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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Cryopreservation and post-thaw characterization of dissociated human islet cells
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0263005
PMID:35081145
|
研究论文 | 本研究优化了分散人胰岛细胞的冷冻保存方法,并验证了冻存后细胞的功能特性 | 开发了迭代分级冷冻方法,首次系统评估了冻存后胰岛细胞的分子和功能表型完整性 | 研究仅针对分散的胰岛细胞,未评估完整胰岛组织的冷冻保存效果 | 优化胰岛细胞冷冻保存技术,为糖尿病研究和治疗提供细胞来源 | 分散的人胰岛细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,膜片钳电生理学 | NA | 基因表达数据,电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.853035
PMID:35586548
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研究论文 | 本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元中的特定亚群和K+通道导致神经毒性 | 首次在单细胞水平揭示顺铂神经毒性的特异性细胞靶点,发现K2P18.1钾通道在其中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本验证;维生素E的保护作用有限 | 探究顺铂化疗引起的外周神经病变的细胞机制 | 小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元 | 神经科学 | 化疗引起的周围神经病变 | 单细胞转录组测序,电生理分析 | NA | 转录组数据,电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.979745
PMID:36247423
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术发现SOX13是一种新型流动敏感转录因子,能够抑制内皮细胞中炎症趋化因子的表达 | 首次鉴定SOX13为流动敏感转录因子,并揭示其在稳定血流条件下抑制内皮细胞炎症反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养的人主动脉内皮细胞,需要在更复杂的体内环境中进一步验证 | 探索血流动力学调节内皮细胞炎症反应的分子机制,寻找新的动脉粥样硬化治疗靶点 | 小鼠颈动脉模型和培养的人主动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, RNA干扰, RNA测序, qPCR, ELISA | 小鼠部分颈动脉结扎模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning
2022-01-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02581-y
PMID:35101061
|
研究论文 | 开发了一种名为tricycle的R/Bioconductor软件包,通过迁移学习实现细胞周期位置的通用预测 | 利用细胞周期生物学特性、周期性函数主成分分析的数学特性和迁移学习,克服了数据集依赖嵌入的学习限制 | NA | 从单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置 | 细胞周期 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习,主成分分析 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets
2022-01, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 开发了一个增强的单细胞RNA测序分析工作流程,用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点 | 整合了自动化细胞标记、伪时序排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的用户友好型工作流程,并开发了交互式网络应用PlaqView | 基于已发表的单细胞数据集进行二次分析,需要进一步实验验证 | 开发单细胞RNA测序分析工作流程以研究动脉粥样硬化斑块微环境和发现潜在治疗方法 | 人类冠状动脉单细胞数据集中的细胞类型,特别是平滑肌细胞来源的成纤维样细胞 | 单细胞分析 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析,配体-受体相互作用分析 | 单细胞RNA测序数据 | 基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298
PMID:35127252
|
研究论文 | 本研究揭示MUC1-C蛋白通过整合II型干扰素通路和染色质重塑机制促进前列腺癌免疫抑制 | 首次发现MUC1-C通过调控ARID1A/BAF和NuRD复合物协调II型干扰素通路与染色质重塑的机制关联 | 研究主要基于细胞模型和生物信息学分析,缺乏体内实验验证 | 阐明MUC1-C在前列腺癌免疫抑制中的分子机制 | 去势抵抗性前列腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab531
PMID:34929734
|
综述 | 本文系统综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示框架,并关联模型损失函数与数据处理步骤的具体目标 | 仅涵盖25种深度学习算法,未涉及所有现有方法 | 为单细胞RNA测序数据分析提供深度学习算法的系统综述和选择指南 | 单细胞RNA测序数据处理流程中的深度学习算法 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 自编码器, 生成对抗网络, 监督深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Mechanotherapy Reprograms Aged Muscle Stromal Cells to Remodel the Extracellular Matrix during Recovery from Disuse
2022, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqac015
PMID:35434632
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现机械疗法能够重编程衰老肌肉基质细胞,促进废用性萎缩恢复期间的细胞外基质重塑 | 首次揭示机械疗法通过调节衰老肌肉中基质细胞的基因表达模式,使其更接近年轻肌肉状态,从而促进细胞外基质重塑 | 研究主要基于大鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 探究机械疗法是否能够促进衰老肌肉在废用性萎缩恢复期间的细胞外基质重塑 | 成年和老年大鼠的腓肠肌单核细胞 | 单细胞转录组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,同位素示踪,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织学图像数据 | 成年和老年大鼠腓肠肌单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
IFN-γ transforms the transcriptomic landscape and triggers myeloid cell hyperresponsiveness to cause lethal lung injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1011132
PMID:36203588
|
研究论文 | 本研究揭示了流感诱导的IFN-γ通过触发髓系细胞过度反应导致MRSA共感染时致命性肺损伤的机制 | 首次证明IFN-γ受体信号驱动髓系细胞(特别是CD11c单核吞噬细胞)转录组重编程和过度反应,导致炎症因子风暴和肺组织损伤 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究急性呼吸窘迫综合征(ARDS)发病机制中IFN-γ信号通路的作用 | 小鼠模型中的免疫细胞,特别是髓系细胞和单核吞噬细胞 | 免疫学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Longitudinal Analysis of Biologic Correlates of COVID-19 Resolution: Case Report
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.915367
PMID:35783607
|
病例报告 | 通过一例重症COVID-19康复期血浆输注后完全缓解的病例,分析疾病消退的关键生物学动态 | 首次通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学联合分析,揭示康复期血浆输注后免疫稳态重建的生物学过程 | 单病例报告,结果需要更大规模研究验证 | 探索COVID-19疾病消退过程中的关键生物学相关因素 | 重症COVID-19患者 | 单细胞分析 | COVID-19 | 无偏蛋白质组学分析,单细胞转录组学 | NA | 蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 1例患者 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组分析 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.837842
PMID:35392082
|
研究论文 | 研究发现人类循环B细胞通过同时表达多种TNF超家族配体介导先天性抗癌细胞毒性 | 首次揭示B细胞作为适应性免疫介质也具有先天性抗癌细胞毒性功能,通过同时表达四种跨膜TNFSF配体协同作用 | 研究样本主要来自头颈鳞状细胞癌患者,需要验证在其他癌症类型中的普适性 | 探索B细胞在先天性抗癌免疫中的作用机制 | 人类外周血B细胞及多种白血病和实体瘤细胞 | 免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 健康个体和头颈鳞状细胞癌患者的外周血B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
BASiCS workflow: a step-by-step analysis of expression variability using single cell RNA sequencing data
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.74416.2
PMID:38779464
|
研究论文 | 介绍使用BASiCS Bioconductor包分析单细胞RNA测序数据中基因表达变异性的分步计算工作流程 | 提供集成框架同时进行数据标准化、技术噪音量化和下游分析,并在分析步骤间传播统计不确定性 | 依赖于公开可用数据集,需要用户具备一定的生物信息学分析能力 | 开发稳健量化单细胞基因表达变异性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 公开可用数据集(未指定具体样本数量) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics
2022, The Egyptian journal of medical human genetics
DOI:10.1186/s43042-022-00213-z
PMID:37521842
|
研究论文 | 本研究基于TMPRSS2与PAI-1的结合界面设计治疗性肽以抑制SARS-CoV-2感染,并强调佩戴口罩的预防作用 | 首次利用TMPRSS2与PAI-1的结合界面信息设计特异性抑制TMPRSS2的治疗性肽 | NA | 开发抑制SARS-CoV-2感染的治疗方法并强调预防措施 | 口腔黏膜上皮细胞及SARS-CoV-2病毒入侵机制 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Characterization of the COPD alveolar niche using single-cell RNA sequencing
2022-01-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28062-9
PMID:35078977
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术表征COPD肺泡微环境,识别了疾病特异性细胞亚群及其分子机制 | 首次在晚期COPD中识别出具有异常代谢特征和应激耐受性降低的肺泡上皮II型细胞亚群,并发现高表达金属硫蛋白的巨噬细胞亚群 | 研究主要基于晚期COPD患者样本,可能无法完全反映疾病早期变化 | 揭示慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的细胞特异性分子机制 | 晚期COPD患者和对照者的离体肺组织、香烟烟雾暴露小鼠的肺组织、分离的人肺泡上皮细胞 | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 体外功能模型, 原位杂交, 免疫染色 | 转录组网络分析 | 基因表达数据, 组织图像 | 晚期COPD患者和对照者的肺组织样本,香烟烟雾暴露小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Hyperpolarised 13C-MRI identifies the emergence of a glycolytic cell population within intermediate-risk human prostate cancer
2022-01-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28069-2
PMID:35075123
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研究论文 | 本研究利用超极化13C-MRI技术识别中危前列腺癌中糖酵解细胞群的出现 | 首次证明HP 13C-MRI可基于上皮和基质肿瘤区室的代谢差异对临床显著疾病进行代谢表型分析 | 研究样本局限于低/中危人群,需在更大队列中验证 | 区分临床显著前列腺癌与惰性疾病 | 人类前列腺癌组织 | 医学影像 | 前列腺癌 | 超极化13C-MRI, 免疫组织化学, 空间转录组学 | NA | 医学影像, 组织化学, 基因表达数据 | 低/中危前列腺癌患者队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Salivary ZG16B expression loss follows exocrine gland dysfunction related to oral chronic graft-versus-host disease
2022-Jan-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103592
PMID:35005541
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析发现唾液蛋白ZG16B在口腔慢性移植物抗宿主病中表达降低,可能作为该疾病的生物标志物 | 首次发现ZG16B在口腔cGVHD患者唾液中表达显著降低,并通过单细胞RNA测序技术定位其在健康唾液腺中的特异性表达细胞群 | 样本量有限,需要更大规模研究验证ZG16B作为诊断标志物的可靠性 | 寻找口腔慢性移植物抗宿主病的非侵入性诊断生物标志物 | 异基因造血干细胞移植后发生口腔cGVHD的患者唾液和唾液腺组织 | 蛋白质组学 | 移植物抗宿主病 | 液相色谱-串联质谱, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 活检证实口腔GVHD患者的唾液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data
2022-Jan-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04574-5
PMID:35038984
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据细胞类型自动分类的R软件包框架 | 使用分层组织的支持向量机来区分特定细胞类型与所有其他类型,能够有效识别未知细胞类型,且能处理超过60万个细胞的大型数据集 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中细胞类型自动识别的关键瓶颈问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SVM | 基因表达数据 | 超过600,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics defines keratinocyte differentiation in avian scutate scales
2022-01-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-04082-1
PMID:34997067
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学定义了鸟类盾状鳞片中角质细胞分化的基因表达程序 | 首次在鸟类盾状鳞片中鉴定出两种不同的角质细胞分化群体,并揭示了其与人类皮肤角质细胞分化的进化保守性 | 研究仅使用1日龄雏鸡的腿部皮肤样本,样本来源和发育阶段有限 | 研究鸟类盾状鳞片中角质细胞的分化过程 | 1日龄雏鸡腿部皮肤的角质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1日龄雏鸡腿部皮肤细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
An immunodominant NP105-113-B*07:02 cytotoxic T cell response controls viral replication and is associated with less severe COVID-19 disease
2022-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-01084-z
PMID:34853448
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研究论文 | 本研究揭示了NP105-113-B*07:02特异性CD8 T细胞应答在控制SARS-CoV-2病毒复制和减轻COVID-19疾病严重程度中的关键作用 | 首次系统阐明了NP-B*07:02特异性T细胞应答与疾病严重程度的关联机制,发现其通过前体细胞扩增、高功能亲和力和抗病毒效应功能发挥作用 | 样本量相对有限(急性期n=77,恢复期n=52),且为观察性研究 | 探究NP-B*07:02特异性CD8 T细胞应答在COVID-19疾病进展中的作用机制 | SARS-CoV-2感染个体的NP-B*07:02特异性CD8 T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序,T细胞克隆分析,体外SARS-CoV-2感染系统 | NA | 单细胞测序数据,功能评估数据 | 急性期77例,恢复期52例 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Extracellular vesicles produced by the human commensal gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron affect host immune pathways in a cell-type specific manner that are altered in inflammatory bowel disease
2022-01, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12189
PMID:35064769
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研究论文 | 研究人类肠道共生菌Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡对宿主免疫细胞的细胞类型特异性影响及其在炎症性肠病中的变化 | 首次结合单细胞RNA测序和宿主-微生物蛋白质相互作用网络,揭示细菌胞外囊泡对免疫细胞的细胞类型特异性作用机制及其在疾病状态下的变化 | 研究主要基于计算机预测和体外验证,需要进一步体内实验确认 | 阐明肠道细菌胞外囊泡与宿主免疫系统的相互作用机制 | 树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞等免疫细胞 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 体外共培养实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |