单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 241 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic sequencing analyses of cell heterogeneity during osteogenesis of human adipose-derived mesenchymal stem cells
2021-11, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3442
PMID:34346140
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞和分子特征 | 发现了成骨分化过程中高度表达的与细胞应激反应相关的基因集，并描述了从间充质干细胞到成骨细胞的转录波动态变化 | NA | 探究人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞异质性和分子机制 | 人脂肪来源间充质干细胞及其成骨分化过程中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 202 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of xylem in Populus
2021-Nov, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13159
PMID:34347368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）对杨树木质部进行高分辨率细胞图谱构建 | 首次通过scRNA-seq技术揭示了杨树木质部细胞类型及其分化轨迹 | NA | 探索杨树木质部细胞的基因动态表达及分化过程 | 杨树木质部的原生质体 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 9,798个细胞 |
| 203 | 2024-08-08 |
Imaging of bone and joints in vivo: pathological osteoclastogenesis in arthritis
2021-11-25, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxab047
PMID:34324641
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综述 | 本文综述了骨免疫学中骨骼与免疫系统之间的相互作用，并介绍了单细胞RNA测序和活体成像等新技术在关节炎骨破坏发病机制研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序和活体成像技术，深入解析了关节炎中骨破坏的细胞相互作用和细胞因子环境 | NA | 探讨骨免疫疾病中骨破坏的发病机制 | 关节炎中的骨和关节 | 数字病理学 | 关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 图像 | NA |
| 204 | 2024-08-08 |
Heterogeneity and Cancer-Related Features in Lymphangioleiomyomatosis Cells and Tissue
2021-11, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-21-0220
PMID:34312290
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研究论文 | 本研究通过整合基因和蛋白质签名以及单细胞和批量组织转录组数据，探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）细胞和组织中的异质性及其与癌症相关特征的关系 | 首次展示了LAM疾病细胞在基因表达谱上的差异，并识别了与激素、代谢、增殖和干细胞特性相关的分子特征 | 研究主要集中在分子和细胞层面，对组织层面的异质性及其与临床表现的关系需要进一步探讨 | 揭示LAM细胞和组织中的分子异质性及其与癌症特征的关联 | LAM细胞和组织 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 转录组分析 | NA | 基因和蛋白质数据 | 涉及LAM患者的肺部病变组织和血液样本 |
| 205 | 2024-08-08 |
Aberrant lung lipids cause respiratory impairment in a Mecp2-deficient mouse model of Rett syndrome
2021-11-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab182
PMID:34230964
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研究论文 | 本文研究了Rett综合征小鼠模型中Mecp2缺陷导致的肺部脂质异常及其对呼吸功能的影响 | 首次揭示了MECP2在肺部的自主缺失与呼吸症状之间的关系，并发现氟伐他汀降低脂质水平可改善呼吸异常 | NA | 探讨Rett综合征中肺部脂质异常与呼吸功能障碍的关系 | Mecp2缺陷小鼠模型中的肺部脂质和呼吸功能 | NA | Rett综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Mecp2缺陷小鼠 |
| 206 | 2024-08-08 |
Stratified Test Accurately Identifies Differentially Expressed Genes Under Batch Effects in Single-Cell Data
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3094650
PMID:34232885
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研究论文 | 本文研究了在单细胞测序数据中，通过分层测试准确识别在批次效应下的差异表达基因 | 使用Van Elteren测试，一种分层的Wilcoxon秩和测试版本，有效缓解了批次效应问题，并改进了常见语言效应大小以补充该测试，进一步提高了其效用 | NA | 旨在解决单细胞测序数据分析中由于批次效应导致的差异表达基因识别问题 | 单细胞测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | Van Elteren测试 | 测序数据 | 涉及模拟数据和真实患者数据 |
| 207 | 2024-08-08 |
T cells and monocyte-derived myeloid cells mediate immunotherapy-related hepatitis in a mouse model
2021-11, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.06.037
PMID:34242700
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究了免疫检查点抑制剂（ICIs）相关肝炎的分子机制，特别是T细胞和单核细胞衍生的髓样细胞在其中的作用。 | 开发了一种新型小鼠模型，有助于深入了解与多种免疫疗法相关的免疫介导的肝毒性机制。 | NA | 阐明免疫检查点抑制剂（ICIs）相关肝炎的分子机制。 | T细胞和单核细胞衍生的髓样细胞在ICIs相关肝炎中的作用。 | NA | 免疫相关肝炎 | 免疫表型分析和分子谱分析 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | Pdcd1-/-小鼠 |
| 208 | 2024-08-08 |
CStreet: a computed Cell State trajectory inference method for time-series single-cell RNA sequencing data
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab488
PMID:34196686
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CStreet的计算方法，用于推断时间序列单细胞RNA测序数据中的细胞状态轨迹 | CStreet利用时间序列信息构建细胞间k近邻连接，并估计细胞状态的连接概率，通过力导向图可视化轨迹，支持多起点和路径 | NA | 旨在解决时间序列单细胞RNA测序数据中细胞状态轨迹的准确推断问题 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 时间序列数据 | NA |
| 209 | 2024-08-08 |
Evaluation of immune status in testis and macrophage polarization associated with testicular damage in patients with nonobstructive azoospermia
2021-11, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13481
PMID:34192390
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色等技术，系统评估了非阻塞性无精子症患者睾丸免疫微环境的状态，特别是巨噬细胞的极化情况，并探讨了其与精子发生的关系 | 首次系统分析了非阻塞性无精子症患者睾丸中巨噬细胞的极化状态及其与精子发生的关系 | 研究基于公共微阵列数据集，可能存在样本选择偏倚；未涉及临床干预试验 | 揭示非阻塞性无精子症患者睾丸免疫微环境的机制 | 非阻塞性无精子症患者睾丸中的免疫细胞及其极化状态 | 数字病理学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（ssGSEA）、基因集变异分析（GSVA）、免疫组化（IHC） | NA | 基因表达数据 | 使用了四个独立的公共微阵列数据集（GSE45885, GSE45887, GSE9210, 和 GSE145467） |
| 210 | 2024-08-08 |
Consensus clustering of single-cell RNA-seq data by enhancing network affinity
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab236
PMID:34160582
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研究论文 | 本文介绍了一种新的无监督方法SCENA，用于通过增强网络亲和力对单细胞RNA测序数据进行共识聚类 | SCENA方法采用了三种策略：选择多个基因集、增强细胞间的局部亲和力和共识矩阵的聚类，显著提高了细胞亚群检测的准确性和鲁棒性 | NA | 阐明单细胞RNA测序数据中细胞亚群的高分辨率识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类方法 | RNA测序数据 | 13个实际单细胞RNA测序数据集 |
| 211 | 2024-08-08 |
EcTracker: Tracking and elucidating ectopic expression leveraging large-scale scRNA-seq studies
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab237
PMID:34184038
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研究论文 | 介绍EcTracker，一个基于R/Shiny的单细胞数据分析网络服务器，用于量化和定性评估真实细胞类型或组织特异性转录本以及单细胞RNA测序数据中的异位表达基因 | EcTracker提供了处理速度快、多个附加模块、交互式图形用户界面和全面性的关键特点，为分析单细胞数据集提供了新的维度 | NA | 开发一个集成且端到端的单细胞数据分析平台，用于解码细胞身份、识别异位表达基因及其调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的异位表达基因及其调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎干细胞分化为内胚层谱系的CRISPR干扰（CRISPRi）数据集 |
| 212 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq describes the transcriptome landscape and identifies critical transcription factors in the leaf blade of the allotetraploid peanut (Arachis hypogaea L.)
2021-11, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13656
PMID:34174007
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了花生叶片中的转录组景观，并识别了关键的转录因子 | 首次广泛应用scRNA-seq技术于植物细胞，特别是在花生叶片细胞中，揭示了细胞分化的新假说 | NA | 探索花生叶片细胞的转录组特征及其发育过程中的关键转录因子 | 花生叶片中的单细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 6,815个单细胞 |
| 213 | 2024-08-08 |
Bayesian modeling of spatial molecular profiling data via Gaussian process
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab455
PMID:34146105
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研究论文 | 本文提出了一种新的贝叶斯分层模型，用于分析空间转录组数据，通过高斯过程建模零膨胀和过度分散的计数数据 | 模型采用零膨胀负二项模型，提高了模型的稳定性和鲁棒性，并利用贝叶斯推理框架在参数估计中借力 | NA | 开发有效的计算方法来识别具有空间模式的基因 | 空间分子 profiling 数据 | 生物信息学 | NA | 空间分子 profiling 技术 | 贝叶斯分层模型 | 转录组数据 | NA |
| 214 | 2024-08-08 |
REBET: a method to determine the number of cell clusters based on batch effect removal
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab204
PMID:34131702
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研究论文 | 本文提出了一种基于批次效应去除确定细胞聚类数量的新方法REBET | REBET方法通过去除批次效应来准确确定细胞聚类的数量，并在模拟和真实数据集上表现出优于现有方法的性能 | NA | 开发一种新的方法来准确确定单细胞RNA测序数据中的细胞聚类数量 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类数量 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 32个模拟数据集和14个已发表的单细胞RNA测序数据集 |
| 215 | 2024-08-08 |
DevOmics: an integrated multi-omics database of human and mouse early embryo
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab208
PMID:34097004
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研究论文 | 介绍了一个名为DevOmics的综合多组学数据库，该数据库整合了人类和小鼠早期胚胎的基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰等多种数据 | DevOmics提供了统一的数据分析流程和用户友好的界面，便于生物学家和临床医生解析人类和小鼠早期胚胎的分子调控机制 | NA | 建立一个整合人类和小鼠早期胚胎调控信息的数据库，以促进辅助生殖技术和植入前遗传测试的研究 | 人类和小鼠早期胚胎的基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰等 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | 基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性和3D染色质结构 | 涵盖六个发育阶段的人类和小鼠早期胚胎样本 |
| 216 | 2024-08-08 |
MET Amplification Attenuates Lung Tumor Response to Immunotherapy by Inhibiting STING
2021-11, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1500
PMID:34099454
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研究论文 | 研究探讨了MET基因扩增如何通过抑制STING影响肺癌患者对免疫检查点阻断疗法的反应 | 首次揭示了MET信号通过磷酸化UPF1并调节STING的3'-UTR长度来下调STING表达，从而影响免疫疗法效果的机制 | 研究样本仅限于81名肺癌患者，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 探究MET扩增对肺癌免疫疗法反应的影响及其机制 | 肺癌患者及其免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 81名肺癌患者，超过20,000个单个免疫细胞 |
| 217 | 2024-08-08 |
Interleukin-10 and Transforming Growth Factor-β Cytokines Decrease Immune Activation During Normothermic Ex Vivo Machine Perfusion of the Rat Liver
2021-11, Liver transplantation : official publication of the American Association for the Study of Liver Diseases and the International Liver Transplantation Society
IF:4.7Q1
DOI:10.1002/lt.26206
PMID:34118129
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研究论文 | 研究了在常温离体机器灌注条件下，白细胞介素10（IL10）和转化生长因子β（TGF-β）对大鼠肝脏免疫细胞活化的影响 | 首次证明肝脏常驻免疫细胞在常温离体肝脏灌注期间获得激活表型，并可通过IL10和TGF-β的治疗干预减少这种激活 | 研究未观察到IL10和TGF-β处理对炎症细胞因子产生的变化 | 探讨常温离体肝脏灌注对肝脏常驻免疫细胞活化的影响及抗炎细胞因子改善器官功能和减少免疫激活的能力 | 大鼠肝脏的免疫细胞活化及器官功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验 | NA | 基因表达、细胞表面标记、细胞因子 | 实验组7只大鼠肝脏，对照组4只 |
| 218 | 2024-08-08 |
Stress relief: emerging methods to mitigate dissociation-induced artefacts
2021-11, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2021.05.004
PMID:34074577
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在大规模应用中，传统细胞分离协议对细胞原生组织环境中转录特征捕获的影响，以及为避免这些失真而开发的方法和这些升级方法揭示的生物过程。 | 本文介绍了为减少分离诱导的伪影而开发的新兴方法。 | NA | 探讨单细胞RNA测序中细胞分离协议对转录特征的影响及改进方法。 | 单细胞RNA测序中的细胞分离协议及其对转录特征的影响。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 219 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Hepatic Stellate Cell-Activation Roadmap and Myofibroblast Origin During Liver Fibrosis in Mice
2021-11, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31987
PMID:34089528
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术，分析了HSCs和PFs在CCL4诱导和胆管结扎诱导的肝纤维化小鼠模型中的激活过程 | 揭示了HSCs和PFs在不同诱因下的肝纤维化中的不同转录特征及其对纤维化肌成纤维细胞的贡献 | NA | 探讨HSCs和PFs在肝纤维化中的动态基因表达机制及其对纤维化肌成纤维细胞的贡献 | HSCs和PFs在肝纤维化中的激活过程 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 220 | 2024-08-09 |
scDetect: a rank-based ensemble learning algorithm for cell type identification of single-cell RNA sequencing in cancer
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab410
PMID:34048541
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDetect的新型集成学习方法，该方法结合基因表达排名分析和基于多数投票的机器学习概率预测方法，能够基于不同测序平台的单细胞RNA测序数据进行高精度的细胞分类。 | scDetect方法通过结合基因表达排名分析和多数投票的机器学习概率预测方法，提高了细胞类型识别的准确性，并考虑了肿瘤异质性和细胞拷贝数变异。 | NA | 开发一种新的集成学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 应用scDetect方法于胰腺组织、单核细胞和肿瘤活检细胞的单细胞RNA测序数据。 |