单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-08	Pseudotime Ordering Single-Cell Transcriptomic of β Cells Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes 2021-Oct, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-021-00024-z PMID:36939754	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，构建了健康和2型糖尿病中胰腺β细胞的伪时间轨迹，以探索β细胞在疾病中的转录变化	首次通过伪时间分析揭示了β细胞在健康和2型糖尿病中的不同状态，并识别了相关的生物标志物基因	NA	研究β细胞在健康和2型糖尿病中的转录异质性及其在疾病中的作用	胰腺β细胞在健康和2型糖尿病中的转录变化	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	Monocle2	转录组数据	使用了公开可用的单细胞RNA测序数据
62	2024-08-08	Deconvolution of Focal Segmental Glomerulosclerosis Pathophysiology Using Transcriptomics Techniques 2021-Oct, Glomerular diseases DOI:10.1159/000518404 PMID:36751384	研究论文	本文利用转录组学技术对局灶节段性肾小球硬化症的病理生理进行了解卷积分析	文章介绍了新的转录组学技术，如下一代测序技术，包括RNA测序和单细胞转录组学，这些技术有助于发现新的临床应用生物标志物	NA	旨在通过转录组学技术识别可应用于临床实践的基因表达生物标志物	局灶节段性肾小球硬化症患者	数字病理学	肾脏疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	大型患者队列
63	2024-08-08	Computational tools for analyzing single-cell data in pluripotent cell differentiation studies 2021-10-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100087 PMID:35474899	综述	本文综述了用于分析单细胞数据以研究多能细胞分化的计算方法	探讨了单细胞技术在多能细胞分化研究中的应用，特别是在优化分化协议、验证、鲁棒性和使用方面的潜力	NA	旨在讨论计算方法在单细胞组学和成像数据分析中的应用，以解决多能细胞分化过程中的一些主要挑战	单细胞组学和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	组学数据，成像数据	NA
64	2024-08-08	[Circulating tumor cells in the diagnosis and treatment of early and advanced prostate cancer] 2021-10-20, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:34914273	综述	本文总结了循环肿瘤细胞（CTC）技术在前列腺癌（PCa）诊断和治疗中的研究进展	CTC检测已从简单的计数发展到表型分类，甚至结合特定基因表达（如AR, AR-V7等）和单细胞测序	CTC技术在早期PCa诊断中的意义有限，主要价值在于晚期药物敏感性和预后评估	探讨CTC技术在PCa诊断和治疗中的应用及进展预测风险	循环肿瘤细胞（CTC）和前列腺癌（PCa）	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	血液样本	NA
65	2024-08-08	The Metabolic Control of Myeloid Cells in the Tumor Microenvironment 2021-10-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10112960 PMID:34831183	research paper	本文讨论了肿瘤微环境中髓系细胞的代谢控制及其在肿瘤发生中的免疫代谢交叉对话机制	利用高维单细胞方法如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了髓系细胞在不同癌症中的表型多样性及其在抗肿瘤免疫与免疫抑制和逃避中的作用	NA	探讨髓系细胞的代谢程序及其在癌症免疫治疗中的潜在作用	肿瘤微环境中的髓系细胞及其代谢途径	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	single-cell	NA
66	2024-08-08	Extensive GJD2 Expression in the Song Motor Pathway Reveals the Extent of Electrical Synapses in the Songbird Brain 2021-Oct-25, Biology DOI:10.3390/biology10111099 PMID:34827092	研究论文	本文通过原位杂交技术展示了GJD2 mRNA在控制鸣禽鸣叫产生的两个核HVC和RA中的表达情况，揭示了电突触在鸣禽大脑中的广泛分布	首次探索了鸣禽前运动神经网络中的电突触及其分子身份，并展示了GJD2 mRNA在不同细胞类型和鸣禽核中的分布	NA	研究电突触在鸣禽运动技能学习和产生中的作用	鸣禽的鸣叫行为及其控制神经网络	神经科学	NA	原位杂交技术，单细胞测序	NA	mRNA表达数据	包括金丝雀和斑胸草雀的HVC和RA核
67	2024-08-08	Single-Cell Approaches to Deconvolute the Development of HSCs 2021-10-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10112876 PMID:34831099	综述	本文综述了造血干细胞（HSCs）发育领域的最新进展，并介绍了单细胞RNA测序、空间转录组学和分子条形码等先进技术在解析HSC生成中缺失信息方面的应用	引入了单细胞RNA测序、空间转录组学和分子条形码等先进技术来帮助获取关于HSC生成的缺失信息	文中讨论了未解决的问题，这些问题可能阻碍HSC的生产	旨在通过解析HSC的发育过程，促进基于HSC的免疫疗法的发展	造血干细胞（HSCs）的发育过程	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、分子条形码	NA	转录组数据	NA
68	2024-08-08	Cell Differentiation Trajectory-Associated Molecular Classification of Osteosarcoma 2021-10-23, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111685 PMID:34828292	研究论文	本研究旨在探讨骨肉瘤细胞的分化轨迹，并构建具有各自特征的分子亚型，生成预测预后的多基因签名	通过综合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序和微阵列数据，识别与骨肉瘤肿瘤干细胞相关的基因（OSCGs），并基于这些基因对骨肉瘤患者进行分子分型，成功预测了总体生存率、肿瘤微环境和免疫浸润状态	NA	研究骨肉瘤细胞的分化轨迹及其在肿瘤预后和微环境中的作用	骨肉瘤细胞及其分子亚型	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用来自骨肉瘤样本的多种数据进行分析
69	2024-08-08	Accurate Single-Cell Clustering through Ensemble Similarity Learning 2021-10-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111670 PMID:34828276	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞聚类算法，通过有效减少零膨胀噪声和准确估计细胞间相似性，能够在大规模单细胞测序数据中准确预测单细胞聚类	提出了一种基于不同相似性估计的集成相似性网络构建方法，并使用随机游走重启框架减少人工噪声	未提及具体限制	开发一种有效的计算方法，以准确预测单细胞聚类	单细胞测序数据中的单细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞测序	集成相似性网络	单细胞测序数据	大规模单细胞测序数据
70	2024-08-08	Single-Cell Analysis Using Machine Learning Techniques and Its Application to Medical Research 2021-Oct-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9111513 PMID:34829742	综述	本文综述了机器学习技术在单细胞分析中的应用及其在医学研究中的重要性	介绍了机器学习技术如何解决单细胞分析中的批次效应和转录噪音等问题，并展示了其在单细胞多组学分析中的应用	未明确提及具体的研究限制	探讨机器学习技术在单细胞分析中的应用及其对医学研究的贡献	单细胞分析技术及其在癌症研究中的应用	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习技术	单细胞数据	NA
71	2024-08-08	Identification of Differentially Expressed Genes in Different Glioblastoma Regions and Their Association with Cancer Stem Cell Development and Temozolomide Response 2021-Oct-20, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm11111047 PMID:34834399	研究论文	本研究旨在识别与替莫唑胺（TMZ）耐药和胶质母细胞瘤（GBM）复发相关的潜在靶基因	通过基因集富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别了与肿瘤复发和TMZ耐药相关的新基因集	研究主要基于TCGA和本地队列的数据，可能存在样本选择的偏倚	识别与胶质母细胞瘤复发和替莫唑胺耐药相关的基因，为治疗提供新的分子策略	胶质母细胞瘤患者的基因表达数据	数字病理学	脑癌	基因表达谱分析	基因集富集分析	基因表达数据	包括TCGA的154个原发和13个复发肿瘤样本，本地队列的29个原发和4个复发肿瘤样本，以及Gene Expression Omnibus数据集的3589个单细胞RNA测序数据
72	2024-08-08	Rapid Isolation of Single Cells from Mouse and Human Teeth 2021-10-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63043 PMID:34779437	研究论文	本文介绍了一种快速协议，用于从鼠和人类的牙齿中高效分离单细胞，适用于单细胞RNA测序	该协议通过加速组织分离步骤、酶消化和后续的单细胞悬液制备，实现了快速且温和的组织处理，适用于富含细胞外基质的组织	NA	开发一种快速且高效的单细胞分离方法，适用于单细胞转录组学研究	鼠和人类的牙齿组织	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	细胞	多个鼠和人类样本
73	2024-08-08	Transcriptional Differences in Lipid-Metabolizing Enzymes in Murine Sebocytes Derived from Sebaceous Glands of the Skin and Preputial Glands 2021-Oct-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms222111631 PMID:34769061	研究论文	本文通过单细胞RNA测序方法比较了来自皮肤皮脂腺和包皮腺的小鼠皮脂细胞，揭示了两者在脂质代谢酶表达水平上的显著差异	发现了皮肤皮脂腺和包皮腺皮脂细胞在特定脂质类生物合成途径中基因表达的显著差异，特别是涉及甲羟戊酸途径和鞘脂回收途径的酶编码基因	使用包皮腺作为皮肤皮脂腺的研究模型存在局限性，需要在实验设计前仔细考虑两者之间的差异	比较皮肤皮脂腺和包皮腺的皮脂细胞，揭示两者之间的相似性和差异	小鼠皮肤皮脂腺和包皮腺的皮脂细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
74	2024-08-08	The Epithelial and Stromal Immune Microenvironment in Gastric Cancer: A Comprehensive Analysis Reveals Prognostic Factors with Digital Cytometry 2021-Oct-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13215382 PMID:34771544	研究论文	本文通过数字细胞计量技术分析胃癌中的上皮和间质免疫微环境，构建了一个新的特征矩阵，利用单细胞RNA测序数据集和细胞混合反卷积方法，从批量转录组数据中估计不同上皮、间质和免疫细胞的比例，并识别出胃癌的强预后因子。	本文构建了一个新的特征矩阵来解析上皮和间质信号，并应用细胞混合反卷积方法从批量转录组数据中估计细胞比例，识别出胃癌的独立预后因子STEM评分。	NA	研究胃癌中的上皮和间质免疫微环境，识别预后因子。	胃癌患者的上皮、间质和免疫细胞比例及其预后影响。	数字病理学	胃癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	四个独立的胃癌队列（GSE62254, GSE15459, GSE84437, TCGA-STAD）
75	2024-08-08	Epithelial-to-Mesenchymal Transition-Derived Heterogeneity in Head and Neck Squamous Cell Carcinomas 2021-Oct-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13215355 PMID:34771518	综述	本文综述了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中由上皮间质转化（EMT）引起的异质性及其对治疗反应的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了与细胞周期、细胞应激、缺氧、上皮分化及部分上皮间质转化（pEMT）相关的RNA表达特征，这些特征与不良临床特征相关	NA	探讨HNSCC中分子异质性的机制及其对治疗反应的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的上皮间质转化（EMT）及其相关分子特征	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
76	2024-08-08	Inferring gene regulation dynamics from static snapshots of gene expression variability 2021-Oct, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.104.044406 PMID:34781497	研究论文	本文展示了如何利用基因表达变异性的静态群体快照来严格推断基因表达动力学的特性	本文提出了一种利用荧光蛋白不同成熟时间的双报告实验方法，将实验缺陷转化为分析特征，并推导出检测基因调控网络中闭环反馈调控存在的相关条件	NA	从单细胞测序或流式细胞术实验获得的细胞异质性数据中推断基因调控动力学	基因调控网络中的功能关系和基因表达动力学	系统生物学	NA	单细胞测序，流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
77	2024-08-08	Application of single-cell RNA sequencing technology in liver diseases: a narrative review 2021-Oct, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-21-4824 PMID:34790804	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肝脏疾病中的应用	单细胞RNA测序技术为健康和疾病肝脏提供了许多新的见解，有助于揭示肝脏发育、再生和疾病的分子机制	NA	总结单细胞转录组测序技术在肝脏疾病中的应用，并探讨其挑战和未来应用潜力	肝脏疾病	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
78	2024-08-08	Combined Mechanical and Enzymatic Dissociation of Mouse Brain Hippocampal Tissue 2021-10-21, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63007 PMID:34747412	research paper	本文介绍了一种结合机械和酶解的神经解离协议，用于优化小鼠海马组织处理，以便进行详细的下游分析如流式细胞术或单细胞测序	该方法通过结合自动化机械解离和酶解消化，能够持续产生高存活率（>90%）的单细胞悬液，克服了传统方法中获取高存活率单细胞悬液的困难	部分步骤需要手动操作，这可能增加样本处理和潜在的细胞损失	优化小鼠海马组织的解离过程，以便进行下游的单细胞分析	小鼠海马组织	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞悬液	小量神经组织
79	2024-08-08	Single-cell analysis revealed that IL4I1 promoted ovarian cancer progression 2021-10-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-021-03123-7 PMID:34717685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了IL4I1在卵巢癌进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序数据分析，构建了包含10个预后特异性基因的风险评分模型，并验证了IL4I1在卵巢癌进展中的重要作用	NA	探讨卵巢癌的遗传异质性及其对预后的影响	卵巢癌及其相关基因IL4I1	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归算法	RNA测序数据	2397个恶性上皮基因，2个验证队列
80	2024-08-08	A preliminary study of KAT2A on cGAS-related immunity in inflammation amplification of systemic lupus erythematosus 2021-10-30, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04323-1 PMID:34718330	研究论文	本研究探讨了KAT2A在系统性红斑狼疮（SLE）炎症放大中与cGAS相关免疫的作用	首次探索了KAT2A在SLE中的作用及其与cGAS通路的关系，并揭示了KAT2A调控cGAS的机制	NA	研究KAT2A在SLE炎症放大中的作用及其与cGAS相关免疫的模式	系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	系统性红斑狼疮	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、Western blot、免疫荧光、免疫组织化学、ELISA、质谱	NA	RNA、蛋白质	涉及SLE患者的外周血单个核细胞