单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元亚群及K+通道导致神经毒性	首次在单细胞层面鉴定顺铂特异性靶向TH阳性DRG神经元亚群，并发现K2P18.1钾通道的关键作用	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究顺铂化疗诱导外周神经病变的细胞机制和维生素E的神经保护潜力	小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	神经科学	化疗诱导外周神经病变	单细胞转录组分析、电生理记录、异源表达	NA	转录组数据、电生理数据	野生型和维生素E缺乏小鼠的TH阳性DRG神经元
2	2025-08-09	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	research paper	介绍了一个名为tricycle的R/Bioconductor包，用于通过单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置	利用细胞周期的生物学特征、周期性函数主成分分析的数学特性以及迁移学习，开发了一种通用的细胞周期位置预测方法	NA	开发一种通用的方法来高分辨率推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	迁移学习	RNA-seq数据	NA
3	2025-07-24	MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298 PMID:35127252	研究论文	该研究揭示了MUC1-C蛋白在前列腺癌免疫抑制中整合II型干扰素和染色质重塑途径的机制	首次证明MUC1-C通过调控IFNGR1表达和NuRD复合物激活，将II型IFN-γ通路与染色质重塑联系起来，促进前列腺癌免疫逃逸	研究主要基于CRPC细胞模型，临床样本验证仍需扩大	阐明MUC1-C在前列腺癌免疫抑制中的分子机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	CRPC肿瘤样本和单细胞RNA测序数据
4	2025-07-21	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序分析中的应用，涵盖了25种深度学习算法及其在scRNA-seq处理流程中的适用性	建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	探讨深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督深度学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
5	2025-07-20	Mechanotherapy Reprograms Aged Muscle Stromal Cells to Remodel the Extracellular Matrix during Recovery from Disuse 2022, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqac015 PMID:35434632	研究论文	该研究探讨了机械疗法在老年肌肉恢复期间如何通过重编程肌肉基质细胞来重塑细胞外基质（ECM）	揭示了机械疗法在老年肌肉恢复期间通过调节免疫反应促进ECM重塑的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究机械疗法是否能在老年肌肉废用性萎缩恢复期间促进ECM重塑	成年和老年大鼠的腓肠肌	肌肉生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），同位素示踪，组织学评分	NA	基因表达数据，组织学图像	成年和老年大鼠的腓肠肌样本
6	2025-07-20	IFN-γ transforms the transcriptomic landscape and triggers myeloid cell hyperresponsiveness to cause lethal lung injury 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1011132 PMID:36203588	研究论文	该研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了IFN-γ受体信号在流感与MRSA共感染引起的炎症性肺损伤中的作用机制	首次证明IFN-γ信号通过上调髓系细胞（特别是CD11c单核吞噬细胞）的炎症基因表达，导致TNF-α过度产生和致死性肺损伤	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明ARDS发病初期IFN-γ信号通路的分子机制	流感与MRSA共感染的小鼠模型及气道免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
7	2025-07-20	Longitudinal Analysis of Biologic Correlates of COVID-19 Resolution: Case Report 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.915367 PMID:35783607	研究论文	本文报告了一例因恢复期血浆输注而完全缓解的重症COVID-19病例，并通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了与疾病缓解相关的关键生物学过程	首次通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了COVID-19缓解过程中的关键生物学动态，特别是发现了特定单核细胞亚群的消失与疾病缓解相关	仅为单病例报告，结果需要更大样本量验证	研究COVID-19缓解过程中的生物学相关因素	重症COVID-19患者	生物医学	COVID-19	蛋白质组学分析，单细胞转录组学	NA	血浆蛋白质组数据，外周血单细胞转录组数据	1例重症COVID-19患者
8	2025-07-20	Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.837842 PMID:35392082	研究论文	研究发现循环B细胞通过同时表达多种TNF超家族配体介导先天抗肿瘤细胞毒性	首次揭示B细胞通过表达多种TNF超家族配体参与先天抗肿瘤免疫机制	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证B细胞的抗肿瘤效果	探究B细胞在先天抗肿瘤免疫中的作用机制	人类外周血B细胞及多种白血病和实体瘤细胞	免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	健康个体和头颈鳞癌患者的B细胞样本
9	2025-07-20	Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets 2022-01, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025 PMID:34871816	研究论文	开发了一个增强的单细胞RNA测序工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点	结合了自动细胞标记、伪时间排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的即用型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView	工作流程主要基于已有的冠状动脉单细胞数据集，未来需要扩展到更多疾病和发育系统	研究冠状动脉疾病的细胞微环境和潜在治疗方法	人类冠状动脉单细胞数据集	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据	基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集
10	2025-07-15	BASiCS workflow: a step-by-step analysis of expression variability using single cell RNA sequencing data 2022, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.74416.2 PMID:38779464	研究论文	本文介绍了一种使用BASiCS Bioconductor包逐步分析单细胞RNA测序数据中表达变异性的计算工作流程	BASiCS提供了一个集成框架，用于数据标准化、技术噪声量化和下游分析，并在这些步骤中传播统计不确定性	NA	量化已知细胞组内和组间的表达变异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	BASiCS	RNA测序数据	公开可用的数据集
11	2025-06-07	Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics 2022, The Egyptian journal of medical human genetics DOI:10.1186/s43042-022-00213-z PMID:37521842	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并探讨了口罩预防和肽类治疗的重要性	利用TMPRSS2和PAI-1的结合界面信息设计了一种潜在的治疗性肽，用于抑制TMPRSS2	NA	研究SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并开发潜在的治疗方法	SARS-CoV-2病毒及其在口腔中的感染机制	医学研究	COVID-19	scRNA-Seq	NA	NA	NA
12	2025-05-24	Lysyl oxidase promotes anaplastic thyroid carcinoma cell proliferation and metastasis mediated via BMP1 2022-Jan, Gland surgery IF:1.5Q3 DOI:10.21037/gs-21-908 PMID:35242686	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）和骨形态发生蛋白-1（BMP1）在促进未分化甲状腺癌（ATC）细胞增殖和转移中的作用	揭示了LOX/BMP1轴在ATC恶性进展中的关键作用，为基于该轴的靶向治疗提供了新思路	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索ATC的新型治疗靶点	未分化甲状腺癌细胞	癌症研究	甲状腺癌	单细胞RNA测序、微阵列分析、定量实时PCR、Western blot、siRNA敲低、CCK-8实验、克隆形成实验、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	ATC组织和细胞系
13	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
14	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
15	2025-03-08	Transcriptional programming of immunoregulatory responses in human Langerhans cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.892254 PMID:36203560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析研究了人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	揭示了稳态LCs存在于一个成熟状态的连续体中，并在迁移过程中上调抗原呈递基因和免疫调节模块，同时发现迁移诱导的转录因子IRF4、KLF6和RelB在免疫调节基因调控网络中的关键作用	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探讨人类表皮朗格汉斯细胞在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCENIC, Partial Information Decomposition in Context	RNA测序数据	NA
16	2025-03-02	Oncostatin M expression induced by bacterial triggers drives airway inflammatory and mucus secretion in severe asthma 2022-01-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abf8188 PMID:35020406	研究论文	本文探讨了细菌触发的Oncostatin M（OSM）表达在严重哮喘中驱动气道炎症和黏液分泌的分子机制	揭示了细菌脂多糖（LPS）诱导OSM表达，并证明OSM在严重哮喘中的关键作用，为抑制OSM以预防细菌相关的哮喘进展提供了理论依据	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证OSM抑制的效果	研究细菌感染如何通过OSM驱动严重哮喘的病理生理特征	严重哮喘患者的气道活检样本、人类肺组织、上皮细胞和间充质细胞	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	人类肺活检样本、小鼠巨噬细胞
17	2025-02-19	Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.833100 PMID:35634302	研究论文	本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性	首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用	小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs）	免疫学	NA	多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠Tregs样本
18	2025-01-25	Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.979745 PMID:36247423	研究论文	本文研究了SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，在稳定血流条件下通过抑制内皮细胞中趋化因子的表达来预防炎症	首次发现SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，其在稳定血流条件下通过抑制趋化因子的表达来预防内皮炎症	研究主要基于小鼠模型和培养的人主动脉内皮细胞，尚未在人体内进行验证	探索SOX13在血流调节内皮炎症中的作用	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）	生物医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、染色质可及性测序（scATACseq）、RNA测序（RNAseq）、qPCR、ELISA	小鼠部分颈动脉结扎模型	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）
19	2024-12-17	Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level 2022, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2022068030097 PMID:36689316	研究论文	研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路	研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本	揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路	骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征	数字病理学	骨骼系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据
20	2024-12-14	A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202084 PMID:34807232	研究论文	研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化（OXPHOS）的CD8 T细胞亚群，该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的耐药性相关，并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型	首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群（CD8+ TOXPHOS细胞）与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联，并开发了基于该细胞亚群的预测模型	NA	研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群，并开发预测ICI疗法反应的模型	黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个验证队列中的黑色素瘤患者