单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 229 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-07-22 |
Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells
2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13495
PMID:34411378
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了蜕膜MAIT细胞的特异性转录编程 | 首次在单细胞分辨率下揭示了蜕膜MAIT细胞与外周MAIT细胞之间的转录编程差异 | 研究样本量有限，且仅针对E.coli刺激下的MAIT细胞功能进行了评估 | 探究妊娠期间蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能 | 蜕膜基底和壁层MAIT细胞及匹配的外周血单个核细胞(PBMCs) | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 多组学分析、流式细胞术、CITE-seq、scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 蜕膜和外周血样本 |
| 2 | 2025-07-21 |
Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure
2021-12, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2021.102091
PMID:34417156
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示了新生儿高氧暴露对肺细胞景观的长期影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了新生儿高氧暴露后肺细胞亚群的长期变化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限 | 探究新生儿高氧暴露对成年后肺功能的长远影响 | 新生小鼠和需要机械通气的早产儿 | 生物医学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过10,000个细胞，45个细胞簇，32种细胞状态 |
| 3 | 2025-07-20 |
CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection
2021-12-21, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02749-21
PMID:34749524
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research paper | 该研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号在限制SARS-CoV-2感染中的作用 | 首次在小鼠模型中证实CCR2信号通过促进单核细胞浸润肺部来限制SARS-CoV-2病毒载量 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 阐明COVID-19期间先天免疫机制对病毒的控制作用 | SARS-CoV-2病毒感染的小鼠模型 | 免疫学 | COVID-19 | scRNA-Seq，流式细胞术 | 小鼠模型 | 基因表达数据，流式细胞数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 4 | 2024-08-08 |
Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium
2021-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00982-0
PMID:34857955
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2025-03-16 |
Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics
2021-12-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009
PMID:34767756
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析 | 提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点 | 生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据 | 开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析 | 388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | KnockoffScreen-AL | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本 |
| 6 | 2025-02-19 |
Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data
2021-12-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02556-z
PMID:34963480
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据的分析 | Cobolt不仅能够分析联合模态平台的数据，还提供了一个整合不同模态测量的多个数据集的统一框架 | NA | 开发一种方法来整合和分析多模态单细胞测序数据 | 单细胞测序数据，特别是基因表达和染色质可及性的多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 7 | 2025-02-01 |
Costimulation of γδTCR and TLR7/8 promotes Vδ2 T-cell antitumor activity by modulating mTOR pathway and APC function
2021-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003339
PMID:34937742
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研究论文 | 本文探讨了通过共刺激γδTCR和TLR7/8来增强Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，并研究了其机制 | 提出了一种新的共刺激方法，通过激活γδTCR和TLR7/8来扩增Vδ2 T细胞，并展示了其在体外和体内模型中的抗肿瘤效果 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 研究旨在提高Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，以增强基于γδ T细胞的免疫疗法的疗效 | Vδ2 T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞测序、反相蛋白阵列 | NA | NA | PBMCs和人源化NSG小鼠的脾脏 |
| 8 | 2025-01-19 |
Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957
PMID:34825218
|
研究论文 | 本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议 | 提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤 | 未提及样本量或实验结果的局限性 | 开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议 | 小鼠脑肿瘤中的髓系细胞 | 单细胞RNA测序 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 未明确提及样本量 |
| 9 | 2024-10-17 |
Synthesis and application of POLYseq for profiling human liver organoids
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100976
PMID:34934958
|
研究论文 | 本文详细介绍了POLYseq的合成、表征及其在单细胞测序中的应用 | POLYseq通过商业化试剂合成，具有高度可定制性，并且在合成过程中仅需要一个能保持90°C的恒温浴 | 合成过程中需注意试剂的初始混合比例，因为最终产品对初始混合比例敏感 | 开发和应用POLYseq技术以进行单细胞测序 | 人类肝脏类器官细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-10-12 |
Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice
2021-12, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0170
PMID:34556496
|
研究论文 | 研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化 | 首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制 | 研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略 | 探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力 | Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及 |
| 11 | 2024-10-05 |
Repurposable drugs for SARS-CoV-2 and influenza sepsis with scRNA-seq data targeting post-transcription modifications
2021-Dec, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbab022
PMID:34993416
|
研究论文 | 本文通过整合基因表达扰动数据和单细胞RNA测序数据，识别出可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物 | 本文采用系统生物学方法，结合FDA批准药物和临床前小分子化合物的基因表达扰动数据，以及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，识别出281种可能有效对抗SARS-CoV-2感染的药物，并实验验证了其中两种药物对流感病毒复制和宿主细胞细胞因子及其调节因子转录和翻译的抑制作用 | 本文主要基于现有数据和已批准药物进行筛选，未涉及新药开发 | 识别可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物 | SARS-CoV-2和流感病毒感染及其并发症 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 轻度和重度COVID-19患者的数据（GEO: GSE145926） |
| 12 | 2024-10-01 |
Single cell analysis of spondyloarthritis regulatory T cells identifies distinct synovial gene expression patterns and clonal fates
2021-12-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02931-3
PMID:34907325
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研究论文 | 研究分析了强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的外周血和滑液中的调节性T细胞的单细胞转录组 | 首次详细描述了炎症部位调节性T细胞的亚群特征，并发现了具有细胞毒性标志物的CD8+调节性T细胞亚群和IL-10及LAG-3表达的Th17样调节性T细胞亚群 | 研究样本仅限于少数患者，可能影响结果的普适性 | 探讨炎症部位调节性T细胞的表型和功能特征 | 强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的调节性T细胞 | 免疫学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 16,000多个调节性T细胞样本，来自5名患者 |
| 13 | 2024-09-05 |
Coronary blood vessels from distinct origins converge to equivalent states during mouse and human development
2021-12-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.70246
PMID:34910626
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研究论文 | 本文通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类心脏冠状血管在发育过程中的转录状态和功能差异 | 首次揭示了冠状血管内皮细胞在发育过程中转录异质性的变化，以及这种异质性如何受谱系和位置的影响 | 研究主要集中在小鼠和人类胚胎及成年心脏的冠状血管，未涉及其他物种或发育阶段 | 探讨冠状血管内皮细胞在发育过程中的转录状态和功能差异 | 小鼠和人类心脏冠状血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 胚胎和成年小鼠心脏以及人类发育中的冠状血管样本 |
| 14 | 2024-09-05 |
Human and rat skeletal muscle single-nuclei multi-omic integrative analyses nominate causal cell types, regulatory elements, and SNPs for complex traits
2021-Dec, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.268482.120
PMID:34815310
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研究论文 | 本文优化了单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，对人和大鼠的骨骼肌细胞进行了多组学整合分析，识别了与复杂性状相关的细胞类型、调控元件和SNPs | 本文首次使用单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，成功捕获了I型和II型肌纤维特征，并进行了跨模态和跨物种的整合分析 | NA | 研究骨骼肌细胞的细胞特异性染色质可及性和转录组，以及与复杂性状相关的遗传变异 | 人和大鼠的骨骼肌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq | 回归模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 33,862个细胞核 |
| 15 | 2024-08-21 |
MAB21L1 modulates gene expression and DNA metabolic processes in the lens placode
2021-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.049251
PMID:34779479
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研究论文 | 本研究通过电子显微镜和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层早期单细胞水平表型 | 首次揭示了MAB21L1在晶状体基板形成过程中调节晶状体特异性基因表达和DNA/核苷酸代谢过程的作用 | NA | 探究MAB21L1在晶状体基板形成中的作用及其对基因表达和DNA代谢过程的调控 | Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层 | NA | 先天性小脑、眼部、颅面和生殖系统（COFG）综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 131个基因下调，148个基因上调 |
| 16 | 2024-08-20 |
Cellular heterogeneity of circulating CD4+CD8+ double-positive T cells characterized by single-cell RNA sequencing
2021-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-03013-4
PMID:34880348
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴外周血中循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性 | 研究发现循环中的CD4+CD8+双阳性T细胞不仅包含大量幼稚细胞，还包含多种具有潜在功能的异质性细胞群 | 尽管研究揭示了循环CD4+CD8+双阳性T细胞的更多亚型，但这一群体本身非常小 | 研究循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性 | 食蟹猴外周血中的循环CD4+CD8+双阳性T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 食蟹猴的外周血样本 |
| 17 | 2024-08-19 |
Thymus-Derived CD4+CD8+ Cells Reside in Mediastinal Adipose Tissue and the Aortic Arch
2021-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100208
PMID:34740961
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和三维全装图像技术，发现并证实了在胸腺、纵隔脂肪组织和主动脉外膜中存在双阳性CD4CD8αβ细胞（DP细胞），并探讨了这些细胞的转录特征及其在血管稳态中的潜在作用 | 发现了在健康和动脉粥样硬化小鼠模型中，除了胸腺外，纵隔脂肪组织和主动脉外膜中也存在双阳性CD4CD8αβ细胞，这些细胞具有独特的转录特征 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探讨双阳性CD4CD8αβ细胞在不同组织中的分布及其在血管稳态中的作用 | 双阳性CD4CD8αβ细胞在胸腺、纵隔脂肪组织和主动脉外膜中的分布及转录特征 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、三维全装图像技术 | NA | 细胞 | 健康和动脉粥样硬化小鼠模型 |
| 18 | 2024-08-19 |
Stem/progenitor cells in normal physiology and disease of the pancreas
2021-12-01, Molecular and cellular endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1016/j.mce.2021.111459
PMID:34543699
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综述 | 本文综述了胚胎期和成年期胰腺干细胞/祖细胞在稳态和疾病中的研究进展 | 结合最新的测序技术、谱系追踪和类器官技术，探讨了成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在及其在稳态和应激反应中的作用 | 由于实验结果的矛盾性，成年胰腺中干细胞/祖细胞的存在仍存在争议 | 探讨胰腺干细胞/祖细胞在正常生理和疾病中的作用 | 胚胎期和成年期的胰腺干细胞/祖细胞 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19 | 2024-08-16 |
Cell-to-cell interaction analysis of prognostic ligand-receptor pairs in human pancreatic ductal adenocarcinoma
2021-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2021.101126
PMID:34522794
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研究论文 | 本文通过整合生存分析和单细胞细胞间相互作用预测，研究了人胰腺导管腺癌中与预后相关的配体-受体对 | 首次系统地分析了细胞间相互作用通过配体-受体对与胰腺导管腺癌预后的关联，并识别了潜在的治疗靶点 | 需要进一步确定这些配体-受体对的临床意义 | 识别与胰腺导管腺癌患者预后相关的配体-受体对，为治疗提供潜在靶点 | 胰腺导管腺癌中的细胞间相互作用及其与预后的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个癌症队列的基因表达数据 |
| 20 | 2024-08-10 |
A Comprehensive Survey of Statistical Approaches for Differential Expression Analysis in Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021-12-02, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12121947
PMID:34946896
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序研究中差异表达分析的统计方法，并对19种常用方法在11个真实数据集上的表现进行了评估 | 本文首次全面评估了从批量RNA测序实践中改编的方法以及专门为单细胞RNA测序设计的方法，并提供了选择适当工具的指导 | 难以通过单一性能标准确定全局最佳表现的方法 | 为单细胞RNA测序中的差异表达分析选择合适的工具提供指导 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达分析方法 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 11个真实单细胞RNA测序数据集 |