单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-08	Progressive Cellular Senescence Mediates Renal Dysfunction in Ischemic Nephropathy 2021-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020091373 PMID:34135081	研究论文	本文研究了细胞衰老在缺血性肾病中导致肾功能障碍的作用	首次揭示了细胞衰老与慢性缺血性肾损伤之间的关联，并提出了使用溶衰老药物策略来延缓这种损伤的可能性	研究主要集中在小鼠模型上，需要在人类中进一步验证	探讨细胞衰老在缺血性肾病中的作用及其对肾功能的影响	通过转基因INK-ATTAC和野生型C57BL/6小鼠模型研究肾功能和组织损伤	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了转基因INK-ATTAC和野生型C57BL/6小鼠以及人类狭窄肾的样本
142	2024-08-08	Microglial heterogeneity in chronic pain 2021-08, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2021.06.005 PMID:34139287	综述	本文综述了中枢神经系统及性别如何影响健康中微胶质细胞功能的现有临床前证据，并强调了转录组学分析在疾病相关微胶质细胞状态表征中的最新进展。	提出了未来研究可能揭示与慢性疼痛条件相关的独特微胶质细胞转录组特征的可能性，并建议使用scRNA-seq、空间转录组学等新技术来更全面地表征慢性疼痛中微胶质细胞的功能、转录组和结构。	NA	探讨神经免疫相互作用在慢性疼痛中的作用，并提出使用新技术来深化对微胶质细胞功能的理解。	微胶质细胞在慢性疼痛中的功能和转录组特征。	NA	慢性疼痛	scRNA-seq, 空间转录组学, CYTOF, 透射电子显微镜	NA	转录组数据	NA
143	2024-08-08	Therapies to prevent post-infarction remodelling: From repair to regeneration 2021-08, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2021.120906 PMID:34139506	综述	本文综述了心肌梗死后重塑的预防疗法，从修复到再生	最近单细胞测序分析提供了关于特定细胞群体在受影响区域最终纤维沉积中的作用的见解	目前还没有任何细胞或非细胞为基础的治疗方法导致当前与经皮冠状动脉介入治疗或冠状动脉旁路移植术结合使用的药物或设备	评估缺血、炎症、纤维化、血管生成、细胞应激以及基本的细胞和分子成分作为治疗靶点，并探讨当前领域内的趋势和未探索的可行转化研究方法	心肌梗死后的心肌组织重塑过程	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	NA
144	2024-08-08	A comprehensive prognostic signature for glioblastoma patients based on transcriptomics and single cell sequencing 2021-Aug, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-021-00612-1 PMID:34142341	研究论文	本文通过分析TCGA和CGGA数据库中的转录组数据和单细胞测序数据，筛选出与胶质母细胞瘤（GBM）预后相关的差异表达基因（DEGs），并构建了一个综合的GBM预后模型	首次结合转录组和单细胞测序数据，构建了一个综合的GBM预后模型，并在老年GBM患者中验证了其良好的性能	NA	揭示潜在的GBM预后标记基因，阐明其功能，并构建一个有效的GBM患者预后模型	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	使用TCGA和CGGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中提及
145	2024-08-08	Progress in cardiac research: from rebooting cardiac regeneration to a complete cell atlas of the heart 2021-08-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvab200 PMID:34114614	综述	本文回顾了2020年在基础和转化心脏病学研究中的一些重要发现和进展	介绍了新的研究方法，如糖萼模拟物和3D生物打印技术，以及单细胞测序技术在心脏细胞异质性研究中的应用	NA	回顾和总结心脏病学领域的最新研究进展	心脏病学中的心肌梗死、细胞间通讯、干细胞分化、线粒体功能和癌症治疗诱导的心脏毒性等	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	NA
146	2024-08-08	Network biology to uncover functional and structural properties of the plant immune system 2021-08, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2021.102057 PMID:34102601	综述	本文综述了网络科学在植物免疫系统功能和结构特性发现中的应用	探讨了单细胞测序和多组学数据整合在揭示植物免疫系统复杂性中的新前沿	NA	旨在通过网络分析和多维数据整合全面理解植物-病原体相互作用	植物免疫系统的功能和结构特性	生物信息学	NA	网络科学	动态网络模型	多组学数据	NA
147	2024-08-08	SC1: A Tool for Interactive Web-Based Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2021-08, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2021.0051 PMID:34115950	research paper	本文介绍了一种基于网络的高度交互式单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据分析工具SC1	该工具实现了一种基于词频逆文档频率得分的新方法来选择信息基因，并提供了一系列的聚类、差异表达分析、基因富集、交互式可视化和细胞周期分析方法	NA	开发一种交互式的网络工具，用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
148	2024-08-08	Single-Cell Analysis of the Pan-Cancer Immune Microenvironment and scTIME Portal 2021-08, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-1026 PMID:34117085	研究论文	本文通过单细胞测序技术构建了泛癌症免疫微环境（TIME）的单细胞参考图谱，并开发了scTIME门户网站，用于分析和展示TIME的特征及其在免疫治疗中的潜在机制	首次进行了泛癌症的单细胞免疫微环境分析，识别了新的细胞类型特异性转录因子，并开发了scTIME门户网站，提供特定的分析模块和统一的细胞注释	NA	研究泛癌症免疫微环境的特征及其在免疫治疗中的分子和细胞机制	泛癌症免疫微环境中的细胞类型、细胞状态和细胞间通信	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	涉及多种肿瘤类型的患者样本
149	2024-08-08	Cell-type diversity in the bed nucleus of the stria terminalis to regulate motivated behaviors 2021-08-06, Behavioural brain research IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.bbr.2021.113401 PMID:34090941	综述	本文综述了终纹床核（BNST）中不同神经元亚群的多样性及其在调节动机行为中的作用	利用单细胞RNA测序数据揭示了BNST中多种遗传可识别的细胞类型簇	由于BNST神经元内高度分子异质性，该区域如何精确调节不同动机状态的机制仍不清楚	探讨BNST中不同神经元亚群的多样性及其在调节动机行为中的功能角色	终纹床核（BNST）中的神经元亚群及其在调节动机行为中的作用	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
150	2024-08-08	SARS-CoV-2 infection induces beta cell transdifferentiation 2021-08-03, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2021.05.015 PMID:34081913	研究论文	本文描述了SARS-CoV-2病毒抗原在COVID-19患者胰腺beta细胞中的检测，并通过单细胞RNA测序和免疫染色证实了SARS-CoV-2感染引起的细胞应激反应和趋化因子诱导，以及beta细胞向alpha和腺泡细胞的转分化现象。	首次展示了SARS-CoV-2感染导致胰腺beta细胞转分化的现象，并发现这一过程可以通过trans-ISRIB抑制剂逆转。	NA	探讨SARS-CoV-2感染与糖尿病之间的关联及其潜在的病理机制。	COVID-19患者的胰腺beta细胞及SARS-CoV-2感染的影响。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COVID-19患者的胰腺组织样本
151	2024-08-08	Single cell RNA sequencing detects persistent cell type- and methylmercury exposure paradigm-specific effects in a human cortical neurodevelopmental model 2021-Aug, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2021.112288 PMID:34089799	研究论文	通过单细胞RNA测序（scRNAseq）评估了发育期甲基汞暴露在人诱导多能干细胞（hiPSC）分化皮质模型中的持久效应	首次展示了甲基汞在人发育皮质神经元中引起的基因表达变化，这些变化在暴露停止后仍然存在，并且这些变化是细胞类型、发育阶段和暴露范式特异性的	NA	评估发育期甲基汞暴露对人类皮质神经发育的持久影响	人诱导多能干细胞（hiPSC）分化皮质模型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	暴露于0.1和1.0 μM甲基汞浓度的人诱导多能干细胞（hiPSC）分化皮质模型
152	2024-08-08	Integrating multiple references for single-cell assignment 2021-08-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab380 PMID:34037791	研究论文	本文介绍了一种名为mtSC的灵活单细胞分配框架，该框架基于多任务深度度量学习，旨在整合多个参考数据源以提高单细胞分配的准确性	mtSC框架专门设计用于处理多参考数据源中的数据异质性问题，通过多任务深度度量学习提高细胞类型识别的准确性	NA	提高单细胞测序数据分析中的单细胞分配效率	单细胞测序数据	生物信息学	NA	多任务深度度量学习	深度学习模型	单细胞测序数据	使用公开可用的综合基准数据集进行评估
153	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Unique Monocyte Population in Bronchoalveolar Lavage Cells of Mice Challenged With Afghanistan Particulate Matter and Allergen 2021-08-03, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfab065 PMID:34051097	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞中独特的单核细胞群体	发现了一种仅在同时暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠中诱导的独特单核细胞群体，并验证了其与过敏性哮喘相关基因Alox15的表达	NA	定义暴露于阿富汗沙漠颗粒物和屋尘螨的小鼠肺白细胞的转录组反应	暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠肺白细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠，每组15只
154	2024-08-09	Role of pharmacogenomics in T-cell hypersensitivity drug reactions 2021-08-01, Current opinion in allergy and clinical immunology IF:3.0Q3 DOI:10.1097/ACI.0000000000000754 PMID:34039850	研究论文	本文更新了与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素	本文介绍了与免疫发病机制和临床实践相关的新HLA关联，如HLA-B∗13:01与复方磺胺甲噁唑诱导的SCAR，以及HLA-A∗32:01与万古霉素诱导的DRESS	HLA作为风险因素对于大多数T细胞介导的反应是必要但不充分的，且研究主要集中在已易于进行研究的人群中，对全球相关且研究不足的人群风险关注不足	更新与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素	T细胞介导的延迟超敏反应的药物遗传学风险因素	药物遗传学	NA	单细胞测序	NA	遗传数据	大型人群匹配队列
155	2024-08-09	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomic data by integrating multiple prior networks 2021-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2021.107512 PMID:34044202	研究论文	本文开发了一种名为iMPRN的新计算方法，通过整合多个先验网络来推断基因调控网络	iMPRN方法采用线性回归、图嵌入和弹性网络优化每个先验网络，并基于B分数评估调控边的置信度，最终整合这些优化后的网络	NA	重建基因调控网络以理解特定细胞环境中的基因功能	恶性与非恶性头颈部肿瘤细胞的基因调控网络	生物信息学	头颈部肿瘤	scRNA-seq	线性回归、图嵌入、弹性网络	转录组数据	模拟数据集和真实scRNA-seq数据集
156	2024-08-09	Single-cell profiling of tumor-infiltrating TCF1/TCF7+ T cells reveals a T lymphocyte subset associated with tertiary lymphoid structures/organs and a superior prognosis in oral cancer 2021-08, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2021.105348 PMID:34044317	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，探讨了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与三级淋巴结构和预后的关系	首次详细报道了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关联，并提出了其作为治疗靶点和预后标志物的潜力	NA	探讨TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关系	口腔鳞状细胞癌中的TCF1/TCF7+ T细胞及其与三级淋巴结构的关系	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
157	2024-08-09	Category encoding method to select feature genes for the classification of bulk and single-cell RNA-seq data 2021-08-15, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.9015 PMID:34028849	研究论文	本文提出了一种类别编码（CAEN）方法，用于选择特征基因以分类批量和单细胞RNA-seq数据	CAEN方法通过使用每个类别中基因序列样本的排名进行类别编码，并考虑样本排名和新的类别排名的相关系数，选择最高基因相关系数作为特征基因	NA	改进批量和单细胞RNA-seq数据的分类性能并节省计算时间	批量和单细胞RNA-seq数据中的特征基因选择	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	NA
158	2024-08-09	Characterization of Global Research Trends and Prospects on Single-Cell Sequencing Technology: Bibliometric Analysis 2021-08-10, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/25789 PMID:34014832	研究论文	本文通过文献计量分析方法，研究了单细胞测序技术领域的全球合作网络和发展趋势	分析了单细胞测序技术在免疫学应用中的潜在研究热点	NA	展示单细胞测序方法领域的合作情况，并探索关键主题和未来方向	单细胞测序技术	NA	NA	单细胞测序	NA	文献	2489篇文献，涉及14,202位作者，1970个机构，61个国家
159	2024-08-09	Genome medicine in male infertility: From karyotyping to single-cell analysis 2021-Aug, The journal of obstetrics and gynaecology research IF:1.6Q3 DOI:10.1111/jog.14828 PMID:33998107	研究论文	本文探讨了从核型分析到单细胞分析的男性不育基因组医学进展	文章介绍了通过微阵列技术和下一代测序（NGS）技术，超越传统的核型和聚合酶链反应分析，发现越来越多的遗传异常导致生精障碍，并引入了单细胞转录组分析以更全面地理解睾丸病理	文章指出大多数基因突变，如克莱因费尔特综合征、无精子因子微缺失或先天性双侧输精管缺失，并不遵循一个基因-一个表型的模式	旨在通过结合表型数据和大量生物信息学数据，更全面地理解男性不育的病理生理学，从而不仅有助于诊断，还能指导不育治疗的选择和新治疗方式的开发	研究对象为男性不育症，特别是非阻塞性无精子症（NOA）	基因组学	男性不育症	下一代测序（NGS）	NA	基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据	使用人类睾丸样本进行单细胞转录组分析
160	2024-08-09	NK cell and ILC heterogeneity in colorectal cancer. New perspectives from high dimensional data 2021-08, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2021.100967 PMID:33941383	综述	本文综述了自然杀伤细胞（NK细胞）和先天性淋巴细胞（ILCs）在结直肠癌（CRC）中的异质性及其在疾病发生发展中的作用	利用下一代测序技术和单细胞RNA测序方法，结合多维流式细胞术分析，揭示了ILC系统在稳态和病理状态下的复杂性和异质性	NA	探讨NK细胞和ILCs在CRC发病机制中的保护性和有害作用	NK细胞和ILCs在CRC中的表型和转录修饰	NA	结直肠癌	下一代测序技术，单细胞RNA测序	NA	高维数据	NA