单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-09	Differential gene expression analysis for multi-subject single-cell RNA-sequencing studies with aggregateBioVar 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab337 PMID:33970215	研究论文	本文提出了一种用于多主体单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析统计模型，并展示了未考虑额外生物变异可能导致假发现率（FDR）升高	提出了一个新的统计模型和简单方法来估计模型参数，以及基于伪批量计数的方法来更好地控制FDR	需要进一步验证模型在不同类型数据集上的适用性和效果	改进单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析方法	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计模型	基因-细胞计数矩阵	涉及人类和动物模型的单细胞RNA测序数据集
202	2024-08-09	MAT2: manifold alignment of single-cell transcriptomes with cell triplets 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab250 PMID:33974010	研究论文	本文介绍了一种名为MAT2的方法，通过深度神经网络和对比学习策略在流形空间中对单细胞转录组进行对齐	MAT2通过基于已知细胞类型注释定义的细胞三元组，提高了对齐过程的鲁棒性，特别是在具有有限共同细胞类型的数据集中。此外，MAT2能够重建无批次效应的基因表达，有助于细胞类型的注释	NA	开发一种新的方法来对齐多个单细胞RNA测序数据集，以建立生物过程的全面细胞景观	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	转录组数据	NA
203	2024-08-09	Clustering single-cell RNA-seq data by rank constrained similarity learning 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab276 PMID:33961003	研究论文	本文介绍了一种新的聚类算法RCSL，用于通过单细胞RNA测序数据准确识别复杂组织中的各种细胞类型	RCSL算法结合了细胞间的局部相似性和全局相似性，以区分同类型细胞间的细微差异和不同类型细胞间的大差异	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	RCSL算法	表达向量	16个基准单细胞RNA测序数据集
204	2024-08-09	Comprehensive characterization of tissue-specific chromatin accessibility in L2 Caenorhabditis elegans nematodes 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271791.120 PMID:33888511	研究论文	本文利用sci-ATAC-seq技术在L2阶段的秀丽隐杆线虫中收集单细胞染色质可及性数据，通过改进的潜在狄利克雷分配算法识别了37个细胞簇，对应于线虫的不同细胞类型，提供了新的细胞类型特异性基因调控位点图谱	本文采用sci-ATAC-seq技术和改进的潜在狄利克雷分配算法，首次在单细胞分辨率下探索了秀丽隐杆线虫L2阶段个体细胞类型的调控DNA	NA	探索秀丽隐杆线虫L2阶段个体细胞类型的调控DNA	秀丽隐杆线虫L2阶段的单细胞染色质可及性	基因组学	NA	sci-ATAC-seq	潜在狄利克雷分配算法	染色质可及性数据	L2阶段的秀丽隐杆线虫
205	2024-08-09	Identification of a novel subset of alveolar type 2 cells enriched in PD-L1 and expanded following pneumonectomy 2021-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.04168-2020 PMID:33863742	研究论文	本研究通过流式细胞术、定量PCR、ATAC-seq、基因阵列、肺切除术和精确切割肺切片培养等方法，鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1。	本研究首次鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1，并提供了人类中存在此类细胞的证据。	NA	鉴定新的肺泡II型细胞亚群并研究其在肺再生中的作用。	小鼠和人类的肺泡II型细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类肺组织样本
206	2024-08-09	MicroCellClust: mining rare and highly specific subpopulations from single-cell expression data 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab239 PMID:33830183	research paper	本文提出了一种数据挖掘方法MicroCellClust，用于从单细胞表达数据中识别具有高度特异性表达谱的小亚群细胞	MicroCellClust方法通过扩展最大和子矩阵问题，能够同时识别一小群细胞及其对应的特异性基因子集	NA	旨在从有限的单细胞表达数据中识别出罕见的细胞亚群	单细胞表达数据中的罕见细胞亚群	machine learning	breast cancer	scRNA-seq	NA	expression data	涉及人T细胞、乳腺癌样本和鼠胚胎干细胞的单细胞表达数据
207	2024-08-09	How will artificial intelligence and bioinformatics change our understanding of IgA Nephropathy in the next decade? 2021-10, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-021-00847-y PMID:33835214	研究论文	本文探讨了人工智能和生物信息学如何在未来十年改变我们对IgA肾病（IgAN）的理解	介绍了利用单细胞测序、下一代测序、蛋白质组学和复杂成像技术等新兴技术，结合先进的计算方法，来深入分析IgAN的复杂病理生理学	NA	探讨人工智能和生物信息学在IgAN研究中的应用，以提高对疾病的理解和患者护理	IgA肾病（IgAN）的病理生理学	生物信息学	肾病	单细胞测序、下一代测序、蛋白质组学	NA	分子、细胞和器官尺度的数据	NA
208	2024-08-09	Bayesian estimation of cell type-specific gene expression with prior derived from single-cell data 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.268722.120 PMID:33837133	研究论文	本文开发了一种贝叶斯方法（bMIND），通过从单细胞数据中提取先验信息，整合批量和单细胞RNA测序数据，以估计样本级别的细胞类型特异性基因表达	提出了bMIND方法，该方法通过结合单细胞RNA测序数据的先验信息，提高了样本级别细胞类型特异性基因表达估计的准确性，并增强了发现细胞类型特异性差异表达基因的能力	单细胞RNA测序数据通常来自相对较少的样本，这限制了其在某些分析中的应用，如基因表达数量性状位点的识别	开发一种方法，结合批量和单细胞RNA测序数据的优势，以提高细胞类型特异性基因表达分析的准确性和效率	批量和单细胞RNA测序数据，以及自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病的相关脑组织基因表达数据	基因组学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯方法（bMIND）	基因表达数据	相对较少的样本
209	2024-08-09	Fast identification of differential distributions in single-cell RNA-sequencing data with waddR 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab226 PMID:33792651	research paper	本文提出了一种基于2-Wasserstein距离的快速差异分布检测方法，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异识别	该方法能够检测任意类型的分布差异，并通过分解2-Wasserstein距离来解释差异的来源，包括均值、方差和形状的变化	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的复杂分布差异	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
210	2024-08-09	Bioconductor toolchain for reproducible bioinformatics pipelines using Rcwl and RcwlPipelines 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab208 PMID:33772584	研究论文	本文介绍了Rcwl和RcwlPipelines工具链，用于在R环境中开发、使用和维护基于Common Workflow Language (CWL)的可重复生物信息学工作流程	开发了Rcwl，一个连接R与CWL的接口，并收集了超过100个预构建的工具和管道在RcwlPipelines中，便于研究人员查询和使用	NA	提供便携和可重复的数据分析工作流程	生物信息学工具和管道	生物信息学	NA	Common Workflow Language (CWL)	NA	NA	NA
211	2024-08-09	ShinyCell: simple and sharable visualization of single-cell gene expression data 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab209 PMID:33774659	研究论文	本文介绍了ShinyCell，一个用于将单细胞RNA测序数据转换为可探索和可共享的交互界面的R包	ShinyCell提供了一个简单易用的工具，使非计算生物学研究人员也能轻松探索和共享单细胞RNA测序数据	NA	开发一个工具，使单细胞RNA测序数据更易于非专业人士探索和共享	单细胞RNA测序数据的可视化和共享	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
212	2024-08-09	Macrophage phenotypes in tissue repair and the foreign body response: Implications for biomaterial-based regenerative medicine strategies 2021-10-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2021.03.038 PMID:33775905	综述	本文综述了巨噬细胞表型在组织修复和异物反应中的作用，以及对基于生物材料的再生医学策略的潜在影响	本文总结了近期关于髓系细胞在生物材料微环境中的异质性的新见解，并讨论了单细胞水平上解析细胞异质性的新工具	NA	探讨巨噬细胞异质性对组织修复和异物反应过程的影响，以及对生物材料导向的再生医学应用的潜在意义	巨噬细胞表型及其在组织修复和异物反应中的功能特性	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
213	2024-08-09	Osteomodulin is a Potential Genetic Target for Hypertrophic Cardiomyopathy 2021-Oct, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-021-10050-1 PMID:33715137	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和基因集富集分析（GSEA），识别与肥厚型心肌病（HCM）相关的关键基因，特别是骨调素（OMD），并验证其在HCM诊断和治疗中的潜在价值	首次将骨调素（OMD）确定为肥厚型心肌病的关键基因，并验证了其在疾病诊断中的有效性	NA	揭示与肥厚型心肌病发病机制相关的基因，并提供诊断和治疗的新靶点	肥厚型心肌病及其相关基因	遗传学	心血管疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序（sc-RNA seq）	NA	基因表达数据	NA
214	2024-08-09	Longitudinal single-cell RNA-seq of hESCs-derived retinal organoids 2021-Oct, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1836-7 PMID:33521856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对由人胚胎干细胞衍生的视网膜类器官在五个不同时间点进行分析，揭示了视网膜发育过程中细胞类型和分子特征的动态变化	首次在视网膜类器官发育过程中识别出九种不同的细胞群体，并发现胰岛素受体（INSR）在光感受器生成中的特定表达作用，以及pleiothropin（PTN）-蛋白酪氨酸磷酸酶受体类型Z1（PTPRZ1）在Müller细胞和视网膜前体细胞间的新型相互作用	NA	研究人视网膜发育过程并模拟视网膜类器官中的发育障碍	人胚胎干细胞衍生的视网膜类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	五个时间点的视网膜类器官样本
215	2024-08-09	Single cell transcriptomic analysis identifies novel vascular smooth muscle subsets under high hydrostatic pressure 2021-Oct, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1852-x PMID:33486587	研究论文	本研究构建了一个高静水压细胞培养系统，模拟持续高血压环境，并通过单细胞转录组分析鉴定了人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）的新型分子分类	发现了两种新型HASMC亚群，即炎症亚群和内皮功能抑制亚群，这些亚群在高静水压下表现出不同的基因表达模式，并参与调节内皮功能	NA	探究高血压进展中直接的生物力学效应	人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）在高静水压下的分子分类	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	在100-mmHg和200-mmHg静水压下培养的HASMCs，以及来自高血压患者和实验动物模型高血压的动脉中膜样本
216	2024-08-09	Loss of function of the mitochondrial peptidase PITRM1 induces proteotoxic stress and Alzheimer's disease-like pathology in human cerebral organoids 2021-10, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-020-0807-4 PMID:32632204	研究论文	研究PITRM1基因缺失对人类大脑类器官的影响及其与阿尔茨海默病样病理的关系	首次揭示了PITRM1基因缺失通过激活线粒体未折叠蛋白反应和增强线粒体清除，影响线粒体前序列处理和蛋白质毒性应激，进而导致阿尔茨海默病样病理特征的形成	仅在体外模型中进行研究，未涉及临床患者	探讨线粒体前序列处理缺陷的致病机制及其与神经退行性疾病的关系	PITRM1基因敲除的人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元和大脑类器官	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	细胞	PITRM1基因敲除的人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元和大脑类器官