单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 221 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-02 |
The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements
2021-Sep, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12750
PMID:34473348
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研究论文 | 本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素 | 首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型 | 仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育 | 验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性 | 脊髓的发育过程及其分子机制 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-26 |
Definitive hematopoietic stem cells minimally contribute to embryonic hematopoiesis
2021-09-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109703
PMID:34525360
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学和谱系追踪方法，探讨了造血干细胞在胚胎造血中的贡献及其功能特性 | 定义了区分新生造血干细胞与胚胎血祖细胞的基因特征，并发现造血干细胞在胚胎发育阶段的淋巴骨髓贡献显著延迟 | NA | 揭示新生造血干细胞的自更新能力和分化延迟特性，以及造血干细胞独立胚胎祖细胞在发育造血中的作用 | 造血干细胞及其在胚胎造血中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-26 |
Chromosomal instability accelerates the evolution of resistance to anti-cancer therapies
2021-09-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.009
PMID:34352222
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研究论文 | 研究探讨了染色体不稳定性（CIN）如何促进肿瘤细胞对癌症疗法的抗性发展 | 发现短暂的CIN可以重复性地加速肿瘤细胞对癌症疗法的抗性获取，并揭示了这种抗性发展与特定染色体丢失事件相关 | 研究主要在细胞水平进行，尚未在临床样本中验证这些发现 | 探究染色体不稳定性如何影响肿瘤细胞对癌症疗法的抗性 | 人类肿瘤细胞及其对不同抗癌疗法的反应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-19 |
Implications of Intratumor Heterogeneity on Consensus Molecular Subtype (CMS) in Colorectal Cancer
2021-Sep-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13194923
PMID:34638407
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建算法，用于确定结直肠癌中单细胞共识分子亚型（CMS）的分类，并探讨其在肿瘤和非肿瘤细胞中的分布 | 开发了一种单细胞CMS分配算法，能够重现所有四种CMS的内在生物学特性 | 研究样本量较小，仅包括10个单细胞RNA测序数据集和3232个批量RNA测序数据集 | 探讨肿瘤内异质性对结直肠癌共识分子亚型（CMS）的影响 | 结直肠癌的共识分子亚型（CMS）及其在单细胞水平上的分布 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNASeq） | 算法 | RNA测序数据 | 3232个批量RNA测序数据集和10个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-16 |
High-throughput RNA sequencing of paraformaldehyde-fixed single cells
2021-09-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25871-2
PMID:34561439
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FD-seq的高通量方法，用于固定、通透和分选的单细胞的液滴RNA测序，适用于甲醛固定的细胞。 | FD-seq方法在固定和通透处理后能保持RNA完整性和相对基因表达水平，且能检测到比甲醇固定更多的基因和转录本。 | NA | 开发一种新的高通量单细胞RNA测序方法，以克服现有方法在处理甲醛固定细胞时的限制。 | 甲醛固定的单细胞，特别是支持人类肿瘤病毒KSHV裂解再激活的稀有细胞亚群和感染人类冠状病毒OC43的细胞。 | 基因组学 | 肿瘤病毒感染 | RNA测序 | NA | RNA | 文中未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-16 |
Fifty Generations of Amitosis: Tracing Asymmetric Allele Segregation in Polyploid Cells with Single-Cell DNA Sequencing
2021-Sep-17, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms9091979
PMID:34576874
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研究论文 | 研究利用单细胞全基因组测序技术，追踪多倍体细胞中不对称等位基因分离的现象，特别是在50次无丝分裂后的情况 | 首次使用单细胞全基因组测序技术研究无丝分裂对等位基因分离的影响，并通过数学模型验证实验结果 | 研究依赖于特定生物模型和特定的基因组特征，可能限制了结果的普遍性 | 探讨无丝分裂在生物医学和进化生物学中的意义 | 多倍体细胞中的不对称等位基因分离 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | 数学模型 | 基因组数据 | 涉及多个细胞样本，具体数量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-05 |
A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples
2021-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00748-9
PMID:33349700
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研究论文 | 本文比较了不同技术和实验室生成的单细胞RNA测序数据集 | 提出了在选择算法以实现准确生物解释方面的指导 | 尽管结果具有较高的可重复性，但可能在不同平台的算法选择上仍存在挑战 | 旨在优化单细胞RNA测序研究中的平台和软件选择 | 使用乳腺癌细胞和B细胞作为参考样本进行比较 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个来源的细胞样本，包括乳腺癌细胞和B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-05 |
Preparation of single cell suspensions enriched in mouse brain vascular cells for single-cell RNA sequencing
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100715
PMID:34401781
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研究论文 | 本文建立了用于小鼠大脑血管细胞的单细胞RNA测序的细胞分离程序 | 创新性在于提供了一种高效的细胞分离方法以获取高质量的脑血管细胞 | 未提及具体的实验条件和样本来源的限制 | 研究目标是改善脑血管细胞的分离与表征以进行转录组分析 | 研究对象为小鼠脑血管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-05 |
Lentiviral vectors transduce lung stem cells without disrupting plasticity
2021-Sep-03, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2021.06.010
PMID:34458011
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研究论文 | 本研究探讨了逆转录病毒载体在不影响气道干细胞功能的情况下转导肺干细胞。 | 该研究首次证明了逆转录病毒载体转导不会改变气道干细胞的可塑性与功能。 | 研究主要针对人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的细胞，可能不适用于其他类型的肺病。 | 探讨病毒载体转导或治疗转基因的异位表达是否会影响气道干细胞的功能。 | 研究对象为来自人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 逆转录病毒载体 | NA | 细胞文化 | 来自囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
VEGA is an interpretable generative model for inferring biological network activity in single-cell transcriptomics
2021-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26017-0
PMID:34584103
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研究论文 | 本文介绍了一种新的稀疏变分自编码器架构VEGA，通过用户提供的基因模块映射解码器连接，增强了生物网络活动的可解释性 | VEGA通过其解码器结构反映用户提供的基因模块，为潜在变量提供了直接的可解释性 | NA | 旨在通过VEGA模型提供对单细胞转录组学数据分析的生物学见解 | 生物网络活动在单细胞转录组学中的应用 | 机器学习 | NA | 变分自编码器 | 变分自编码器 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Applications of high-resolution clone tracking technologies in cancer
2021-Sep, Current opinion in biomedical engineering
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.cobme.2021.100317
PMID:34901584
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综述 | 本文综述了利用可遗传条形码标签进行高分辨率、定量克隆追踪的技术及其在癌症细胞异质性和治疗抗性研究中的应用 | 介绍了将条形码特定功能与单细胞RNA测序、克隆细胞分离及原位杂交和成像相结合的最新进展 | NA | 探讨高分辨率克隆追踪技术在癌症研究中的应用 | 癌症细胞的异质性和治疗抗性 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq, 原位杂交, 成像 | NA | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Monitoring Cellular Movement with Photoconvertible Fluorescent Protein and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cutaneous Group 2 Innate Lymphoid Cell Subtypes, Circulating ILC2 and Skin-Resident ILC2
2021-Sep, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100035
PMID:34909732
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研究论文 | 本研究通过使用光可转换荧光蛋白和单细胞RNA测序技术，监测细胞运动并揭示了皮肤中第2组先天淋巴细胞（ILC2）的亚型，包括循环ILC2和皮肤常驻ILC2 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤ILC2分为循环ILC2和皮肤常驻ILC2两个集群，并使用光可转换荧光蛋白追踪ILC2的迁移 | NA | 研究ILC2在皮肤炎症中的迁移动态及其亚型 | 皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞 | 数字病理学 | 皮肤炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | IL33tg小鼠的皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneous lncRNA Expression in Xenografted Triple-Negative Breast Cancer Cells
2021-Sep-30, Biology
DOI:10.3390/biology10100987
PMID:34681087
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了异种移植的三阴性乳腺癌细胞中长非编码RNA（lncRNA）表达的异质性 | 首次在单细胞水平上研究了三阴性乳腺癌细胞中lncRNA的表达异质性，并探讨了lncRNA作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性 | lncRNA表达不足以定义细胞亚群，且lncRNA的表达模式高度异质性 | 探索三阴性乳腺癌肿瘤异质性，并研究lncRNA表达在不同细胞亚群中的变化 | 三阴性乳腺癌细胞中的lncRNA表达 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 每个细胞检测到25个lncRNA的中位数 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Single-cell landscape of nuclear configuration and gene expression during stem cell differentiation and X inactivation
2021-09-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02432-w
PMID:34579774
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序、ATAC测序和Hi-C技术，研究了小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化 | 首次整合了来自三种模态的高通量单细胞数据，即单细胞RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C，以追踪小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的变化 | NA | 研究小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化 | 小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、ATAC测序、Hi-C | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、3D染色体结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Dissecting transition cells from single-cell transcriptome data through multiscale stochastic dynamics
2021-09-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25548-w
PMID:34556644
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research paper | 本文介绍了一种名为MuTrans的方法，通过多尺度简化技术从单细胞转录组数据中识别细胞命运转换的潜在随机动力学 | MuTrans方法通过迭代统一多尺度的转换动力学，构建了描述细胞状态转换进程的细胞命运动力学流形，并区分稳定细胞和过渡细胞 | NA | 研究具有瞬态特性或混合身份的细胞，并从单细胞转录组数据中检测细胞状态转换 | 单细胞转录组数据中的过渡细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 五个不同的单细胞实验平台的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
SCReadCounts: estimation of cell-level SNVs expression from scRNA-seq data
2021-Sep-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07974-8
PMID:34551708
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCReadCounts的工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的单核苷酸变异（SNV）表达 | SCReadCounts能够生成包含绝对变异和参考携带读取计数的细胞-SNV矩阵，以及适用于各种下游应用的表达变异等位基因分数（VAFRNA）矩阵 | NA | 开发一种工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的SNV表达 | 单细胞RNA测序数据中的SNV表达 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 59,884个细胞来自七个神经母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Reconstructing aspects of human embryogenesis with pluripotent stem cells
2021-09-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25853-4
PMID:34548496
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研究论文 | 本文使用扩展的多能干细胞（EPSCs）在三维环境中模拟人类早期胚胎发育，并定义了一种协议来生成自组织囊状结构。 | 本文首次使用EPSCs生成模拟人类早期胚胎发育的自组织囊状结构，并通过单细胞RNA测序揭示了与胚胎发育相关的细胞亚群。 | 生成的囊状结构在某些关键标记和信号传导途径上与自然囊胚存在显著差异。 | 旨在理解人类胚胎发育的机制，并设计基于干细胞的胚胎发育模型。 | 人类早期胚胎发育及其在干细胞模型中的模拟。 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
The Clonal Expansion Dynamics of the HIV-1 Reservoir: Mechanisms of Integration Site-Dependent Proliferation and HIV-1 Persistence
2021-09-17, Viruses
DOI:10.3390/v13091858
PMID:34578439
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研究论文 | 本文探讨了HIV-1潜伏库的克隆扩展动力学，特别是整合位点依赖性增殖机制及其对HIV-1持久性的影响 | 首次揭示了HIV-1整合位点与特定癌症相关基因的关系，以及HIV-1通过插入突变驱动感染细胞增殖的机制 | 文章未详细讨论CRISPR-mediated抑制HIV-1 promoter的具体方法及其在临床应用中的可行性 | 研究HIV-1潜伏库的克隆扩展机制，探索抑制HIV-1转录和阻止感染细胞克隆扩展的治疗方法 | HIV-1整合位点、潜伏库的克隆扩展、癌症相关基因表达 | NA | HIV/AIDS | 单细胞转录组分析, CRISPR | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Troy/Tnfrsf19 marks epidermal cells that govern interfollicular epidermal renewal and cornification
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.007
PMID:34358453
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研究论文 | 本文识别了Troy作为人类和小鼠表皮中IFE和HF漏斗部基底层细胞的标记物，并通过遗传谱系追踪实验证明了Troy表达的基底细胞对角质化上皮层的长期更新有贡献。 | 首次确定了Troy作为IFE和HF漏斗部基底层细胞的特异性标记物，并证实了这些细胞具有干细胞特性及其分化能力。 | NA | 确定Troy作为表皮基底细胞的标记物，并研究其在表皮更新和角质化中的作用。 | 人类和小鼠的表皮细胞，特别是IFE和HF漏斗部的基底层细胞。 | NA | NA | 单细胞转录组学和类器官分析 | NA | 细胞 | 涉及人类和小鼠的表皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
2021-Sep-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07930-6
PMID:34521337
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research paper | 本文研究了单细胞RNA测序数据预处理管道对聚类质量的影响，比较了kallisto伪比对器与10X Genomics的Cell Ranger管道的效果。 | 采用kallisto伪比对器处理单细胞测序数据，提高了序列读取比对率和总基因检测率，特别是在非人类和小鼠数据集中，显著提升了细胞类型的识别质量。 | 研究主要集中在22个公开的单细胞测序数据集上，可能未涵盖所有可能的生物体和组织类型。 | 探讨不同预处理管道对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响。 | 22个来自8种不同生物体多种组织的公开单细胞测序数据集。 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 22个单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |