单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 221 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
Learning interpretable cellular and gene signature embeddings from single-cell transcriptomic data
2021-09-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25534-2
PMID:34489404
|
研究论文 | 本文介绍了单细胞嵌入主题模型（scETM），用于从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞和基因特征嵌入 | scETM利用可转移的神经网络编码器和通过矩阵三因子分解的可解释线性解码器，同时学习编码网络以推断细胞类型混合以及一组高度可解释的基因嵌入、主题嵌入和批次效应线性截距 | NA | 解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据大规模整合分析中的批次效应和现有计算方法的局限性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 神经网络 | 转录组数据 | 超过10万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-08 |
Brown adipose tissue monocytes support tissue expansion
2021-09-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25616-1
PMID:34489438
|
研究论文 | 本研究聚焦于单核细胞在棕色脂肪组织（BAT）重塑过程中的特征及其对BAT功能的影响 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了BAT免疫细胞中丰富的单核细胞和巨噬细胞多样性，并发现BAT巨噬细胞池需要单核细胞的不断补充 | NA | 探究单核细胞在棕色脂肪组织重塑中的作用 | 棕色脂肪组织中的单核细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2024-08-08 |
Targeting S1PR1 May Result in Enhanced Migration of Cancer Cells in Bladder Carcinoma
2021-Sep-05, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13174474
PMID:34503284
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研究论文 | 本研究通过分析临床数据库、肿瘤纯度和免疫细胞浸润模拟以及膀胱癌的组织学表型数据库，结合单细胞测序技术，探讨了S1PR1在膀胱癌中的分布和功能 | 首次揭示了S1PR1在膀胱癌中的表达与细胞迁移能力的负相关性，并探讨了FTY-720对膀胱癌细胞转移能力的影响 | 研究主要基于数据库分析和单细胞测序，未进行体内实验验证 | 探究S1PR1在膀胱癌中的表达及其对患者预后的影响 | 膀胱癌组织、正常组织及膀胱癌细胞系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多个临床数据库和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2024-08-08 |
Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03887-4
PMID:34497418
|
研究论文 | 本文介绍了一种单细胞核糖体测序技术，该技术结合机器学习方法，能够在单个细胞水平上实现单密码子分辨率的翻译监测 | 本文开发了一种新的单细胞核糖体测序技术，显著提高了检测灵敏度，并结合机器学习实现了单密码子分辨率 | 尽管技术进步，但在非限制条件下检测到的现象仍需进一步验证和解释 | 研究细胞周期依赖的翻译暂停现象及其对细胞多样性的贡献 | 单细胞中的翻译过程及其与细胞周期的关系 | 基因组学 | NA | 单细胞核糖体测序 | 机器学习 | 序列数据 | 涉及多种细胞类型，包括稀有的初级肠内分泌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-08-08 |
Transcriptional progression during meiotic prophase I reveals sex-specific features and X chromosome dynamics in human fetal female germline
2021-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009773
PMID:34499650
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研究论文 | 本研究通过分析人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据，揭示了女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化 | 首次比较了人类卵母细胞和精母细胞在减数分裂前期的不同阶段，并揭示了性别间的保守和特异性特征 | NA | 研究人类女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化 | 人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome identifies FCGR3B upregulated subtype of alveolar macrophages in patients with critical COVID-19
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103030
PMID:34458692
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研究论文 | 本研究利用大规模单细胞转录组学分析了来自危重COVID-19患者的多种组织样本，并与健康对照组进行比较，鉴定出一种由单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，其相关基因在危重病例的支气管肺泡灌洗液中显著上调 | 本研究首次鉴定出一种特定的单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，可能作为COVID-19的新型生物标志物和潜在治疗靶点 | NA | 揭示疾病机制中的宿主细胞异质性 | 危重COVID-19患者的肺泡巨噬细胞亚型 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个来自危重COVID-19患者的组织样本及健康对照组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2024-08-08 |
Semicoordinated allelic-bursting shape dynamic random monoallelic expression in pregastrulation embryos
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102954
PMID:34458702
|
研究论文 | 本研究探讨了预原肠胚阶段胚胎中动态随机单等位基因表达（aRME）的普遍性和起源 | 首次展示了等位基因爆发并非完全独立，而是以半协调的方式发生，这种半协调的等位基因爆发特别是低爆发频率的基因，导致频繁的异步等位基因爆发，从而促进动态aRME | NA | 研究动态aRME在预原肠胚阶段的普遍性和起源，并探讨其在早期发育中的相关性 | 预原肠胚阶段胚胎中的动态随机单等位基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同谱系的预原肠胚阶段胚胎细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of diffuse large B cells in cerebrospinal fluid of central nervous system lymphoma
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102972
PMID:34471864
|
研究论文 | 研究通过Smart-seq2单细胞RNA测序技术分析了六名中枢神经系统大B细胞淋巴瘤患者的脑脊液中大B细胞的转录组，以探索这些细胞的表型状态 | 研究发现了脑脊液中大B细胞的内在异质性，主要表现在细胞周期状态、癌睾丸抗原表达和基于单细胞生发中心B细胞特征的分类，以及16个上调基因可能与中枢神经系统大B细胞淋巴瘤向软脑膜的归巢效应有关 | NA | 探索中枢神经系统淋巴瘤软脑膜侵犯的诊断和治疗潜力 | 脑脊液中的弥漫性大B细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | Smart-seq2单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过一千个脑脊液中大B细胞样本，来自六名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2024-08-08 |
Annotating cell types in human single-cell RNA-seq data with CellO
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100705
PMID:34458864
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于机器学习的工具CellO，用于使用细胞本体论对人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型进行注释 | CellO利用细胞本体论这一丰富的已知细胞类型层次结构进行细胞类型注释 | NA | 提供一种使用CellO Python包注释人类细胞的方法 | 人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 肺组织数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-08-08 |
Diversity of developing peripheral glia revealed by single-cell RNA sequencing
2021-09-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.08.005
PMID:34469751
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体感背根神经节和听觉螺旋神经节的发育和成熟胶质细胞的多样性 | 发现了胶质前体细胞在体感和听觉系统中的转录组差异，并确定了胶质细胞的特征基因集 | NA | 揭示外周胶质细胞的分子特性和多样性 | 体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome and cell-specific network analysis reveal the reparative effect of neurotrophin-4 in preantral follicles grown in vitro
2021-Sep-04, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-021-00818-w
PMID:34481496
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和细胞特异性网络分析，揭示了神经生长因子-4（NT-4）在体外培养的窦前卵泡中的修复作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合细胞特异性网络分析，揭示了NT-4在窦前卵泡体外生长中的修复机制 | NA | 探讨NT-4在窦前卵泡体外生长中的作用及其机制 | 人类和小鼠的窦前卵泡 | NA | NA | 免疫荧光、Western blot、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的卵巢组织 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-08-08 |
Dual expression of Atoh1 and Ikzf2 promotes transformation of adult cochlear supporting cells into outer hair cells
2021-09-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66547
PMID:34477109
|
研究论文 | 本研究通过同时诱导两个关键转录因子Atoh1和Ikzf2，成功在体内将成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞 | 本研究首次成功在体内诱导成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞，这一成果较之前的方法有更高级的细胞分化状态 | NA | 探索在体内通过支持细胞转分化再生表达Prestin的外毛细胞，以恢复听觉功能 | 成年小鼠耳蜗支持细胞和外毛细胞 | NA | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 729个外毛细胞基因和331个支持细胞基因在转分化细胞中上调或下调 | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2024-08-08 |
Velo-Predictor: an ensemble learning pipeline for RNA velocity prediction
2021-Sep-03, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04330-1
PMID:34479487
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Velo-Predictor的集成学习流程，用于从单细胞RNA测序数据中预测RNA速度 | 首次将RNA速度预测问题形式化为一个监督学习分类问题，并将细胞状态空间按方向划分为等大小的段作为类别 | RNA速度的精确估计仍然是一个挑战，转录和剪接调控的潜在动力学机制尚未完全清楚 | 开发一种有效的RNA速度预测方法，以帮助理解细胞动态变化 | 单细胞RNA测序数据中的RNA速度预测 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 两个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-Sep-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25672-7
PMID:34480027
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-08-08 |
Refined transcriptional blueprint of human preimplantation embryos
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.011
PMID:34478626
|
研究论文 | 本文通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术，细化了人类植入前胚胎的转录图谱 | 本文挑战了人类内细胞团的概念，并通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术细化了转录图谱 | NA | 探讨人类植入前胚胎发育过程中谱系特异性精确时间 | 人类植入前胚胎 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录图谱 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 136 | 2024-08-08 |
EpiScanpy: integrated single-cell epigenomic analysis
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25131-3
PMID:34471111
|
研究论文 | EpiScanpy是一个用于单细胞表观基因组数据分析的工具包，支持单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | EpiScanpy通过构建多个特征空间并使用细胞间的表观基因组距离构建最近邻图，解决了表观基因组数据的特定挑战 | NA | 开发一个集成工具包，用于分析单细胞表观基因组数据，并将其应用于大规模单细胞数据的分析 | 单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq | NA | 表观基因组数据 | 大规模单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-08-08 |
Aging, inflammation and DNA damage in the somatic testicular niche with idiopathic germ cell aplasia
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25544-0
PMID:34471128
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特发性生殖细胞发育不全男性睾丸中不同体细胞类型的差异表达基因和通路 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了特发性生殖细胞发育不全的分子机制，包括莱迪细胞的不成熟、慢性组织炎症、纤维化和体细胞的衰老表型 | NA | 探讨特发性生殖细胞发育不全的分子机制 | 特发性生殖细胞发育不全男性的睾丸体细胞 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-08-08 |
Machine Learning Approaches on High Throughput NGS Data to Unveil Mechanisms of Function in Biology and Disease
2021 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20284
PMID:34479914
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和数据挖掘（DM）的基本原理，以及从最先进的组学实验中提取知识的技术 | 介绍了最新的机器学习应用，考虑了基因组学的最新成就，揭示了生物学基本机制，以促进对疾病的理解和治疗 | NA | 旨在为科学界提供对主要新颖机器学习应用的深入调查 | 机器学习方法在高通量NGS数据中的应用，以及其在生物学和疾病中的功能机制 | 机器学习 | NA | NGS | 深度神经网络 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2024-08-08 |
Foxm1 regulates neural progenitor fate during spinal cord regeneration
2021-09-06, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202050932
PMID:34427977
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研究论文 | 研究通过批量和单细胞RNA测序分析了截肢前后分离的脊髓，揭示了Foxm1转录因子在脊髓再生中的新作用 | 发现了Foxm1在脊髓再生中调控神经前体细胞命运的新角色，而非控制细胞周期长度 | 组织特异性损伤反应的机制仍需进一步研究 | 探究脊髓再生过程中组织特异性反应的分子和细胞机制 | Xenopus蝌蚪的脊髓再生过程 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 截肢前后分离的脊髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-08-08 |
Quantitative lineage analysis identifies a hepato-pancreato-biliary progenitor niche
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03844-1
PMID:34433966
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研究论文 | 本文结合计算模型和遗传谱系追踪技术，精确重建了肝胰胆系统的谱系树，并揭示了一个多能祖细胞亚群在胰胆器官原基中的持续存在及其在发育中的作用 | 首次通过计算模型和遗传谱系追踪技术，精确重建了肝胰胆系统的谱系树，并定义了一个支持多能祖细胞亚群的特殊微环境 | 尚未完全阐明导致内胚层祖细胞分隔成肝、胆和胰腺结构的精确谱系层次和事件顺序 | 研究肝胰胆系统发育中的细胞可塑性及其对器官生长的影响 | 肝胰胆系统的祖细胞及其在器官发育中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |