单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-08	Delayed antiretroviral therapy in HIV-infected individuals leads to irreversible depletion of skin- and mucosa-resident memory T cells 2021-12-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.021 PMID:34813775	研究论文	本文探讨了HIV感染者在接受抗逆转录病毒治疗（ART）后皮肤和黏膜中CD4组织驻留记忆T细胞的损耗情况及其对HPV相关癌症发展的影响	首次揭示了HIV感染者在接受晚期ART治疗后，皮肤和黏膜中CXCR3 Trm细胞的不可逆损失	研究样本量较小，且仅限于特定类型的HPV相关癌症	探究HIV感染者皮肤和黏膜中CD4 Trm细胞的损耗机制及其对HPV相关癌症发展的影响	HIV感染者的皮肤和黏膜中的CD4 Trm细胞	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确
142	2024-08-08	Epigenetically associated CCL20 upregulation correlates with esophageal cancer progression and immune disorder 2021-Dec, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2021.153683 PMID:34798484	研究论文	本文研究了趋化因子CCL20在食管癌中的表达及其与肿瘤进展和免疫紊乱的关系	首次揭示了CCL20通过表观遗传学机制上调，促进食管癌进展和免疫失调	NA	探讨CCL20在食管癌中的作用及其机制	食管癌患者的趋化因子表达及免疫细胞浸润	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立食管癌队列及模拟人类食管鳞状细胞癌发展的鼠模型
143	2024-08-08	Transfer learning compensates limited data, batch effects and technological heterogeneity in single-cell sequencing 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab104 PMID:34805988	研究论文	本文提出了一种元迁移学习方法，用于在单细胞测序数据中补偿有限数据、批次效应和技术异质性	通过迁移分子模式识别模型从无关领域的大数据集中学习，克服了数据稀缺和数据异质性的问题	NA	探索小样本数据集中的迁移学习方法，以提高分子模式识别任务的性能	单细胞测序数据	机器学习	NA	下一代测序技术	元迁移学习模型	单细胞测序数据	小样本数据集
144	2024-08-08	Single-cell transcriptomics identifies master regulators of neurodegeneration in SOD1 ALS iPSC-derived motor neurons 2021-12-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.10.010 PMID:34767750	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了来自SOD1 E100G ALS患者诱导多能干细胞（iPSCs）分化出的运动神经元的功能障碍途径	本研究首次揭示了SMAD2作为TGF-β信号通路的下游介质，在SOD1 iPSC衍生运动神经元退化中的关键作用，并指出TGFβ信号激活可能是多种ALS亚型共有的机制	NA	揭示ALS中运动神经元退化的分子机制	SOD1 E100G ALS患者的iPSC衍生运动神经元及其同源对照	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
145	2024-08-08	A non-classical monocyte-derived macrophage subset provides a splenic replication niche for intracellular Salmonella 2021-12-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.015 PMID:34788598	研究论文	研究了单核吞噬细胞与胞内沙门氏菌在早期系统性感染中的相互作用，并描述了脾脏中细菌控制和复制的动态过程	首次描述了CD9阳性巨噬细胞在脾脏中为胞内沙门氏菌提供复制环境，并揭示了非经典单核细胞来源的巨噬细胞在感染中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨胞内沙门氏菌与单核吞噬细胞相互作用对感染结果的影响	胞内沙门氏菌、单核吞噬细胞、巨噬细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
146	2024-08-08	Single-cell analysis of human non-small cell lung cancer lesions refines tumor classification and patient stratification 2021-12-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.10.009 PMID:34767762	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了35例早期非小细胞肺癌（NSCLC）病灶中的361,929个细胞，识别出一个由PDCD1CXCL13活化T细胞、IgG浆细胞和SPP1巨噬细胞组成的肺癌激活模块（LCAM），并探讨了其与肿瘤突变负荷（TMB）和免疫治疗反应的关系	首次识别并验证了肺癌激活模块（LCAM），并发现其与TMB、癌症睾丸抗原和TP53突变相关，可能作为免疫治疗反应的非冗余生物标志物	NA	探索非小细胞肺癌中免疫细胞组成与肿瘤基因型之间的关系，以及其对免疫治疗反应的影响	早期非小细胞肺癌病灶中的免疫细胞和基因型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	35例早期非小细胞肺癌病灶中的361,929个细胞
147	2024-08-08	Dynamic regulatory networks of T cell trajectory dissect transcriptional control of T cell state transition 2021-Dec-03, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.10.011 PMID:34786214	研究论文	本研究基于非小细胞肺癌中的T细胞单细胞转录组数据，提出了一种构建动态调控网络的方法，以解析T细胞状态转换的过程	本研究揭示了T细胞状态转换过程中频繁的调控交互重连，并进一步细化了介导每个状态转换的关键调控因子	NA	探究T细胞状态转换的分子调控机制	T细胞在非小细胞肺癌中的功能状态转换	数字病理学	肺癌	单细胞转录组	动态调控网络	转录组数据	NA
148	2024-08-08	Comprehensive analyses of bioinformatics applications in the fight against COVID-19 pandemic 2021-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2021.107599 PMID:34773807	review	本文全面总结了基于现有报告的生物信息学技术在COVID-19相关研究中的重要方法和应用	利用生物信息学方法，如下一代测序(NGS)和第三代测序(TGS)技术，分子动力学模拟，分子对接和人工智能(AI)技术，加速了病毒检测、药物开发和疫苗研究	NA	深入理解新冠病毒的基因组和蛋白质特征，临床诊断，致病机制，以及抗病毒药物和疫苗的开发	新冠病毒的基因组和蛋白质特征，临床诊断，致病机制，抗病毒药物和疫苗	bioinformatics	COVID-19	NGS, TGS, molecular dynamics simulation, molecular docking, AI	NA	genome sequence, protein structure	超过228 million COVID-19感染病例
149	2024-08-08	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	研究论文	本文通过研究SARS-CoV-2感染的小鼠模型，发现CCR2信号通路在早期限制肺部病毒负荷中起关键作用	首次揭示CCR2信号通路通过促进经典单核细胞浸润和单核细胞衍生细胞的扩增，对SARS-CoV-2感染起到保护作用	NA	研究SARS-CoV-2感染中的固有免疫机制，特别是CCR2信号通路的作用	SARS-CoV-2感染的小鼠模型	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	小鼠
150	2024-08-08	Computational workflow for functional characterization of COVID-19 through secondary data analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100873 PMID:34746856	研究论文	本文介绍了一种计算异构数据集成和挖掘协议，用于通过结合多个模型系统的转录组签名、蛋白质-蛋白质相互作用、单细胞RNA-seq标记和表型-基因型关联来识别功能特征复合体，以更好地理解疾病病理生理学和结果。	该研究提出了一种新的计算方法，通过整合多种数据类型来识别功能特征复合体，这种方法在标准转录组分析的基础上提供了更深入的分子机制洞察。	NA	旨在通过次级数据分析来功能性地表征COVID-19，并揭示其背后的分子机制。	COVID-19的功能特征及其相关分子机制。	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
151	2024-08-08	Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890 PMID:34746860	研究论文	本文介绍了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	该方法能够产生一个完整的人类发育过程中肠道细胞的图谱	NA	开发一种高效的方法来分离人类胎儿肠道细胞，以进行单细胞RNA测序	人类胎儿肠道细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个胎儿肠道样本
152	2024-08-08	Dissociation of human oral mucosal tissue for single-cell applications 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100908 PMID:34746866	研究论文	本文描述了一种用于制备和分离人类颊部和牙龈口腔黏膜组织的高存活率单细胞悬浮液的协议	提出了一种新的方法来分离口腔黏膜组织中的多种细胞类型，同时保持高细胞存活率	NA	开发一种有效的口腔黏膜组织单细胞分离方法	人类颊部和牙龈的口腔黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
153	2024-08-08	Processing human lymph node samples for single-cell assays 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100914 PMID:34746869	研究论文	本文描述了一种高效且温和的人体淋巴结样本处理方法，用于生成适合单细胞分析的单细胞悬浮液	该协议避免了酶促或机械应力，优化了生成适合单细胞RNA测序等精细分析的单细胞悬浮液	NA	为了更好地理解恶性与非恶性细胞之间的细胞异质性和复杂相互作用	人体淋巴结样本	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞悬浮液	NA
154	2024-08-08	Single-cell Transcriptional Changes in Neurodegenerative Diseases 2021-12-15, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2021.10.025 PMID:34748859	综述	本文综述了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在神经退行性疾病分子变化研究中的最新进展和发现	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，提供了脑细胞在单细胞水平上的细胞和分子细节，增进了对中枢神经系统的理解	NA	探讨神经退行性疾病的分子变化及其机制	神经退行性疾病中的单细胞转录变化	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序	NA	RNA	NA
155	2024-08-08	A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 2021-12-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.10.013 PMID:34739872	研究论文	本文通过单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和染色质可及性（scATAC-seq）分析，揭示了人类卵巢和子宫内膜肿瘤的复杂细胞异质性及其调控机制。	本文首次展示了恶性细胞通过获取先前未注释的调控元件来驱动癌症标志性通路，并强调了肿瘤内异质性的重要性。	NA	旨在解析驱动癌细胞转录程序的调控机制，以深入理解肿瘤生物学。	人类卵巢和子宫内膜肿瘤。	数字病理学	妇科恶性肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	立即手术切除的人类卵巢和子宫内膜肿瘤样本。
156	2024-08-08	Interneuron origin and molecular diversity in the human fetal brain 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00940-3 PMID:34737447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和原位测序技术，揭示了人类胎儿脑中不同类型中间神经元前体细胞的分子特征	首次详细描述了人类胎儿脑中中间神经元前体细胞的分子多样性及其起源	NA	解析人类胎儿脑中中间神经元的起源和多样性	人类胎儿脑中的中间神经元前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 原位测序	NA	RNA	NA
157	2024-08-08	Transcription factor SOX4 facilitates BMP2-regulated gene expression during invasive trophoblast differentiation 2021-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202100925RR PMID:34739154	研究论文	本文研究了转录因子SOX4在BMP2调控侵袭性滋养层细胞分化中的作用	发现了SOX4作为BMP2诱导的直接靶基因，并揭示了SOX4在BMP2调控的转录网络中的新机制	NA	阐明BMP2在滋养层细胞侵袭和螺旋动脉重塑中的分子机制	早期胎盘发育中的滋养层细胞分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	第一孕期胎盘和蜕膜组织的单细胞RNA测序数据
158	2024-08-08	Integrated molecular analysis identifies a conserved pericyte gene signature in zebrafish 2021-12-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200189 PMID:34751773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析斑马鱼幼体中pdgfrb阳性细胞，以分子层面表征斑马鱼中的周细胞	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼细胞表达小鼠周细胞基因的直系同源基因，并整合小鼠周细胞单细胞RNA测序数据，发现了一组核心的保守周细胞基因	NA	旨在通过分子分析确定斑马鱼周细胞的基因特征，并开发新的工具以在体内观察这些细胞	斑马鱼幼体中的周细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及斑马鱼野生型和pdgfrb突变型幼体的细胞样本
159	2024-08-08	Gene signatures with therapeutic value: emerging perspective for personalized immunotherapy in renal cancer 2021-12, Immunotherapy IF:2.7Q3 DOI:10.2217/imt-2021-0187 PMID:34753298	综述	本文综述了肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物的最新进展	利用单细胞测序和多维空间转录组学技术识别了临床相关的肾癌亚型，并探讨了基于免疫细胞、非编码RNA及代谢和RNA修饰途径的基因标志物的潜力	免疫治疗的高成本、缺乏预测性生物标志物及毒性副作用限制了其更广泛的应用	探讨肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物	肾癌及其治疗中的基因标志物	NA	肾癌	单细胞测序、多维空间转录组学	NA	基因数据	NA
160	2024-08-08	Complex infections in vivax malaria: the more you look, the more you find 2021-12, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.002 PMID:34756507	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人类疟原虫Plasmodium vivax引起的复杂多克隆感染	开发了用于P. vivax感染的单细胞测序（SCS）的创新方法，提供了关于P. vivax宿主体内多样性和进化的新见解	NA	研究P. vivax引起的复杂多克隆感染	人类疟原虫Plasmodium vivax	NA	疟疾	单细胞测序（SCS）	NA	NA	NA