单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Islet β-cells physiological difference study of old and young mice based on single-cell transcriptomics 2021-Oct, Journal of diabetes investigation IF:3.1Q2 DOI:10.1111/jdi.13579 PMID:34003589	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，比较了老年和年轻小鼠胰岛β细胞的生理差异	首次详细描述了老年和年轻小鼠胰岛β细胞的转录组变化，揭示了与细胞衰老相关的基因和转录因子	研究样本量较小，仅包括三只年轻和三只老年小鼠，可能影响结果的普遍性	探讨老年和年轻小鼠胰岛β细胞的生理差异及其转录组变化	老年和年轻小鼠的胰岛β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三只2.5个月大的年轻小鼠和三只20个月大的老年小鼠的胰腺样本
42	2024-08-07	A joint deep learning model enables simultaneous batch effect correction, denoising, and clustering in single-cell transcriptomics 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271874.120 PMID:34035047	研究论文	本文介绍了一种名为CarDEC的联合深度学习模型，该模型能够在单细胞转录组学数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类	CarDEC模型能够在嵌入空间和基因表达空间中同时进行批次效应校正，并且比现有方法如Scanorama、DCA + Combat、scVI和MNN表现更优	NA	开发一种能够在单细胞RNA测序数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类的深度学习模型	单细胞RNA测序数据中的批次效应校正、去噪和聚类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	涉及不同物种和组织的广泛评估
43	2024-08-07	A machine learning method for the discovery of minimum marker gene combinations for cell type identification from single-cell RNA sequencing 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275569.121 PMID:34088715	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的标记基因选择算法NS-Forest 2.0，用于从单细胞RNA测序数据中发现最小的标记基因组合，以识别细胞类型	利用随机森林特征选择的非线性属性和二元表达评分方法，发现最优的标记基因表达组合	NA	开发一种新的机器学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择标记基因，以定义和传播转录表型	人类大脑中颞回的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林	转录组数据	NA
44	2024-08-07	A single-cell guide to retinal development: Cell fate decisions of multipotent retinal progenitors in scRNA-seq 2021-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2021.06.005 PMID:34146533	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在研究视网膜发育过程中的应用	利用scRNA-seq技术，研究者能够同时对数千个单个细胞的转录组进行分析，从而深入理解视网膜前体细胞的能力、细胞命运决定和分化	NA	探讨scRNA-seq技术如何增进我们对视网膜前体细胞能力、细胞命运决定和分化的理解	视网膜前体细胞及其在视网膜发育中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单个细胞
45	2024-08-07	A graph neural network model to estimate cell-wise metabolic flux using single-cell RNA-seq data 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271205.120 PMID:34301623	研究论文	开发了一种名为scFEA的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞水平的代谢通量	引入了基于图神经网络的优化求解器和多层神经网络来捕捉转录组到代谢组的复杂信息传递	目前缺乏成熟的高通量单细胞代谢组学技术	旨在弥合对组织内代谢异质性和协作机制的系统理解的知识缺口	细胞水平的代谢通量	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	RNA测序数据	实验验证中使用了与代谢组学数据匹配的scRNA-seq数据集，并在五个公开的scRNA-seq和空间转录组数据集上进行了应用
46	2024-08-07	Advances in spatial transcriptomic data analysis 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275224.121 PMID:34599004	综述	本文综述了空间转录组数据分析方法和管道的最新进展	介绍了多种克服技术特定限制的方法，如空间分辨率、基因覆盖率、灵敏度和技术偏差	NA	旨在全面描述组织结构和组织在单细胞或亚细胞分辨率下的特征	空间转录组数据分析方法和管道	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
47	2024-08-07	Spatially resolved cell atlas of the mouse primary motor cortex by MERFISH 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03705-x PMID:34616063	研究论文	本研究使用多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，生成了小鼠初级运动皮质的分子定义和空间解析的细胞图谱	首次使用MERFISH技术生成小鼠初级运动皮质的空间解析细胞图谱，并揭示了神经元和非神经元细胞群的复杂空间分布	NA	理解不同细胞类型如何贡献于大脑功能，特别是它们的空间组织和连接性	小鼠初级运动皮质及其邻近区域的细胞	数字病理学	NA	多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	约300,000个细胞
48	2024-08-07	An atlas of gene regulatory elements in adult mouse cerebrum 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03604-1 PMID:34616068	研究论文	本文通过分析超过80万个成年小鼠大脑核的染色质可及性，绘制了160种不同细胞类型中491,818个候选顺式调控DNA元件的状态图谱	本文首次揭示了多种神经细胞类型在空间分布上的高度特异性，并关联了这些细胞类型的区域特异性基因调控序列	NA	研究小鼠大脑中基因调控元件的分布及其与细胞类型特异性的关系	成年小鼠大脑的45个区域的800,000个单个核的染色质可及性	数字病理学	NA	单细胞转录组学，高通量成像技术	NA	DNA元件	超过800,000个单个核，来自45个大脑区域
49	2024-08-07	A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03500-8 PMID:34616066	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠初级运动皮质的细胞图谱	开发了计算和统计方法来整合多模态数据，并定量验证细胞类型的可重复性	NA	构建小鼠初级运动皮质的全面分子和基因组细胞图谱	小鼠初级运动皮质中的超过500,000个单个细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	转录组和表观基因组数据	超过500,000个单个细胞
50	2024-08-07	Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2907-3 PMID:33184512	研究论文	本研究使用Patch-seq技术结合膜片钳记录、生物素染色和单细胞RNA测序，分析了成年小鼠初级运动皮层中超过1,300个神经元的转录组和形态电生理特性	首次在同一组细胞中同时研究了神经元的转录组和形态电生理多样性，揭示了神经元类型在皮层中并非总是形成离散实体，而是在家族级别上形成连续且相关的转录组和形态电生理景观	研究仅限于成年小鼠的初级运动皮层，可能需要进一步研究其他脑区和不同发育阶段的神经元类型	探讨神经元类型的转录组和形态电生理多样性及其在皮层中的组织方式	成年小鼠初级运动皮层中的神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过1,300个神经元
51	2024-08-07	A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03950-0 PMID:34616075	研究论文	本文报道了通过BRAIN Initiative Cell Census Network (BICCN)生成的哺乳动物初级运动皮层的多模态细胞普查和图谱	研究首次整合了单细胞转录组、染色质可及性、DNA甲基化图谱、空间解析的单细胞转录组、形态学和电生理特性以及细胞分辨率的输入-输出映射，并通过跨模态计算分析进行整合	NA	推进对大脑细胞类型组织的集体知识和理解	哺乳动物初级运动皮层的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、DNA甲基化分析、空间解析的单细胞转录组学	跨模态计算分析	转录组、染色质可及性、DNA甲基化、形态学和电生理数据	NA
52	2024-08-07	Association between particulate matter containing EPFRs and neutrophilic asthma through AhR and Th17 2021-Oct-26, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-021-01867-w PMID:34702270	研究论文	本研究探讨了含有EPFRs的颗粒物与中性粒细胞性哮喘之间的关系，以及通过AhR和Th17途径的作用机制	本研究首次揭示了颗粒物通过AhR激活诱导Th17免疫反应，进而导致中性粒细胞性哮喘的机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究颗粒物与中性粒细胞性哮喘之间的关联及其分子机制	含有EPFRs的颗粒物对呼吸系统的影响及其免疫反应机制	NA	哮喘	微阵列和单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠肺部样本
53	2024-08-07	The Parkinson's-disease-associated mutation LRRK2-G2019S alters dopaminergic differentiation dynamics via NR2F1 2021-10-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109864 PMID:34686322	研究论文	研究帕金森病相关突变LRRK2-G2019S如何通过NR2F1改变多巴胺能神经元的分化动力学	首次揭示了LRRK2-G2019S突变通过影响NR2F1表达，改变多巴胺能神经元分化的初始阶段，加速细胞周期退出和细胞死亡	NA	探究帕金森病模型中多巴胺能神经元的发育异常	人源神经上皮干细胞（NESCs）向多巴胺能神经元的分化过程	神经科学	帕金森病	高通量图像分析和单细胞RNA测序	NA	图像和RNA序列	包括LRRK2-G2019S突变的NESCs、神经元和脑中脑类器官，以及NR2F1缺陷的小鼠胚胎
54	2024-08-07	Efficient stimulation of retinal regeneration from Müller glia in adult mice using combinations of proneural bHLH transcription factors 2021-10-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109857 PMID:34686336	研究论文	本文研究了在成年小鼠视网膜中使用bHLH转录因子组合促进Müller胶质细胞再生神经元的效率	发现Ascl1与Atoh1组合能显著提高神经发生效率，即使在无视网膜损伤的情况下也能生成多种视网膜神经元类型	仅有一部分Ascl1表达的Müller胶质细胞能生成新神经元，过程效率不高	探索促进神经系统内源性修复的方法，以替代因退行性疾病而丧失的神经元	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年小鼠视网膜样本
55	2024-08-07	Microbiota triggers STING-type I IFN-dependent monocyte reprogramming of the tumor microenvironment 2021-10-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.09.019 PMID:34624222	研究论文	本文研究了微生物群信号如何通过STING-I型干扰素依赖的单核细胞重编程影响肿瘤微环境（TME），并探讨了其对癌症治疗的影响。	首次揭示了微生物群通过STING途径诱导I型干扰素产生，进而影响肿瘤微环境中的单核吞噬细胞和树突状细胞的免疫刺激作用。	NA	探讨微生物群如何调节肿瘤微环境中的免疫成分，以及如何利用这一机制改善癌症治疗。	肿瘤微环境中的单核吞噬细胞、树突状细胞以及自然杀伤细胞。	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
56	2024-08-07	Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment 2021-Oct-01, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0267 PMID:34591417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应，以探索黑色素瘤细胞对靶向治疗产生耐药性的机制	研究首次详细描述了单药和双药治疗耐药黑色素瘤细胞的分子轨迹，并验证了这些发现	NA	深入理解黑色素瘤细胞在治疗诱导下的细胞重编程和可塑性，并识别可能与耐药管理相关的靶点	BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入和自组织映射	RNA	涉及四种治疗条件的黑色素瘤细胞系
57	2024-08-07	An interactive single cell web portal identifies gene and cell networks in COVID-19 host responses 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103115 PMID:34522848	研究论文	本文通过整合COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据，开发了一个交互式单细胞网络门户ToppCell，用于探索和比较细胞特征，以发现新的基因和细胞网络。	本文创新性地开发了一个交互式网络门户ToppCell，允许用户探索和比较不同条件下的单细胞转录组数据，从而发现新的基因和细胞网络。	NA	开发一个数据挖掘工具，使用户能够比较和探索细胞特征，以获得洞察并发展新的假设。	COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据。	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组	NA	基因表达数据	多个COVID-19和其他对照条件的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本
58	2024-08-07	Targeting integrated epigenetic and metabolic pathways in lethal childhood PFA ependymomas 2021-Oct-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc0497 PMID:34613815	研究论文	本文研究了儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）的表观遗传和代谢途径，并探讨了使用抗糖尿病药物二甲双胍作为治疗策略的可能性。	首次整合了患者来源细胞和肿瘤的代谢分析、单细胞RNA测序以及非侵入性代谢成像，揭示了PFA中增强的糖酵解和三羧酸循环代谢，并发现二甲双胍能降低病理性EZHIP，增加H3K27me3，抑制肿瘤生长。	NA	探索儿童PFA室管膜瘤的表观遗传和代谢途径，并寻找潜在的治疗策略。	儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）及其代谢和表观遗传特征。	数字病理学	儿童疾病	单细胞RNA测序，非侵入性代谢成像	NA	基因表达数据，代谢数据	患者来源的细胞和肿瘤，以及表达野生型EZHIP的神经干细胞（NSCs）
59	2024-08-07	Lack of CD8+ T cell effector differentiation during priming mediates checkpoint blockade resistance in non-small cell lung cancer 2021-Oct-29, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abi8800 PMID:34714687	研究论文	本研究使用正位非小细胞肺癌小鼠模型，探讨了免疫检查点阻断（ICB）耐药性的机制，发现肺癌特异性肿瘤浸润CD8 T细胞在克隆扩增过程中缺乏效应和耗竭T细胞反应相关基因的表达，表明其经历了一个与传统T细胞耗竭不同的分化程序。	首次揭示了非小细胞肺癌中CD8 T细胞在初级阶段缺乏效应分化，导致对免疫检查点阻断治疗的耐药性。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨非小细胞肺癌中免疫检查点阻断耐药性的机制。	非小细胞肺癌中的CD8 T细胞反应。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肿瘤样本及非小细胞肺癌患者CD8 T细胞样本
60	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Thyroid Hormone Effectors in the Human Fetal Neocortex: Expression of SLCO1C1, DIO2, and THRB in Specific Cell Types 2021-10, Thyroid : official journal of the American Thyroid Association IF:5.8Q1 DOI:10.1089/thy.2021.0057 PMID:34114484	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了人胎脑新皮质中甲状腺激素效应蛋白SLCO1C1、DIO2和THRB在特定细胞类型中的表达	发现甲状腺激素效应蛋白在特定细胞类型中的独特表达模式，特别是在中间神经元中的表达，这一发现具有新的病理生理意义	NA	填补关于人胎脑中甲状腺激素作用的知识的空白	人胎脑新皮质中的甲状腺激素效应蛋白	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	分析了来自三个不同研究的公开单细胞转录组数据集，涉及393至近40,000个细胞