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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq uncovered hemocyte functional subtypes and their differentiational characteristics and connectivity with morphological subpopulations in Litopenaeus vannamei
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.980021
PMID:36177045
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,结合RNA-FISH和流式细胞分选技术,揭示了南美白对虾血细胞的功能亚型及其分化特征和与形态亚群的联系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细定义了南美白对虾血细胞的功能亚型,并揭示了其潜在的分化轨迹和与形态亚群的对应关系 | NA | 旨在揭示南美白对虾血细胞的多样性,并为血细胞分类提供新的理论依据 | 南美白对虾的血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 502 | 2024-08-08 |
Astrocyte development in the cerebral cortex: Complexity of their origin, genesis, and maturation
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.916055
PMID:36177355
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研究论文 | 本文综述了大脑皮层中星形胶质细胞的起源、生成和成熟过程,以及这些过程中的关键调控因素 | 利用大量和单细胞转录组学技术,逐步解开星形胶质细胞多样性的秘密,并更好地理解其复杂性 | 尽管取得了进展,但星形胶质细胞多样性的起源仍未完全解决,且缺乏针对每个星形胶质细胞亚型的特定标记 | 深入理解大脑皮层中星形胶质细胞的多样性及其发展机制 | 星形胶质细胞的起源、生成和成熟过程及其在大脑皮层中的多样性 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 503 | 2024-08-08 |
Preparation of Single Pineal Cells
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2593-4_13
PMID:36180682
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研究论文 | 本文描述了一种从松果体中分离单个细胞的简单程序 | 介绍了单细胞RNA测序技术在松果体细胞生理学研究中的应用 | NA | 理解松果体中分化、代谢和细胞间通讯等复杂过程 | 松果体中的单个细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 少量松果体组织 | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling of the human endometrium of patients with recurrent implantation failure
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.74053
PMID:36185612
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,对反复植入失败(RIF)患者和健康对照组的人类子宫内膜细胞在植入窗口期(WOI)的转录组进行了详细分析 | 首次提供了健康和RIF子宫内膜在WOI时期的详细分子和细胞图谱,并发现了RIF患者子宫内膜细胞中与接受性相关的基因表达显著差异 | 样本量较小,可能影响研究结果的普遍性和可靠性 | 深入了解RIF患者子宫内膜微环境紊乱,以改善不明原因RIF的病因诊断和治疗 | 反复植入失败患者和健康对照组的子宫内膜细胞 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | RIF患者6例,健康对照组3例 | NA | NA | NA | NA |
| 505 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analyses of Heterotopic Ossification: Characteristics of Injury-Related Senescent Fibroblasts
2022, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S369376
PMID:36185637
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析异位骨化样本中与损伤相关的衰老成纤维细胞的特征 | 首次研究损伤相关细胞衰老在异位骨化中的作用,并发现损伤相关衰老与年龄相关衰老在SASP表型上存在显著差异 | 研究仅限于特定时间点的样本分析,未涵盖更广泛的时间范围和样本类型 | 探讨损伤相关细胞衰老在异位骨化中的作用及其分子机制 | 异位骨化样本中的衰老成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 特定时间点的异位骨化样本 | NA | NA | NA | NA |
| 506 | 2024-08-08 |
Identification of differentially expressed genes at the single-cell level and prognosis prediction through bulk RNA sequencing data in breast cancer
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.979829
PMID:36186437
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研究论文 | 本研究通过单细胞水平分析和批量RNA测序数据,识别乳腺癌中正常细胞与肿瘤细胞之间的差异表达基因,并构建预后标志物 | 利用单细胞技术识别细胞类型特异性差异表达基因,并结合批量RNA测序数据构建预后标志物,有效区分患者风险组 | NA | 探讨单细胞水平上正常细胞与肿瘤细胞的差异表达基因,并探索这些基因在乳腺癌中的临床应用 | 乳腺癌中的正常细胞与肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23,909个正常乳腺细胞和33,138个乳腺癌肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 507 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals potential novel combination of biomarkers for antibody-based cancer therapeutics in hepatocellular carcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.928256
PMID:36186483
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人肝细胞癌(HCC)的肿瘤异质性,并鉴定出一种新的三基因标志物组合,可能作为基于抗体的癌症治疗的新型生物标志物。 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肝细胞癌中潜在的新型生物标志物组合,为基于抗体的癌症治疗提供了新的靶点。 | 研究主要集中在肝细胞癌的肿瘤细胞表面抗原的鉴定,未涉及其他类型的癌症或更广泛的治疗应用。 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌中的肿瘤异质性,并寻找新的生物标志物以促进基于抗体的癌症治疗。 | 研究对象包括肝细胞癌的肿瘤组织、癌旁组织和远端正常肝组织中的单细胞。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及28个细胞集群,并在多个独立患者队列中进行了验证。 | NA | NA | NA | NA |
| 508 | 2024-08-08 |
Identification of key monocytes/macrophages related gene set of the early-stage abdominal aortic aneurysm by integrated bioinformatics analysis and experimental validation
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.950961
PMID:36186997
|
研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和实验验证,识别了早期腹主动脉瘤中与单核细胞/巨噬细胞相关的关键基因集。 | 本研究首次通过scRNA-seq数据和WGCNA分析,识别了与早期腹主动脉瘤相关的单核细胞/巨噬细胞基因模块,并构建了基于这些基因集的逻辑回归诊断模型。 | 本研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证,未来需要更多的临床样本和实验来进一步验证这些发现。 | 探讨早期腹主动脉瘤中免疫细胞浸润的分子机制,并寻找有效的腹主动脉瘤标志物。 | 早期腹主动脉瘤中的单核细胞/巨噬细胞及其相关基因集。 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | scRNA-seq, WGCNA, Limma-Voom, RT-qPCR, ELISA | 逻辑回归模型 | mRNA表达数据, scRNA-seq数据 | 多个早期腹主动脉瘤模型数据集,以及人类腹主动脉瘤和健康捐赠者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2024-08-08 |
Identification of Monocyte-Associated Genes Related to the Instability of Atherosclerosis Plaque
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/3972272
PMID:36187340
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序和单细胞测序数据分析,识别与动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因 | 本研究首次识别了239个与单核细胞相关的基因,并通过WGCNA分析确定了与不稳定斑块高度相关的模块基因 | NA | 识别与动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因,并探讨其潜在的生物学机制 | 动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 全基因组测序,单细胞测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 来自GSE159677, GSE41571, GSE120521, 和 GSE118481的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2024-08-08 |
Association of glioma CD44 expression with glial dynamics in the tumour microenvironment and patient prognosis
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.09.003
PMID:36187921
|
研究论文 | 本文研究了胶质瘤CD44表达与肿瘤微环境中胶质细胞动态变化及患者预后的关联 | 首次揭示了星形胶质细胞通过上调CD44表达增强胶质瘤细胞活性和迁移能力,并通过骨桥蛋白-CD44信号促进M1巨噬细胞的招募,从而可能促进胶质瘤干细胞特性 | NA | 探索胶质瘤微环境中免疫和基质成分的动态调节及其与患者预后的关系 | 胶质瘤细胞、星形胶质细胞、M1巨噬细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 脑瘤 | RT-qPCR、细胞活力和伤口愈合实验、CIBERSORT分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 使用The Cancer Genome Atlas数据库和中国胶质瘤基因组图谱数据库的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 511 | 2024-08-08 |
A combined analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals that depleted extracellular matrix and enhanced immune processes co-contribute to fluorouracil beneficial responses in gastric cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.999551
PMID:36189263
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研究论文 | 本研究通过结合TCGA数据库的批量测序数据和GEO数据库的单细胞RNA测序数据,探讨了肿瘤微环境特征与胃癌患者氟尿嘧啶反应之间的关系 | 首次揭示了胃癌肿瘤微环境与氟尿嘧啶耐药性的关系,并提供了潜在的治疗靶点和预测原理 | NA | 探讨肿瘤微环境特征与胃癌患者氟尿嘧啶反应之间的关系 | 胃癌患者的肿瘤微环境特征及氟尿嘧啶反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 涉及TCGA数据库和GEO数据库的数据,具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-08-08 |
T cell receptor repertoire analysis in HTLV-1-associated diseases
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.984274
PMID:36189294
|
综述 | 本文综述了在HTLV-1相关疾病中T细胞受体(TCR)谱的研究现状,并讨论了TCR克隆扩展对HTLV-1相关疾病进程和治疗的影响 | 利用单细胞RNA测序等突破性技术提高了T细胞克隆的特异性,并加深了对病毒感染、癌症及关联治疗中TCR特征的理解 | 从无症状携带者到疾病状态的转变因素仍不完全清楚 | 识别和追踪可用于监测从初次感染到免疫功能障碍和疾病进展的HTLV-1特异性T细胞生物标志物 | HTLV-1相关疾病中的T细胞受体(TCR)谱 | NA | 白血病/淋巴瘤、神经炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 涉及HTLV-1感染的CD4 T细胞和HTLV-1特异性CD8 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 513 | 2024-08-08 |
Inhibition of APOE potentiates immune checkpoint therapy for cancer
2022, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.70117
PMID:36147474
|
研究论文 | 本研究探讨了抑制APOE对免疫检查点疗法在癌症治疗中的增强作用 | 首次报道了APOE抑制剂COG 133TFA与αPD-1联合使用可以抑制肿瘤生长并促进肿瘤消退 | NA | 研究APOE在肿瘤免疫治疗中的作用及其潜在的靶向治疗策略 | APOE在肿瘤浸润巨噬细胞中的表达及其对免疫检查点疗法的影响 | 肿瘤学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括Apoe小鼠和野生型小鼠,以及对αPD-1治疗有反应和无反应的癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 514 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis to explore immune cell heterogeneity and novel biomarkers for the prognosis of lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.975542
PMID:36147484
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析肺腺癌(LUAD)的细胞异质性,并探索新的预后生物标志物 | 首次对GSE149655单细胞数据进行降维处理,并通过统计分析发现肿瘤组织中高度富集的亚群,构建了10基因预后风险模型,并通过qPCR和免疫组化验证了新分子标记HLA-DRB5和CCDC50 | NA | 探索肺腺癌的免疫细胞异质性和新的预后生物标志物 | 肺腺癌(LUAD)的细胞亚群及其在肿瘤发生发展中的作用 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | GSE149655单细胞数据集中的23个亚群和11个细胞子群,以及TCGA-LUAD数据集中的462个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 515 | 2024-08-08 |
Computational solutions for spatial transcriptomics
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.043
PMID:36147664
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综述 | 本文综述了空间转录组学平台及其计算解决方案的优势与局限,并探讨了如何利用这些平台和方法进行空间转录组学研究 | 介绍了基于深度学习的联合分析表达、空间和图像数据的新解决方案,以提取空间解析转录组中的生物信息 | 当前平台在空间分辨率、转录组异质性捕获和大规模研究吞吐量方面仍存在不足 | 旨在帮助选择适合的空间转录组学研究平台和计算解决方案 | 空间转录组学平台及其计算方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学平台 | 深度学习 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 516 | 2024-08-08 |
Mathematical model for the relationship between single-cell and bulk gene expression to clarify the interpretation of bulk gene expression data
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.062
PMID:36147671
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研究论文 | 本文开发了一个数学模型,用于阐明单细胞和批量基因表达之间的关系,并解释批量基因表达数据的均值和方差 | 提出了一个数学模型,将批量基因表达值与单细胞基因表达轮廓的均值成比例,并通过理论、模拟和真实单细胞RNA-seq数据分析验证了其有效性 | NA | 阐明批量基因表达数据的均值和方差的解释 | 单细胞和批量基因表达之间的关系 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA-seq | 数学模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 517 | 2024-08-08 |
scWizard: A web-based automated tool for classifying and annotating single cells and downstream analysis of single-cell RNA-seq data in cancers
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.028
PMID:36147672
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研究论文 | 开发了一个名为scWizard的网络自动化工具,用于分类和注释单细胞以及下游分析单细胞RNA测序数据在癌症中的应用 | scWizard集成了基于深度神经网络学习的细胞注释方法和11种下游分析方法,提供了预训练集供用户灵活选择,并在注释肿瘤衍生淋巴细胞/自然杀伤细胞和骨髓细胞亚型方面具有更高的准确性 | NA | 开发一个集成多种分析方法的自动化工具,用于单细胞RNA测序数据的分类、注释和下游分析 | 单细胞RNA测序数据在肿瘤微环境中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 单细胞数据 | 使用113,976个细胞跨越13种癌症类型作为内置参考数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 518 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling reveals several LncRNAs differentially expressed in idiopathic germ cell aplasia
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.952518
PMID:36147743
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,分析了特发性生殖细胞发育不全患者睾丸中的长链非编码RNA(LncRNA)表达差异 | 首次在单细胞水平上揭示了特发性生殖细胞发育不全患者中差异表达的LncRNA,并发现这些LncRNA与转录因子TAF9B及环境污染物双酚A的激活有关 | NA | 深入理解特发性生殖细胞发育不全的分子机制及其临床进程 | 特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织 | 数字病理学 | 男性不育症 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 519 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Different Immune Signatures in HPV- and HPV + Driven Human Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/2079389
PMID:36157879
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性驱动的人类头颈鳞状细胞癌中不同的免疫特征 | 本研究首次通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌微环境中的细胞组成和信号通路差异 | 研究样本量较小,且仅基于公开数据库的数据进行分析,可能影响结果的普遍性 | 评估病毒(特别是人乳头瘤病毒[HPV])和致癌物驱动的头颈鳞状细胞癌(HNSCC)微环境 | HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 131224个细胞,来自18名HPV阴性HNSCC患者和8名HPV阳性HNSCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2024-08-08 |
Identification of macrophage correlated biomarkers to predict the prognosis in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.967982
PMID:36158683
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,识别与肝内胆管癌(ICC)预后相关的巨噬细胞相关生物标志物,并探讨其对免疫治疗反应的预测作用 | 首次在单细胞水平上研究ICC患者中的巨噬细胞,并发现MMP19和SIRPα可预测ICC的预后和免疫检查点阻断(ICB)反应 | 研究仅限于特定的生物标志物和特定的免疫治疗反应,未来研究需扩大样本量和探索更多潜在的生物标志物 | 探讨巨噬细胞在肝内胆管癌发展及治疗反应中的作用,并寻找相关的预后生物标志物 | 肝内胆管癌患者的巨噬细胞及相关生物标志物 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序(ScRNA-seq) | NA | 转录组数据 | ICC和邻近组织的巨噬细胞被分为12个集群 | NA | NA | NA | NA |