单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Alternative poly-adenylation modulates α1-antitrypsin expression in chronic obstructive pulmonary disease 2021-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009912 PMID:34784346	研究论文	该研究探讨了α1-抗胰蛋白酶在慢性阻塞性肺病（COPD）中的表达与选择性聚腺苷酸化之间的关系	本研究揭示了影响SERPINA1 mRNA翻译的多种RNA结合蛋白，并确定了QKI作为一种调节剂的作用	本研究的局限性在于只在特定样本中进行观察，无法广泛推广这些发现	研究α1-抗胰蛋白酶在非缺乏个体中的作用及其在COPD中的调控机制	该研究对象包括82例COPD患者和64名对照组，以及独立验证的376例COPD患者和267名对照组	数字病理学	慢性阻塞性肺病	RNA-seq	NA	RNA	82例COPD患者和64名对照组，及独立研究中的376例COPD患者和267名对照组
22	2024-08-05	Matters of the heart: Cellular sex differences 2021-11, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.04.010 PMID:34166708	研究论文	本文探讨了心脏中男性和女性细胞的差异，特别是非肌肉细胞类型	探讨了细胞性别在心脏健康和疾病中的差异，强调了微环境对细胞表型的影响	许多研究未报告细胞的性别，且多数研究使用的细胞来自男性	研究心脏中细胞性别差异及其对心脏健康和疾病的影响	哺乳动物心脏的男性和女性细胞，包括非肌肉细胞族群	数字病理	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞数据	NA
23	2024-08-05	Differential dynamics of peripheral immune responses to acute SARS-CoV-2 infection in older adults 2021-11, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-021-00127-2 PMID:37118336	研究论文	本研究考察了COVID-19患者外周血单核细胞的表型、转录组和功能特征，以揭示年龄、时间和疾病严重程度的特定适应性	提出了年龄对COVID-19免疫反应影响的新见解，特别是在老年患者中观察到的B细胞和T细胞反应的特征	研究未提及样本的地理和种族多样性以及潜在变量的控制	研究老年人群体在急性SARS-CoV-2感染中外周免疫反应的动态变化	年轻和老年的COVID-19患者	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞类型相关数据	年轻和老年COVID-19患者的外周血样本
24	2024-08-05	Diverse alterations associated with resistance to KRAS(G12C) inhibition 2021-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-04065-2 PMID:34759319	研究论文	本研究评估了肺癌患者对KRAS(G12C)抑制剂的抵抗性及其相关的多样性改变	揭示了与KRAS(G12C)抑制剂治疗相关的多种基因改变及其抵抗机制	研究主要集中在少量样本，限制了结果的普遍适用性	探讨肺癌患者对KRAS(G12C)抑制剂的抵抗性及其遗传基础	评估43名接受sotorasib治疗的肺癌患者的前后处理样本	计算机视觉	肺癌	NA	NA	样本	43名患者的前后处理样本
25	2024-08-05	The immune landscape of common CNS malignancies: implications for immunotherapy 2021-11, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-021-00518-9 PMID:34117475	评论	本文回顾了中央神经系统恶性肿瘤的免疫景观及其对免疫治疗的影响	本文揭示了免疫组成和免疫生物学的基本差异，为胶质瘤的免疫治疗策略奠定基础	关于脑瘤对免疫检查点抑制剂反应的患者子集的研究限制了总体结果的推广	探讨中央神经系统恶性肿瘤中的免疫细胞组成和功能差异以及这些差异对免疫疗法的影响	对患有中央神经系统恶性肿瘤的患者样本进行免疫分析	数字病理学	胶质瘤	质谱细胞术和单细胞测序	基因工程小鼠模型	样本	NA
26	2024-08-05	Heterogeneity of human anti-viral immunity shaped by virus, tissue, age, and sex 2021-11-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110071 PMID:34852222	研究论文	本文揭示了病毒、组织、年龄和性别如何影响抗病毒T细胞免疫的维持和功能	通过综合分析病毒特异性T细胞，首次揭示了多种因素对抗病毒免疫的异质性影响	研究主要基于器官捐献者的样本，可能未能全面代表所有人群	探讨影响抗病毒免疫的多种因素及其相互作用	针对流感和巨细胞病毒的特异性CD8 T细胞	免疫学	NA	流式细胞术、T细胞受体测序、单细胞转录组学和细胞因子分析	NA	血液、淋巴器官和粘膜组织的细胞样本	基于器官捐献者的综合样本
27	2024-08-07	APOL1 risk variants in individuals of African genetic ancestry drive endothelial cell defects that exacerbate sepsis 2021-11-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.004 PMID:34715018	研究论文	研究探讨了非洲遗传背景下APOL1风险变异体对内皮细胞缺陷的影响，以及这些缺陷如何加剧败血症	首次揭示了APOL1风险变异体通过干扰线粒体自噬，激活炎症小体和STING通路，导致败血症中内皮细胞的渗透性缺陷和炎症反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床研究验证	识别炎症小体和STING通路作为减少APOL1相关健康差异的潜在目标	非洲遗传背景下的APOL1风险变异体对内皮细胞和败血症的影响	NA	败血症	单细胞测序	NA	细胞	涉及人类肾脏内皮细胞和小鼠模型
28	2024-08-07	A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images 2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab447 PMID:34128955	研究论文	本文介绍了一种新的卷积神经网络（CNN）架构，用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册	提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构，能够以端到端的方式训练，并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势	NA	解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题	高分辨率组织学图像的注册	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）	CNN	图像	参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集
29	2024-08-07	Spatial transcriptomics at subspot resolution with BayesSpace 2021-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00935-2 PMID:34083791	research paper	本文介绍了BayesSpace，一种完全贝叶斯统计方法，用于增强空间转录组数据的分辨率和聚类分析	BayesSpace利用空间邻域信息提高空间转录组数据的分辨率，并改进对组织内转录组特征的识别	NA	提高空间转录组数据的分辨率和聚类分析的准确性	脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本的转录组特征	digital pathology	NA	空间转录组技术	贝叶斯统计方法	转录组数据	脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本
30	2024-08-07	Short-read and long-read RNA sequencing of mouse hematopoietic stem cells at bulk and single-cell levels 2021-11-29, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-021-01078-4 PMID:34845251	研究论文	本文报道了在小鼠造血干细胞（HSC）及其下游多能祖细胞（MPP）的批量和单细胞水平上进行短读和长读RNA测序的数据集	本文展示了整合短读和长读测序技术可以促进已知和未注释的转录本变体的识别和定量	NA	研究造血干细胞群体中的转录多样性和异质性	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞的批量和单细胞样本
31	2024-08-07	Genome annotation with long RNA reads reveals new patterns of gene expression and improves single-cell analyses in an ant brain 2021-11-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01188-w PMID:34838024	研究论文	本文利用全长等位基因测序（Iso-Seq）技术对蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组进行全面注释，揭示了新的基因表达模式并改进了单细胞分析	通过Iso-Seq技术，本文提供了更准确的基因模型注释，包括额外的剪接异构体和扩展的3'非翻译区，从而提高了单细胞RNA-seq数据的分析质量	NA	提高基因组注释的准确性和完整性，并最大化从现有和未来基因组数据集中获取的信息量	蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组注释及单细胞RNA-seq数据的重新分析	基因组学	NA	全长等位基因测序（Iso-Seq）	NA	RNA序列	超过4000个基因的额外剪接异构体和扩展的3'非翻译区
32	2024-08-07	A benchmark study of simulation methods for single-cell RNA sequencing data 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27130-w PMID:34824223	研究论文	本文开发了一个全面的评估框架SimBench，用于评估12种单细胞RNA测序数据模拟方法	提出了一个包含核密度估计度量的综合评估框架SimBench，用于系统评估单细胞RNA测序数据模拟方法	识别了模拟方法在维持分布异质性等方面的局限性	评估单细胞RNA测序数据模拟方法的可靠性	12种单细胞RNA测序数据模拟方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	35个单细胞RNA测序实验数据集
33	2024-08-07	Circulating tumor cells: biology and clinical significance 2021-11-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00817-8 PMID:34803167	研究论文	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的生物学特性及其在临床上的应用	介绍了新兴技术在CTCs检测中的应用，以及单细胞测序技术对CTCs基因组和转录组的揭示	CTCs在血液中的检测仍然具有挑战性，且分子标记在不同癌症类型中存在差异	探讨CTCs的生物学特性及其在癌症治疗和预后评估中的临床应用	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在癌症转移中的作用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	血液	NA
34	2024-08-07	Pattern of Repetitive Element Transcription Segregate Cell Lineages during the Embryogenesis of Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus 2021-Nov-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9111736 PMID:34829966	研究论文	本研究探讨了海胆胚胎发育过程中重复元件（REs）的转录模式及其在细胞系分化中的作用	首次揭示了REs在海胆胚胎发育中的转录模式，并发现REs表达与基因组中拷贝数无关，且在单细胞水平上对发育域的组织有重要作用	NA	旨在识别海胆胚胎发育不同阶段中REs的表达	海胆胚胎发育过程中的重复元件（REs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	REs占基因组DNA的44%，其中未知的REs占78.5%（总基因组的35%）
35	2024-08-07	Asc-Seurat: analytical single-cell Seurat-based web application 2021-Nov-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04472-2 PMID:34794383	研究论文	本文介绍了一个名为Asc-Seurat的基于Seurat的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的网络应用工具	Asc-Seurat提供了一个用户友好的、易于安装的网络应用，涵盖了scRNA-seq数据分析的所有关键步骤，包括质量控制、聚类和基因差异表达分析	NA	开发一个全面的、易于使用的工具，以简化scRNA-seq数据分析过程	单细胞RNA测序数据分析	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	外周血单个核细胞数据集
36	2024-08-07	Longitudinal Dynamics of Human B-Cell Response at the Single-Cell Level in Response to Tdap Vaccination 2021-Nov-18, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines9111352 PMID:34835283	研究论文	本研究通过纵向分析单细胞转录组和B细胞受体（BCR）谱，探讨了Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	开发了一种生物信息学工作流程，用于描述正在进行的（纵向）免疫反应的关键特征，如PB/PCs的激活、Ig类别转换、体细胞超突变和克隆扩增	NA	更好地表征成功的疫苗接种反应	Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	免疫学	NA	单细胞转录组分析，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，BCR谱	一个免疫供体的血浆细胞
37	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals the Acquisition of Cancer Stem Cell Traits and Increase of Cell-Cell Signaling during EMT Progression 2021-Nov-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225726 PMID:34830900	研究论文	本研究通过分析多个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探讨了上皮-间质转化（EMT）过程中癌症干细胞特性及细胞间信号传导的增加	研究发现传统的多能性测量方法与EMT进展及癌症干细胞相关标记的表达不一定相关，而EMT电路能量（量化上皮和间质基因共表达的指标）在不同癌症类型和解剖位置中一致增加	NA	研究EMT过程中癌症干细胞特性和细胞间信号传导的关系	上皮-间质转化（EMT）过程中的中间细胞状态（ICSs）及其癌症干细胞（CSC）特性和细胞间信号传导	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集，具体数量未详述
38	2024-08-07	On the Origin and Evolution of Drosophila New Genes during Spermatogenesis 2021-11-15, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111796 PMID:34828402	研究论文	本文分析了成年果蝇睾丸的单细胞转录组数据，揭示了新基因在精子发生过程中的起源和进化机制	发现了新基因在X染色体上的表达不足，并提供了细胞水平的证据支持减数分裂性染色体失活（MSCI）	NA	探讨新基因在精子发生中的起源和进化	果蝇的新基因及其在精子发生中的表达模式	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	成年果蝇睾丸
39	2024-08-07	Heterogeneity in the Response of Different Subtypes of Drosophila melanogaster Midgut Cells to Viral Infections 2021-11-15, Viruses DOI:10.3390/v13112284 PMID:34835089	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同亚型的果蝇中肠细胞对两种类似病毒的响应差异	首次详细比较了Thika病毒和Nora病毒在果蝇中肠细胞中的复制策略和细胞响应，并探讨了细胞亚型和病毒特异性响应的关系	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，未涉及实验验证	探究不同亚型的果蝇中肠细胞对病毒感染的响应异质性	果蝇中肠细胞及两种类似病毒Thika病毒和Nora病毒	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
40	2024-08-07	Single-Cell Sequencing: Biological Insight and Potential Clinical Implications in Pediatric Leukemia 2021-Nov-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225658 PMID:34830811	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在儿童白血病中的应用，探讨了其在基因组、表观基因组和转录组层面提供的高分辨率见解及其潜在的临床意义。	SCS能够提供对肿瘤细胞群体的细胞异质性、亚克隆结构和调控网络的深入理解，并识别出可用于治疗的脆弱点。	目前只有一小部分儿童白血病患者能从基于基因组学的治疗中受益，因为只有15-20%的患者符合靶向药物的适应症标准。	探讨单细胞组学方法如何在未来支持临床决策。	儿童白血病及其细胞群体在疾病发展、进展和治疗抵抗中的作用。	数字病理学	儿童白血病	单细胞测序（SCS）	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	未具体说明样本数量