单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Cells of the human intestinal tract mapped across space and time 2021-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03852-1 PMID:34497389	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和抗原受体分析，对人类肠道不同发育阶段和不同解剖区域的近五十万个细胞进行了全面映射	揭示了人类肠道中转录上独特的BEST4上皮细胞的存在，并提出了肠道绒毛细胞的IgG感应功能	NA	全面映射人类肠道细胞谱系，揭示其在发育、稳态和疾病中的细胞程序	人类肠道细胞及其在不同发育阶段和解剖区域中的动态变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	近五十万个细胞
42	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the ascending aortas of normal and high-fat diet-fed mice 2021-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-021-00671-2 PMID:34548614	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉中的细胞异质性	首次全面评估了高脂饮食下升主动脉的细胞异质性和细胞组成	NA	阐明升主动脉的细胞组成性质和范围，增进对主动脉炎症疾病发展和进展的理解	正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	24,001个升主动脉细胞
43	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in Drosophila: Technologies and applications 2021-09, Wiley interdisciplinary reviews. Developmental biology DOI:10.1002/wdev.396 PMID:32940008	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在果蝇中的应用及其技术方法和生物学应用	单细胞RNA测序技术的发展使得其在生物医学实验室中变得经济可行且实验上实用	讨论了当前使用单细胞RNA测序技术在果蝇中进行研究的挑战和未来机遇	总结近期在果蝇中进行的单细胞RNA测序研究，并探讨其技术方法和生物学应用	果蝇作为研究组织发育、成体细胞功能、疾病和衰老的细胞和分子机制的模型生物	转录组分析	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
44	2024-08-07	ATR Inhibition Induces CDK1-SPOP Signaling and Enhances Anti-PD-L1 Cytotoxicity in Prostate Cancer 2021-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1010 PMID:34168048	研究论文	本研究探讨了ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法联合使用在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的分子机制	发现ATR抑制剂直接抑制ATR-CHK1信号通路，激活CDK1-SPOP轴，导致PD-L1蛋白不稳定，从而增强免疫检查点阻断疗法的疗效	NA	揭示ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法在CRPC中的相互作用机制，为临床试验提供依据	去势抵抗性前列腺癌细胞和模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了前列腺癌细胞系和同基因的雄激素不敏感前列腺癌模型
45	2024-08-07	Multi-resolution characterization of molecular taxonomies in bulk and single-cell transcriptomics data 2021-09-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab552 PMID:34226941	研究论文	本文介绍了一种名为K2Taxonomer的新型无监督递归分区算法及其相关的R包，该算法利用集成学习在类似分类结构的层次中识别稳健的子组	K2Taxonomer算法能够适应不同的数据范式，适用于批量和单细胞转录组学以及其他‘组学’数据的分析	NA	开发一种新算法以在大型生物医学项目中高效识别分子亚型	批量和单细胞转录组学数据	组学	乳腺癌	转录组学	集成学习	转录组数据	包括模拟数据和人类组织数据，具体样本数量未明确
46	2024-08-07	Dysbalance of ACE2 levels - a possible cause for severe COVID-19 outcome in COPD 2021-09, The journal of pathology. Clinical research DOI:10.1002/cjp2.224 PMID:33978304	研究论文	研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）患者中ACE2及其相关辅助因子的表达水平，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2感染的风险	首次揭示了COPD患者肺组织中ACE2和TMPRSS2表达增加，同时循环sACE2水平降低，这些变化可能增加COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性	研究未涉及这些变化与肺部血流动力学变化之间的关联	探究COPD患者中ACE2及其相关辅助因子的表达变化及其对SARS-CoV-2感染的影响	COPD、特发性肺动脉高压（IPAH）和肺纤维化（PF）患者的肺组织样本及健康对照组样本	数字病理学	慢性阻塞性肺病	定量PCR、酶联免疫吸附试验、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	COPD患者28例，IPAH患者10例，PF患者10例，健康对照组10例
47	2024-08-07	Single cell analysis of M. tuberculosis phenotype and macrophage lineages in the infected lung 2021-09-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210615 PMID:34292313	研究论文	本研究详细介绍了一种结合细菌适应性荧光报告菌株和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的新方法，以同时获取每个感染细胞的宿主转录组、表面标记表达和细菌表型	该方法有助于解析活体中感染结核分枝杆菌（M. tuberculosis）的肺泡巨噬细胞（AMs）和间质巨噬细胞（IMs）的功能异质性	NA	旨在研究结核分枝杆菌感染肺部时巨噬细胞的表型和功能异质性	结核分枝杆菌感染的肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
48	2024-08-07	Marginating transitional B cells modulate neutrophils in the lung during inflammation and pneumonia 2021-09-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210409 PMID:34313733	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，发现肺循环中存在八种具有独特基因调控网络的IgM+ B细胞亚群，主要由过渡型1 B和过渡型2 B（T2B）细胞主导，并揭示了T2B细胞在肺部炎症期间通过脂氧素A4（LXA4）调节中性粒细胞反应的机制。	首次揭示了过渡型IgM+ B细胞在肺部炎症中的调节作用，特别是T2B细胞通过CD49e、CXCL13和CXCR5在肺毛细血管中边缘化，并通过脂氧素A4（LXA4）减轻过度中性粒细胞炎症。	NA	研究肺部炎症和肺炎期间过渡型B细胞对中性粒细胞的调节作用。	过渡型IgM+ B细胞及其在肺部炎症中的作用机制。	免疫学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个IgM+ B细胞亚群
49	2024-08-07	EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity 2021-Sep-24, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0791 PMID:34553850	研究论文	本研究旨在识别和探索人类自然杀伤细胞（NK细胞）中训练免疫的前体细胞亚群及其调控靶点	首次识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞亚群作为训练免疫的前体细胞，并揭示EZH2在训练免疫诱导中的关键作用	NA	识别训练免疫的人类NK细胞前体亚群并探索可能的药物干预调控靶点	人类自然杀伤细胞（NK细胞）及其训练免疫特性	免疫学	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
50	2024-08-07	Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction 2021-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02480-2 PMID:34503564	研究论文	本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建	提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集	NA	评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层感知器（MLP）	RNA序列数据	涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明
51	2024-08-07	Single-cell transcriptome of early hematopoiesis guides arterial endothelial-enhanced functional T cell generation from human PSCs 2021-Sep-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abi9787 PMID:34516916	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探索了人类多能干细胞（hPSCs）向血液细胞分化的过程中细胞命运选择和基因表达模式，并发现通过在体外定向分化过程中应用低氧条件，可以有效促进具有功能性T细胞潜力的造血祖细胞（HPCs）的生成。	本研究首次展示了通过低氧条件在体外定向分化过程中促进动脉特异性程序的发展，从而生成具有功能性T细胞潜力的造血祖细胞。	NA	研究旨在深入理解人类造血起源，并指导体外生成功能性T细胞以应用于临床。	人类多能干细胞（hPSCs）的造血分化过程及其生成的血液细胞的功能性。	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
52	2024-08-07	Single-dose intranasal vaccination elicits systemic and mucosal immunity against SARS-CoV-2 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103037 PMID:34462731	研究论文	本文报道了一种鼻内单剂次亚单位疫苗的开发，该疫苗使用冻干刺突蛋白和脂质体STING激动剂作为佐剂，能够诱导系统性中和抗体、肺和鼻腔中的IgA以及肺部T细胞反应。	该疫苗能够在鼻相关淋巴组织中以类似生发中心的方式协调激活T/B细胞反应，确认其作为诱导持久免疫的诱导位点的作用。	NA	验证针对SARS-CoV-2的疫苗平台的更广泛应用。	SARS-CoV-2病毒的免疫反应。	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠
53	2024-08-07	Morphological Features Extracted by AI Associated with Spatial Transcriptomics in Prostate Cancer 2021-Sep-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194837 PMID:34638322	研究论文	本研究利用人工智能（AI）分析前列腺癌患者的组织切片形态，并结合空间转录组学技术，探索形态变化与分子模式之间的关联	提出了一种新的方法，通过AI分析组织切片的形态特征，并与空间转录组学数据相结合，以揭示形态与分子之间的关联	研究样本量较小，仅使用了七张组织切片，可能影响结果的普遍性	开发一种方法，深入探索前列腺癌中形态变化与分子模式之间的联系	前列腺癌患者的组织切片及其分子表达模式	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学（ST）	卷积神经网络（CNN）	图像	七张H&E染色的前列腺切除术切片
54	2024-08-07	Targeting epigenetic modifiers to reprogramme macrophages in non-resolving inflammation-driven atherosclerosis 2021-Sep, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeab022 PMID:35919269	综述	本文综述了表观遗传修饰在非消退性炎症驱动下的动脉粥样硬化中重编程巨噬细胞的作用	探讨了表观遗传修饰在动脉粥样硬化和相关炎症中的作用，并提出了针对这些修饰的潜在抗炎治疗策略	对表观遗传修饰在动脉粥样硬化中的研究仍处于初级阶段	探讨表观遗传修饰在动脉粥样硬化发病和进展中非控制性炎症的机制	动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其表观遗传修饰	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
55	2024-08-07	Th1 polarization defines the synovial fluid T cell compartment in oligoarticular juvenile idiopathic arthritis 2021-09-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.149185 PMID:34403374	研究论文	本研究通过流式细胞术、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）、DNA甲基化研究和Treg抑制试验，对寡关节炎性幼年特发性关节炎（oligo JIA）中的滑液T细胞进行了免疫表型分析	发现oligo JIA中滑液T细胞表现出Th1偏倚，包括Tregs，并且这些Th1样Tregs保持了Treg特异性甲基化模式和抑制功能	NA	旨在理解oligo JIA中的免疫反应	oligo JIA中的滑液T细胞	免疫学	幼年特发性关节炎	流式细胞术, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, DNA甲基化研究	NA	细胞, 基因表达	NA
56	2024-08-07	Cortical overgrowth in a preclinical forebrain organoid model of CNTNAP2-associated autism spectrum disorder 2021-09-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24358-4 PMID:34471112	研究论文	本研究利用从患有综合征型自闭症谱系障碍（ASD）的患者诱导多能干细胞生成的前脑类器官，研究了CNTNAP2基因突变对胚胎期皮层发育的影响	首次使用前脑类器官模型研究CNTNAP2突变对ASD的影响，并成功利用CRISPR-Cas9技术纠正突变以恢复类器官的生长表型	NA	研究CNTNAP2基因突变对自闭症谱系障碍患者胚胎期皮层发育的影响	前脑类器官及单细胞RNA测序数据	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	细胞	从患有CNTNAP2基因突变的ASD患者中获取的诱导多能干细胞生成的前脑类器官
57	2024-08-08	Interrogating RNA and protein spatial subcellular distribution in smFISH data with DypFISH 2021-09-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100068 PMID:35474672	研究论文	本文介绍了一种名为DypFISH的方法，用于定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位	DypFISH结合了单分子RNA荧光杂交（smFISH）数据和蛋白质免疫标记，能够研究分子聚集模式、mRNA-蛋白质亚细胞定位与微管组织中心方向的关系以及mRNA-蛋白质空间分布的相互依赖性	NA	定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位	RNA和蛋白质的亚细胞定位	分子生物学	NA	smFISH	NA	图像	NA
58	2024-08-08	Non-parametric Vignetting Correction for Sparse Spatial Transcriptomics Images 2021 Sep-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention DOI:10.1007/978-3-030-87237-3_45 PMID:35274110	研究论文	本文介绍了一种新颖的非参数渐晕校正工具，用于空间转录组图像，通过高效的迭代切片直方图归一化程序估计光照场和背景	提出了一种非参数渐晕校正方法，该方法在光照和背景场估计方面优于现有技术，并且需要更少的输入图像进行充分估计	NA	开发一种新的渐晕校正工具，以提高空间转录组图像的分析质量	空间转录组图像中的渐晕效应	数字病理学	NA	迭代切片直方图归一化	NA	图像	NA
59	2024-08-08	Landscape of Cell Communication in Human Dental Pulp 2021-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202100747 PMID:34928049	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙髓中的细胞群体及其相互通信情况	首次详细描绘了人类牙髓中细胞间的通信网络	NA	揭示人类牙髓中细胞群体的相互作用及其通信机制	人类牙髓中的干细胞、牙髓细胞、T细胞、巨噬细胞、内皮细胞和胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
60	2024-08-08	Gene regulatory network analysis identifies key genes and regulatory mechanisms involved in acute myocardial infarction using bulk and single cell RNA-seq data 2021-09-09, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2021386 PMID:34814275	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据分析基因调控网络，识别急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序数据构建基因调控网络和细胞间通信网络，揭示了PLAUR在心肌细胞响应缺氧中的重要作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他生物标志物的验证	识别急性心肌梗死的分子生物标志物，为诊断和预后提供候选关键调控基因	急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	基因调控网络	RNA测序数据	STEMI和NSTEMI患者的全血样本