单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	Adipocyte heterogeneity revealed by spatial transcriptomics of human adipose tissue: Painting and more 2021-09-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2021.08.011 PMID:34496228	研究论文	本文利用空间转录组学技术揭示了人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性	首次通过空间转录组学技术展示了人类脂肪组织的结构，并识别出具有特定代谢特征的不同脂肪细胞亚群	NA	探索人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性及其代谢特征	人类脂肪组织中的脂肪细胞及其亚群	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
102	2024-08-08	SCN2A contributes to oligodendroglia excitability and development in the mammalian brain 2021-09-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109653 PMID:34496232	研究论文	本研究通过单细胞转录组学与全细胞膜片钳记录相结合的方法，探讨了哺乳动物大脑中表达电压激活钠通道和钾通道的未成熟少突胶质细胞（称为放电少突胶质细胞）的分子特征	首次揭示了SCN2A在放电少突胶质细胞中的特异性表达，并阐明了其在少突胶质细胞放电和发育中的关键作用	NA	研究SCN2A在哺乳动物大脑中少突胶质细胞兴奋性和发育中的作用	少突胶质细胞及其前体细胞的分子特征和发育过程	神经科学	NA	单细胞转录组学，全细胞膜片钳记录	NA	转录组数据，电生理数据	小鼠和橄榄狒狒的脑干和 cerebellum 中的少突胶质细胞
103	2024-08-08	Tumor-initiating stem cell shapes its microenvironment into an immunosuppressive barrier and pro-tumorigenic niche 2021-09-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109674 PMID:34496236	研究论文	研究肿瘤起始干细胞（TSCs）与其微环境（TME）之间的相互调控关系，并探讨了化疗放疗（CRT）对肠道腺瘤的影响	发现了TSCs与TME之间的双向交流，并揭示了TSCs如何塑造TME以促进免疫抑制和肿瘤生长	NA	探讨肿瘤起始干细胞与肿瘤微环境之间的相互作用	肿瘤起始干细胞（TSCs）和肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肠道腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
104	2024-08-08	APOΕ4 lowers energy expenditure in females and impairs glucose oxidation by increasing flux through aerobic glycolysis 2021-09-06, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-021-00483-y PMID:34488832	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和稳定同位素解析代谢组学，探讨了APOE4在表达该基因的星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类中的代谢重编程机制。	首次揭示了APOE4在年轻女性中降低能量消耗并损害葡萄糖氧化的机制，表现为增加有氧糖酵解的通量。	研究主要集中在年轻女性和APOE4表达的小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他年龄和性别的人群。	探讨APOE4对大脑葡萄糖代谢的影响及其潜在机制。	星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、稳定同位素解析代谢组学（SIRM）	NA	RNA、代谢物	包括表达APOE4的小鼠和人类的年轻及中年参与者。
105	2024-08-08	Analytic Pearson residuals for normalization of single-cell RNA-seq UMI data 2021-09-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02451-7 PMID:34488842	研究论文	本文探讨了两种用于单细胞RNA-seq UMI数据归一化的统计计数模型之间的理论和实证联系，并比较了它们对下游处理的影响	提出了一个简化的分析解决方案，并发现Hafemeister和Satija模型的过度指定导致参数估计噪声较大，而更简约的模型与Townes等人的模型等价	文章中未明确提及具体的局限性	研究不同归一化方法在单细胞RNA-seq数据处理中的效果	单细胞RNA-seq UMI数据的归一化方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型（GLM）	UMI数据	未具体提及样本数量
106	2024-08-08	Learning interpretable cellular and gene signature embeddings from single-cell transcriptomic data 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25534-2 PMID:34489404	研究论文	本文介绍了单细胞嵌入主题模型（scETM），用于从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞和基因特征嵌入	scETM利用可转移的神经网络编码器和通过矩阵三因子分解的可解释线性解码器，同时学习编码网络以推断细胞类型混合以及一组高度可解释的基因嵌入、主题嵌入和批次效应线性截距	NA	解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据大规模整合分析中的批次效应和现有计算方法的局限性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	转录组数据	超过10万个细胞
107	2024-08-08	Brown adipose tissue monocytes support tissue expansion 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25616-1 PMID:34489438	研究论文	本研究聚焦于单核细胞在棕色脂肪组织（BAT）重塑过程中的特征及其对BAT功能的影响	通过单细胞RNA测序分析揭示了BAT免疫细胞中丰富的单核细胞和巨噬细胞多样性，并发现BAT巨噬细胞池需要单核细胞的不断补充	NA	探究单核细胞在棕色脂肪组织重塑中的作用	棕色脂肪组织中的单核细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
108	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of bloodstream Trypanosoma brucei reconstructs cell cycle progression and developmental quorum sensing 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25607-2 PMID:34489460	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术分析了血液中的布氏锥虫，重建了细胞周期进程和发育群体感应	本研究首次使用单细胞转录组学技术（scRNA-seq）分析了布氏锥虫从复制型'纤细'到可传播型'粗短'的渐进发育过程，并详细描述了生物事件的相对顺序、动态基因表达模式及潜在调控因子	NA	研究布氏锥虫的生命周期中从复制型到非复制型的转变过程	布氏锥虫的细胞周期和发育过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组	8,599个寄生虫样本
109	2024-08-08	Targeting S1PR1 May Result in Enhanced Migration of Cancer Cells in Bladder Carcinoma 2021-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13174474 PMID:34503284	研究论文	本研究通过分析临床数据库、肿瘤纯度和免疫细胞浸润模拟以及膀胱癌的组织学表型数据库，结合单细胞测序技术，探讨了S1PR1在膀胱癌中的分布和功能	首次揭示了S1PR1在膀胱癌中的表达与细胞迁移能力的负相关性，并探讨了FTY-720对膀胱癌细胞转移能力的影响	研究主要基于数据库分析和单细胞测序，未进行体内实验验证	探究S1PR1在膀胱癌中的表达及其对患者预后的影响	膀胱癌组织、正常组织及膀胱癌细胞系	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	多个临床数据库和单细胞测序数据
110	2024-08-08	Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing 2021-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03887-4 PMID:34497418	研究论文	本文介绍了一种单细胞核糖体测序技术，该技术结合机器学习方法，能够在单个细胞水平上实现单密码子分辨率的翻译监测	本文开发了一种新的单细胞核糖体测序技术，显著提高了检测灵敏度，并结合机器学习实现了单密码子分辨率	尽管技术进步，但在非限制条件下检测到的现象仍需进一步验证和解释	研究细胞周期依赖的翻译暂停现象及其对细胞多样性的贡献	单细胞中的翻译过程及其与细胞周期的关系	基因组学	NA	单细胞核糖体测序	机器学习	序列数据	涉及多种细胞类型，包括稀有的初级肠内分泌细胞
111	2024-08-08	Transcriptional progression during meiotic prophase I reveals sex-specific features and X chromosome dynamics in human fetal female germline 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009773 PMID:34499650	研究论文	本研究通过分析人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据，揭示了女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化	首次比较了人类卵母细胞和精母细胞在减数分裂前期的不同阶段，并揭示了性别间的保守和特异性特征	NA	研究人类女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化	人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
112	2024-08-08	Temporal multi-omics identifies LRG1 as a vascular niche instructor of metastasis 2021-Sep, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe6805 PMID:34516824	研究论文	本研究利用内皮细胞的批量和单细胞转录组学以及血清蛋白质组学，追踪了肺转移手术模型中转移性血管微环境的演变	首次揭示了主要肿瘤如何系统性地重新编程身体的血管内皮，以扰乱内环境稳定并为转移性生长预处理血管微环境，并识别出LRG1作为转移的早期指导因子	NA	研究肿瘤细胞与血管壁细胞相互作用的分子本质，并探索其对转移的影响	内皮细胞的基因表达和分泌组，以及LRG1在转移中的作用	数字病理学	肺癌	转录组学，蛋白质组学	NA	基因表达数据，蛋白质数据	NA
113	2024-08-08	Single-cell transcriptome identifies FCGR3B upregulated subtype of alveolar macrophages in patients with critical COVID-19 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103030 PMID:34458692	研究论文	本研究利用大规模单细胞转录组学分析了来自危重COVID-19患者的多种组织样本，并与健康对照组进行比较，鉴定出一种由单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，其相关基因在危重病例的支气管肺泡灌洗液中显著上调	本研究首次鉴定出一种特定的单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，可能作为COVID-19的新型生物标志物和潜在治疗靶点	NA	揭示疾病机制中的宿主细胞异质性	危重COVID-19患者的肺泡巨噬细胞亚型	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个来自危重COVID-19患者的组织样本及健康对照组样本
114	2024-08-08	Semicoordinated allelic-bursting shape dynamic random monoallelic expression in pregastrulation embryos 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102954 PMID:34458702	研究论文	本研究探讨了预原肠胚阶段胚胎中动态随机单等位基因表达（aRME）的普遍性和起源	首次展示了等位基因爆发并非完全独立，而是以半协调的方式发生，这种半协调的等位基因爆发特别是低爆发频率的基因，导致频繁的异步等位基因爆发，从而促进动态aRME	NA	研究动态aRME在预原肠胚阶段的普遍性和起源，并探讨其在早期发育中的相关性	预原肠胚阶段胚胎中的动态随机单等位基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同谱系的预原肠胚阶段胚胎细胞
115	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of diffuse large B cells in cerebrospinal fluid of central nervous system lymphoma 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102972 PMID:34471864	研究论文	研究通过Smart-seq2单细胞RNA测序技术分析了六名中枢神经系统大B细胞淋巴瘤患者的脑脊液中大B细胞的转录组，以探索这些细胞的表型状态	研究发现了脑脊液中大B细胞的内在异质性，主要表现在细胞周期状态、癌睾丸抗原表达和基于单细胞生发中心B细胞特征的分类，以及16个上调基因可能与中枢神经系统大B细胞淋巴瘤向软脑膜的归巢效应有关	NA	探索中枢神经系统淋巴瘤软脑膜侵犯的诊断和治疗潜力	脑脊液中的弥漫性大B细胞	数字病理学	淋巴瘤	Smart-seq2单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过一千个脑脊液中大B细胞样本，来自六名患者
116	2024-08-08	Annotating cell types in human single-cell RNA-seq data with CellO 2021-09-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100705 PMID:34458864	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的工具CellO，用于使用细胞本体论对人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型进行注释	CellO利用细胞本体论这一丰富的已知细胞类型层次结构进行细胞类型注释	NA	提供一种使用CellO Python包注释人类细胞的方法	人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	肺组织数据集
117	2024-08-08	Diversity of developing peripheral glia revealed by single-cell RNA sequencing 2021-09-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.08.005 PMID:34469751	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体感背根神经节和听觉螺旋神经节的发育和成熟胶质细胞的多样性	发现了胶质前体细胞在体感和听觉系统中的转录组差异，并确定了胶质细胞的特征基因集	NA	揭示外周胶质细胞的分子特性和多样性	体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞样本
118	2024-08-08	Single-cell transcriptome and cell-specific network analysis reveal the reparative effect of neurotrophin-4 in preantral follicles grown in vitro 2021-Sep-04, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-021-00818-w PMID:34481496	研究论文	本研究通过单细胞转录组和细胞特异性网络分析，揭示了神经生长因子-4（NT-4）在体外培养的窦前卵泡中的修复作用	首次通过单细胞RNA测序结合细胞特异性网络分析，揭示了NT-4在窦前卵泡体外生长中的修复机制	NA	探讨NT-4在窦前卵泡体外生长中的作用及其机制	人类和小鼠的窦前卵泡	NA	NA	免疫荧光、Western blot、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类和小鼠的卵巢组织
119	2024-08-08	Dual expression of Atoh1 and Ikzf2 promotes transformation of adult cochlear supporting cells into outer hair cells 2021-09-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66547 PMID:34477109	研究论文	本研究通过同时诱导两个关键转录因子Atoh1和Ikzf2，成功在体内将成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞	本研究首次成功在体内诱导成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞，这一成果较之前的方法有更高级的细胞分化状态	NA	探索在体内通过支持细胞转分化再生表达Prestin的外毛细胞，以恢复听觉功能	成年小鼠耳蜗支持细胞和外毛细胞	NA	听力障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	729个外毛细胞基因和331个支持细胞基因在转分化细胞中上调或下调
120	2024-08-08	Velo-Predictor: an ensemble learning pipeline for RNA velocity prediction 2021-Sep-03, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04330-1 PMID:34479487	研究论文	本文提出了一种名为Velo-Predictor的集成学习流程，用于从单细胞RNA测序数据中预测RNA速度	首次将RNA速度预测问题形式化为一个监督学习分类问题，并将细胞状态空间按方向划分为等大小的段作为类别	RNA速度的精确估计仍然是一个挑战，转录和剪接调控的潜在动力学机制尚未完全清楚	开发一种有效的RNA速度预测方法，以帮助理解细胞动态变化	单细胞RNA测序数据中的RNA速度预测	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成学习	基因表达数据	两个真实数据集