单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Revealed the Gene Expression Pattern during the In Vitro Maturation of Donkey Oocytes 2021-10-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12101640 PMID:34681034	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索驴的生发泡（GV）和体外成熟中期II（MII）卵母细胞的基因表达模式及其调控机制	首次揭示了驴卵母细胞在体外成熟过程中的基因表达模式，并识别了关键基因和调控机制	NA	研究驴卵母细胞在体外成熟过程中的基因表达模式及其调控机制，以促进驴种群的扩增和生物多样性及遗传资源的保护	驴的生发泡（GV）和体外成熟中期II（MII）卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共检测了24,164个卵母细胞基因，其中9073个在GV和MII卵母细胞中显著差异表达
102	2024-08-08	Decoding Stem Cells: An Overview on Planarian Stem Cell Heterogeneity and Lineage Progression 2021-10-17, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom11101532 PMID:34680165	review	本文综述了扁虫干细胞的异质性和谱系进展	近年来，基于流式细胞术的分离技术、RNAi功能分析以及单细胞测序等高通量方法促进了我们对扁虫干细胞生物学的理解	NA	总结当前关于定义扁虫干细胞异质性的分子特征的知识	扁虫的干细胞（neoblasts）及其分化过程	NA	NA	单细胞测序	NA	RNA	NA
103	2024-08-08	High-Dimensional Single-Cell Transcriptomics in Melanoma and Cancer Immunotherapy 2021-10-16, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12101629 PMID:34681023	综述	本文综述了单细胞转录组学技术在黑色素瘤和癌症免疫治疗中的应用，并提供了实施这些分析平台的指导	介绍了近年来开发的几种新型单细胞技术，这些技术增强了我们对免疫治疗靶向的机制细胞和生物途径的理解	这些技术具有方法特定的优势、劣势和能力，需要在解答转化研究问题时加以考虑	探讨单细胞转录组学技术在癌症患者免疫治疗背景下解析肿瘤微环境中的应用，并讨论其在临床设置中的战略使用	黑色素瘤和癌症免疫治疗中的单细胞转录组学技术	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
104	2024-08-08	Co-Expression with Membrane CMTM6/4 on Tumor Epithelium Enhances the Prediction Value of PD-L1 on Anti-PD-1/L1 Therapeutic Efficacy in Gastric Adenocarcinoma 2021-Oct-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13205175 PMID:34680324	研究论文	本文探讨了在胃腺癌中，CMTM6/4与PD-L1共表达对PD-1/L1免疫治疗疗效预测的影响	开发了一种基于肿瘤上皮细胞膜上CMTM6/4和PD-L1共表达的预测模型，用于胃腺癌患者免疫治疗前的筛选	NA	旨在基于CMTM6/4和PD-L1的共表达建立新的患者分层策略，以提高免疫治疗效果	胃腺癌患者	数字病理学	胃癌	多色多重免疫荧光染色	预测模型	mRNA数据，蛋白质水平数据	48例接受免疫治疗前的患者
105	2024-08-08	PPARγ Targets-Derived Diagnostic and Prognostic Index for Papillary Thyroid Cancer 2021-Oct-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13205110 PMID:34680260	研究论文	本文开发了一种基于10个PPARγ靶基因表达的个性化预后指数PPARGi，用于甲状腺乳头状癌的诊断和预后评估	利用PPARγ靶基因作为潜在标记物，开发了一种新的个性化预后指数PPARGi，通过单细胞RNA测序数据分析和机器学习算法提高了诊断和预后评估的准确性	NA	旨在改进甲状腺乳头状癌的预后评估和患者管理	甲状腺乳头状癌及其相关基因表达	数字病理学	甲状腺癌	scRNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	来自患者的甲状腺乳头状癌组织样本，TCGA-THCA和合并微阵列数据（MMD）中的甲状腺癌和正常组织样本
106	2024-08-08	Isolation of Murine Retinal Endothelial Cells for Next-Generation Sequencing 2021-10-11, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63133 PMID:34694293	研究论文	本文介绍了一种使用荧光激活细胞分选（FACS）从新生小鼠视网膜组织中分离和纯化视网膜内皮细胞的方法，并展示了该方法在下一代测序技术中的应用	该方法通过FACS纯化的CD31+/CD45-内皮细胞群高度富集内皮细胞基因表达，且在FACS后60分钟内细胞活力无变化	NA	优化从胚胎和新生组织中分离细胞的技术，以应用于血管发育模型的下一代测序	新生小鼠视网膜内皮细胞	分子和细胞生物学	NA	下一代测序（NGS）	NA	RNA序列	NA
107	2024-08-08	The Dual Role of Innate Lymphoid and Natural Killer Cells in Cancer. from Phenotype to Single-Cell Transcriptomics, Functions and Clinical Uses 2021-Oct-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13205042 PMID:34680190	综述	本文综述了先天淋巴细胞（ILCs）和自然杀伤细胞（NK细胞）在癌症中的作用，从表型到单细胞转录组学，功能和临床应用	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究ILCs和NK细胞转录组水平上的应用	NA	总结ILCs和NK细胞在癌症中的分类、功能及其在癌症治疗中的潜在应用	先天淋巴细胞（ILCs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
108	2024-08-08	The molecular mechanisms of inflammation and scarring in the kidneys of immunoglobulin A nephropathy : Gene involvement in the mechanisms of inflammation and scarring in kidney biopsy of IgAN patients 2021-10, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-021-00891-8 PMID:34674036	研究论文	本文旨在描述免疫球蛋白A肾病（IgAN）患者肾活检的转录组特征及潜在的尿液生物标志物	引入了单细胞RNA测序技术，克服了以往方法的局限，能够研究整个肾组织而无需解剖肾单位段，并允许更好地分析涉及细胞分化的细胞特异性基因表达	NA	探讨免疫球蛋白A肾病中肾损伤的分子机制及潜在的尿液生物标志物	免疫球蛋白A肾病患者的肾组织	数字病理学	肾病	实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）、微阵列、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用新鲜或冷冻的肾组织、甲醛固定石蜡包埋的肾组织标本
109	2024-08-08	PD-L2 glycosylation promotes immune evasion and predicts anti-EGFR efficacy 2021-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-002699 PMID:34697216	研究论文	本文探讨了PD-L2糖基化在免疫逃逸和抗EGFR治疗中的作用及其调控机制	首次揭示了PD-L2糖基化与EGFR形成复合物，激活EGFR/STAT3信号通路，降低西妥昔单抗与EGFR的结合亲和力，并通过糖基化修饰稳定PD-L2，促进其与PD-1的结合和免疫逃逸	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的临床试验验证	探究PD-L2糖基化在肿瘤免疫逃逸和抗EGFR治疗中的作用及其调控机制	PD-L2糖基化在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其对西妥昔单抗治疗的影响	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序和免疫组化染色	NA	组织样本	包含西妥昔单抗耐药和敏感的头颈部鳞状细胞癌组织样本
110	2024-08-08	Spatially confined sub-tumor microenvironments in pancreatic cancer 2021-10-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.09.022 PMID:34644529	研究论文	本文通过大规模整合组织学引导的区域多组学数据与临床数据和患者来源的临床前模型，解析了人类胰腺肿瘤微环境（TME）中的空间限制性亚肿瘤微环境（subTMEs）。	本文发现了基于成纤维细胞可塑性的组织学可定义的组织状态，这些状态与肿瘤免疫、亚型、分化和治疗反应有区域性关系。	NA	研究肿瘤微环境如何推动恶性进展中的肿瘤内异质性。	人类胰腺肿瘤微环境及其亚微环境。	数字病理学	胰腺癌	多组学	NA	组织学数据	大规模数据集
111	2024-08-08	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis identifies a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in colorectal cancer 2021-Oct-20, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-021-02252-9 PMID:34670584	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的预后标志物，用于预测结直肠癌（CRC）的预后和治疗反应。	本文首次构建了一个基于CAF的九基因预后标志物，并验证了其在不同数据集中的有效性，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组学证据。	NA	构建一个与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的预后标志物，用于预测结直肠癌（CRC）的预后和治疗反应。	结直肠癌（CRC）及其相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）。	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序，批量基因表达数据分析	Cox回归模型，LASSO分析	基因表达数据	训练集308例，验证集133例，总TCGA数据集441例，GSE39582数据集470例，GSE17536数据集177例，组织微阵列包含80例结肠癌样本
112	2024-08-08	Inherent hepatocytic heterogeneity determines expression and retention of edited F9 alleles post-AAV/CRISPR infusion 2021-10-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2110887118 PMID:34649996	研究论文	本文研究了使用CRISPR/AAV载体进行体内肝细胞基因编辑以治疗血友病B，并探讨了治疗相关炎症的影响。	首次报道了通过单次DNA切割介导的长距离替换恢复携带调节和编码缺陷的突变基因的FIX编码功能，并使用合成增强子/启动子模拟物P2确保FIX水平提升至临床有意义的水平。	文章未详细讨论现有治疗方法在复杂突变情况下的局限性。	研究使用CRISPR/AAV载体进行体内基因编辑治疗血友病B的可行性和效果。	研究对象为携带复杂突变的严重血友病B小鼠模型。	基因编辑	血友病	CRISPR/AAV载体，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	小鼠模型
113	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals a role for sensory nerves in preserving cranial suture patency through modulation of BMP/TGF-β signaling 2021-10-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2103087118 PMID:34663698	研究论文	本文研究了感觉神经通过调节BMP/TGF-β信号传导在维持颅缝开放中的作用	首次揭示了感觉神经通过FSTL1等信号分子调节颅骨模式化的机制	NA	探讨感觉神经在颅骨模式化和颅缝开放中的作用	颅骨发育中的感觉神经和间充质前体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	使用了野生型小鼠的背根神经节(DRG)和间充质前体细胞进行体外共培养
114	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystems underlying initiation and progression of papillary thyroid carcinoma 2021-10-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26343-3 PMID:34663816	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了11名患者的158,577个细胞，涵盖了甲状腺乳头状癌（PTC）的全面临床过程，揭示了PTC肿瘤生态系统的特征。	本文首次识别出一种“癌症前状态”的非恶性甲状腺细胞群体，并发现了三种恶性甲状腺细胞表型，这些发现有助于理解PTC的分子亚型和治疗反应。	NA	研究甲状腺乳头状癌（PTC）的肿瘤生态系统，探索其发病和进展机制。	甲状腺乳头状癌（PTC）的肿瘤生态系统及其在发病和进展中的作用。	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	158,577个细胞，来自11名患者
115	2024-08-08	Combined presentation and immunogenicity analysis reveals a recurrent RAS.Q61K neoantigen in melanoma 2021-10-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI129466 PMID:34651586	研究论文	本文通过数据驱动的识别方法，发现并分析了由HLA-A*01:01和RAS.Q61K组合产生的在黑色素瘤患者中反复出现的强表达和免疫原性新抗原	本文揭示了一种在黑色素瘤患者中反复出现的新抗原，并研究了其特异性T细胞受体（TCR），为精准免疫治疗提供了新的可能性	本文主要集中在特定HLA类型和突变组合的新抗原研究，可能不适用于所有黑色素瘤患者	识别并分析在黑色素瘤患者中反复出现的新抗原及其免疫反应，以推动精准免疫治疗的发展	黑色素瘤患者中的新抗原及其特异性T细胞受体	免疫学	黑色素瘤	HLA肽组学，TCR测序，功能性检测，单细胞转录组学	NA	肽序列，T细胞受体序列，转录组数据	10个肿瘤样本，2名无关患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）
116	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing for the identification of early-stage lung cancer biomarkers from circulating blood 2021-Oct-15, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-021-00248-y PMID:34654834	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了早期肺癌患者的循环血液中的生物标志物	首次通过单细胞RNA测序技术在早期肺癌患者中发现并验证了CXCL1和CXCL2的表达与肺癌的相关性，以及miR-532-5p和miR-1266-3p的反向相关性	NA	鉴定早期肺癌的生物标志物	早期肺癌患者的循环血液和原发性肺癌肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	34例早期肺癌患者的原发性肺腺癌样本
117	2024-08-08	Epigenetically defined therapeutic targeting in H3.3G34R/V high-grade gliomas 2021-Oct-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abf7860 PMID:34644147	研究论文	本研究通过ChIP测序和ChromHMM计算分析，全面探讨了H3.3G34R/V高级别胶质瘤的表观遗传治疗靶点。	发现LIF/STAT3通路是H3.3G34R/V胶质瘤的关键表观遗传驱动和可药物化弱点。	NA	确定H3.3G34R/V高级别胶质瘤的治疗依赖性。	H3.3G34R/V高级别胶质瘤细胞和患者肿瘤。	数字病理学	脑肿瘤	ChIP测序, ChromHMM计算分析, 免疫组化, 单细胞RNA测序	NA	DNA, RNA, 蛋白质	包括KNS42细胞, SJ-HGGx42-c细胞, 以及通过宫内电穿孔技术建立的临床前小鼠模型。
118	2024-08-08	Therapeutic melanoma inhibition by local micelle-mediated cyclic nucleotide repression 2021-10-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26269-w PMID:34645812	研究论文	本文研究了通过局部微泡介导的环核苷酸抑制来抑制黑色素瘤的治疗方法	开发了一种新型聚合物微泡，能够释放腺苷酸环化酶抑制剂，从而恢复抗肿瘤免疫	NA	探索通过抑制环腺苷酸来恢复黑色素瘤中的抗肿瘤免疫	黑色素瘤及其免疫逃逸机制	NA	黑色素瘤	单细胞测序	NA	细胞	涉及B16-F10-OVA肿瘤模型
119	2024-08-08	The network interplay of interferon and Toll-like receptor signaling pathways in the anti-Candida immune response 2021-10-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-99838-0 PMID:34645905	研究论文	本研究通过综合分析微阵列、批量和单细胞RNA测序数据，揭示了人类对念珠菌属的免疫反应中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用	研究首次通过整合多种转录组学数据，揭示了念珠菌感染中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用，并确认了这些基因在不同免疫细胞中的细胞类型特异性表达模式	NA	揭示人类对念珠菌属的免疫反应中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用	念珠菌属（包括C. albicans, C. auris, C. glabrata, C. parapsilosis, 和C. tropicalis）	NA	真菌感染	微阵列、批量和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涉及多种念珠菌属的感染数据
120	2024-08-08	Recovery of strain-resolved genomes from human microbiome through an integration framework of single-cell genomics and metagenomics 2021-10-12, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-021-01152-4 PMID:34641955	研究论文	本文介绍了一种结合单细胞基因组学和宏基因组学的框架，称为单细胞宏基因组学（sc-metagenomics），用于从微生物群落中重建具有菌株水平分辨率的基因组	提出的SMAGLinker框架通过使用微流控技术生成的单细胞扩增基因组（SAGs）作为分箱指南，并与宏基因组装基因组（MAGs）整合，从而恢复改进的草图基因组	NA	开发一种新的方法从微生物群落中获取高质量的参考基因组，以更好地理解未培养微生物的系统发育和功能	人类微生物群落中的微生物基因组	宏基因组学	NA	单细胞基因组学，宏基因组学	NA	基因组数据	103个肠道微生物基因组和45个皮肤微生物基因组