单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-06	Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis 2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S380986 PMID:36200061	研究论文	研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响	首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用	仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证	探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制	OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型
22	2024-09-30	Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain 2022-01-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004 PMID:34626538	研究论文	本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制	本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征	NA	研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用	小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	神经网络模型	转录组数据	小鼠嗅球样本
23	2024-09-30	Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer 2022-Jan-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi7640 PMID:34985957	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征	通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性	NA	研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响	八种不同癌症类型的266个肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	266个肿瘤样本
24	2024-09-30	Probing transient memory of cellular states using single-cell lineages 2022, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2022.1050516 PMID:36824587	综述	本文综述了利用单细胞谱系研究细胞状态瞬时记忆的最新进展	提出了一种基于波动的方法，通过时间点测量揭示细胞状态转换，特别适用于导致细胞死亡或不可逆生理变化的测量	NA	探讨细胞状态瞬时遗传性的建模方法及其在不同生物系统中的应用	单细胞在不同状态间的动态转换	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25	2024-09-30	Recent Technical Advances in Accelerating the Clinical Translation of Small Animal Brain Imaging: Hybrid Imaging, Deep Learning, and Transcriptomics 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.771982 PMID:35402436	综述	本文综述了加速小动物脑成像临床转化的最新技术进展，重点介绍了混合成像、深度学习和转录组学	本文介绍了单细胞转录组学和PET示踪剂细胞来源鉴定方法的发展，以及基于深度学习的图像分析技术，以增强成像协议的量化和优化	本文讨论了从小动物脑成像向临床转化过程中存在的几个主要障碍，包括生物物种间的内在差异和成像技术上的挑战	本文旨在总结小动物神经成像领域的最新进展，以提高其临床转化能力	本文主要研究小动物脑成像技术及其临床转化	计算机视觉	NA	混合成像、深度学习、转录组学	深度学习	图像	小动物（如啮齿动物）脑部样本
26	2024-09-30	Comparison and evaluation of statistical error models for scRNA-seq 2022-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02584-9 PMID:35042561	研究论文	本文比较和评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中统计误差模型的性能	本文分析了59个scRNA-seq数据集，发现负二项分布模型在处理具有足够测序深度的基因时表现更好，并提出了数据驱动的方法来进行参数估计	本文主要集中在统计误差模型的比较和评估，未涉及其他可能影响scRNA-seq数据质量的因素	评估不同统计误差模型在scRNA-seq数据中的适用性，并提供建模建议	scRNA-seq数据中的统计误差模型	NA	NA	scRNA-seq	负二项分布模型	scRNA-seq数据	59个scRNA-seq数据集
27	2024-09-28	Multi-Modal Single-Cell Sequencing Identifies Cellular Immunophenotypes Associated With Juvenile Dermatomyositis Disease Activity 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.902232 PMID:35799782	研究论文	研究使用多模态单细胞测序技术，分析了与青少年皮肌炎疾病活动相关的细胞免疫表型	首次通过多模态单细胞测序技术，揭示了青少年皮肌炎患者中不同细胞类型的免疫表型和基因表达特征，为该疾病的研究提供了新的资源	研究样本量较小，仅包括4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者	探讨青少年皮肌炎疾病活动相关的免疫表型和细胞特异性基因	未治疗和治疗后疾病不活跃的青少年皮肌炎患者的PBMCs	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序和蛋白质测序	NA	单细胞RNA和蛋白质数据	4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者，共分析了55,564个细胞
28	2024-09-28	Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell Transcriptomic Data Using Bidirectional RNN 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.899825 PMID:35692809	研究论文	提出了一种名为BiRGRN的新算法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	利用双向循环神经网络来推断基因调控网络，将基因表达数据的推断转化为回归问题，并采用双向结构和先验知识过滤策略提高算法的准确性和稳定性	NA	推断基因调控规则以理解细胞过程	基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	双向循环神经网络	时间序列数据	四个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集
29	2024-09-28	A Toolkit for Profiling the Immune Landscape of Pediatric Central Nervous System Malignancies 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.864423 PMID:35464481	综述	本文综述了用于儿童中枢神经系统恶性肿瘤免疫景观分析的技术，并详细介绍了这些技术在不同组织类型和研究中的应用	本文首次系统地探讨了儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境（TIME），并提出了通过液体活检评估免疫系统的其他部分在免疫监测研究中的潜力	本文主要为综述性质，未提供具体的实验数据或模型	旨在深入了解和统一评估儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境和免疫景观，以期将免疫疗法整合到临床实践中	儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境	NA	中枢神经系统恶性肿瘤	免疫组化、流式细胞术、批量和单细胞转录组学、功能性检测	NA	组织、脑脊液、血液	NA
30	2024-09-28	MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.831040 PMID:35432484	研究论文	本文介绍了MOCA软件，用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异	提出了MOCA软件，能够同时分析基因表达和遗传变异，揭示基因表达模式与细胞分子进化轨迹的一致性	NA	探讨体细胞变异对基因表达模式进化的影响	单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异	基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
31	2024-09-27	An integrated analysis of hypoxic-ischemic encephalopathy-related cell sequencing outcomes via genes network construction 2022, Ibrain DOI:10.1002/ibra.12025 PMID:37786415	研究论文	本研究通过单细胞测序技术和基因网络构建，分析了缺氧缺血性脑病（HIE）相关的核心基因及其潜在作用	首次通过单细胞测序和基因网络构建，揭示了STAT家族基因在HIE中的关键作用，并发现了VIM基因与神经发育的密切关系	研究仅基于Pubmed数据库中的数据集，样本量较小，且未涉及临床验证	旨在通过单细胞测序和基因网络构建，发现HIE相关的核心基因及其在疾病中的潜在作用	缺氧缺血性脑病（HIE）相关的基因及其在疾病中的作用	生物信息学	新生儿疾病	单细胞测序（SCS）	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	基因表达数据	12,093个基因，其中217个共享基因，11,876个独特基因
32	2024-09-20	Noninvasive Low-Frequency Pulsed Focused Ultrasound Therapy for Rheumatoid Arthritis in Mice 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0013 PMID:39290964	研究论文	研究低频脉冲聚焦超声（LFPFU）对小鼠类风湿性关节炎的治疗效果及其对免疫细胞的影响	首次揭示了低频脉冲聚焦超声对类风湿性关节炎小鼠模型的治疗效果，并详细分析了其对免疫细胞亚群的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨低频脉冲聚焦超声治疗类风湿性关节炎的机制及其对免疫细胞的影响	类风湿性关节炎小鼠模型及其免疫细胞	NA	类风湿性关节炎	低频脉冲聚焦超声	NA	细胞	DBA/1J小鼠模型中的类风湿性关节炎小鼠及其免疫细胞
33	2024-09-19	Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0011 PMID:39285948	综述	本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接	本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节	综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景	生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	机器学习	NA	NA	NA	序列数据	NA
34	2024-09-11	Alternative neural systems: What is a neuron? (Ctenophores, sponges and placozoans) 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1071961 PMID:36619868	研究论文	本文探讨了神经系统的多样性，特别是早期动物分支中独立进化的不同神经整合系统	提出了神经元的新定义，并支持神经元和突触的多重起源假说	NA	重新定义神经元，并探讨早期动物分支中神经系统的多样性	早期动物分支中的神经整合系统，包括栉水母、海绵和扁形虫	神经科学	NA	scRNA-seq 和显微镜技术	NA	基因表达数据	NA
35	2024-09-11	Benchmarking automated cell type annotation tools for single-cell ATAC-seq data 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1063233 PMID:36583014	研究论文	本文评估了五种单细胞ATAC-seq注释方法的分类准确性和可扩展性	首次对单细胞ATAC-seq数据注释方法进行了基准测试	研究主要集中在小鼠和人类组织数据上，未涵盖其他物种	评估现有单细胞ATAC-seq数据自动注释工具的性能	五种单细胞ATAC-seq注释方法在不同数据集上的表现	单细胞测序	NA	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	使用来自小鼠和人类组织的公开单细胞数据集，包括脑、肺、肾、PBMC和BMMC
36	2024-09-11	Nuclear envelope, chromatin organizers, histones, and DNA: The many achilles heels exploited across cancers 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1068347 PMID:36589746	综述	本文综述了核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响	本文探讨了核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中对染色质组织和基因表达的异常调控，并介绍了单细胞测序、成像技术和高级数据挖掘方法在设计靶向癌症细胞生长和增殖的小分子药物中的应用	NA	探讨核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响	核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA	NA	癌症	单细胞测序、成像技术、高级数据挖掘	NA	NA	NA
37	2024-09-10	Multiomic analysis for optimization of combined focal and immunotherapy protocols in murine pancreatic cancer 2022, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.73218 PMID:36451859	研究论文	本文研究了在小鼠胰腺癌中结合局部和系统性免疫疗法的优化策略	通过多组学分析，结合磁共振引导聚焦超声（MRgFUS）消融和抗体疗法，优化了免疫疗法在小鼠胰腺癌中的应用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	优化结合局部和系统性免疫疗法在胰腺癌中的应用	小鼠胰腺癌和乳腺癌模型	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序、光谱流式细胞术、组织学分析	NA	基因组数据、细胞数据	两个小鼠模型：KPC胰腺腺癌模型和NDL乳腺腺癌模型
38	2024-09-10	Sparcle: assigning transcripts to cells in multiplexed images 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac048 PMID:36699413	研究论文	本文介绍了一种名为Sparcle的概率模型，用于在多重图像中将转录本分配给细胞	Sparcle模型基于基因协变模式和空间特征（如到细胞核的距离）重新分配转录本，无需精确的细胞分割，适用于多种技术平台	NA	提高空间转录组学中转录本分配的准确性	多重图像中的转录本分配	计算机视觉	NA	荧光原位杂交（FISH）	概率模型	图像	NA
39	2024-09-10	Single-cell RNA-seq data analysis using graph autoencoders and graph attention networks 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1003711 PMID:36568390	研究论文	本文开发了一种基于图神经网络的多模态模型scGAEGAT，用于单细胞RNA测序数据分析	提出了结合图自编码器和图注意力网络的多模态模型scGAEGAT，用于处理非欧几里得空间数据	未提及	提高单细胞RNA测序数据的基因插补和细胞聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA测序数据集
40	2024-09-10	LFSC: A linear fast semi-supervised clustering algorithm that integrates reference-bulk and single-cell transcriptomes 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1068075 PMID:36531230	研究论文	本文介绍了一种名为LFSC的线性快速半监督聚类算法，该算法利用参考样本（来自bulk RNA测序数据）来识别单细胞转录组中的细胞类型	LFSC通过构建锚点图来描述参考样本与细胞之间的关系，并通过应用连接性约束来保留底层聚类结构，其总体复杂度与数据大小呈线性关系，显著提高了有效性和效率	NA	研究细胞异质性在疾病中的作用，并开发新的聚类算法来识别复杂组织中的细胞类型	单细胞转录组数据和bulk RNA测序数据	生物信息学	肝癌	RNA测序	聚类算法	转录组数据	NA