单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-07 |
IDEAS: individual level differential expression analysis for single-cell RNA-seq data
2022-01-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02605-1
PMID:35073995
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研究论文 | 本文提出了一种名为IDEAS的统计方法，用于分析单细胞RNA测序数据中个体间基因表达的差异 | IDEAS方法通过总结每个基因在每个个体中的表达分布，并评估这些个体特定分布在两组个体之间是否存在差异，从而实现个体水平的差异表达分析 | NA | 旨在发现两组个体间差异表达的基因 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 自闭症, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个个体 |
| 202 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing in Yeast Using the 10× Genomics Chromium Device
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2257-5_1
PMID:35524108
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研究论文 | 本文描述了一种使用10× Genomics平台对酵母Saccharomyces cerevisiae进行单细胞RNA测序的简易实施方案 | 引入了Zymolyase酶来消化细胞壁，以便在液滴形成初期有效裂解酵母细胞，同时不影响液滴乳化和后续样本处理 | NA | 研究微生物中单个细胞的生理学特性 | 酵母Saccharomyces cerevisiae | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 203 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA analysis reveals the potential risk of organ-specific cell types vulnerable to SARS-CoV-2 infections
2022-Jan, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.105092
PMID:34864302
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研究论文 | 本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，通过生物信息学分析揭示了SARS-CoV-2感染特定器官细胞类型的潜在风险 | 研究首次揭示了M1型巨噬细胞与重症COVID-19患者的高度关联，并识别了可能的治疗靶点，如核糖体相关通路 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏差 | 理解SARS-CoV-2入侵人体细胞的机制及COVID-19特定器官易感细胞类型 | SARS-CoV-2感染的特定器官细胞类型及COVID-19的发病机制 | 数字病理学 | 冠状病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过160万例确诊病例，包括330万例死亡 |
| 204 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing Revealed Pivotal Genes Related to Prognosis of Myocardial Infarction Patients
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/6534126
PMID:35317194
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术揭示了心肌梗死患者中的关键基因及其预后相关性 | 首次在单细胞水平上识别出与心肌梗死预后相关的重要基因 | NA | 探索心肌梗死的分子特征及其机制 | 心肌梗死患者的免疫细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | WGCNA | scRNA-seq | 来自GSE109048的正常和心肌梗死样本 |
| 205 | 2024-08-07 |
Analysis of Data on Fludarabine, Cyclophosphamide, and Rituximab Chemoimmunotherapy for Chronic Lymphocytic Leukemia Shows High Patient Heterogeneity and the Need for More Consideration of Individualized Treatment
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/7451395
PMID:36226246
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受氟达拉滨、环磷酰胺和利妥昔单抗化疗免疫治疗后的数据，揭示了患者间的高度异质性，并强调了个性化治疗的重要性。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了CLL患者的肿瘤异质性，并提出了TP53通路在治疗策略和患者预后中的重要性。 | 研究样本量较小，仅包含7个样本，可能影响结果的普遍性和可靠性。 | 探讨慢性淋巴细胞白血病患者在接受特定化疗免疫治疗后的肿瘤异质性及个性化治疗的需求。 | 慢性淋巴细胞白血病患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 7个CLL患者样本 |
| 206 | 2024-08-07 |
Mapping and Validation of scRNA-Seq-Derived Cell-Cell Communication Networks in the Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.885267
PMID:35572582
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术推断细胞间通信网络的方法，并讨论了这些方法如何促进肿瘤微环境（TME）中免疫治疗干预的研究 | 介绍了将scRNA-seq衍生的交互网络与现有实验和计算方法整合的策略，以增强对TME中免疫抑制和免疫治疗改变信号的研究 | 验证假设的细胞间交互作用仍是一个中心挑战 | 探讨scRNA-seq技术在肿瘤微环境中细胞间通信网络的推断及其在免疫治疗中的应用 | 单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中细胞间通信的推断 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 转录组 | NA |
| 207 | 2024-08-07 |
As in Real Estate, Location Matters: Cellular Expression of Complement Varies Between Macular and Peripheral Regions of the Retina and Supporting Tissues
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.895519
PMID:35784369
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研究论文 | 本研究通过基因表达分析、质谱分析和免疫组织化学方法，探讨了视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用 | 本研究发现早期AMD中，脉络膜中的成纤维细胞、周细胞和内皮细胞对补体反应更为强烈；晚期AMD中，视网膜中补体变化更为显著，尤其是经典途径启动子的表达。此外，研究还揭示了这些差异的空间偏好性 | NA | 探讨视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用 | 视网膜和脉络膜细胞类型 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱分析、免疫组织化学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 208 | 2024-08-07 |
Hypoxic pancreatic cancer derived exosomal miR-30b-5p promotes tumor angiogenesis by inhibiting GJA1 expression
2022, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.67675
PMID:35173549
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研究论文 | 研究揭示了低氧环境下胰腺癌来源的外泌体miR-30b-5p通过抑制GJA1表达促进肿瘤血管生成的分子机制 | 首次发现低氧环境下胰腺癌细胞来源的外泌体miR-30b-5p通过抑制GJA1促进血管生成 | 研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体临床研究验证 | 探索胰腺癌中血管生成的分子机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的血管生成 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 包括PDAC患者和健康对照的外周血浆样本 |
| 209 | 2024-08-07 |
MGP promotes CD8+ T cell exhaustion by activating the NF-κB pathway leading to liver metastasis of colorectal cancer
2022, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.70137
PMID:35414780
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研究论文 | 本研究探讨了基质 Gla 蛋白（MGP）在结直肠癌（CRC）免疫微环境中的调控作用及其通过激活 NF-κB 途径促进 CD8+ T 细胞耗竭和肝转移的机制 | 首次揭示了 MGP 通过上调细胞内游离钙水平和促进 NF-κB 磷酸化，激活 PD-L1 表达，从而促进 CD8 T 细胞耗竭，导致 CRC 肝转移 | NA | 研究 MGP 在结直肠癌免疫微环境中的作用及其对肝转移的影响 | 结直肠癌样本中的 MGP 表达及其对癌细胞增殖和侵袭的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞 RNA 测序、实时定量 PCR、免疫组织化学、荧光素酶报告基因分析、染色质免疫沉淀-定量 PCR | NA | RNA | 人结直肠癌样本和小鼠模型 |
| 210 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Importance of IRF1/FSTL1 in Synovial Fibroblast Subsets for the Development of Rheumatoid Arthritis
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/1169614
PMID:35572839
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的潜在作用，并识别了潜在的分子靶点 | 首次揭示了IRF1通过调节FSTL1在滑膜成纤维细胞亚群中的作用，影响类风湿性关节炎的疾病进展 | 研究仅基于GSE109449数据集，可能需要更多样本验证结果 | 探索滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的作用，为治疗提供理论基础 | 滑膜成纤维细胞及其在类风湿性关节炎中的作用 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自类风湿性关节炎和骨关节炎的滑膜组织纤维母细胞转录组数据集GSE109449 |
| 211 | 2024-08-07 |
The role of Jagged1 as a dynamic switch of cancer cell plasticity in PDAC assembloids
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.71364
PMID:35673567
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研究论文 | 本文研究了Jagged1在胰腺导管腺癌（PDAC）集合体中作为癌症细胞可塑性的动态开关的作用 | 首次成功区分了PDAC集合体中的癌症起始细胞（CIC）向上皮管状癌的方向发展，并揭示了Jagged1通过与WNT5B的相互作用在PDAC细胞可塑性中的关键作用 | 癌症细胞可塑性使用患者来源的PDAC类器官的研究仍然不足 | 探讨PDAC细胞可塑性的机制及其在肿瘤异质性维持中的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）集合体中的癌症细胞可塑性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | PDAC集合体中的上皮管状癌细胞、内皮细胞（ECs）和自体免疫细胞 |
| 212 | 2024-08-07 |
Discovering a Four-Gene Prognostic Model Based on Single-Cell Data and Gene Expression Data of Pancreatic Adenocarcinoma
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.883548
PMID:35800432
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研究论文 | 本研究基于单细胞数据和基因表达数据，探索了胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型 | 本研究首次识别了与胰腺腺癌预后显著相关的记忆B细胞（MBCs），并构建了两个具有不同总生存期的免疫亚型（IS1和IS2） | NA | 探索胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型 | 胰腺腺癌的单细胞RNA测序数据和基因表达数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO Cox | 基因表达数据 | 3个具有单细胞数据的胰腺腺癌样本和566个具有基因表达数据的样本 |
| 213 | 2024-08-07 |
Circulating Monocytes Act as a Common Trigger for the Calcification Paradox of Osteoporosis and Carotid Atherosclerosis via TGFB1-SP1 and TNFSF10-NFKB1 Axis
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.944751
PMID:35937796
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研究论文 | 本文研究了循环单核细胞通过TGFB1-SP1和TNFSF10-NFKB1轴在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中的钙化悖论中的触发作用。 | 首次揭示了CD14+单核细胞在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中钙化悖论的触发作用，并基于scRNA和mRNA数据阐明了其机制。 | NA | 旨在展示CD14+单核细胞如何促进共存的女性绝经后骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的病理生理过程。 | 研究对象包括骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的数据集，以及CD14+单核细胞与成骨细胞和血管平滑肌细胞（SMC）之间的相互作用。 | 数字病理学 | 骨质疏松症，心血管疾病 | scRNA-seq, mRNA | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE56814和GSM4423510的骨质疏松症数据集，以及GSE23746和GSM4705591的颈动脉粥样硬化数据集。 |
| 214 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals heterogeneity between pancreatic adenosquamous carcinoma and pancreatic ductal adenocarcinoma with prognostic value
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.972298
PMID:36052088
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性，并探讨了其预后价值 | 首次通过单细胞测序揭示了ASPC与PDAC在免疫微环境中的细胞类型和分化路径差异，并发现了两种新型癌症相关成纤维细胞（nCAFs和imCAFs）以及具有鳞状细胞特征的ASPC特异性癌细胞亚群 | 研究样本量较小，且仅基于单个ASPC患者和IPMN患者的肿瘤组织进行分析 | 探讨胰腺腺鳞癌与胰腺导管腺癌的细胞异质性及其预后价值 | 胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞类型及其在免疫微环境中的差异 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 共分析了五个PDAC患者、一个IPMN患者和一个ASPC患者的单细胞测序数据 |
| 215 | 2024-08-07 |
The integration of single-cell sequencing, TCGA, and GEO data analysis revealed that PRRT3-AS1 is a biomarker and therapeutic target of SKCM
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.919145
PMID:36211371
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序、TCGA和GEO数据库的数据分析，揭示了PRRT3-AS1作为皮肤黑色素瘤（SKCM）的生物标志物和治疗靶点 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探索了SKCM中的预后lncRNAs，并构建了一个具有显著预后价值的5标记lncRNAs模型 | NA | 探索SKCM中的预后lncRNAs，并确定PRRT3-AS1作为诊断和预后的生物标志物 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）及其生物标志物PRRT3-AS1 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包括TCGA队列和GEO数据库中的多个黑色素瘤样本（GSE72056, GSE19234, GSE15605, GSE7553, GSE81383） |
| 216 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of PBMC characterizes the altered transcriptomic landscape of classical monocytes in BNT162b2-induced myocarditis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.979188
PMID:36225942
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者外周血单个核细胞的转录组变化，特别是经典单核细胞的基因表达特征 | 首次揭示了BNT162b2疫苗接种后心肌炎发病机制中经典单核细胞的重要性，并提出了疫苗可能影响单核细胞，进而诱导其分化和浸润心脏的可能性 | NA | 确定BNT162b2疫苗引起的心肌炎的发病机制，并开发预测接种后是否可能发展为心肌炎的生物标志物 | BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个患者的外周血单个核细胞 |
| 217 | 2024-08-07 |
Identification of the Immune Status of Hypertrophic Cardiomyopathy by Integrated Analysis of Bulk- and Single-Cell RNA Sequencing Data
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/7153491
PMID:36238494
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研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞RNA测序数据，分析了肥厚型心肌病（HCM）中的免疫浸润相关基因 | 结合批量测序和单细胞测序技术，首次全面分析了HCM中的免疫细胞浸润模式及其相关基因 | 研究主要基于公共数据库中的数据，未涉及临床样本的直接分析 | 探索肥厚型心肌病中的免疫浸润情况及其相关基因 | 肥厚型心肌病患者与正常组的免疫细胞浸润差异 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 使用了GSE36961、GSE160997和GSE122930三个数据集 |
| 218 | 2024-08-07 |
A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1022420
PMID:36275722
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序分析和转录组分析构建了与坏死性凋亡相关的胰腺癌预后模型 | 首次通过单细胞测序和转录组分析构建了胰腺癌中与坏死性凋亡相关的预后模型，并验证了关键基因EPS8的作用 | NA | 探讨坏死性凋亡在胰腺癌中的意义，并构建相关的预后模型 | 胰腺癌的转录组数据和单细胞测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, 转录组分析 | COX回归, Lasso回归 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 使用了来自TCGA数据库、ICGC数据库和GEO数据库的多个队列数据，以及来自GSE154778的单细胞测序数据 |
| 219 | 2024-08-07 |
Innate immunity in pancreatic cancer: Lineage tracing and function
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1081919
PMID:36726981
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研究论文 | 本文探讨了胰腺癌中先天免疫细胞的来源与功能，以指导胰腺癌的免疫治疗 | 通过单细胞RNA测序研究胰腺癌免疫微环境，发现先天免疫细胞的主导作用 | NA | 深入研究胰腺癌中先天免疫淋巴细胞的来源与功能，以改善免疫治疗效果 | 胰腺癌中的先天免疫细胞，如巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞和先天免疫淋巴细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 220 | 2024-08-07 |
The critical role of B4GALT4 in promoting microtubule spindle assembly in HCC through the regulation of PLK1 and RHAMM expression
2022-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30531
PMID:34270095
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研究论文 | 本文通过生物信息学方法研究了B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌（HCC）中的表达及其与临床病理参数和下游靶基因的相关性，特别是B4GALT4在微管纺锤体组装中的作用。 | 首次揭示了B4GALT4通过调节PLK1和RHAMM的表达在HCC中促进微管纺锤体组装的关键作用，并通过基因本体分析和单细胞RNA测序数据验证了这一发现。 | NA | 探讨B4GALT家族成员在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。 | B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据库中的肿瘤组织样本和HCC患者数据 |