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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实胰腺导管细胞是成年β细胞新生的来源 | 首次发现表达Ngn3的导管细胞在稳态和糖尿病状态下都能产生新的β细胞 | NA | 探究成年胰腺β细胞新生的细胞来源机制 | 小鼠胰腺导管细胞和β细胞 | 发育生物学 | 糖尿病 | 谱系追踪, 3D成像, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
IL-1-driven stromal-neutrophil interactions define a subset of patients with inflammatory bowel disease that does not respond to therapies
2021-11, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01520-5
PMID:34675383
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了炎症性肠病中基质细胞-中性粒细胞相互作用驱动的特定病理亚型与治疗无应答的关联 | 首次在IBD中识别出由IL-1驱动、中性粒细胞浸润和成纤维细胞活化定义的特定病理亚型,并证明其与多种疗法无应答相关 | 样本量相对有限(总计719例),需要进一步验证IL-1信号阻断治疗策略的临床效果 | 解析炎症性肠病治疗无应答的生物学机制并寻找精准治疗靶点 | 炎症性肠病患者组织样本和临床数据 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 定量组织病理学, 原位定位 | NA | 转录组数据, 组织病理图像, 临床数据 | 总计719例IBD患者(发现队列376例,验证队列343例) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Regulation of intestinal immunity and tissue repair by enteric glia
2021-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04006-z
PMID:34671159
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道神经胶质细胞通过IFNγ信号轴在肠道免疫平衡和组织修复中的关键调控作用 | 首次发现肠道神经胶质细胞通过IFNγ-EGC-CXCL10信号轴调控肠道免疫反应和组织修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究肠道神经胶质细胞在肠道免疫平衡和组织修复中的功能机制 | 小鼠肠道组织、肠道神经胶质细胞、炎症性肠病患者样本 | 细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠感染模型和炎症性肠病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Human ALS/FTD brain organoid slice cultures display distinct early astrocyte and targetable neuronal pathology
2021-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00923-4
PMID:34675437
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研究论文 | 本研究开发了源自人类诱导多能干细胞的大脑类器官切片模型,用于模拟C9ORF72 ALS/FTD疾病的早期分子病理 | 首次建立能够重现成熟皮质结构并显示ALS/FTD早期分子病理的人类大脑类器官切片模型 | 无法获取症状前患者的实际样本进行直接验证 | 研究肌萎缩侧索硬化-额颞叶痴呆重叠症(ALS/FTD)的早期细胞病理机制和治疗方法 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质类器官切片 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化-额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序,生物学检测 | 类器官切片模型 | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Mechanisms of vascular smooth muscle cell investment and phenotypic diversification in vascular diseases
2021-11-01, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20210138
PMID:34495326
|
综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞在血管疾病中的可塑性机制及其表型多样化的研究进展 | 整合了谱系追踪与单细胞转录组学技术,揭示了VSMC在血管病变中的克隆扩增和表型多样性 | NA | 理解血管平滑肌细胞在血管疾病中的投资机制和表型多样化调控 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物医学 | 心血管疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学, 计算分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
Heterogeneity and Cancer-Related Features in Lymphangioleiomyomatosis Cells and Tissue
2021-11, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-21-0220
PMID:34312290
|
研究论文 | 本研究通过整合基因和蛋白特征及单细胞和批量组织转录组数据,揭示了淋巴管平滑肌瘤病的异质性特征及其与癌症的分子相似性 | 首次系统识别LAM疾病的分子和细胞特征、主要调控因子、与癌症的相似性以及疾病异质性的潜在原因 | NA | 探究淋巴管平滑肌瘤病在分子、细胞和组织水平的异质性及其与癌症特征的关联 | 淋巴管平滑肌瘤病细胞和组织 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞转录组测序,批量组织转录组分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101248
PMID:33989778
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研究论文 | 本研究揭示了miR-7过表达通过Pdx1/Ovol2/Zeb2轴诱导β细胞去分化并触发上皮-间质转化的分子机制 | 首次发现β细胞去分化与EMT基因诱导的关联,并阐明Pdx1/Ovol2/Zeb2信号轴在此过程中的调控作用 | 研究主要基于转基因小鼠模型和细胞系,人类样本验证相对有限 | 探究miR-7介导的β细胞去分化对胰岛基因表达和微环境的影响机制 | β细胞特异性miR-7过表达小鼠、MIN6和EndoC-bH1细胞系、已发表的T2D数据集 | 分子生物学 | 糖尿病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 功能获得和缺失实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 转基因小鼠模型、两种细胞系、已发表的人类和小鼠T2D数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240
PMID:33962048
|
研究论文 | 通过单核RNA测序技术对小鼠后脑在进食和禁食状态下的细胞组成和基因表达进行详细调查 | 首次在后脑区域进行单细胞水平的转录组学研究,揭示了禁食对少突胶质细胞转录组的特异性影响 | 仅研究了小鼠模型,未涉及其他物种;研究局限于后脑特定区域 | 研究后脑区域在营养信号感知和摄食行为调控中的细胞分子机制 | 小鼠后脑的极后区(AP)和孤束核(NTS)细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖症 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16,034个细胞(8,910个神经元和7,124个非神经元细胞) | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
LGR6 marks nephron progenitor cells
2021-11, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.346
PMID:33848015
|
研究论文 | 本研究鉴定LGR6作为肾脏祖细胞的标志物,并揭示其在肾脏发育过程中的分化轨迹 | 首次发现LGR6可作为肾脏祖细胞的标志物,填补了该领域缺乏MET过程中NPC标志物的空白 | 研究主要基于胚胎外植体和动物模型,人类肾脏发育中的验证仍需进一步研究 | 探索肾脏祖细胞的标志物及其在肾脏发育过程中的分化机制 | 肾脏祖细胞和肾脏发育过程 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 谱系追踪、共聚焦成像、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、成像数据 | 胚胎外植体和体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-07 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
|
研究论文 | 提出Tangram方法,将单细胞转录组数据与空间数据对齐,构建全基因组单细胞分辨率空间图谱 | 开发了能够将多种单细胞RNA测序数据与不同形式空间数据(包括MERFISH、STARmap、smFISH、空间转录组学和组织学图像)对齐的首个通用方法 | NA | 解决单细胞测序技术丢失空间信息与空间转录组技术分辨率有限的问题 | 健康小鼠脑组织视觉和体感运动区域 | 空间转录组学 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, SHARE-seq | 深度学习 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多模态数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | 10x Visium | 空间转录组学技术 |
| 31 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver
2021-Nov-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103233
PMID:34755088
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中肝细胞及非实质细胞的转录组景观 | 发现了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用,识别了三种嵌合型非实质细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究非酒精性脂肪肝发病机制的细胞分子基础 | 健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中的肝细胞及非实质细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 82,168个单细胞转录组,涵盖不同NAFLD阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Single cell and spatial transcriptomics in human tendon disease indicate dysregulated immune homeostasis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220256
PMID:34001518
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis identifies skin-specific T-cell responses in systemic sclerosis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220209
PMID:34031030
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定系统性硬化症皮肤特异性T细胞反应 | 首次在系统性硬化症患者皮肤中鉴定出表达CXCL13的再循环T细胞亚群,该细胞群具有滤泡辅助T细胞样基因表达特征 | 样本量相对有限,仅包含27名患者和10名健康供体 | 解析系统性硬化症皮肤中T细胞介导的免疫反应机制 | 系统性硬化症患者和健康供体的皮肤活检样本 | 单细胞转录组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序,共聚焦免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 3729个CD3+淋巴细胞(867个来自正常皮肤,2862个来自SSc皮肤),来自27名活动性SSc患者和10名健康供体 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴式单细胞测序技术 |
| 34 | 2025-10-07 |
A scoping review on the potentiality of PD-L1-inhibiting microRNAs in treating colorectal cancer: Toward single-cell sequencing-guided biocompatible-based delivery
2021-Nov, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2021.112213
PMID:34560556
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综述 | 本文探讨了PD-L1抑制性microRNAs在结直肠癌治疗中的潜力及单细胞测序指导的生物相容性递送策略 | 首次系统综述了多种PD-L1抑制性miRNAs在结直肠癌治疗中的作用,并提出了单细胞测序指导的生物相容性递送新策略 | 仅纳入了2021年3月17日前的文献,未进行定量meta分析 | 评估PD-L1抑制性miRNAs在结直肠癌治疗中的潜力及递送策略 | 结直肠癌细胞及PD-L1抑制性microRNAs | 生物医学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,文献系统检索 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 35 | 2024-10-14 |
Single cell functional genomics reveals plasticity of subcutaneous white adipose tissue (WAT) during early postnatal development
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101307
PMID:34298199
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠皮下白色脂肪组织(iWAT)在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性 | 首次通过单细胞转录组学(scRNA-seq)和表观基因组学(snATAC-seq)技术,详细描述了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞亚型及其动态变化 | NA | 研究小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性 | 小鼠皮下白色脂肪组织(iWAT)的脂肪基质细胞(ASC)和脂肪细胞核 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学(scRNA-seq)和表观基因组学(snATAC-seq) | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 小鼠皮下白色脂肪组织在出生后第6天、第18天和第56天的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-09-30 |
Single-cell multi-omics sequencing: application trends, COVID-19, data analysis issues and prospects
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab229
PMID:34111889
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综述 | 本文综述了单细胞多组学测序技术的最新进展及其在理解复杂疾病(特别是COVID-19)中的应用,并总结了用于分析多层异质数据的相关机器学习和生物信息学技术 | 本文介绍了变分推断和基于图的学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用,并讨论了Seurat V3等常用工具在处理缺失变量和标签中的作用 | 本文主要讨论了数据一致性和多样性问题,以及数据对错误校正和数据插补方法的关注,但未深入探讨具体的解决方案 | 综述单细胞多组学测序技术的发展及其在复杂疾病研究中的应用,并探讨相关的数据分析问题和未来展望 | 单细胞多组学测序技术及其在COVID-19等复杂疾病中的应用 | 生物信息学 | 传染病 | 单细胞多组学测序 | NA | 多层异质数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-09-16 |
Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types
2021-Nov-26, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abh1683
PMID:34826233
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研究论文 | 本文介绍了水螅水母的整个生物体的转录组细胞图谱,并描述了其组成细胞类型对扰动的响应 | 本文引入了高分辨率、全生物体、多重单细胞基因组学的工作流程,适用于其他传统或非传统模式生物 | NA | 研究水螅水母细胞类型对扰动的响应 | 水螅水母的细胞类型及其对扰动的响应 | 基因组学 | NA | 多重单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个水螅水母样本,包括对照和扰动条件 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-09-10 |
Early IFN-α signatures and persistent dysfunction are distinguishing features of NK cells in severe COVID-19
2021-11-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.09.002
PMID:34592166
|
研究论文 | 研究分析了205名COVID-19患者中自然杀伤细胞(NK细胞)的单细胞转录组和蛋白质组学特征,发现早期严重COVID-19中IFN-α水平升高与NK细胞功能障碍相关 | 首次详细描述了严重COVID-19中NK细胞的早期IFN-α信号特征及其与疾病结果的关联 | 研究样本量有限,且未涵盖所有可能的COVID-19病例类型 | 探讨COVID-19中先天免疫系统的动态变化及其与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的自然杀伤细胞(NK细胞) | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | 基因表达数据和蛋白质数据 | 205名患者,403个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-25 |
Myeloid Heterogeneity in Kidney Disease as Revealed through Single-Cell RNA Sequencing
2021-11-25, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0003682021
PMID:35372996
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在揭示肾脏疾病中髓系细胞异质性方面的应用 | 利用scRNA-seq技术,能够以前所未有的分辨率和通量分析单个细胞的转录组,并生成细胞图谱 | NA | 探讨髓系细胞在肾脏健康和疾病中的作用,以及scRNA-seq技术在髓系细胞和肾脏研究中的应用 | 髓系细胞在肾脏疾病中的异质性 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-23 |
Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers
2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0255
PMID:34612714
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研究论文 | 本文开发了一种联合聚类方法,结合单细胞测序和荧光原位杂交数据,以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 提出了一种概率框架,通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化,以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率 | 现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限 | 旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据,更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞DNA测序(scSeq)和多重间期荧光原位杂交(miFISH) | 马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤(GBM)病例进行验证,并在两个GBM病例中应用该方法 | NA | NA | NA | NA |