单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-08	Nkx2-2 expressing taste cells in endoderm-derived taste papillae are committed to the type III lineage 2021-09, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2021.05.020 PMID:34097879	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现转录因子Nkx2-2在哺乳动物味觉细胞中的表达情况，并探讨其在味觉细胞发育和再生中的作用	首次揭示Nkx2-2在味觉细胞中的特异性表达及其对类型III味觉细胞发育的关键作用	NA	探讨转录因子Nkx2-2在味觉细胞发育和再生中的作用及其对不同类型味觉细胞的影响	小鼠的味觉细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
182	2024-08-08	Adaptive Total-Variation Regularized Low-Rank Representation for Analyzing Single-Cell RNA-seq Data 2021-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-021-00444-5 PMID:34076860	研究论文	本文介绍了一种名为自适应总变差正则化低秩表示（ATV-LRR）的新模型，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以识别细胞亚型和功能	ATV-LRR模型能够重建低秩子空间结构，学习细胞间的相似性，并能分割多个线性子空间，提取重要信息。此外，自适应总变差还能通过学习数据的梯度信息去除细胞噪声并保留细胞特征细节	NA	分析单细胞RNA测序数据，识别细胞亚型和功能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	自适应总变差正则化低秩表示（ATV-LRR）	基因表达数据	NA
183	2024-08-09	Integrated pseudotime analysis of human pre-implantation embryo single-cell transcriptomes reveals the dynamics of lineage specification 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.027 PMID:34004179	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据的伪时间分析，重建了早期小鼠和人类胚胎发育过程，并揭示了人类胚胎发育中谱系特化的动态变化	本研究首次通过伪时间分析揭示了人类胚胎发育中谱系特化的精确时间点，并识别了转录组特征和细胞命运标记	NA	理解人类胚胎植入前发育中的谱系特化过程，以改进辅助生殖技术和干细胞研究	人类胚胎植入前发育过程中的谱系特化	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
184	2024-08-09	Analysis of deficiency of adenosine deaminase 2 pathogenesis based on single-cell RNA sequencing of monocytes 2021-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.3HI0220-119RR PMID:33988272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名ADA2缺乏症患者和6名健康捐赠者的CD14单核细胞，以阐明ADA2缺乏症的分子机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADA2缺乏症中单核细胞亚型的分子特征和异常免疫通路	NA	阐明ADA2缺乏症的分子机制	ADA2缺乏症患者的CD14单核细胞	数字病理学	罕见病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14名患者和6名健康捐赠者的单核细胞
185	2024-08-09	CD276 expression enables squamous cell carcinoma stem cells to evade immune surveillance 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.011 PMID:33945793	研究论文	本文研究了鳞状细胞癌干细胞通过上调免疫检查点分子CD276来逃避宿主免疫反应的机制	首次揭示了鳞状细胞癌干细胞通过表达CD276来逃避免疫监视的新机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨鳞状细胞癌干细胞逃避免疫监视的机制，并评估靶向CD276的治疗潜力	鳞状细胞癌干细胞及其免疫逃逸机制	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及小鼠和人类的头颈部鳞状细胞癌样本
186	2024-08-09	Generation of hypothalamic arcuate organoids from human induced pluripotent stem cells 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.006 PMID:33961804	研究论文	本文报道了从人诱导多能干细胞（iPSCs）生成下丘脑弓状器官（ARCOs）的方法，用于模拟人类下丘脑弓状核的发育	首次成功生成能够模拟特定下丘脑亚区域发育的器官模型，并通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了弓状核细胞类型的分子异质性	NA	研究人类下丘脑弓状核的发育及其在Prader-Willi综合征（PWS）中的异常	人诱导多能干细胞（iPSCs）生成的下丘脑弓状器官（ARCOs）	数字病理学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序	机器学习	转录组	NA
187	2024-08-09	Analyzing master regulators and scRNA-seq of COVID-19 patients reveals an underlying anti-SARS-CoV-2 mechanism of ZNF proteins 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab118 PMID:33907801	研究论文	本研究通过分析COVID-19患者的调控因子和单细胞RNA测序数据，揭示了ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的潜在作用	首次发现女性COVID-19患者表达更多的ZNF蛋白和更强的转录活性，这些活性与SARS-CoV-2载量呈显著负相关，并能激活靶基因参与抗病毒感染	NA	探究不同性别COVID-19患者预后差异的原因及ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的作用	COVID-19患者、ZNF蛋白及SARS-CoV-2感染	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3044例COVID-19患者
188	2024-08-09	Inflation-collapse dynamics drive patterning and morphogenesis in intestinal organoids 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.002 PMID:33915079	研究论文	本文研究了肠道类器官中干细胞自我组织形成结构化组织的过程，特别是干细胞区（SCZs）大小的调控机制。	通过改进肠道类器官培养条件，实现了长期时间流逝成像，揭示了离子通道介导的膨胀和机械敏感Piezo家族通道对SCZs形状的调控作用。	NA	探索干细胞如何自我组织形成结构化组织的问题。	肠道类器官中的干细胞区（SCZs）。	数字病理学	NA	时间流逝成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	多个肠道类器官
189	2024-08-09	Gene signature extraction and cell identity recognition at the single-cell level with Cell-ID 2021-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00896-6 PMID:33927417	研究论文	本文介绍了一种名为Cell-ID的无聚类多元统计方法，用于从单细胞测序数据中稳健地提取每个细胞的基因特征	Cell-ID方法无需聚类，能够跨不同供体、组织来源、物种和单细胞组学技术重复提取基因特征，并用于自动细胞类型注释和跨数据集的细胞匹配	NA	开发一种新的方法来探索单细胞水平的细胞类型多样性	人类和鼠类的多种样本，包括血液细胞、胰腺胰岛、呼吸道、肠道和嗅觉上皮，以及全面的鼠细胞图谱数据集	数字病理学	NA	单细胞测序	多元统计方法	单细胞测序数据	多个人类和鼠类样本
190	2024-08-09	Osteomorphs as a tool for personalized medicine 2021-09, Trends in endocrinology and metabolism: TEM DOI:10.1016/j.tem.2021.04.004 PMID:33895074	研究论文	本文报道了由分裂导致的骨形态形成细胞（osteomorphs）的动态机制，这些细胞能够形成骨吸收的破骨细胞，并通过单细胞RNA测序分析揭示了它们在转录水平上与破骨细胞和巨噬细胞的区别，可能与人类罕见和常见骨疾病有关。	首次报道了骨形态形成细胞的动态机制及其在转录水平上的独特性，并探讨了其在骨疾病中的潜在作用。	NA	探讨骨形态形成细胞在个性化医学中的应用潜力。	骨形态形成细胞及其在骨疾病中的作用。	数字病理学	骨疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
191	2024-08-09	Elucidating transcriptomic profiles from single-cell RNA sequencing data using nature-inspired compressed sensing 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab125 PMID:33855366	研究论文	本文介绍并比较了四种基于自然启发优化算法的压缩感知框架，以提高单细胞RNA测序数据中转录组剖面的质量	提出了四种新的压缩感知框架（CSCS, ABCCS, BACS 和 FACS），并通过实验证明了FACS方法在多个数据集上的优越性能	未明确提及	改进单细胞RNA测序数据处理中的压缩感知技术	单细胞RNA测序数据中的转录组剖面	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	压缩感知	基因表达数据	九个不同的数据集
192	2024-08-09	Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab142 PMID:33876191	研究论文	本文利用单细胞时间序列表达数据，开发了一种新的深度学习方法来推断基因间的调控和信号关系	提出了一种新的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）表达数据编码方法，并在此基础上开发了用于时间序列数据交互预测的深度学习模型	NA	开发新的计算方法来分析单细胞时间序列基因表达数据，以推断基因间的相互作用	单细胞时间序列基因表达数据	机器学习	NA	scRNA-Seq	卷积神经网络（CNN）和循环神经网络（RNN）	时间序列数据	五种不同的单细胞时间序列scRNA-Seq数据集
193	2024-08-09	Determinants of Response and Intrinsic Resistance to PD-1 Blockade in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer 2021-09, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0219 PMID:33846173	研究论文	本研究探讨了微卫星不稳定性高（MSI-H）胃癌对PD-1抑制剂反应的决定因素和内在抵抗机制	通过结合全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了肿瘤动态进化和T细胞受体多样性与治疗反应的关系	研究仅限于MSI-H胃癌患者，且为单臂II期试验，需要进一步验证和扩展	揭示MSI-H胃癌对PD-1抑制剂的反应异质性，并探索提高反应性的策略	MSI-H胃癌患者及其肿瘤和血液样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序（WES），单细胞RNA测序	NA	组织样本，血液样本	包括多个MSI-H胃癌患者的组织和血液样本
194	2024-08-09	Downregulation of TGR5 (GPBAR1) in biliary epithelial cells contributes to the pathogenesis of sclerosing cholangitis 2021-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2021.03.029 PMID:33872692	研究论文	本文研究了胆管上皮细胞中TGR5（GPBAR1）表达下调对硬化性胆管炎发病机制的影响	发现TGR5在胆管上皮细胞中的表达减少促进了反应性胆管上皮细胞表型的形成，加重了胆管损伤，并揭示了norUDCA恢复胆管TGR5表达水平的新机制	NA	探讨TGR5表达变化在原发性硬化性胆管炎发病机制中的作用	胆管上皮细胞中的TGR5表达及其在原发性硬化性胆管炎中的作用	NA	硬化性胆管炎	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	mRNA和蛋白质水平	使用了来自不同小鼠模型的胆管上皮细胞和肝脏组织样本
195	2024-08-09	Critical downstream analysis steps for single-cell RNA sequencing data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab105 PMID:33822873	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据的关键下游分析步骤，包括聚类、轨迹推断、细胞类型注释和数据集整合的方法	总结了当前广泛使用的分析工具及其优缺点，并提供了在不同情况下选择合适方法的建议	NA	为单细胞RNA测序数据分析人员和生物信息学工具开发者提供指导	单细胞RNA测序数据的关键下游分析步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
196	2024-08-09	Deep embedded clustering with multiple objectives on scRNA-seq data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab090 PMID:33822877	研究论文	本文提出了一种基于多目标进化优化的深度嵌入聚类方法，用于在单细胞RNA测序数据中同时优化超参数和架构，以提高聚类性能	本文创新性地将多目标进化优化与深度嵌入聚类相结合，自动优化超参数和架构，提高了模型在单细胞RNA测序数据上的聚类性能	NA	研究目的是提高单细胞RNA测序数据在深度嵌入聚类中的性能	研究对象是单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度嵌入聚类	scRNA-seq数据	研究使用了二十个合成数据和八个来自不同代表性单细胞测序平台的真实数据
197	2024-08-09	WEDGE: imputation of gene expression values from single-cell RNA-seq datasets using biased matrix decomposition 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab085 PMID:33834202	研究论文	本文提出了一种名为WEDGE的新算法，用于通过偏置低秩矩阵分解方法从单细胞RNA测序数据集中 impute 基因表达矩阵	WEDGE算法成功恢复了表达矩阵，重现了细胞间和基因间的相关性，并改善了细胞聚类，特别适用于稀疏数据集	NA	开发一种新的算法来 impute 单细胞转录组数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据集中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	低秩矩阵分解	基因表达矩阵	NA
198	2024-08-09	iSMNN: batch effect correction for single-cell RNA-seq data via iterative supervised mutual nearest neighbor refinement 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab122 PMID:33839756	研究论文	本文提出了一种通过迭代监督互最近邻（iSMNN）细化的批效应校正方法，用于整合多个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	iSMNN方法通过迭代监督互最近邻的细化，能够更好地混合不同批次的相同细胞类型，并有助于识别与特定细胞类型生物功能相关的差异表达基因	NA	解决在整合多个单细胞RNA测序数据时批效应校正的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互最近邻（MNNs）	单细胞RNA测序数据	NA
199	2024-08-09	Perivenous Stellate Cells Are the Main Source of Myofibroblasts and Cancer-Associated Fibroblasts Formed After Chronic Liver Injuries 2021-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31848 PMID:33817801	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者在小鼠肝脏中非实质细胞中鉴定出转录因子21（Tcf21）作为静止期肝星状细胞（HSCs）的独特标记，并利用Tcf21-CreER追踪这些细胞，发现它们在慢性肝损伤后成为主要肌成纤维细胞和癌症相关成纤维细胞的来源。	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定出Tcf21作为静止期HSCs的独特标记，并通过Tcf21-CreER技术追踪这些细胞，揭示了它们在慢性肝损伤后的激活和转化过程。	NA	研究肝星状细胞在慢性肝损伤后的身份和病理生理学特性。	小鼠肝脏中的非实质细胞和肝星状细胞。	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
200	2024-08-09	Advances in bulk and single-cell multi-omics approaches for systems biology and precision medicine 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab024 PMID:33778867	综述	本文综述了批量和单细胞多组学方法在系统生物学和精准医学中的进展	单细胞方法能够解析细胞动态和异质性，而传统的批量技术则局限于个体/群体层面的研究	文章讨论了多组学发展面临的挑战和展望	总结批量和单细胞多组学数据生成技术，调查批量和单细胞多模态数据的综合分析方法，并讨论多组学在精准医学中的应用	批量和单细胞多组学技术及其在系统生物学和精准医学中的应用	系统生物学	NA	多组学技术	NA	多模态数据	NA