单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-19	Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis 2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202101149R PMID:34591994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了牛尾椎间盘的细胞图谱，揭示了椎间盘中不同细胞群的异质性及其在稳态中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛尾椎间盘中15个独特细胞群的基因表达特征，并识别了这些细胞群在椎间盘稳态和结构维持中的作用	研究仅限于牛尾椎间盘，结果的普适性和对人类椎间盘的适用性尚需进一步验证	通过单细胞RNA测序技术揭示椎间盘中细胞的异质性，以期为椎间盘再生疗法的开发提供新的见解	牛尾椎间盘中的细胞群及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	牛尾椎间盘样本
2	2024-10-14	Single cell functional genomics reveals plasticity of subcutaneous white adipose tissue (WAT) during early postnatal development 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101307 PMID:34298199	研究论文	本研究探讨了小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	首次通过单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）技术，详细描述了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞亚型及其动态变化	NA	研究小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）的脂肪基质细胞（ASC）和脂肪细胞核	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后第6天、第18天和第56天的样本
3	2024-09-30	Single-cell multi-omics sequencing: application trends, COVID-19, data analysis issues and prospects 2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab229 PMID:34111889	综述	本文综述了单细胞多组学测序技术的最新进展及其在理解复杂疾病（特别是COVID-19）中的应用，并总结了用于分析多层异质数据的相关机器学习和生物信息学技术	本文介绍了变分推断和基于图的学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，并讨论了Seurat V3等常用工具在处理缺失变量和标签中的作用	本文主要讨论了数据一致性和多样性问题，以及数据对错误校正和数据插补方法的关注，但未深入探讨具体的解决方案	综述单细胞多组学测序技术的发展及其在复杂疾病研究中的应用，并探讨相关的数据分析问题和未来展望	单细胞多组学测序技术及其在COVID-19等复杂疾病中的应用	生物信息学	传染病	单细胞多组学测序	NA	多层异质数据	NA
4	2024-09-16	Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types 2021-Nov-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abh1683 PMID:34826233	研究论文	本文介绍了水螅水母的整个生物体的转录组细胞图谱，并描述了其组成细胞类型对扰动的响应	本文引入了高分辨率、全生物体、多重单细胞基因组学的工作流程，适用于其他传统或非传统模式生物	NA	研究水螅水母细胞类型对扰动的响应	水螅水母的细胞类型及其对扰动的响应	基因组学	NA	多重单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个水螅水母样本，包括对照和扰动条件
5	2024-09-16	Macrophages orchestrate the expansion of a proangiogenic perivascular niche during cancer progression 2021-Nov-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg9518 PMID:34730997	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞在癌症进展中调控血管周围微环境的作用	首次揭示了Lyve-1阳性巨噬细胞在维持血管周围间充质细胞群体中的关键作用，并阐明了其通过调控血小板衍生生长因子-CC依赖的血管周围间充质细胞扩增，促进血管生成微环境的形成	研究基于自发的小鼠乳腺腺癌模型，结果的临床转化性有待进一步验证	探讨肿瘤相关巨噬细胞在癌症进展中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞及其在血管生成中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自自发小鼠乳腺腺癌模型的肿瘤相关巨噬细胞样本
6	2024-09-10	Early IFN-α signatures and persistent dysfunction are distinguishing features of NK cells in severe COVID-19 2021-11-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.09.002 PMID:34592166	研究论文	研究分析了205名COVID-19患者中自然杀伤细胞（NK细胞）的单细胞转录组和蛋白质组学特征，发现早期严重COVID-19中IFN-α水平升高与NK细胞功能障碍相关	首次详细描述了严重COVID-19中NK细胞的早期IFN-α信号特征及其与疾病结果的关联	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的COVID-19病例类型	探讨COVID-19中先天免疫系统的动态变化及其与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的自然杀伤细胞（NK细胞）	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	基因表达数据和蛋白质数据	205名患者，403个样本
7	2024-08-28	Integration of Single-Cell RNA- and CAGE-seq Reveals Tooth-Enriched Genes 2021-Nov-20, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345211049785 PMID:34806461	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和帽分析基因表达测序（CAGE-seq）技术，揭示了牙齿特异性基因的表达情况	本研究首次将scRNA-seq和CAGE-seq技术结合，用于识别牙齿发育中的关键功能基因，并发现了新的牙齿特异性及牙细胞类型特异性标记基因	NA	旨在通过生物信息学分析，识别参与牙齿发育的重要基因	小鼠牙齿胚芽中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），帽分析基因表达测序（CAGE-seq）	NA	基因表达数据	12,212个细胞来自出生后1天的小鼠臼齿，以及来自相同时间点的臼齿的CAGE-seq数据集
8	2024-08-25	Myeloid Heterogeneity in Kidney Disease as Revealed through Single-Cell RNA Sequencing 2021-11-25, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0003682021 PMID:35372996	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示肾脏疾病中髓系细胞异质性方面的应用	利用scRNA-seq技术，能够以前所未有的分辨率和通量分析单个细胞的转录组，并生成细胞图谱	NA	探讨髓系细胞在肾脏健康和疾病中的作用，以及scRNA-seq技术在髓系细胞和肾脏研究中的应用	髓系细胞在肾脏疾病中的异质性	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
9	2024-08-23	Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers 2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2021.0255 PMID:34612714	研究论文	本文开发了一种联合聚类方法，结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化	提出了一种概率框架，通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化，以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率	现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限	旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化	单细胞测序和荧光原位杂交数据	数字病理学	脑癌	单细胞DNA测序（scSeq）和多重间期荧光原位杂交（miFISH）	马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归	单细胞测序和荧光原位杂交数据	使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤（GBM）病例进行验证，并在两个GBM病例中应用该方法
10	2024-08-19	A transposon expression burst accompanies the activation of Y-chromosome fertility genes during Drosophila spermatogenesis 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27136-4 PMID:34824217	研究论文	本研究通过重新分析公开的单细胞RNA测序数据，量化了果蝇睾丸中不同细胞类型的转座子表达，并开发了一种方法来识别转座子和宿主基因表达模块	发现了在果蝇精子发生过程中，转座子表达爆发与Y染色体生育基因激活的关联，并揭示了特定细胞群中转座子表达的特异性	NA	研究果蝇睾丸中转座子活动和宿主沉默机制	果蝇睾丸中不同细胞类型的转座子表达	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	公开数据集中的多个样本
11	2024-08-19	Cell type identification from single-cell transcriptomes in melanoma 2021-11-17, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-021-01118-3 PMID:34784909	研究论文	本文提出了一种基于单细胞基因和长非编码RNA表达水平的计算框架，用于从单细胞转录组中识别黑色素瘤中的细胞类型	该方法充分考虑了细胞脱落特性，通过定义细胞的脱落特征和脱落簇，构建差异共表达网络并识别差异模块，最终基于这些差异模块识别细胞类型	NA	探索黑色素瘤相关的关键细胞类型的分子机制，为黑色素瘤研究提供见解	单细胞转录组数据中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	应用该方法于单细胞黑色素瘤数据，识别出八种细胞类型
12	2024-08-19	Single-cell RNA sequencing reveals differential cell cycle activity in key cell populations during nephrogenesis 2021-11-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01790-6 PMID:34789782	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期14.5天小鼠肾脏发育过程中的基因表达，揭示了关键细胞群体中细胞周期活动的差异	本研究首次在单细胞水平上揭示了肾脏发育过程中“准备”和“自我更新”的肾单位前体细胞亚群之间的细胞周期活动差异，并发现了不成熟远端小管中细胞周期相关基因的增强表达	NA	深入理解驱动肾脏发育的分子机制，为设计增强肾脏修复和再生的策略提供依据	小鼠胚胎期14.5天的肾脏发育过程	数字病理学	儿童慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎期14.5天的小鼠肾脏样本
13	2024-08-19	Single-cell sequencing of rotavirus-infected intestinal epithelium reveals cell-type specific epithelial repair and tuft cell infection 2021-11-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112814118 PMID:34732579	研究论文	本研究利用已知的肠道病毒（轮状病毒），该病毒损害绒毛顶端的上皮细胞但不直接损害肠道干细胞，探索了肠道上皮在单细胞水平上的再生转录反应	发现特定的细胞亚群表现出增加的细胞周期频率，与上皮隐窝的显著扩张相关，并伴随着未成熟肠细胞数量的增加。意外地发现轮状病毒感染了簇状细胞，并通过干扰素相关途径响应病毒感染	NA	理解上皮修复和再生在损伤后的机制，以开发促进快速愈合和恢复正常肠道功能的疗法	轮状病毒感染的肠道上皮细胞	数字病理学	消化疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
14	2024-08-19	Mechanisms of vascular smooth muscle cell investment and phenotypic diversification in vascular diseases 2021-11-01, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20210138 PMID:34495326	综述	本文综述了血管平滑肌细胞在血管疾病中的投入机制及其表型多样化的研究进展	结合克隆系谱追踪和单细胞转录组学技术，揭示了血管病变中血管平滑肌细胞来源细胞的显著多样性	NA	探讨血管平滑肌细胞在病理血管重塑中的调控机制，并讨论开发治疗策略的可能性	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的作用	NA	心血管疾病	克隆系谱追踪、单细胞转录组学	NA	转录组	NA
15	2024-08-18	Six Shades of Vascular Smooth Muscle Cells Illuminated by KLF4 (Krüppel-Like Factor 4) 2021-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.121.316600 PMID:34470477	review	本文综述了血管平滑肌细胞（vSMCs）的六种表型及其在血管疾病中的作用	通过单细胞RNA测序研究，本文首次分类了六种vSMC表型，并探讨了表型转换对血管病理的影响	目前关于vSMC表型的共识尚未形成，研究结果可能受限于当前数据和分类方法	旨在详细描述vSMC的表型并识别表型转换的触发因素，以揭示不同表型在血管疾病中的相关性	血管平滑肌细胞（vSMCs）及其在血管疾病中的表型转换	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
16	2024-08-12	A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240 PMID:33962048	综述	本研究利用单核RNA测序技术，详细调查了在进食和禁食状态下小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）的细胞	首次在延髓水平上进行深入的单细胞转录组学研究，揭示了关键抗肥胖药物受体表达细胞的转录组特征	NA	旨在详细描述AP和NTS细胞中关键抗肥胖药物受体的单细胞水平特征	小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）细胞	数字病理学	肥胖症	单核RNA测序	NA	转录组	16,034个细胞，其中8,910个是神经元，7,124个是非神经元细胞
17	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling and the use of AID deficient mice reveal that B cell activation combined with antibody class switch recombination and somatic hypermutation do not benefit the control of experimental trypanosomosis 2021-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010026 PMID:34762705	研究论文	本文研究了在AID缺失小鼠中B细胞活化与抗体类别转换和体细胞高突变对实验性锥虫病控制的影响	首次在锥虫感染小鼠的脾细胞上应用scRNA-seq分析，揭示了自然IgM在抗锥虫感染中的独特作用	研究主要集中在鼠模型中，可能无法完全反映人类感染的复杂性	探讨锥虫感染中B细胞的作用及其对宿主免疫反应的影响	锥虫感染的小鼠脾细胞及其B细胞反应	数字病理学	锥虫病	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA	NA	细胞	锥虫感染的老鼠脾细胞
18	2024-08-05	Novel method to repair articular cartilage by direct reprograming of prechondrogenic mesenchymal stem cells 2021-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2021.174416 PMID:34606836	研究论文	本研究提出了一种通过直接重编程前软骨源间充质干细胞来修复关节软骨的新方法	本研究创新性地利用外部电场促进前软骨形成，而无需基因修饰或外源性因子	本研究未提到对动物模型的长期应用效果	旨在提高用于修复软骨缺损的软骨细胞的生成效率	使用犬的脂肪来源间充质干细胞（ADSCs）作为研究对象	数字病理学	NA	电刺激（ES）	NA	单细胞RNA测序分析	犬的ADSC微团
19	2024-08-05	Significance and limitations of the use of next-generation sequencing technologies for detecting mutational signatures 2021-Nov, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2021.103200 PMID:34411908	综述	本文探讨了不同的下一代测序技术在检测突变特征中的重要性和限制	文章总结了多种下一代测序技术的应用及其固有的测序偏见与技术伪影	每种测序技术都有其固有的偏见和可能产生的技术伪影，这可能影响突变特征的可靠提取	研究不同下一代测序技术检测突变模式及解读突变特征的相关性和前景	聚焦于人类癌症的突变特征及其与环境因素和DNA修复通路的关系	数字病理学	肿瘤	下一代测序技术（NGS）	NA	基因组数据	NA
20	2024-08-05	Impaired immune signaling and changes in the lung microbiome precede secondary bacterial pneumonia in COVID-19 2021-Nov-30, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2021.03.23.21253487 PMID:33791731	研究论文	本文评估了COVID-19患者肺部免疫反应和微生物组动态，特别是与继发性细菌肺炎的关系	研究发现COVID-19患者在继发性细菌感染前的免疫信号受损，以及微生物组组成的变化	样本量相对较小，仅包括23名COVID-19患者	探讨COVID-19患者免疫信号失调如何导致继发性细菌肺炎	23名COVID-19患者及8名重症未感染对照	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	23名COVID-19患者和8名重症未感染对照