单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Lentiviral vectors transduce lung stem cells without disrupting plasticity 2021-Sep-03, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.06.010 PMID:34458011	研究论文	本研究探讨了逆转录病毒载体在不影响气道干细胞功能的情况下转导肺干细胞。	该研究首次证明了逆转录病毒载体转导不会改变气道干细胞的可塑性与功能。	研究主要针对人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的细胞，可能不适用于其他类型的肺病。	探讨病毒载体转导或治疗转基因的异位表达是否会影响气道干细胞的功能。	研究对象为来自人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞。	数字病理学	肺癌	逆转录病毒载体	NA	细胞文化	来自囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞
22	2024-08-07	Antibiotic-induced disturbances of the gut microbiota result in accelerated breast tumor growth 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103012 PMID:34522855	研究论文	本研究探讨了抗生素引起的肠道微生物群失调对乳腺癌肿瘤生长的影响	发现抗生素诱导的肠道微生物群扰动显著加速了多个乳腺癌小鼠模型的肿瘤进展，并揭示了乳腺癌与微生物群相互作用的新机制	NA	研究肠道微生物群在乳腺癌进展中的作用	乳腺癌小鼠模型及肠道微生物群	NA	乳腺癌	宏基因组学, 单细胞转录组学	NA	微生物群数据, 细胞转录数据	多个乳腺癌小鼠模型
23	2024-08-07	VEGA is an interpretable generative model for inferring biological network activity in single-cell transcriptomics 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26017-0 PMID:34584103	研究论文	本文介绍了一种新的稀疏变分自编码器架构VEGA，通过用户提供的基因模块映射解码器连接，增强了生物网络活动的可解释性	VEGA通过其解码器结构反映用户提供的基因模块，为潜在变量提供了直接的可解释性	NA	旨在通过VEGA模型提供对单细胞转录组学数据分析的生物学见解	生物网络活动在单细胞转录组学中的应用	机器学习	NA	变分自编码器	变分自编码器	转录组数据	NA
24	2024-08-07	Applications of high-resolution clone tracking technologies in cancer 2021-Sep, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2021.100317 PMID:34901584	综述	本文综述了利用可遗传条形码标签进行高分辨率、定量克隆追踪的技术及其在癌症细胞异质性和治疗抗性研究中的应用	介绍了将条形码特定功能与单细胞RNA测序、克隆细胞分离及原位杂交和成像相结合的最新进展	NA	探讨高分辨率克隆追踪技术在癌症研究中的应用	癌症细胞的异质性和治疗抗性	数字病理学	癌症	scRNA-seq, 原位杂交, 成像	NA	基因数据	NA
25	2024-08-07	Monitoring Cellular Movement with Photoconvertible Fluorescent Protein and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cutaneous Group 2 Innate Lymphoid Cell Subtypes, Circulating ILC2 and Skin-Resident ILC2 2021-Sep, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100035 PMID:34909732	研究论文	本研究通过使用光可转换荧光蛋白和单细胞RNA测序技术，监测细胞运动并揭示了皮肤中第2组先天淋巴细胞（ILC2）的亚型，包括循环ILC2和皮肤常驻ILC2	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤ILC2分为循环ILC2和皮肤常驻ILC2两个集群，并使用光可转换荧光蛋白追踪ILC2的迁移	NA	研究ILC2在皮肤炎症中的迁移动态及其亚型	皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞	数字病理学	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	IL33tg小鼠的皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞
26	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneous lncRNA Expression in Xenografted Triple-Negative Breast Cancer Cells 2021-Sep-30, Biology DOI:10.3390/biology10100987 PMID:34681087	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了异种移植的三阴性乳腺癌细胞中长非编码RNA（lncRNA）表达的异质性	首次在单细胞水平上研究了三阴性乳腺癌细胞中lncRNA的表达异质性，并探讨了lncRNA作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性	lncRNA表达不足以定义细胞亚群，且lncRNA的表达模式高度异质性	探索三阴性乳腺癌肿瘤异质性，并研究lncRNA表达在不同细胞亚群中的变化	三阴性乳腺癌细胞中的lncRNA表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	每个细胞检测到25个lncRNA的中位数
27	2024-08-07	Single-cell landscape of nuclear configuration and gene expression during stem cell differentiation and X inactivation 2021-09-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02432-w PMID:34579774	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序、ATAC测序和Hi-C技术，研究了小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化	首次整合了来自三种模态的高通量单细胞数据，即单细胞RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C，以追踪小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的变化	NA	研究小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化	小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、ATAC测序、Hi-C	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、3D染色体结构数据	NA
28	2024-08-07	Dissecting transition cells from single-cell transcriptome data through multiscale stochastic dynamics 2021-09-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25548-w PMID:34556644	research paper	本文介绍了一种名为MuTrans的方法，通过多尺度简化技术从单细胞转录组数据中识别细胞命运转换的潜在随机动力学	MuTrans方法通过迭代统一多尺度的转换动力学，构建了描述细胞状态转换进程的细胞命运动力学流形，并区分稳定细胞和过渡细胞	NA	研究具有瞬态特性或混合身份的细胞，并从单细胞转录组数据中检测细胞状态转换	单细胞转录组数据中的过渡细胞	digital pathology	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	五个不同的单细胞实验平台的数据集
29	2024-08-07	SCReadCounts: estimation of cell-level SNVs expression from scRNA-seq data 2021-Sep-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07974-8 PMID:34551708	研究论文	本文介绍了一种名为SCReadCounts的工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的单核苷酸变异（SNV）表达	SCReadCounts能够生成包含绝对变异和参考携带读取计数的细胞-SNV矩阵，以及适用于各种下游应用的表达变异等位基因分数（VAFRNA）矩阵	NA	开发一种工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的SNV表达	单细胞RNA测序数据中的SNV表达	生物信息学	神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因组数据	59,884个细胞来自七个神经母细胞瘤样本
30	2024-08-07	Reconstructing aspects of human embryogenesis with pluripotent stem cells 2021-09-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25853-4 PMID:34548496	研究论文	本文使用扩展的多能干细胞（EPSCs）在三维环境中模拟人类早期胚胎发育，并定义了一种协议来生成自组织囊状结构。	本文首次使用EPSCs生成模拟人类早期胚胎发育的自组织囊状结构，并通过单细胞RNA测序揭示了与胚胎发育相关的细胞亚群。	生成的囊状结构在某些关键标记和信号传导途径上与自然囊胚存在显著差异。	旨在理解人类胚胎发育的机制，并设计基于干细胞的胚胎发育模型。	人类早期胚胎发育及其在干细胞模型中的模拟。	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
31	2024-08-07	The Clonal Expansion Dynamics of the HIV-1 Reservoir: Mechanisms of Integration Site-Dependent Proliferation and HIV-1 Persistence 2021-09-17, Viruses DOI:10.3390/v13091858 PMID:34578439	研究论文	本文探讨了HIV-1潜伏库的克隆扩展动力学，特别是整合位点依赖性增殖机制及其对HIV-1持久性的影响	首次揭示了HIV-1整合位点与特定癌症相关基因的关系，以及HIV-1通过插入突变驱动感染细胞增殖的机制	文章未详细讨论CRISPR-mediated抑制HIV-1 promoter的具体方法及其在临床应用中的可行性	研究HIV-1潜伏库的克隆扩展机制，探索抑制HIV-1转录和阻止感染细胞克隆扩展的治疗方法	HIV-1整合位点、潜伏库的克隆扩展、癌症相关基因表达	NA	HIV/AIDS	单细胞转录组分析, CRISPR	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
32	2024-08-07	Troy/Tnfrsf19 marks epidermal cells that govern interfollicular epidermal renewal and cornification 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.007 PMID:34358453	研究论文	本文识别了Troy作为人类和小鼠表皮中IFE和HF漏斗部基底层细胞的标记物，并通过遗传谱系追踪实验证明了Troy表达的基底细胞对角质化上皮层的长期更新有贡献。	首次确定了Troy作为IFE和HF漏斗部基底层细胞的特异性标记物，并证实了这些细胞具有干细胞特性及其分化能力。	NA	确定Troy作为表皮基底细胞的标记物，并研究其在表皮更新和角质化中的作用。	人类和小鼠的表皮细胞，特别是IFE和HF漏斗部的基底层细胞。	NA	NA	单细胞转录组学和类器官分析	NA	细胞	涉及人类和小鼠的表皮细胞样本
33	2024-08-07	Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets 2021-Sep-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07930-6 PMID:34521337	research paper	本文研究了单细胞RNA测序数据预处理管道对聚类质量的影响，比较了kallisto伪比对器与10X Genomics的Cell Ranger管道的效果。	采用kallisto伪比对器处理单细胞测序数据，提高了序列读取比对率和总基因检测率，特别是在非人类和小鼠数据集中，显著提升了细胞类型的识别质量。	研究主要集中在22个公开的单细胞测序数据集上，可能未涵盖所有可能的生物体和组织类型。	探讨不同预处理管道对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响。	22个来自8种不同生物体多种组织的公开单细胞测序数据集。	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	text	22个单细胞测序数据集
34	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from acute Kawasaki disease patients 2021-09-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25771-5 PMID:34521850	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性川崎病患者的周围血单个核细胞，并探讨了免疫反应的变化及其潜在的生物学过程。	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了急性川崎病患者免疫细胞的转录组变化，特别是在单核细胞和B细胞中的差异表达基因。	研究样本量较小，仅包括7名急性川崎病患者和3名健康对照，可能影响结果的普遍性。	旨在深入理解急性川崎病的免疫反应及其治疗机制。	急性川崎病患者的周围血单个核细胞及其在治疗前后的变化。	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7名急性川崎病患者和3名年龄匹配的健康对照
35	2024-08-07	Multipotent progenitors and hematopoietic stem cells arise independently from hemogenic endothelium in the mouse embryo 2021-09-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109675 PMID:34525376	研究论文	本研究通过克隆分析和单细胞转录组学方法，证明了在小鼠胚胎早期，具有造血干细胞（HSC）潜力的稀有内皮细胞（HE）与具有多系造血潜力的更丰富的HE是不同的	本研究提出了一个修订的发育性造血模型，其中多能祖细胞和HSC最初从具有不同表型和转录特征的HE独立产生	NA	探究在小鼠胚胎发育过程中，多能祖细胞和造血干细胞是否从共同的内皮细胞（HE）产生	小鼠胚胎中的内皮细胞（HE）及其分化出的多能祖细胞和造血干细胞（HSC）	血液学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
36	2024-08-07	The Warburg effect is necessary to promote glycosylation in the blastema during zebrafish tail regeneration 2021-Sep-13, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-021-00163-x PMID:34518542	研究论文	本研究利用斑马鱼幼体尾部再生实验，探讨了Warburg效应在尾部再生中促进糖基化的必要性	首次证明了Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的关键作用，并揭示了代谢重编程对TGF-β信号传导和糖基化途径的重要性	研究仅限于斑马鱼模型，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	探究Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的作用及其对代谢途径的影响	斑马鱼幼体尾部再生过程中的代谢变化和细胞行为	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个再生尾部样本，包括抑制和未抑制葡萄糖代谢的样本
37	2024-08-07	RCA2: a scalable supervised clustering algorithm that reduces batch effects in scRNA-seq data 2021-09-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab632 PMID:34320202	研究论文	本文介绍了一种名为RCA2的可扩展监督聚类算法，该算法能有效减少scRNA-seq数据中的批次效应	RCA2是首个结合参考投影（提高批次效应稳健性）和基于图的聚类（提高可扩展性）的算法，并提供了一个用户友好的框架，集成了多种常用的下游分析模块	NA	开发一种能有效减少批次效应并适用于大规模单细胞数据集的监督聚类算法	人类和小鼠的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	基于图的聚类算法	转录组数据	涉及人类骨髓、健康PBMCs及COVID-19患者PBMCs的单细胞数据
38	2024-08-07	Modelling the impact of decidual senescence on embryo implantation in human endometrial assembloids 2021-09-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.69603 PMID:34487490	研究论文	研究通过建立和表征子宫内膜集合体，探讨了基底蜕膜化对胚胎植入的影响及其潜在机制	首次展示了急性衰老在腺上皮中驱动多种典型植入因子的分泌，而在基质中则调节抗炎蜕膜细胞和促炎衰老蜕膜细胞的出现	研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异	探究蜕膜衰老对胚胎植入的影响及其潜在机制	子宫内膜集合体，包括腺体样类器官和初级基质细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	多个子宫内膜集合体样本
39	2024-08-07	Single-cell genome sequencing of protozoan parasites 2021-09, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.05.013 PMID:34172399	研究论文	本文介绍了针对寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫的单细胞基因组测序方法及其在理解寄生虫生物学中的应用	开发并定制了针对特定宿主-寄生虫系统的单细胞测序方法，能够解析复杂寄生虫群体中的遗传多样性和亲缘关系，并捕捉从头开始的遗传变异	大多数寄生虫基因组测序研究集中于由数百万细胞组成的批量样本，这偏向于主导基因型，掩盖了细胞间的变异和稀有变异	探讨单细胞测序技术在寄生原生动物基因组研究中的应用	寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
40	2024-08-07	Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression 2021-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00913-z PMID:34475573	研究论文	本研究通过eQTLGen Consortium对31,684名个体的血液样本进行cis-和trans-eQTL分析，以探索基因表达的遗传机制	本研究首次在大规模样本中检测到cis-eQTL和trans-eQTL，并发现这些eQTL在不同组织中的可重复性，以及它们通过转录因子调控基因表达的机制	trans-eQTL的重复率较低，部分原因是重复能力低和细胞类型组成的混杂效应	研究基因表达的遗传机制及其对复杂表型的影响	血液样本中的基因表达	遗传学	NA	eQTL分析	NA	基因表达数据	31,684名个体的血液样本