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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptional profiling reveals the heterogeneity in embryonal rhabdomyosarcoma
2021-Aug-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000026775
PMID:34397824
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析胚胎型横纹肌肉瘤的转录组异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了胚胎型横纹肌肉瘤的细胞异质性和进化轨迹 | NA | 探究胚胎型横纹肌肉瘤的异质性、起源和病因 | 胚胎型横纹肌肉瘤的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 儿童软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个肿瘤组织细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
Functional microRNA targetome undergoes degeneration-induced shift in the retina
2021-08-31, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00478-9
PMID:34465369
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研究论文 | 本研究探讨了视网膜退化过程中微小RNA(miRNA)目标组的改变,并分析了其在健康和退化视网膜中的相互作用。 | 研究揭示了视网膜退化过程中miRNA目标组的活性变化,特别是在炎症途径中的miRNA富集。 | 研究主要基于啮齿动物模型和公开的单细胞RNA测序数据,可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 识别健康和退化视网膜中miRNA/mRNA相互作用,以深入了解miRNA在疾病发病机制中的调控作用,并探索潜在的治疗靶点。 | 研究对象包括健康和退化视网膜中的miRNA及其目标mRNA。 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | AGO2 HITS-CLIP, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 研究使用了啮齿动物模型,具体样本数量未详细说明。 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Core Regulatory Programs That Determine the Heterogeneity of Circulating and Tissue-Resident Memory CD8+ T Cells
2021-08-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10082143
PMID:34440912
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术,研究了组织驻留记忆CD8+ T细胞与其他循环记忆细胞的转录组和调控因子,揭示了急性感染期间TRM细胞的异质性和新的转录调控因子。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了小肠中TRM细胞的异质性及其潜在的转录调控因子。 | NA | 研究急性感染期间CD8+ T细胞记忆亚群的转录调控机制,以期为疫苗接种和免疫治疗提供新的途径。 | 组织驻留记忆CD8+ T细胞与其他循环记忆细胞的转录组和调控因子。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-07 |
Gli1+ progenitors mediate bone anabolic function of teriparatide via Hh and Igf signaling
2021-08-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109542
PMID:34407400
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了Gli1+元骨髓间充质前体细胞(MMPs)对特立帕肽的反应及其在骨形成中的作用 | 首次发现并证实了特立帕肽通过Hh和Igf信号通路刺激MMPs的增殖和成骨分化,特别是发现了一种新的软骨细胞样成骨前体细胞(COP) | 研究主要集中在生长中的小鼠模型,其结果在人类或其他年龄段的动物中的适用性有待进一步研究 | 探讨特立帕肽在骨形成中的细胞靶点和信号通路 | Gli1+元骨髓间充质前体细胞(MMPs)及其对特立帕肽的反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个细胞簇 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
Metabolic modeling of single Th17 cells reveals regulators of autoimmunity
2021-08-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.05.045
PMID:34216539
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Compass的算法,用于基于单细胞RNA测序和通量平衡分析来表征细胞的代谢状态,并应用于Th17细胞的代谢状态与其功能变异性(致病潜力)的关联研究 | Compass算法能够预测Th17致病性与精氨酸及下游多胺代谢的关联,并通过实验验证了这一预测 | NA | 研究单个Th17细胞的代谢模型,揭示自身免疫的调控因子 | Th17细胞的代谢状态及其与功能变异性的关联 | NA | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | Compass算法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
MondoA-Thioredoxin-Interacting Protein Axis Maintains Regulatory T-Cell Identity and Function in Colorectal Cancer Microenvironment
2021-08, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.04.041
PMID:33901495
|
研究论文 | 本文研究了MondoA-硫氧还蛋白相互作用蛋白轴在结直肠癌微环境中对肿瘤内调节性T细胞(Tregs)身份和功能的影响 | 揭示了MondoA-TXNIP轴在结直肠癌微环境中对Tregs代谢和功能的调控作用,并提出其作为癌症治疗的新靶点 | NA | 探究MondoA在结直肠癌浸润Tregs中对葡萄糖限制的响应作用 | 结直肠癌中的肿瘤内调节性T细胞(Tregs) | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用小鼠和人类结直肠癌组织进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)†
2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab085
PMID:33676365
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03634-9
PMID:34381231
|
综述 | 本文综述了空间转录组技术及其在生物学研究中的应用 | 介绍了空间转录组技术在探索组织结构中的创新应用 | NA | 探讨基因活动如何调控多细胞生物中的复杂细胞排列 | 空间转录组技术在神经科学、发育生物学、植物生物学及疾病研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle
2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908
PMID:33975022
|
研究论文 | 研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化 | 揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化,并强调了比其他阶段进化更快的阶段 | NA | 探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化 | 啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个发育阶段的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Developmental Relationships and Specific Markers of Mouse Periodontium Cellular Subsets
2021-Aug, Frontiers in dental medicine
IF:1.5Q3
DOI:10.3389/fdmed.2021.679937
PMID:34966906
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了小鼠牙周组织细胞亚群的发育关系及特定标记物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术,揭示了牙周组织细胞的异质性及其与牙囊细胞的关系,并鉴定了区分牙骨质细胞和牙槽骨成骨细胞的特定基因 | NA | 探讨牙周组织细胞的发育关系及其细胞间相互作用 | 小鼠牙周组织的细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括PTHrP-mCherry牙囊细胞(P6)和2.3kb Col1a1启动子驱动的GFP牙周细胞(P25) | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-08 |
Fast and memory-efficient scRNA-seq k-means clustering with various distances
2021-Aug, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine
DOI:10.1145/3459930.3469523
PMID:34778889
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的方法和开源库minicore,用于高效地对单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据进行k-means聚类 | minicore库引入了向量化的加权水库抽样算法,能够快速找到初始的k-means++中心,并支持多种距离度量,如欧几里得距离、Jensen-Shannon散度、Kullback-Leibler散度和Bhattachaiyya距离 | NA | 开发一种快速且内存高效的scRNA-seq数据k-means聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | k-means聚类 | 基因表达矩阵 | 400万细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-08 |
[An optimized protocol of meniscus cell extraction for single-cell RNA sequencing]
2021-Aug-31, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
|
研究论文 | 本文优化了半月板细胞提取协议,以提高细胞悬液制备效率并保持高细胞活力,用于单细胞RNA测序。 | 提出了一个优化的半月板细胞提取协议,相比常规方法能获得更多细胞且细胞活力更高。 | NA | 优化半月板细胞提取协议,以提高单细胞RNA测序的效率和细胞活力。 | 半月板细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过1×10^5个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-08 |
Single-Cell Omics in Dissecting Immune Microenvironment of Malignant Gliomas-Challenges and Perspectives
2021-08-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092264
PMID:34571910
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研究论文 | 本文综述了单细胞技术在解析恶性胶质瘤免疫微环境中的应用,并探讨了其面临的挑战和未来展望 | 单细胞RNA测序和时间飞行细胞仪技术提供了前所未有的肿瘤微环境解析能力 | NA | 总结单细胞技术在恶性胶质瘤免疫微环境研究中的发现,并探讨其对设计有效免疫疗法的重要性 | 恶性胶质瘤的免疫微环境及其对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、时间飞行细胞仪(CyTOF) | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-08 |
Loss of Ubiquitin Carboxy-Terminal Hydrolase L1 Impairs Long-Term Differentiation Competence and Metabolic Regulation in Murine Spermatogonial Stem Cells
2021-08-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092265
PMID:34571914
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研究论文 | 研究探讨了UCH-L1在鼠精原干细胞中的作用及其对长期分化能力和代谢调节的影响 | 首次揭示了UCH-L1缺失对精原干细胞稳态和代谢的影响,以及其对精原干细胞分化能力的潜在作用 | NA | 理解UCH-L1在鼠精原干细胞中的功能及其对精原干细胞分化和代谢的影响 | 鼠精原干细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-08 |
Pushing the Boundaries: Forensic DNA Phenotyping Challenged by Single-Cell Sequencing
2021-08-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12091362
PMID:34573344
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在法医DNA表型分析中的应用 | 首次将单细胞测序技术应用于法医DNA表型分析,以改善混合物解卷积 | 单细胞测序在法医学中的应用尚不普遍 | 研究单细胞测序技术在法医DNA表型分析中的潜力 | 从尸检血液中分离的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | DNA | 20、10、5个细胞组以及20个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-08 |
Modeling Notch-Induced Tumor Cell Survival in the Drosophila Ovary Identifies Cellular and Transcriptional Response to Nuclear NICD Accumulation
2021-08-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10092222
PMID:34571871
|
研究论文 | 本文通过建立果蝇卵巢肿瘤模型,研究了核内NICD积累对肿瘤细胞存活的影响及其细胞和转录反应。 | 开发了一种新的肿瘤模型,利用bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术,揭示了NICD积累对肿瘤生长和细胞存活的分子机制。 | NA | 旨在理解NICD积累在肿瘤发生过程中的影响及其分子机制。 | 果蝇卵巢肿瘤细胞及其对NICD积累的响应。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 使用了bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术,具体样本数量未明确。 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-08 |
Preparation of Drosophila Larval Blood Cells for Single-cell RNA Sequencing
2021-Aug-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4127
PMID:34541045
|
研究论文 | 本文提供了一种详细的方法,用于从果蝇第三龄幼虫中获取用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞 | 该方法简便且可重复,无需酶解,细胞存活率问题极小 | NA | 提供一种用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞的制备方法 | 果蝇第三龄幼虫的血细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 从果蝇第三龄幼虫中获取的血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-08 |
Single-Cell Cloning of Breast Cancer Cells Secreting Specific Subsets of Extracellular Vesicles
2021-Aug-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13174397
PMID:34503207
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研究论文 | 本文开发了一种高通量单细胞技术,用于映射外泌体分泌的动态变化,并研究了非转移性乳腺癌细胞分泌特定外泌体亚集的现象 | 首次展示了外泌体分泌的特异性是一种可遗传的特性,并揭示了CD81CD63EV分泌在肿瘤形成中的抑制作用 | NA | 研究外泌体分泌在单细胞水平上的异质性及其在疾病中的作用 | 乳腺癌细胞及其分泌的外泌体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了乳腺癌细胞系和人类非转移性乳腺癌肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-08 |
Interleukin-6 actions in the hypothalamus protects against obesity and is involved in the regulation of neurogenesis
2021-Aug-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02242-8
PMID:34465367
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研究论文 | 研究白细胞介素-6(IL6)在下丘脑中的作用,探讨其对肥胖的预防和减轻以及神经发生调控的影响 | 首次探索了IL6在下丘脑中的神经发生作用,并证实了其通过调节神经发生相关基因表达来影响肥胖 | 研究主要集中在小鼠模型上,可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨IL6在下丘脑中的作用及其对肥胖和神经发生的调控机制 | 野生型(WT)和IL6敲除(KO)小鼠的下丘脑神经发生 | NA | 肥胖 | 免疫荧光、实时PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和IL6敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-08 |
Conifer: clonal tree inference for tumor heterogeneity with single-cell and bulk sequencing data
2021-Aug-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04338-7
PMID:34461827
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研究论文 | 本文提出了一种名为Conifer的新方法,结合单细胞和批量测序数据来更准确地识别肿瘤克隆及其进化关系 | Conifer方法通过结合批量测序数据的聚合变异等位基因频率和单细胞测序数据的分支事件信息,提高了克隆识别和克隆树推断的准确性 | NA | 开发一种准确且稳健的方法来识别肿瘤异质性的克隆及其进化历史 | 肿瘤克隆及其进化关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |