单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 216 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-08 |
Ectopic expression of Irx3 and Irx5 in the paraventricular nucleus of the hypothalamus contributes to defects in Sim1 haploinsufficiency
2021-Oct-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abh4503
PMID:34705510
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了下丘脑室旁核（PVH）神经元的分子特征，并探讨了Irx3和Irx5基因异位表达在Sim1单倍体不足中的作用。 | 首次揭示了Irx3和Irx5基因在PVH神经元中的异位表达对Sim1单倍体不足引起的缺陷的贡献。 | NA | 研究Sim1单倍体不足引起的PVH神经元功能障碍的分子机制。 | 下丘脑室旁核神经元及其在能量稳态调控中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 82 | 2024-08-08 |
Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape
2021-10-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02519-4
PMID:34715899
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研究论文 | 本文更新了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工具数据库的状态，并展示了该领域的演变趋势 | 本文首次记录了超过1000种scRNA-seq分析工具，并分析了该领域的演变和焦点变化 | NA | 研究scRNA-seq分析工具的发展趋势和领域焦点变化 | scRNA-seq分析工具及其在科学实践中的应用 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | 超过1000种工具 |
| 83 | 2024-08-08 |
BAMboozle removes genetic variation from human sequence data for open data sharing
2021-10-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26152-8
PMID:34711808
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研究论文 | 开发了一种名为BAMboozle的工具，用于从人类序列数据中移除敏感的遗传信息，以促进生命科学领域的开放数据共享 | BAMboozle工具能够有效地移除样本中的遗传序列变异，同时保留原始序列数据的其他重要方面，如基因表达特征和剪接动力学信息 | NA | 旨在解决人类遗传数据在开放共享时可能带来的重新识别风险问题 | 人类序列数据中的遗传变异信息 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 序列数据 | 未具体说明样本数量 |
| 84 | 2024-08-08 |
Characterization of hormone-producing cell types in the teleost pituitary gland using single-cell RNA-seq
2021-10-28, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-021-01058-8
PMID:34711832
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对硬骨鱼脑下垂体的激素产生细胞类型进行了特征描述 | 首次通过单细胞测序技术详细定义了雌性和雄性硬骨鱼脑下垂体中的15和16种不同细胞类型 | NA | 揭示硬骨鱼脑下垂体中激素产生细胞类型的特征及其调控机制 | 硬骨鱼脑下垂体的激素产生细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2592个雌性样本和3804个雄性样本 |
| 85 | 2024-08-08 |
Smoking Modulates Different Secretory Subpopulations Expressing SARS-CoV-2 Entry Genes in the Nasal and Bronchial Airways
2021-Oct-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-887718/v1
PMID:34729557
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研究论文 | 研究探讨了吸烟对鼻腔和支气管通道中表达SARS-CoV-2进入基因的分泌亚群的影响 | 首次全面分析了鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因（ACE2、TMPRSS2和CTSL）表达的相似性和差异性 | 研究仅基于肺部筛查或诊断工作中的个体样本，可能存在样本选择偏倚 | 探究吸烟如何影响鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因的表达 | 鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达 | 数字病理学 | 肺部疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 793个鼻腔样本和1,673个支气管样本 |
| 86 | 2024-08-08 |
Myeloid cells in COVID-19 microenvironment
2021-10-27, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00792-0
PMID:34707085
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综述 | 本文综述了COVID-19患者外周血、肺组织和脑脊液的单细胞测序结果，并描述了患者中髓系细胞的分化轨迹及其异常分化促进疾病进展的功能和机制 | NA | NA | 探讨髓系细胞在COVID-19微环境中的作用及其在疾病进展中的机制 | COVID-19患者的髓系细胞及其在疾病中的作用 | NA | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 外周血、肺组织和脑脊液的单细胞数据 | NA |
| 87 | 2024-08-08 |
Structural and compositional diversity in the kainate receptor family
2021-10-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109891
PMID:34706237
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研究论文 | 本文研究了kainate受体家族的结构和组成多样性 | 首次解析了GluK1同聚体的结构，并利用单细胞RNA测序数据和单分子荧光技术研究了KAR亚单位的组合多样性和受体复合物的组成 | NA | 探讨kainate受体家族的亚单位组合和结构多样性 | kainate受体家族的亚单位及其组合 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单分子荧光技术 | NA | RNA序列，荧光图像 | NA |
| 88 | 2024-08-08 |
[A review on integration methods for single-cell data]
2021-Oct-25, Sheng wu yi xue gong cheng xue za zhi = Journal of biomedical engineering = Shengwu yixue gongchengxue zazhi
DOI:10.7507/1001-5515.202104073
PMID:34713670
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综述 | 本文综述了单细胞数据整合的基本原理、方法及其应用 | 探讨了现有方法的优缺点，并对未来的发展进行了展望 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序实验中无法全面捕捉所有细胞和基因信息的问题 | 单细胞RNA测序数据和多模态单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 89 | 2024-08-08 |
Integrating single cell sequencing with a spatial quantitative systems pharmacology model spQSP for personalized prediction of triple-negative breast cancer immunotherapy response
2021-Oct, Immunoinformatics (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.immuno.2021.100002
PMID:34708216
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研究论文 | 本文通过整合三阴性乳腺癌患者的全外显子测序和单细胞RNA测序数据，构建空间定量系统药理学模型（spQSP），用于个性化预测免疫治疗反应 | 首次将单细胞测序数据与空间定量系统药理学模型结合，用于预测个体化免疫治疗效果 | NA | 开发一种新的方法来预测三阴性乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 三阴性乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 定量系统药理学模型 | 基因组数据 | NA |
| 90 | 2024-08-08 |
Possible selection bias limits the interpretation of single-cell transcriptomics data of steroid-resistant asthma exacerbation
2021-10-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2102858118
PMID:34686592
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-08 |
Reply to Dutta et al.: Understanding scRNA-seq data in the context of the tissue microenvironment requires clinical relevance
2021-10-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2109159118
PMID:34686602
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-08 |
Dissecting the single-cell transcriptome network in patients with esophageal squamous cell carcinoma receiving operative paclitaxel plus platinum chemotherapy
2021-Oct-26, Oncogenesis
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s41389-021-00359-2
PMID:34697289
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，探讨了接受手术及术前化疗的食管鳞状细胞癌患者的分子和细胞重编程模式 | 首次详细分析了接受术前化疗的食管鳞状细胞癌患者的单细胞转录组网络，揭示了肿瘤微环境中的细胞间相互作用和分子特征 | 研究仅基于10名患者的数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究食管鳞状细胞癌患者在接受术前化疗后的分子和细胞重编程模式 | 食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 113,581个细胞，来自10名食管鳞状细胞癌患者 |
| 93 | 2024-08-08 |
Exploring the oncostatin M (OSM) feed-forward signaling of glioblastoma via STAT3 in pan-cancer analysis
2021-Oct-26, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-021-02260-9
PMID:34702277
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研究论文 | 本研究基于TCGA和GTEx数据库，对Oncostatin M（OSM）在泛癌分析中的肿瘤相关功能及其与肿瘤微环境中特定分子和细胞的关联进行了探讨，并特别关注了胶质母细胞瘤（GBM）中OSM诱导的信号通路和细胞间通讯。 | 首次系统评估了OSM在多种癌症中的作用，并揭示了其在肿瘤微环境中的广泛通讯能力，特别是在GBM中发现了OSM通过Jak-STAT和NF-κB通路促进肿瘤进展的关键作用。 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且样本量可能不足以全面代表所有癌症类型。 | 探讨OSM在肿瘤发展中的调控作用及其在肿瘤微环境中的机制。 | Oncostatin M（OSM）在泛癌分析中的作用及其与胶质母细胞瘤（GBM）的关系。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于TCGA和GTEx数据库的多种癌症样本 |
| 94 | 2024-08-08 |
Type I IFN-Driven Immune Cell Dysregulation in Rat Autoimmune Diabetes
2021-10-26, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2100088
PMID:34702762
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研究论文 | 研究了在Kilham rat virus (KRV)感染下，IFNAR缺失对LEW.1WR1大鼠免疫细胞群体的影响，特别是在KRV诱导的自体免疫糖尿病模型中。 | 通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了IFNAR缺失后免疫细胞的动态变化，特别是在KRV感染后，CD8 T细胞、NK细胞和调节性T细胞的变化。 | NA | 探讨IFNAR缺失对自体免疫糖尿病模型中免疫细胞群体的影响。 | LEW.1WR1大鼠的脾脏免疫细胞。 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | LEW.1WR1野生型和突变型大鼠的脾脏细胞 |
| 95 | 2024-08-08 |
[Update on the value and application of single-cell RNA sequencing in human cardiovascular diseases]
2021-Oct-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-08 |
AdRoit is an accurate and robust method to infer complex transcriptome composition
2021-10-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02739-1
PMID:34686758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为AdRoit的方法，用于从混合细胞类型的转录组数据中推断细胞组成 | AdRoit采用自适应学习方法，减轻了单细胞和批量（或空间）转录组数据之间的测序技术差异，提高了跨平台读出的可比性 | NA | 开发一种准确且稳健的方法，从混合细胞类型的转录组数据中推断细胞组成 | 混合细胞类型的转录组数据 | 基因组学 | NA | RNA测序 | 自适应学习方法 | 基因表达数据 | 包括30种细胞类型的复杂混合物 |
| 97 | 2024-08-08 |
Induction of inverted morphology in brain organoids by vertical-mixing bioreactors
2021-10-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02719-5
PMID:34686776
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研究论文 | 本研究通过使用垂直混合生物反应器，探讨了其对脑类器官结构的影响，并成功建立了倒置脑类器官 | 本研究首次通过垂直混合生物反应器诱导脑类器官形成倒置形态，并揭示了其背后的流体动力学机制和细胞机制 | NA | 探索通过生物力学工程控制流体动力学来指导脑类器官中干细胞分化的可能性 | 脑类器官的结构和细胞机制 | 生物工程 | NA | 垂直混合生物反应器 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 98 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveal the heterogeneity and dynamic of cancer stem-like cells during breast tumor progression
2021-10-21, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-04261-y
PMID:34675206
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研究论文 | 本研究利用乳腺癌小鼠模型MMTV-PyMT，构建了肿瘤进展四个阶段的单细胞图谱，揭示了乳腺癌干细胞样细胞的异质性和动态变化 | 首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌干细胞样细胞在肿瘤进展中的基因表达连续性和免疫细胞浸润特征 | NA | 阐明乳腺癌干细胞样细胞的异质性和免疫细胞在乳腺癌进展中的重塑 | 乳腺癌干细胞样细胞及其在肿瘤进展中的动态变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 31,778个细胞 |
| 99 | 2024-08-08 |
Meta-analysis of COVID-19 single-cell studies confirms eight key immune responses
2021-10-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-00121-z
PMID:34675242
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meta-analysis | 本文通过重新分析多个COVID-19单细胞RNA测序数据集，验证了20项已发表结果中的8项关键免疫反应 | 通过标准化方法重新分析多个数据集，验证了先前研究的部分结论 | 由于大多数研究样本量较小，导致结论的置信度受限 | 验证COVID-19感染免疫反应的单细胞RNA测序研究结果 | COVID-19患者的免疫反应 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小样本量 |
| 100 | 2024-08-08 |
Effects of Sample Size on Plant Single-Cell RNA Profiling
2021-Oct-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb43030119
PMID:34698115
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研究论文 | 本研究评估了样本大小（即细胞数量）对植物单细胞转录组分析结果的影响 | 研究提供了优化植物单细胞RNA测序研究中样本大小的通用指南 | NA | 评估样本大小对单细胞转录组分析结果的影响 | 植物根细胞的单细胞RNA测序 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从约57,000个根细胞中采样不同数量的细胞 |