单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 229 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Uncovering cell identity through differential stability with Cepo
2021-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00172-2
PMID:38217190
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研究论文 | 本文介绍了Cepo方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份 | Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法，提高了细胞身份分配和相关应用的准确性 | NA | 探索细胞身份的定义 | 单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 62 | 2024-08-07 |
Characterizing Neonatal Heart Maturation, Regeneration, and Scar Resolution Using Spatial Transcriptomics
2021-Dec-21, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd9010001
PMID:35050211
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，探讨了新生小鼠心脏在心尖切除后修复过程中的成熟、再生和瘢痕愈合机制 | 本研究首次利用空间转录组学技术，揭示了新生小鼠心脏在再生和非再生时间点的动态表型变化，以及瘢痕愈合过程中的基因表达程序 | NA | 研究新生哺乳动物心脏的再生潜力及其修复机制 | 新生小鼠心脏的再生和瘢痕愈合过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠心脏样本 |
| 63 | 2024-08-08 |
Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Differences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a
PMID:35837268
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研究论文 | 本文通过比较SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)与Smart-seq2和Smart-seq3等方法，评估了单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | SSsc PLUS在便利性、灵敏度、基因识别和可重复性方面优于其他全长方法，并兼容自动化平台 | NA | 评估单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | 单细胞mRNA测序技术 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | NA |
| 64 | 2024-08-08 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Platforms and Methods
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.3eccea01
PMID:35837267
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研究论文 | 本文比较了基于微流控、基于平板和基于液滴的单细胞RNA测序技术在多个平台上的应用 | 本文首次全面比较了不同单细胞RNA测序平台和技术，包括Fluidigm C1、WaferGen iCell8、10x Genomics Chromium Controller和Illumina/BioRad ddSEQ | 本文主要关注技术比较，未涉及临床应用或其他生物学验证 | 展示用于分析单个细胞中超低量RNA的RNA测序方法 | SUM149PT细胞在组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A处理和未处理条件下的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个单细胞RNA测序平台，具体细胞数量未详细说明 |
| 65 | 2024-08-08 |
An Overview of Algorithms and Associated Applications for Single Cell RNA-Seq Data Imputation
2021-Dec-30, Current genomics
IF:1.8Q3
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综述 | 本文综述了单细胞RNA-Seq数据插补算法的现状及其相关应用 | 介绍了使用深度学习方法开发插补技术的必要性，以解决未来大规模和异质数据集的挑战 | NA | 为进行单细胞RNA-Seq数据分析的科学社区提供可用的插补算法/工作流程和相关软件的目录 | 单细胞RNA-Seq数据插补算法及其软件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | NA |
| 66 | 2024-08-08 |
IL-17 Receptor C Signaling Controls CD4+ TH17 Immune Responses and Tissue Injury in Immune-Mediated Kidney Diseases
2021-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021030426
PMID:35167487
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研究论文 | 本文研究了IL-17受体C信号在CD4+ TH17免疫反应和免疫介导的肾脏疾病中的组织损伤控制作用 | 发现了IL-17受体C信号在调节CD4+ TH17细胞和控制器官特异性自身免疫中的新功能 | NA | 探讨IL-17受体C信号在CD4+ TH17细胞中的功能及其在肾脏疾病中的作用 | IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠的肾CD4+ T细胞亚群 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠用于分选肾CD4+ T细胞亚群 |
| 67 | 2024-08-08 |
Lipid-related protein NECTIN2 is an important marker in the progression of carotid atherosclerosis: An intersection of clinical and basic studies
2021-Dec-01, Journal of translational internal medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.2478/jtim-2021-0044
PMID:35136728
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研究论文 | 本研究探讨了脂质相关蛋白NECTIN2在颈动脉粥样硬化进展中的作用 | NECTIN2被识别为影响颈动脉粥样硬化的关键因素，并可能成为新的临床预防治疗靶点 | NA | 探索NECTIN2在颈动脉粥样硬化中的潜在作用 | 颈动脉粥样硬化患者和APOE-/-大鼠 | NA | 心血管疾病 | NA | NA | 单细胞转录组和微阵列数据 | 108名患者和APOE-/-大鼠 |
| 68 | 2024-08-08 |
Prudent application of single-cell RNA sequencing in understanding cellular features and functional phenotypes in cancer studies
2021-Dec-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中理解细胞特征和功能表型的应用 | scRNA-seq提供了一种无偏见的方法来揭示不同细胞子集的特征，并有助于揭示复杂系统中的异质性 | 研究者需要注意组织解离、细胞捕获和转录物测量中的潜在缺陷，这些可能影响细胞组成评估和细胞功能注释 | 提高对组织稳态和癌症生物学的理解 | 单细胞RNA测序技术在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 69 | 2024-08-08 |
ZERO-INFLATED QUANTILE RANK-SCORE BASED TEST (ZIQRANK) WITH APPLICATION TO SCRNA-SEQ DIFFERENTIAL GENE EXPRESSION ANALYSIS
2021-Dec, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/21-aoas1442
PMID:35116085
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研究论文 | 本文提出了一种基于零膨胀分位数秩得分检验（ZIQRank）的方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | ZIQRank方法同时处理了单细胞RNA测序数据的多模态和零膨胀特性，通过两部分分位数回归模型进行零计数的逻辑建模和多个预设分位数的秩得分检验，提高了检测差异表达基因的准确性 | NA | 开发一种新的统计方法，用于提高单细胞RNA测序数据中差异基因表达分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的差异基因表达 | 生物信息学 | 脑瘤 | scRNA-seq | 两部分分位数回归模型 | 基因表达数据 | 涉及人类胶质母细胞瘤肿瘤和鼠肠道类器官细胞的数据 |
| 70 | 2024-08-08 |
NonLoss: a novel analytical method for differential biological module identification from single-cell transcriptome
2021-Dec, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-6401
PMID:35071482
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NonLoss的新型计算分析方法和桌面应用程序，用于从单细胞转录组数据中识别差异生物模块 | NonLoss方法通过处理特定功能模块中所有基因的表达水平数据，进行降维和功能识别的可靠性分析，避免了单个基因的随机干扰 | NA | 开发一种更稳健的计算分析方法，以从单细胞转录组数据中提取真实的生物学差异 | 单细胞转录组数据中的差异生物模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 71 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analysis of Aneurysmal Aortic Tissue in Patients with Marfan Syndrome Reveals Dysfunctional TGF-β Signaling
2021-12-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13010095
PMID:35052435
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了马方综合征患者升主动脉瘤组织中的细胞群变化和基因表达 | 首次揭示了马方综合征中升主动脉瘤组织中细胞群的变化，特别是平滑肌细胞的增殖和分化状态的改变，以及TGF-β信号通路的异常 | 样本量较小，仅包括3例马方综合征患者和4例年龄匹配的非动脉瘤对照组 | 探究马方综合征中升主动脉瘤发展的分子和细胞机制 | 马方综合征患者的升主动脉瘤组织和非动脉瘤对照组组织 | 数字病理学 | 马方综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3例马方综合征患者和4例年龄匹配的非动脉瘤对照组 |
| 72 | 2024-08-08 |
mDrop-Seq: Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq of Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans
2021-Dec-27, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines10010030
PMID:35062691
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研究论文 | 本文介绍了一种名为mDrop-seq的高通量单细胞RNA测序技术，用于分析两种酵母物种的转录组 | mDrop-seq技术能够克服微生物细胞壁坚硬和RNA含量低的挑战，实现高通量单细胞RNA测序 | NA | 旨在开发一种能够量化不同酵母物种基因表达变异的高通量单细胞RNA测序技术 | 研究对象包括酵母菌Saccharomyces cerevisiae和Candida albicans | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共分析了74,814个细胞 |
| 73 | 2024-08-08 |
Dissecting the Complexity of Early Heart Progenitor Cells
2021-Dec-26, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd9010005
PMID:35050215
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综述 | 本文综述了早期心脏发育中细胞异质性的三个关键方面 | 利用单细胞方法提供了前所未有的细胞异质性细节，为解析其功能作用提供了新机会 | 尽管有数十年的研究，我们对原始心脏管形成的谱系分隔的全面复杂性仍知之甚少 | 探讨早期心脏形态发生的关键方面，并讨论单细胞转录组学和表观基因组学等技术如何可能改变我们对心脏发育复杂性的理解 | 早期心脏发育中的心肌和内皮谱系分隔、信号引导的这些前体细胞分化以及原始心脏管中心肌细胞前体的转录异质性 | NA | 先天性心脏缺陷 | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-08 |
Decode the Stable Cell Communications Based on Neuropeptide-Receptors Network in 36746 Tumor Cells
2021-Dec-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines10010014
PMID:35052689
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研究论文 | 本文通过系统性的单细胞转录组数据整合分析，研究了不同恶性肿瘤中神经肽介导的细胞通讯的相似性和变异性 | 首次在单细胞水平上阐明了神经肽及其受体的分子机制，并构建了细胞间的通讯网络 | 研究主要基于已知的神经肽和受体的相互作用，可能存在未知的相互作用未被纳入分析 | 旨在阐明不同癌症类型中神经肽-受体网络介导的稳定细胞通讯模式 | 36746个肿瘤细胞中的神经肽-受体网络 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 72个癌症数据集，涵盖24种癌症类型 |
| 75 | 2024-08-08 |
Role of Human Antigen R (HuR) in the Regulation of Pulmonary ACE2 Expression
2021-12-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11010022
PMID:35011584
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研究论文 | 研究HuR蛋白在调节肺部ACE2表达中的作用 | 首次探讨ACE2与HuR之间的关联 | 需要进一步研究ACE2表达调控的机制 | 探究COPD患者中ACE2表达的调控机制 | COPD患者和吸烟者的肺组织及人肺细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 成像流式细胞术 | NA | scRNA-seq数据, 免疫组织化学图像 | COPD患者和吸烟者的肺组织及人肺细胞 |
| 76 | 2024-08-08 |
Differential analysis of binarized single-cell RNA sequencing data captures biological variation
2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab118
PMID:34988441
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研究论文 | 本文提出使用二值化表达谱来识别单细胞RNA测序数据中的生物变异效应 | 采用二值化表达数据来更准确地表示生物变异，并揭示转录本的相对丰度 | NA | 识别单细胞RNA测序数据中的生物变异 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 16个公开可用和模拟的数据集 |
| 77 | 2024-08-08 |
eNOS controls angiogenic sprouting and retinal neovascularization through the regulation of endothelial cell polarity
2021-Dec-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-021-04042-y
PMID:34971428
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研究论文 | 本研究探讨了eNOS在血管新生过程中的作用，特别是在内皮细胞极性调控中的角色 | 首次详细阐述了eNOS通过调节内皮细胞极性影响血管新生和视网膜新生血管化的机制 | NA | 研究eNOS在血管新生和视网膜新生血管化中的作用 | 内皮细胞的极性和血管新生 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | eNOS敲除小鼠的视网膜内皮细胞 |
| 78 | 2024-08-08 |
TREM2-independent oligodendrocyte, astrocyte, and T cell responses to tau and amyloid pathology in mouse models of Alzheimer disease
2021-12-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110158
PMID:34965428
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，广泛分析了三种不同阿尔茨海默病（AD）小鼠模型中的13种细胞类型，重点研究了微胶质细胞、少突胶质细胞、星形胶质细胞和T细胞对tau和淀粉样病理的反应。 | 研究发现了少突胶质细胞在不同疾病模型中出现的两种不同的转录状态，并确定了它们的空间分布。此外，研究还探讨了Trem2缺失在合并病理背景下的影响。 | NA | 研究非神经元细胞在神经退行性疾病中的反应，以及这些反应如何影响疾病的发病机制和进展。 | 微胶质细胞、少突胶质细胞、星形胶质细胞和T细胞对tau和淀粉样病理的反应。 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三种不同阿尔茨海默病小鼠模型中的13种细胞类型 |
| 79 | 2024-08-08 |
Conjoint analysis of circulating tumor cells and solid tumors for exploring potential prognostic markers and constructing a robust novel predictive signature for breast cancer
2021-Dec-25, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-021-02415-8
PMID:34953500
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研究论文 | 本研究通过分析循环肿瘤细胞和实体瘤的基因表达数据，探索乳腺癌的潜在预后标志物并构建一个新的预测模型 | 首次在分子水平上研究循环肿瘤细胞的异质性，并利用这些信息构建了一个18基因的风险评分模型，用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和批量测序数据，可能存在样本量不足的问题 | 探索乳腺癌的潜在预后标志物并构建一个稳健的新预测模型 | 循环肿瘤细胞和实体瘤的基因表达数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 涉及乳腺癌患者的循环肿瘤细胞和实体瘤样本 |
| 80 | 2024-08-08 |
Spatially Resolved Expression of Transposable Elements in Disease and Somatic Tissue with SpatialTE
2021-Dec-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms222413623
PMID:34948421
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialTE的工具，用于分析空间转录组学数据中的转座子表达，并展示了其在体细胞和疾病组织中的应用 | SpatialTE工具能够分析空间转录组学数据中的转座子表达，这是由于转座子的高度重复性质在以往的研究中未被充分探讨 | NA | 研究转座子在空间上的表达模式及其在基因调控中的作用 | 转座子在体细胞和疾病组织中的表达 | NA | 肌萎缩侧索硬化症（ALS） | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |