单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 220 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Monitoring Cellular Movement with Photoconvertible Fluorescent Protein and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cutaneous Group 2 Innate Lymphoid Cell Subtypes, Circulating ILC2 and Skin-Resident ILC2
2021-Sep, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100035
PMID:34909732
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研究论文 | 本研究通过使用光可转换荧光蛋白和单细胞RNA测序技术，监测细胞运动并揭示了皮肤中第2组先天淋巴细胞（ILC2）的亚型，包括循环ILC2和皮肤常驻ILC2 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤ILC2分为循环ILC2和皮肤常驻ILC2两个集群，并使用光可转换荧光蛋白追踪ILC2的迁移 | NA | 研究ILC2在皮肤炎症中的迁移动态及其亚型 | 皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞 | 数字病理学 | 皮肤炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | IL33tg小鼠的皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneous lncRNA Expression in Xenografted Triple-Negative Breast Cancer Cells
2021-Sep-30, Biology
DOI:10.3390/biology10100987
PMID:34681087
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了异种移植的三阴性乳腺癌细胞中长非编码RNA（lncRNA）表达的异质性 | 首次在单细胞水平上研究了三阴性乳腺癌细胞中lncRNA的表达异质性，并探讨了lncRNA作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性 | lncRNA表达不足以定义细胞亚群，且lncRNA的表达模式高度异质性 | 探索三阴性乳腺癌肿瘤异质性，并研究lncRNA表达在不同细胞亚群中的变化 | 三阴性乳腺癌细胞中的lncRNA表达 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 每个细胞检测到25个lncRNA的中位数 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Single-cell landscape of nuclear configuration and gene expression during stem cell differentiation and X inactivation
2021-09-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02432-w
PMID:34579774
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序、ATAC测序和Hi-C技术，研究了小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化 | 首次整合了来自三种模态的高通量单细胞数据，即单细胞RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C，以追踪小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的变化 | NA | 研究小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化 | 小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、ATAC测序、Hi-C | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、3D染色体结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Dissecting transition cells from single-cell transcriptome data through multiscale stochastic dynamics
2021-09-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25548-w
PMID:34556644
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research paper | 本文介绍了一种名为MuTrans的方法，通过多尺度简化技术从单细胞转录组数据中识别细胞命运转换的潜在随机动力学 | MuTrans方法通过迭代统一多尺度的转换动力学，构建了描述细胞状态转换进程的细胞命运动力学流形，并区分稳定细胞和过渡细胞 | NA | 研究具有瞬态特性或混合身份的细胞，并从单细胞转录组数据中检测细胞状态转换 | 单细胞转录组数据中的过渡细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 五个不同的单细胞实验平台的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
SCReadCounts: estimation of cell-level SNVs expression from scRNA-seq data
2021-Sep-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07974-8
PMID:34551708
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCReadCounts的工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的单核苷酸变异（SNV）表达 | SCReadCounts能够生成包含绝对变异和参考携带读取计数的细胞-SNV矩阵，以及适用于各种下游应用的表达变异等位基因分数（VAFRNA）矩阵 | NA | 开发一种工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的SNV表达 | 单细胞RNA测序数据中的SNV表达 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 59,884个细胞来自七个神经母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Reconstructing aspects of human embryogenesis with pluripotent stem cells
2021-09-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25853-4
PMID:34548496
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研究论文 | 本文使用扩展的多能干细胞（EPSCs）在三维环境中模拟人类早期胚胎发育，并定义了一种协议来生成自组织囊状结构。 | 本文首次使用EPSCs生成模拟人类早期胚胎发育的自组织囊状结构，并通过单细胞RNA测序揭示了与胚胎发育相关的细胞亚群。 | 生成的囊状结构在某些关键标记和信号传导途径上与自然囊胚存在显著差异。 | 旨在理解人类胚胎发育的机制，并设计基于干细胞的胚胎发育模型。 | 人类早期胚胎发育及其在干细胞模型中的模拟。 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
The Clonal Expansion Dynamics of the HIV-1 Reservoir: Mechanisms of Integration Site-Dependent Proliferation and HIV-1 Persistence
2021-09-17, Viruses
DOI:10.3390/v13091858
PMID:34578439
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研究论文 | 本文探讨了HIV-1潜伏库的克隆扩展动力学，特别是整合位点依赖性增殖机制及其对HIV-1持久性的影响 | 首次揭示了HIV-1整合位点与特定癌症相关基因的关系，以及HIV-1通过插入突变驱动感染细胞增殖的机制 | 文章未详细讨论CRISPR-mediated抑制HIV-1 promoter的具体方法及其在临床应用中的可行性 | 研究HIV-1潜伏库的克隆扩展机制，探索抑制HIV-1转录和阻止感染细胞克隆扩展的治疗方法 | HIV-1整合位点、潜伏库的克隆扩展、癌症相关基因表达 | NA | HIV/AIDS | 单细胞转录组分析, CRISPR | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Troy/Tnfrsf19 marks epidermal cells that govern interfollicular epidermal renewal and cornification
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.007
PMID:34358453
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研究论文 | 本文识别了Troy作为人类和小鼠表皮中IFE和HF漏斗部基底层细胞的标记物，并通过遗传谱系追踪实验证明了Troy表达的基底细胞对角质化上皮层的长期更新有贡献。 | 首次确定了Troy作为IFE和HF漏斗部基底层细胞的特异性标记物，并证实了这些细胞具有干细胞特性及其分化能力。 | NA | 确定Troy作为表皮基底细胞的标记物，并研究其在表皮更新和角质化中的作用。 | 人类和小鼠的表皮细胞，特别是IFE和HF漏斗部的基底层细胞。 | NA | NA | 单细胞转录组学和类器官分析 | NA | 细胞 | 涉及人类和小鼠的表皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
2021-Sep-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07930-6
PMID:34521337
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research paper | 本文研究了单细胞RNA测序数据预处理管道对聚类质量的影响，比较了kallisto伪比对器与10X Genomics的Cell Ranger管道的效果。 | 采用kallisto伪比对器处理单细胞测序数据，提高了序列读取比对率和总基因检测率，特别是在非人类和小鼠数据集中，显著提升了细胞类型的识别质量。 | 研究主要集中在22个公开的单细胞测序数据集上，可能未涵盖所有可能的生物体和组织类型。 | 探讨不同预处理管道对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响。 | 22个来自8种不同生物体多种组织的公开单细胞测序数据集。 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 22个单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from acute Kawasaki disease patients
2021-09-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25771-5
PMID:34521850
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性川崎病患者的周围血单个核细胞，并探讨了免疫反应的变化及其潜在的生物学过程。 | 首次通过单细胞RNA测序全面揭示了急性川崎病患者免疫细胞的转录组变化，特别是在单核细胞和B细胞中的差异表达基因。 | 研究样本量较小，仅包括7名急性川崎病患者和3名健康对照，可能影响结果的普遍性。 | 旨在深入理解急性川崎病的免疫反应及其治疗机制。 | 急性川崎病患者的周围血单个核细胞及其在治疗前后的变化。 | 数字病理学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名急性川崎病患者和3名年龄匹配的健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Multipotent progenitors and hematopoietic stem cells arise independently from hemogenic endothelium in the mouse embryo
2021-09-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109675
PMID:34525376
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研究论文 | 本研究通过克隆分析和单细胞转录组学方法，证明了在小鼠胚胎早期，具有造血干细胞（HSC）潜力的稀有内皮细胞（HE）与具有多系造血潜力的更丰富的HE是不同的 | 本研究提出了一个修订的发育性造血模型，其中多能祖细胞和HSC最初从具有不同表型和转录特征的HE独立产生 | NA | 探究在小鼠胚胎发育过程中，多能祖细胞和造血干细胞是否从共同的内皮细胞（HE）产生 | 小鼠胚胎中的内皮细胞（HE）及其分化出的多能祖细胞和造血干细胞（HSC） | 血液学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
RCA2: a scalable supervised clustering algorithm that reduces batch effects in scRNA-seq data
2021-09-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab632
PMID:34320202
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RCA2的可扩展监督聚类算法，该算法能有效减少scRNA-seq数据中的批次效应 | RCA2是首个结合参考投影（提高批次效应稳健性）和基于图的聚类（提高可扩展性）的算法，并提供了一个用户友好的框架，集成了多种常用的下游分析模块 | NA | 开发一种能有效减少批次效应并适用于大规模单细胞数据集的监督聚类算法 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 基于图的聚类算法 | 转录组数据 | 涉及人类骨髓、健康PBMCs及COVID-19患者PBMCs的单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Modelling the impact of decidual senescence on embryo implantation in human endometrial assembloids
2021-09-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69603
PMID:34487490
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研究论文 | 研究通过建立和表征子宫内膜集合体，探讨了基底蜕膜化对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 首次展示了急性衰老在腺上皮中驱动多种典型植入因子的分泌，而在基质中则调节抗炎蜕膜细胞和促炎衰老蜕膜细胞的出现 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异 | 探究蜕膜衰老对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 子宫内膜集合体，包括腺体样类器官和初级基质细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 多个子宫内膜集合体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Single-cell genome sequencing of protozoan parasites
2021-09, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.05.013
PMID:34172399
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研究论文 | 本文介绍了针对寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫的单细胞基因组测序方法及其在理解寄生虫生物学中的应用 | 开发并定制了针对特定宿主-寄生虫系统的单细胞测序方法，能够解析复杂寄生虫群体中的遗传多样性和亲缘关系，并捕捉从头开始的遗传变异 | 大多数寄生虫基因组测序研究集中于由数百万细胞组成的批量样本，这偏向于主导基因型，掩盖了细胞间的变异和稀有变异 | 探讨单细胞测序技术在寄生原生动物基因组研究中的应用 | 寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the ascending aortas of normal and high-fat diet-fed mice
2021-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-021-00671-2
PMID:34548614
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉中的细胞异质性 | 首次全面评估了高脂饮食下升主动脉的细胞异质性和细胞组成 | NA | 阐明升主动脉的细胞组成性质和范围，增进对主动脉炎症疾病发展和进展的理解 | 正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 24,001个升主动脉细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in Drosophila: Technologies and applications
2021-09, Wiley interdisciplinary reviews. Developmental biology
DOI:10.1002/wdev.396
PMID:32940008
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在果蝇中的应用及其技术方法和生物学应用 | 单细胞RNA测序技术的发展使得其在生物医学实验室中变得经济可行且实验上实用 | 讨论了当前使用单细胞RNA测序技术在果蝇中进行研究的挑战和未来机遇 | 总结近期在果蝇中进行的单细胞RNA测序研究，并探讨其技术方法和生物学应用 | 果蝇作为研究组织发育、成体细胞功能、疾病和衰老的细胞和分子机制的模型生物 | 转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
ATR Inhibition Induces CDK1-SPOP Signaling and Enhances Anti-PD-L1 Cytotoxicity in Prostate Cancer
2021-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1010
PMID:34168048
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研究论文 | 本研究探讨了ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法联合使用在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的分子机制 | 发现ATR抑制剂直接抑制ATR-CHK1信号通路，激活CDK1-SPOP轴，导致PD-L1蛋白不稳定，从而增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | NA | 揭示ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法在CRPC中的相互作用机制，为临床试验提供依据 | 去势抵抗性前列腺癌细胞和模型 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了前列腺癌细胞系和同基因的雄激素不敏感前列腺癌模型 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Multi-resolution characterization of molecular taxonomies in bulk and single-cell transcriptomics data
2021-09-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab552
PMID:34226941
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研究论文 | 本文介绍了一种名为K2Taxonomer的新型无监督递归分区算法及其相关的R包，该算法利用集成学习在类似分类结构的层次中识别稳健的子组 | K2Taxonomer算法能够适应不同的数据范式，适用于批量和单细胞转录组学以及其他‘组学’数据的分析 | NA | 开发一种新算法以在大型生物医学项目中高效识别分子亚型 | 批量和单细胞转录组学数据 | 组学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 集成学习 | 转录组数据 | 包括模拟数据和人类组织数据，具体样本数量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Dysbalance of ACE2 levels - a possible cause for severe COVID-19 outcome in COPD
2021-09, The journal of pathology. Clinical research
DOI:10.1002/cjp2.224
PMID:33978304
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研究论文 | 研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）患者中ACE2及其相关辅助因子的表达水平，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2感染的风险 | 首次揭示了COPD患者肺组织中ACE2和TMPRSS2表达增加，同时循环sACE2水平降低，这些变化可能增加COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性 | 研究未涉及这些变化与肺部血流动力学变化之间的关联 | 探究COPD患者中ACE2及其相关辅助因子的表达变化及其对SARS-CoV-2感染的影响 | COPD、特发性肺动脉高压（IPAH）和肺纤维化（PF）患者的肺组织样本及健康对照组样本 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 定量PCR、酶联免疫吸附试验、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | COPD患者28例，IPAH患者10例，PF患者10例，健康对照组10例 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Marginating transitional B cells modulate neutrophils in the lung during inflammation and pneumonia
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210409
PMID:34313733
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，发现肺循环中存在八种具有独特基因调控网络的IgM+ B细胞亚群，主要由过渡型1 B和过渡型2 B（T2B）细胞主导，并揭示了T2B细胞在肺部炎症期间通过脂氧素A4（LXA4）调节中性粒细胞反应的机制。 | 首次揭示了过渡型IgM+ B细胞在肺部炎症中的调节作用，特别是T2B细胞通过CD49e、CXCL13和CXCR5在肺毛细血管中边缘化，并通过脂氧素A4（LXA4）减轻过度中性粒细胞炎症。 | NA | 研究肺部炎症和肺炎期间过渡型B细胞对中性粒细胞的调节作用。 | 过渡型IgM+ B细胞及其在肺部炎症中的作用机制。 | 免疫学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个IgM+ B细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |