本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
RNA-Scoop: interactive visualization of transcripts in single-cell transcriptomes
2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab105
PMID:34859209
|
研究论文 | 本文介绍了RNA-Scoop,一个用于分析单细胞转录组中转录本使用情况的交互式细胞簇和转录组可视化工具 | RNA-Scoop允许用户检查不同簇之间的差异转录本表达,并研究特定转录本表达机制在细胞组中的变化 | NA | 开发一个工具来分析单细胞转录组中的转录本使用情况 | 单细胞转录组中的转录本使用情况 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
Inhibition of the renin-angiotensin system causes concentric hypertrophy of renal arterioles in mice and humans
2021-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154337
PMID:34762601
|
研究论文 | 研究通过使用携带荧光细胞谱系示踪剂的小鼠、单细胞RNA测序以及在人和小鼠中长期抑制肾素-血管紧张素系统(RAS),发现肾素缺失或RAS抑制导致肾内动脉和 arterioles 向心性增厚 | 首次揭示了肾素细胞的多克隆扩张和转化,从经典内分泌表型转变为基质分泌表型,导致血管疾病 | 需要对人类进行前瞻性形态学研究,以确定广泛使用RAS抑制剂导致的肾血管损伤程度 | 探讨肾素-血管紧张素系统抑制对肾血管结构的影响 | 小鼠和人类的肾内动脉和 arterioles | NA | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
EASI-FISH for thick tissue defines lateral hypothalamus spatio-molecular organization
2021-12-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.11.024
PMID:34875226
|
研究论文 | 本文开发了EASI-FISH技术用于厚脑组织切片中基因表达的调查,并建立了一个计算流程来快速处理大量的EASI-FISH图像数据集 | EASI-FISH技术优化用于300μm厚的脑组织切片,有助于重建跨脑的分子空间域,并促进了分子定义细胞类型的迭代再分析 | NA | 确定分子定义细胞类型的空间组织和形态特征,以揭示支撑脑功能的结构 | 侧下丘脑区域(LHA)的分子定义细胞类型的空间分布 | 数字病理学 | NA | EASI-FISH | NA | 图像 | 数十种分子定义的细胞类型在侧下丘脑区域(LHA)的空间分布 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-07 |
HER3 Is an Actionable Target in Advanced Prostate Cancer
2021-12-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3360
PMID:34753775
|
研究论文 | 本文研究了HER3蛋白在晚期前列腺癌中的表达及其作为治疗靶点的潜力 | 首次展示了HER3在致命性前列腺癌中的高表达,并证实了HER3靶向治疗策略的有效性 | NA | 探讨HER3在前列腺癌中的作用及其作为治疗靶点的可行性 | HER3蛋白在前列腺癌中的表达及其对肿瘤生长和生存的影响 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光技术,单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 人类前列腺癌活检样本及小鼠转基因前列腺癌模型 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
YTHDF2 is essential for spermatogenesis and fertility by mediating a wave of transcriptional transition in spermatogenic cells
2021-Dec-08, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.1093/abbs/gmab148
PMID:34664060
|
研究论文 | 研究探讨了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用,通过生成特定基因突变体,揭示了YTHDF2对小鼠精子发生和生育能力的重要性 | 首次证明了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的关键作用,并揭示了其在转录后水平调控精子发生过程中的具体机制 | 研究主要集中在小鼠模型上,未来需要进一步在其他哺乳动物中验证YTHDF2的作用 | 探讨YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用及其对生育能力的影响 | YTHDF2在小鼠精子发生中的功能及其对生育能力的影响 | NA | 男性不育 | RNA-seq, MeRIP-qPCR, 荧光激活细胞分选 | NA | 转录组数据 | 特定基因突变体Ythdf2-vKO小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
Neurexin-3 defines synapse- and sex-dependent diversity of GABAergic inhibition in ventral subiculum
2021-12-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110098
PMID:34879268
|
研究论文 | 研究通过电生理切片、成像和单细胞RNA测序技术,探讨了Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的作用及其与性别的关系 | 首次揭示了Neurexin-3在腹下托抑制性突触中的多重作用,并发现了其在性别上的差异性表现 | NA | 探究腹下托抑制性局部回路的内在连接和突触特性 | Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的功能 | 神经科学 | NA | 电生理切片、成像、单细胞RNA测序 | NA | 电生理数据、图像、RNA序列 | 雄性和雌性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
Parity-induced changes to mammary epithelial cells control NKT cell expansion and mammary oncogenesis
2021-12-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110099
PMID:34879282
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了未产和已产雌性小鼠乳腺组织中上皮和非上皮细胞的组成,发现妊娠后乳腺上皮细胞(MECs)中γδ自然杀伤T样免疫细胞(NKTs)的扩张和免疫信号分子的上调,揭示了妊娠如何调节MECs与免疫微环境之间的交流,并建立了妊娠、免疫微环境和乳腺肿瘤发生之间的因果关系。 | 首次揭示了妊娠后乳腺上皮细胞中CD1d分子的上调导致NKTs细胞扩张,进而影响乳腺肿瘤的发生。 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证这些发现。 | 探讨妊娠对乳腺微环境的影响及其与乳腺肿瘤发生的关系。 | 乳腺上皮细胞(MECs)和γδ自然杀伤T样免疫细胞(NKTs)。 | 数字病理学 | 乳腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未产和已产雌性小鼠的乳腺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Vascular Smooth Muscle Cell Subpopulations and Neointimal Formation in Mouse Models of Elastin Insufficiency
2021-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315681
PMID:34587758
|
研究论文 | 本研究利用缺乏弹性蛋白(Eln)的小鼠模型,研究了血管平滑肌细胞(SMCs)的来源和表型异质性,以及它们在升主动脉中新内膜形成中的作用 | 首次通过单细胞测序和细胞系标记技术,识别了新内膜细胞群,并揭示了这些细胞独特的发育来源和转录特征 | NA | 探讨弹性蛋白不足情况下,血管平滑肌细胞的适应性变化及其在新内膜形成中的作用 | 血管平滑肌细胞及其在新内膜形成中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | SMC-Eln敲除小鼠中的两个独特的SMC群体 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples
2021-Dec-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041
PMID:36475567
|
研究论文 | 本文利用多重单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达 | 采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸(Ab-HTO)和10× Genomics技术进行样本多重标记,降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应 | NA | 研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育 | 小鼠胸腺和脾脏样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠胸腺和脾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-07 |
Injury-induced ASCL1 expression orchestrates a transitory cell state required for repair of the neonatal cerebellum
2021-Dec-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abj1598
PMID:34878841
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和命运图谱技术,研究了新生儿小脑损伤后的修复过程,特别是Bergmann胶质层中的神经发生性前体细胞(NEP)的适应性重编程 | 首次定义了NEP的分子亚型及其在稳态和修复过程中的谱系,并揭示了ASCL1表达在损伤诱导的适应性重编程中的关键作用 | NA | 理解新生儿小脑损伤后的修复机制 | 新生儿小脑中的神经发生性前体细胞(NEP)及其在损伤后的适应性重编程 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-07 |
Intranasal priming induces local lung-resident B cell populations that secrete protective mucosal antiviral IgA
2021-Dec-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abj5129
PMID:34890255
|
研究论文 | 研究通过鼻内免疫在小鼠流感病毒感染模型中诱导局部肺部IgA分泌,并探讨了IgA分泌细胞的类型及其在肺部保护性免疫中的作用 | 首次展示了鼻内免疫而非系统性免疫能诱导肺部局部IgA分泌,并发现肺部存在多种IgA表达细胞,包括组织驻留记忆B细胞、浆母细胞和浆细胞 | 研究主要基于小鼠模型,其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨肺部局部IgA分泌细胞的类型及其在保护性免疫中的作用,为设计针对呼吸道病毒感染的高效疫苗策略提供信息 | 肺部局部IgA分泌细胞及其在保护性免疫中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
Targeting metabotropic glutamate receptor 4 for cancer immunotherapy
2021-Dec-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abj4226
PMID:34890233
|
研究论文 | 本研究报告了代谢型谷氨酸受体4(GRM4)在抑制抗肿瘤免疫中的新作用,并通过遗传敲除或药物抑制在三种小鼠同源肿瘤模型中显著延迟了肿瘤生长 | 首次揭示了GRM4在抑制抗肿瘤免疫中的作用,并展示了通过靶向GRM4进行癌症免疫治疗的新方法 | NA | 探索代谢型谷氨酸受体4(GRM4)在癌症免疫治疗中的作用 | 代谢型谷氨酸受体4(GRM4)及其在肿瘤免疫中的作用 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析 | NA | RNA | 三种小鼠同源肿瘤模型(B16,MC38,3LL) | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-07 |
Location Matters: Profiling Diffuse Type Gastric Cancer At the Single-Cell Level
2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2935
PMID:34556549
|
研究论文 | 本研究利用空间单细胞转录组学技术,分析了原发性弥漫型胃癌患者肿瘤不同位置的细胞差异 | 首次揭示了弥漫型胃癌中不同位置的癌细胞和基质细胞的差异,特别是深层肿瘤区域基质细胞表达的CCL2对免疫抑制微环境的潜在驱动作用 | NA | 研究弥漫型胃癌中单细胞水平的空间转录组学特征 | 弥漫型胃癌患者的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Uncovering cell identity through differential stability with Cepo
2021-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00172-2
PMID:38217190
|
研究论文 | 本文介绍了Cepo方法,通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份 | Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法,提高了细胞身份分配和相关应用的准确性 | NA | 探索细胞身份的定义 | 单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
Characterizing Neonatal Heart Maturation, Regeneration, and Scar Resolution Using Spatial Transcriptomics
2021-Dec-21, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd9010001
PMID:35050211
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探讨了新生小鼠心脏在心尖切除后修复过程中的成熟、再生和瘢痕愈合机制 | 本研究首次利用空间转录组学技术,揭示了新生小鼠心脏在再生和非再生时间点的动态表型变化,以及瘢痕愈合过程中的基因表达程序 | NA | 研究新生哺乳动物心脏的再生潜力及其修复机制 | 新生小鼠心脏的再生和瘢痕愈合过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-08 |
Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Differences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a
PMID:35837268
|
研究论文 | 本文通过比较SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)与Smart-seq2和Smart-seq3等方法,评估了单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | SSsc PLUS在便利性、灵敏度、基因识别和可重复性方面优于其他全长方法,并兼容自动化平台 | NA | 评估单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | 单细胞mRNA测序技术 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-08 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Platforms and Methods
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.3eccea01
PMID:35837267
|
研究论文 | 本文比较了基于微流控、基于平板和基于液滴的单细胞RNA测序技术在多个平台上的应用 | 本文首次全面比较了不同单细胞RNA测序平台和技术,包括Fluidigm C1、WaferGen iCell8、10x Genomics Chromium Controller和Illumina/BioRad ddSEQ | 本文主要关注技术比较,未涉及临床应用或其他生物学验证 | 展示用于分析单个细胞中超低量RNA的RNA测序方法 | SUM149PT细胞在组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A处理和未处理条件下的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个单细胞RNA测序平台,具体细胞数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-08 |
An Overview of Algorithms and Associated Applications for Single Cell RNA-Seq Data Imputation
2021-Dec-30, Current genomics
IF:1.8Q3
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA-Seq数据插补算法的现状及其相关应用 | 介绍了使用深度学习方法开发插补技术的必要性,以解决未来大规模和异质数据集的挑战 | NA | 为进行单细胞RNA-Seq数据分析的科学社区提供可用的插补算法/工作流程和相关软件的目录 | 单细胞RNA-Seq数据插补算法及其软件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-08 |
IL-17 Receptor C Signaling Controls CD4+ TH17 Immune Responses and Tissue Injury in Immune-Mediated Kidney Diseases
2021-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021030426
PMID:35167487
|
研究论文 | 本文研究了IL-17受体C信号在CD4+ TH17免疫反应和免疫介导的肾脏疾病中的组织损伤控制作用 | 发现了IL-17受体C信号在调节CD4+ TH17细胞和控制器官特异性自身免疫中的新功能 | NA | 探讨IL-17受体C信号在CD4+ TH17细胞中的功能及其在肾脏疾病中的作用 | IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠的肾CD4+ T细胞亚群 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠用于分选肾CD4+ T细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-08 |
Lipid-related protein NECTIN2 is an important marker in the progression of carotid atherosclerosis: An intersection of clinical and basic studies
2021-Dec-01, Journal of translational internal medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.2478/jtim-2021-0044
PMID:35136728
|
研究论文 | 本研究探讨了脂质相关蛋白NECTIN2在颈动脉粥样硬化进展中的作用 | NECTIN2被识别为影响颈动脉粥样硬化的关键因素,并可能成为新的临床预防治疗靶点 | NA | 探索NECTIN2在颈动脉粥样硬化中的潜在作用 | 颈动脉粥样硬化患者和APOE-/-大鼠 | NA | 心血管疾病 | NA | NA | 单细胞转录组和微阵列数据 | 108名患者和APOE-/-大鼠 | NA | NA | NA | NA |