单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
2	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
3	2025-03-08	Transcriptional programming of immunoregulatory responses in human Langerhans cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.892254 PMID:36203560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析研究了人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	揭示了稳态LCs存在于一个成熟状态的连续体中，并在迁移过程中上调抗原呈递基因和免疫调节模块，同时发现迁移诱导的转录因子IRF4、KLF6和RelB在免疫调节基因调控网络中的关键作用	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探讨人类表皮朗格汉斯细胞在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCENIC, Partial Information Decomposition in Context	RNA测序数据	NA
4	2025-03-02	Oncostatin M expression induced by bacterial triggers drives airway inflammatory and mucus secretion in severe asthma 2022-01-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abf8188 PMID:35020406	研究论文	本文探讨了细菌触发的Oncostatin M（OSM）表达在严重哮喘中驱动气道炎症和黏液分泌的分子机制	揭示了细菌脂多糖（LPS）诱导OSM表达，并证明OSM在严重哮喘中的关键作用，为抑制OSM以预防细菌相关的哮喘进展提供了理论依据	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证OSM抑制的效果	研究细菌感染如何通过OSM驱动严重哮喘的病理生理特征	严重哮喘患者的气道活检样本、人类肺组织、上皮细胞和间充质细胞	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	人类肺活检样本、小鼠巨噬细胞
5	2025-02-19	Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.833100 PMID:35634302	研究论文	本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性	首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用	小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs）	免疫学	NA	多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠Tregs样本
6	2025-01-25	Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.979745 PMID:36247423	研究论文	本文研究了SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，在稳定血流条件下通过抑制内皮细胞中趋化因子的表达来预防炎症	首次发现SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，其在稳定血流条件下通过抑制趋化因子的表达来预防内皮炎症	研究主要基于小鼠模型和培养的人主动脉内皮细胞，尚未在人体内进行验证	探索SOX13在血流调节内皮炎症中的作用	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）	生物医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、染色质可及性测序（scATACseq）、RNA测序（RNAseq）、qPCR、ELISA	小鼠部分颈动脉结扎模型	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）
7	2024-12-17	Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level 2022, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2022068030097 PMID:36689316	研究论文	研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路	研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本	揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路	骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征	数字病理学	骨骼系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据
8	2024-12-14	A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202084 PMID:34807232	研究论文	研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化（OXPHOS）的CD8 T细胞亚群，该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的耐药性相关，并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型	首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群（CD8+ TOXPHOS细胞）与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联，并开发了基于该细胞亚群的预测模型	NA	研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群，并开发预测ICI疗法反应的模型	黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个验证队列中的黑色素瘤患者
9	2024-12-14	Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.878920 PMID:35600339	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异	发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系	NA	揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性	小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF）	NA	基因表达数据，图像	两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS）
10	2024-12-12	scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data 2022-Jan-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04574-5 PMID:35038984	研究论文	scAnnotatR是一个用于单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的R包框架	scAnnotatR使用分层组织的SVM来区分特定细胞类型与其他类型，并能处理包含超过600,000个细胞的数据集	NA	开发一种能够准确分类单细胞RNA测序数据中细胞类型的工具	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	超过600,000个细胞
11	2024-12-12	Comparative Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Genes Involved in Bivalve Embryonic Shell Formation and Questions Ontogenetic Homology of Molluscan Shell Types 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.883755 PMID:35813198	研究论文	通过单细胞转录组学比较分析，揭示了双壳类胚胎壳形成过程中涉及的新基因，并质疑了软体动物壳类型的个体发育同源性	首次使用单细胞RNA测序技术分析了斑马贻贝胚胎和幼虫壳形成过程中表达的基因，发现胚胎和幼虫壳分泌过程中基因表达的显著差异，并提出了关于软体动物壳形成基因的进化问题	研究仅限于斑马贻贝，且缺乏对其他软体动物胚胎壳形成基因的详细注释	探讨软体动物胚胎和幼虫壳形成过程中涉及的基因及其进化机制	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成组织
12	2024-12-08	Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159 PMID:36532041	研究论文	通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化	首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性	深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态	COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序）	贝叶斯网络模型	单细胞转录组和表面标记数据	33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞）
13	2024-12-06	Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.861251 PMID:36275702	研究论文	研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体	首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角	研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性	探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用	COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验	NA	血液样本	包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者
14	2024-11-19	Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing 2022-01-27, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac001 PMID:35084033	研究论文	本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能	本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现	研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台	评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异	Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个已发表的人类和小鼠数据集
15	2024-11-15	Effects of Metformin on Modulating the Expression of Brain-related Genes of APP/PS1 Transgenic Mice based on Single Cell Sequencing 2022, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/1567205020666221201143323 PMID:36464874	研究论文	研究了二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑相关基因表达的调节作用，通过单细胞测序技术分析了其对小鼠认知功能和细胞分化的影响	首次通过单细胞测序技术研究二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑细胞类型和基因表达的调节作用	研究仅限于APP/PS1转基因小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨二甲双胍对阿尔茨海默病模型小鼠大脑基因表达和认知功能的调节作用	APP/PS1转基因小鼠的大脑细胞和基因表达	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因表达数据	APP/PS1转基因小鼠
16	2024-10-09	Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.837842 PMID:35392082	研究论文	本文报道了人类B细胞通过同时激活多个TNF超家族配体介导固有的抗癌细胞毒性	首次发现B细胞也具有固有的抗癌免疫机制，并展示了其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性	研究主要集中在B细胞的细胞毒性机制上，未深入探讨其在临床治疗中的应用潜力	探讨B细胞在固有免疫中的抗癌机制	人类B细胞及其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性	NA	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序分析和流式细胞术	NA	RNA	从健康个体和头颈部鳞状细胞癌患者中分离的B细胞
17	2024-10-06	Epstein-Barr virus perpetuates B cell germinal center dynamics and generation of autoimmune-associated phenotypes in vitro 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1001145 PMID:36248899	研究论文	研究EB病毒如何通过体外实验维持B细胞生发中心动态并产生与自身免疫相关表型	首次通过单细胞方法揭示EB病毒感染和LCLs中的B细胞异质性，并提出EB病毒持续驱动B细胞进入、通过和退出生发中心反应的模型	研究主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探讨EB病毒如何影响B细胞的动态变化及其与自身免疫疾病的关系	EB病毒感染的B细胞及其在生发中心中的动态变化	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	从LCLs中分离的多个亚群B细胞
18	2024-10-06	Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis 2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S380986 PMID:36200061	研究论文	研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响	首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用	仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证	探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制	OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型
19	2024-09-30	Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain 2022-01-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004 PMID:34626538	研究论文	本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制	本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征	NA	研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用	小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	神经网络模型	转录组数据	小鼠嗅球样本
20	2024-09-30	Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer 2022-Jan-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi7640 PMID:34985957	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征	通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性	NA	研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响	八种不同癌症类型的266个肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	266个肿瘤样本