单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Iterative single-cell multi-omic integration using online learning
2021-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00867-x
PMID:33875866
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研究论文 | 本文介绍了一种名为在线集成非负矩阵分解（iNMF）的算法，用于整合大规模、多样化的单细胞数据集 | 该算法能够处理任意数量的细胞数据，使用固定内存，并能迭代地整合新产生的数据集，允许多用户通过互联网流式传输同时分析一个大型数据集 | NA | 开发一种通用且可扩展的计算方法，用于整合大规模单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | 非负矩阵分解（NMF） | 单细胞数据 | 超过100万个细胞 |
| 42 | 2024-08-07 |
A deep convolutional neural network for segmentation of whole-slide pathology images identifies novel tumour cell-perivascular niche interactions that are associated with poor survival in glioblastoma
2021-08, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-021-01394-x
PMID:33927352
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研究论文 | 本文使用深度卷积神经网络对胶质母细胞瘤的数字化病理切片进行分割，并分析了不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 首次在空间上解析了胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征，并揭示了肿瘤细胞与微环境细胞的相互作用对患者生存率的影响 | NA | 研究胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 胶质母细胞瘤的数字化病理切片 | 数字病理学 | 脑癌 | 深度卷积神经网络 | DCNN | 图像 | 来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数字化胶质母细胞瘤病理切片 |
| 43 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of the human developing spinal cord reveals a conserved genetic programme with human-specific features
2021-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199711
PMID:34351410
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术，对人类胚胎发育中的脊髓进行转录组分析，揭示了脊髓发育中细胞多样性和复杂性，并与小鼠脊髓发育进行比较 | 发现了人类脊髓发育中特有的特征，并重建了特定神经元亚型的分化路径 | NA | 探究人类神经管发育中细胞的多样性和复杂性 | 人类胚胎的脊髓 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | 四个不同发育阶段的人类胚胎 |
| 44 | 2024-08-07 |
PI3Kα inhibitor CYH33 triggers antitumor immunity in murine breast cancer by activating CD8+T cells and promoting fatty acid metabolism
2021-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003093
PMID:34373258
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研究论文 | 研究PI3Kα抑制剂CYH33通过激活CD8+T细胞和促进脂肪酸代谢在乳腺癌小鼠模型中触发抗肿瘤免疫的作用 | 首次探讨了PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响，并发现其与脂肪酸合成酶抑制剂C75联合使用可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要在免疫健全的小鼠模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响及其在乳腺癌治疗中的应用 | 乳腺癌小鼠模型中的肿瘤微环境和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和多参数流式细胞术 | NA | 细胞 | 多个小鼠肿瘤模型 |
| 45 | 2024-08-07 |
Stochastic gene expression drives mesophyll protoplast regeneration
2021-Aug, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abg8466
PMID:34380624
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研究论文 | 研究探讨了植物叶肉原生质体再生过程中细胞多能性的机制 | 发现了两个转录因子在原生质体再生中的促进作用，并揭示了原生质体分离后基因表达变异增加的现象 | NA | 揭示植物细胞多能性的分子机制 | 植物叶肉原生质体及其再生过程 | NA | NA | 活体成像和单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 单个叶肉原生质体 |
| 46 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomes reveal heterogeneity of high-grade serous ovarian carcinoma
2021-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.500
PMID:34459128
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的异质性和分子基础 | 本研究发现了具有高增殖和药物抗性潜力的侵袭性上皮细胞亚群，并鉴定了几个在卵巢癌细胞生长和迁移中起作用的新标记物 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的异质性和分子基础 | 高级别浆液性卵巢癌的原始和转移样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 13,571个细胞 |
| 47 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptional profiling reveals the heterogeneity in embryonal rhabdomyosarcoma
2021-Aug-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000026775
PMID:34397824
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析胚胎型横纹肌肉瘤的转录组异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了胚胎型横纹肌肉瘤的细胞异质性和进化轨迹 | NA | 探究胚胎型横纹肌肉瘤的异质性、起源和病因 | 胚胎型横纹肌肉瘤的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 儿童软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个肿瘤组织细胞 |
| 48 | 2024-08-07 |
DIAPH1 Variants in Non-East Asian Patients With Sporadic Moyamoya Disease
2021-08-01, JAMA neurology
IF:20.4Q1
DOI:10.1001/jamaneurol.2021.1681
PMID:34125151
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序分析了非东亚人群中散发的烟雾病（MMD）患者中的DIAPH1基因变异，以评估这些变异与MMD风险的相关性 | 发现了非东亚人群中散发的烟雾病患者中的DIAPH1基因致病变异，表明DIAPH1是MMD的一个新的风险基因 | 研究样本量较小，且主要集中在非东亚人群 | 评估超罕见的新发和罕见、有害的遗传变异是否与MMD风险相关 | 烟雾病患者及其父母 | 遗传学 | 脑血管疾病 | 全外显子测序 | NA | 基因组数据 | 发现队列包括24名患者（22个三联体和2名单体），验证队列包括84名患者（29个三联体和55名单体） |
| 49 | 2024-08-07 |
Functional microRNA targetome undergoes degeneration-induced shift in the retina
2021-08-31, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00478-9
PMID:34465369
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研究论文 | 本研究探讨了视网膜退化过程中微小RNA（miRNA）目标组的改变，并分析了其在健康和退化视网膜中的相互作用。 | 研究揭示了视网膜退化过程中miRNA目标组的活性变化，特别是在炎症途径中的miRNA富集。 | 研究主要基于啮齿动物模型和公开的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 识别健康和退化视网膜中miRNA/mRNA相互作用，以深入了解miRNA在疾病发病机制中的调控作用，并探索潜在的治疗靶点。 | 研究对象包括健康和退化视网膜中的miRNA及其目标mRNA。 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | AGO2 HITS-CLIP, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 研究使用了啮齿动物模型，具体样本数量未详细说明。 |
| 50 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Core Regulatory Programs That Determine the Heterogeneity of Circulating and Tissue-Resident Memory CD8+ T Cells
2021-08-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10082143
PMID:34440912
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，研究了组织驻留记忆CD8+ T细胞与其他循环记忆细胞的转录组和调控因子，揭示了急性感染期间TRM细胞的异质性和新的转录调控因子。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了小肠中TRM细胞的异质性及其潜在的转录调控因子。 | NA | 研究急性感染期间CD8+ T细胞记忆亚群的转录调控机制，以期为疫苗接种和免疫治疗提供新的途径。 | 组织驻留记忆CD8+ T细胞与其他循环记忆细胞的转录组和调控因子。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 51 | 2024-08-07 |
Gli1+ progenitors mediate bone anabolic function of teriparatide via Hh and Igf signaling
2021-08-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109542
PMID:34407400
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示了Gli1+元骨髓间充质前体细胞（MMPs）对特立帕肽的反应及其在骨形成中的作用 | 首次发现并证实了特立帕肽通过Hh和Igf信号通路刺激MMPs的增殖和成骨分化，特别是发现了一种新的软骨细胞样成骨前体细胞（COP） | 研究主要集中在生长中的小鼠模型，其结果在人类或其他年龄段的动物中的适用性有待进一步研究 | 探讨特立帕肽在骨形成中的细胞靶点和信号通路 | Gli1+元骨髓间充质前体细胞（MMPs）及其对特立帕肽的反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个细胞簇 |
| 52 | 2024-08-07 |
Metabolic modeling of single Th17 cells reveals regulators of autoimmunity
2021-08-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.05.045
PMID:34216539
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Compass的算法，用于基于单细胞RNA测序和通量平衡分析来表征细胞的代谢状态，并应用于Th17细胞的代谢状态与其功能变异性（致病潜力）的关联研究 | Compass算法能够预测Th17致病性与精氨酸及下游多胺代谢的关联，并通过实验验证了这一预测 | NA | 研究单个Th17细胞的代谢模型，揭示自身免疫的调控因子 | Th17细胞的代谢状态及其与功能变异性的关联 | NA | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | Compass算法 | RNA测序数据 | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of the cellular heterogeneity and interactions in the injured mouse spinal cord
2021-08-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210040
PMID:34132743
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠脊髓损伤部位的细胞异质性和细胞间相互作用 | 发现了新的细胞亚群，并利用受体-配体对的表达值识别了预测在血管生成、胶质化和纤维化中调控特定细胞相互作用的信号通路 | NA | 更好地理解脊髓损伤后的愈合过程，以开发针对适当病理生物学的有效治疗药物 | 小鼠脊髓损伤部位的细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
MondoA-Thioredoxin-Interacting Protein Axis Maintains Regulatory T-Cell Identity and Function in Colorectal Cancer Microenvironment
2021-08, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.04.041
PMID:33901495
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研究论文 | 本文研究了MondoA-硫氧还蛋白相互作用蛋白轴在结直肠癌微环境中对肿瘤内调节性T细胞（Tregs）身份和功能的影响 | 揭示了MondoA-TXNIP轴在结直肠癌微环境中对Tregs代谢和功能的调控作用，并提出其作为癌症治疗的新靶点 | NA | 探究MondoA在结直肠癌浸润Tregs中对葡萄糖限制的响应作用 | 结直肠癌中的肿瘤内调节性T细胞（Tregs） | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用小鼠和人类结直肠癌组织进行研究 |
| 55 | 2024-08-07 |
Glucocorticoids and Androgens Protect From Gastric Metaplasia by Suppressing Group 2 Innate Lymphoid Cell Activation
2021-08, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.04.075
PMID:33971182
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研究论文 | 本文探讨了糖皮质激素和雄激素通过抑制第二组先天淋巴细胞（ILC2s）的激活来保护胃免受化生性损伤的机制 | 揭示了糖皮质激素和雄激素在调节胃炎症中的重叠作用，并阐明了雄激素信号在ILC2s中防止其病理性激活的作用 | NA | 研究性别对胃炎症调节的影响 | 小鼠的胃炎症和化生性损伤 | NA | 胃疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠样本 |
| 56 | 2024-08-07 |
Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data
2021-Aug-17, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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综述 | 本文综述了基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞异质性的研究 | 展示了不同癌症类型中内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可以被分类为共同亚型，并且亚型组成与癌症特征和治疗反应明显相关 | NA | 评估多种癌症类型中主要细胞类型组成的异质性 | 肿瘤微环境中的基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多种癌症类型 |
| 57 | 2024-08-07 |
Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)†
2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab085
PMID:33676365
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03634-9
PMID:34381231
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综述 | 本文综述了空间转录组技术及其在生物学研究中的应用 | 介绍了空间转录组技术在探索组织结构中的创新应用 | NA | 探讨基因活动如何调控多细胞生物中的复杂细胞排列 | 空间转录组技术在神经科学、发育生物学、植物生物学及疾病研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle
2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908
PMID:33975022
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研究论文 | 研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化 | 揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化，并强调了比其他阶段进化更快的阶段 | NA | 探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化 | 啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个发育阶段的样本 |
| 60 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Developmental Relationships and Specific Markers of Mouse Periodontium Cellular Subsets
2021-Aug, Frontiers in dental medicine
IF:1.5Q3
DOI:10.3389/fdmed.2021.679937
PMID:34966906
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了小鼠牙周组织细胞亚群的发育关系及特定标记物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了牙周组织细胞的异质性及其与牙囊细胞的关系，并鉴定了区分牙骨质细胞和牙槽骨成骨细胞的特定基因 | NA | 探讨牙周组织细胞的发育关系及其细胞间相互作用 | 小鼠牙周组织的细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括PTHrP-mCherry牙囊细胞（P6）和2.3kb Col1a1启动子驱动的GFP牙周细胞（P25） |