单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 241 篇文献,本页显示第 221 - 240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
221 2024-08-08
HelPredictor models single-cell transcriptome to predict human embryo lineage allocation
2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 开发了一种名为HelPredictor的机器学习平台,用于预测人类胚胎的细胞谱系分配 HelPredictor是首个整合三种特征选择方法和四种经典机器学习分类器的平台,能够高效分类不同的胚胎谱系及其发育轨迹 NA 深入理解人类胚胎植入前细胞命运决定机制,并开发有效的生物信息学策略来分析胚胎谱系分配和阶段特异性模式 人类胚胎的单细胞转录组数据 机器学习 NA 单细胞测序 机器学习分类器 转录组数据 未具体说明样本数量
222 2024-08-09
Corrigendum to: Evaluation of machine learning approaches for cell-type identification from single-cell transcriptomics data
2021-Nov-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
223 2024-08-09
Interfacing Seurat with the R tidy universe
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了tidyseurat,一个轻量级的适配器,用于将Seurat对象与tidyverse生态系统接口,以便用户可以使用熟悉的语法进行单细胞RNA测序数据分析 开发了tidyseurat适配器,使得Seurat对象能够与tidyverse生态系统无缝对接,提高了数据操作和可视化的效率 NA 提供一个面向tidyverse的Seurat接口,以便数据科学社区的用户能够使用熟悉的语法进行操作 Seurat对象与tidyverse生态系统的接口 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 数据集 NA
224 2024-08-09
Deep cross-omics cycle attention model for joint analysis of single-cell multi-omics data
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种深度跨组学生命周期注意力(DCCA)模型,用于单细胞多组学数据的联合分析 DCCA模型结合了变分自编码器(VAEs)和注意力转移技术,能够利用一种组学数据来微调为另一种组学数据训练的网络 NA 旨在解决单细胞多组学数据集成分析中由于稀疏性、异质性和维度差异带来的挑战 单细胞转录组学和表观组学数据 机器学习 NA 变分自编码器(VAEs) 深度跨组学生命周期注意力(DCCA)模型 多组学数据 涉及模拟数据和来自不同平台的真实数据
225 2024-08-09
Single cell and spatial transcriptomics in human tendon disease indicate dysregulated immune homeostasis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
226 2024-08-09
Single-cell RNA sequencing profiling in a patient with discordant primary cutaneous B-cell and T-cell lymphoma reveals micromilieu-driven immune skewing
2021-11, The British journal of dermatology
研究论文 本文通过单细胞RNA测序技术对一位同时患有皮肤B细胞和T细胞淋巴瘤的患者进行了分子特征分析 首次揭示了肿瘤微环境对免疫偏向的影响,并区分了不同类型淋巴瘤皮肤病变中的特定克隆群体 NA 提高复杂类型原发性皮肤淋巴瘤的诊断和分子特征分析 原发性皮肤B细胞和T细胞淋巴瘤 数字病理学 淋巴瘤 单细胞RNA测序 NA RNA 一位患者
227 2024-08-09
Integrative analysis of the human brain mural cell transcriptome
2021-11, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1
研究论文 本文利用多个独立的人脑单细胞RNA测序数据集,构建了人脑壁细胞的转录组数据库,并分析了人鼠壁细胞转录组的物种差异、人脑周细胞的培养诱导去分化及人壁细胞的器官特异性 首次综合利用多个独立的人脑单细胞RNA测序数据集,详细分析了人脑壁细胞的分子特征,填补了该领域的知识空白 NA 深入了解人脑壁细胞的分子组成,为研究壁细胞功能提供资源,并促进动物模型与人类模型的比较评估 人脑壁细胞,包括周细胞和血管平滑肌细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 转录组数据 多个独立的人脑样本
228 2024-08-09
Characterization of the heterogeneity of endothelial cells in bleomycin-induced lung fibrosis using single-cell RNA sequencing
2021-11, Angiogenesis IF:9.2Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序技术研究了博莱霉素诱导的肺纤维化中内皮细胞的异质性 首次详细描述了肺纤维化中内皮细胞亚群的特征及其在病理过程中的作用 研究仅限于大鼠模型,可能与人类疾病存在差异 探讨内皮细胞亚群在肺纤维化发展中的作用 博莱霉素诱导的肺纤维化中的内皮细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 大鼠模型中的内皮细胞亚群
229 2024-08-09
Single-cell transcriptome analysis identifies skin-specific T-cell responses in systemic sclerosis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,识别了系统性硬化症(SSc)患者皮肤中特定的T细胞反应 首次使用液滴法单细胞转录组分析SSc皮肤活检,揭示了患者特异性的T细胞异质性,并发现了与SSc皮肤疾病严重程度相关的功能通路中的新基因表达 研究样本量有限,仅包括27名活动性SSc患者和10名健康捐赠者的皮肤活检样本 旨在深入研究系统性硬化症患者受影响皮肤中的T细胞介导的免疫反应 系统性硬化症患者和健康个体的皮肤活检样本中的CD3+淋巴细胞 数字病理学 系统性硬化症 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 3729个CD3+淋巴细胞,包括867个来自正常皮肤和2862个来自SSc皮肤样本
230 2024-08-09
FBA: feature barcoding analysis for single cell RNA-Seq
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了FBA软件包,用于单细胞RNA测序中的特征条形码分析,包括质量控制、定量、解复用、多重检测、聚类和可视化 FBA提供了一个灵活且简化的工具包,用于处理和分析特征条形码实验 NA 扩展单细胞RNA测序的读出,包括细胞表面蛋白和基因组扰动等额外特征 单细胞RNA测序中的特征条形码 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 序列条形码 NA
231 2024-08-09
Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes
2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1
研究论文 本研究探讨了miR-7过表达导致的β细胞去分化如何通过诱导上皮-间质转化(EMT)相关基因的表达,影响糖尿病中的胰岛基因表达和微环境 首次揭示了miR-7介导的β细胞去分化通过EMT信号通路引发慢性组织损伤反应,改变胰岛微环境并促进纤维化 NA 研究miR-7介导的β细胞去分化在糖尿病中的病理机制及其对胰岛基因表达和微环境的影响 β细胞特异性miR-7过表达小鼠(Tg7)的胰岛 NA 糖尿病 RNA测序(RNA-seq) NA RNA β细胞特异性miR-7过表达小鼠(Tg7)的胰岛样本
232 2024-08-09
Improving Single-Cell RNA-seq Clustering by Integrating Pathways
2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文研究了通过整合通路信息来提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 提出了一种通过整合通路信息来减少噪声并提高单细胞聚类性能的方法 未提及具体限制 提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 单细胞RNA测序数据及其聚类方法 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 26个scRNA-seq数据集
233 2024-08-09
Anti-bias training for (sc)RNA-seq: experimental and computational approaches to improve precision
2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文讨论了(sc)RNA-seq技术中的偏差问题,包括其来源、影响以及生物信息学方法来纠正这些偏差,并探讨了如何利用这些偏差来推断样本制备过程的特征,从而改进文库制备 提出了实验和计算方法来提高(sc)RNA-seq的精确度,并利用偏差来改进样本制备过程 NA 提高(sc)RNA-seq技术的敏感性和精确度 (sc)RNA-seq数据中的全局偏差及其对RNA检测和定量的影响 数字病理学 NA RNA-seq, scRNA-seq NA RNA-seq数据 NA
234 2024-08-09
Single-cell transcriptome and genome analyses of pituitary neuroendocrine tumors
2021-11-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组和基因组分析,研究了垂体神经内分泌肿瘤的特征和异质性 通过高精度的单细胞RNA测序和单细胞多组学测序,揭示了垂体神经内分泌肿瘤的新型肿瘤相关基因和基因表达模式 NA 深入理解垂体神经内分泌肿瘤的发病机制和异质性 垂体神经内分泌肿瘤及其亚型 数字病理学 垂体肿瘤 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 NA 转录组数据,基因组数据 2679个单细胞来自23个手术切除样本,238个单细胞来自5个患者
235 2024-08-09
Single-cell transcriptomics applied to emigrating cells from psoriasis elucidate pathogenic versus regulatory immune cell subsets
2021-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学技术分析了银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达,以阐明致病性和调节性免疫细胞亚群的特征。 本研究首次应用单细胞转录组学于银屑病患者皮肤迁移细胞,提供了一个创新的研究平台,用于比较不同炎症性皮肤病中异质免疫细胞的基因表达谱。 先前的人类皮肤单细胞数据中,炎症细胞仅占总体细胞的一小部分,难以确定功能性亚群。 旨在通过单细胞转录组学技术克服上述限制,阐明银屑病患者皮肤中致病性和调节性免疫细胞亚群的体外基因表达谱。 银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达。 单细胞转录组学 银屑病 单细胞RNA测序和流式细胞术 NA 细胞 来自银屑病患者和对照组皮肤的人类迁移细胞
236 2024-08-09
Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of cell types within the human adrenal microenvironment
2021-11, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序技术揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征,包括非免疫细胞的免疫激活和肾上腺皮质细胞的性别相关多样性 NA 揭示人类肾上腺微环境中细胞类型的特征,为肾上腺疾病的研究提供基础 人类肾上腺微环境中的细胞类型 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组 NA
237 2024-08-09
LGR6 marks nephron progenitor cells
2021-11, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3
研究论文 本文识别了LGR6作为肾元前体细胞(NPCs)的标记物,并探讨了其在胚胎肾发生中的多重命运及其潜在的再生能力 首次鉴定LGR6为正在进行间充质向上皮转变(MET)的NPCs的标记物 NA 研究LGR6在肾元前体细胞分化和胚胎肾发生中的作用 肾元前体细胞(NPCs)及其在胚胎和出生后肾发生中的作用 NA NA 共聚焦成像、单细胞RNA测序 NA 图像、RNA序列 胚胎移植体
238 2024-08-09
Group-2 Innate Lymphoid Cells Promote HCC Progression Through CXCL2-Neutrophil-Induced Immunosuppression
2021-11, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究探讨了第2组先天淋巴细胞(ILC2s)通过CXCL2-中性粒细胞诱导的免疫抑制促进肝细胞癌(HCC)进展的作用。 首次揭示了HCC中ILC2s的特定亚群通过产生趋化因子CXCL2和CXCL8招募中性粒细胞,形成免疫抑制微环境,从而促进肿瘤进展。 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体临床试验验证。 评估HCC中ILC2s在肿瘤进展中的作用,并探索潜在的治疗策略。 第2组先天淋巴细胞(ILC2s)及其在肝细胞癌(HCC)中的作用。 免疫学 肝细胞癌 流式细胞术(FACS)、单细胞RNA测序、质谱细胞术 NA 细胞 涉及人类HCC样本和小鼠HCC模型
239 2024-08-09
Overlapping Protein Accumulation Profiles of CADASIL and CAA: Is There a Common Mechanism Driving Cerebral Small-Vessel Disease?
2021-11, The American journal of pathology
研究论文 本文探讨了CADASIL和CAA两种血管病变在蛋白质积累层面的共同机制 发现了CADASIL和CAA中共同调控的19种蛋白质,并预测这些蛋白质在细胞外基质结构和重塑中发挥作用 NA 探索CADASIL和CAA之间可能的共同疾病机制 CADASIL和CAA的蛋白质积累模式 NA 脑血管疾病 单细胞RNA测序 NA 蛋白质组学数据 小鼠血管细胞
240 2024-08-09
An Effective Biclustering-Based Framework for Identifying Cell Subpopulations From scRNA-seq Data
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文提出了一种基于双聚类的框架DivBiclust,用于从高维噪声的单细胞RNA测序数据中有效识别细胞亚群 DivBiclust框架在识别细胞亚群方面比九种最先进的方法具有更高的准确性 NA 研究如何从单细胞RNA测序数据中识别具有不同功能的细胞亚群 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 双聚类 转录组数据 十组不同大小和不同丢失率的实际单细胞RNA测序数据
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