单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-07	As in Real Estate, Location Matters: Cellular Expression of Complement Varies Between Macular and Peripheral Regions of the Retina and Supporting Tissues 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.895519 PMID:35784369	研究论文	本研究通过基因表达分析、质谱分析和免疫组织化学方法，探讨了视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	本研究发现早期AMD中，脉络膜中的成纤维细胞、周细胞和内皮细胞对补体反应更为强烈；晚期AMD中，视网膜中补体变化更为显著，尤其是经典途径启动子的表达。此外，研究还揭示了这些差异的空间偏好性	NA	探讨视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	视网膜和脉络膜细胞类型	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱分析、免疫组织化学	NA	基因表达数据	NA
202	2024-08-07	MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298 PMID:35127252	研究论文	本文研究了MUC1-C蛋白在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞中的作用，特别是其与染色体重塑和II型干扰素-γ（IFN-γ）途径的关系	首次展示了MUC1-C如何通过ARID1A/BAF信号传导激活NuRD复合体，从而抑制FBXW7并稳定IFNGR1蛋白，以及如何通过PBRM1/PBAF途径影响免疫抑制效应分子	NA	探讨MUC1-C蛋白在CRPC细胞中的免疫抑制机制	MUC1-C蛋白、IFNGR1、STAT1、IRF1等转录因子以及下游免疫抑制效应分子	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	NA	RNA	涉及CRPC细胞和肿瘤样本
203	2024-08-07	Hypoxic pancreatic cancer derived exosomal miR-30b-5p promotes tumor angiogenesis by inhibiting GJA1 expression 2022, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.67675 PMID:35173549	研究论文	研究揭示了低氧环境下胰腺癌来源的外泌体miR-30b-5p通过抑制GJA1表达促进肿瘤血管生成的分子机制	首次发现低氧环境下胰腺癌细胞来源的外泌体miR-30b-5p通过抑制GJA1促进血管生成	研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体临床研究验证	探索胰腺癌中血管生成的分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）中的血管生成	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	包括PDAC患者和健康对照的外周血浆样本
204	2024-08-07	MGP promotes CD8+ T cell exhaustion by activating the NF-κB pathway leading to liver metastasis of colorectal cancer 2022, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.70137 PMID:35414780	研究论文	本研究探讨了基质 Gla 蛋白（MGP）在结直肠癌（CRC）免疫微环境中的调控作用及其通过激活 NF-κB 途径促进 CD8+ T 细胞耗竭和肝转移的机制	首次揭示了 MGP 通过上调细胞内游离钙水平和促进 NF-κB 磷酸化，激活 PD-L1 表达，从而促进 CD8 T 细胞耗竭，导致 CRC 肝转移	NA	研究 MGP 在结直肠癌免疫微环境中的作用及其对肝转移的影响	结直肠癌样本中的 MGP 表达及其对癌细胞增殖和侵袭的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞 RNA 测序、实时定量 PCR、免疫组织化学、荧光素酶报告基因分析、染色质免疫沉淀-定量 PCR	NA	RNA	人结直肠癌样本和小鼠模型
205	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Importance of IRF1/FSTL1 in Synovial Fibroblast Subsets for the Development of Rheumatoid Arthritis 2022, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2022/1169614 PMID:35572839	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的潜在作用，并识别了潜在的分子靶点	首次揭示了IRF1通过调节FSTL1在滑膜成纤维细胞亚群中的作用，影响类风湿性关节炎的疾病进展	研究仅基于GSE109449数据集，可能需要更多样本验证结果	探索滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎发展中的作用，为治疗提供理论基础	滑膜成纤维细胞及其在类风湿性关节炎中的作用	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	来自类风湿性关节炎和骨关节炎的滑膜组织纤维母细胞转录组数据集GSE109449
206	2024-08-07	The role of Jagged1 as a dynamic switch of cancer cell plasticity in PDAC assembloids 2022, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.71364 PMID:35673567	研究论文	本文研究了Jagged1在胰腺导管腺癌（PDAC）集合体中作为癌症细胞可塑性的动态开关的作用	首次成功区分了PDAC集合体中的癌症起始细胞（CIC）向上皮管状癌的方向发展，并揭示了Jagged1通过与WNT5B的相互作用在PDAC细胞可塑性中的关键作用	癌症细胞可塑性使用患者来源的PDAC类器官的研究仍然不足	探讨PDAC细胞可塑性的机制及其在肿瘤异质性维持中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）集合体中的癌症细胞可塑性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	PDAC集合体中的上皮管状癌细胞、内皮细胞（ECs）和自体免疫细胞
207	2024-08-07	Discovering a Four-Gene Prognostic Model Based on Single-Cell Data and Gene Expression Data of Pancreatic Adenocarcinoma 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.883548 PMID:35800432	研究论文	本研究基于单细胞数据和基因表达数据，探索了胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型	本研究首次识别了与胰腺腺癌预后显著相关的记忆B细胞（MBCs），并构建了两个具有不同总生存期的免疫亚型（IS1和IS2）	NA	探索胰腺腺癌的新分子亚型和预后模型	胰腺腺癌的单细胞RNA测序数据和基因表达数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox	基因表达数据	3个具有单细胞数据的胰腺腺癌样本和566个具有基因表达数据的样本
208	2024-08-07	Circulating Monocytes Act as a Common Trigger for the Calcification Paradox of Osteoporosis and Carotid Atherosclerosis via TGFB1-SP1 and TNFSF10-NFKB1 Axis 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.944751 PMID:35937796	研究论文	本文研究了循环单核细胞通过TGFB1-SP1和TNFSF10-NFKB1轴在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中的钙化悖论中的触发作用。	首次揭示了CD14+单核细胞在骨质疏松症和颈动脉粥样硬化中钙化悖论的触发作用，并基于scRNA和mRNA数据阐明了其机制。	NA	旨在展示CD14+单核细胞如何促进共存的女性绝经后骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的病理生理过程。	研究对象包括骨质疏松症和颈动脉粥样硬化的数据集，以及CD14+单核细胞与成骨细胞和血管平滑肌细胞（SMC）之间的相互作用。	数字病理学	骨质疏松症，心血管疾病	scRNA-seq, mRNA	NA	基因表达数据	使用了GSE56814和GSM4423510的骨质疏松症数据集，以及GSE23746和GSM4705591的颈动脉粥样硬化数据集。
209	2024-08-07	Single-cell sequencing reveals heterogeneity between pancreatic adenosquamous carcinoma and pancreatic ductal adenocarcinoma with prognostic value 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.972298 PMID:36052088	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性，并探讨了其预后价值	首次通过单细胞测序揭示了ASPC与PDAC在免疫微环境中的细胞类型和分化路径差异，并发现了两种新型癌症相关成纤维细胞（nCAFs和imCAFs）以及具有鳞状细胞特征的ASPC特异性癌细胞亚群	研究样本量较小，且仅基于单个ASPC患者和IPMN患者的肿瘤组织进行分析	探讨胰腺腺鳞癌与胰腺导管腺癌的细胞异质性及其预后价值	胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞类型及其在免疫微环境中的差异	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	共分析了五个PDAC患者、一个IPMN患者和一个ASPC患者的单细胞测序数据
210	2024-08-07	The integration of single-cell sequencing, TCGA, and GEO data analysis revealed that PRRT3-AS1 is a biomarker and therapeutic target of SKCM 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.919145 PMID:36211371	研究论文	本研究通过整合单细胞测序、TCGA和GEO数据库的数据分析，揭示了PRRT3-AS1作为皮肤黑色素瘤（SKCM）的生物标志物和治疗靶点	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探索了SKCM中的预后lncRNAs，并构建了一个具有显著预后价值的5标记lncRNAs模型	NA	探索SKCM中的预后lncRNAs，并确定PRRT3-AS1作为诊断和预后的生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）及其生物标志物PRRT3-AS1	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	包括TCGA队列和GEO数据库中的多个黑色素瘤样本（GSE72056, GSE19234, GSE15605, GSE7553, GSE81383）
211	2024-08-07	Single-cell sequencing of PBMC characterizes the altered transcriptomic landscape of classical monocytes in BNT162b2-induced myocarditis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.979188 PMID:36225942	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者外周血单个核细胞的转录组变化，特别是经典单核细胞的基因表达特征	首次揭示了BNT162b2疫苗接种后心肌炎发病机制中经典单核细胞的重要性，并提出了疫苗可能影响单核细胞，进而诱导其分化和浸润心脏的可能性	NA	确定BNT162b2疫苗引起的心肌炎的发病机制，并开发预测接种后是否可能发展为心肌炎的生物标志物	BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者的外周血单个核细胞	数字病理学	心肌炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个患者的外周血单个核细胞
212	2024-08-07	Identification of the Immune Status of Hypertrophic Cardiomyopathy by Integrated Analysis of Bulk- and Single-Cell RNA Sequencing Data 2022, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2022/7153491 PMID:36238494	研究论文	本研究通过整合批量测序和单细胞RNA测序数据，分析了肥厚型心肌病（HCM）中的免疫浸润相关基因	结合批量测序和单细胞测序技术，首次全面分析了HCM中的免疫细胞浸润模式及其相关基因	研究主要基于公共数据库中的数据，未涉及临床样本的直接分析	探索肥厚型心肌病中的免疫浸润情况及其相关基因	肥厚型心肌病患者与正常组的免疫细胞浸润差异	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	WGCNA	基因表达数据	使用了GSE36961、GSE160997和GSE122930三个数据集
213	2024-08-07	A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1022420 PMID:36275722	研究论文	本研究基于单细胞测序分析和转录组分析构建了与坏死性凋亡相关的胰腺癌预后模型	首次通过单细胞测序和转录组分析构建了胰腺癌中与坏死性凋亡相关的预后模型，并验证了关键基因EPS8的作用	NA	探讨坏死性凋亡在胰腺癌中的意义，并构建相关的预后模型	胰腺癌的转录组数据和单细胞测序数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序, 转录组分析	COX回归, Lasso回归	转录组数据, 单细胞测序数据	使用了来自TCGA数据库、ICGC数据库和GEO数据库的多个队列数据，以及来自GSE154778的单细胞测序数据
214	2024-08-07	Innate immunity in pancreatic cancer: Lineage tracing and function 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1081919 PMID:36726981	研究论文	本文探讨了胰腺癌中先天免疫细胞的来源与功能，以指导胰腺癌的免疫治疗	通过单细胞RNA测序研究胰腺癌免疫微环境，发现先天免疫细胞的主导作用	NA	深入研究胰腺癌中先天免疫淋巴细胞的来源与功能，以改善免疫治疗效果	胰腺癌中的先天免疫细胞，如巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞和先天免疫淋巴细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
215	2024-08-07	The critical role of B4GALT4 in promoting microtubule spindle assembly in HCC through the regulation of PLK1 and RHAMM expression 2022-01, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.30531 PMID:34270095	研究论文	本文通过生物信息学方法研究了B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌（HCC）中的表达及其与临床病理参数和下游靶基因的相关性，特别是B4GALT4在微管纺锤体组装中的作用。	首次揭示了B4GALT4通过调节PLK1和RHAMM的表达在HCC中促进微管纺锤体组装的关键作用，并通过基因本体分析和单细胞RNA测序数据验证了这一发现。	NA	探讨B4GALT家族成员在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。	B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌中的表达及其生物学功能。	数字病理学	肝细胞癌	生物信息学分析	NA	RNA测序数据	涉及多个数据库中的肿瘤组织样本和HCC患者数据
216	2024-08-07	On the Origin of Pancreatic Cancer: Molecular Tumor Subtypes in Perspective of Exocrine Cell Plasticity 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.010 PMID:34875393	综述	本文综述了胰腺导管腺癌（PDAC）的起源，特别是外分泌细胞可塑性对分子肿瘤亚型的影响	探讨了外分泌细胞的不同分化状态与PDAC分子亚型之间的转录组和表观遗传学关系，提出了不同肿瘤亚型的不同起源	NA	旨在深入理解PDAC的生物学特性，特别是外分泌细胞在PDAC起源中的作用	胰腺导管腺癌及其细胞起源	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组和表观遗传组数据	NA
217	2024-08-07	Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity 2022, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.126243.2 PMID:36875988	review	本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识	强调了未来研究方向，以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白	目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况，未进一步探讨性别差异的影响	总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识，并强调未来研究方向	胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异	digital pathology	脑肿瘤	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
218	2024-08-07	Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix 2022, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/21m1456807 PMID:37576699	研究论文	本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法，用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩，特别是在泊松随机矩阵的情况下	该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列，使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致，从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩	NA	研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩	泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族	机器学习	NA	Sinkhorn-Knopp算法	NA	计数矩阵	涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集
219	2024-08-07	Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics 2022, The Egyptian journal of medical human genetics DOI:10.1186/s43042-022-00213-z PMID:37521842	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2通过口腔黏膜感染的机制，并探讨了口罩预防和肽类治疗药物的潜在应用	设计了一种潜在的肽类治疗药物，用于抑制TMPRSS2，并强调了预防性口罩的重要性	NA	探讨SARS-CoV-2通过口腔黏膜感染的机制及开发新的治疗方法	SARS-CoV-2的感染机制及TMPRSS2的抑制	NA	COVID-19	scRNA-Seq	NA	蛋白质表达数据	NA
220	2024-08-07	Molecular Computational Anatomy: Unifying the Particle to Tissue Continuum via Measure Representations of the Brain 2022, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/2022/9868673 PMID:37206893	研究论文	本文旨在通过几何测度表示统一脑图谱的分子表征与组织尺度计算解剖学	提出了基于几何测度的统一脑图谱理论，将分子尺度与组织尺度进行一致性整合	NA	统一空间转录组学和细胞尺度组织学的分子表征与脑图谱的组织尺度计算解剖学	脑的分子和组织尺度	数字病理学	NA	几何测度	NA	空间转录组学数据	NA