单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 220 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-08 |
Reconstructing and counting genomic fragments through tagmentation-based haploid phasing
2021-09-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-97852-w
PMID:34556684
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研究论文 | 本文通过基于标签化的单倍体分型技术，展示了通过新型生物信息学算法重建和计数基因组片段的概念 | 提出了一种新的生物信息学算法，用于检测基因组的离散性质，以准确确定基因拷贝数变化 | 该方法依赖于样本，调用敏感性因样本的倍性而异，并对测序数据中的噪声敏感 | 提高单细胞测序中基因拷贝数变化的准确性，以更好地追踪和理解肿瘤发生 | 癌症细胞的异质性和基因拷贝数变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 82 | 2024-08-08 |
Epicardial differentiation drives fibro-fatty remodeling in arrhythmogenic cardiomyopathy
2021-Sep-22, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abf2750
PMID:34550725
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研究论文 | 本文利用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的心脏培养物、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和移植的人ACM心脏研究了ACM中纤维脂肪重塑的心外膜贡献 | 首次揭示了TFAP2A通过促进上皮间质转化（EMT）介导心外膜分化，从而在ACM中驱动纤维脂肪重塑的关键作用 | NA | 探讨心律失常性心肌病（ACM）中心外膜对纤维脂肪重塑的贡献及其分子机制 | 人诱导多能干细胞衍生的心外膜细胞、单细胞RNA测序数据和ACM患者移植心脏 | 数字病理学 | 心律失常性心肌病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 来自ACM患者和健康供体的人诱导多能干细胞衍生的心外膜细胞及ACM患者移植心脏样本 |
| 83 | 2024-08-08 |
CCR2 deficiency alters activation of microglia subsets in traumatic brain injury
2021-09-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109727
PMID:34551293
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研究论文 | 研究探讨了CCR2缺乏对创伤性脑损伤中微胶质细胞亚群激活的影响 | 使用无偏倚的单细胞RNA测序方法揭示了创伤性脑损伤和正常脑中的25种微胶质细胞、单核/巨噬细胞和树突状细胞亚群，并发现CCR2缺乏的创伤性脑损伤小鼠与野生型创伤性脑损伤小鼠相比，微胶质细胞亚群的转录谱发生改变 | NA | 定义创伤性脑损伤中微胶质细胞和巨噬细胞表型的异质性，并探索CCR2缺乏对这些细胞的影响 | 微胶质细胞和巨噬细胞在创伤性脑损伤中的作用 | NA | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型小鼠和CCR2缺乏小鼠 |
| 84 | 2024-08-08 |
Integrative Transcriptome Profiling Reveals SKA3 as a Novel Prognostic Marker in Non-Muscle Invasive Bladder Cancer
2021-Sep-17, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13184673
PMID:34572901
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研究论文 | 本研究通过综合转录组分析，揭示了SKA3作为非肌肉浸润性膀胱癌的新型预后标志物 | 发现SKA3与非肌肉浸润性膀胱癌的病理生理和不良生存相关，并可能通过抑制其表达来降低膀胱癌进展的风险 | NA | 提高非肌肉浸润性膀胱癌患者临床结果的诊断准确性 | 非肌肉浸润性膀胱癌及其向肌肉浸润性膀胱癌的进展 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个膀胱癌患者队列的公共数据集以及人类肿瘤组织的RNA测序数据 |
| 85 | 2024-08-08 |
Inferring gene regulatory networks from single-cell RNA-seq temporal snapshot data requires higher-order moments
2021-Sep-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2021.100332
PMID:34553172
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研究论文 | 本文探讨了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）时间快照数据推断基因调控网络（GRN）的方法，强调了高阶统计量的重要性 | 提出了一种基于高阶统计量的方法来推断基因调控网络，并强调了数据预处理对保留这些统计量的重要性 | 目前的数据预处理可能无法保留这些统计量，且需要计算密集型的最小化解算器 | 开发一种新的方法来从scRNA-seq数据中推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据和基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 时间快照数据 | NA |
| 86 | 2024-08-08 |
Adapting Gastrointestinal Organoids for Pathogen Infection and Single Cell Sequencing under Biosafety Level 3 (BSL-3) Conditions
2021-09-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/62857
PMID:34570087
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研究论文 | 本文提供了一个全面的协议，用于准备人肠道类器官以感染肠道病原体，并考虑感染侧（顶端 vs. 基底侧）进行单细胞RNA测序，以表征细胞类型特异性的宿主/病原体相互作用。 | 本文创新地提出了在生物安全三级（BSL-3）条件下，通过考虑感染侧来准备人肠道类器官以进行单细胞RNA测序的方法。 | 本文未明确提及研究的具体限制。 | 研究肠道病原体感染的细胞类型特异性宿主/病原体相互作用。 | 人肠道类器官及其对肠道病原体感染的反应。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 未明确提及具体样本数量 |
| 87 | 2024-08-08 |
Identifying Lung Cancer Cell Markers with Machine Learning Methods and Single-Cell RNA-Seq Data
2021-Sep-09, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life11090940
PMID:34575089
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组轮廓的计算方法，用于区分非小细胞肺癌不同病理区域的细胞亚型，并包括一组定性分类标准（生物标志物）和各种规则 | 利用单细胞RNA测序技术和机器学习方法，识别非小细胞肺癌的细胞标志物 | NA | 探索非小细胞肺癌的发病机制并区分其细胞亚型 | 非小细胞肺癌的细胞亚型及其生物标志物 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林分类器和决策树 | 转录组数据 | 720个特征用于随机森林分类器，1880个特征用于决策树 |
| 88 | 2024-08-08 |
Single-cell immune profiling reveals distinct immune response in asymptomatic COVID-19 patients
2021-09-16, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00753-7
PMID:34531370
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和T/B细胞受体测序，分析了无症状COVID-19患者与中度患者的免疫反应差异 | 首次揭示了无症状COVID-19患者与中度患者在免疫反应上的显著差异，包括NK细胞和干扰素-γ的上调以及TCR克隆扩增的增强 | 研究样本量较小，且仅包括外周血单个核细胞样本，可能无法全面反映所有免疫细胞的反应 | 旨在识别无症状与中度COVID-19患者之间的免疫反应差异 | 无症状、中度和重度COVID-19患者以及健康对照组的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序，TCR/BCR测序 | NA | 细胞 | 37份纵向收集的外周血单个核细胞样本 |
| 89 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional heterogeneity and immune subtypes associated with disease activity in human myasthenia gravis
2021-Sep-14, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00314-w
PMID:34521820
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了39,243个细胞的转录组，揭示了与疾病活动相关的人类重症肌无力中的转录异质性和免疫亚型 | 首次通过单细胞测序技术详细分析了重症肌无力患者的细胞转录组，发现了与疾病活动相关的特定细胞亚群 | 研究仅限于新发重症肌无力患者和健康对照，未涉及长期或慢性重症肌无力患者 | 深入理解重症肌无力发病机制中的细胞异质性 | 重症肌无力患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 39,243个细胞 |
| 90 | 2024-08-08 |
Limited access to antigen drives generation of early B cell memory while restraining the plasmablast response
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.017
PMID:34525339
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了小鼠对T依赖性抗原的早期B细胞反应，探讨了早期B细胞激活过程中的细胞命运决定及其对抗原和疫苗反应结果的影响。 | 研究揭示了抗原可及性对早期B细胞记忆生成和浆细胞样细胞反应的调控机制，并发现了非生发中心来源的早期记忆B细胞在免疫反应中的重要作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步在其他物种或人类中验证这些发现。 | 探讨早期B细胞激活过程中的细胞命运决定及其对抗原和疫苗反应结果的影响。 | 小鼠的早期B细胞反应。 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠的B细胞样本 |
| 91 | 2024-08-08 |
Pro-inflammatory and proliferative microglia drive progression of glioblastoma
2021-09-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109718
PMID:34525361
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，全面绘制了胶质母细胞瘤中的细胞群体，并揭示了SETD2突变型胶质母细胞瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用。 | 本研究首次鉴定了一种特定的高级别胶质瘤相关小胶质细胞（HGG-AM），并阐明了其通过TGF-β1激活后表现出促炎和增殖特征，进而促进肿瘤进展的机制。 | NA | 旨在深入理解胶质母细胞瘤微环境及其分子基础，以开发更有效的治疗策略。 | 胶质母细胞瘤中的细胞群体及其相互作用。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 92 | 2024-08-08 |
ASGARD: A Single-cell Guided pipeline to Aid Repurposing of Drugs
2021-Sep-14, ArXiv
PMID:34545335
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研究论文 | 本文提出了一种名为ASGARD的新型药物推荐系统，该系统利用单细胞RNA测序技术来解决细胞间异质性问题，以促进精准医学 | ASGARD通过考虑所有细胞集群来定义一种新的药物评分，以预测药物，从而解决每个患者内部的细胞间异质性问题 | NA | 开发一种新的药物再利用推荐工具，以促进个性化医学 | ASGARD系统在多种疾病中的应用，包括乳腺癌、急性淋巴细胞白血病和COVID-19 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 涉及多种疾病的患者样本，包括三阴性乳腺癌患者样本 |
| 93 | 2024-08-08 |
Understanding the pathogenesis of infectious diseases by single-cell RNA sequencing
2021-Sep-06, Microbial cell (Graz, Austria)
DOI:10.15698/mic2021.09.759
PMID:34527720
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了感染性疾病的发病机制，并讨论了该技术在研究宿主与病原体相互作用中的应用及未来治疗潜力 | 介绍了单细胞RNA测序技术在分析细胞多样性、免疫反应异质性及感染性疾病分子机制中的最新进展 | NA | 揭示感染性疾病的发病机制，并探索新的干预和治疗方法 | 细菌、病毒、真菌和寄生虫引起的感染性疾病 | 数字病理学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 94 | 2024-08-08 |
Applying Machine Learning to Stem Cell Culture and Differentiation
2021-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.261
PMID:34529356
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研究论文 | 本文详细介绍了机器学习技术在干细胞培养和分化中的应用 | 本文首次系统地介绍了机器学习在干细胞研究中的应用，并提供了具体的实例和方法 | NA | 旨在帮助干细胞生物学家理解和设计机器学习工作流程 | 干细胞的培养和分化 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序和基于图像的方法 | 回归、分类和无监督聚类 | 数据 | NA |
| 95 | 2024-08-08 |
Transcriptomic entropy benchmarks stem cell-derived cardiomyocyte maturation against endogenous tissue at single cell level
2021-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009305
PMID:34534204
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研究论文 | 本文通过转录组熵量化多能干细胞（PSC）衍生的心肌细胞（CM）成熟度，并与内源性组织进行单细胞水平的比较 | 开发了一种新的方法来量化PSC衍生的心肌细胞成熟度，通过转录组熵，该方法在不同数据集间具有鲁棒性，不受分离协议、文库准备和其他潜在批次效应的影响 | NA | 建立一个跨研究、跨物种的心肌细胞成熟度参考，并直接比较PSC衍生的心肌细胞与体内发育轨迹 | 多能干细胞衍生的心肌细胞成熟度 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 分析了超过45个scRNA-seq数据集和超过52,000个心肌细胞 |
| 96 | 2024-08-08 |
The establishment of variant surface glycoprotein monoallelic expression revealed by single-cell RNA-seq of Trypanosoma brucei in the tsetse fly salivary glands
2021-09, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009904
PMID:34543350
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了舌蝇唾液腺中布氏锥虫的发育过程，特别是变异表面糖蛋白（VSG）单等位基因表达的建立。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了布氏锥虫在舌蝇唾液腺中VSG单等位基因表达的动态过程，并提出了转录竞赛模型来解释这一现象。 | NA | 深入理解布氏锥虫在舌蝇唾液腺中变异表面糖蛋白单等位基因表达的建立过程。 | 布氏锥虫在舌蝇唾液腺中的发育过程及其变异表面糖蛋白的表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 多个布氏锥虫细胞 |
| 97 | 2024-08-08 |
Current approaches to fate mapping and lineage tracing using image data
2021-09-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198994
PMID:34498046
|
综述 | 本文综述了利用图像数据进行命运图谱和谱系追踪的当前方法 | 结合了光显微镜、标记策略和计算方法分析复杂图像数据的新进展，以及基因组学和单细胞转录组学的强大进步 | NA | 探讨在活体成像数据中进行谱系追踪的不同策略和应用，并概述可应用于各种细胞追踪挑战的软件方法 | 胚胎发育中的细胞谱系 | 计算机视觉 | NA | 光显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 98 | 2024-08-08 |
Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma
2021-09-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00962-3
PMID:34507604
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研究论文 | 本研究通过分析7名结直肠癌（CRC）患者的原发性和转移性肿瘤的批量和单细胞外显子测序数据，揭示了转移性CRC的进化模式 | 单细胞外显子测序（scWES）数据揭示了批量外显子测序（WES）未能检测到的罕见突变，并定义了两种不同的细胞群体，表明原发性和转移性肿瘤细胞之间存在多样的进化轨迹 | NA | 研究结直肠癌的转移机制及其进化模式 | 结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞外显子测序（scWES） | NA | 基因组数据 | 7名结直肠癌患者，其中4名进行了单细胞测序 |
| 99 | 2024-08-08 |
Smoking shifts human small airway epithelium club cells toward a lesser differentiated population
2021-Sep-08, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-021-00237-1
PMID:34497273
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞（SAE）中的杯状细胞亚群 | 揭示了吸烟如何影响人类小气道上皮细胞中杯状细胞的分化，并发现了三种不同的杯状细胞亚群 | NA | 探究吸烟对人类小气道上皮细胞中杯状细胞分化和功能的影响 | 健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞中的杯状细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞样本 |
| 100 | 2024-08-08 |
scRNA-seq of human vitiligo reveals complex networks of subclinical immune activation and a role for CCR5 in Treg function
2021-Sep-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abd8995
PMID:34516831
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了白癜风患者的受影响和未受影响皮肤以及健康对照的皮肤，以确定每种细胞类型在疾病进展中协调自身免疫的作用 | 发现了CCR5在调节T细胞功能中的新作用，并揭示了CCL5-CCR5信号通路在效应CD8 T细胞和调节T细胞之间的化学信号环路 | NA | 探究白癜风的发病机制并发现潜在的治疗干预机会 | 白癜风患者的皮肤细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 白癜风患者和健康对照的皮肤样本 |