单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 228 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-10 |
Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957
PMID:34825218
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研究论文 | 描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的方案 | 无需细胞分选即可快速分离髓系细胞，减少细胞损伤，提高稀有细胞类型的检测分辨率 | 当前scRNA-seq协议受限于可同时测序的细胞数量，限制了稀有细胞类型异质性的解析能力 | 开发一种高效分离小鼠脑肿瘤髓系细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析 | 小鼠脑肿瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'试剂盒 |
| 2 | 2026-07-10 |
Optimized protocol for isolation of high-quality single cells from the female mouse reproductive tract tissues for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100970
PMID:34841281
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研究论文 | 描述了一种优化的方案，用于从雌性小鼠生殖道组织中分离高质量的单细胞，以进行单细胞RNA测序 | 针对雌性生殖道不同区域（子宫颈内口和外口）开发了专门的高活力单细胞制备方案，以构建完整的分子细胞图谱 | NA | 为单细胞RNA测序提供优化的细胞分离和制备方案，以研究正常生理和疾病状态下的分子细胞图谱 | 雌性小鼠生殖道组织（包括子宫颈内口和外口） | 单细胞测序, 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-05-31 |
Transcriptional and functional divergence in lateral hypothalamic glutamate neurons projecting to the lateral habenula and ventral tegmental area
2021-12-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.09.020
PMID:34624220
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研究论文 | 该研究通过病毒示踪、单细胞测序、电生理和体内钙成像等方法，系统比较了外侧下丘脑（LHA）中投射至外侧缰核（LHb）和腹侧被盖区（VTA）的谷氨酸能神经元的转录组和功能差异 | 首次系统揭示了LHA中投射至不同脑区（LHb和VTA）的谷氨酸能神经元在解剖、转录、电生理和功能上的显著差异，并发现投射至LHb的神经元对饱腹状态和进食激素特别敏感 | 未明确提及局限性 | 解析LHA中不同投射特异性神经元群体的功能异质性 | 小鼠LHA中投射至LHb和VTA的谷氨酸能神经元 | 神经科学 | NA | 病毒示踪, 单细胞测序, 电生理记录, 体内钙成像 | NA | 神经元投射数据, 单细胞转录组数据, 电生理数据, 钙成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-27 |
Integrated single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of esophageal squamous cell carcinoma microenvironment
2021-12-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27599-5
PMID:34921160
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研究论文 | 对食管鳞状细胞癌微环境进行单细胞转录组测序分析，揭示其细胞异质性和免疫抑制特征 | 首次鉴定出具有预后价值的肿瘤特异性CST1肌成纤维细胞亚群，并在其他癌症类型中验证其高肿瘤特异性；发现并验证了抗原呈递成纤维细胞亚群 | 样本量相对有限（11例患者），可能需要更大规模研究验证发现的普遍性 | 揭示食管鳞状细胞癌微环境的细胞异质性和免疫特性 | 食管鳞状细胞癌患者的血液、癌旁正常组织和肿瘤组织样本 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 11例食管鳞状细胞癌患者的62,161个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-05-23 |
Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells
2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13495
PMID:34411378
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研究论文 | 采用多组学方法揭示蜕膜特异性MAIT细胞的转录编程 | 首次在单细胞分辨率下通过CITE-seq和scRNA-seq揭示了蜕膜MAIT细胞与外周血MAIT细胞的转录编程差异 | 未提供研究的具体样本量及功能验证的详细机制 | 研究妊娠期蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能 | 蜕膜（基底蜕膜和壁蜕膜）及外周血中的MAIT细胞 | 自然语言处理 | NA | CITE-seq, scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 6 | 2024-08-08 |
Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium
2021-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00982-0
PMID:34857955
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-04-30 |
External signals regulate continuous transcriptional states in hematopoietic stem cells
2021-12-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66512
PMID:34939923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序，研究造血干细胞在外部信号刺激下的转录状态变化及其调控机制 | 首次在体内单细胞水平揭示造血干细胞对干扰素、G-CSF和前列腺素等微环境信号的转录反应异质性，发现六种标记基因富集但不排他的HSC状态，并证明染色质状态预先决定了HSC对信号的响应能力 | 未明确说明局限性 | 探究造血干细胞在外部应激信号下调控连续转录状态的分子机制 | 小鼠造血干细胞和LSK祖细胞 | 单细胞组学 | 血液疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 功能验证的小鼠HSC和LSK祖细胞（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序平台 |
| 8 | 2026-03-03 |
A Comprehensive Survey of Statistical Approaches for Differential Expression Analysis in Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021-12-02, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12121947
PMID:34946896
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综述 | 本文全面综述了单细胞RNA测序研究中差异表达分析的统计方法，并对19种广泛使用的方法在11个真实数据集上进行了性能评估 | 首次系统分类和评估了从批量RNA-seq借鉴的方法及专为scRNA-seq设计的方法，通过多标准分析推荐了最佳工具 | 评估基于特定数据集和性能指标，可能无法完全覆盖所有实验条件或新兴方法 | 为单细胞RNA测序数据中的差异表达分析提供方法选择指南和性能评估 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达分析方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 11个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-16 |
Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development
2021-Dec-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abj6641
PMID:34882453
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类与小鼠在中间神经元发育过程中共享保守的转录调控程序 | 首次在人类胚胎脑组织中系统表征神经节隆起区域的细胞多样性，并发现与啮齿类动物相似的转录调控机制 | 研究仅关注胚胎发育阶段，未涉及成年期神经元功能验证 | 探究人类GABA能神经元发育的转录调控机制及其进化保守性 | 人类胚胎脑组织中的神经节隆起区域细胞 | 神经科学 | 自闭症、精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胚胎脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Decoding molecular and cellular heterogeneity of mouse nucleus accumbens
2021-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00938-x
PMID:34663959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重错误鲁棒荧光原位杂交技术，构建了小鼠伏隔核的细胞图谱，揭示了其细胞异质性 | 首次结合单细胞转录组和空间信息构建小鼠伏隔核的细胞分类系统，揭示了神经元亚型的转录和空间多样性 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他物种中验证 | 解析小鼠伏隔核的分子、细胞和解剖异质性 | 小鼠伏隔核脑区 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
mDrop-Seq: Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq of Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans
2021-Dec-27, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines10010030
PMID:35062691
|
研究论文 | 开发了一种名为mDrop-seq的高通量单细胞RNA测序技术，用于酵母菌的转录组分析 | 针对微生物物种开发了首个高通量单细胞RNA测序技术，解决了细胞壁坚硬和RNA量低的技术挑战 | 仅应用于两种酵母菌物种，尚未在其他微生物中验证 | 开发适用于微生物的高通量单细胞RNA测序技术并验证其应用价值 | 酿酒酵母和白色念珠菌 | 单细胞测序技术 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 酿酒酵母35,109个细胞，白色念珠菌39,705个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | mDrop-seq | 微生物Drop-seq技术，专门针对酵母菌优化 |
| 12 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure
2021-12, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2021.102091
PMID:34417156
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示新生期高氧暴露对成年后肺细胞景观的持久性改变 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统揭示新生期高氧暴露导致成年期肺细胞组成持续改变，特别是五类II型细胞状态的独特特征和功能变化 | 研究基于小鼠模型，人类样本验证有限；仅观察了两个时间点（pnd7和pnd60） | 探究早期高氧暴露对后期生命阶段肺细胞景观的长期影响及其与肺损伤的关系 | 新生小鼠肺组织细胞 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过10,000个细胞，45个细胞簇，32种细胞状态 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection
2021-12-21, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02749-21
PMID:34749524
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号通路在限制SARS-CoV-2感染中的保护作用机制 | 首次在小鼠模型中证明CCR2信号通过促进单核细胞肺内浸润限制SARS-CoV-2病毒载量 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明COVID-19先天免疫保护机制 | SARS-CoV-2感染小鼠模型 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 活体抗体标记 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Cell-by-cell dissection of phloem development links a maturation gradient to cell specialization
2021-Dec-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5531
PMID:34941412
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学解析植物韧皮部发育轨迹，揭示了成熟梯度与细胞特化的关联机制 | 首次在单细胞水平重建韧皮部发育全过程，发现PEAR转录因子通过激活GTPase信号介导谱系分叉，并揭示PLETHORA梯度抑制分化程序的机制 | 研究仅针对根尖分生组织的韧皮部发育，未涉及其他组织或环境条件下的发育过程 | 解析植物韧皮部细胞从祖细胞到终末分化的发育机制 | 拟南芥根尖分生组织的韧皮部细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 根尖分生组织韧皮部细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Identification and Characterization of Antigen-Specific CD8+ T Cells Using Surface-Trapped TNF-α and Single-Cell Sequencing
2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100535
PMID:34810222
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研究论文 | 开发了一种基于表面捕获TNF-α和单细胞测序技术快速鉴定抗原特异性CD8+ T细胞的新方法 | 利用表面捕获的TNF-α进行活细胞分选，结合单细胞测序获得配对TCR全长序列，创建了可无限扩增的实验试剂 | 方法主要适用于原代细胞数量有限的样本，未明确说明技术应用的广泛性验证 | 建立快速鉴定和表征抗原特异性CD8+ T细胞的新策略 | 抗原特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞测序，TCR测序，逆转录病毒转导 | NA | 单细胞序列数据 | 恒河猴CMV特异性CD8 T细胞和HIV感染供体样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
TNF plays a crucial role in inflammation by signaling via T cell TNFR2
2021-12-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2109972118
PMID:34873037
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研究论文 | 本研究揭示了TNF通过T细胞TNFR2信号在炎症中发挥关键作用，不仅是效应分子还是炎症性Th细胞分化的启动因子 | 发现TNF通过TNFR2介导Th17和Th1细胞向炎症表型分化，且不依赖IL-6和STAT3信号通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究TNF在炎症性T细胞分化中的上游调控作用 | 小鼠CD4 T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型、结肠炎模型 | 免疫学 | 多发性硬化症、自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
The onset of circulation triggers a metabolic switch required for endothelial to hematopoietic transition
2021-12-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110103
PMID:34910918
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研究论文 | 本研究揭示了血液循环起始通过触发代谢转换促进造血干细胞生成的新机制 | 首次发现血液循环起始触发内皮细胞向造血细胞转变过程中的糖酵解向氧化磷酸化代谢转换 | 研究主要基于Ncx1缺陷小鼠模型，人类胚胎中的适用性需要进一步验证 | 探究血液循环起始对造血干细胞生成的影响机制 | 小鼠胚胎造血干细胞谱系 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Delayed antiretroviral therapy in HIV-infected individuals leads to irreversible depletion of skin- and mucosa-resident memory T cells
2021-12-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.021
PMID:34813775
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研究论文 | 本研究揭示了延迟抗逆转录病毒治疗会导致HIV感染者皮肤和黏膜组织驻留记忆T细胞不可逆耗竭的机制 | 首次发现早期与延迟ART治疗对皮肤CD4 Trm细胞重建的不同影响，并揭示CXCR3 Trm细胞在HIV相关免疫缺陷中的关键作用 | 研究样本量有限，主要关注皮肤和黏膜组织，未涉及其他组织类型 | 探究HIV感染者接受延迟抗逆转录病毒治疗后组织特异性免疫缺陷的机制 | HIV感染者的皮肤和黏膜组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序，TCR克隆分析 | NA | 基因表达数据，T细胞受体数据 | HIV感染者组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
CIDER: an interpretable meta-clustering framework for single-cell RNA-seq data integration and evaluation
2021-12-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02561-2
PMID:34903266
|
研究论文 | 提出一种基于组间相似性度量的可解释元聚类框架CIDER，用于单细胞RNA-seq数据整合与评估 | 无需假设样本间细胞群体组成完全相同，通过元聚类工作流程解决批次效应和生物变异等混杂因素 | NA | 开发单细胞RNA-seq数据整合与评估方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 元聚类框架 | 基因表达数据 | 模拟和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Delayed induction of type I and III interferons mediates nasal epithelial cell permissiveness to SARS-CoV-2
2021-12-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27318-0
PMID:34876592
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的感染机制及I/III型干扰素应答的延迟特征 | 首次发现SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中引发I/III型干扰素应答的延迟现象，并证明外源性干扰素可有效抑制病毒复制 | 研究基于体外细胞模型，与体内实际情况可能存在差异 | 探究SARS-CoV-2与鼻上皮细胞先天免疫系统的相互作用机制 | 人鼻上皮细胞气液界面分化模型 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |