单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 241 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
Optimization of library preparation based on SMART for ultralow RNA-seq in mice brain tissues
2021-Nov-10, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-08132-w
PMID:34758728
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研究论文 | 本文介绍了一种针对极低输入RNA测序的高灵敏度文库构建协议 | 使用Maxima H Minus反转录酶和rN修饰的TSO，以及所有m7G帽化的RNA模板，提高了测序灵敏度和低丰度基因检测能力 | NA | 优化文库准备方法，提高极低输入RNA测序的灵敏度和低丰度基因检测能力 | 小鼠脑组织中的极低输入RNA | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 从低至0.5 pg的总RNA样本中成功制备RNA-seq文库，并鉴定出超过2000个基因 |
| 122 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals opposing roles of Shp2 in Myc-driven liver tumor cells and microenvironment
2021-11-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109974
PMID:34758313
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research paper | 本研究揭示了Shp2在Myc驱动的肝肿瘤细胞和微环境中扮演相反角色 | 首次展示了Myc驱动的肝细胞癌在Shp2缺失的小鼠中加剧，并依赖于Shp2维持的Ras-Erk信号通路 | NA | 探讨Myc驱动的肝癌发生机制 | Shp2在Myc驱动的肝肿瘤细胞和微环境中的作用 | digital pathology | 肝癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和肝细胞癌患者样本 |
| 123 | 2024-08-08 |
Olig2-astrocytes express neutral amino acid transporter SLC7A10 (Asc-1) in the adult brain
2021-11-08, Molecular brain
IF:3.3Q2
DOI:10.1186/s13041-021-00874-8
PMID:34749773
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研究论文 | 研究报道了转录因子Olig2标记的星形胶质细胞亚群在成年大脑中表达中性氨基酸转运蛋白SLC7A10（Asc-1） | 首次揭示了Olig2标记的星形胶质细胞亚群在成年大脑中表达SLC7A10，并探讨了其在这些细胞中的特定功能 | NA | 探究Olig2标记的星形胶质细胞亚群在成年大脑中的特定功能 | 成年小鼠大脑中的Olig2标记星形胶质细胞和GFAP标记星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光显微切割, 定量逆转录PCR, 免疫组织化学 | NA | RNA | 来自成年小鼠大脑的Olig2和GFAP标记的星形胶质细胞 |
| 124 | 2024-08-08 |
Profiling cellular diversity in sponges informs animal cell type and nervous system evolution
2021-Nov-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abj2949
PMID:34735222
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研究论文 | 本研究通过在无神经系统和水肌动物海绵中进行全身单细胞RNA测序，揭示了18种不同的细胞类型，并探讨了动物细胞类型和神经系统的进化起源。 | 首次在海绵中发现并描述了与神经系统相关的细胞类型，如神经样细胞和收缩性扁平细胞，并展示了这些细胞在消化腔室中的组织和通信系统。 | NA | 探究动物细胞类型和神经系统的进化起源。 | 海绵中的细胞多样性及其在动物细胞类型和神经系统进化中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 一个海绵样本 |
| 125 | 2024-08-08 |
OCT4-mediated inflammation induces cell reprogramming at the origin of cardiac valve development and calcification
2021-Nov-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf7910
PMID:34739324
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研究论文 | 研究揭示了OCT4通过NFκB介导的炎症反应在心脏瓣膜发育和钙化中的作用 | 首次发现OCT4在成年瓣膜细胞中的表达导致钙化，并揭示了NFκB-和OCT4介导的炎症途径在瓣膜钙化中的新机制 | NA | 探讨细胞可塑性在心脏瓣膜发育和疾病中的作用 | 小鼠和人类的心脏瓣膜细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 遗传谱系追踪和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和人类的心脏瓣膜细胞 |
| 126 | 2024-08-08 |
Fibromine is a multi-omics database and mining tool for target discovery in pulmonary fibrosis
2021-11-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-01069-w
PMID:34741074
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研究论文 | 本文介绍了Fibromine数据库及其挖掘工具，用于肺纤维化中的靶点发现 | Fibromine是一个集成数据库和探索环境，包含重新分析和手动整理的转录组和蛋白质组肺纤维化数据集，提供动态数据探索和实时集成功能 | NA | 旨在通过比较分析和挖掘公开的肺纤维化相关数据集，验证和创建新的研究假设 | 肺纤维化的治疗靶点 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 涵盖广泛的实验设计和患者及动物模型 |
| 127 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of out-of-thaw mesenchymal stromal cells shows tissue-of-origin differences and inter-donor cell-cycle variations
2021-11-04, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-021-02627-9
PMID:34736534
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自不同组织来源的人间充质基质细胞（hMSCs）在解冻后的转录组特征和组织特异性差异 | 首次揭示了解冻后人源间充质基质细胞的单细胞转录组景观及其组织特异性差异，并发现了与免疫调节和细胞周期状态相关的差异表达基因 | 研究仅限于从健康供体获得的hMSCs，且样本量相对较小 | 探讨解冻后人源间充质基质细胞的单细胞转录组特征及其组织特异性差异 | 来自骨髓和脐带组织的人源间充质基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个hMSC样本来自10名健康供体 |
| 128 | 2024-08-08 |
Construction and external validation of a 5-gene random forest model to diagnose non-obstructive azoospermia based on the single-cell RNA sequencing of testicular tissue
2021-11-04, Aging
DOI:10.18632/aging.203675
PMID:34738918
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研究论文 | 本文基于单细胞RNA测序数据构建并验证了一个用于诊断非阻塞性无精症的5基因随机森林模型 | 开发了一种新的基因标记，并基于单细胞RNA测序分析进行了外部验证，为揭示非阻塞性无精症的潜在机制提供了新的生物标志物 | NA | 开发和验证一种新的诊断非阻塞性无精症的基因模型 | 非阻塞性无精症和阻塞性无精症的诊断 | 数字病理学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林 (RF) | 单细胞RNA测序数据 | 432个睾丸细胞样本，58个训练集样本，20个外部验证集样本，20个阻塞性无精症和20个非阻塞性无精症的精液和睾丸活检样本 |
| 129 | 2024-08-08 |
Single-cell spatial transcriptomics
2021-11, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00778-8
PMID:34750575
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-08-08 |
Temporal controls over inter-areal cortical projection neuron fate diversity
2021-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04048-3
PMID:34754107
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研究论文 | 本文通过结合MAPseq和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠新皮层中单个ICPN的连接组和转录组，揭示了不同类型ICPN在分子和功能分化上的时间差异 | 首次将连接组和转录组数据结合，揭示了ICPN在分子和功能分化上的时间差异，并发现SOX11转录因子在不同类型ICPN中的差异表达 | 仅限于小鼠新皮层中的ICPN研究，未涉及其他物种或其他脑区 | 探究新皮层中ICPN的分子和功能分化机制 | 小鼠新皮层中的ICPN | 神经科学 | NA | MAPseq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠新皮层中的单个ICPN |
| 131 | 2024-08-08 |
A conserved expression signature predicts growth rate and reveals cell & lineage-specific differences
2021-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009582
PMID:34762642
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研究论文 | 研究通过RNA测序分析快速和慢速增殖的同源细胞，发现了一种进化上保守的与增殖相关的转录组特征，并揭示了细胞类型和谱系特异性的差异 | 识别了一种在所有真核生物中保守的与增殖相关的转录组特征，并能准确预测酵母和癌细胞的生长速率 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞，可能需要进一步验证在其他细胞类型中的适用性 | 探究快速和慢速增殖细胞之间的差异，并识别与增殖相关的转录组特征 | 小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞的快速和慢速增殖亚群 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞的快速和慢速增殖亚群 |
| 132 | 2024-08-08 |
Miscell: An efficient self-supervised learning approach for dissecting single-cell transcriptome
2021-Nov-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103200
PMID:34712916
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研究论文 | 本文开发了Miscell，一种使用深度神经网络作为潜在特征编码器的自监督学习方法，用于从单细胞转录组中挖掘信息 | Miscell在多种聚类指标上实现了至少可比或更好的性能，并能通过深度学习方法量化基因对细胞簇的影响，识别细胞类型特异性标记 | NA | 开发一种高效的自监督学习方法，用于解析单细胞转录组 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 三个异质性数据集 |
| 133 | 2024-08-08 |
Erratum to: Assessing heterogeneity in spatial data using the HTA index with applications to spatial transcriptomics and imaging
2021-Nov-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab692
PMID:34718412
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA transcriptome reveals the intra-tumoral heterogeneity and regulators underlying tumor progression in metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma
2021-Nov-03, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00663-1
PMID:34732701
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了转移性胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性和调控肿瘤进展的关键因素 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了转移性胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性及其分子机制 | NA | 旨在全面描绘转移性胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性和揭示其分子机制 | 转移性胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性和分子机制 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 6236个来自5个肝转移性胰腺导管腺癌病变的单个细胞 |
| 135 | 2024-08-08 |
NRG1/ErbB signalling controls the dialogue between macrophages and neural crest-derived cells during zebrafish fin regeneration
2021-11-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26422-5
PMID:34732706
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研究论文 | 本文通过结合三重转基因斑马鱼胚胎的活体成像和单细胞RNA测序，详细绘制了斑马鱼幼体再生尾鳍的细胞图谱，并揭示了NRG1/ErbB信号通路在调控巨噬细胞与神经嵴来源细胞间对话中的关键作用 | 本文首次详细绘制了斑马鱼再生尾鳍的细胞图谱，并揭示了foxd3阳性神经嵴来源细胞在再生过程中的作用及NRG1/ErbB信号通路的关键调控作用 | NA | 研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性及特定细胞群的作用 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型及其相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞图谱 | 三重转基因斑马鱼胚胎 |
| 136 | 2024-08-08 |
Dissecting mammalian spermatogenesis using spatial transcriptomics
2021-11-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109915
PMID:34731600
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研究论文 | 使用空间转录组学技术Slide-seq，生成小鼠和人睾丸的空间基因表达图谱，揭示了精子发生过程中的细胞类型定位和基因表达模式 | 首次利用Slide-seq技术在近单细胞分辨率下捕捉小鼠和人睾丸的空间基因表达模式，并开发了一种计算框架来精确地定位睾丸细胞类型 | NA | 揭示哺乳动物精子发生过程中的空间基因表达模式及其在糖尿病诱导的男性不育中的潜在机制 | 小鼠和人的睾丸组织 | 空间转录组学 | 糖尿病 | Slide-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人的睾丸组织样本 |
| 137 | 2024-08-08 |
Patch-seq of mouse DRG neurons reveals candidate genes for specific mechanosensory functions
2021-11-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109914
PMID:34731626
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研究论文 | 本文通过结合机械敏感电流记录和单细胞RNA测序，研究了小鼠DRG神经元的机械感觉功能相关候选基因 | 本文首次将机械敏感电流记录与单细胞转录组测序相结合，实现了机械电特性与转录组定义的神经元群体之间的一一对应 | 本文的敲降实验排除了Tmem120a和Tmem150c作为感觉神经元中机械敏感电流的介导因子，但未进一步验证其他候选基因 | 揭示特定机械感觉功能的分子机制 | 小鼠DRG神经元的机械感觉功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多种机械感觉神经元亚型 |
| 138 | 2024-08-08 |
Pancreatic beta cell neogenesis: Debates and updates
2021-11-02, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.10.007
PMID:34731654
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研究论文 | 本文探讨了成年胰腺中胰岛素产生β细胞的内源性再生来源 | Gribben等人（2021）通过谱系追踪和单细胞RNA测序方法，报告了Ngn3表达的导管细胞可以作为成年胰腺中新β细胞的前体 | NA | 寻找成年胰腺中胰岛素产生β细胞的内源性可再生来源 | 成年胰腺中的β细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 139 | 2024-08-08 |
Integrative analysis methods for spatial transcriptomics
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01272-7
PMID:34711969
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-08-08 |
Skin inflammation activates intestinal stromal fibroblasts and promotes colitis
2021-11-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI147614
PMID:34720087
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了人类和小鼠的炎症性肠病（IBD）中的成纤维细胞，揭示了肠道炎症促进部分肠道基质成纤维细胞分化为具有先天抗菌宿主防御活性的前脂肪细胞，并且这一过程在皮肤炎症时加剧 | 首次揭示了皮肤炎症通过激活肠道基质成纤维细胞和改变粪便微生物组，促进过度的反应性脂肪生成和增加结肠炎症，这一发现为皮肤炎症与IBD之间的关联提供了新的机制解释 | NA | 探索皮肤炎症与炎症性肠病之间的关联机制 | 人类和小鼠的成纤维细胞 | NA | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的成纤维细胞样本 |