单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 220 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-Sep-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25672-7
PMID:34480027
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-08 |
Refined transcriptional blueprint of human preimplantation embryos
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.011
PMID:34478626
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研究论文 | 本文通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术，细化了人类植入前胚胎的转录图谱 | 本文挑战了人类内细胞团的概念，并通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术细化了转录图谱 | NA | 探讨人类植入前胚胎发育过程中谱系特异性精确时间 | 人类植入前胚胎 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录图谱 | NA |
| 123 | 2024-08-08 |
EpiScanpy: integrated single-cell epigenomic analysis
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25131-3
PMID:34471111
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研究论文 | EpiScanpy是一个用于单细胞表观基因组数据分析的工具包，支持单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | EpiScanpy通过构建多个特征空间并使用细胞间的表观基因组距离构建最近邻图，解决了表观基因组数据的特定挑战 | NA | 开发一个集成工具包，用于分析单细胞表观基因组数据，并将其应用于大规模单细胞数据的分析 | 单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq | NA | 表观基因组数据 | 大规模单细胞数据 |
| 124 | 2024-08-08 |
Aging, inflammation and DNA damage in the somatic testicular niche with idiopathic germ cell aplasia
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25544-0
PMID:34471128
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特发性生殖细胞发育不全男性睾丸中不同体细胞类型的差异表达基因和通路 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了特发性生殖细胞发育不全的分子机制，包括莱迪细胞的不成熟、慢性组织炎症、纤维化和体细胞的衰老表型 | NA | 探讨特发性生殖细胞发育不全的分子机制 | 特发性生殖细胞发育不全男性的睾丸体细胞 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 125 | 2024-08-08 |
Machine Learning Approaches on High Throughput NGS Data to Unveil Mechanisms of Function in Biology and Disease
2021 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20284
PMID:34479914
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和数据挖掘（DM）的基本原理，以及从最先进的组学实验中提取知识的技术 | 介绍了最新的机器学习应用，考虑了基因组学的最新成就，揭示了生物学基本机制，以促进对疾病的理解和治疗 | NA | 旨在为科学界提供对主要新颖机器学习应用的深入调查 | 机器学习方法在高通量NGS数据中的应用，以及其在生物学和疾病中的功能机制 | 机器学习 | NA | NGS | 深度神经网络 | 序列数据 | NA |
| 126 | 2024-08-08 |
Foxm1 regulates neural progenitor fate during spinal cord regeneration
2021-09-06, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202050932
PMID:34427977
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研究论文 | 研究通过批量和单细胞RNA测序分析了截肢前后分离的脊髓，揭示了Foxm1转录因子在脊髓再生中的新作用 | 发现了Foxm1在脊髓再生中调控神经前体细胞命运的新角色，而非控制细胞周期长度 | 组织特异性损伤反应的机制仍需进一步研究 | 探究脊髓再生过程中组织特异性反应的分子和细胞机制 | Xenopus蝌蚪的脊髓再生过程 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 截肢前后分离的脊髓样本 |
| 127 | 2024-08-08 |
Quantitative lineage analysis identifies a hepato-pancreato-biliary progenitor niche
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03844-1
PMID:34433966
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研究论文 | 本文结合计算模型和遗传谱系追踪技术，精确重建了肝胰胆系统的谱系树，并揭示了一个多能祖细胞亚群在胰胆器官原基中的持续存在及其在发育中的作用 | 首次通过计算模型和遗传谱系追踪技术，精确重建了肝胰胆系统的谱系树，并定义了一个支持多能祖细胞亚群的特殊微环境 | 尚未完全阐明导致内胚层祖细胞分隔成肝、胆和胰腺结构的精确谱系层次和事件顺序 | 研究肝胰胆系统发育中的细胞可塑性及其对器官生长的影响 | 肝胰胆系统的祖细胞及其在器官发育中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 细胞 | NA |
| 128 | 2024-08-08 |
Collection of cells for single-cell RNA sequencing using high-resolution fluorescence microscopy
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100718
PMID:34401784
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研究论文 | 本文描述了一种使用高分辨率荧光显微镜收集细胞进行单细胞RNA测序的工作流程 | 介绍了VYCAP穿孔系统，该系统克服了FACS在测量亚细胞荧光分布和小样本量方面的局限性 | NA | 开发一种适用于小样本量和亚细胞荧光分布测量的单细胞RNA测序方法 | 人视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 小于1000个细胞 |
| 129 | 2024-08-08 |
A monocyte/dendritic cell molecular signature of SARS-CoV-2-related multisystem inflammatory syndrome in children with severe myocarditis
2021-09-10, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2021.08.002
PMID:34414385
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研究论文 | 本研究通过多参数方法分析了56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞，以更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征（MIS-C）及其导致的心肌炎。 | 单细胞转录组学分析揭示了一种独特的单核细胞/树突状细胞基因特征，与持续的核因子κB（NF-κB）活性和肿瘤坏死因子α（TNF-α）信号传导相关，并伴有NF-κB抑制剂基因表达的降低。 | NA | 更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征（MIS-C）及其导致的心肌炎的病理生理机制。 | 56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞。 | NA | 心肌炎 | 单细胞转录组学分析 | NA | 血液细胞 | 56名儿童 |
| 130 | 2024-08-08 |
Reply to Yan and Muller, "Single-Cell RNA Sequencing Supports Preferential Bioactivation of Remdesivir in the Liver"
2021-09-17, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.01394-21
PMID:34370585
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Supports Preferential Bioactivation of Remdesivir in the Liver
2021-09-17, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.01333-21
PMID:34370586
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-08-08 |
Protocol for executing and benchmarking eight computational doublet-detection methods in single-cell RNA sequencing data analysis
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100699
PMID:34382023
|
研究论文 | 本文开发了一个R包DoubletCollection，用于集成和执行八种双细胞检测方法，并提供统一的接口进行双细胞检测后的下游分析 | DoubletCollection包整合了八种双细胞检测方法的安装和执行，为快速发展的单细胞RNA测序领域提供了灵活性 | NA | 开发和验证用于单细胞RNA测序数据分析的双细胞检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞检测方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 133 | 2024-08-08 |
Hedgehog interacting protein-expressing lung fibroblasts suppress lymphocytic inflammation in mice
2021-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.144575
PMID:34375314
|
研究论文 | 研究探讨了HHIP基因在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，特别是其如何影响肺部炎症 | 首次揭示了HHIP表达的肺成纤维细胞在调节CD8+ T细胞介导的免疫反应中的作用 | 研究仅限于Hhip+/-小鼠模型，可能不完全代表人类COPD的复杂性 | 理解HHIP基因如何影响COPD中的慢性炎症 | Hhip+/-小鼠的肺部细胞 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄的Hhip+/-小鼠的整个肺部 |
| 134 | 2024-08-08 |
Spatial mapping reveals human adipocyte subpopulations with distinct sensitivities to insulin
2021-09-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.07.018
PMID:34380013
|
研究论文 | 本文通过结合空间解析转录组学、单细胞RNA测序和图像分析，揭示了人类白色脂肪组织中具有不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | 首次通过多模态资源揭示了人类白色脂肪组织中存在三种不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | NA | 研究白色脂肪组织中细胞异质性和结构对功能的影响。 | 人类白色脂肪组织中的成熟脂肪细胞亚群及其胰岛素敏感性。 | NA | NA | 空间解析转录组学、单细胞RNA测序、图像分析 | NA | 转录组数据、图像数据 | 18种细胞类别 |
| 135 | 2024-08-08 |
TIPS: trajectory inference of pathway significance through pseudotime comparison for functional assessment of single-cell RNAseq data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab124
PMID:34370020
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TIPS的新方法，用于通过伪时间比较推断通路重要性的轨迹，以评估单细胞RNA测序数据的功能 | TIPS方法利用现有的功能通路和其他基因列表知识库，为生物过程提供进一步的机制洞察 | NA | 开发一种新方法来评估生物通路和转录因子对从单细胞RNA测序数据映射的发育轨迹的贡献 | 单细胞RNA测序数据中的生物通路和转录因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 136 | 2024-08-08 |
COTAN: scRNA-seq data analysis based on gene co-expression
2021-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab072
PMID:34396096
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研究论文 | 本文介绍了一种名为COTAN的统计和计算方法，用于分析单细胞水平上的基因对共表达，为单细胞基因相互作用分析提供基础 | COTAN通过研究零UMI计数的分布而非关注正计数，提供了一种新的相关性指数和一个近似的-值，用于独立性检验 | NA | 开发一种新的方法来准确推断细胞群体中的转录组轮廓 | 单细胞水平的基因共表达 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | 两个神经发育数据集 |
| 137 | 2024-08-08 |
Integrating readout of somatic mutations in individual cells with single-cell transcriptional profiling
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100673
PMID:34337442
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞转录组测序和单细胞扩增子测序的技术，用于在单细胞水平上检测体细胞突变 | 提出了一种新的技术协议，能够同时进行单细胞RNA测序和单细胞扩增子测序，以检测单个细胞中的体细胞突变 | NA | 开发一种新的技术方法，用于在单细胞水平上检测体细胞突变 | CD34+骨髓祖细胞 | 数字病理学 | NA | 10X Chromium技术 | NA | 转录组数据和扩增子数据 | 从人类骨髓抽吸物中分离的CD34+祖细胞 |
| 138 | 2024-08-08 |
Quantification of Age-Related Decline in Transcriptional Homeostasis
2021-09-17, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2021.167179
PMID:34339725
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Homeostatic Divergence Score (HDS)的计算方法，用于量化单细胞中剪接和未剪接mRNA库之间的平衡，从而评估mRNA稳态的程度 | 提出了一种新的计算方法HDS，用于量化mRNA稳态，并通过单细胞RNA测序数据分析年龄相关的转录稳态破坏 | NA | 开发新的计算方法来通过转录组学视角观察衰老过程 | 年龄相关的转录调控机制和mRNA稳态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 两个独立的衰老数据集和人类胚胎干细胞的亚群 |
| 139 | 2024-08-08 |
Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.07.006
PMID:34363749
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研究论文 | 本研究探讨了高血压条件下，心脏驻留巨噬细胞（RMs）及其产生的胰岛素样生长因子-1（Igf1）在适应性心脏生长中的作用 | 首次揭示了心脏驻留巨噬细胞及其产生的Igf1在高血压适应性心脏生长中的绝对必要性 | NA | 研究免疫细胞在高血压适应性心脏保护过程中的作用 | 心脏驻留巨噬细胞及其产生的胰岛素样生长因子-1 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 140 | 2024-08-08 |
A technology of a different sort: microraft arrays
2021-09-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d1lc00506e
PMID:34346456
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综述 | 本文综述了微浮板阵列的发展及其在生物实体选择和分离中的应用 | 微浮板阵列技术简单优雅，可用于从数十到数百万个对象的样本，提供了一个灵活的平台，支持单细胞RNA测序、亚细胞器捕获和检测、高通量筛选、CRISPR基因编辑细胞系开发以及类器官操作和选择等多种应用 | NA | 探讨微浮板阵列在生物医学研究中的应用 | 生物实体如细胞器、细胞和类器官的选择与分离 | 生物医学研究 | NA | 微浮板阵列 | NA | 图像 | 数十到数百万个对象 |