单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-08	Identifying disease-critical cell types and cellular processes across the human body by integration of single-cell profiles and human genetics 2021-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.03.19.436212 PMID:34845454	研究论文	本文介绍了sc-linker框架，通过整合单细胞RNA测序、表观基因组图谱和全基因组关联研究（GWAS）的统计数据，推断遗传变异影响疾病的潜在细胞类型和过程	sc-linker框架的创新之处在于它能够整合多种数据类型，包括单细胞RNA测序、表观基因组图谱和GWAS数据，以推断疾病相关的细胞类型和细胞过程	NA	识别遗传变异影响疾病的关键细胞类型和细胞过程	分析了来自209个个体、涵盖11种组织类型和6种疾病状况的160万个单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	160万个单细胞RNA测序数据，来自209个个体
82	2024-08-08	Single-Cell Atlas of Adult Testis in Protogynous Hermaphroditic Orange-Spotted Grouper, Epinephelus coioides 2021-Nov-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms222212607 PMID:34830486	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对橙点石斑鱼的成年睾丸细胞进行了研究，识别并定义了多种细胞类型及其标记基因。	首次对橙点石斑鱼的成年睾丸进行单细胞RNA测序，揭示了其细胞类型和标记基因的表达模式。	研究仅限于橙点石斑鱼的成年睾丸，未涉及其他发育阶段或其他物种。	探究橙点石斑鱼成年睾丸中的精子发生过程及其细胞类型。	橙点石斑鱼的成年睾丸细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约9500个睾丸细胞
83	2024-08-08	A Portrait of Intratumoral Genomic and Transcriptomic Heterogeneity at Single-Cell Level in Colorectal Cancer 2021-Nov-17, Medicina (Kaunas, Lithuania) DOI:10.3390/medicina57111257 PMID:34833475	综述	本文综述了结直肠癌中单细胞水平的肿瘤内基因组和转录组异质性的研究进展	介绍了单细胞技术在定义细胞亚群和分离稀有细胞群信号方面的应用，以及其在结直肠癌精准医疗中的潜力	NA	探讨单细胞技术在结直肠癌精准医疗中的应用，以及其在早期诊断、治疗反应预测和发现新药物靶点方面的可能性	结直肠癌的肿瘤内基因组和转录组异质性	数字病理学	结直肠癌	NGS	NA	基因组和转录组数据	NA
84	2024-08-08	Identification of Potential Long Non-Coding RNA Candidates that Contribute to Triple-Negative Breast Cancer in Humans through Computational Approach 2021-Nov-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms222212359 PMID:34830241	研究论文	本研究通过计算方法分析了公开的单细胞RNA测序数据，识别了与三阴性乳腺癌相关的潜在长非编码RNA候选物	本研究首次详细探索了长非编码RNA在三阴性乳腺癌患者中的作用，并识别了197个潜在的新型lncRNA	研究仅使用了公开的单细胞RNA测序数据，可能需要更多的实验验证来确认这些lncRNA的功能	探索长非编码RNA在三阴性乳腺癌中的作用，并识别潜在的治疗干预生物标志物	三阴性乳腺癌患者中的长非编码RNA和mRNA表达变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及三阴性乳腺癌患者的RNA测序数据
85	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Expression of Aging- and Senescence-Associated Genes in Distinct Cancer Cell Populations 2021-11-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10113126 PMID:34831349	研究论文	本研究分析了公开的慢性髓性白血病、结直肠癌、肝细胞癌、肺癌和胰腺导管腺癌的bulk mRNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了衰老和衰老相关基因在不同癌细胞群体中的表达	首次检测到多种衰老/衰老诱导基因在恶性疾病中相对于健康对照样本的上调，并揭示了这些基因在细胞发育过程中的重要性	仅检测了少数癌症类型中衰老相关基因与转录组广泛变化之间的相关性	分析衰老相关转录模式，探讨衰老和衰老相关基因在人类恶性肿瘤中的作用	慢性髓性白血病、结直肠癌、肝细胞癌、肺癌和胰腺导管腺癌的单细胞转录组数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种癌症类型的样本
86	2024-08-08	Comparative Analyses of Single-Cell Transcriptomic Profiles between In Vitro Totipotent Blastomere-like Cells and In Vivo Early Mouse Embryonic Cells 2021-11-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10113111 PMID:34831338	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术比较了体外培养的全能性类似囊胚细胞与体内早期小鼠胚胎细胞的转录组特征	首次报道了使用单一剪接体抑制剂pladienolide B（plaB）成功将小鼠多能干细胞重编程为全能性类似囊胚细胞（TBLCs），并发现TBLCs中存在一个表达高水平全能性相关基因的亚群	目前尚有争议TBLCs是否为与体内两细胞阶段胚胎等效的‘真正’全能干细胞	探讨体外培养的全能性类似囊胚细胞与体内早期小鼠胚胎细胞的转录组差异	体外培养的全能性类似囊胚细胞（TBLCs）与体内早期小鼠胚胎细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个体外培养的全能性类似囊胚细胞和体内早期小鼠胚胎细胞样本
87	2024-08-08	Scientific Validation and Clinical Application of Lung Cancer Organoids 2021-11-04, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10113012 PMID:34831235	研究论文	本文探讨了肺腺癌类器官（LCO）的科学验证及临床应用，重点研究了LCO培养介质的优化及其在药物筛选中的应用	本文利用单细胞RNA测序技术验证LCO是否再现了原发性肿瘤的异质性和功能层次，并尝试通过培养含有间质细胞和免疫细胞的LCO来再现肿瘤微环境	LCO的成功率差异较大，且培养介质成分显著不同，可能导致正常细胞类器官的过度生长	研究肺腺癌类器官的科学验证及其在药物发现和预后预测中的应用	肺腺癌类器官（LCO）及其培养介质	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	LCO的成功率从7%到87%不等，具体样本数量未详细说明
88	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the landscapes of human cord blood hematopoietic stem cell differentiation during ex vivo culture 2021-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.616 PMID:34841734	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
89	2024-08-08	Scaling concepts in 'omics: Nuclear lamin-B scales with tumor growth and often predicts poor prognosis, unlike fibrosis 2021-11-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112940118 PMID:34810266	研究论文	研究探讨了核层粘连蛋白-B与肿瘤生长之间的关系，并利用机器学习方法分析了其对患者生存预测的影响	首次发现核层粘连蛋白-B与肿瘤生长具有特定的基因-基因缩放指数，并能通过机器学习方法预测患者生存	研究主要集中在肿瘤类型和患者生存预测上，未涉及其他疾病或更广泛的生物学机制	探索核层粘连蛋白-B与肿瘤生长及患者预后之间的关系	核层粘连蛋白-B、肿瘤生长及患者生存	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	涉及32种肿瘤类型的数据
90	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome 2021-11-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70416 PMID:34821556	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了海胆早期浮游幼虫的细胞类型，揭示了其消化、骨骼、免疫和神经系统的主要细胞类型	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了海胆幼虫的细胞多样性，并发现了海胆神经元与脊椎动物内分泌胰腺细胞共享的大量基因	NA	识别生物细胞类型的分子特征，以理解其功能和进化	海胆早期浮游幼虫的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	21个不同的细胞集群
91	2024-08-08	Single-cell DNA and RNA sequencing of circulating tumor cells 2021-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-02165-7 PMID:34819539	研究论文	本文通过单细胞DNA和RNA测序技术研究循环肿瘤细胞，以精确展现肿瘤异质性并提供癌症治疗和研究的有用信息	采用多种全基因组扩增（WGA）和全转录组扩增（WTA）方法，特别是基于多重置换扩增（MDA）的方法，显示出较高的扩增效率和覆盖深度	基于MDA的WTA方法在扩增mRNA时效果较差，并显示出非特异性基因表达模式	开发一种更可靠和适应性强的方法，用于单细胞水平上的循环肿瘤细胞（CTC）分析	循环肿瘤细胞的单细胞DNA和RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	使用了来自健康志愿者的血液样本，并掺入了TGW神经母细胞瘤细胞
92	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals intratumoural heterogeneity and malignant progression in retinoblastoma 2021-11-23, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04390-4 PMID:34815392	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜母细胞瘤中的两种主要细胞类型及其在恶性进展中的作用	NA	探究视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	视网膜母细胞瘤中的细胞类型及其在恶性进展中的作用	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,739个细胞来自两个视网膜母细胞瘤样本
93	2024-08-08	Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes 2021-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151349 PMID:34806648	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术在1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞中鉴定出一类共享TCRα链的T细胞受体	发现了一类在个体间共享的TCRα链，这些TCR序列更接近胚系，且具有较短的连接序列，表明随机核苷酸插入较少	NA	探讨1型糖尿病中胰岛自身抗原反应性T细胞的TCR特性及其在疾病机制中的作用	1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞及其TCR	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	TCR序列	从健康、新发和已建立的1型糖尿病供体血液中分离的2767个单个细胞
94	2024-08-08	Single-cell transcriptome identifies molecular subtype of autism spectrum disorder impacted by de novo loss-of-function variants regulating glial cells 2021-11-21, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-021-00368-7 PMID:34802461	研究论文	本研究通过整合大规模脑单细胞转录组数据和自发性失功能（LOF）ASD变异，探讨了ASD相关基因在时空和细胞类型表达上的模式	首次揭示了ASD相关基因在非神经细胞类型中的转录调控限制，并提出这些细胞类型在ASD发病机制中的潜在作用	NA	探究自闭症谱系障碍（ASD）的分子基础，特别是从'脑到行为'的致病机制角度	自闭症谱系障碍（ASD）相关基因的时空和细胞类型表达模式	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组	NA	转录组数据	超过百万个脑细胞，40,122个病例中的852个基因
95	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals gene expression characteristics in invasive micropapillary carcinoma of the breast 2021-11-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04380-6 PMID:34799559	研究论文	本研究通过空间转录组测序分析了四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本，首次绘制了其转录组图谱，揭示了其广泛的异质性及其与代谢重编程的关联	本研究首次通过空间转录组技术揭示了浸润性微乳头状癌的转录组特征，发现了与淋巴结转移和患者生存相关的SREBF1基因高表达	NA	探索浸润性微乳头状癌的肿瘤间和肿瘤内异质性，并寻找新的诊断和治疗标志物	浸润性微乳头状癌的转录组特征及其与代谢重编程的关联	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	转录组数据	四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本
96	2024-08-08	Automated annotation of rare-cell types from single-cell RNA-sequencing data through synthetic oversampling 2021-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04469-x PMID:34798805	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的过采样方法，通过使用已识别的稀有细胞的基因表达计数作为输入，生成合成细胞，以在其他公开可用的实验中识别类似的稀有细胞。	提出了一种基于机器学习的过采样方法，使用单细胞合成过采样（sc-SynO）技术，该技术基于Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法，能够纠正少数类和多数类之间的总体不平衡比率。	NA	旨在开发一种自动化、无偏见且准确的稀有亚群细胞注释方法。	稀有细胞亚群的自动注释。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法	基因表达数据	三个独立用例，分别包含17个核（8635个核中）、较低不平衡比率的数据（约1比26）以及超过100万个细胞的Allen脑图谱数据。
97	2024-08-08	Self-organization of human dorsal-ventral forebrain structures by light induced SHH 2021-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26881-w PMID:34799555	research paper	本文通过设计一系列光遗传学ePiggyBac载体，表达光活化Cre-loxP重组酶，利用蓝光刺激人胚胎干细胞(hESCs)，系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了人胚胎干细胞中背腹前脑结构的自组织	利用光遗传学技术在人胚胎干细胞模型中系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了背腹前脑结构的自组织	NA	系统研究人胚胎组织中心	人胚胎干细胞中的背腹前脑结构	NA	NA	光遗传学	NA	scRNA-seq	NA
98	2024-08-08	Capturing hidden regulation based on noise change of gene expression level from single cell RNA-seq in yeast 2021-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01558-y PMID:34799619	研究论文	本文研究了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的噪声变化来捕捉酵母中基因表达水平的隐藏调控	提出了一种新的网络估计策略，通过噪声差异比较来捕捉补偿性交互作用	仅限于研究STP1和STP2基因的单删除对噪声变化的影响	探索通过scRNA-seq中的噪声变化来识别基因调控网络中的补偿性交互作用	酵母中的基因调控网络和功能补偿机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
99	2024-08-08	Myeloid cell subsets that express latency-associated peptide promote cancer growth by modulating T cells 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103347 PMID:34820606	研究论文	本文研究了表达潜伏相关肽（LAP）的骨髓细胞通过调节T细胞促进肿瘤生长的机制	首次揭示了LAP骨髓细胞通过刺激Foxp3 Tregs并抑制效应T细胞的增殖和功能来促进肿瘤生长的新功能	文中提到的机制尚未完全阐明	识别LAP骨髓细胞促进肿瘤生长的新功能，并探索针对这些细胞的癌症治疗干预措施	表达LAP的骨髓细胞及其在肿瘤生长中的作用	NA	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	文中未具体说明样本数量
100	2024-08-08	Single-cell analysis of diverse immune phenotypes in malignant pleural effusion 2021-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27026-9 PMID:34795282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液（MPE）中62,382个细胞的免疫表型多样性	首次详细描述了MPE中浸润免疫细胞的组成、谱系和功能状态，并发现了MPE中免疫细胞的转录特征和细胞间相互作用的新模式	NA	揭示恶性胸腔积液中免疫细胞的详细图谱，并增强对晚期非小细胞肺癌潜在诊断和治疗靶点的理解	非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液中的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	62,382个细胞