单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-08-08	CEP192 is a novel prognostic marker and correlates with the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.950884 PMID:36238304	研究论文	本研究通过生物信息学和实验方法评估CEP192蛋白在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	发现CEP192与免疫微环境密切相关，可能作为免疫检查点抑制剂反应的预测因子	NA	探索CEP192作为肝细胞癌的新治疗靶点和预后标志物	CEP192蛋白在肝细胞癌中的作用及其与免疫微环境的关系	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
442	2024-08-08	The impact of single-cell genomics on the field of mycobacterial infection 2022, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2022.989464 PMID:36246265	综述	本文综述了单细胞基因组学在分枝杆菌感染研究领域的应用及其最新进展	单细胞RNA测序（scRNA-seq）及其变体提供了大量个体细胞的无偏转录组测序，超越了传统的“批量”方法，深化了对细胞异质性和动态转录状态的理解	尽管单细胞基因组学在生命科学和生物医学研究中应用广泛，但在分枝杆菌感染领域的进展相对有限	旨在总结单细胞基因组学在分枝杆菌感染研究中的重要发现，强调不同和最新的单细胞方法，并探讨当前的研究空白和未来的发展潜力	研究对象为感染分枝杆菌的宿主细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	大量个体细胞
443	2024-08-08	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals the Active Involvement of Macrophage Polarizations in Pulmonary Hypertension 2022, Disease markers DOI:10.1155/2022/5398157 PMID:36246557	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肺动脉高压中巨噬细胞极化的状态及其在疾病发展中的作用	首次揭示了在肺动脉高压早期阶段，巨噬细胞向M2型极化的现象，并验证了其在患者中的存在	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要更多临床数据支持	探究肺动脉高压中巨噬细胞极化的状态及其在疾病发展中的作用	肺动脉高压中的巨噬细胞极化	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型及肺动脉高压患者的肺组织样本
444	2024-08-08	A novel risk score model based on fourteen chromatin regulators-based genes for predicting overall survival of patients with lower-grade gliomas 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.957059 PMID:36246611	研究论文	本文构建并验证了一个基于14个染色质调控因子的风险评分模型，用于预测低级别胶质瘤患者的总体生存率	首次构建并验证了一个基于14个染色质调控因子的风险评分模型，用于预测低级别胶质瘤患者的预后	NA	揭示染色质调控因子在低级别胶质瘤患者中的功能和价值	低级别胶质瘤患者	数字病理学	脑瘤	RNA测序	LASSO算法	基因表达数据	870个染色质调控因子
445	2024-08-08	Critical role of guanylate binding protein 5 in tumor immune microenvironment and predictive value of immunotherapy response 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.984615 PMID:36246628	研究论文	本研究探讨了鸟苷酸结合蛋白5（GBP5）在泛癌中的免疫作用及其对免疫治疗反应的预测价值	首次详细分析了GBP5在泛癌中的表达及其与肿瘤微环境（TME）的关系，并构建了基于GBP5表达的预后模型	研究主要基于公开的基因表达数据，可能存在样本选择偏倚；预后模型的外部验证有限	探索GBP5在泛癌中的免疫作用及其对免疫治疗反应的预测价值	GBP5在泛癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	基于The Cancer Genome Atlas的33种癌症的RNA测序数据，以及来自Gene Expression Omnibus数据库的单细胞转录组数据
446	2024-08-08	The soldiers needed to be awakened: Tumor-infiltrating immune cells 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.988703 PMID:36246629	研究论文	本文综述了肿瘤浸润性免疫细胞（TIICs）在肿瘤微环境中的作用及其在不同肿瘤中的免疫治疗策略	介绍了基于TIICs功能开发的各种抗肿瘤策略，如免疫检查点阻断（ICB）、过继细胞疗法（ACT）等，并探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究肿瘤特异性免疫细胞特征中的应用	NA	探讨肿瘤浸润性免疫细胞的功能、预后价值及针对不同肿瘤的免疫治疗策略	肿瘤浸润性免疫细胞（TIICs）及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
447	2024-08-08	Comprehensive analysis of immune ferroptosis gene in renal clear cell carcinoma: prognosis and influence of tumor microenvironment 2022, American journal of translational research IF:1.7Q4 PMID:36247256	研究论文	本研究深入探讨了免疫系统与铁死亡在肾透明细胞癌中的作用，识别了预测性生物标志物和治疗靶点。	构建了一个新的与免疫铁死亡相关基因的预测模型，该模型在免疫浸润、微环境和免疫逃逸中起重要作用。	NA	识别肾透明细胞癌的预后生物标志物和治疗靶点。	肾透明细胞癌患者的预后和肿瘤微环境影响。	数字病理学	肾癌	lasso-Cox风险评分模型	lasso-Cox	基因表达数据	103个免疫铁死亡相关差异表达基因
448	2024-08-08	Pan-cancer analysis of AIM2 inflammasomes with potential implications for immunotherapy in human cancer: A bulk omics research and single cell sequencing validation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.998266 PMID:36248785	研究论文	本研究通过大规模组学研究和单细胞测序验证，分析了AIM2炎症小体在泛癌中的作用，并探讨了其对人类癌症免疫治疗的潜在影响。	首次在泛癌背景下全面分析AIM2炎症小体，并通过单细胞转录组测序技术验证其在肿瘤微环境中的激活状态。	研究主要依赖于公共数据库和单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚和数据解释的局限性。	探讨AIM2炎症小体在泛癌中的表达模式、预后意义及其与免疫治疗的相关性。	AIM2炎症小体及其相关基因在不同癌症中的表达和功能。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA)和The Genotype-Tissue Expression (GTEx)数据库中的数据，具体样本数量未详细说明。
449	2024-08-08	Single cell meta-analysis of EndMT and EMT state in COVID-19 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.976512 PMID:36248845	meta-分析	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了健康个体、COVID-19患者和特发性肺纤维化患者的肺细胞转录组，以探究COVID-19中的间质过渡状态	首次通过分析公共数据库的单细胞测序数据，识别了早期和晚期的内皮间质过渡（EndMT）和上皮-间质过渡（EMT）	NA	探究COVID-19患者肺部间质过渡状态及其与纤维化的关系	健康个体、COVID-19患者和特发性肺纤维化患者的肺细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康个体45例，COVID-19患者58例，特发性肺纤维化患者64例
450	2024-08-08	Transcriptional states of CAR-T infusion relate to neurotoxicity - lessons from high-resolution single-cell SOM expression portraying 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.994885 PMID:36248848	研究论文	本文通过重新分析24名患者的单细胞RNA测序数据，探讨了CAR-T细胞免疫疗法中细胞状态与神经毒性的关系	开发了一种单细胞数据描绘工作流程，用于解析单细胞分辨率的转录状态空间，并通过直观的可视化、功能挖掘、分子细胞分层和变异性分析展示了单细胞数据描绘的能力	NA	研究CAR-T细胞免疫疗法中的细胞状态与神经毒性的关系	24名患者的单细胞RNA测序数据	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	24名患者，超过130,000个细胞
451	2024-08-08	Single-cell sequencing reveals effects of chemotherapy on the immune landscape and TCR/BCR clonal expansion in a relapsed ovarian cancer patient 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.985187 PMID:36248860	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，揭示了化疗对复发性卵巢癌患者免疫景观及TCR/BCR克隆扩增的影响	首次在单细胞分辨率下，全面描述了化疗耐药患者在不同治疗阶段肿瘤、腹水和外周血中的多维细胞和免疫学图谱	研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛应用	探讨化疗对复发性卵巢癌患者免疫环境的具体影响，并提出改善化疗引起的免疫损伤的策略	复发性化疗耐药的卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	单一患者
452	2024-08-08	Evaluating the role of IDO1 macrophages in immunotherapy using scRNA-seq and bulk-seq in colorectal cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1006501 PMID:36248886	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序（bulk-seq）分析结直肠癌（CRC）患者，以评估IDO1巨噬细胞在免疫治疗中的作用	首次详细分类了结直肠癌中的巨噬细胞亚群，并揭示了IDO1巨噬细胞在不同亚群中的浸润程度差异	NA	研究IDO1巨噬细胞在结直肠癌免疫治疗中的作用	结直肠癌患者及其巨噬细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序（bulk-seq）	NA	RNA序列数据	多个结直肠癌患者样本
453	2024-08-08	Metabolic-related gene pairs signature analysis identifies ABCA1 expression levels on tumor-associated macrophages as a prognostic biomarker in primary IDHWT glioblastoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.869061 PMID:36248907	研究论文	本研究通过分析代谢相关基因对签名，确定了肿瘤相关巨噬细胞中ABCA1表达水平作为原发性IDHWT胶质母细胞瘤的预后生物标志物。	开发了一种基于代谢相关基因对的预后签名，用于原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的个性化管理。	NA	开发一种针对IDHWT胶质母细胞瘤患者的稳健预后签名。	原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和临床数据。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了377个样本，包括204个训练集样本和173个验证集样本。
454	2024-08-08	Expression Analysis of Ligand-Receptor Pairs Identifies Cell-to-Cell Crosstalk between Macrophages and Tumor Cells in Lung Adenocarcinoma 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/9589895 PMID:36249427	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了肺腺癌中的配体-受体对表达，揭示了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间对话。	首次在肺腺癌中详细分析了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的自分泌和旁分泌网络，并构建了基于细胞间相互作用的机器学习预测模型。	研究依赖于已发表文献和公开数据库中的样本，可能存在数据来源的局限性。	探索肺腺癌中巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间通信，并识别与患者预后相关的关键基因对。	肺腺癌患者的单细胞和批量RNA测序样本，以及巨噬细胞和肿瘤细胞的细胞亚型。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	159,219个单细胞（包括18,248个肿瘤细胞和29,520个巨噬细胞）
455	2024-08-08	Identification of cellular heterogeneity and immunogenicity of chondrocytes via single-cell RNA sequencing technique in human osteoarthritis 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1004766 PMID:36249797	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人骨关节炎中软骨细胞的异质性和免疫原性	首次定义了八种具有不同生物学功能的软骨细胞亚型，并发现效应软骨细胞和纤维软骨细胞可能促进骨关节炎的发展	NA	探索软骨细胞的生物学功能和标志物，以促进骨关节炎的准确诊断和靶向治疗	人骨关节炎中的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
456	2024-08-08	[New insights into the bone marrow niche in multiple myeloma revealed by single-cell profiling technologies] 2022, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology DOI:10.11406/rinketsu.63.1188 PMID:36198544	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序和高参数流式细胞术等新技术揭示的多发性骨髓瘤骨髓微环境中的细胞组成及其相互作用	利用单细胞RNA测序和高参数流式细胞术等新技术深入研究了多发性骨髓瘤骨髓微环境中的细胞组成及其相互作用	NA	探讨多发性骨髓瘤骨髓微环境中的细胞组成及其相互作用	多发性骨髓瘤骨髓微环境中的非造血细胞和成熟造血细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
457	2024-08-08	Identification of Diagnostic Genes and Effective Drugs Associated with Osteoporosis Treatment by Single-Cell RNA-Seq Analysis and Network Pharmacology 2022, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/2022/6830635 PMID:36199280	研究论文	通过单细胞RNA测序分析和网络药理学方法，识别与骨质疏松治疗相关的诊断基因和有效药物	首次通过单细胞RNA测序和网络药理学方法，识别出与骨质疏松特定细胞亚群相关的关键基因和潜在药物	研究仅基于特定数据集和计算方法，实际临床应用的有效性和安全性需进一步验证	探索骨质疏松的诊断和治疗方法	骨质疏松相关的诊断基因和有效药物	数字病理学	骨质疏松	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15,577个细胞，识别出12个细胞亚群
458	2024-08-08	Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Revealed That the Pyroptosis of Glioma-Associated Macrophages Participates in Tumor Progression and Immunosuppression 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/1803544 PMID:36199426	研究论文	本研究通过批量和单细胞转录组分析揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的细胞焦亡参与肿瘤进展和免疫抑制	首次阐明了胶质瘤中细胞焦亡与临床预后及免疫细胞浸润的关系，并发现了潜在的治疗靶点，如细胞焦亡抑制剂	NA	探索胶质瘤中细胞焦亡的作用及其对预后和免疫环境的影响	胶质瘤相关巨噬细胞的细胞焦亡及其在肿瘤进展和免疫抑制中的作用	数字病理学	脑瘤	RNA测序	NA	转录组数据	多个数据集，包括TCGA和CGGA队列，以及三个独立的单细胞RNA测序数据集
459	2024-08-08	Stability of scRNA-Seq Analysis Workflows is Susceptible to Preprocessing and is Mitigated by Regularized or Supervised Approaches 2022, Evolutionary bioinformatics online DOI:10.1177/11769343221123050 PMID:36199555	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析工作流程的稳定性，特别是预处理步骤对其的影响，并探讨了正则化或监督方法如何缓解这一问题。	本文首次全面评估了scRNA-Seq分析工作流程在降维、聚类和轨迹推断中的稳健性，并引入了神经网络方法来评估模型复杂度对偏差/方差权衡的影响。	研究主要集中在公共数据库中的时间序列单细胞转录组数据，可能无法完全代表所有scRNA-Seq数据的情况。	旨在全面审查scRNA-Seq分析工作流程的稳健性，特别是在降维、聚类和轨迹推断方面。	单细胞RNA测序数据分析工作流程的稳定性及其对预处理步骤的敏感性。	数字病理学	NA	scRNA-Seq	神经网络	时间序列单细胞转录组数据	超过6000次分析
460	2024-08-08	Regulatory pattern of abnormal promoter CpG island methylation in the glioblastoma multiforme classification 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.989985 PMID:36199581	研究论文	本研究探讨了启动子CpG岛甲基化异常在胶质母细胞瘤分类中的调控模式	首次构建了基于启动子CpG岛甲基化驱动基因的胶质母细胞瘤样本集群的多组学尺度图，并开发了胶质母细胞瘤的诊断图和预测模型	NA	研究启动子CpG岛甲基化异常在胶质母细胞瘤分类中的作用	胶质母细胞瘤的分类和诊断	数字病理学	脑肿瘤	CpG岛甲基化测序	NA	甲基化谱、表达谱和单细胞测序数据	多个高注释公共临床队列的数据