单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	ATRX regulates glial identity and the tumor microenvironment in IDH-mutant glioma 2021-11-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02535-4 PMID:34763709	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了22例IDH突变型胶质瘤，揭示了ATRX在调控胶质细胞身份和肿瘤微环境中的作用	首次在IDH突变型胶质瘤中探讨了ATRX对胶质细胞身份和肿瘤微环境的调控作用，并通过动物模型验证了其机制	研究主要集中在IDH突变型胶质瘤，未涉及其他类型的胶质瘤	探讨IDH突变型胶质瘤中不同亚型如何维持其独特的表型和肿瘤微环境	IDH突变型胶质瘤及其亚型	数字病理学	胶质瘤	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	22例人类IDH突变型胶质瘤样本
42	2024-08-07	Single-cell analysis reveals dynamic changes of neural cells in developing human spinal cord 2021-11-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202152728 PMID:34605607	research paper	本文通过单细胞RNA测序分析了人类脊髓在胚胎和胎儿阶段神经细胞的动态变化	首次提供了涵盖神经发生和胶质发生的系统数据集，并识别了一组表达EGFR的过渡性胶质细胞	NA	揭示人类脊髓发育过程中神经细胞的阶段特异性特征和动态变化	人类脊髓在胚胎和胎儿阶段的神经细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
43	2024-08-07	Single-cell normalization and association testing unifying CRISPR screen and gene co-expression analyses with Normalisr 2021-11-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26682-1 PMID:34737291	研究论文	本文介绍了一种名为Normalisr的单细胞RNA测序数据标准化和统计关联测试框架，该框架统一了单细胞差异表达、共表达和CRISPR筛选分析	Normalisr通过系统地检测和去除由文库大小引起的非线性混杂因素，实现了高灵敏度、特异性、速度和泛化能力，并能在多种单细胞RNA测序协议和实验条件下进行无偏差的p值估计	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，以提高基因调控研究的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的基因表达和调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	线性模型	基因表达数据	大规模单细胞CRISPRi筛选
44	2024-08-07	Single-cell transcriptome and genome analysis: A much-needed tool for pituitary neuroendocrine tumor studies 2021-11-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noab205 PMID:34480475	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
45	2024-08-07	Germinal centre-driven maturation of B cell response to SARS-CoV-2 vaccination 2021-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.10.31.466651 PMID:34751268	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后人类淋巴结中生发中心B细胞的成熟动态及其后代在B细胞群体中的传播	首次详细描述了SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后生发中心B细胞的成熟过程及其后代的发展，特别是发现接种六个月后，B细胞克隆的体细胞超突变频率显著增加	NA	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后生发中心B细胞的成熟动态及其对长期免疫的影响	SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后的生发中心B细胞及其后代	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名接种了两剂BNT162b2疫苗的个体，42名参与者中有循环S结合记忆B细胞，11名参与者中有S特异性IgG分泌BMPCs
46	2024-08-07	Elucidation of Tumor-Stromal Heterogeneity and the Ligand-Receptor Interactome by Single-Cell Transcriptomics in Real-world Pancreatic Cancer Biopsies 2021-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3925 PMID:34426439	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺癌活检样本中的肿瘤-基质异质性和配体-受体相互作用网络	本研究首次在真实世界的胰腺癌活检样本中应用单细胞RNA测序技术，深入分析了肿瘤微环境的异质性，并预测了多种配体-受体相互作用，为免疫治疗提供了潜在靶点	NA	旨在通过精准医学方法改善胰腺导管腺癌（PDAC）的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）的分子亚型和免疫逃避模式	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	有限的人类原发性和转移性PDAC活检样本
47	2024-08-07	IL-1-driven stromal-neutrophil interactions define a subset of patients with inflammatory bowel disease that does not respond to therapies 2021-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01520-5 PMID:34675383	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组学、定量组织病理学和原位定位分析，在三个炎症性肠病（IBD）患者队列中（总共376名患者），识别出在IBD异质性组织炎症反应中共同表达的基因模块，这些模块映射到特定的组织病理学和细胞特征（病理类型）	本研究首次识别出一种由高中性粒细胞浸润、成纤维细胞活化和血管重塑定义的病理类型，这种类型与对多种治疗无反应的患者相关	NA	旨在识别炎症性肠病中的特定组织病理类型，以帮助精准治疗	炎症性肠病患者的组织炎症反应和治疗反应	NA	炎症性肠病	单细胞转录组学、定量组织病理学	NA	基因表达数据、组织病理学数据	总共719名患者（376名IBD患者和343名无反应患者）
48	2024-08-07	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	本文介绍了一种名为Tangram的方法，用于将单细胞和单核RNA测序（sc/snRNA-seq）数据与多种空间数据形式对齐，以解决空间解析单细胞转录组图谱的问题	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、空间转录组学（Visium）和组织学图像，并能处理多模态数据如SHARE-seq	Tangram方法主要针对特定类型的数据和组织区域，可能不适用于所有类型的单细胞转录组数据	开发一种方法，能够将单细胞转录组数据与空间数据对齐，以生成器官的生物学图谱	健康小鼠大脑组织，特别是视觉和体感运动区域	生物信息学	NA	单细胞和单核RNA测序（sc/snRNA-seq）	深度学习	转录组数据	健康小鼠大脑组织的特定区域
49	2024-08-07	Enhanced chromatin accessibility contributes to X chromosome dosage compensation in mammals 2021-11-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02518-5 PMID:34724962	研究论文	本文通过全基因组方法，使用等位基因特异性的ATAC-seq和单细胞RNA测序，研究了雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象，发现哺乳动物活性X染色体的染色质可及性增加，并且在重编程过程中这种增加的可及性被消除。	本文揭示了内在的补偿机制，涉及染色质可及性的调节，以抵消由进化或体外X染色体丢失和X染色体失活在哺乳动物细胞中引起的X-常染色体基因剂量不平衡。	NA	研究X染色体剂量在体细胞状态和X染色体重激活过程中的调控机制。	雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象。	NA	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	雌性胚胎成纤维细胞
50	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics reveals the architecture of the tumor-microenvironment interface 2021-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26614-z PMID:34725363	研究论文	本文通过整合空间分辨转录组学、单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，研究了肿瘤边界处的肿瘤-微环境相互作用	首次揭示了肿瘤与微环境接触处的特定“界面”细胞状态，并发现该界面细胞上调了一组共同的纤毛基因	NA	揭示肿瘤如何适应新环境	肿瘤-微环境相互作用	数字病理学	黑色素瘤	空间分辨转录组学, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	NA	转录组数据	使用斑马鱼黑色素瘤模型和人类患者样本
51	2024-08-07	Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets 2021-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009548 PMID:34752449	研究论文	本文提出了一种名为近似距离相关（ADC）的方法，用于在不同生物数据集中选择具有高度相互关联的基因	ADC方法通过获取每个目标基因的k个最相关基因作为其近似观测值，并计算目标基因在两个数据集间的距离相关性（DC），从而能够量化同一基因在不同样本的两个生物数据集间的关联强度	NA	旨在解码跨数据集基因的潜在关系	跨数据集的基因相互关联性	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 单细胞ATAC-seq (scATAC-seq)	NA	基因表达数据	包括21个不同组织的癌症RNA-seq数据集，6种不同血细胞类型的单细胞RNA-seq数据集，5种不同技术的胰腺胰岛细胞单细胞RNA-seq数据集，以及外周血单个核细胞的单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq数据
52	2024-08-07	A cellular census of human peripheral immune cells identifies novel cell states in lung diseases 2021-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.579 PMID:34841705	研究论文	本研究通过单细胞分析技术，对健康志愿者和多种肺疾病患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组和转录组谱的测定，以揭示肺疾病中免疫细胞的分子景观和异质性。	首次在急性肺炎患者中鉴定出双阴性T细胞和耗竭的CD4中心记忆T细胞亚群，并发现这些细胞在急性肺炎和稳定肺炎患者中表达更高水平的Tim3和TIGIT。	NA	进一步定义系统性免疫细胞在各种肺疾病中的分子景观和异质性。	健康志愿者和患有稳定肺炎、稳定哮喘、急性哮喘、慢性阻塞性肺疾病急性加重、慢性阻塞性肺疾病和肺癌的患者。	数字病理学	肺疾病	单细胞分析，流式细胞术	NA	蛋白质组学，转录组学	使用42种抗体对来自健康志愿者和患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组谱的测定。
53	2024-08-07	Non-parametric modelling of temporal and spatial counts data from RNA-seq experiments 2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab486 PMID:34213536	research paper	本文介绍了GPcounts包，它使用负二项似然函数的GP回归方法来建模计数数据，通过变分贝叶斯推断提高计算效率。	GPcounts包通过使用负二项似然函数和变分贝叶斯推断，能够处理大规模的单细胞和空间转录组数据，并能更好地识别过度分散的计数数据中的变化。	NA	开发一种能够有效处理大规模单细胞和空间转录组数据的非参数模型。	单细胞和空间转录组数据中的计数数据。	machine learning	NA	RNA-seq	Gaussian process (GP) regression	counts data	NA
54	2024-08-07	Pre-existing chromatin accessibility and gene expression differences among naive CD4+ T cells influence effector potential 2021-11-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110064 PMID:34852223	research paper	研究探讨了未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的染色质可及性和基因表达差异对其效应潜能的影响	通过单细胞RNA测序揭示了T细胞受体（TCR）信号传导相关基因是变异的关键驱动因素，并发现TCR信号强度在胸腺发育期间对CD4+ T细胞染色质景观的差异建立有影响	NA	探究未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的转录和染色质景观差异是否影响其效应潜能	未接触抗原的CD4+ T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
55	2024-08-07	Endocannabinoid Anandamide Attenuates Acute Respiratory Distress Syndrome through Modulation of Microbiome in the Gut-Lung Axis 2021-11-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123305 PMID:34943813	研究论文	本研究探讨了内源性大麻素anandamide（AEA）对雌性小鼠由葡萄球菌肠毒素B（SEB）介导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的影响	AEA通过调节肠道-肺轴中的微生物群，增加抗菌肽和紧密连接蛋白的表达，以及诱导短链脂肪酸的产生，从而减轻ARDS	NA	研究AEA对SEB介导的ARDS的缓解作用及其机制	雌性小鼠的肺部和肠道微生物群	NA	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序, MiSeq测序, LEfSe分析	NA	RNA序列数据	NA
56	2024-08-07	The healing myocardium mobilizes a distinct B-cell subset through a CXCL13-CXCR5-dependent mechanism 2021-11-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvab181 PMID:34048536	研究论文	本研究在心肌梗死后的小鼠模型中，通过组织学、流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了心脏中特定B细胞亚群的快速积累及其通过CXCL13-CXCR5依赖机制的动员。	本研究首次发现并描述了心肌梗死后心脏中特异性的‘心脏相关B细胞’（hB）亚群，并阐明了其通过CXCL13-CXCR5轴的动员机制。	研究主要在实验小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	旨在解析心肌梗死后B细胞动员和活性的机制，以及这些细胞在心脏修复中的作用。	心肌梗死后心脏和纵隔淋巴结中的B细胞反应。	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	实验使用了小鼠模型，具体样本数量未在摘要中提及。
57	2024-08-07	Deletion of pancreas-specific miR-216a reduces beta-cell mass and inhibits pancreatic cancer progression in mice 2021-11-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100434 PMID:34841287	研究论文	本文研究了胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	首次揭示了miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的功能，并探讨了其在胰腺癌诊断中的潜在价值	NA	探讨miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
58	2024-08-07	Sutural fibroblasts exhibit the function of vascular endothelial cells upon mechanical strain 2021-11-15, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2021.109046 PMID:34599905	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在机械应力作用下颧骨上颌缝中纤维母细胞向血管内皮细胞样状态的转变	首次揭示了纤维母细胞在机械应力作用下通过与Hippo通路的相互作用，实现向血管内皮细胞样状态的转变，并上调血管生成相关基因	研究仅限于体外实验和数据分析，未涉及临床应用	探究机械应力诱导的颧骨上颌缝中纤维母细胞的功能转变	颧骨上颌缝中的纤维母细胞及其在机械应力下的功能转变	数字病理学	面部发育不良	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	二十九个细胞亚群
59	2024-08-07	The role of CDHR3 in susceptibility to otitis media 2021-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-021-02118-7 PMID:34322716	研究论文	本文探讨了CDHR3在儿童中耳炎易感性中的作用，通过外显子测序、Sanger测序等技术，发现CDHR3的新型致病变异与中耳炎风险相关	发现了CDHR3的新型罕见或低频变异，这些变异可能增加中耳炎的风险	NA	进一步阐明CDHR3在中耳炎中的作用	CDHR3基因及其变异与中耳炎的关系	NA	耳部疾病	外显子测序、Sanger测序、16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	DNA、RNA	257个多民族家庭的OM受影响个体、407个美国三联体或OM受试者、芬兰受试者、小鼠中耳样本
60	2024-08-07	XIAP restrains TNF-driven intestinal inflammation and dysbiosis by promoting innate immune responses of Paneth and dendritic cells 2021-Nov-05, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf7235 PMID:34739338	研究论文	本文研究了XIAP蛋白在抑制TNF驱动的肠道炎症和菌群失调中的作用，通过促进潘氏细胞和树突状细胞的先天免疫反应	首次揭示了XIAP通过调节TLR5和TNFR2信号通路，维持潘氏细胞和树突状细胞的功能，从而防止肠道炎症和菌群失调	NA	探究XIAP在肠道炎症和菌群失调中的作用机制	XIAP缺陷小鼠和XLP2患者样本	免疫学	炎症性肠病	scRNA-seq, RNA-seq	NA	基因表达数据	XIAP缺陷小鼠和XLP2患者样本