单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-08	Cellular milieu in clear cell renal cell carcinoma 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.943583 PMID:36313721	综述	本文综述了最近关于透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的单细胞转录组学研究，旨在阐明PTEC在ccRCC发展中的转变以及可能限制靶向免疫治疗反应的免疫细胞类型、状态和相互作用	提出基质细胞可能是ccRCC复发和局部侵袭的关键驱动因素	对于ccRCC恶性转变和免疫检查点治疗抵抗的机制仍不完全清楚	阐明ccRCC微环境中的细胞环境，从而定义ccRCC的临床、治疗和预后特征	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其发展过程中的细胞转变和免疫治疗反应	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
422	2024-08-08	Transcriptional Profiling of Pseudomonas aeruginosa Infections 2022, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-08491-1_11 PMID:36258077	综述	本文综述了近年来在转录组学层面上的进展，阐释了这些进展如何为理解铜绿假单胞菌感染的建立和维持提供新的见解	应用先进的RNA-seq技术，如体外RNA-seq、宿主-病原体对话（双RNA-seq）或记录细菌群体内的转录异质性（单细胞RNA-seq），以及如何利用来自多种临床分离株的大量转录组数据来扩展对感染过程中细菌适应性的理解	NA	探讨铜绿假单胞菌如何通过不同的长期和短期适应机制增加其适应性，并在个体细胞水平上通过适应基因表达来促进其在感染宿主位点的生存	铜绿假单胞菌的转录组特征及其在感染过程中的适应性	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	多种临床分离株
423	2024-08-08	Heterogeneity of T cells and macrophages in chlorine-induced acute lung injury in mice using single-cell RNA sequencing 2022, Inhalation toxicology IF:2.0Q4 DOI:10.1080/08958378.2022.2134526 PMID:36260290	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了氯气诱导的小鼠急性肺损伤中T细胞和巨噬细胞的分子机制	发现了T细胞和巨噬细胞中几种新的高表达抗炎和促炎基因，并通过体外实验进一步验证	NA	探索氯气诱导的小鼠急性肺损伤中免疫细胞的作用机制	T细胞和巨噬细胞	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	5316至7742个细胞
424	2024-08-08	Unveiling the Noncanonical Autophagy-Independent Role of ATG7 and ATG9B in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC) 2022, Journal of oncology DOI:10.1155/2022/9253938 PMID:36262348	研究论文	本研究通过TCGA和单细胞测序数据分析了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中自噬相关基因的非经典自噬独立作用	揭示了ATG7和ATG9B在HNSCC中的非经典自噬独立功能，这些基因通过调节癌症细胞的上皮间质转化（EMT）和免疫抑制环境发挥作用	NA	探讨自噬相关基因在头颈鳞状细胞癌中的非经典自噬独立作用	ATG7和ATG9B在头颈鳞状细胞癌中的作用	NA	头颈鳞状细胞癌	单细胞测序	NA	基因数据	使用了TCGA和GSE103322的测序数据
425	2024-08-08	Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta-analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.825014 PMID:36263012	meta-analysis	本文通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，深入研究了癌症相关成纤维细胞的转录特征	本研究通过整合大量单细胞RNA测序数据，识别了9种不同癌症类型的癌症相关成纤维细胞特异性基因表达特征，并发现了10种蛋白质标记物	研究主要依赖于现有数据库中的IHC图像分析，可能存在样本选择偏倚	旨在更好地识别癌症相关成纤维细胞的可靠标记物	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	single-cell RNA-sequencing data	涉及多种肿瘤类型及其对应正常组织的单细胞RNA测序数据
426	2024-08-08	Distinct responses of newly identified monocyte subsets to advanced gastrointestinal cancer and COVID-19 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.967737 PMID:36263038	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，深入剖析了健康捐赠者循环中单核细胞的异质性，并识别出9种具有特定功能特征的不同单核细胞亚群，探讨了这些新识别的单核细胞亚群在胃肠道癌症和COVID-19中的不同反应。	本研究首次在单细胞水平上详细分析了人类循环中单核细胞的异质性，并识别出多个具有特定功能特征的新单核细胞亚群，为理解单核细胞在疾病发展中的作用提供了新的视角。	研究主要基于公共单细胞转录组数据集，可能存在样本选择偏倚；此外，研究未涉及临床干预性实验，对单核细胞亚群在疾病治疗中的潜在应用价值探讨有限。	揭示人类循环中单核细胞的复杂性和特定亚群在不同病理背景下的作用。	人类循环中的单核细胞及其在胃肠道癌症和COVID-19中的反应。	免疫学	胃肠道癌症, COVID-19	单细胞转录组分析	机器学习	转录组数据	使用了来自胃肠道癌症和COVID-19患者的公共单细胞转录组数据集
427	2024-08-08	Identification of cuproptosis-related subtypes in lung adenocarcinoma and its potential significance 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.934722 PMID:36263125	研究论文	本研究探讨了铜死亡相关基因（CRGs）在肺腺癌（LUAD）中的转录和遗传改变，及其在肿瘤微环境和预测LUAD预后中的潜在意义	首次识别出与铜死亡相关的肺腺癌分子亚型，并开发了铜死亡相关基因评分（CRG_score），用于预测免疫治疗反应和临床价值	NA	研究铜死亡相关基因在肺腺癌中的功能及其在临床病理特征、药物敏感性和预后中的作用	肺腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三个独立队列和临床亚型
428	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing in atherosclerosis: Mechanism and precision medicine 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.977490 PMID:36267275	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化研究中的应用，旨在揭示其发生、发展和治疗机制	利用单细胞RNA测序技术揭示细胞水平的生物机制，解决传统批量RNA测序无法解决的细胞异质性问题	NA	探讨单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化研究中的应用	动脉粥样硬化的发生、发展和治疗机制	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
429	2024-08-08	Atlas of human dental pulp cells at multiple spatial and temporal levels based on single-cell sequencing analysis 2022, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2022.993478 PMID:36267574	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析技术，探讨了人类牙髓细胞在不同空间和时间水平上的细胞异质性	首次揭示了牙髓细胞在不同发育阶段的细胞异质性，特别是牙髓干细胞的异质性	研究仅限于四个不同发育阶段的牙髓样本，可能无法涵盖所有可能的细胞类型和状态	阐明牙髓再生机制及牙髓干细胞在发育和再生中的作用	人类牙髓细胞及其在不同空间和时间水平上的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个不同发育阶段的牙髓样本
430	2024-08-08	Comprehensive single cell analysis of pandemic influenza A virus infection in the human airways uncovers cell-type specific host transcriptional signatures relevant for disease progression and pathogenesis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.978824 PMID:36268025	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类呼吸道上皮细胞对流感A病毒感染的细胞类型特异性宿主转录反应	首次全面分析了人类呼吸道上皮细胞在流感病毒感染中的细胞类型特异性宿主抗病毒反应	NA	探究不同细胞类型在流感A病毒感染中的宿主转录反应及其对疾病进展和发病机制的影响	人类呼吸道上皮细胞在流感A病毒感染中的反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过19,000个单细胞
431	2024-08-08	Revealing key regulators of neutrophil function during inflammation by re-analysing single-cell RNA-seq 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0276460 PMID:36269754	研究论文	本研究通过重新分析已发表的小鼠和人类中性粒细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了在稳态和炎症条件下调控中性粒细胞分化和炎症反应的转录调控网络	发现了在COVID19患者中，中性粒细胞的激活与炎症特异性转录因子模块的选择性激活相关，特别是IRF7的表达在中性粒细胞中显著增加，并与炎症反应的强度正相关	NA	揭示炎症过程中中性粒细胞功能的关键调控因子	小鼠和人类中性粒细胞	数字病理学	COVID19	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	涉及小鼠和人类中性粒细胞的多个样本
432	2024-08-08	A novel testis-enriched gene, Samd4a, regulates spermatogenesis as a spermatid-specific factor 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.978343 PMID:36274854	研究论文	本研究通过转录组分析鉴定了一种新的睾丸特异性基因Samd4a，并探讨了其在精子发生中的作用	首次鉴定并研究了Samd4a基因在精子发生中的特异性表达及其对精子发生的影响	NA	探讨Samd4a基因在精子发生中的作用及其在男性不育中的潜在应用	Samd4a基因及其在精子发生中的功能	NA	男性不育	转录组分析、CRISPR/Cas9系统、Western blot分析、单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	包括正常对照组、阻塞性无精子症患者和非阻塞性无精子症患者的多组样本
433	2024-08-08	Identification of a six-gene prognostic signature for bladder cancer associated macrophage 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.930352 PMID:36275756	研究论文	本研究基于TCGA数据，利用WGCNA、GO富集分析和KEGG信号通路分析，结合LASSO和Cox回归方法，开发了一种与膀胱癌相关的TAM（M2巨噬细胞）相关的六基因预后模型	首次报道了膀胱癌中特定的TAM基因特征，并建立了一个包含六个关键基因的预后模型	NA	开发一种与膀胱癌相关的TAM相关的预后模型	膀胱癌患者的TAM相关基因	数字病理学	膀胱癌	WGCNA, GO富集分析, KEGG信号通路分析, LASSO, Cox回归	NA	基因表达数据	基于TCGA数据和GEO下载的单细胞测序数据
434	2024-08-08	Transcriptome profile and clinical characterization of ICOS expression in gliomas 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.946967 PMID:36276141	研究论文	本研究调查了诱导共刺激分子（ICOS）在胶质瘤中的转录组特征和临床特征	发现ICOS在高分级、IDH野生型和间充质亚型的胶质瘤中显著上调，并与T细胞活性及免疫检查点有强相关性	NA	探讨ICOS在胶质瘤中的表达及其与临床特征和免疫反应的关系	ICOS在胶质瘤中的表达及其对患者生存的影响	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	转录组数据	301个胶质瘤样本（CGGA301队列），697个样本（TCGA胶质瘤数据集），325个胶质瘤样本（CGGA325数据集）
435	2024-08-08	Pan-Cancer Analysis on the Oncogenic Role of Programmed Cell Death 10 2022, Journal of oncology DOI:10.1155/2022/1242658 PMID:36276268	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了程序性细胞死亡因子10（PDCD10）在多种肿瘤中的作用及其可能的机制	首次全面分析PDCD10在多种癌症中的表达及其与预后的关联，并探讨了其通过Hippo信号通路、RNA转运等途径在肿瘤发生中的作用	研究主要基于数据库分析，缺乏实验验证	探索PDCD10在不同肿瘤中的作用及其机制	PDCD10基因及其结合蛋白在多种癌症中的表达与功能	数字病理学	多种癌症	生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据	多种癌症类型的患者数据
436	2024-08-08	Chitinase-3 like-protein-1 promotes glioma progression via the NF-κB signaling pathway and tumor microenvironment reprogramming 2022, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.75069 PMID:36276655	研究论文	本文研究了壳多糖酶-3样蛋白1（CHI3L1）在胶质瘤进展中的作用及其通过NF-κB信号通路和肿瘤微环境重编程的机制。	首次揭示了CHI3L1通过与ACTN4和NFKB1结合，促进NF-κB亚基在胶质瘤细胞中的核转位，以及通过与肿瘤相关巨噬细胞上的CD44相互作用激活AKT通路，促进M2巨噬细胞极化，从而重编程肿瘤微环境。	NA	探讨CHI3L1在胶质瘤进展中的作用及其分子机制。	CHI3L1在胶质瘤中的表达及其对患者生存的影响，以及CHI3L1与NF-κB信号通路和肿瘤微环境的关系。	数字病理学	脑癌	酶联免疫吸附试验，蛋白质印迹，免疫组织化学，单细胞RNA测序，人蛋白质组微阵列，共免疫沉淀	NA	蛋白质，RNA	涉及人胶质瘤细胞系和动物实验
437	2024-08-08	Eicosanoids in the pancreatic tumor microenvironment - a multicellular, multifaceted progression 2022, Gastro hep advances DOI:10.1016/j.gastha.2022.02.007 PMID:36277993	研究论文	本文研究了胰腺肿瘤微环境中与肿瘤发生相关的二十烷类物质及其合成细胞类型	识别了胰腺肿瘤发生过程中关键的二十烷类物质变化及其合成细胞类型，并发现血栓素和前列环素的表达在动物模型和人类疾病中保守，可能成为新的可药物靶点	NA	旨在识别与胰腺肿瘤发生相关的二十烷类物质及其合成细胞类型	胰腺肿瘤微环境中的二十烷类物质及其合成细胞类型	数字病理学	胰腺癌	质谱法，RNA测序	NA	scRNA-seq数据	小鼠模型和患者样本
438	2024-08-08	STtools: A Comprehensive Software Pipeline for Ultra-high Resolution Spatial Transcriptomics Data 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac061 PMID:36284674	研究论文	本文介绍了一种名为STtools的软件管道，用于处理超高清分辨率的空间转录组数据	STtools能够处理由新兴技术生成的亚微米分辨率空间转录组数据，具有计算可扩展性且不降低分辨率	NA	开发一种能够处理不同分辨率空间转录组数据的软件工具	空间转录组数据，包括Seq-Scope、Slide-seq和VISIUM产生的数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
439	2024-08-08	Mechanistic target of rapamycin signaling in human nervous system development and disease 2022, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2022.1005631 PMID:36226315	综述	本文综述了mTOR信号通路在人类神经系统发育和疾病中的关键作用	利用单细胞转录组学和大脑类器官技术揭示了mTOR信号在人类皮质发育中的特定作用	NA	探讨mTOR信号通路在人类神经系统发育和疾病中的作用	mTOR信号通路及其在神经系统发育和疾病中的影响	NA	神经发育疾病	单细胞转录组学，大脑类器官技术	NA	转录组数据	NA
440	2024-08-08	Single-cell sequencing and establishment of an 8-gene prognostic model for pancreatic cancer patients 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1000447 PMID:36237305	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析胰腺癌中的基因结构和表达数据，并建立了一个包含8个基因的胰腺癌预后模型	首次在胰腺癌中应用单细胞测序技术进行深入分析，并成功建立了一个新的胰腺癌预后模型	需要进一步的临床验证来确认该模型的准确性和广泛适用性	通过单细胞测序技术分析胰腺癌的基因表达，并建立预后模型以预测患者的预后和治疗反应	胰腺癌患者的单细胞测序数据和基因表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序（SCS）	LASSO回归	基因表达数据	涉及多个数据库的胰腺癌单细胞测序数据，包括15个细胞亚群和10种细胞类型