单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 216 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Predicting Molecular Phenotypes from Histopathology Images: A Transcriptome-Wide Expression-Morphology Analysis in Breast Cancer
2021-10-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0482
PMID:34341074
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研究论文 | 本研究首次在乳腺癌中进行了转录组范围的表达-形态学（EMO）分析，通过优化和验证个体深度卷积神经网络，从苏木精和伊红染色的全切片图像中预测17,695个基因的mRNA表达。 | 本研究首次利用深度学习技术从常规病理图像中预测转录组范围的mRNA表达和增殖标志物，为癌症精准医疗提供了一种成本效益高且可扩展的方法。 | NA | 探索从病理图像中预测分子表型的方法，以降低癌症精准医疗的成本并提高其可行性。 | 乳腺癌中的17,695个基因的mRNA表达和增殖标志物。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度卷积神经网络 | CNN | 图像 | 17,695个基因的mRNA表达，其中9,334个基因的预测表达与RNA测序估计显著相关。 |
| 182 | 2024-08-08 |
Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics
2021-10, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-021-00770-5
PMID:34341534
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研究论文 | 本文通过分析从植入聚己内酯或细胞外基质衍生支架的小鼠模型中收集的单细胞RNA测序数据，重建了植入生物材料周围的细胞间信号网络 | 本文首次通过计算方法从单细胞转录组数据中重建了植入生物材料周围的细胞间信号网络，并识别了先前未涉及的细胞亚群 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据重建植入生物材料周围的细胞间信号网络，以促进对植入生物材料反应的理解和设计 | 研究对象包括植入聚己内酯或细胞外基质衍生支架的小鼠模型中的42,156个细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 42,156个细胞 |
| 183 | 2024-08-08 |
Combining an Alarmin HMGN1 Peptide with PD-L1 Blockade Results in Robust Antitumor Effects with a Concomitant Increase of Stem-Like/Progenitor Exhausted CD8+ T Cells
2021-10, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0265
PMID:34344641
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研究论文 | 本文研究了结合HMGN1肽和PD-L1阻断剂以促进肿瘤内干细胞样/祖细胞样耗竭CD8+ T细胞扩增的策略 | 首次发现HMGN1肽作为免疫佐剂，与PD-L1阻断剂联合使用可增强肿瘤内Tstem/Tpex细胞数量，从而提高免疫治疗效果 | NA | 探索提高免疫检查点阻断疗法疗效的新方法 | 肿瘤内干细胞样/祖细胞样耗竭CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | B16F10, LLC, Colon26, EO771肿瘤小鼠模型 |
| 184 | 2024-08-08 |
Systematic screening identifies a TEAD4-S100A13 axis modulating cisplatin sensitivity of oral squamous cell carcinoma cells
2021-Oct, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13224
PMID:34358353
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研究论文 | 本研究旨在筛选与人类乳头瘤病毒（HPV）阴性的口腔鳞状细胞癌（OSCC）预后相关的S100蛋白家族成员及其分子调控机制 | 发现了新的TEAD4-S100A13轴，可能调节OSCC肿瘤细胞对顺铂的敏感性 | NA | 筛选与OSCC预后相关的S100蛋白家族成员及其分子调控机制 | HPV阴性的口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞系CAL-27和SCC-4 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，批量测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及21个S100蛋白家族成员基因，以及OSCC患者的生存数据 |
| 185 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell transcriptomics and microcircuit computer modeling
2021-10, Current opinion in pharmacology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.coph.2021.06.006
PMID:34325379
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综述 | 本文探讨了将单细胞转录组学与神经微电路计算机模型相结合的系统生物学策略 | 提出了一种新的方法，通过统计反卷积和基因本体论将分子细节与生物物理模型整合，以获得前所未有的机制洞察 | 需要进一步在特定的表型如癫痫或基础生物模型如秀丽隐杆线虫中测试这些整合策略 | 研究如何将单细胞转录组学与神经微电路的计算机模型相结合，以深入理解脑状态间的非线性相互作用 | 单细胞转录组学和神经微电路的计算机模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 计算机模型 | 转录组数据 | NA |
| 186 | 2024-08-08 |
Metabolic regulation of macrophage proliferation and function in atherosclerosis
2021-10-01, Current opinion in lipidology
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/MOL.0000000000000778
PMID:34334628
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性、脂质处理、代谢和增殖的最新见解 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了斑块中多种巨噬细胞群体的异质性，并探讨了代谢途径在决定巨噬细胞功能中的关键作用 | NA | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能调控机制 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 187 | 2024-08-08 |
Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data
2021-10-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab601
PMID:34291282
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研究论文 | 本文提出了一种基于共表达特性的基因网络社区检测方法，并开发了一种新的指标——独表达指数（EEI），用于从稀疏的单细胞转录组数据中识别互斥基因对 | 提出了独表达指数（EEI）这一新指标，用于量化和排序稀疏单细胞转录组数据中的互斥基因对表达水平，并保持对低测序深度的鲁棒性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据中的共表达网络重建，识别功能相关的基因集群，并提高捕获细胞异质性的敏感性 | 单细胞RNA测序数据中的基因网络和互斥基因对 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 |
| 188 | 2024-08-08 |
Neuroblastoma Formation Requires Unconventional CD4 T Cells and Arginase-1-Dependent Myeloid Cells
2021-10-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0691
PMID:34301764
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研究论文 | 研究通过遗传学、空间转录组学和免疫操作结合非侵入性纵向成像技术，揭示了神经母细胞瘤形成中非典型CD4 T细胞和依赖精氨酸酶-1的骨髓细胞的作用 | 开发了一种新的神经母细胞瘤模型，能够实时追踪肿瘤形成和扩展，并识别了CD4 T细胞和巨噬细胞在肿瘤发生中的关键功能 | NA | 理解免疫细胞与肿瘤之间的协作机制 | 神经母细胞瘤中的CD4 T细胞和骨髓细胞 | 免疫学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 189 | 2024-08-08 |
Single-cell nucleic acid profiling in droplets (SNAPD) enables high-throughput analysis of heterogeneous cell populations
2021-10-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab577
PMID:34233007
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞液滴核酸分析（SNAPD）的高通量技术，用于分析大量单个哺乳动物细胞中的转录标志物 | SNAPD技术能够每小时分析超过100,000个细胞，可用于量化异质群体中的不同细胞类型，检测低至0.1%频率的稀有细胞，并通过微流控排序富集特定细胞类型 | NA | 开发一种快速、简单、高通量的方法来基于RNA标志物对细胞样本进行计数 | 单个哺乳动物细胞中的转录标志物 | 生物学 | NA | 单细胞液滴核酸分析（SNAPD） | NA | RNA | 数万个单个哺乳动物细胞 |
| 190 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of mouse and human prostate reveals novel fibroblasts with specialized distribution and microenvironment interactions
2021-10, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5751
PMID:34173975
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人和小鼠前列腺中的成纤维细胞亚型及其在微环境中的分布和相互作用 | 发现了两种新型的人类前列腺成纤维细胞亚型，并揭示了它们在前列腺中的特定分布模式和与微环境的相互作用 | NA | 揭示前列腺中基质-上皮相互作用的分子身份和解剖结构，为良性前列腺增生的新治疗靶点开发提供基础 | 人和小鼠的前列腺成纤维细胞亚型及其在微环境中的分布和相互作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
Tumor cells in light-chain amyloidosis and myeloma show distinct transcriptional rewiring of normal plasma cell development
2021-10-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009754
PMID:34133718
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序，定义了正常浆细胞发育的转录图谱，并比较了AL、MM和MGUS中肿瘤浆细胞的转录程序 | 首次研究了AL和MM患者中肿瘤浆细胞的分化阶段，并提供了理解正常浆细胞发育和AL及其他单克隆免疫球蛋白病的转录重组的新资源 | NA | 旨在定义正常浆细胞发育的转录图谱，并比较AL、MM和MGUS中肿瘤浆细胞的转录程序 | AL、MM和MGUS中的肿瘤浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及AL、MM和MGUS患者的肿瘤浆细胞 |
| 192 | 2024-08-08 |
Transcriptomic landscape of circulating mononuclear phagocytes in Langerhans cell histiocytosis at the single-cell level
2021-10-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009064
PMID:34132762
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）患者循环单核吞噬细胞的转录组图谱 | 首次在单细胞水平上揭示了LCH患者循环单核吞噬细胞系统中RAS-MAPK-ERK信号通路相关基因和转录因子的表达变化 | 研究样本仅限于217名儿科LCH患者，可能限制了结果的普遍性 | 深入理解LCH的分子生物学机制，为临床诊断和治疗提供新见解 | LCH患者的循环单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 217名儿科LCH患者 |
| 193 | 2024-08-08 |
The Prognostic Potential of Human Prostate Cancer-Associated Macrophage Subtypes as Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2021-10, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0740
PMID:34131070
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，研究了人前列腺癌组织中巨噬细胞的亚型及其与疾病进展的关系 | 首次在人前列腺癌组织中识别出三种不同的巨噬细胞亚型，并发现这些亚型与患者的无复发和无转移生存期高度相关 | 研究仅限于前列腺癌组织中的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或整个肿瘤微环境 | 探讨前列腺癌组织中巨噬细胞亚型与疾病进展的关系，并开发用于患者预后评估的基因分类器 | 人前列腺癌组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 来自前列腺切除术样本的巨噬细胞 |
| 194 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics
2021-10, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-021-00370-8
PMID:34145435
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综述 | 本文综述了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学技术相结合的研究进展，旨在阐明组织内细胞间的动态关系 | 介绍了新兴的计算方法和现有技术的有效结合方式 | 目前尚无方法能像scRNA-seq那样全面地覆盖转录组 | 探讨如何整合单细胞和空间数据以更好地理解细胞间的相互作用 | 单细胞RNA测序和空间转录组学技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高复用RNA成像、空间条码技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 195 | 2024-08-08 |
Interferon-Gamma-Producing CD8+ Tissue Resident Memory T Cells Are a Targetable Hallmark of Immune Checkpoint Inhibitor-Colitis
2021-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.06.025
PMID:34147519
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研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂相关结肠炎的发病机制，并发现CD8+组织驻留记忆T细胞是该疾病的关键驱动因素 | 首次证明CD8+组织驻留记忆T细胞在免疫检查点抑制剂相关结肠炎中的病理作用，并提出其作为新的治疗靶点 | NA | 识别免疫检查点抑制剂相关结肠炎的关键细胞驱动因素及其与特发性溃疡性结肠炎的相似性，并确定潜在的新治疗靶点 | 免疫检查点抑制剂相关结肠炎患者、接受免疫检查点抑制剂治疗但未发展为结肠炎的患者、特发性溃疡性结肠炎患者及健康对照 | 免疫学 | 结肠炎 | 多参数和光谱流式细胞术、光谱免疫荧光显微镜、靶向基因组、批量和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括免疫检查点抑制剂相关结肠炎患者、未发展为结肠炎的患者、特发性溃疡性结肠炎患者及健康对照的多个样本 |
| 196 | 2024-08-08 |
Potentials of single-cell genomics in deciphering cellular phenotypes
2021-10, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2021.102059
PMID:34116424
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学，特别是通过RNA测序的单细胞转录组分析，在解析细胞表型方面的潜力 | 单细胞基因组学使我们能够观察每个细胞转录组的变化及其邻域，询问转录事件的序列，并评估它们对后续事件的影响，从而在生物学中实现范式转变 | 需要进一步研究和发展计算方法等领域的技术 | 探讨单细胞基因组学在解析细胞表型方面的应用 | 植物细胞的表型及其转录组过程 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
Characterizing spatial gene expression heterogeneity in spatially resolved single-cell transcriptomic data with nonuniform cellular densities
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271288.120
PMID:34035045
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研究论文 | 本文开发了MERINGUE计算框架，用于分析空间分辨的单细胞转录组数据中的空间基因表达异质性 | MERINGUE框架基于空间自相关和交叉相关分析，能够在考虑细胞类型3D空间组织和非均匀细胞密度的同时，识别具有空间异质性表达模式的基因，推断潜在的细胞间通信，并进行空间感知的细胞聚类 | NA | 解决现有技术在处理空间分辨单细胞转录组数据时缺乏可扩展计算分析方法的问题 | 空间分辨的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间分辨的转录组数据 | 数百到数千个基因 |
| 198 | 2024-08-08 |
Analysis of alternative polyadenylation from single-cell RNA-seq using scDaPars reveals cell subpopulations invisible to gene expression
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271346.120
PMID:34035046
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDaPars的生物信息学算法，用于从单细胞RNA测序数据中准确量化APA事件 | scDaPars算法能够从单细胞RNA测序数据中恢复因单细胞中mRNA数量少而遗漏的APA事件，并揭示了传统基因表达分析无法识别的细胞亚群 | NA | 研究单细胞中APA异质性及其在细胞亚群识别中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的APA事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 199 | 2024-08-08 |
Developmental and comparative immunology single-cell transcriptome analysis of the B-cell repertoire reveals the usage of immunoglobulins in the gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica)
2021-10, Developmental and comparative immunology
IF:2.7Q1
DOI:10.1016/j.dci.2021.104141
PMID:34038789
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了灰短尾负鼠（Monodelphis domestica）的B细胞受体库，揭示了其免疫球蛋白的使用情况 | 首次使用单细胞分析技术研究有袋类动物的免疫球蛋白受体库，证实了先前的假设并发现了一些意外结果 | 研究样本仅来自一只未免疫的动物，可能无法代表整个物种 | 探究有袋类动物的体液免疫系统 | 灰短尾负鼠的B细胞转录组 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 来自一只灰短尾负鼠的脾细胞和外周血单个核细胞 |
| 200 | 2024-08-09 |
scConnect: a method for exploratory analysis of cell-cell communication based on single-cell RNA-sequencing data
2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab245
PMID:33974001
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞RNA测序数据探索细胞间通信的方法scConnect | 该方法通过构建多向图来推断和整合细胞类型间的配体-受体相互作用，支持上下文探索性分析 | NA | 旨在开发一种新的分析方法，用于探索基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信 | 细胞间通信，特别是细胞类型间的配体-受体相互作用 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 多向图 | RNA测序数据 | 涉及小鼠大脑和人类肿瘤的细胞类型 |