单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-12-14 |
Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.878920
PMID:35600339
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异 | 发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系 | NA | 揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性 | 小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF） | NA | 基因表达数据，图像 | 两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS） |
| 22 | 2024-12-12 |
scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data
2022-Jan-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04574-5
PMID:35038984
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研究论文 | scAnnotatR是一个用于单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的R包框架 | scAnnotatR使用分层组织的SVM来区分特定细胞类型与其他类型，并能处理包含超过600,000个细胞的数据集 | NA | 开发一种能够准确分类单细胞RNA测序数据中细胞类型的工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SVM | 基因表达数据 | 超过600,000个细胞 |
| 23 | 2024-12-12 |
Comparative Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Genes Involved in Bivalve Embryonic Shell Formation and Questions Ontogenetic Homology of Molluscan Shell Types
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.883755
PMID:35813198
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研究论文 | 通过单细胞转录组学比较分析，揭示了双壳类胚胎壳形成过程中涉及的新基因，并质疑了软体动物壳类型的个体发育同源性 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了斑马贻贝胚胎和幼虫壳形成过程中表达的基因，发现胚胎和幼虫壳分泌过程中基因表达的显著差异，并提出了关于软体动物壳形成基因的进化问题 | 研究仅限于斑马贻贝，且缺乏对其他软体动物胚胎壳形成基因的详细注释 | 探讨软体动物胚胎和幼虫壳形成过程中涉及的基因及其进化机制 | 斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成组织 |
| 24 | 2024-12-08 |
Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159
PMID:36532041
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化 | 首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态 | COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序） | 贝叶斯网络模型 | 单细胞转录组和表面标记数据 | 33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞） |
| 25 | 2024-12-06 |
Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.861251
PMID:36275702
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研究论文 | 研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体 | 首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角 | 研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性 | 探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用 | COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验 | NA | 血液样本 | 包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者 |
| 26 | 2024-11-19 |
Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing
2022-01-27, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac001
PMID:35084033
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研究论文 | 本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能 | 本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现 | 研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台 | 评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异 | Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个已发表的人类和小鼠数据集 |
| 27 | 2024-11-15 |
Effects of Metformin on Modulating the Expression of Brain-related Genes of APP/PS1 Transgenic Mice based on Single Cell Sequencing
2022, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
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研究论文 | 研究了二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑相关基因表达的调节作用，通过单细胞测序技术分析了其对小鼠认知功能和细胞分化的影响 | 首次通过单细胞测序技术研究二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑细胞类型和基因表达的调节作用 | 研究仅限于APP/PS1转基因小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨二甲双胍对阿尔茨海默病模型小鼠大脑基因表达和认知功能的调节作用 | APP/PS1转基因小鼠的大脑细胞和基因表达 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | APP/PS1转基因小鼠 |
| 28 | 2024-10-06 |
Epstein-Barr virus perpetuates B cell germinal center dynamics and generation of autoimmune-associated phenotypes in vitro
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1001145
PMID:36248899
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过体外实验维持B细胞生发中心动态并产生与自身免疫相关表型 | 首次通过单细胞方法揭示EB病毒感染和LCLs中的B细胞异质性，并提出EB病毒持续驱动B细胞进入、通过和退出生发中心反应的模型 | 研究主要在体外进行，缺乏体内实验验证 | 探讨EB病毒如何影响B细胞的动态变化及其与自身免疫疾病的关系 | EB病毒感染的B细胞及其在生发中心中的动态变化 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从LCLs中分离的多个亚群B细胞 |
| 29 | 2024-10-06 |
Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis
2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S380986
PMID:36200061
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研究论文 | 研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响 | 首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用 | 仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证 | 探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制 | OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | 包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型 |
| 30 | 2024-09-30 |
Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain
2022-01-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004
PMID:34626538
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研究论文 | 本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制 | 本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征 | NA | 研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用 | 小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | 神经网络模型 | 转录组数据 | 小鼠嗅球样本 |
| 31 | 2024-09-30 |
Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2022-Jan-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi7640
PMID:34985957
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征 | 通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性 | NA | 研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响 | 八种不同癌症类型的266个肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 266个肿瘤样本 |
| 32 | 2024-09-30 |
Probing transient memory of cellular states using single-cell lineages
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.1050516
PMID:36824587
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综述 | 本文综述了利用单细胞谱系研究细胞状态瞬时记忆的最新进展 | 提出了一种基于波动的方法，通过时间点测量揭示细胞状态转换，特别适用于导致细胞死亡或不可逆生理变化的测量 | NA | 探讨细胞状态瞬时遗传性的建模方法及其在不同生物系统中的应用 | 单细胞在不同状态间的动态转换 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-09-30 |
Recent Technical Advances in Accelerating the Clinical Translation of Small Animal Brain Imaging: Hybrid Imaging, Deep Learning, and Transcriptomics
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.771982
PMID:35402436
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综述 | 本文综述了加速小动物脑成像临床转化的最新技术进展，重点介绍了混合成像、深度学习和转录组学 | 本文介绍了单细胞转录组学和PET示踪剂细胞来源鉴定方法的发展，以及基于深度学习的图像分析技术，以增强成像协议的量化和优化 | 本文讨论了从小动物脑成像向临床转化过程中存在的几个主要障碍，包括生物物种间的内在差异和成像技术上的挑战 | 本文旨在总结小动物神经成像领域的最新进展，以提高其临床转化能力 | 本文主要研究小动物脑成像技术及其临床转化 | 计算机视觉 | NA | 混合成像、深度学习、转录组学 | 深度学习 | 图像 | 小动物（如啮齿动物）脑部样本 |
| 34 | 2024-09-30 |
Comparison and evaluation of statistical error models for scRNA-seq
2022-01-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02584-9
PMID:35042561
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研究论文 | 本文比较和评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中统计误差模型的性能 | 本文分析了59个scRNA-seq数据集，发现负二项分布模型在处理具有足够测序深度的基因时表现更好，并提出了数据驱动的方法来进行参数估计 | 本文主要集中在统计误差模型的比较和评估，未涉及其他可能影响scRNA-seq数据质量的因素 | 评估不同统计误差模型在scRNA-seq数据中的适用性，并提供建模建议 | scRNA-seq数据中的统计误差模型 | NA | NA | scRNA-seq | 负二项分布模型 | scRNA-seq数据 | 59个scRNA-seq数据集 |
| 35 | 2024-09-28 |
Multi-Modal Single-Cell Sequencing Identifies Cellular Immunophenotypes Associated With Juvenile Dermatomyositis Disease Activity
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.902232
PMID:35799782
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研究论文 | 研究使用多模态单细胞测序技术，分析了与青少年皮肌炎疾病活动相关的细胞免疫表型 | 首次通过多模态单细胞测序技术，揭示了青少年皮肌炎患者中不同细胞类型的免疫表型和基因表达特征，为该疾病的研究提供了新的资源 | 研究样本量较小，仅包括4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者 | 探讨青少年皮肌炎疾病活动相关的免疫表型和细胞特异性基因 | 未治疗和治疗后疾病不活跃的青少年皮肌炎患者的PBMCs | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序和蛋白质测序 | NA | 单细胞RNA和蛋白质数据 | 4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者，共分析了55,564个细胞 |
| 36 | 2024-09-28 |
Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell Transcriptomic Data Using Bidirectional RNN
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.899825
PMID:35692809
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研究论文 | 提出了一种名为BiRGRN的新算法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 利用双向循环神经网络来推断基因调控网络，将基因表达数据的推断转化为回归问题，并采用双向结构和先验知识过滤策略提高算法的准确性和稳定性 | NA | 推断基因调控规则以理解细胞过程 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 双向循环神经网络 | 时间序列数据 | 四个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 37 | 2024-09-28 |
A Toolkit for Profiling the Immune Landscape of Pediatric Central Nervous System Malignancies
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.864423
PMID:35464481
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综述 | 本文综述了用于儿童中枢神经系统恶性肿瘤免疫景观分析的技术，并详细介绍了这些技术在不同组织类型和研究中的应用 | 本文首次系统地探讨了儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境（TIME），并提出了通过液体活检评估免疫系统的其他部分在免疫监测研究中的潜力 | 本文主要为综述性质，未提供具体的实验数据或模型 | 旨在深入了解和统一评估儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境和免疫景观，以期将免疫疗法整合到临床实践中 | 儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境 | NA | 中枢神经系统恶性肿瘤 | 免疫组化、流式细胞术、批量和单细胞转录组学、功能性检测 | NA | 组织、脑脊液、血液 | NA |
| 38 | 2024-09-28 |
MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.831040
PMID:35432484
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研究论文 | 本文介绍了MOCA软件，用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异 | 提出了MOCA软件，能够同时分析基因表达和遗传变异，揭示基因表达模式与细胞分子进化轨迹的一致性 | NA | 探讨体细胞变异对基因表达模式进化的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 39 | 2024-09-27 |
An integrated analysis of hypoxic-ischemic encephalopathy-related cell sequencing outcomes via genes network construction
2022, Ibrain
DOI:10.1002/ibra.12025
PMID:37786415
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术和基因网络构建，分析了缺氧缺血性脑病（HIE）相关的核心基因及其潜在作用 | 首次通过单细胞测序和基因网络构建，揭示了STAT家族基因在HIE中的关键作用，并发现了VIM基因与神经发育的密切关系 | 研究仅基于Pubmed数据库中的数据集，样本量较小，且未涉及临床验证 | 旨在通过单细胞测序和基因网络构建，发现HIE相关的核心基因及其在疾病中的潜在作用 | 缺氧缺血性脑病（HIE）相关的基因及其在疾病中的作用 | 生物信息学 | 新生儿疾病 | 单细胞测序（SCS） | 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络 | 基因表达数据 | 12,093个基因，其中217个共享基因，11,876个独特基因 |
| 40 | 2024-09-20 |
Noninvasive Low-Frequency Pulsed Focused Ultrasound Therapy for Rheumatoid Arthritis in Mice
2022, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0013
PMID:39290964
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研究论文 | 研究低频脉冲聚焦超声（LFPFU）对小鼠类风湿性关节炎的治疗效果及其对免疫细胞的影响 | 首次揭示了低频脉冲聚焦超声对类风湿性关节炎小鼠模型的治疗效果，并详细分析了其对免疫细胞亚群的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨低频脉冲聚焦超声治疗类风湿性关节炎的机制及其对免疫细胞的影响 | 类风湿性关节炎小鼠模型及其免疫细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | 低频脉冲聚焦超声 | NA | 细胞 | DBA/1J小鼠模型中的类风湿性关节炎小鼠及其免疫细胞 |