本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Antibiotic-induced disturbances of the gut microbiota result in accelerated breast tumor growth
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103012
PMID:34522855
|
研究论文 | 本研究揭示抗生素扰乱肠道微生物群会通过增加肿瘤基质中肥大细胞数量而加速乳腺癌进展 | 首次发现乳腺癌与肠道微生物群的相互作用机制不同于其他癌症,并鉴定出特定细菌和肥大细胞在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究肠道微生物群对乳腺癌进展的影响机制 | 乳腺癌小鼠模型 | 肿瘤微生物组学 | 乳腺癌 | 宏基因组学, 单细胞转录组学, 组织学分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 组织图像 | 多个乳腺癌小鼠模型 | NA | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Current approaches to fate mapping and lineage tracing using image data
2021-09-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198994
PMID:34498046
|
综述 | 本文综述了利用图像数据进行细胞谱系追踪和命运映射的当前方法 | 整合了光学显微镜、标记策略和计算方法的最新进展,结合基因组学和单细胞转录组学的新技术 | NA | 探讨发育生物学中细胞谱系追踪的方法和应用 | 发育胚胎中的细胞谱系 | 计算机视觉 | NA | 活体成像、基因组学、单细胞转录组学 | NA | 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Limited access to antigen drives generation of early B cell memory while restraining the plasmablast response
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.017
PMID:34525339
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究早期B细胞对T细胞依赖性抗原的应答机制 | 揭示了抗原可及性在调控早期B细胞记忆生成和浆母细胞应答中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,灵长类数据有限 | 探究早期B细胞活化过程中的细胞命运决定机制 | 小鼠和灵长类的B细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
The Warburg effect is necessary to promote glycosylation in the blastema during zebrafish tail regeneration
2021-Sep-13, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-021-00163-x
PMID:34518542
|
研究论文 | 本研究揭示斑马鱼尾部再生过程中Warburg效应通过促进糖基化作用对再生芽形成的关键作用 | 首次证明代谢重编程通过特异性为氨基己糖生物合成途径提供葡萄糖来支持再生芽形成 | 研究基于斑马鱼幼虫模型,在成年动物或其他物种中的适用性需要进一步验证 | 探究代谢重编程在组织再生过程中的作用机制 | 斑马鱼幼虫尾部再生模型 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 单细胞RNA测序,遗传消融 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Single cell analysis of M. tuberculosis phenotype and macrophage lineages in the infected lung
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210615
PMID:34292313
|
研究论文 | 开发了一种结合细菌适应性荧光报告株与单细胞RNA测序的新方法,用于同时分析宿主转录组、表面标志物表达和细菌表型 | 首次将细菌荧光报告株与scRNA-seq结合,实现感染细胞中宿主和病原体信息的同步获取 | 方法主要针对结核分枝杆菌感染,对其他病原体的适用性需要进一步验证 | 解析结核分枝杆菌感染肺组织中巨噬细胞的功能异质性 | 小鼠和人类肺泡巨噬细胞(AMs)和间质巨噬细胞(IMs) | 单细胞生物学 | 结核病 | scRNA-seq, 荧光报告系统 | NA | 单细胞转录组数据, 表面标志物表达数据, 细菌表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
Rare variants in the endocytic pathway are associated with Alzheimer's disease, its related phenotypes, and functional consequences
2021-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009772
PMID:34516545
|
研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析,揭示了内吞通路中罕见变异与阿尔茨海默病风险及进展的关联 | 首次系统研究内吞通路中罕见变异对阿尔茨海默病的贡献,并在独立数据集中成功验证 | 研究样本主要来自欧洲裔人群,可能存在人群特异性限制 | 探究内吞通路中罕见变异对阿尔茨海默病及其相关表型的影响 | 阿尔茨海默病患者和正常对照人群 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序,RNA-Seq,单细胞RNA-Seq | 罕见变异基因集负荷分析 | 基因组数据,转录组数据 | 3000多名欧洲裔个体(WGS),600多份脑组织(bulk RNA-Seq),48份死后脑样本(scRNA-Seq) | NA | 全基因组测序,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Pulmonary Aerosol Delivery of Let-7b microRNA Confers a Striking Inhibitory Effect on Lung Carcinogenesis through Targeting the Tumor Immune Microenvironment
2021-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202100629
PMID:34236760
|
研究论文 | 本研究通过气溶胶递送let-7b microRNA抑制肺癌发生,并揭示其通过调节肿瘤免疫微环境发挥作用的机制 | 首次采用气溶胶递送let-7b microRNA进行肺癌预防,并发现其通过下调PD-L1和PD-1表达增强抗肿瘤免疫的新机制 | 未明确说明研究样本量及具体实验模型细节 | 评估气溶胶递送let-7b miRNA在肺癌预防中的效果及作用机制 | B[a]P诱导的肺腺瘤模型及肿瘤浸润T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression
2021-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00913-z
PMID:34475573
|
研究论文 | 通过大规模cis-和trans-eQTL分析鉴定调控血液基因表达的数千个遗传位点和多基因评分 | 在31,684名个体中进行了大规模cis-和trans-eQTL分析,建立了大型eQTL资源库,并通过单细胞RNA-seq数据优先识别细胞内trans-eQTL | 远端trans-eQTL的重复率较低,部分原因是重复能力不足和细胞类型组成的混杂影响 | 研究基因表达的遗传调控机制及其与复杂表型的关系 | 血液来源的基因表达数据 | 基因组学 | NA | 表达数量性状位点分析,单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 31,684名个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Cells of the human intestinal tract mapped across space and time
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03852-1
PMID:34497389
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类肠道细胞在发育和不同年龄阶段的时空图谱 | 首次在人类肠道中发现转录独特的BEST4上皮细胞,揭示肠道簇细胞的IgG感知功能,并识别驱动次级淋巴组织形成的关键细胞 | 样本来源仅限于特定解剖区域(发育期5个区域,健康儿童和成人11个区域) | 全面绘制人类肠道细胞谱系及其在发育、稳态和疾病中的变化 | 人类肠道发育期、儿童期和成年期的近50万个细胞 | 单细胞基因组学 | 炎症性肠病、赫希施普龙病 | 单细胞RNA测序、抗原受体分析 | 系统生物学方法 | 单细胞转录组数据 | 近50万个细胞,来自发育期最多5个解剖区域和健康期最多11个解剖区域 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
Temporal multi-omics identifies LRG1 as a vascular niche instructor of metastasis
2021-Sep, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe6805
PMID:34516824
|
研究论文 | 本研究通过时序多组学分析发现LRG1是转移前血管微环境的关键调控因子 | 首次系统描绘早期原发性肿瘤诱导的血管变化图谱,并鉴定LRG1作为转移治疗新靶点 | 主要基于小鼠模型,临床验证仍需进一步研究 | 探索肿瘤转移过程中血管微环境的分子调控机制 | 肺转移模型中的内皮细胞和血清蛋白 | 多组学分析 | 癌症转移 | 单细胞转录组测序, bulk转录组测序, 血清蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 肺转移手术模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Hepatitis B virus compartmentalization and single-cell differentiation in hepatocellular carcinoma
2021-09, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202101036
PMID:34290079
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究乙型肝炎病毒在肝细胞癌中的区室化和单细胞分化特征 | 首次在单细胞水平揭示HBV读段与癌细胞分化的显著相关性,发现病毒诱导的E2F和MYC靶标以及脂肪生成等新的致癌通路 | 对HBV致癌分子机制的理解仍不完全 | 研究HBV-HCC宿主细胞相互作用机制 | 患者来源的肝细胞癌组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 两种互补的单细胞RNA测序方案 |
| 32 | 2025-10-06 |
Downregulation of TGR5 (GPBAR1) in biliary epithelial cells contributes to the pathogenesis of sclerosing cholangitis
2021-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.03.029
PMID:33872692
|
研究论文 | 本研究揭示胆汁酸受体TGR5在胆管上皮细胞中的下调是硬化性胆管炎发病机制的关键因素 | 首次发现TGR5在PSC患者和Abcb4-/-小鼠胆管上皮细胞中表达降低,并阐明norUDCA通过恢复TGR5表达发挥治疗作用的新机制 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证仍需扩大;机制研究尚未完全阐明所有信号通路 | 探究TGR5在硬化性胆管炎发病机制中的作用及治疗靶点 | 胆管上皮细胞、PSC患者肝组织、Abcb4-/-基因敲除小鼠 | 分子病理学 | 硬化性胆管炎 | 单细胞转录组测序,免疫荧光染色,基因表达分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质水平数据,组织图像数据 | PSC患者肝组织、多种基因工程小鼠模型(Abcb4-/-, Abcb4-/-/Tgr5Tg等) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-07 |
Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer
2021-09-27, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-021-01468-x
PMID:34579762
|
研究论文 | 通过MMTV-PyMT小鼠模型研究转移性乳腺癌细胞转录组异质性 | 结合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析转移性乳腺癌的器官趋向性和克隆异质性 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 研究乳腺癌转移过程中肿瘤异质性和器官趋向性的分子机制 | MMTV-PyMT转基因小鼠模型的转移性乳腺癌细胞 | 转录组学 | 乳腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | Monocle2, Seurat | RNA测序数据 | 10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源转移细胞系 | Illumina, BioRad | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NextSeq 500, ddSeq | Illumina NextSeq 500平台用于批量RNA测序,BioRad ddSeq平台用于单细胞RNA测序 |
| 34 | 2024-12-01 |
A clinically applicable integrative molecular classification of meningiomas
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03850-3
PMID:34433969
|
研究论文 | 本文介绍了一种临床适用的脑膜瘤整合分子分类方法 | 通过结合DNA体细胞拷贝数异常、DNA体细胞点突变、DNA甲基化和信使RNA丰度,提出了四种共识分子组,这些分子组比现有分类方案更准确地预测临床结果 | NA | 开发一种能够可靠反映肿瘤行为并指导治疗的脑膜瘤分子分类方法 | 脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | DNA甲基化测序、RNA测序 | NA | DNA、RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-11-20 |
A cell-type-specific atlas of the inner ear transcriptional response to acoustic trauma
2021-09-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109758
PMID:34592158
|
研究论文 | 研究了噪音诱导听力损失(NIHL)后小鼠内耳细胞类型的转录组变化 | 首次使用RiboTag和单细胞RNA测序技术,系统地分析了噪音创伤前后小鼠内耳细胞类型的分子景观 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨噪音诱导听力损失后内耳细胞类型的转录组响应 | 小鼠内耳的细胞类型及其在噪音创伤前后的转录组变化 | 数字病理学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 噪音创伤前后的多个小鼠内耳样本 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-11-17 |
Genetic demultiplexing of pooled single-cell RNA-sequencing samples in cancer facilitates effective experimental design
2021-09-22, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giab062
PMID:34553212
|
研究论文 | 本文评估了在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的计算解复用工具的有效性 | 首次在癌症样本中评估了基于遗传变异的计算解复用工具,并提供了开源代码和可重复的工作流程 | 高比例的细胞碎片中的环境RNA降低了工具的性能 | 评估在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的解复用工具的有效性 | 高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌的单细胞RNA测序样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌样本的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-10-17 |
POLYseq: A poly(β-amino ester)-based vector for multifunctional cellular barcoding
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.020
PMID:34450040
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于聚(β-氨基酯)的新型载体POLYseq,用于多功能细胞条形码标记 | 开发了一种新的聚(β-氨基)酯标记系统POLYseq,能够高效地传递荧光分子或样本区分DNA条形码,并通过非共价结合快速创建自定义样本池 | NA | 解决当前NGS文库制备技术在单细胞水平上多重化的限制问题 | 聚(β-氨基酯)载体POLYseq在细胞标记和单细胞RNA测序中的应用 | NA | NA | NGS | NA | 图像 | 90%的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-10-06 |
NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.006
PMID:34358451
|
研究论文 | 研究通过神经生成素2(NGN2)过表达从人诱导多能干细胞(iPSCs)中诱导出多种神经元类型 | 使用单细胞转录组学分析了NGN2过表达过程中从多能性到神经元功能成熟的时间进程中的细胞状态,揭示了生成的神经元类型的分子异质性 | 神经元分化路径和异质性尚未完全探索 | 研究神经元分化机制和神经退行性疾病的建模 | 人诱导多能干细胞(iPSCs)和神经生成素2(NGN2)过表达诱导的神经元 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个iPSC克隆和来自不同个体的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-09-10 |
Protective heterologous T cell immunity in COVID-19 induced by the trivalent MMR and Tdap vaccine antigens
2021-09-10, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2021.08.004
PMID:34414383
|
研究论文 | 研究MMR和Tdap疫苗抗原是否通过诱导交叉反应性T细胞来减轻COVID-19的严重程度 | 发现MMR和Tdap疫苗诱导的记忆T细胞可以被SARS-CoV-2重新激活,从而提供对严重COVID-19的保护 | NA | 研究MMR和Tdap疫苗是否通过诱导交叉反应性T细胞来减轻COVID-19的严重程度 | COVID-19康复者、未感染者和COVID-19 mRNA疫苗接种者的T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 酶联免疫吸附试验(ELISA)、酶联免疫斑点试验(ELISpot)、流式细胞术、TCR克隆型分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | T细胞、细胞因子 | COVID-19康复者、未感染者和COVID-19 mRNA疫苗接种者的T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-09-02 |
Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments
2021-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00909-9
PMID:34385711
|
研究论文 | 本研究通过生成659个微切割人肾样本的表达数量性状位点(eQTL)综合图谱,并利用分层连锁不平衡得分回归方法整合全基因组关联研究(GWAS)与单细胞RNA测序及单核测序数据,揭示了肾功能和高血压发病机制中的细胞类型特异性遗传变异。 | 本研究首次生成了人肾样本的细胞类型特异性eQTL图谱,并通过贝叶斯共定位分析提名了200多个与肾功能和高血压相关的基因,为药物再利用提供了新机会。 | NA | 旨在通过解析人类特征的遗传结构与肾细胞类型的关系,揭示疾病机制并探索潜在治疗方案。 | 人肾样本的遗传变异及其在肾功能和高血压发病机制中的作用。 | 遗传学 | 肾脏疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、单核测序 | 分层连锁不平衡得分回归 | 基因组数据 | 659个微切割人肾样本 | NA | NA | NA | NA |