单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 241 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab629
PMID:34469510
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研究论文 | 本文介绍了R包DTUrtle，用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析 | DTUrtle是首个适用于批量和单细胞RNA-seq数据的DTU分析工作流程，也是首个在单细胞背景下进行'经典'DTU分析的软件包 | NA | 开发和验证用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析工具 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的批量和单细胞RNA-seq数据 |
| 182 | 2024-08-08 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、三维成像和单细胞RNA测序技术，证明了胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实了Ngn3表达的胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | NA | 探讨胰管细胞在成年β细胞新生中的作用及其在糖尿病中的意义 | 胰管细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Akita糖尿病小鼠和Ngn3谱系追踪的胰岛细胞 |
| 183 | 2024-08-08 |
Single-cell omics: Overview, analysis, and application in biomedical science
2021-11, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30134
PMID:34459502
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research paper | 本文综述了单细胞组学技术及其在生物医学科学中的分析和应用 | 单细胞测序方法提供了对细胞异质性的最高分辨率洞察 | NA | 探讨单细胞技术在生物医学科学中的应用，揭示与疾病发病机制和结果相关的机制 | 单细胞方法（基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和多组学）及其分析工具 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |
| 184 | 2024-08-08 |
Single Cell and Plasma RNA Sequencing for RNA Liquid Biopsy for Hepatocellular Carcinoma
2021-11-01, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1093/clinchem/hvab116
PMID:34463757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血浆RNA测序，探索了用于肝细胞癌检测的新型非侵入性癌症标记物的开发 | 结合单细胞转录组分析和血浆RNA测序，开发新型非侵入性癌症标记物 | NA | 开发新型非侵入性癌症标记物用于肝细胞癌的检测 | 肝细胞癌（HCC）样本的单细胞转录组和患者血浆RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名肝细胞癌患者和49名非肝细胞癌参与者的血浆RNA样本 |
| 185 | 2024-08-08 |
B-Cell Compartmental Features and Molecular Basis for Therapy in Autoimmune Disease
2021-11, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000001070
PMID:34465614
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研究论文 | 评估神经脊髓炎光谱障碍（NMOSD）患者不同B细胞亚群在不同组织中的分子特征 | 发现NMOSD患者的B细胞在不同组织中表现出不同的炎症和代谢活性，且对I型干扰素高度反应 | NA | 研究NMOSD患者B细胞的分子特征及其在不同组织中的表现 | NMOSD患者的B细胞亚群 | NA | 神经脊髓炎光谱障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 186 | 2024-08-08 |
Coevolving JAK2V617F+relapsed AML and donor T cells with PD-1 blockade after stem cell transplantation: an index case
2021-11-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021004335
PMID:34432868
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、CITE-seq和scATAC-seq等高维度分析技术，研究了一例在造血干细胞移植后复发MPN患者中使用PD-1阻断剂后的免疫反应和白血病细胞变化。 | 首次综合运用多种单细胞技术分析PD-1阻断剂治疗后复发MPN患者的免疫反应和白血病细胞变化，为增强GVL反应的新疗法提供了理论基础。 | 研究仅基于一例复发MPN患者的数据，结果的普遍性和适用性有待进一步验证。 | 探讨PD-1阻断剂在造血干细胞移植后复发MPN患者中的治疗效果及其背后的细胞机制。 | 复发性MPN患者在接受PD-1阻断剂治疗前后的外周血单个核细胞。 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、CITE-seq、scATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 一例复发MPN患者在PD-1阻断剂治疗前后的6个时间点的外周血单个核细胞样本 |
| 187 | 2024-08-08 |
DeepDRIM: a deep neural network to reconstruct cell-type-specific gene regulatory network using single-cell RNA-seq data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab325
PMID:34424948
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeepDRIM的深度神经网络，利用单细胞RNA测序数据重建细胞类型特异性基因调控网络 | DeepDRIM通过将基因对的联合基因表达分布表示为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效消除了由传递性基因-基因相互作用引起的假阳性 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序数据重建细胞类型特异性基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 冠状病毒疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 图像 | 八种细胞系的单细胞RNA测序数据以及来自轻度和重度冠状病毒疾病患者的支气管肺泡灌洗液中的B细胞的单细胞RNA测序基因表达数据 |
| 188 | 2024-08-08 |
Plant Metabolic Network 15: A resource of genome-wide metabolism databases for 126 plants and algae
2021-Nov, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13163
PMID:34403192
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research paper | 本文生成了126种藻类和植物的基因组规模代谢途径数据库，并系统评估了数据库的质量，展示了其在植物生物学中的广泛应用 | 首次报道了104种植物和藻类的基因组规模代谢途径数据库，并开发了半自动验证管道显著提高了数据库质量 | NA | 为了理解和工程化植物代谢，需要对跨植物物种的所有代谢信息进行全面准确的注释 | 126种藻类和植物的代谢途径 | NA | NA | NA | NA | 基因组数据 | 126种藻类和植物 |
| 189 | 2024-08-08 |
Transcriptomics data: pointing the way to subclassification and personalized medicine in systemic lupus erythematosus
2021-11-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000000833
PMID:34410228
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研究论文 | 本文总结了基于基因表达谱将系统性红斑狼疮患者分组的近期研究，并提出了利用转录组数据促进精准医学的未来改进建议 | 采用了生物信息学和机器学习流程来解析狼疮患者的转录组异质性，并识别更同质的亚群 | 尚未达成全球共识的临床可操作组，且数据间的异质性、预测的可重复性以及最有效的分类方法尚未解决 | 探索系统性红斑狼疮患者的亚分类和个性化医疗 | 系统性红斑狼疮患者 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 转录组数据 | 包括成人和儿科系统性红斑狼疮参与者 |
| 190 | 2024-08-08 |
Co-expression of the SARS-CoV-2 entry molecules ACE2 and TMPRSS2 in human ovaries: Identification of cell types and trends with age
2021-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.08.012
PMID:34418496
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研究论文 | 本研究分析了公共数据集中的批量和单细胞RNA测序数据，以展示SARS-CoV-2的两个关键入口受体ACE2和TMPRSS2的mRNA表达和蛋白质分布，并进行了免疫组化研究，探讨了不同年龄段卵巢中ACE2和TMPRSS2的表达情况及其在卵巢中的潜在功能。 | 首次详细分析了不同年龄段人类卵巢中SARS-CoV-2入口分子ACE2和TMPRSS2的表达情况，并探讨了其在卵巢中的潜在功能。 | 需要进一步的基础和临床研究来监测SARS-CoV-2进入卵巢细胞的过程及其对康复女性卵巢功能的长期影响。 | 探讨SARS-CoV-2在人类卵巢中的感染机制及其对卵巢功能的影响。 | 人类卵巢中的SARS-CoV-2入口分子ACE2和TMPRSS2的表达及其在不同年龄段的变化。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 不同年龄段的人类卵巢组织 |
| 191 | 2024-08-08 |
Cell type diversity in scallop adductor muscles revealed by single-cell RNA-Seq
2021-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.08.015
PMID:34425225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扇贝闭壳肌中多种细胞类型的分子特征 | 首次在扇贝闭壳肌中发现了多种神经元类型，并通过单细胞伪时间轨迹重建了细胞分化事件 | NA | 探究软体动物肌肉中不同细胞类型的分子特征 | 扇贝闭壳肌中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 20个细胞集群 |
| 192 | 2024-08-08 |
Bioinformatics approach to spatially resolved transcriptomics
2021-11-12, Emerging topics in life sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1042/ETLS20210131
PMID:34369559
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学中的生物信息学方法，特别是针对基于下一代测序技术的分析工具 | 本文介绍了空间转录组学技术在细胞类型分类、特定空间分布基因检测、基于基因表达模式的新组织区域识别以及细胞间相互作用等方面的应用 | 空间转录组数据分析面临特定挑战，如肿瘤组织等感兴趣区域的定义需要手动图像注释，以及需要扩展分析到第三个空间维度 | 研究空间转录组学技术及其在生物学问题解答中的应用 | 空间转录组学技术及其分析工具 | 生物信息学 | NA | 下一代测序 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 193 | 2024-08-08 |
Supervised application of internal validation measures to benchmark dimensionality reduction methods in scRNA-seq data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab304
PMID:34374742
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研究论文 | 本文对单细胞RNA测序数据中的降维方法进行了全面的基准测试，使用了超过300,000计算小时评估了33种降维方法和55个数据集的表现 | 本文采用了一种新颖的方法，即重新利用内部验证措施（IVMs）来评估降维后的生物聚类性能，而不依赖于下游分析的结果 | NA | 评估单细胞RNA测序数据中降维方法的性能 | 33种降维方法和55个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DBSCAN | 数据集 | 超过25,000个低维嵌入和近200,000,000次DBSCAN迭代 |
| 194 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics in the Drosophila visual system: Advances and perspectives on cell identity regulation, connectivity, and neuronal diversity evolution
2021-11, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2021.08.001
PMID:34375653
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学在果蝇视觉系统中的应用，以及如何利用这些数据来研究神经元身份调控、神经元回路发展和神经多样性的进化 | 本文利用大规模单细胞转录组学方法，提供了果蝇视觉系统中大多数神经类型在整个发育过程中的完整基因表达谱 | NA | 研究果蝇视觉系统中神经元多样性的遗传机制及其在神经系统的进化和发育中的作用 | 果蝇视觉系统中的神经元类型、形态、连接性和分化机制 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及果蝇视觉系统中的大多数神经类型 |
| 195 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of immune cells in human atherosclerosis revealed by scRNA-Seq
2021-11-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab260
PMID:34343272
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）在人类动脉粥样硬化斑块和外周血单个核细胞（PBMCs）中发现的免疫细胞异质性的最新数据 | 利用scRNA-Seq结合抗体测序揭示了已知和新发现的免疫细胞亚群，并识别了HIV阳性动脉粥样硬化患者PBMCs中显著上调的基因 | NA | 总结通过scRNA-Seq在动脉粥样硬化患者中获得的关于斑块和PBMCs的最新数据 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 涉及人类动脉粥样硬化斑块和外周血单个核细胞（PBMCs）的样本 |
| 196 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics analysis of uterine gene expression in enhancer of zeste homolog 2 conditional knockout mice†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab147
PMID:34344022
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研究论文 | 本文通过空间转录组学方法分析了增强型zeste同源物2条件性敲除小鼠子宫基因表达的变化 | 使用空间转录组学技术精确识别了EZH2条件性敲除小鼠子宫中上皮细胞和基质细胞基因表达的变化 | NA | 探究EZH2条件性敲除对小鼠子宫上皮细胞和基质细胞基因表达的影响 | EZH2条件性敲除小鼠的子宫组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 收集了卵巢切除的成年野生型和EZH2条件性敲除小鼠的子宫样本 |
| 197 | 2024-08-08 |
Selecting gene features for unsupervised analysis of single-cell gene expression data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab295
PMID:34351383
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研究论文 | 本文总结并讨论了17种用于单细胞基因表达数据无监督分析的基因特征选择计算方法 | 提供了统一的符号和统计框架，帮助实践者根据假设和适用性选择合适的方法，并协助方法开发者设计新的计算工具 | 缺乏对这些方法假设、统计模型和选择标准的系统比较 | 评估使用高维单细胞基因表达数据进行各种生物学假设的计算和统计方法 | 单细胞基因表达数据的基因特征选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 198 | 2024-08-08 |
Assessing heterogeneity in spatial data using the HTA index with applications to spatial transcriptomics and imaging
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab569
PMID:34358288
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HeTerogeneity Average index（HTA）的统计方法，用于评估空间转录组学和成像数据中的异质性 | HTA指数专门设计用于处理空间转录组学的多变量特性，并证明了其近似正态分布，适用于高效的统计评估和推断 | NA | 旨在提供一种新的统计工具，以更好地理解和分析肿瘤异质性及其在空间分子生物学中的影响 | 肿瘤异质性在空间转录组学和成像数据中的表现 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | HTA指数 | 空间数据 | 两组癌症空间转录组学数据和脑MRI数据 |
| 199 | 2024-08-08 |
Lipid accumulation and novel insight into vascular smooth muscle cells in atherosclerosis
2021-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-021-02109-8
PMID:34345929
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中脂质积累和血管平滑肌细胞（VSMCs）的新见解 | 通过多种先进方法如谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术和质谱流式细胞术（CyTOF）结合免疫染色，深入理解VSMCs的功能 | NA | 探讨动脉粥样硬化中脂质积累的形成机制及其对VSMCs的调控作用，以揭示疾病的发病机制并探索潜在的治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的血管平滑肌细胞（VSMCs）及其脂质积累 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 细胞 | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic sequencing analyses of cell heterogeneity during osteogenesis of human adipose-derived mesenchymal stem cells
2021-11, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3442
PMID:34346140
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞和分子特征 | 发现了成骨分化过程中高度表达的与细胞应激反应相关的基因集，并描述了从间充质干细胞到成骨细胞的转录波动态变化 | NA | 探究人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞异质性和分子机制 | 人脂肪来源间充质干细胞及其成骨分化过程中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |