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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Importance of IRF1/FSTL1 in Synovial Fibroblast Subsets for the Development of Rheumatoid Arthritis
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/1169614
PMID:35572839
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的潜在作用,并识别了潜在的分子靶点 | 首次揭示了IRF1通过调节FSTL1在滑膜成纤维细胞亚群中的作用,影响类风湿性关节炎的疾病进展 | 研究仅基于GSE109449数据集,可能需要更多样本验证结果 | 探索滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的作用,为治疗提供理论基础 | 滑膜成纤维细胞及其在类风湿性关节炎中的作用 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自类风湿性关节炎和骨关节炎的滑膜组织纤维母细胞转录组数据集GSE109449 | NA | NA | NA | NA |
| 222 | 2024-08-07 |
The role of Jagged1 as a dynamic switch of cancer cell plasticity in PDAC assembloids
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.71364
PMID:35673567
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研究论文 | 本文研究了Jagged1在胰腺导管腺癌(PDAC)集合体中作为癌症细胞可塑性的动态开关的作用 | 首次成功区分了PDAC集合体中的癌症起始细胞(CIC)向上皮管状癌的方向发展,并揭示了Jagged1通过与WNT5B的相互作用在PDAC细胞可塑性中的关键作用 | 癌症细胞可塑性使用患者来源的PDAC类器官的研究仍然不足 | 探讨PDAC细胞可塑性的机制及其在肿瘤异质性维持中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)集合体中的癌症细胞可塑性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | PDAC集合体中的上皮管状癌细胞、内皮细胞(ECs)和自体免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 223 | 2024-08-07 |
Discovering a Four-Gene Prognostic Model Based on Single-Cell Data and Gene Expression Data of Pancreatic Adenocarcinoma
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.883548
PMID:35800432
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研究论文 | 本研究基于单细胞数据和基因表达数据,探索了胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型 | 本研究首次识别了与胰腺腺癌预后显著相关的记忆B细胞(MBCs),并构建了两个具有不同总生存期的免疫亚型(IS1和IS2) | NA | 探索胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型 | 胰腺腺癌的单细胞RNA测序数据和基因表达数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO Cox | 基因表达数据 | 3个具有单细胞数据的胰腺腺癌样本和566个具有基因表达数据的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 224 | 2024-08-07 |
Circulating Monocytes Act as a Common Trigger for the Calcification Paradox of Osteoporosis and Carotid Atherosclerosis via TGFB1-SP1 and TNFSF10-NFKB1 Axis
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.944751
PMID:35937796
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研究论文 | 本文研究了循环单核细胞通过TGFB1-SP1和TNFSF10-NFKB1轴在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中的钙化悖论中的触发作用。 | 首次揭示了CD14+单核细胞在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中钙化悖论的触发作用,并基于scRNA和mRNA数据阐明了其机制。 | NA | 旨在展示CD14+单核细胞如何促进共存的女性绝经后骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的病理生理过程。 | 研究对象包括骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的数据集,以及CD14+单核细胞与成骨细胞和血管平滑肌细胞(SMC)之间的相互作用。 | 数字病理学 | 骨质疏松症,心血管疾病 | scRNA-seq, mRNA | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE56814和GSM4423510的骨质疏松症数据集,以及GSE23746和GSM4705591的颈动脉粥样硬化数据集。 | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals heterogeneity between pancreatic adenosquamous carcinoma and pancreatic ductal adenocarcinoma with prognostic value
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.972298
PMID:36052088
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了胰腺腺鳞癌(ASPC)和胰腺导管腺癌(PDAC)的细胞异质性,并探讨了其预后价值 | 首次通过单细胞测序揭示了ASPC与PDAC在免疫微环境中的细胞类型和分化路径差异,并发现了两种新型癌症相关成纤维细胞(nCAFs和imCAFs)以及具有鳞状细胞特征的ASPC特异性癌细胞亚群 | 研究样本量较小,且仅基于单个ASPC患者和IPMN患者的肿瘤组织进行分析 | 探讨胰腺腺鳞癌与胰腺导管腺癌的细胞异质性及其预后价值 | 胰腺腺鳞癌(ASPC)和胰腺导管腺癌(PDAC)的细胞类型及其在免疫微环境中的差异 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 共分析了五个PDAC患者、一个IPMN患者和一个ASPC患者的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 226 | 2024-08-07 |
The integration of single-cell sequencing, TCGA, and GEO data analysis revealed that PRRT3-AS1 is a biomarker and therapeutic target of SKCM
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.919145
PMID:36211371
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序、TCGA和GEO数据库的数据分析,揭示了PRRT3-AS1作为皮肤黑色素瘤(SKCM)的生物标志物和治疗靶点 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序数据,探索了SKCM中的预后lncRNAs,并构建了一个具有显著预后价值的5标记lncRNAs模型 | NA | 探索SKCM中的预后lncRNAs,并确定PRRT3-AS1作为诊断和预后的生物标志物 | 皮肤黑色素瘤(SKCM)及其生物标志物PRRT3-AS1 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 包括TCGA队列和GEO数据库中的多个黑色素瘤样本(GSE72056, GSE19234, GSE15605, GSE7553, GSE81383) | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of PBMC characterizes the altered transcriptomic landscape of classical monocytes in BNT162b2-induced myocarditis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.979188
PMID:36225942
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者外周血单个核细胞的转录组变化,特别是经典单核细胞的基因表达特征 | 首次揭示了BNT162b2疫苗接种后心肌炎发病机制中经典单核细胞的重要性,并提出了疫苗可能影响单核细胞,进而诱导其分化和浸润心脏的可能性 | NA | 确定BNT162b2疫苗引起的心肌炎的发病机制,并开发预测接种后是否可能发展为心肌炎的生物标志物 | BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个患者的外周血单个核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2024-08-07 |
Identification of the Immune Status of Hypertrophic Cardiomyopathy by Integrated Analysis of Bulk- and Single-Cell RNA Sequencing Data
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/7153491
PMID:36238494
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研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞RNA测序数据,分析了肥厚型心肌病(HCM)中的免疫浸润相关基因 | 结合批量测序和单细胞测序技术,首次全面分析了HCM中的免疫细胞浸润模式及其相关基因 | 研究主要基于公共数据库中的数据,未涉及临床样本的直接分析 | 探索肥厚型心肌病中的免疫浸润情况及其相关基因 | 肥厚型心肌病患者与正常组的免疫细胞浸润差异 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 使用了GSE36961、GSE160997和GSE122930三个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 229 | 2024-08-07 |
A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1022420
PMID:36275722
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序分析和转录组分析构建了与坏死性凋亡相关的胰腺癌预后模型 | 首次通过单细胞测序和转录组分析构建了胰腺癌中与坏死性凋亡相关的预后模型,并验证了关键基因EPS8的作用 | NA | 探讨坏死性凋亡在胰腺癌中的意义,并构建相关的预后模型 | 胰腺癌的转录组数据和单细胞测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, 转录组分析 | COX回归, Lasso回归 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 使用了来自TCGA数据库、ICGC数据库和GEO数据库的多个队列数据,以及来自GSE154778的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 230 | 2024-08-07 |
Innate immunity in pancreatic cancer: Lineage tracing and function
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1081919
PMID:36726981
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研究论文 | 本文探讨了胰腺癌中先天免疫细胞的来源与功能,以指导胰腺癌的免疫治疗 | 通过单细胞RNA测序研究胰腺癌免疫微环境,发现先天免疫细胞的主导作用 | NA | 深入研究胰腺癌中先天免疫淋巴细胞的来源与功能,以改善免疫治疗效果 | 胰腺癌中的先天免疫细胞,如巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞和先天免疫淋巴细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 231 | 2024-08-07 |
The critical role of B4GALT4 in promoting microtubule spindle assembly in HCC through the regulation of PLK1 and RHAMM expression
2022-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30531
PMID:34270095
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研究论文 | 本文通过生物信息学方法研究了B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌(HCC)中的表达及其与临床病理参数和下游靶基因的相关性,特别是B4GALT4在微管纺锤体组装中的作用。 | 首次揭示了B4GALT4通过调节PLK1和RHAMM的表达在HCC中促进微管纺锤体组装的关键作用,并通过基因本体分析和单细胞RNA测序数据验证了这一发现。 | NA | 探讨B4GALT家族成员在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。 | B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据库中的肿瘤组织样本和HCC患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 232 | 2024-08-07 |
On the Origin of Pancreatic Cancer: Molecular Tumor Subtypes in Perspective of Exocrine Cell Plasticity
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.010
PMID:34875393
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌(PDAC)的起源,特别是外分泌细胞可塑性对分子肿瘤亚型的影响 | 探讨了外分泌细胞的不同分化状态与PDAC分子亚型之间的转录组和表观遗传学关系,提出了不同肿瘤亚型的不同起源 | NA | 旨在深入理解PDAC的生物学特性,特别是外分泌细胞在PDAC起源中的作用 | 胰腺导管腺癌及其细胞起源 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和表观遗传组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 233 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.126243.2
PMID:36875988
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识 | 强调了未来研究方向,以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白 | 目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况,未进一步探讨性别差异的影响 | 总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识,并强调未来研究方向 | 胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异 | digital pathology | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2024-08-07 |
Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix
2022, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/21m1456807
PMID:37576699
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研究论文 | 本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法,用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩,特别是在泊松随机矩阵的情况下 | 该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列,使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致,从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩 | NA | 研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩 | 泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族 | 机器学习 | NA | Sinkhorn-Knopp算法 | NA | 计数矩阵 | 涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2024-08-07 |
Molecular Computational Anatomy: Unifying the Particle to Tissue Continuum via Measure Representations of the Brain
2022, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/2022/9868673
PMID:37206893
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研究论文 | 本文旨在通过几何测度表示统一脑图谱的分子表征与组织尺度计算解剖学 | 提出了基于几何测度的统一脑图谱理论,将分子尺度与组织尺度进行一致性整合 | NA | 统一空间转录组学和细胞尺度组织学的分子表征与脑图谱的组织尺度计算解剖学 | 脑的分子和组织尺度 | 数字病理学 | NA | 几何测度 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 236 | 2024-08-08 |
Ushering in a new era of single-cell transcriptomics in bacteria
2022, microLife
DOI:10.1093/femsml/uqac020
PMID:37223351
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综述 | 本文综述了近期在细菌单细胞转录组学领域的新方法和技术突破 | 介绍了MATQ-seq、microSPLiT、PETRI-seq和par-seqFISH等新方法,这些方法使得细菌单细胞转录组学成为可能 | NA | 探讨新方法如何促进对细菌基因表达细胞间变异的理解,并推动微生物学领域的发展 | 细菌单细胞转录组学方法及其在复杂微生物群落中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2024-08-08 |
Alzheimer's disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis
2022-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00149-w
PMID:37118355
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研究论文 | 本研究评估了在淀粉样变性小鼠模型中,单核细胞衍生的巨噬细胞(MDM)是否通过TREM2依赖性途径发挥作用,并探讨了PD-L1免疫检查点阻断对认知改善的影响。 | 发现MDM通过TREM2非依赖性途径在淀粉样变性小鼠模型中具有疾病修饰活性。 | NA | 评估单核细胞衍生的巨噬细胞在淀粉样变性小鼠模型中的作用机制。 | 淀粉样变性小鼠模型中的单核细胞衍生的巨噬细胞。 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Trem25xFAD小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 238 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics defines Dot1L interacting partners and downstream target genes in the mouse molar dental pulp
2022, The International journal of developmental biology
DOI:10.1387/ijdb.220141db
PMID:36942693
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了小鼠磨牙牙髓中Dot1L基因的表达谱及其在不同细胞群中的分布情况 | 首次揭示了Dot1L在小鼠磨牙牙髓中的表达模式及其与下游靶基因的关系,特别是在间充质基质细胞分化中的作用 | 研究仅限于小鼠磨牙牙髓,且未探讨Dot1L在其他组织或物种中的作用 | 探究Dot1L在牙髓组织中的表达及其对间充质基质细胞分化的影响 | 小鼠磨牙牙髓中的Dot1L基因及其在不同细胞群中的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠磨牙牙髓中的多种细胞群,包括间充质基质细胞、免疫细胞、周细胞、成釉细胞和内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 239 | 2024-08-08 |
New perspective of skeletal stem cells
2022, Biomaterials translational
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综述 | 本文综述了骨骼干细胞(SSCs)的空间和时间分布,以及近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 利用荧光激活细胞分选、谱系追踪和单细胞测序技术,研究了具有不同时空分布的SSCs的谱系轨迹 | NA | 探讨骨骼干细胞的空间和时间分布,并总结近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 骨骼干细胞(SSCs)及其在不同组织中的分布和功能 | 干细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选、谱系追踪、单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 240 | 2024-08-08 |
Overexpression of PKMYT1 associated with poor prognosis and immune infiltration may serve as a target in triple-negative breast cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1002186
PMID:36793346
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法结合临床样本和实验,探讨了蛋白激酶PKMYT1在乳腺癌中的功能作用 | 首次研究了PKMYT1在乳腺癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系 | NA | 探索PKMYT1在乳腺癌中的表达及其对预后和免疫浸润的影响 | 乳腺癌组织,特别是三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,单细胞测序 | NA | RNA序列 | 涉及乳腺癌组织和细胞系 | NA | NA | NA | NA |