单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics of planktonic and sessile bacterial populations at single-cell resolution
2021-08-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abi4882
PMID:34385369
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研究论文 | 本文介绍了一种名为par-seqFISH的转录组成像方法，能够在单细胞和分子水平上记录基因表达和空间环境，并应用于机会性病原体的研究 | par-seqFISH方法能够在微尺度集合中以高分辨率记录基因表达和空间环境，为微生物群体的复杂动态研究提供了新的途径 | NA | 捕捉微生物群体在相关时空尺度上的异质表型 | 机会性病原体的浮游和生物膜培养中的微生物群体 | NA | NA | par-seqFISH (parallel sequential fluorescence in situ hybridization) | NA | 基因表达数据 | 约60万个体，跨越数十种条件 |
| 102 | 2024-08-08 |
Advances in single-cell sequencing: insights from organ transplantation
2021-08-13, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-021-00336-1
PMID:34389057
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在器官移植和排斥反应中的应用 | 该方法提供了特定组织中多种细胞群体的完整图谱，并提供了一种动态和暂时的无偏方法来探索移植物功能障碍的进展 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在器官移植和排斥反应中的应用 | 免疫系统在器官移植和排斥反应中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 103 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptomics reveal trans-differentiation of pancreatic beta cells following inactivation of the TFIID subunit Taf4
2021-08-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-04067-y
PMID:34385420
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研究论文 | 本文研究了TFIID亚基Taf4在成年小鼠胰腺β细胞中的失活对胰岛素信号传导调控的影响 | 首次揭示了Taf4失活后胰腺β细胞向α样细胞的跨分化现象 | NA | 探讨Taf4在胰腺β细胞中的功能及其对胰岛素信号传导的影响 | 成年小鼠胰腺β细胞 | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 104 | 2024-08-08 |
ICAM1 initiates CTC cluster formation and trans-endothelial migration in lung metastasis of breast cancer
2021-08-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25189-z
PMID:34381029
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和蛋白质分析，研究了三阴性乳腺癌（TNBC）原发肿瘤细胞和肺转移的特征，发现ICAM1在肺转移中表达增加，并揭示了ICAM1在肿瘤细胞聚集和跨内皮迁移中的作用。 | 首次报道了ICAM1在三阴性乳腺癌肺转移中的作用，并揭示了ICAM1介导的肿瘤细胞聚集和跨内皮迁移的分子机制。 | 研究基于患者来源的异种移植模型，可能需要进一步的临床验证。 | 探究ICAM1在三阴性乳腺癌肺转移中的作用及其分子机制。 | 三阴性乳腺癌的原发肿瘤细胞和肺转移。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA序列 | 三个三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs） |
| 105 | 2024-08-08 |
Molecular characteristics and spatial distribution of adult human corneal cell subtypes
2021-08-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-94933-8
PMID:34381080
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了成人角膜细胞亚型的分子特征和空间分布 | 首次在全基因组转录水平上深入了解人类角膜的细胞亚型，揭示了与发育、功能和位置相关的新的细胞分组 | NA | 研究成人角膜细胞亚型的分子特征和空间分布 | 成人角膜细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个成人角膜样本 |
| 106 | 2024-08-08 |
Integrated single-cell analysis revealed immune dynamics during Ad5-nCoV immunization
2021-Aug-10, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00300-2
PMID:34373443
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和V(D)J测序技术，分析了四名COVID-19疫苗试验参与者的外周血单个核细胞在免疫接种过程中的免疫动态变化 | 首次通过scRNA/V(D)J-seq方法揭示了免疫接种过程中细胞免疫和体液免疫的增强，并鉴定出几种潜在的结合抗体 | 研究样本量较小，仅包括四名疫苗试验参与者 | 评估疫苗的安全性和反应，并探索免疫接种过程中的免疫动态变化 | COVID-19疫苗试验参与者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 四名疫苗试验参与者 |
| 107 | 2024-08-08 |
Ref-1 redox activity alters cancer cell metabolism in pancreatic cancer: exploiting this novel finding as a potential target
2021-Aug-10, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-02046-x
PMID:34376225
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研究论文 | 本研究探讨了红氧因子-1（Ref-1）在胰腺癌细胞代谢中的作用，并评估了其作为潜在治疗靶点的可能性。 | 首次揭示了Ref-1在低氧条件下对胰腺癌细胞代谢途径的影响，并通过单细胞RNA测序和蛋白质组学验证了其作用机制。 | 研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床试验来验证Ref-1抑制剂的疗效。 | 探索Ref-1在胰腺癌中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力。 | 胰腺癌细胞及其代谢途径。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 胰腺癌细胞在低氧条件下的样本 |
| 108 | 2024-08-08 |
MAAPER: model-based analysis of alternative polyadenylation using 3' end-linked reads
2021-08-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02429-5
PMID:34376236
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于概率模型的方法MAAPER，用于利用靠近多聚腺苷酸位点（PAS）的读取数据进行选择性多聚腺苷酸化（APA）分析 | MAAPER能够高准确度和敏感度地预测PAS，并能对不同类型的APA事件进行稳健的统计分析 | NA | 开发一种新的方法来分析APA isoform的丰度 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）isoforms | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 概率模型 | 测序读取数据 | NA |
| 109 | 2024-08-08 |
Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets
2021-08-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00941-8
PMID:34376240
|
研究论文 | 本文介绍了使用单核RNA测序（snRNA-seq）作为研究移植人胰岛细胞的替代方法，并与单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了比较。 | 引入了snRNA-seq作为研究移植人胰岛细胞的新方法，特别是在scRNA-seq不适用的情况下。 | NA | 探讨snRNA-seq在研究移植人胰岛细胞转录组特征中的应用。 | 人胰岛细胞的转录组特征。 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自同一供体的鲜活和冷冻人胰岛细胞样本。 |
| 110 | 2024-08-08 |
Chronological genome and single-cell transcriptome integration characterizes the evolutionary process of adult T cell leukemia-lymphoma
2021-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25101-9
PMID:34376672
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研究论文 | 本文开发并利用基于捕获的测序面板，结合深度DNA测序和单细胞RNA测序，研究成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）的克隆结构，并分析其基因组和转录组特征 | 首次整合基因组和单细胞转录组数据，以研究ATL的进化过程，揭示了与亚克隆扩张和转换相关的特征性基因组和转录组模式 | NA | 研究成人T细胞白血病-淋巴瘤的克隆结构和进化过程 | 成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）及其前驱个体 | 数字病理学 | 成人T细胞白血病-淋巴瘤 | 基于捕获的测序 | NA | DNA序列和单细胞RNA序列 | 从ATL患者或前驱个体收集的多个时间点样本 |
| 111 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the dynamics of human immune cells during early fetal skin development
2021-08-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109524
PMID:34380039
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类胎儿皮肤发育早期免疫细胞的转录组动态变化 | 首次揭示了人类胎儿皮肤发育过程中免疫细胞的动态变化和功能成熟过程 | NA | 探究人类胎儿皮肤发育过程中免疫细胞的发育动态 | 人类胎儿皮肤中的CD45造血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13种免疫细胞类型 |
| 112 | 2024-08-08 |
CoSTA: unsupervised convolutional neural network learning for spatial transcriptomics analysis
2021-Aug-09, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04314-1
PMID:34372758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CoSTA的新方法，通过卷积神经网络（ConvNet）聚类学习基因表达矩阵之间的空间相似性 | CoSTA强调了空间模式而非像素级相关性，并提供了基因表达模式相似性的定量测量 | NA | 探索空间转录组学技术中基因调控的空间上下文，并提出新的分析方法 | 基因表达矩阵的空间相似性 | 机器学习 | NA | 卷积神经网络（ConvNet） | CNN | 矩阵 | 模拟和已发表的空间转录组学数据 |
| 113 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of intramedullary canal tissue to improve methods for studying fracture repair biology
2021-08, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.2144/btn-2021-0002
PMID:34374302
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研究论文 | 本文描述了一种从手术中刮取的骨髓腔组织中分离单个细胞进行单细胞RNA测序的技术，旨在详细说明收集和处理骨髓腔组织样本的挑战和解决方案，并展示了这种方法在预期研究中的可行性。 | 开发了一种新的技术，用于从骨髓腔组织中分离单个细胞进行单细胞RNA测序，以研究骨折修复生物学。 | NA | 研究骨折愈合失败的骨微环境，以发现骨折不愈合的生物标志物。 | 骨髓腔组织中的单个细胞。 | 数字病理学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 新鲜和再激活的样本 |
| 114 | 2024-08-08 |
Measles virus exits human airway epithelia within dislodged metabolically active infectious centers
2021-08, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009458
PMID:34383863
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研究论文 | 研究麻疹病毒在人类呼吸道上皮细胞中的复制过程，特别是其在脱落感染中心内的代谢活性 | 首次揭示了麻疹病毒在呼吸道上皮细胞中形成并脱落的感染中心，这些中心保持了代谢活性并可能通过咳嗽和打喷嚏传播病毒 | 研究主要集中在体外模型上，可能与真实人体内的病毒行为存在差异 | 探讨麻疹病毒在呼吸道上皮细胞中的复制机制及其传播方式 | 人类呼吸道上皮细胞及麻疹病毒 | NA | 麻疹 | 共聚焦显微镜、单细胞RNA测序、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷染色 | NA | 细胞 | 来自肺捐赠者的良好分化的人类呼吸道上皮细胞（HAE） |
| 115 | 2024-08-08 |
Sc-compReg enables the comparison of gene regulatory networks between conditions using single-cell data
2021-08-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25089-2
PMID:34362918
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研究论文 | 提出了一种名为sc-compReg的方法，用于比较两种条件下使用单细胞基因表达和染色质可及性数据构建的基因调控网络 | 开发了sc-compReg软件，能够联合聚类和嵌入来自scRNA-seq和scATAC-seq的细胞，并构建两种条件下的差异调控网络 | NA | 比较疾病与健康个体或两种不同治疗之间的基因调控网络 | 慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者与健康对照的基因调控网络 | 生物信息学 | 白血病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 单个CLL患者与健康对照 |
| 116 | 2024-08-08 |
Viral vector-mediated reprogramming of the fibroblastic tumor stroma sustains curative melanoma treatment
2021-08-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25057-w
PMID:34354077
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研究论文 | 研究通过病毒载体介导的纤维母细胞瘤基质重编程，探讨其在黑色素瘤治疗中的作用 | 首次展示了通过病毒载体表达黑色素细胞分化抗原，实现对黑色素瘤的长期控制，并揭示了特定纤维母细胞亚群在肿瘤微环境中的免疫刺激作用 | NA | 探讨病毒载体介导的纤维母细胞瘤基质重编程在黑色素瘤治疗中的作用 | 纤维母细胞瘤基质细胞和黑色素瘤 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 117 | 2024-08-08 |
Dysregulated hematopoiesis in bone marrow marks severe COVID-19
2021-Aug-04, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00296-9
PMID:34349096
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19患者骨髓单个核细胞，发现严重病例中存在造血干细胞G1期占优势且易凋亡，以及未成熟髓系祖细胞积累和淋巴系祖细胞显著减少的现象。 | 首次揭示了严重COVID-19患者骨髓中造血干细胞的异常状态及其对下游祖细胞分化的影响。 | 研究样本仅包括COVID-19患者，未涉及健康对照组的骨髓细胞分析。 | 探讨严重COVID-19患者中造血干细胞如何影响外周淋巴和髓系细胞的功能障碍。 | COVID-19患者的骨髓单个核细胞。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 118 | 2024-08-08 |
Development and validation of an intra-tumor heterogeneity-related signature to predict prognosis of bladder cancer: a study based on single-cell RNA-seq
2021-08-02, Aging
DOI:10.18632/aging.203353
PMID:34339395
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据，开发并验证了一种与膀胱癌内肿瘤异质性相关的预后标志物 | 首次基于单细胞RNA测序数据构建了与膀胱癌内肿瘤异质性相关的预后模型 | NA | 开发和验证一种新的预后标志物，用于预测膀胱癌的预后 | 膀胱癌的内肿瘤异质性 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso和多元Cox回归模型 | 基因数据 | 分析了2075个细胞，评估了396个病例，并在训练和外部验证数据集中进行了验证 |
| 119 | 2024-08-08 |
Differential gene regulation in DAPT-treated Hydra reveals candidate direct Notch signalling targets
2021-08-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.258768
PMID:34346482
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和启动子分析，探讨了在Hydra中使用Notch抑制剂DAPT处理后基因表达的变化，以及Notch信号通路在头部模式形成和间质细胞分化中的分子机制 | 本研究首次在Hydra中识别出Notch信号通路的直接调控基因，并提出了Sp5和HyAlx作为潜在的直接Notch目标基因 | NA | 理解Notch信号通路在Hydra头部模式形成和间质细胞分化中的分子机制 | Hydra中的Notch信号通路及其调控基因 | 分子生物学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 120 | 2024-08-08 |
SCITO-seq: single-cell combinatorial indexed cytometry sequencing
2021-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01222-3
PMID:34354295
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCITO-seq的工作流程，该流程利用splint寡核苷酸实现对DNA条形码抗体的组合索引单细胞测序 | SCITO-seq通过编码样品条形码到splint寡核苷酸中，实现了与质谱流式细胞术相当的细胞组成和表面蛋白表达的可靠估计，并扩展了其与商业DNA条形码抗体的兼容性以及同一细胞中转录组和表面蛋白的同时表达分析 | NA | 开发一种灵活且超高吞吐量的基于测序的单细胞蛋白和多模态分析平台 | 单细胞表面分子标记的蛋白质丰度 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 蛋白质表达数据 | 每个反应超过10个细胞 |