单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-08	Discovery and construction of prognostic model for clear cell renal cell carcinoma based on single-cell and bulk transcriptome analysis 2021-Sep, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-21-581 PMID:34733651	研究论文	本研究基于单细胞和批量转录组分析，发现并构建了透明细胞肾细胞癌的预后模型	本研究整合了单细胞和批量转录组数据，发现了两种具有不同生物学特性的透明细胞肾细胞癌亚型及两个潜在的生物标志物，并构建了一个新的预后模型	NA	发现透明细胞肾细胞癌的新生物标志物并构建预后模型	透明细胞肾细胞癌	数字病理学	肾癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	5,933个细胞
62	2024-08-08	Identification of the distinctive role of DPT in dilated cardiomyopathy: a study based on bulk and single-cell transcriptomic analysis 2021-Sep, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-21-2913 PMID:34733953	研究论文	本研究通过批量和单细胞转录组分析，识别了DPT在扩张型心肌病中的独特作用	首次揭示了DPT在扩张型心肌病中的关键作用，并提出了DPT+成纤维细胞作为心脏重塑过程的新调节因子	NA	旨在通过批量和单细胞转录组分析，寻找扩张型心肌病中的潜在关键基因和调节因子	扩张型心肌病中的关键基因和调节因子	数字病理学	心血管疾病	转录组分析	LASSO回归, SVM-RFE, PPI网络	转录组数据	使用了三个微阵列数据集（GSE57338, GSE42955, GSE79962）和一个验证数据集（GSE116250），以及两个单细胞RNA测序数据集（GSE109816和GSE121893）
63	2024-08-08	Improved SNV Discovery in Barcode-Stratified scRNA-seq Alignments 2021-09-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12101558 PMID:34680953	研究论文	本文评估了从单细胞RNA测序数据中通过细胞条形码分割对齐来发现单核苷酸变异（SNV）的信息增益	通过在单细胞水平上对齐数据进行变异调用，识别的SNV数量至少是池化scRNA-seq的两倍，且这些SNV富含新的变异和终止密码子及错义替代	NA	评估从单细胞RNA测序数据中通过细胞条形码分割对齐来发现SNV的信息增益	MCF7细胞系在抗癌治疗期间的数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	公开可用的MCF7细胞系数据
64	2024-08-08	Tutorial: Guidelines for Single-Cell RT-qPCR 2021-09-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10102607 PMID:34685587	教程	本文提供单细胞反转录定量PCR（scRT-qPCR）方法的全面总结，包括单细胞收集方法的局限性、反转录的重要性、预扩增和引物设计的建议，以及数据处理步骤的总结	scRT-qPCR方法适用于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）实验前的有效筛选或高吞吐量方法假设的验证	讨论了单细胞收集方法的局限性	提供scRT-qPCR方法的全面指南，使任何研究人员都能进行高标准的scRT-qPCR测量	单细胞基因表达分析	NA	NA	RT-qPCR	NA	基因表达数据	单细胞
65	2024-08-08	Combining Multiple RNA-Seq Data Analysis Algorithms Using Machine Learning Improves Differential Isoform Expression Analysis 2021-Sep-27, Methods and protocols IF:2.3Q3 DOI:10.3390/mps4040068 PMID:34698224	研究论文	本文开发了一种结合多种RNA测序数据分析算法的新方法，利用机器学习技术提高差异性剪接表达分析的准确性	提出了一种新的综合方法，通过机器学习技术整合多种算法，以提高差异性剪接表达分析的性能	NA	旨在提高RNA测序数据中差异性剪接表达分析的准确性	RNA测序数据中的差异性剪接表达	机器学习	NA	RNA-Seq	机器学习	RNA测序数据	基于多种生物的模拟数据
66	2024-08-08	Cell-Cell Communication Networks in Tissue: Toward Quantitatively Linking Structure with Function 2021-Sep, Current opinion in systems biology IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.coisb.2021.05.002 PMID:34693081	综述	本文综述了利用前沿技术如多重组织成像、活体显微镜和单细胞RNA测序等，量化细胞类型丰度、共定位及受体和配体全局水平的方法，并探讨了构建计算模型以更全面理解细胞间通信网络动态运作的重要性	强调了将高级统计方法与低级物理化学机制结合的潜在价值	目前仍难以将这些量化数据转化为对细胞间通信网络动态运作的更全面理解	旨在通过构建计算模型，更全面地理解细胞间通信网络的功能	细胞间通信网络在组织中的动态运作	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像	NA
67	2024-08-08	Heterogeneity of Circulating Tumor Cell Neoplastic Subpopulations Outlined by Single-Cell Transcriptomics 2021-Sep-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194885 PMID:34638368	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法分析了转移性乳腺癌患者循环肿瘤细胞（CTCs）的异质性	本研究首次通过单细胞转录组学方法识别了CTCs中的多种免疫细胞群和具有独特基因表达特征的细胞群	研究仅涉及三名转移性乳腺癌患者，样本量较小	揭示循环肿瘤细胞的异质性和转移倾向，以改进治疗策略	转移性乳腺癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	三名转移性乳腺癌患者
68	2024-08-08	Clinical Significance of Circulating Tumor Cell Induced Epithelial-Mesenchymal Transition in Patients with Metastatic Colorectal Cancer by Single-Cell RNA-Sequencing 2021-Sep-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194862 PMID:34638346	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨循环肿瘤细胞（CTCs）在转移性结直肠癌（mCRC）患者中的表型特征及其临床意义	首次在单细胞水平上使用RNA测序技术对mCRC中的CTCs进行表征，并探讨了EMT相关基因表达的CTCs的预后价值	研究样本量较小，仅涉及27名mCRC患者	验证通过单细胞RNA测序技术检测和分离单个CTCs的能力，并识别其在单个CTC水平上的临床意义	转移性结直肠癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	27名转移性结直肠癌患者
69	2024-08-08	Complex Organ Construction from Human Pluripotent Stem Cells for Biological Research and Disease Modeling with New Emerging Techniques 2021-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms221910184 PMID:34638524	综述	本文综述了利用人多能干细胞（hPSCs）构建复杂器官及其在疾病模型和药物发现中的应用	介绍了新兴技术如三维类器官、生物工程和器官芯片技术在构建多细胞组织和功能器官中的应用，以及单细胞转录组学、空间转录组学和人工智能在分析复杂组织中的作用	文章未明确提及具体的研究局限	探讨利用hPSCs构建复杂器官及其在生物研究和疾病模型中的应用前景	人多能干细胞（hPSCs）及其衍生的复杂器官	生物工程	NA	三维类器官技术、器官芯片技术、单细胞转录组学、空间转录组学、人工智能	NA	细胞	NA
70	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unravels alterations of the human spermatogonial stem cell compartment in patients with impaired spermatogenesis 2021-09-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100395 PMID:34622232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了在精子发生受损的患者中，人类精原干细胞隔室的改变	发现了精原干细胞隔室中的主要改变，包括最未分化精原细胞数量的增加和转录因子表达的改变	NA	探索正常和受损精子发生中人类生殖细胞功能的调控机制	人类精原干细胞隔室在精子发生受损患者中的改变	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过30,000个细胞
71	2024-08-08	A harmonized atlas of mouse spinal cord cell types and their spatial organization 2021-09-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25125-1 PMID:34588430	研究论文	本文基于单细胞转录组数据生成小鼠脊髓细胞类型图谱，整合现有数据集到一个共同的参考框架中	首次整合了小鼠脊髓细胞类型的单细胞RNA测序数据，并开发了一个开源的细胞类型分类器SeqSeek	NA	研究小鼠脊髓细胞类型的分子多样性和空间组织	小鼠脊髓细胞类型及其基因表达特征和分子组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
72	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals markers of disease progression in primary cutaneous T-cell lymphoma 2021-09-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-021-01419-2 PMID:34583709	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了原发性皮肤T细胞淋巴瘤中疾病进展的标志物	发现了与疾病进展相关的特定生物标志物面板，这些标志物的表达变化可能解释了晚期MF临床表型的转变	NA	揭示原发性皮肤T细胞淋巴瘤中疾病进展的生物标志物	早期和晚期MF患者的皮肤样本，以及非病变MF和健康对照皮肤	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
73	2024-08-08	Multi-species single-cell transcriptomic analysis of ocular compartment regulons 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25968-8 PMID:34584087	研究论文	本文构建了人类和小猪眼部的首个单细胞图谱，并研究了视网膜的种间差异，识别了虹膜组织中的假定成体干细胞，创建了眼部各部分疾病相关的基因图谱，并探讨了不同细胞群的调控网络。	首次构建了人类和小猪眼部的单细胞图谱，识别了虹膜中的假定成体干细胞，创建了眼部疾病基因图谱，并揭示了眼部细胞类型间的独特信号传导。	NA	研究跨物种视网膜的整合性研究，并探讨眼部不同细胞群的调控网络。	人类和小猪的眼部组织，特别是视网膜和虹膜。	数字病理学	眼部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类和小猪的眼部组织样本
74	2024-08-08	Confronting false discoveries in single-cell differential expression 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25960-2 PMID:34584091	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学中差异表达分析方法的性能及其对生物学重复变异的考虑	揭示了不同方法在考虑生物学重复变异方面的差异，并指出了广泛使用的方法在缺乏生物学差异时可能产生大量假阳性的问题	文章未明确提及具体的方法局限性	旨在阐明单细胞差异表达分析中统计方法的性能和区分原则	研究对象为受伤的小鼠脊髓中的差异表达基因	单细胞转录组学	NA	差异表达分析	NA	转录组数据	研究未明确提及样本数量
75	2024-08-08	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本研究利用MMTV-PyMT小鼠模型，通过转录组分析探讨了转移性乳腺癌细胞的异质性及其对器官趋向性的影响	本研究采用单细胞RNA测序技术，揭示了基于组织依赖性微环境和克隆异质性的表达谱，以及可能促进亚克隆进化和治疗逃避的转录组	NA	研究旨在通过转录组分析深入理解乳腺癌转移的机制，并探索新的治疗途径	转移性乳腺癌细胞及其转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从10只雌性MMTV-PyMT小鼠中采集的器官来源的转移性细胞系
76	2024-08-08	Integration and gene co-expression network analysis of scRNA-seq transcriptomes reveal heterogeneity and key functional genes in human spermatogenesis 2021-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-98267-3 PMID:34580317	研究论文	本研究通过整合多个正常生精过程的scRNA-seq数据集，分析了超过33,000个睾丸细胞的单细胞转录组，以揭示人类精子发生过程中的细胞异质性和关键功能基因	本研究首次整合多个scRNA-seq数据集，通过加权基因共表达网络分析揭示了精子发生过程中不同阶段的关键基因，为男性不育提供了新的见解	NA	揭示人类精子发生过程中的细胞异质性和关键功能基因	人类精子发生过程中的睾丸细胞	数字病理学	男性不育	scRNA-seq	NA	转录组数据	超过33,000个睾丸细胞
77	2024-08-08	Nuclei Isolation from Adult Mouse Kidney for Single-Nucleus RNA-Sequencing 2021-09-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/62901 PMID:34605813	研究论文	本文介绍了一种从成年小鼠肾脏中分离细胞核并进行单核RNA测序的方法	该方法避免了传统酶解组织分离方法的局限，如需要新鲜组织、引入转录应激反应以及过度代表肾皮质细胞等问题	NA	旨在改进肾脏研究中单细胞转录组学的标准化方法	成年小鼠肾脏细胞核	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	RNA	从包含皮质、外髓和内髓的中央小鼠肾脏部分分离的细胞核
78	2024-08-08	Synthesized HMGB1 peptide attenuates liver inflammation and suppresses fibrosis in mice 2021-Sep-27, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-021-00177-4 PMID:34565478	研究论文	本文评估了合成HMGB1肽对CCl诱导的肝硬化小鼠模型的治疗效果，发现其能减轻肝脏炎症并抑制纤维化	提出了一种新的无细胞治疗方法，使用HMGB1肽诱导抗炎巨噬细胞，用于治疗肝硬化	体外分析未能证实HMGB1肽对单核细胞/巨噬细胞的直接影响	评估HMGB1肽对肝纤维化的治疗效果	CCl诱导的肝硬化小鼠模型	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	组织	小鼠
79	2024-08-08	Single cell RNA-seq data and bulk gene profiles reveal a novel signature of disease progression in multiple myeloma 2021-Sep-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-021-02190-6 PMID:34563174	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据和批量基因表达谱，揭示了多发性骨髓瘤（MM）发展过程中的新型分子特征	本文建立了一个20基因的特征，作为MM的独立生物标志物，并成功预测了接受硼替佐米治疗患者的临床结果	NA	揭示多发性骨髓瘤发展的分子机制	多发性骨髓瘤细胞的转录组	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	597个细胞
80	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveal DHX9 in mature B cell as a dynamic network biomarker before lymph node metastasis in CRC 2021-Sep-24, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2021.06.004 PMID:34553035	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了成熟B细胞中的DHX9在结直肠癌（CRC）淋巴结转移前的动态网络生物标志物作用	首次发现DHX9在成熟B细胞中作为CRC淋巴结转移前的关键动态网络生物标志物	NA	开发预测性生物标志物，以检测CRC淋巴结转移前成熟B细胞的关键转变点	结直肠癌患者的邻近组织中的成熟B细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	动态网络生物标志物（DNB）方法	转录组数据	725个来自结直肠癌的B细胞