单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-08	Curc-mPEG454, a PEGylated curcumin derivative, as a multi-target anti-fibrotic prodrug 2021-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2021.108166 PMID:34628270	研究论文	本研究评估了PEG化姜黄素衍生物Curc-mPEG454在四氯化碳诱导的大鼠肝纤维化模型中的抗纤维化效果及其机制	Curc-mPEG454不仅提高了姜黄素的血液浓度，还保留了其抗炎活性，并通过调节多种信号通路有效抑制了纤维化相关细胞的扩张	NA	评估Curc-mPEG454的抗纤维化效果并探索其作用机制	Curc-mPEG454在四氯化碳诱导的大鼠肝纤维化模型中的作用	NA	肝纤维化	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	使用50 mg/kg和100 mg/kg Curc-mPEG454处理的大鼠
182	2024-08-08	MLG: multilayer graph clustering for multi-condition scRNA-seq data 2021-12-16, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab823 PMID:34581807	研究论文	本文介绍了一种多层图聚类方法（MLG），用于整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	MLG方法通过生成多层共享最近邻细胞图，提高了信噪比，并在大规模基准测试实验中表现出优于当前最佳实践的聚类准确性	NA	开发一种新的方法来整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	多条件单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多层图聚类（MLG）	单细胞转录组数据	多种数据集
183	2024-08-08	Neuropeptide repertoire and 3D anatomy of the ctenophore nervous system 2021-12-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2021.09.005 PMID:34587474	研究论文	本文研究了栉水母神经系统的神经肽组和三维结构	首次通过机器学习工具NeuroPID预测了129个新的假定神经肽前体，并验证了其中16个在特定神经结构中的定位，揭示了栉水母神经细胞类型的分子身份	NA	揭示栉水母神经系统的分子机制和结构特征	栉水母Mnemiopsis leidyi的神经肽组和神经系统	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	NA
184	2024-08-08	Cancer stem cells in gliomas: evolving concepts and therapeutic implications 2021-12-01, Current opinion in neurology IF:4.1Q2 DOI:10.1097/WCO.0000000000000994 PMID:34581301	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）在胶质瘤中的作用及其治疗意义	近期研究发现CSCs具有更深层次的复杂性，包括发育起源、可塑性、细胞状态及其与微环境的相互作用	CSCs的治疗靶向尚未完全实现	探讨CSCs的复杂本质及其在恶性脑肿瘤发病机制和治疗抵抗中的作用	癌症干细胞（CSCs）及其在胶质瘤中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	使用小鼠和患者来源的模型进行研究
185	2024-08-08	A Study of Gene Expression, Structure, and Contractility of iPSC-Derived Cardiac Myocytes from a Family with Heart Disease due to LMNA Mutation 2021-Dec, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-021-02850-8 PMID:34585335	研究论文	研究了由LMNA基因突变引起的家族性心脏病患者的iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	结合单细胞RNA测序和组织结构及收缩功能的分析，揭示了LMNA突变引起的心脏病的可能机制	使用iPSC衍生的心肌细胞引入了成熟度和功能的异质性，复杂化了实验结果的解释	探索LMNA突变引起的心脏病的机制	iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五个iPSC衍生的心肌细胞系，包括三个对照组和两个患者组
186	2024-08-08	From cell to cell: Identification of actionable targets in bone marrow fibrosis using single-cell technologies 2021-12, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2021.09.006 PMID:34601067	研究论文	本文利用单细胞技术在骨髓纤维化中识别可操作的靶点	利用单细胞RNA测序技术成功识别和表征疾病驱动细胞群，并发现S100A8/A9作为骨髓纤维化的重要介质和强效治疗靶点	NA	识别和验证骨髓纤维化中的可操作靶基因	骨髓纤维化中的细胞群和靶点	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因数据	涉及患者和鼠模型的骨髓细胞
187	2024-08-08	The changing landscape of the vulnerable plaque: a call for fine-tuning of preclinical models 2021-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2021.106924 PMID:34607015	研究论文	本文探讨了易损斑块的病理定义及其对心肌梗死和卒中机制的理解，并介绍了单细胞转录组学和其他组学方法在寻找细胞特异性决定因素中的应用	文章提出了基于单细胞转录组学和其他组学方法的新见解，这些方法有助于细化对易血栓形成病变的描述	文章提出了将细胞特异性见解转化为实际功能和转化发现的挑战	旨在细化临床前模型的描述，以更好地理解易损斑块及其相关机制	研究对象包括易损斑块的细胞组成、细胞可塑性以及与心血管事件相关的临床表现	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因组数据	涉及从人类动脉粥样硬化组织中提取的原代斑块细胞
188	2024-08-08	High throughput screening of novel AAV capsids identifies variants for transduction of adult NSCs within the subventricular zone 2021-Dec-10, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2021.07.001 PMID:34553001	研究论文	本研究通过高通量筛选177种脑室内注射的条形码AAV变体，利用RNA测序技术，鉴定出两种合成 capsid，能有效转导活跃和静止的成年神经干细胞	本研究首次鉴定出能高效转导成年神经干细胞的AAV变体，特别是AAV1_P5的进一步优化，实现了30%-60%的神经干细胞标记	NA	开发新的遗传修饰方法以重新激活成年神经干细胞的内在脑修复能力	成年哺乳动物大脑中的神经干细胞	基因治疗	NA	RNA测序	NA	RNA	177种AAV变体
189	2024-08-08	T cell dysfunction in glioblastoma: a barrier and an opportunity for the development of successful immunotherapies 2021-12-01, Current opinion in neurology IF:4.1Q2 DOI:10.1097/WCO.0000000000000988 PMID:34569985	研究论文	本文探讨了胶质母细胞瘤中T细胞功能障碍的问题，并分析了其在中枢神经系统免疫治疗中的挑战与机遇。	通过单细胞RNA测序等全面无偏倚技术，揭示了胶质母细胞瘤中肿瘤浸润T细胞的转录状态，发现其缺乏典型抗原驱动耗竭的特征，提示需要更好的肿瘤衍生抗原展示。	需要进一步研究胶质母细胞瘤肿瘤浸润T细胞功能障碍的自然史，确定这些细胞是否源自中枢神经系统驻留T细胞，以及如何进行治疗性操纵。	探索胶质母细胞瘤中T细胞功能障碍的机制，并为开发有效的免疫治疗策略提供新思路。	胶质母细胞瘤中的T细胞功能障碍及其在中枢神经系统免疫治疗中的作用。	免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
190	2024-08-08	Biallelic variants in YRDC cause a developmental disorder with progeroid features 2021-Dec, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-021-02347-3 PMID:34545459	研究论文	本文报道了一个因YRDC基因双等位变异导致的新生儿严重早衰表型的病例，并通过全外显子测序和功能分析揭示了该变异对YRDC功能的影响及其对tRNA修饰和端粒维持的影响。	本文首次报道了YRDC基因的双等位变异与发育障碍和早衰特征的关联，并开发了一种新的高灵敏度3-D Q-FISH分析方法来研究YRDC对端粒维持的影响。	本文主要基于单一病例的研究，需要更多的病例来验证YRDC变异与早衰表型的普遍性和相关性。	研究YRDC基因变异与发育障碍和早衰表型的关联及其分子机制。	一个具有严重早衰表型的新生儿及其衍生的成纤维细胞。	NA	发育障碍	全外显子测序，3-D Q-FISH分析，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	单一病例
191	2024-08-08	PsiNorm: a scalable normalization for single-cell RNA-seq data 2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab641 PMID:34499096	研究论文	本文提出了一种名为PsiNorm的单细胞RNA测序数据标准化方法，基于幂律帕累托分布参数估计的样本间标准化方法	PsiNorm是一种简单且高度可扩展的标准化方法，不需要参考样本，适用于监督分类设置中的新样本数据标准化	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据标准化方法，以解决现有方法在计算资源和时间上的高需求问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
192	2024-08-08	Redundant mechanisms driven independently by RUNX1 and GATA2 for hematopoietic development 2021-12-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2020003969 PMID:34492681	研究论文	本文通过研究zebrafish的runx1突变体，揭示了在缺乏功能性runx1的情况下，cd41-GFP+造血前体细胞仍能从造血内皮中出现并定植于突变胚胎的造血组织中，且gata2b在runx1-/-胚胎中的表达增加，表明RUNX1和GATA2在造血干细胞生成中具有冗余作用	发现RUNX1和GATA2在造血干细胞生成中具有冗余作用，相互作为对方的保障机制	NA	探究在缺乏功能性runx1的情况下，造血干细胞生成的补偿机制	zebrafish的runx1突变体及造血前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用3个新的zebrafish runx1-/-品系
193	2024-08-08	scDeepSort: a pre-trained cell-type annotation method for single-cell transcriptomics using deep learning with a weighted graph neural network 2021-12-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab775 PMID:34500471	研究论文	介绍了一种名为scDeepSort的预训练细胞类型注释工具，该工具利用加权图神经网络（GNN）的深度学习模型进行单细胞转录组学研究	scDeepSort是首个尝试使用预训练GNN模型对scRNA-seq数据进行细胞类型注释的方法，无需额外的参考资料，如标记基因或RNA-seq profiles	NA	开发一种高效的单细胞转录组数据细胞类型注释方法	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	加权图神经网络（GNN）	转录组数据	涉及56个人类和32个小鼠组织的764,741个细胞
194	2024-08-08	Evaluation of tumor microenvironmental immune regulation and prognostic in lung adenocarcinoma from the perspective of purinergic receptor P2Y13 2021-12, Bioengineered IF:4.2Q2 DOI:10.1080/21655979.2021.1971029 PMID:34494914	研究论文	本研究通过ESTIMATE评分系统和CIBERSORT方法分析了TCGA数据库中598个RNA转录本的肿瘤微环境评分，探讨了肺腺癌中肿瘤浸润免疫细胞与P2Y13受体的关系及其对预后的影响	首次探讨了P2Y13受体在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后标志物的潜力	NA	研究P2Y13受体在肺腺癌中的表达及其对肿瘤微环境和预后的影响	肺腺癌患者的肿瘤微环境和P2Y13受体的表达	数字病理学	肺腺癌	RNA测序, 免疫组化	NA	RNA转录本	598个RNA转录本, 人类肺腺癌组织
195	2024-08-08	Characterisation of Ppy-lineage cells clarifies the functional heterogeneity of pancreatic beta cells in mice 2021-12, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-021-05560-x PMID:34498099	研究论文	本研究通过使用Ppy-Cre驱动小鼠和PP特异性单克隆抗体，探讨了Ppy谱系细胞与β细胞之间的关联，并通过单细胞转录组分析和Ca2+成像评估了内分泌细胞的分子特征和β细胞的葡萄糖反应性	发现Ppy谱系细胞对四种主要类型的内分泌细胞（包括β细胞）有贡献，且Ppy谱系β细胞表现出不同的功能和基因表达特征	NA	阐明小鼠胰腺β细胞的功能异质性	胰腺Ppy谱系细胞和β细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Ca2+成像	NA	单细胞RNA序列	涉及Ppy-Cre驱动小鼠和实验性糖尿病模型小鼠
196	2024-08-08	Vertical sleeve gastrectomy triggers fast β-cell recovery upon overt diabetes 2021-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101330 PMID:34500108	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了垂直袖状胃切除术（VSG）在晚期糖尿病db/db小鼠模型中对β细胞功能恢复的影响	首次在单细胞水平上研究了VSG对晚期2型糖尿病（T2D）患者β细胞恢复的可能性，并揭示了VSG诱导的β细胞转录组内在变化及其功能改善	研究仅在db/db小鼠模型中进行，尚未在人类T2D患者中验证VSG的效果	探讨垂直袖状胃切除术在晚期2型糖尿病中恢复β细胞功能的作用及其机制	晚期糖尿病db/db小鼠模型	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	晚期糖尿病db/db小鼠
197	2024-08-08	Molecular Profiling of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Autopsies Uncovers Novel Disease Mechanisms 2021-12, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2021.08.009 PMID:34506752	研究论文	本研究利用多尺度下一代RNA测序方法（包括批量、单核和空间转录组学）评估COVID-19快速尸检组织，以提供前所未有的分子分辨率，揭示COVID-19诱导的损伤。	通过比较感染与未感染组织，发现了四个主要的调控通路，并提出了潜在的新治疗靶点。	研究样本量较小，需要扩展到更大的数据集以进一步理解COVID-19的病理生理机制。	旨在通过先进的分子技术评估COVID-19尸检组织，以识别通路和效应器，并在单细胞水平上绘制多样化的受体，从而帮助解析驱动个体患者临床过程差异的因素。	COVID-19患者的快速尸检组织。	数字病理学	COVID-19	下一代RNA测序	NA	RNA序列	涉及不同症状的两名患者尸检组织
198	2024-08-08	Single-Cell Profiling Reveals Metabolic Reprogramming as a Resistance Mechanism in BRAF-Mutated Multiple Myeloma 2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2040 PMID:34518309	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了BRAF突变的多发性骨髓瘤中，通过代谢重编程作为对精准医疗产生抗性的机制。	研究发现癌症细胞能够通过转录状态改变、表观遗传适应和代谢重塑快速适应精准治疗，从而暴露出新的脆弱性。	NA	研究BRAF突变的多发性骨髓瘤细胞是否能通过快速适应BRAF抑制剂治疗来确保其生存，以此作为精准医疗抗性的模型。	BRAF突变的多发性骨髓瘤患者和细胞系	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA-seq、H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、代谢通量分析	NA	RNA	3名BRAF突变的多发性骨髓瘤患者和1名健康捐赠者的1,495个细胞
199	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell heterogeneity and invasive subpopulation in human bladder cancer 2021-12-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.33794 PMID:34480339	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了来自七名膀胱癌患者的36,619个单细胞的转录组，揭示了膀胱癌中上皮细胞的异质性和侵袭性亚群	首次详细分析了膀胱肿瘤细胞的侵袭性和细胞间交流，特别是在T1和T3肿瘤中发现了与癌症干细胞标记物高表达相关的特征	NA	深入了解与膀胱癌进展相关的肿瘤细胞异质性	膀胱癌中的上皮细胞异质性和侵袭性亚群	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	36,619个单细胞来自七名患者
200	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals invasive trajectory and determines cancer stem cell-related prognostic genes in pancreatic cancer 2021-12, Bioengineered IF:4.2Q2 DOI:10.1080/21655979.2021.1962484 PMID:34474642	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织，揭示了癌症干细胞（CSC）样导管细胞向具有侵袭潜力的导管细胞的转化过程，并筛选出CSC相关基因（CRGs）	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺癌中导管细胞的侵袭轨迹，并构建了基于CRGs的风险预测模型	NA	揭示胰腺癌中癌症干细胞的侵袭轨迹并确定相关的预后基因	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）和基因表达综合（Gene Expression Omnibus）数据库的数据集