单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-05 |
Gene Deconvolution Reveals Aberrant Liver Regeneration and Immune Cell Infiltration in Alcohol-Associated Hepatitis
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31759
PMID:33619773
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研究论文 | 本文通过基因解卷积揭示了与酒精相关性肝炎中异常的肝脏再生和免疫细胞浸润 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了慢性肝病中细胞组成的显著变化，尤其是在严重急性肝炎患者中 | 样本数量有限，可能影响结果的广泛性和适用性 | 探讨慢性肝病中肝细胞再生和免疫细胞浸润的差异性贡献 | 健康肝脏和慢性肝病患者的肝细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 酒精相关性肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 有限数量的慢性肝病患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-05 |
Improved integration of single-cell transcriptome and surface protein expression by LinQ-View
2021-08-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100056
PMID:35475142
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研究论文 | 提出了一种名为LinQ-View的工具包，用于单细胞数据的多模态可视化和分析 | LinQ-View能够整合转录组和细胞表面蛋白表达数据，提供量化的群体纯度评估指标 | 目前数据的应用主要集中在CITE-seq数据上，可能限制了其广泛适用性 | 研究单细胞转录组与表面蛋白表达的集成分析 | 针对受SARS-CoV-2感染患者的单细胞转录组和蛋白表达数据 | 数字病理学 | NA | CITE-seq | NA | 单细胞转录组与蛋白表达数据 | 多个公共CITE-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-05 |
Distinct populations of antigen-specific tissue-resident CD8+ T cells in human cervix mucosa
2021-08-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.149950
PMID:34156975
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研究论文 | 研究了人类宫颈黏膜中抗原特异性组织驻留CD8+ T细胞的不同群体 | 首次通过单细胞RNA测序定义了人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的表型和TCR克隆型 | 缺乏广泛关于人类FRT中T细胞受体库的全面知识 | 研究人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的特征及其与特定病毒抗原的关系 | 主要研究人类宫颈黏膜中的CD8+ T细胞亚群 | 数字病理学 | 性传播感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | HSV-2血清阳性个体中的Cervical CD8+ TRM克隆型，具体数量未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptional mapping of the human nephrogenic program
2021-08-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.017
PMID:34428401
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研究论文 | 本文建立了人类肾小管发育的空间转录组图谱 | 首次通过空间解析手段揭示了人类肾小管发育的过程，并构建了蛋白质三维图谱 | 样本数量和来源可能影响结果的普遍性 | 旨在建立人类肾小管发育的框架，以促进对肾脏发展和疾病的理解 | 人类肾小管的前体细胞及其发育 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 三维蛋白质图谱 | 一百万个肾小管前体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-05 |
Myeloid Cell-associated Resistance to PD-1/PD-L1 Blockade in Urothelial Cancer Revealed Through Bulk and Single-cell RNA Sequencing
2021-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4574
PMID:33837006
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研究论文 | 本研究旨在确定与转移性尿路上皮癌中PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的主要分子和细胞特征 | 通过利用大规模和单细胞RNA测序，揭示了与PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的适应性免疫反应和促肿瘤性炎症基因特征之间的平衡 | 未讨论其他类型的细胞在抵抗机制中的作用 | 探讨转移性尿路上皮癌对PD-1/PD-L1阻滞的耐药机制 | 重点研究转移性尿路上皮癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞特征 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 来自两项临床试验的样本数据以及肌肉浸润性膀胱癌标本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient
2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02848-0
PMID:33506299
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征 | 首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记 | 样本量有限，可能不足以广泛推广发现的应用 | 探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征 | PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 16个细胞簇中的3423个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression
2021-08-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313
PMID:34289717
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研究论文 | 本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。 | 本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。 | NA | 研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。 | 研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells
2021-08-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02437-5
PMID:34376223
|
研究论文 | 本文开发了一种名为SCAPTURE的计算方法，用于从单细胞3'标签RNA测序数据中识别、评估和量化剪接和多腺苷酸化位点（PASs） | SCAPTURE能够在单细胞水平上以高灵敏度和准确性从头检测PASs，包括先前未注释的PASs，并能通过量化替代PAS转录本来细化细胞身份分析 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取多腺苷酸化信息 | 单细胞RNA测序数据中的剪接和多腺苷酸化位点 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 深度学习 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Advances in novel molecular typing and precise treatment strategies for small cell lung cancer
2021-Aug-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）分子分型和精准治疗策略的最新进展 | 文章介绍了SCLC从传统的“经典”和“变异”类型转变为“NE”和“非NE”表型，以及由主要转录调控因子定义的亚型，揭示了SCLC高度肿瘤内异质性和可塑性的特征 | NA | 探讨小细胞肺癌的分子分型和精准治疗策略 | 小细胞肺癌及其分子分型和治疗策略 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Partitioning of gene expression among zebrafish photoreceptor subtypes
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96837-z
PMID:34462505
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼成年光感受器的基因表达，发现了除四种典型的斑马鱼锥体类型外，还存在表达红移视蛋白同源物的绿色和红色锥体亚群，并揭示了光转导基因在锥体亚型间的分配机制。 | 首次揭示了斑马鱼中锥体亚型的基因表达差异，并发现了新的转录调控因子在光感受器发育或分化中的作用。 | NA | 探究斑马鱼光感受器亚型的基因表达差异及其分子机制。 | 斑马鱼的成年光感受器及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的光感受器 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
BRIE2: computational identification of splicing phenotypes from single-cell transcriptomic experiments
2021-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02461-5
PMID:34452629
|
研究论文 | BRIE2是一种可扩展的计算方法，通过回归单细胞转录组数据与细胞水平特征来解决scRNA-seq技术内在覆盖限制的问题 | BRIE2能有效识别与疾病相关的差异剪接事件，并能合理选择捕捉转录动力学异质性的基因，改善RNA速度分析 | NA | 开发一种计算方法来识别从单细胞转录组实验中得出的剪接表型 | 单细胞转录组数据中的剪接事件与细胞水平表型的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
AHR signaling is induced by infection with coronaviruses
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25412-x
PMID:34446714
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研究论文 | 本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。 | 首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。 | 需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。 | 探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。 | AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
2021-08-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02452-6
PMID:34433466
|
研究论文 | 本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用 | 提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题 | 单细胞RNA-seq数据集和预训练模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 预训练模型 | 单细胞数据 | 800万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes
2021-08-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-021-01144-z
PMID:34419158
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研究论文 | 本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。 | 探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。 | 隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序 | NA | DNA甲基化数据 | 8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者） | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data
2021-08-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02445-5
PMID:34412669
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数 | MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
ExpressHeart: Web Portal to Visualize Transcriptome Profiles of Non-Cardiomyocyte Cells
2021-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168943
PMID:34445647
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ExpressHeart的开放访问网络门户，用于可视化来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | ExpressHeart提供了跨数据集信息的直接组合功能，例如通过不同数据集的交集生成高置信度差异表达基因（DEGs）列表，并进行数据集间的比较 | NA | 揭示心脏中的分子特征，为心脏疾病研究提供支持 | 非心肌细胞（nonCMs）的转录组特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）样本 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-08-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25279-y
PMID:34404785
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPACECAT的方法，用于通过光激活细胞染料进行空间转录组学的活细胞标记、追踪和分离 | SPACECAT方法提供了单细胞精度和时间稳定性，适用于多种细胞和组织类型，并能与下游分析相结合 | NA | 研究细胞与其微环境的动态相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞的表型和功能 | 肠道类器官中的隐窝样区域，以及来自健康器官和自发性肺肿瘤模型的离体组织切片 | 空间转录组学 | NA | 光激活细胞染料 | NA | 转录组数据 | 四个健康器官和一个自发性肺肿瘤模型的组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Plant single-cell solutions for energy and the environment
2021-08-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02477-4
PMID:34385583
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研究论文 | 本文探讨了单细胞技术在能源和环境科学中的应用，并提出了在植物、真菌和藻类研究中面临的挑战和机遇 | 强调了开发更全面单细胞技术和分析工具的必要性，以及创建一个集中、开放访问的植物单细胞数据库的重要性 | 目前单细胞方法在植物、真菌、藻类等环境生物中的应用仍受限于多糖壁的挑战 | 推动能源和环境科学的发展，通过深入研究特定模型物种和捕捉植物界的多样性 | 植物、真菌和藻类等环境生物 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Virus Infection Variability by Single-Cell Profiling
2021-08-09, Viruses
DOI:10.3390/v13081568
PMID:34452433
|
综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）和铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学等技术，分析人类和小鼠细胞中病毒感染变异性的研究进展 | 引入了“细胞状态”概念，并介绍了单细胞同时测量染色质可及性和mRNA计数的高通量技术 | NA | 探讨病毒感染变异性的机制及其对疾病发生和发展的影响 | 人类和小鼠细胞中的病毒感染变异性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）、铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
YY1 Silencing Induces 5-Fluorouracil-Resistance and BCL2L15 Downregulation in Colorectal Cancer Cells: Diagnostic and Prognostic Relevance
2021-Aug-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168481
PMID:34445183
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研究论文 | 研究YY1沉默对结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶的耐药性和BCL2L15下调的影响，并探讨其在结直肠癌诊断和预后中的相关性 | 首次探讨YY1表达水平对结直肠癌细胞治疗反应的影响，并识别相关转录靶点 | 研究仅涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞，可能需要更广泛的细胞系验证 | 研究YY1在结直肠癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力 | 结直肠癌细胞及患者的YY1表达水平和治疗反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞及结直肠癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |