpace和VOSviewer工具，识别了国家、机构、期刊、共引文献、关键词、主题演变、路径、当前特征和新兴话题 | NA | 总结标准化知识和潜在创新方法，鼓励更多研究 | 深度学习在遗传学研究中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 文献 | 分析了69,806篇参考文献和1,754篇相关论文 |
| 530 | 2024-08-08 |
Identification of Four Biomarkers of Human Skin Aging by Comprehensive Single Cell Transcriptome, Transcriptome, and Proteomics
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.881051
PMID:36081986
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研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、转录组和蛋白质组学方法，鉴定了四种与人类皮肤衰老相关的生物标志物。 | 首次结合蛋白质组学和转录组学数据，鉴定了四种与衰老相关的关键分子，并探讨了它们与衰老相关通路的关联。 | NA | 寻找能够预防衰老的生物标志物，特别是针对皮肤衰老。 | 年轻和衰老的成纤维细胞，以及衰老组织/细胞中的关键衰老相关分子。 | 数字病理学 | 皮肤老化 | Q-Exactive-MS, qPCR, 单细胞转录组 | NA | 转录组, 蛋白质组 | 包括GSE63577, GSE64553, GSE18876, GSE85358等多个数据集 |
| 531 | 2024-08-08 |
Construction of a prognostic model related to copper dependence in breast cancer by single-cell sequencing analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.949852
PMID:36082002
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析构建了一个与乳腺癌铜依赖相关的预后模型 | 首次通过单细胞分析获得铜依赖相关基因，并构建了预后模型 | 需要进一步的研究来验证模型的长期效力和在不同人群中的适用性 | 探索铜依赖相关基因在女性乳腺癌中的临床意义 | 女性乳腺癌患者及其铜依赖相关基因 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | COX和Lasso回归模型 | 基因表达数据 | 训练集和测试集各一半，外部验证集包括GSE20685和GSE20711数据集 |
| 532 | 2024-08-08 |
Enriching and Characterizing T Cell Repertoires from 3' Barcoded Single-Cell Whole Transcriptome Amplification Products
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_7
PMID:36087201
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研究论文 | 本文介绍了一种从已使用3'条形码单细胞全转录组扩增产物中富集和表征T细胞受体（TCR）转录本的方法 | 该方法能够在不改变原有3'条形码单细胞RNA测序流程的情况下，实现单细胞分辨率的TCR序列捕获 | NA | 旨在简化并扩展单细胞TCR测序数据获取的方法，同时保持单细胞分辨率 | T细胞受体（TCR）转录本 | NA | 癌症 | 3'条形码单细胞RNA测序 | NA | 转录本 | NA |
| 533 | 2024-08-08 |
A Bioinformatic Framework for Dissecting the Dynamics of T Cells from Single-Cell Transcriptome
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_14
PMID:36087208
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STARTRAC的生物信息学框架，该框架整合单细胞转录组和TCR序列作为谱系特异性标记，用于定量评估T细胞的动态特性 | 提出了一种新的生物信息学框架STARTRAC，该框架能够整合单细胞转录组和TCR序列，以定量评估T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变 | 目前的方法在揭示具有相同克隆型的T细胞表型差异方面存在局限性 | 定量追踪人类免疫学中T细胞的动态 | T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 534 | 2024-08-08 |
ATAXIC: An Algorithm to Quantify Transcriptomic Perturbation Heterogeneity in Single Cancer Cells
2022, Journal of oncology
DOI:10.1155/2022/4106736
PMID:36090907
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研究论文 | 本文提出了一种名为ATAXIC的算法，用于量化单个癌细胞中转录组扰动的异质性 | ATAXIC算法通过计算单个细胞中绝对z分数基因表达值的标准偏差，量化了转录组扰动的异质性水平 | NA | 研究单个癌细胞中转录组扰动的异质性，并探讨其在肿瘤生物学中的应用 | 单个癌细胞中的转录组扰动异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了八种癌症类型的单细胞RNA测序数据集 |
| 535 | 2024-08-08 |
Transcriptome profiles of latently- and reactivated HIV-1 infected primary CD4+ T cells: A pooled data-analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.915805
PMID:36090997
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研究论文 | 本研究通过综合分析5个HIV-1潜伏期和2个再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，探讨了HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的基因表达差异 | 首次综合分析了多个HIV-1潜伏期和再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，识别了在潜伏期和再激活期感染细胞中差异表达的基因 | 研究仅限于转录组数据分析，未涉及其他类型的生物标志物或治疗方法 | 通过比较HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的转录组特征，寻找差异表达的基因，以更好地理解和表征HIV-1的潜伏和再激活 | HIV-1潜伏期和再激活期感染的原代CD4+ T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 5个HIV-1潜伏期原代CD4+ T细胞模型和2个再激活期研究 |
| 536 | 2024-08-08 |
An immunotherapy response prediction model derived from proliferative CD4+ T cells and antigen-presenting monocytes in ccRCC
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.972227
PMID:36091022
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研究论文 | 本研究通过重新分析两个接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探索了具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征 | 本研究识别了具有良好预测能力的增殖性CD4 T细胞和调节性T细胞亚型以及抗原呈递单核细胞亚型，并开发了一个预测模型，该模型在CheckMate队列中达到了93%的AUC | NA | 探索透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的免疫细胞亚型和特征 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 172个样本 |
| 537 | 2024-08-08 |
Identification and Characterization of Genes Related to the Prognosis of Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell Sequencing
2022, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2022.1610199
PMID:36091935
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和大数据分析，筛选与肝细胞癌（HCC）预后相关的基因，并构建了一个预测HCC预后的模型 | 通过单细胞RNA测序和大数据分析，首次构建了一个包含七个关键基因的HCC预后模型，为HCC的临床靶点和生物标志物研究提供了新视角 | NA | 研究HCC的预后相关基因，并构建一个有效的预后预测模型 | 肝细胞癌（HCC）的细胞和基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 71,915个细胞，包括34,414个肿瘤细胞，以及371个HCC样本 |
| 538 | 2024-08-08 |
Network analysis of hepatocellular carcinoma liquid biopsies augmented by single-cell sequencing data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.921195
PMID:36092896
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研究论文 | 本研究通过构建基因网络，分析了肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络，并与健康对照组进行比较，同时结合单细胞RNA测序数据，探讨了基因共表达网络分析在肝细胞癌研究中的应用。 | 本研究首次将单细胞RNA测序数据与细胞外RNA网络分析相结合，以细胞类型特异性转录组为背景，深入探讨了肝细胞癌的基因关联网络。 | NA | 旨在通过基因共表达网络分析，揭示肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络特征。 | 肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 539 | 2024-08-08 |
Repression of enhancer RNA PHLDA1 promotes tumorigenesis and progression of Ewing sarcoma via decreasing infiltrating T-lymphocytes: A bioinformatic analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.952162
PMID:36092920
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了增强子RNA PHLDA1在Ewing肉瘤中的作用，发现其通过减少浸润性T淋巴细胞促进肿瘤发生和发展 | 首次揭示了PHLDA1作为关键调节因子在Ewing肉瘤发生和发展中的作用，并通过Connectivity Map分析筛选出可能靶向Ewing肉瘤的候选化合物 | 研究主要基于数据库分析和生物信息学方法，需要进一步的实验验证 | 探索Ewing肉瘤的分子机制，寻找新的靶向治疗途径 | Ewing肉瘤样本和正常骨样本中的差异表达基因和增强子RNA | 数字病理学 | Ewing肉瘤 | CIBERSORT, GSVA, ssGSEA | NA | RNA序列 | 85个Ewing肉瘤样本和3个正常骨样本 |
| 540 | 2024-08-08 |
B7H3-dependent myeloid-derived suppressor cell recruitment and activation in pulmonary fibrosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.901349
PMID:36045668
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研究论文 | 本研究探讨了特发性肺纤维化（IPF）中髓源性抑制细胞（MDSCs）的作用及其通过B7H3的潜在介导机制 | 首次揭示了B7H3依赖的MDSC招募和激活在肺纤维化中的作用，以及MDSCs在肺纤维化进展中的旁分泌作用 | NA | 研究MDSCs在特发性肺纤维化中的作用及其通过B7H3的潜在介导机制 | 特发性肺纤维化患者的循环MDSCs和B7H3表达 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 血液样本 | 特发性肺纤维化患者的血液样本 |