单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Transcriptomic Mapping of Neural Diversity, Differentiation and Functional Trajectory in iPSC-Derived 3D Brain Organoid Models 2021-12-05, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123422 PMID:34943930	研究论文	本研究结合并分析了8个脑类器官转录组数据库，研究分化协议与其在不同3D类器官和外来脑模型中产生的细胞功能之间的相关性	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）转录组数据集进行综合分析，探索晚期神经功能发育的转录组研究	类器官间的高变异性使得特定基因调控途径在3D类器官与原生大脑之间的比较变得困难	研究中枢神经系统（CNS）的发育和病理生理学，特别是神经多样性、分化和功能轨迹	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的3D脑类器官模型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA（主成分分析）和UMAP（均匀流形近似投影）	转录组数据	8个脑类器官转录组数据库
42	2024-08-07	DropletQC: improved identification of empty droplets and damaged cells in single-cell RNA-seq data 2021-12-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02547-0 PMID:34857027	研究论文	本文介绍了一种名为DropletQC的新方法，用于检测单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞，并准确区分它们	DropletQC基于一种新的质量控制指标——核分数，该指标量化了每个液滴中来自未剪接的核前mRNA的RNA分数	NA	提高单细胞RNA测序数据中空液滴和受损细胞的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	通常涉及数万个细胞的单次实验
43	2024-08-07	Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver 2021-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27354-w PMID:34857782	research paper	本文应用空间转录组学技术对小鼠肝脏组织切片进行转录组分析，揭示了肝脏组织中的区域化和结构成分的转录模式	引入了新的计算方法来测量组织结构间的转录梯度，并发现了肝脏组织中先前未被转录表征的结构	NA	探索小鼠肝脏的空间转录组学特征，特别是区域化和结构成分的转录模式	小鼠肝脏组织的空间转录组学特征	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
44	2024-08-07	Testicular injury during SARS-CoV-2 infection may be neglected: An assessment from scRNA-seq profiling and protein detection of angiotensin-converting enzyme II 2021-Dec, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2021.10920 PMID:34765026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，探讨了SARS-CoV-2对男性生殖系统的潜在损害	首次详细分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，揭示了睾丸损伤可能被临床医生忽视的问题	NA	探讨SARS-CoV-2是否能损害男性生殖系统	SARS-CoV-2感染患者的睾丸组织	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	成人睾丸细胞中ACE2 mRNA表达的细胞比例为5.45%、1.24%和0.423%，婴儿睾丸细胞中为5.00%、0.56%和0.73%
45	2024-08-07	Delayed induction of type I and III interferons mediates nasal epithelial cell permissiveness to SARS-CoV-2 2021-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27318-0 PMID:34876592	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探讨了SARS-CoV-2在人类鼻上皮细胞中的感染及其引发的I型和III型干扰素反应	首次详细描述了SARS-CoV-2感染鼻上皮细胞后I型和III型干扰素的延迟诱导现象，并探讨了重组干扰素作为化学预防策略的可能性	NA	研究SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的感染机制及其引发的免疫反应	人类鼻上皮细胞及其对SARS-CoV-2的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 蛋白质组学	NA	RNA, 蛋白质	NA
46	2024-08-07	RNA-Scoop: interactive visualization of transcripts in single-cell transcriptomes 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab105 PMID:34859209	研究论文	本文介绍了RNA-Scoop，一个用于分析单细胞转录组中转录本使用情况的交互式细胞簇和转录组可视化工具	RNA-Scoop允许用户检查不同簇之间的差异转录本表达，并研究特定转录本表达机制在细胞组中的变化	NA	开发一个工具来分析单细胞转录组中的转录本使用情况	单细胞转录组中的转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
47	2024-08-07	Inhibition of the renin-angiotensin system causes concentric hypertrophy of renal arterioles in mice and humans 2021-12-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154337 PMID:34762601	研究论文	研究通过使用携带荧光细胞谱系示踪剂的小鼠、单细胞RNA测序以及在人和小鼠中长期抑制肾素-血管紧张素系统(RAS)，发现肾素缺失或RAS抑制导致肾内动脉和 arterioles 向心性增厚	首次揭示了肾素细胞的多克隆扩张和转化，从经典内分泌表型转变为基质分泌表型，导致血管疾病	需要对人类进行前瞻性形态学研究，以确定广泛使用RAS抑制剂导致的肾血管损伤程度	探讨肾素-血管紧张素系统抑制对肾血管结构的影响	小鼠和人类的肾内动脉和 arterioles	NA	高血压	单细胞RNA测序	NA	NA	小鼠和人类样本
48	2024-08-07	EASI-FISH for thick tissue defines lateral hypothalamus spatio-molecular organization 2021-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.11.024 PMID:34875226	研究论文	本文开发了EASI-FISH技术用于厚脑组织切片中基因表达的调查，并建立了一个计算流程来快速处理大量的EASI-FISH图像数据集	EASI-FISH技术优化用于300μm厚的脑组织切片，有助于重建跨脑的分子空间域，并促进了分子定义细胞类型的迭代再分析	NA	确定分子定义细胞类型的空间组织和形态特征，以揭示支撑脑功能的结构	侧下丘脑区域（LHA）的分子定义细胞类型的空间分布	数字病理学	NA	EASI-FISH	NA	图像	数十种分子定义的细胞类型在侧下丘脑区域（LHA）的空间分布
49	2024-08-07	HER3 Is an Actionable Target in Advanced Prostate Cancer 2021-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3360 PMID:34753775	研究论文	本文研究了HER3蛋白在晚期前列腺癌中的表达及其作为治疗靶点的潜力	首次展示了HER3在致命性前列腺癌中的高表达，并证实了HER3靶向治疗策略的有效性	NA	探讨HER3在前列腺癌中的作用及其作为治疗靶点的可行性	HER3蛋白在前列腺癌中的表达及其对肿瘤生长和生存的影响	数字病理学	前列腺癌	多重免疫荧光技术，单细胞RNA测序	NA	组织样本	人类前列腺癌活检样本及小鼠转基因前列腺癌模型
50	2024-08-07	YTHDF2 is essential for spermatogenesis and fertility by mediating a wave of transcriptional transition in spermatogenic cells 2021-Dec-08, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.1093/abbs/gmab148 PMID:34664060	研究论文	研究探讨了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用，通过生成特定基因突变体，揭示了YTHDF2对小鼠精子发生和生育能力的重要性	首次证明了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的关键作用，并揭示了其在转录后水平调控精子发生过程中的具体机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他哺乳动物中验证YTHDF2的作用	探讨YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用及其对生育能力的影响	YTHDF2在小鼠精子发生中的功能及其对生育能力的影响	NA	男性不育	RNA-seq, MeRIP-qPCR, 荧光激活细胞分选	NA	转录组数据	特定基因突变体Ythdf2-vKO小鼠
51	2024-08-07	Neurexin-3 defines synapse- and sex-dependent diversity of GABAergic inhibition in ventral subiculum 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110098 PMID:34879268	研究论文	研究通过电生理切片、成像和单细胞RNA测序技术，探讨了Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的作用及其与性别的关系	首次揭示了Neurexin-3在腹下托抑制性突触中的多重作用，并发现了其在性别上的差异性表现	NA	探究腹下托抑制性局部回路的内在连接和突触特性	Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的功能	神经科学	NA	电生理切片、成像、单细胞RNA测序	NA	电生理数据、图像、RNA序列	雄性和雌性小鼠
52	2024-08-07	Parity-induced changes to mammary epithelial cells control NKT cell expansion and mammary oncogenesis 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110099 PMID:34879282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了未产和已产雌性小鼠乳腺组织中上皮和非上皮细胞的组成，发现妊娠后乳腺上皮细胞（MECs）中γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）的扩张和免疫信号分子的上调，揭示了妊娠如何调节MECs与免疫微环境之间的交流，并建立了妊娠、免疫微环境和乳腺肿瘤发生之间的因果关系。	首次揭示了妊娠后乳腺上皮细胞中CD1d分子的上调导致NKTs细胞扩张，进而影响乳腺肿瘤的发生。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨妊娠对乳腺微环境的影响及其与乳腺肿瘤发生的关系。	乳腺上皮细胞（MECs）和γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）。	数字病理学	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	未产和已产雌性小鼠的乳腺组织
53	2024-08-07	Vascular Smooth Muscle Cell Subpopulations and Neointimal Formation in Mouse Models of Elastin Insufficiency 2021-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315681 PMID:34587758	研究论文	本研究利用缺乏弹性蛋白（Eln）的小鼠模型，研究了血管平滑肌细胞（SMCs）的来源和表型异质性，以及它们在升主动脉中新内膜形成中的作用	首次通过单细胞测序和细胞系标记技术，识别了新内膜细胞群，并揭示了这些细胞独特的发育来源和转录特征	NA	探讨弹性蛋白不足情况下，血管平滑肌细胞的适应性变化及其在新内膜形成中的作用	血管平滑肌细胞及其在新内膜形成中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	SMC-Eln敲除小鼠中的两个独特的SMC群体
54	2024-08-07	Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples 2021-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041 PMID:36475567	研究论文	本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达	采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应	NA	研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育	小鼠胸腺和脾脏样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠胸腺和脾脏样本
55	2024-08-07	The onset of circulation triggers a metabolic switch required for endothelial to hematopoietic transition 2021-12-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110103 PMID:34910918	研究论文	本文研究了血液循环启动如何影响造血干细胞（HSC）的产生，特别是在Ncx1小鼠胚胎中，血液循环缺失对HSC前体细胞的影响。	首次揭示了血液循环启动触发代谢转换，这对于内皮细胞向造血细胞的转变至关重要。	实验仅限于Ncx1小鼠胚胎，可能需要进一步研究以验证在其他物种或模型中的适用性。	探讨血液循环启动对造血干细胞生成的影响及其机制。	研究对象为Ncx1小鼠胚胎中的造血干细胞前体细胞。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及Ncx1小鼠胚胎的单细胞转录组数据
56	2024-08-07	Injury-induced ASCL1 expression orchestrates a transitory cell state required for repair of the neonatal cerebellum 2021-Dec-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj1598 PMID:34878841	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和命运图谱技术，研究了新生儿小脑损伤后的修复过程，特别是Bergmann胶质层中的神经发生性前体细胞（NEP）的适应性重编程	首次定义了NEP的分子亚型及其在稳态和修复过程中的谱系，并揭示了ASCL1表达在损伤诱导的适应性重编程中的关键作用	NA	理解新生儿小脑损伤后的修复机制	新生儿小脑中的神经发生性前体细胞（NEP）及其在损伤后的适应性重编程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
57	2024-08-07	Intranasal priming induces local lung-resident B cell populations that secrete protective mucosal antiviral IgA 2021-Dec-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abj5129 PMID:34890255	研究论文	研究通过鼻内免疫在小鼠流感病毒感染模型中诱导局部肺部IgA分泌，并探讨了IgA分泌细胞的类型及其在肺部保护性免疫中的作用	首次展示了鼻内免疫而非系统性免疫能诱导肺部局部IgA分泌，并发现肺部存在多种IgA表达细胞，包括组织驻留记忆B细胞、浆母细胞和浆细胞	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨肺部局部IgA分泌细胞的类型及其在保护性免疫中的作用，为设计针对呼吸道病毒感染的高效疫苗策略提供信息	肺部局部IgA分泌细胞及其在保护性免疫中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
58	2024-08-07	Targeting metabotropic glutamate receptor 4 for cancer immunotherapy 2021-Dec-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj4226 PMID:34890233	研究论文	本研究报告了代谢型谷氨酸受体4（GRM4）在抑制抗肿瘤免疫中的新作用，并通过遗传敲除或药物抑制在三种小鼠同源肿瘤模型中显著延迟了肿瘤生长	首次揭示了GRM4在抑制抗肿瘤免疫中的作用，并展示了通过靶向GRM4进行癌症免疫治疗的新方法	NA	探索代谢型谷氨酸受体4（GRM4）在癌症免疫治疗中的作用	代谢型谷氨酸受体4（GRM4）及其在肿瘤免疫中的作用	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体分析	NA	RNA	三种小鼠同源肿瘤模型（B16，MC38，3LL）
59	2024-08-07	Location Matters: Profiling Diffuse Type Gastric Cancer At the Single-Cell Level 2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2935 PMID:34556549	研究论文	本研究利用空间单细胞转录组学技术，分析了原发性弥漫型胃癌患者肿瘤不同位置的细胞差异	首次揭示了弥漫型胃癌中不同位置的癌细胞和基质细胞的差异，特别是深层肿瘤区域基质细胞表达的CCL2对免疫抑制微环境的潜在驱动作用	NA	研究弥漫型胃癌中单细胞水平的空间转录组学特征	弥漫型胃癌患者的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	胃癌	空间单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
60	2024-08-07	Decoding molecular and cellular heterogeneity of mouse nucleus accumbens 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00938-x PMID:34663959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重错误鲁棒荧光原位杂交技术，揭示了小鼠伏隔核中细胞的高度异质性	首次通过单细胞RNA测序和空间信息结合的方法，全面解析了伏隔核的分子、细胞和结构异质性	NA	揭示伏隔核的分子、细胞和结构异质性，以及这些异质性如何影响其功能	小鼠伏隔核的细胞异质性	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序，多重错误鲁棒荧光原位杂交	NA	RNA序列数据	NA