单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-27	Multiomics: unraveling the panoramic landscapes of SARS-CoV-2 infection 2021-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00754-0 PMID:34471261	综述	本文系统回顾了通过多组学技术在SARS-CoV-2感染的病毒学、免疫学和致病机制方面取得的主要进展	利用多组学技术快速全景掌握病原体和疾病	依赖于已建立的队列研究	快速识别和理解新兴传染病的病原体、风险因素、宿主免疫反应和致病机制	SARS-CoV-2病毒及其引起的COVID-19疾病	多组学	COVID-19	基因组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学	NA	多组学数据	基于已建立的队列研究
2	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
3	2025-01-22	Distinct human Langerhans cell subsets orchestrate reciprocal functions and require different developmental regulation 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.012 PMID:34508661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，识别了人类皮肤表皮中两种稳态（LC1和LC2）和两种激活的Langerhans细胞（LCs）亚群，并揭示了它们在发育调控和功能上的差异	首次在人类皮肤中识别出两种稳态和两种激活的LCs亚群，并揭示了EGR1和Notch信号通路在LC1和LC2分化中的关键作用	研究主要基于体外培养的HSC-LCs，可能不完全反映体内LCs的行为	探索人类皮肤中Langerhans细胞的异质性及其功能差异	人类皮肤表皮中的Langerhans细胞和由CD34造血干细胞衍生的LCs	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	人类皮肤表皮样本和CD34造血干细胞衍生的LCs
4	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
5	2025-01-13	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病（CKD）模型中调节肾脏局部微环境（KLM）形成的作用	通过多学科方法，结合单细胞RNA测序数据和数学建模，揭示了c-met在肾小管细胞和巨噬细胞中的不同作用，并验证了c-met缺失对上皮细胞可塑性、肌成纤维细胞活化和细胞外基质合成/降解的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病中调节肾脏局部微环境的作用	慢性肾病模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多种慢性肾病模型中的小鼠样本
6	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
7	2024-11-07	NF-κB activation in cardiac fibroblasts results in the recruitment of inflammatory Ly6Chi monocytes in pressure-overloaded hearts 2021-Oct-12, Science signaling IF:6.7Q1 DOI:10.1126/scisignal.abe4932 PMID:34637330	研究论文	研究揭示了心脏纤维母细胞在压力超负荷下通过NF-κB激活招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	首次揭示了心脏纤维母细胞在压力超负荷下通过NF-κB激活招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨心脏纤维母细胞在压力超负荷下招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	心脏纤维母细胞和Ly6C单核细胞	NA	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	老鼠模型
8	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型
9	2024-09-06	Mapping and modeling the genomic basis of differential RNA isoform expression at single-cell resolution with LR-Split-seq 2021-10-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02505-w PMID:34620214	研究论文	开发并表征了一种名为LR-Split-seq的长读长单细胞RNA测序技术，用于在单细胞分辨率下识别全长转录本异构体	LR-Split-seq结合了组合条形码技术，能够在相对经济和设计灵活的情况下对单细胞进行长读长测序	NA	研究单细胞分辨率下RNA异构体表达的基因组基础	C2C12肌生成系统中的单细胞	基因组学	NA	LR-Split-seq	NA	RNA序列	C2C12肌生成系统中的单细胞
10	2024-08-27	Inference of high-resolution trajectories in single-cell RNA-seq data by using RNA velocity 2021-10-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100095 PMID:35474895	研究论文	本文介绍了一种名为CellPath的方法，通过整合单细胞基因表达和RNA速度信息来推断细胞轨迹	CellPath方法能够发现多条高分辨率的轨迹，不受轨迹结构的限制，并能自动检测每条轨迹路径的方向	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹推断的准确性和细节	单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹	生物信息学	NA	RNA速度	NA	基因表达数据	NA
11	2024-08-25	Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci 2021-Oct-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768 PMID:34623901	研究论文	研究通过单细胞转录组学和表观基因组学揭示了与生发中心相关的自身免疫风险位点的强烈病因	生成了人类扁桃体的单细胞转录组学和表观基因组学图谱，并利用这些数据解释了与自身免疫相关的遗传变异的潜在调控影响	NA	理解生发中心反应背后的基因调控原则，并解释与自身免疫相关的遗传变异的潜在调控影响	人类扁桃体的生发中心反应及其与自身免疫疾病的关系	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组学, 表观基因组学	NA	转录组, 表观基因组	人类扁桃体样本
12	2024-08-22	Monocytes and Macrophages in Kidney Transplantation and Insights from Single Cell RNA-Seq Studies 2021-10-28, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0003842021 PMID:35372970	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾移植中对单核细胞和巨噬细胞的命名、起源和功能的研究，特别关注了肾移植领域的新发现。	scRNA-seq技术提供了无偏见的转录组学方法，揭示了巨噬细胞的起源和功能，这是传统方法无法实现的。	目前关于这一主题的发表研究较少。	探讨单细胞RNA测序在肾移植中对免疫细胞景观和同种异体免疫反应的研究。	单核细胞和巨噬细胞在肾移植中的作用。	NA	肾移植	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13	2024-08-19	Conventional type I dendritic cells maintain a reservoir of proliferative tumor-antigen specific TCF-1+ CD8+ T cells in tumor-draining lymph nodes 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.026 PMID:34534439	研究论文	研究探讨了在肺腺癌自发性模型中，常规I型树突状细胞如何在肿瘤引流淋巴结中维持肿瘤抗原特异性TCF-1+ CD8+ T细胞的增殖库	发现常规I型树突状细胞在肿瘤引流淋巴结中维持TCF-1 CD8 T细胞库，通过Flt3L+anti-CD40治疗恢复SlamF6 T细胞频率并减轻肿瘤负担	研究仅限于肺腺癌的自发性模型，可能需要进一步验证在其他类型肿瘤中的适用性	探究在肿瘤环境中，TCF-1 CD8 T细胞的维持机制及其对免疫检查点阻断反应的影响	肿瘤抗原特异性TCF-1 CD8 T细胞及其在肿瘤引流淋巴结中的动态变化	免疫学	肺腺癌	单细胞测序	NA	细胞	涉及肿瘤抗原特异性TCF-1 CD8 T细胞的多个样本
14	2024-08-18	Comprehensive investigations revealed consistent pathophysiological alterations after vaccination with COVID-19 vaccines 2021-Oct-26, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-021-00329-3 PMID:34697287	研究论文	本研究报告了在接受灭活SARS-CoV-2疫苗接种的健康志愿者中，除了产生中和抗体外，还观察到血红蛋白A1c、血清钠和钾水平、凝血谱和肾功能的一致性改变	通过单细胞mRNA测序揭示了接种疫苗后免疫细胞类型的基因表达变化，以及NF-κB信号通路的增加和I型干扰素反应的减少	研究主要集中在健康志愿者中，对于有预先存在的临床条件的人群的具体影响需要进一步研究	探讨COVID-19疫苗接种后的生理变化，并评估其对特定人群的影响	健康志愿者接种COVID-19疫苗后的生理变化	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
15	2024-08-18	Large-scale analysis of imprinting in naive human pluripotent stem cells reveals recurrent aberrations and a potential link to FGF signaling 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.09.002 PMID:34597600	研究论文	本文研究了人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达情况，并探讨了其与FGF信号通路的可能关联	首次在大规模样本中分析了原始人类多能干细胞中的印记丢失（LOI）现象，并揭示了不同转化协议导致的LOI程度差异与FGF信号通路的紧密关联	NA	探讨人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达及其与FGF信号通路的关联	原始和激活的人类多能干细胞	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	大量批量和单细胞RNA测序样本
16	2024-08-17	Single-Cell RNA-Seq of T Cells in B-ALL Patients Reveals an Exhausted Subset with Remarkable Heterogeneity 2021-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202101447 PMID:34365737	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者和健康个体的外周血T细胞，发现了患者中具有显著异质性的耗竭T细胞亚群	首次揭示了B-ALL患者中耗竭T细胞的异质性及其亚群特征，并探讨了其可能的起源	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示B-ALL患者中T细胞的功能集群，为免疫治疗和临床反应预测提供策略	B-ALL患者和健康个体的外周血T细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康个体和B-ALL患者的T细胞样本
17	2024-08-17	CD177 modulates the function and homeostasis of tumor-infiltrating regulatory T cells 2021-10-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26091-4 PMID:34599187	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析肾透明细胞癌患者的免疫细胞，发现肿瘤浸润调节T细胞（TI Treg）存在两种不同的转录命运，其中Fate-1与较差的预后相关，并发现CD177在Fate-1 TI Treg细胞上特异性表达，阻断CD177可减少Treg细胞的抑制活性，为TI Treg特异性免疫治疗提供新靶点	首次发现CD177在Fate-1 TI Treg细胞上特异性表达，并揭示其对Treg细胞功能和肿瘤生长的影响	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步在临床试验中验证	探索肿瘤浸润调节T细胞的功能和潜在治疗靶点	肾透明细胞癌患者的免疫细胞及肿瘤浸润调节T细胞	免疫学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	肾透明细胞癌患者
18	2024-08-17	Escape of hair follicle stem cells causes stem cell exhaustion during aging 2021-10, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-021-00103-w PMID:37118327	研究论文	本研究探讨了衰老过程中毛囊干细胞（HF-SCs）耗竭的机制	首次在活体动物中观察到衰老过程中毛囊干细胞的耗竭过程，并揭示了上皮细胞从毛囊干细胞微环境中逃逸的新机制	NA	阐明衰老过程中毛囊干细胞耗竭的机制及其对组织退化的影响	衰老小鼠的毛囊干细胞及其上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	NA	细胞	衰老小鼠
19	2024-08-05	Single-cell transcriptome atlas of the leaf and root of rice seedlings 2021-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2021.06.001 PMID:34340913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了水稻幼苗的叶子和根部的转录组特征	首次构建了水稻幼苗的单细胞转录组图谱，并揭示了细胞类型特异的转录响应与环境刺激之间的关系	目前的研究仅关注于特定的环境胁迫下的转录组特征，可能未涵盖所有可能的应激条件	研究水稻幼苗在不同环境刺激下的单细胞转录组特征及其细胞特异性响应	水稻幼苗的237,431个个体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	237,431个个体细胞
20	2024-08-05	Tissue-specific smooth muscle cell subtypes identified by transcriptional profiling 2021-Oct, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2021.106055 PMID:34411694	研究论文	本文研究了不同组织中特定平滑肌细胞(SMCs)的转录组特征	识别了平滑肌细胞的新亚型并揭示其在不同组织内的功能多样性	研究基于小鼠数据，可能不完全适用于人类	探讨特定平滑肌细胞的转录组特征及其适应性	提取了来源于八种小鼠组织的平滑肌细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	八种小鼠组织的平滑肌细胞样本