单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-17	Synthesis and application of POLYseq for profiling human liver organoids 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100976 PMID:34934958	研究论文	本文详细介绍了POLYseq的合成、表征及其在单细胞测序中的应用	POLYseq通过商业化试剂合成，具有高度可定制性，并且在合成过程中仅需要一个能保持90°C的恒温浴	合成过程中需注意试剂的初始混合比例，因为最终产品对初始混合比例敏感	开发和应用POLYseq技术以进行单细胞测序	人类肝脏类器官细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
2	2024-10-12	Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice 2021-12, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0170 PMID:34556496	研究论文	研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化	首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制	研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略	探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力	Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及
3	2024-10-05	Repurposable drugs for SARS-CoV-2 and influenza sepsis with scRNA-seq data targeting post-transcription modifications 2021-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbab022 PMID:34993416	研究论文	本文通过整合基因表达扰动数据和单细胞RNA测序数据，识别出可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	本文采用系统生物学方法，结合FDA批准药物和临床前小分子化合物的基因表达扰动数据，以及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，识别出281种可能有效对抗SARS-CoV-2感染的药物，并实验验证了其中两种药物对流感病毒复制和宿主细胞细胞因子及其调节因子转录和翻译的抑制作用	本文主要基于现有数据和已批准药物进行筛选，未涉及新药开发	识别可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	SARS-CoV-2和流感病毒感染及其并发症	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	轻度和重度COVID-19患者的数据（GEO: GSE145926）
4	2024-10-01	Single cell analysis of spondyloarthritis regulatory T cells identifies distinct synovial gene expression patterns and clonal fates 2021-12-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02931-3 PMID:34907325	研究论文	研究分析了强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的外周血和滑液中的调节性T细胞的单细胞转录组	首次详细描述了炎症部位调节性T细胞的亚群特征，并发现了具有细胞毒性标志物的CD8+调节性T细胞亚群和IL-10及LAG-3表达的Th17样调节性T细胞亚群	研究样本仅限于少数患者，可能影响结果的普适性	探讨炎症部位调节性T细胞的表型和功能特征	强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的调节性T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	16,000多个调节性T细胞样本，来自5名患者
5	2024-09-05	Coronary blood vessels from distinct origins converge to equivalent states during mouse and human development 2021-12-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70246 PMID:34910626	研究论文	本文通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类心脏冠状血管在发育过程中的转录状态和功能差异	首次揭示了冠状血管内皮细胞在发育过程中转录异质性的变化，以及这种异质性如何受谱系和位置的影响	研究主要集中在小鼠和人类胚胎及成年心脏的冠状血管，未涉及其他物种或发育阶段	探讨冠状血管内皮细胞在发育过程中的转录状态和功能差异	小鼠和人类心脏冠状血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎和成年小鼠心脏以及人类发育中的冠状血管样本
6	2024-09-05	Human and rat skeletal muscle single-nuclei multi-omic integrative analyses nominate causal cell types, regulatory elements, and SNPs for complex traits 2021-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.268482.120 PMID:34815310	研究论文	本文优化了单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，对人和大鼠的骨骼肌细胞进行了多组学整合分析，识别了与复杂性状相关的细胞类型、调控元件和SNPs	本文首次使用单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，成功捕获了I型和II型肌纤维特征，并进行了跨模态和跨物种的整合分析	NA	研究骨骼肌细胞的细胞特异性染色质可及性和转录组，以及与复杂性状相关的遗传变异	人和大鼠的骨骼肌细胞	数字病理学	糖尿病	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	回归模型	基因表达数据, 染色质可及性数据	33,862个细胞核
7	2024-08-21	Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics 2021-12-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009 PMID:34767756	研究论文	本文提出了一种可扩展的基于knockoff的方法KnockoffScreen-AL，用于分析常见和罕见变异，并在英国生物库的388,051个WG-imputed样本中应用于阿尔茨海默病遗传分析	KnockoffScreen-AL方法能够处理生物库规模的罕见遗传变异分析，并发现了传统关联测试遗漏的14个显著位点	NA	开发一种新的基于knockoff的方法，用于大规模基因组分析中的位点发现和因果变异优先级排序	常见和罕见遗传变异，以及阿尔茨海默病的遗传关联	遗传学	阿尔茨海默病	Knockoff方法，单细胞RNA测序，蛋白质组学	KnockoffScreen-AL	基因组数据，单细胞转录组数据，蛋白质数据	388,051个WG-imputed样本，94,437个临床诊断的AD样本，143,793个单核转录组，735个对照组和AD相关疾病的受试者
8	2024-08-21	MAB21L1 modulates gene expression and DNA metabolic processes in the lens placode 2021-12-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.049251 PMID:34779479	研究论文	本研究通过电子显微镜和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层早期单细胞水平表型	首次揭示了MAB21L1在晶状体基板形成过程中调节晶状体特异性基因表达和DNA/核苷酸代谢过程的作用	NA	探究MAB21L1在晶状体基板形成中的作用及其对基因表达和DNA代谢过程的调控	Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层	NA	先天性小脑、眼部、颅面和生殖系统（COFG）综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	131个基因下调，148个基因上调
9	2024-08-20	Cellular heterogeneity of circulating CD4+CD8+ double-positive T cells characterized by single-cell RNA sequencing 2021-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-03013-4 PMID:34880348	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴外周血中循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性	研究发现循环中的CD4+CD8+双阳性T细胞不仅包含大量幼稚细胞，还包含多种具有潜在功能的异质性细胞群	尽管研究揭示了循环CD4+CD8+双阳性T细胞的更多亚型，但这一群体本身非常小	研究循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性	食蟹猴外周血中的循环CD4+CD8+双阳性T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	食蟹猴的外周血样本
10	2024-08-19	Thymus-Derived CD4+CD8+ Cells Reside in Mediastinal Adipose Tissue and the Aortic Arch 2021-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100208 PMID:34740961	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和三维全装图像技术，发现并证实了在胸腺、纵隔脂肪组织和主动脉外膜中存在双阳性CD4CD8αβ细胞（DP细胞），并探讨了这些细胞的转录特征及其在血管稳态中的潜在作用	发现了在健康和动脉粥样硬化小鼠模型中，除了胸腺外，纵隔脂肪组织和主动脉外膜中也存在双阳性CD4CD8αβ细胞，这些细胞具有独特的转录特征	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨双阳性CD4CD8αβ细胞在不同组织中的分布及其在血管稳态中的作用	双阳性CD4CD8αβ细胞在胸腺、纵隔脂肪组织和主动脉外膜中的分布及转录特征	免疫学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、三维全装图像技术	NA	细胞	健康和动脉粥样硬化小鼠模型
11	2024-08-19	Stem/progenitor cells in normal physiology and disease of the pancreas 2021-12-01, Molecular and cellular endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1016/j.mce.2021.111459 PMID:34543699	综述	本文综述了胚胎期和成年期胰腺干细胞/祖细胞在稳态和疾病中的研究进展	结合最新的测序技术、谱系追踪和类器官技术，探讨了成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在及其在稳态和应激反应中的作用	由于实验结果的矛盾性，成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在仍存在争议	探讨胰腺干细胞/祖细胞在正常生理和疾病中的作用	胚胎期和成年期的胰腺干细胞/祖细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
12	2024-08-16	Cell-to-cell interaction analysis of prognostic ligand-receptor pairs in human pancreatic ductal adenocarcinoma 2021-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2021.101126 PMID:34522794	研究论文	本文通过整合生存分析和单细胞细胞间相互作用预测，研究了人胰腺导管腺癌中与预后相关的配体-受体对	首次系统地分析了细胞间相互作用通过配体-受体对与胰腺导管腺癌预后的关联，并识别了潜在的治疗靶点	需要进一步确定这些配体-受体对的临床意义	识别与胰腺导管腺癌患者预后相关的配体-受体对，为治疗提供潜在靶点	胰腺导管腺癌中的细胞间相互作用及其与预后的关联	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个癌症队列的基因表达数据
13	2024-08-10	A Comprehensive Survey of Statistical Approaches for Differential Expression Analysis in Single-Cell RNA Sequencing Studies 2021-12-02, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12121947 PMID:34946896	综述	本文综述了单细胞RNA测序研究中差异表达分析的统计方法，并对19种常用方法在11个真实数据集上的表现进行了评估	本文首次全面评估了从批量RNA测序实践中改编的方法以及专门为单细胞RNA测序设计的方法，并提供了选择适当工具的指导	难以通过单一性能标准确定全局最佳表现的方法	为单细胞RNA测序中的差异表达分析选择合适的工具提供指导	单细胞RNA测序数据中的差异表达分析方法	RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
14	2024-08-05	People critically ill with COVID-19 exhibit peripheral immune profiles predictive of mortality and reflective of SARS-CoV-2 lung viral burden 2021-12-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100476 PMID:34873589	研究论文	本文研究了COVID-19重症患者的外周免疫状态与死亡率之间的关联	采用单细胞RNA测序对免疫状态进行高维剖析，揭示了与COVID-19死亡率相关的细胞分子特征	可能未能考虑所有潜在的免疫细胞状态和不同的临床变量	旨在阐明重症COVID-19患者的免疫细胞状态与死亡的关系	重症COVID-19患者的血液和呼吸样本	数字病理学	COVID-19	RNA-seq	NA	血液和呼吸样本	重症COVID-19患者的高维样本
15	2024-08-05	Identification and Characterization of Antigen-Specific CD8+ T Cells Using Surface-Trapped TNF-α and Single-Cell Sequencing 2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100535 PMID:34810222	研究论文	本研究介绍了一种快速识别和表征抗原特异性CD8 T细胞的新系统	该系统利用表面捕获的TNF-α和单细胞测序的重大进展，构建了几乎无限的实验试剂	实验方法依然受到初级细胞数量的限制，且MHC结合肽/TCR相互作用的高度变异性仍然是挑战	研究抗原特异性CD8 T细胞的识别和表征，促进疾病研究和治疗开发	来自猕猴和HIV感染供体的抗原特异性CD8 T细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞测序	NA	细胞	来自猕猴的CMV特异性CD8 T细胞和HIV感染供体的样本
16	2024-08-05	TNF plays a crucial role in inflammation by signaling via T cell TNFR2 2021-12-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2109972118 PMID:34873037	研究论文	这篇文章探讨了TNF在炎症中的关键角色及其通过T细胞TNFR2信号传导的机制	该研究首次阐明了TNF不仅作为效应因子，还作为炎症Th分化的启动因子	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类疾病状态中验证	研究TNF在调节炎症和Th细胞分化中的作用	小鼠CD4 T细胞及其在实验性自体免疫性脑脊髓炎中的表现	免疫学	多发性硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠CD4 T细胞和来自多发性硬化患者的脑脊液浸润CD4 T细胞
17	2024-08-05	An update on the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in the pathogenesis of atherosclerosis 2021-Dec-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-04079-z PMID:34936041	综述	该文章综述了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的表型转变	文章强调了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化表型转变中的新发现，包括对转录标志物的下调及多种其他表型的采纳	文章未明确阐述血管平滑肌细胞转变的分子机制和过程	综述动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞表型转变的挑战和需进一步研究的问题	血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化过程中的表型转变	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞测序	NA	NA	NA
18	2024-08-05	Virally encoded connectivity transgenic overlay RNA sequencing (VECTORseq) defines projection neurons involved in sensorimotor integration 2021-12-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110131 PMID:34936877	研究论文	本研究开发了一种新的RNA测序方法，用于定义参与感觉运动整合的投射神经元	提出了一种简便的、多重的RNA测序方法VECTORseq，能够高通量确定神经元亚型	现有的测序方法通量较低，操作复杂且成本高	定义不同脑区间连接的投射神经元的生理和行为角色	参与感觉运动整合的投射神经元	神经科学	NA	RNA测序	NA	单细胞数据集	NA
19	2024-08-07	Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data 2021-12-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02556-z PMID:34963480	研究论文	本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据	Cobolt不仅能够分析来自联合模态平台的数据，还提供了一个统一的框架，用于整合在不同模态上测量的多个数据集	NA	开发一种新的方法来整合多模态单细胞测序数据	多模态单细胞测序数据，包括基因表达和染色质可及性	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	NA
20	2024-08-07	Cell-by-cell dissection of phloem development links a maturation gradient to cell specialization 2021-Dec-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aba5531 PMID:34941412	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，重建了原生韧皮部从细胞前体到根部分化末期的发育轨迹，揭示了韧皮部发育中成熟梯度与细胞特化之间的关系。	首次通过单细胞转录组学方法，详细解析了韧皮部发育过程中的细胞成熟梯度和细胞特化机制。	NA	研究植物韧皮部发育过程中细胞成熟梯度与细胞特化之间的联系。	植物韧皮部的发育过程及其调控机制。	植物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA