单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Identification of cell-type-specific marker genes from co-expression patterns in tissue samples 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab257 PMID:33904573	研究论文	本文提出了一种新算法，通过分析组织样本中的共表达模式来识别细胞特异性标志基因	提出了一种半监督算法，结合已知标志基因的信息和大规模转录组数据来精确识别标志基因	研究依赖于已发表的可能标志基因的信息，可能影响算法的准确性	识别组织样本中特定细胞类型的标志基因	组织样本中的细胞类型标志基因	数字病理学	NA	转录组测序	半监督算法	大规模转录组数据	多个组织样本
22	2024-08-05	B-cells are abnormal in psychosocial stress and regulate meningeal myeloid cell activation 2021-10, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2021.08.002 PMID:34371135	研究论文	该文章研究了心理社会压力下B细胞的异常表现及其对脑膜髓系细胞激活的调控作用	首次揭示了心理社会压力下B细胞的活化及其对脑膜免疫细胞功能的影响	主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	探究B细胞在心理社会压力下对脑功能的影响	小鼠模型中的B细胞和脑膜髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
23	2024-08-05	Automated quality control and cell identification of droplet-based single-cell data using dropkick 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271908.120 PMID:33837131	研究论文	开发了一种名为dropkick的全自动软件工具，用于单细胞RNA测序数据的质量控制和细胞识别	dropkick能够自动确定数据集特定的训练标签，并学习真实细胞和环境噪声的基因表示，从而提高细胞识别的准确性和效率	在特定情况下，dropkick的性能可能受到数据集的技术噪声和背景变化的影响	研究单细胞RNA测序数据的质量控制和细胞筛选方法	主要研究单细胞RNA测序数据中的真正细胞与非信息条形码的区分	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	弱监督模型	模拟和真实的单细胞RNA测序数据	NA
24	2024-08-05	Comprehensive RNA analysis of CSF reveals a role for CEACAM6 in lung cancer leptomeningeal metastases 2021-Oct-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00228-6 PMID:34625644	研究论文	本研究综合使用单细胞RNA测序和游离RNA分析，揭示了CEACAM6在肺癌脑膜转移中的作用。	将单细胞RNA-seq与cfRNA分析结合，为NSCLC脑膜转移的诊断和机制提供了新的视角。	由于CSF中的癌细胞数量稀少，样本量有限，难以全面代表所有患者情况。	研究CEACAM6在肺癌脑膜转移中的作用及其基因表达特征。	怀疑有脑膜转移的非小细胞肺癌患者的脑脊液样本。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq，qPCR	NA	细胞学，RNA数据	总共21个样本（14个脑膜转移患者，7个非肿瘤对照）
25	2024-08-07	TIMEx: tumor-immune microenvironment deconvolution web-portal for bulk transcriptomics using pan-cancer scRNA-seq signatures 2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab244 PMID:33901274	研究论文	本文介绍了TIMEx，一种新的肿瘤免疫微环境（TIME）反卷积方法，用于使用泛癌单细胞RNA-seq特征的批量转录组学估计浸润性免疫细胞	开发了TIMEx，一种新的TIME反卷积方法，强调使用泛癌单细胞RNA-seq特征估计浸润性免疫细胞	NA	开发和实现一种新的肿瘤免疫微环境反卷积方法	肿瘤免疫微环境中的异质细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	转录组数据	NA
26	2024-08-07	Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression and protein levels in single cells 2021-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00927-2 PMID:34083792	研究论文	本文介绍了一种名为ASAP-seq的新工具，能够在单细胞水平上同时分析染色质可及性和蛋白质水平	ASAP-seq结合了scATAC-seq数据和多种细胞表面及细胞内蛋白质标记物的检测，以及可选的线粒体DNA捕获，实现了单细胞中三种不同模态的同步分析	NA	展示系统性多组学分析在揭示基因调控中心法则中染色质、RNA和表面蛋白质协调及不同变化方面的应用	染色质可及性、基因表达和蛋白质水平在单细胞中的变化	基因组学	NA	scATAC-seq, ASAP-seq	NA	染色质可及性数据、蛋白质标记物数据、线粒体DNA	NA
27	2024-08-07	Single cell RNA sequencing of AML initiating cells reveals RNA-based evolution during disease progression 2021-10, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01338-7 PMID:34244611	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了AML初始细胞在疾病进展中的RNA变化	首次在AML初始细胞中识别出RNA克隆进化现象	NA	深入理解AML复发机制，开发新的预后生物标志物和治疗策略	AML初始细胞（LICs）在诊断和复发样本中的RNA变化	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	匹配的AML患者诊断和复发样本
28	2024-08-07	Therapeutic Targeting of Alternative RNA Splicing in Gastrointestinal Malignancies and Other Cancers 2021-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms222111790 PMID:34769221	研究论文	本文探讨了在胃肠道恶性肿瘤及其他癌症中，通过靶向RNA剪接作为治疗策略的新发现和进展	文章揭示了RNA剪接异常在癌症中的新治疗靶点和治疗机会，包括使用小分子、剪接开关寡核苷酸和蛋白质疗法等方法	NA	强调RNA剪接和处理机制在癌症病理生理学中的作用，以及在癌症治疗中新兴的剪接靶点，特别是在胃肠道恶性肿瘤中的应用	RNA剪接异常在癌症中的作用及其作为治疗靶点的潜力	NA	胃肠道恶性肿瘤及其他癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
29	2024-08-07	Paths and pathways that generate cell-type heterogeneity and developmental progression in hematopoiesis 2021-10-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.67516 PMID:34713801	研究论文	本文通过结合批量RNA测序、单细胞RNA测序和遗传解剖，识别了淋巴腺造血过程中的新血液细胞亚群，并探讨了其发育轨迹和信号通路。	本文首次揭示了代谢作为发育驱动力的作用，并展示了分级表达的Pointed在连续发育步骤中的不同角色，以及成熟晶体细胞特异性表达的缺氧诱导因子（Hif/Sima）的替代异构体。	NA	研究淋巴腺造血过程中的细胞类型异质性和发育进程。	血液细胞亚群及其发育轨迹和信号通路。	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
30	2024-08-07	Epigenetic encoding, heritability and plasticity of glioma transcriptional cell states 2021-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00927-7 PMID:34594037	研究论文	本文通过多组学单细胞分析，研究了弥漫性胶质瘤中的表观遗传编码、细胞状态遗传性和可塑性	开发了一种定量框架，用于直接测量人类样本中细胞状态的遗传性和转换动态	NA	探讨恶性细胞状态如何通过表观遗传机制编码	弥漫性胶质瘤中的细胞状态多样性	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化、转录组、基因型数据	NA
31	2024-08-07	RgCop-A regularized copula based method for gene selection in single-cell RNA-seq data 2021-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009464 PMID:34665808	研究论文	本文提出了一种基于正则化 Copula 的方法 RgCop，用于从大规模单细胞 RNA 测序数据中选择基因	RgCop 利用 Copula 相关性（Ccor）这一稳健的等价依赖性度量，捕获单细胞表达数据中一组基因之间的多变量依赖关系，并通过添加 l1 正则化项与 Ccor 结合，形成目标函数，以惩罚冗余的特征/基因系数，从而得到非冗余的有效特征/基因集	NA	开发一种新的基因选择方法，以提高单细胞 RNA 测序数据在下游分析中的稳定性和预测性能	单细胞 RNA 测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞 RNA 测序	Copula 相关性（Ccor）	基因表达数据	大规模单细胞 RNA 测序数据
32	2024-08-07	Clinical practices underlie COVID-19 patient respiratory microbiome composition and its interactions with the host 2021-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26500-8 PMID:34716338	研究论文	研究分析了COVID-19患者上呼吸道（58例）和下呼吸道（35例）的微生物组，结合微生物组测序、病毒载量测定和免疫分析，探讨临床实践对COVID-19患者呼吸微生物组组成及其与宿主相互作用的影响。	研究发现重症监护室停留时间和氧气支持类型，以及相关治疗如抗生素使用，解释了上呼吸道微生物组的最大变异，而SARS-CoV-2病毒载量影响较小。	研究主要集中在临床实践对微生物组的影响，未全面探讨其他可能的环境或遗传因素。	旨在理解COVID-19病理学中呼吸微生物组的作用及其与宿主的相互作用。	COVID-19患者的上呼吸道和下呼吸道微生物组。	微生物学	COVID-19	微生物组测序、病毒载量测定、免疫分析、单细胞转录组学	NA	微生物组数据、病毒载量数据、免疫数据	上呼吸道样本58例，下呼吸道样本35例
33	2024-08-07	A Markov random field model for network-based differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2021-Oct-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04412-0 PMID:34702190	研究论文	本文提出了一种基于马尔可夫随机场（MRF）模型的方法MRFscRNAseq，用于通过已知的生物网络信息提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因（DEGs）的识别能力	该方法通过整合基因网络信息和细胞类型间的依赖关系，提高了检测细胞类型特异性DEGs的统计能力	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	间质性肺病	单细胞RNA测序	马尔可夫随机场（MRF）	基因表达数据	18,150个蛋白质编码基因，涉及38种细胞类型，来自32名间质性肺病患者和28名正常对照的肺组织样本
34	2024-08-07	Bayesian log-normal deconvolution for enhanced in silico microdissection of bulk gene expression data 2021-10-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26328-2 PMID:34671028	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的贝叶斯对数正态反卷积方法，用于从大量基因表达数据中提取细胞成分信息	BLADE框架能够处理超过20种细胞类型，并使用有效的变分推断方法，提高了对基因表达变异性的鲁棒性和完整性	NA	开发一种新的统计模型，以从大量基因表达数据中准确提取细胞成分信息	细胞成分和每种细胞类型的基因表达谱	基因表达	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过700个模拟和真实数据集
35	2024-08-07	Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions 2021-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26271-2 PMID:34650042	研究论文	本研究利用空间转录组技术研究HER2阳性乳腺癌肿瘤中的空间基因表达，揭示肿瘤相关细胞类型的相互作用	首次通过空间转录组技术结合单细胞数据，绘制了肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的高分辨率图谱，并构建了预测三级淋巴样结构的模型	NA	旨在通过空间基因表达分析，理解肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用及其功能相关性	HER2阳性乳腺癌肿瘤	数字病理学	乳腺癌	空间转录组技术	预测模型	基因表达数据	NA
36	2024-08-07	Building the mega single-cell transcriptome ocular meta-atlas 2021-10-13, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giab061 PMID:34651173	研究论文	本文开发了一个轻量级的R包（scPOP），用于整合批处理方法并平衡批处理合并与细胞类型/集群纯度，以创建大规模的眼部单细胞转录组元图谱。	提出了一个轻量级的R包scPOP，用于优化单细胞转录组数据的批处理整合，并展示了如何有效合并大量数据以创建元图谱。	文中未明确提及具体的局限性。	开发工具和方法以高效创建组织和细胞感兴趣的元图谱。	眼部单细胞转录组数据，涉及33个视网膜数据集和3个物种的766,615个细胞。	单细胞转录组技术	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	766,615个细胞，来自33个视网膜数据集和3个物种
37	2024-08-07	Single-cell analysis of ploidy and the transcriptome reveals functional and spatial divergency in murine megakaryopoiesis 2021-10-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021010697 PMID:34115843	研究论文	本文通过手动分离小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞，并基于倍性（2N-32N）进行单细胞RNA测序分析，揭示了巨核细胞在体内的分子、空间和功能异质性	发现了巨核细胞中与血小板生成、造血干细胞微环境相互作用和炎症反应相关的三个不同亚群，并揭示了一个可能作为新型免疫细胞的特殊巨核细胞亚群	NA	探索巨核细胞在体内的功能和空间异质性	小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞
38	2024-08-07	Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy 2021-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26059-4 PMID:34611171	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了来自患者的PDAC类器官中细胞状态的异质性和保守的发育层次结构	首次展示了PDAC类器官中'经典'和'基底样'细胞的共存，并识别了跨患者共享的特定肿瘤细胞状态	NA	探索胰腺导管腺癌（PDAC）细胞状态的异质性和发育层次结构	PDAC类器官和原发性PDAC的单细胞转录组	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	18个原发性肿瘤和两个匹配的肝转移
39	2024-08-07	Characterization of human FDCs reveals regulation of T cells and antigen presentation to B cells 2021-10-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210790 PMID:34424268	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和微阵列技术，首次提供了人类FDCs的转录组图谱，并验证了关键基因的表达	首次定义了人类FDCs的转录组，并发现了FDCs与T细胞之间的紧密联系	NA	揭示人类FDCs的转录组特征及其在T细胞调节和抗原呈递中的作用	人类FDCs	NA	NA	单细胞RNA测序，微阵列	NA	RNA	NA
40	2024-08-07	Resolving the Spatial and Cellular Architecture of Lung Adenocarcinoma by Multiregion Single-Cell Sequencing 2021-10, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1285 PMID:33972311	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序技术，分析了肺腺癌（LUAD）的空间和细胞结构，揭示了LUAD从正常肺组织到肿瘤区域的细胞系、状态和转录特征的空间演化。	首次通过多区域单细胞测序技术揭示了肺腺癌的空间生态系统和早期阶段的细胞群体、状态及表型，为早期干预提供了高潜力的靶点。	NA	揭示肺腺癌的空间和细胞结构，为肺腺癌的治疗提供新的靶点。	肺腺癌（LUAD）及其周围正常肺组织的空间和细胞结构。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	186,916个细胞，来自五个早期肺腺癌和14个多区域正常肺组织