单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-08 |
Fast and memory-efficient scRNA-seq k-means clustering with various distances
2021-Aug, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine
DOI:10.1145/3459930.3469523
PMID:34778889
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研究论文 | 本文介绍了一种新的方法和开源库minicore，用于高效地对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行k-means聚类 | minicore库引入了向量化的加权水库抽样算法，能够快速找到初始的k-means++中心，并支持多种距离度量，如欧几里得距离、Jensen-Shannon散度、Kullback-Leibler散度和Bhattachaiyya距离 | NA | 开发一种快速且内存高效的scRNA-seq数据k-means聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | k-means聚类 | 基因表达矩阵 | 400万细胞 |
| 62 | 2024-08-08 |
[An optimized protocol of meniscus cell extraction for single-cell RNA sequencing]
2021-Aug-31, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本文优化了半月板细胞提取协议，以提高细胞悬液制备效率并保持高细胞活力，用于单细胞RNA测序。 | 提出了一个优化的半月板细胞提取协议，相比常规方法能获得更多细胞且细胞活力更高。 | NA | 优化半月板细胞提取协议，以提高单细胞RNA测序的效率和细胞活力。 | 半月板细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过1×10^5个细胞 |
| 63 | 2024-08-08 |
Single-Cell Omics in Dissecting Immune Microenvironment of Malignant Gliomas-Challenges and Perspectives
2021-08-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092264
PMID:34571910
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研究论文 | 本文综述了单细胞技术在解析恶性胶质瘤免疫微环境中的应用，并探讨了其面临的挑战和未来展望 | 单细胞RNA测序和时间飞行细胞仪技术提供了前所未有的肿瘤微环境解析能力 | NA | 总结单细胞技术在恶性胶质瘤免疫微环境研究中的发现，并探讨其对设计有效免疫疗法的重要性 | 恶性胶质瘤的免疫微环境及其对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、时间飞行细胞仪（CyTOF） | NA | 单细胞数据 | NA |
| 64 | 2024-08-08 |
Loss of Ubiquitin Carboxy-Terminal Hydrolase L1 Impairs Long-Term Differentiation Competence and Metabolic Regulation in Murine Spermatogonial Stem Cells
2021-08-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092265
PMID:34571914
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研究论文 | 研究探讨了UCH-L1在鼠精原干细胞中的作用及其对长期分化能力和代谢调节的影响 | 首次揭示了UCH-L1缺失对精原干细胞稳态和代谢的影响，以及其对精原干细胞分化能力的潜在作用 | NA | 理解UCH-L1在鼠精原干细胞中的功能及其对精原干细胞分化和代谢的影响 | 鼠精原干细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 65 | 2024-08-08 |
Pushing the Boundaries: Forensic DNA Phenotyping Challenged by Single-Cell Sequencing
2021-08-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12091362
PMID:34573344
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在法医DNA表型分析中的应用 | 首次将单细胞测序技术应用于法医DNA表型分析，以改善混合物解卷积 | 单细胞测序在法医学中的应用尚不普遍 | 研究单细胞测序技术在法医DNA表型分析中的潜力 | 从尸检血液中分离的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | DNA | 20、10、5个细胞组以及20个单细胞 |
| 66 | 2024-08-08 |
Modeling Notch-Induced Tumor Cell Survival in the Drosophila Ovary Identifies Cellular and Transcriptional Response to Nuclear NICD Accumulation
2021-08-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092222
PMID:34571871
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研究论文 | 本文通过建立果蝇卵巢肿瘤模型，研究了核内NICD积累对肿瘤细胞存活的影响及其细胞和转录反应。 | 开发了一种新的肿瘤模型，利用bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了NICD积累对肿瘤生长和细胞存活的分子机制。 | NA | 旨在理解NICD积累在肿瘤发生过程中的影响及其分子机制。 | 果蝇卵巢肿瘤细胞及其对NICD积累的响应。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 使用了bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术，具体样本数量未明确。 |
| 67 | 2024-08-08 |
Preparation of Drosophila Larval Blood Cells for Single-cell RNA Sequencing
2021-Aug-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4127
PMID:34541045
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研究论文 | 本文提供了一种详细的方法，用于从果蝇第三龄幼虫中获取用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞 | 该方法简便且可重复，无需酶解，细胞存活率问题极小 | NA | 提供一种用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞的制备方法 | 果蝇第三龄幼虫的血细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 从果蝇第三龄幼虫中获取的血细胞 |
| 68 | 2024-08-08 |
Single-Cell Cloning of Breast Cancer Cells Secreting Specific Subsets of Extracellular Vesicles
2021-Aug-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13174397
PMID:34503207
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研究论文 | 本文开发了一种高通量单细胞技术，用于映射外泌体分泌的动态变化，并研究了非转移性乳腺癌细胞分泌特定外泌体亚集的现象 | 首次展示了外泌体分泌的特异性是一种可遗传的特性，并揭示了CD81CD63EV分泌在肿瘤形成中的抑制作用 | NA | 研究外泌体分泌在单细胞水平上的异质性及其在疾病中的作用 | 乳腺癌细胞及其分泌的外泌体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了乳腺癌细胞系和人类非转移性乳腺癌肿瘤样本 |
| 69 | 2024-08-08 |
Interleukin-6 actions in the hypothalamus protects against obesity and is involved in the regulation of neurogenesis
2021-Aug-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02242-8
PMID:34465367
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研究论文 | 研究白细胞介素-6（IL6）在下丘脑中的作用，探讨其对肥胖的预防和减轻以及神经发生调控的影响 | 首次探索了IL6在下丘脑中的神经发生作用，并证实了其通过调节神经发生相关基因表达来影响肥胖 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨IL6在下丘脑中的作用及其对肥胖和神经发生的调控机制 | 野生型（WT）和IL6敲除（KO）小鼠的下丘脑神经发生 | NA | 肥胖 | 免疫荧光、实时PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和IL6敲除小鼠 |
| 70 | 2024-08-08 |
Conifer: clonal tree inference for tumor heterogeneity with single-cell and bulk sequencing data
2021-Aug-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04338-7
PMID:34461827
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Conifer的新方法，结合单细胞和批量测序数据来更准确地识别肿瘤克隆及其进化关系 | Conifer方法通过结合批量测序数据的聚合变异等位基因频率和单细胞测序数据的分支事件信息，提高了克隆识别和克隆树推断的准确性 | NA | 开发一种准确且稳健的方法来识别肿瘤异质性的克隆及其进化历史 | 肿瘤克隆及其进化关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 71 | 2024-08-08 |
Study of cellular heterogeneity and differential dynamics of autophagy in human embryonic kidney development by single-cell RNA sequencing
2021-Aug-30, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-021-02154-w
PMID:34461918
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了人类胚胎肾脏发育过程中细胞异质性和自噬的差异动力学 | 首次揭示了自噬相关基因在人类胚胎肾脏发育过程中的表达变化，并分析了细胞异质性对自噬调控的影响 | 研究主要集中在胚胎肾脏发育的特定阶段，未来研究可以扩展到更多发育阶段和不同类型的细胞 | 探讨自噬在人类胚胎肾脏发育中的作用及其与细胞异质性的关系 | 人类胚胎肾脏细胞及其自噬相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36,151个人类肾脏细胞，来自9-18周孕期的胚胎肾脏 |
| 72 | 2024-08-08 |
Durable tracking anti-SARS-CoV-2 antibodies in cancer patients recovered from COVID-19
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96195-w
PMID:34462453
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研究论文 | 本研究追踪了53名来自武汉的癌症患者在感染SARS-CoV-2后抗SARS-CoV-2抗体的持久性 | 发现化疗和放疗可能有助于延长抗SARS-CoV-2 IgG的持续时间 | NA | 探讨癌症患者在COVID-19康复后抗SARS-CoV-2抗体的持久性 | 53名感染SARS-CoV-2的癌症患者 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 53名癌症患者 |
| 73 | 2024-08-08 |
Profiling Transcription Initiation in Peripheral Leukocytes Reveals Severity-Associated Cis-Regulatory Elements in Critical COVID-19
2021-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.08.24.457187
PMID:34462742
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研究论文 | 本文通过分析外周白细胞中活性顺式调控元件，揭示了与COVID-19严重程度相关的转录调控程序 | 首次全面分析了COVID-19患者外周白细胞中的活性顺式调控元件，识别了与疾病严重程度相关的转录因子基序和调控网络 | NA | 研究转录因子及其调控程序在COVID-19免疫反应中的作用及其与疾病结果的关系 | COVID-19患者的严重程度与外周白细胞中的转录调控元件 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA | NA |
| 74 | 2024-08-08 |
CXCR6 is required for antitumor efficacy of intratumoral CD8+ T cell
2021-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003100
PMID:34462326
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研究论文 | 研究探讨了CXCR6在肿瘤内CD8+ T细胞中的表达及其在抗肿瘤免疫治疗中的作用 | 首次揭示了CXCR6+CD8+ T细胞在肿瘤免疫治疗中的重要作用，并提出CXCR6可能作为免疫治疗的有效生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证 | 准确识别具有高效抗肿瘤效应的细胞毒性T淋巴细胞亚群 | CXCR6在肿瘤内CD8+ T细胞中的表达及其功能 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、转录组测序数据和多参数流式细胞技术 | NA | RNA | 使用Cxcr6-/-小鼠和骨髓嵌合体进行实验 |
| 75 | 2024-08-08 |
A novel method for predicting cell abundance based on single-cell RNA-seq data
2021-Aug-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04187-4
PMID:34433409
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研究论文 | 本文提出了一种名为DCap的新方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞丰度 | DCap方法通过非负最小二乘法考虑了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据的测量噪声和计算误差，并通过加权迭代最小二乘法进行计算，从而减少了测量误差和不同样本中相同类型细胞表达基因数的差异导致的误差 | NA | 解决细胞类型丰度预测中的反卷积问题，并提供更好的疾病组织中细胞比例变化的研究 | 细胞类型丰度预测方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负最小二乘法 | RNA测序数据 | NA |
| 76 | 2024-08-08 |
Current Epigenetic Insights in Kidney Development
2021-08-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12081281
PMID:34440455
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综述 | 本文综述了与肾脏发育相关的表观遗传机制，包括主要基因和信号通路，以及单细胞RNA测序技术在肾脏发育研究中的应用 | 结合单细胞RNA测序和单细胞表观基因组学技术，有助于进一步理解胚胎和成人肾脏发育中早期细胞谱系特化的表观遗传修饰 | NA | 探讨表观遗传机制在肾脏发育中的作用 | 肾脏发育中的表观遗传机制 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 77 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of Hepatic Stellate Cells in Fibrogenesis of the Liver: Insights from Single-Cell Transcriptomic Analysis in Liver Injury
2021-08-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10082129
PMID:34440898
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析（scRNA-seq）探讨了肝星状细胞（HSC）在肝损伤中的纤维化机制 | 发现了多个HSC亚群，其中一个亚群表达高水平的细胞周期调控基因，并揭示了HSC向肌成纤维细胞转化的动态过程 | NA | 阐明肝星状细胞激活的机制及其在肝损伤中的纤维化过程 | 肝星状细胞及其在肝损伤中的功能异质性 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 使用了LRAT-Cre:Rosa26mT/mG小鼠模型，通过流式细胞仪分离出激活的GFP阳性HSC细胞群，共鉴定出8个HSC亚群 |
| 78 | 2024-08-08 |
EmptyNN: A neural network based on positive and unlabeled learning to remove cell-free droplets and recover lost cells in scRNA-seq data
2021-Aug-13, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2021.100311
PMID:34430929
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研究论文 | 介绍了一种名为EmptyNN的新型细胞识别算法，该算法基于正未标记学习训练神经网络，用于改进条形码过滤，以区分无细胞和含细胞的液滴 | EmptyNN算法能够准确移除无细胞液滴并恢复丢失的细胞群集，其性能优于当前最先进的细胞识别算法 | NA | 提高基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）的质量控制分析 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的无细胞和含细胞液滴 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 神经网络 | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 79 | 2024-08-08 |
Clinical Perspectives of Single-Cell RNA Sequencing
2021-08-06, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom11081161
PMID:34439827
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研究论文 | 本文探讨了单细胞基因组学在癌症精准医疗中的应用及其临床意义 | 单细胞基因组学能够解决肿瘤内异质性和微环境成分对治疗反应和抵抗的影响 | 单细胞基因组学在临床相关性的探索上仍处于早期阶段，需要进一步创新以广泛应用于临床 | 探索单细胞RNA测序技术在癌症精准医疗中的应用 | 癌症细胞的异质性和微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 80 | 2024-08-08 |
A Systematic Review on the Therapeutic Potentiality of PD-L1-Inhibiting MicroRNAs for Triple-Negative Breast Cancer: Toward Single-Cell Sequencing-Guided Biomimetic Delivery
2021-08-04, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12081206
PMID:34440380
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综述 | 本文是一篇系统综述，旨在探讨PD-L1抑制性微小RNA（miRs）在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗中的潜在应用，特别是基于单细胞测序引导的仿生递送策略。 | 本文提出了基于单细胞测序技术的仿生递送策略，以提高miR递送的特异性、效力和减少传统方法的毒性，为患者提供个性化癌症治疗。 | NA | 旨在全面且无偏见地综合当前关于PD-L1抑制性miRs恢复对TNBC发展和肿瘤微环境影响的证据。 | 研究对象为三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境。 | NA | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |