单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Implication of specific retinal cell-type involvement and gene expression changes in AMD progression using integrative analysis of single-cell and bulk RNA-seq profiling 2021-Aug-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-95122-3 PMID:34341398	研究论文	本研究分析了与年龄相关性黄斑变性（AMD）进展相关的特定视网膜细胞类型及基因表达变化	本研究首次结合单细胞RNA测序和大量RNA测序深入探讨了视网膜疾病的分子机制，识别了267个细胞类型特异基因	研究对象仅包括两名成人供体的视网膜细胞，样本限制可能影响结果的广泛适用性	探讨AMD进展过程中的细胞类型组成和基因表达变化	来自两名成人供体的视网膜细胞及十五名成人供体的RNA样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	转录组数据	约93,000个细胞和15名成人供体的样本
22	2024-08-05	Gene Deconvolution Reveals Aberrant Liver Regeneration and Immune Cell Infiltration in Alcohol-Associated Hepatitis 2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31759 PMID:33619773	研究论文	本文通过基因解卷积揭示了与酒精相关性肝炎中异常的肝脏再生和免疫细胞浸润	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了慢性肝病中细胞组成的显著变化，尤其是在严重急性肝炎患者中	样本数量有限，可能影响结果的广泛性和适用性	探讨慢性肝病中肝细胞再生和免疫细胞浸润的差异性贡献	健康肝脏和慢性肝病患者的肝细胞及免疫细胞	数字病理学	酒精相关性肝炎	RNA-seq	NA	RNA序列数据	有限数量的慢性肝病患者样本
23	2024-08-05	Improved integration of single-cell transcriptome and surface protein expression by LinQ-View 2021-08-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100056 PMID:35475142	研究论文	提出了一种名为LinQ-View的工具包，用于单细胞数据的多模态可视化和分析	LinQ-View能够整合转录组和细胞表面蛋白表达数据，提供量化的群体纯度评估指标	目前数据的应用主要集中在CITE-seq数据上，可能限制了其广泛适用性	研究单细胞转录组与表面蛋白表达的集成分析	针对受SARS-CoV-2感染患者的单细胞转录组和蛋白表达数据	数字病理学	NA	CITE-seq	NA	单细胞转录组与蛋白表达数据	多个公共CITE-seq数据集
24	2024-08-05	Distinct populations of antigen-specific tissue-resident CD8+ T cells in human cervix mucosa 2021-08-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.149950 PMID:34156975	研究论文	研究了人类宫颈黏膜中抗原特异性组织驻留CD8+ T细胞的不同群体	首次通过单细胞RNA测序定义了人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的表型和TCR克隆型	缺乏广泛关于人类FRT中T细胞受体库的全面知识	研究人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的特征及其与特定病毒抗原的关系	主要研究人类宫颈黏膜中的CD8+ T细胞亚群	数字病理学	性传播感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HSV-2血清阳性个体中的Cervical CD8+ TRM克隆型，具体数量未提供
25	2024-08-05	Spatial transcriptional mapping of the human nephrogenic program 2021-08-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.017 PMID:34428401	研究论文	本文建立了人类肾小管发育的空间转录组图谱	首次通过空间解析手段揭示了人类肾小管发育的过程，并构建了蛋白质三维图谱	样本数量和来源可能影响结果的普遍性	旨在建立人类肾小管发育的框架，以促进对肾脏发展和疾病的理解	人类肾小管的前体细胞及其发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	三维蛋白质图谱	一百万个肾小管前体细胞
26	2024-08-05	Unfolded Protein Response as a Compensatory Mechanism and Potential Therapeutic Target in PLN R14del Cardiomyopathy 2021-08-03, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.049844 PMID:33928785	研究论文	本研究探讨了PLN R14del心肌病中的未折叠蛋白反应（UPR）作为补偿机制和潜在的治疗靶点	揭示了PLN R14del患者心脏中的UPR通路的激活，以及通过小分子激活剂改善心肌收缩缺陷的治疗潜力	该研究未提及使用人类临床数据验证治疗效果的局限性	探讨PLN R14del心肌病的机制和潜在的治疗方法	使用人源诱导多能干细胞的心肌细胞（hiPSC-CMs）作为研究对象	数字病理学	心肌病	单细胞RNA测序	同源异基因hiPSC-CMs	细胞生物数据	使用的样本数量和种类未具体指明
27	2024-08-05	Myeloid Cell-associated Resistance to PD-1/PD-L1 Blockade in Urothelial Cancer Revealed Through Bulk and Single-cell RNA Sequencing 2021-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4574 PMID:33837006	研究论文	本研究旨在确定与转移性尿路上皮癌中PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的主要分子和细胞特征	通过利用大规模和单细胞RNA测序，揭示了与PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的适应性免疫反应和促肿瘤性炎症基因特征之间的平衡	未讨论其他类型的细胞在抵抗机制中的作用	探讨转移性尿路上皮癌对PD-1/PD-L1阻滞的耐药机制	重点研究转移性尿路上皮癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞特征	数字病理学	尿路上皮癌	RNA测序	NA	RNA数据	来自两项临床试验的样本数据以及肌肉浸润性膀胱癌标本
28	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient 2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02848-0 PMID:33506299	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征	首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记	样本量有限，可能不足以广泛推广发现的应用	探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征	PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	16个细胞簇中的3423个细胞
29	2024-08-07	Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression 2021-08-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313 PMID:34289717	研究论文	本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。	本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。	NA	研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。	研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。
30	2024-08-07	SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells 2021-08-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02437-5 PMID:34376223	研究论文	本文开发了一种名为SCAPTURE的计算方法，用于从单细胞3'标签RNA测序数据中识别、评估和量化剪接和多腺苷酸化位点（PASs）	SCAPTURE能够在单细胞水平上以高灵敏度和准确性从头检测PASs，包括先前未注释的PASs，并能通过量化替代PAS转录本来细化细胞身份分析	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取多腺苷酸化信息	单细胞RNA测序数据中的剪接和多腺苷酸化位点	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习	RNA测序数据	NA
31	2024-08-07	Advances in novel molecular typing and precise treatment strategies for small cell lung cancer 2021-Aug-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2021.04.09 PMID:34584377	研究论文	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）分子分型和精准治疗策略的最新进展	文章介绍了SCLC从传统的“经典”和“变异”类型转变为“NE”和“非NE”表型，以及由主要转录调控因子定义的亚型，揭示了SCLC高度肿瘤内异质性和可塑性的特征	NA	探讨小细胞肺癌的分子分型和精准治疗策略	小细胞肺癌及其分子分型和治疗策略	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析	NA	基因组数据	NA
32	2024-08-07	Partitioning of gene expression among zebrafish photoreceptor subtypes 2021-08-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-96837-z PMID:34462505	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼成年光感受器的基因表达，发现了除四种典型的斑马鱼锥体类型外，还存在表达红移视蛋白同源物的绿色和红色锥体亚群，并揭示了光转导基因在锥体亚型间的分配机制。	首次揭示了斑马鱼中锥体亚型的基因表达差异，并发现了新的转录调控因子在光感受器发育或分化中的作用。	NA	探究斑马鱼光感受器亚型的基因表达差异及其分子机制。	斑马鱼的成年光感受器及其基因表达。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年斑马鱼的光感受器
33	2024-08-07	BRIE2: computational identification of splicing phenotypes from single-cell transcriptomic experiments 2021-08-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02461-5 PMID:34452629	研究论文	BRIE2是一种可扩展的计算方法，通过回归单细胞转录组数据与细胞水平特征来解决scRNA-seq技术内在覆盖限制的问题	BRIE2能有效识别与疾病相关的差异剪接事件，并能合理选择捕捉转录动力学异质性的基因，改善RNA速度分析	NA	开发一种计算方法来识别从单细胞转录组实验中得出的剪接表型	单细胞转录组数据中的剪接事件与细胞水平表型的关联	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	转录组数据	NA
34	2024-08-07	AHR signaling is induced by infection with coronaviruses 2021-08-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25412-x PMID:34446714	研究论文	本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。	首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。	需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。	探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。	AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	COVID-19患者的肺组织样本
35	2024-08-07	Tumour-targeted interleukin-12 and entinostat combination therapy improves cancer survival by reprogramming the tumour immune cell landscape 2021-08-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25393-x PMID:34446712	研究论文	本文通过综合单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析，展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤中的应用，重编程肿瘤免疫环境，提高癌症生存率。	本研究首次展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗能够重编程肿瘤免疫环境，促进CD8 T细胞和活化中性粒细胞的协同作用，导致肿瘤完全消除。	研究主要在实验性小鼠模型中进行，需要在人类临床试验中进一步验证其效果。	探讨Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在改善癌症生存中的作用。	实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤。	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析	NA	转录组、蛋白质组	实验涉及的小鼠样本数量未明确提及
36	2024-08-07	Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics 2021-08-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02452-6 PMID:34433466	研究论文	本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用	提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应	NA	解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题	单细胞RNA-seq数据集和预训练模型	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA-seq	预训练模型	单细胞数据	800万个细胞
37	2024-08-07	Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes 2021-08-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-021-01144-z PMID:34419158	研究论文	本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。	本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。	研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。	探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。	隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。	数字病理学	男性不育	全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序	NA	DNA甲基化数据	8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者）
38	2024-08-07	MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data 2021-08-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02445-5 PMID:34412669	研究论文	本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数	MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法	单细胞RNA测序数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类分析	基因表达数据	NA
39	2024-08-07	ExpressHeart: Web Portal to Visualize Transcriptome Profiles of Non-Cardiomyocyte Cells 2021-Aug-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22168943 PMID:34445647	研究论文	本研究开发了一个名为ExpressHeart的开放访问网络门户，用于可视化来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	ExpressHeart提供了跨数据集信息的直接组合功能，例如通过不同数据集的交集生成高置信度差异表达基因（DEGs）列表，并进行数据集间的比较	NA	揭示心脏中的分子特征，为心脏疾病研究提供支持	非心肌细胞（nonCMs）的转录组特征	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）样本
40	2024-08-07	Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes 2021-08-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25279-y PMID:34404785	研究论文	本文介绍了一种名为SPACECAT的方法，用于通过光激活细胞染料进行空间转录组学的活细胞标记、追踪和分离	SPACECAT方法提供了单细胞精度和时间稳定性，适用于多种细胞和组织类型，并能与下游分析相结合	NA	研究细胞与其微环境的动态相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞的表型和功能	肠道类器官中的隐窝样区域，以及来自健康器官和自发性肺肿瘤模型的离体组织切片	空间转录组学	NA	光激活细胞染料	NA	转录组数据	四个健康器官和一个自发性肺肿瘤模型的组织切片