单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-05 |
Myeloid Cell-associated Resistance to PD-1/PD-L1 Blockade in Urothelial Cancer Revealed Through Bulk and Single-cell RNA Sequencing
2021-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4574
PMID:33837006
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研究论文 | 本研究旨在确定与转移性尿路上皮癌中PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的主要分子和细胞特征 | 通过利用大规模和单细胞RNA测序，揭示了与PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的适应性免疫反应和促肿瘤性炎症基因特征之间的平衡 | 未讨论其他类型的细胞在抵抗机制中的作用 | 探讨转移性尿路上皮癌对PD-1/PD-L1阻滞的耐药机制 | 重点研究转移性尿路上皮癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞特征 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 来自两项临床试验的样本数据以及肌肉浸润性膀胱癌标本 |
| 22 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient
2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02848-0
PMID:33506299
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征 | 首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记 | 样本量有限，可能不足以广泛推广发现的应用 | 探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征 | PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 16个细胞簇中的3423个细胞 |
| 23 | 2024-08-07 |
Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression
2021-08-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313
PMID:34289717
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研究论文 | 本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。 | 本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。 | NA | 研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。 | 研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。 |
| 24 | 2024-08-07 |
SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells
2021-08-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02437-5
PMID:34376223
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研究论文 | 本文开发了一种名为SCAPTURE的计算方法，用于从单细胞3'标签RNA测序数据中识别、评估和量化剪接和多腺苷酸化位点（PASs） | SCAPTURE能够在单细胞水平上以高灵敏度和准确性从头检测PASs，包括先前未注释的PASs，并能通过量化替代PAS转录本来细化细胞身份分析 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取多腺苷酸化信息 | 单细胞RNA测序数据中的剪接和多腺苷酸化位点 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 深度学习 | RNA测序数据 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Advances in novel molecular typing and precise treatment strategies for small cell lung cancer
2021-Aug-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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研究论文 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）分子分型和精准治疗策略的最新进展 | 文章介绍了SCLC从传统的“经典”和“变异”类型转变为“NE”和“非NE”表型，以及由主要转录调控因子定义的亚型，揭示了SCLC高度肿瘤内异质性和可塑性的特征 | NA | 探讨小细胞肺癌的分子分型和精准治疗策略 | 小细胞肺癌及其分子分型和治疗策略 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Partitioning of gene expression among zebrafish photoreceptor subtypes
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96837-z
PMID:34462505
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼成年光感受器的基因表达，发现了除四种典型的斑马鱼锥体类型外，还存在表达红移视蛋白同源物的绿色和红色锥体亚群，并揭示了光转导基因在锥体亚型间的分配机制。 | 首次揭示了斑马鱼中锥体亚型的基因表达差异，并发现了新的转录调控因子在光感受器发育或分化中的作用。 | NA | 探究斑马鱼光感受器亚型的基因表达差异及其分子机制。 | 斑马鱼的成年光感受器及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的光感受器 |
| 27 | 2024-08-07 |
BRIE2: computational identification of splicing phenotypes from single-cell transcriptomic experiments
2021-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02461-5
PMID:34452629
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研究论文 | BRIE2是一种可扩展的计算方法，通过回归单细胞转录组数据与细胞水平特征来解决scRNA-seq技术内在覆盖限制的问题 | BRIE2能有效识别与疾病相关的差异剪接事件，并能合理选择捕捉转录动力学异质性的基因，改善RNA速度分析 | NA | 开发一种计算方法来识别从单细胞转录组实验中得出的剪接表型 | 单细胞转录组数据中的剪接事件与细胞水平表型的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 转录组数据 | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
AHR signaling is induced by infection with coronaviruses
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25412-x
PMID:34446714
|
研究论文 | 本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。 | 首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。 | 需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。 | 探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。 | AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的肺组织样本 |
| 29 | 2024-08-07 |
Tumour-targeted interleukin-12 and entinostat combination therapy improves cancer survival by reprogramming the tumour immune cell landscape
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25393-x
PMID:34446712
|
研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析，展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤中的应用，重编程肿瘤免疫环境，提高癌症生存率。 | 本研究首次展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗能够重编程肿瘤免疫环境，促进CD8 T细胞和活化中性粒细胞的协同作用，导致肿瘤完全消除。 | 研究主要在实验性小鼠模型中进行，需要在人类临床试验中进一步验证其效果。 | 探讨Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在改善癌症生存中的作用。 | 实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析 | NA | 转录组、蛋白质组 | 实验涉及的小鼠样本数量未明确提及 |
| 30 | 2024-08-07 |
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
2021-08-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02452-6
PMID:34433466
|
研究论文 | 本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用 | 提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题 | 单细胞RNA-seq数据集和预训练模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 预训练模型 | 单细胞数据 | 800万个细胞 |
| 31 | 2024-08-07 |
Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes
2021-08-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-021-01144-z
PMID:34419158
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研究论文 | 本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。 | 探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。 | 隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序 | NA | DNA甲基化数据 | 8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者） |
| 32 | 2024-08-07 |
MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data
2021-08-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02445-5
PMID:34412669
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数 | MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
ExpressHeart: Web Portal to Visualize Transcriptome Profiles of Non-Cardiomyocyte Cells
2021-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168943
PMID:34445647
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ExpressHeart的开放访问网络门户，用于可视化来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | ExpressHeart提供了跨数据集信息的直接组合功能，例如通过不同数据集的交集生成高置信度差异表达基因（DEGs）列表，并进行数据集间的比较 | NA | 揭示心脏中的分子特征，为心脏疾病研究提供支持 | 非心肌细胞（nonCMs）的转录组特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）样本 |
| 34 | 2024-08-07 |
Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-08-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25279-y
PMID:34404785
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPACECAT的方法，用于通过光激活细胞染料进行空间转录组学的活细胞标记、追踪和分离 | SPACECAT方法提供了单细胞精度和时间稳定性，适用于多种细胞和组织类型，并能与下游分析相结合 | NA | 研究细胞与其微环境的动态相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞的表型和功能 | 肠道类器官中的隐窝样区域，以及来自健康器官和自发性肺肿瘤模型的离体组织切片 | 空间转录组学 | NA | 光激活细胞染料 | NA | 转录组数据 | 四个健康器官和一个自发性肺肿瘤模型的组织切片 |
| 35 | 2024-08-07 |
An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery, chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer
2021-08-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25103-7
PMID:34385456
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研究论文 | 本文通过结合单核RNA测序、空间转录组学和单细胞分辨率空间蛋白质组分析，研究了膀胱癌中表达N-Cadherin 2的上皮细胞亚群对手术、化疗和免疫疗法反应的预测能力。 | 本文首次发现并描述了表达N-Cadherin 2的膀胱癌细胞亚群，该亚群对主要膀胱癌治疗手段表现出截然不同的反应，为设计基于生物标志物的临床试验提供了新的框架。 | NA | 研究膀胱癌中特定上皮细胞亚群对不同治疗手段的反应，并探索其潜在的分子机制。 | 膀胱癌中的上皮细胞亚群及其对手术、化疗和免疫疗法的反应。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单核RNA测序、空间转录组学、单细胞分辨率空间蛋白质组分析 | NA | RNA序列、蛋白质组数据 | 人类膀胱癌样本 |
| 36 | 2024-08-07 |
Plant single-cell solutions for energy and the environment
2021-08-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02477-4
PMID:34385583
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研究论文 | 本文探讨了单细胞技术在能源和环境科学中的应用，并提出了在植物、真菌和藻类研究中面临的挑战和机遇 | 强调了开发更全面单细胞技术和分析工具的必要性，以及创建一个集中、开放访问的植物单细胞数据库的重要性 | 目前单细胞方法在植物、真菌、藻类等环境生物中的应用仍受限于多糖壁的挑战 | 推动能源和环境科学的发展，通过深入研究特定模型物种和捕捉植物界的多样性 | 植物、真菌和藻类等环境生物 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Virus Infection Variability by Single-Cell Profiling
2021-08-09, Viruses
DOI:10.3390/v13081568
PMID:34452433
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）和铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学等技术，分析人类和小鼠细胞中病毒感染变异性的研究进展 | 引入了“细胞状态”概念，并介绍了单细胞同时测量染色质可及性和mRNA计数的高通量技术 | NA | 探讨病毒感染变异性的机制及其对疾病发生和发展的影响 | 人类和小鼠细胞中的病毒感染变异性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）、铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学 | NA | RNA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
YY1 Silencing Induces 5-Fluorouracil-Resistance and BCL2L15 Downregulation in Colorectal Cancer Cells: Diagnostic and Prognostic Relevance
2021-Aug-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168481
PMID:34445183
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研究论文 | 研究YY1沉默对结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶的耐药性和BCL2L15下调的影响，并探讨其在结直肠癌诊断和预后中的相关性 | 首次探讨YY1表达水平对结直肠癌细胞治疗反应的影响，并识别相关转录靶点 | 研究仅涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞，可能需要更广泛的细胞系验证 | 研究YY1在结直肠癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力 | 结直肠癌细胞及患者的YY1表达水平和治疗反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞及结直肠癌患者数据 |
| 39 | 2024-08-07 |
Specific splice junction detection in single cells with SICILIAN
2021-08-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02434-8
PMID:34353340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SICILIAN的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确检测剪接接头，并为其分配统计置信度 | SICILIAN方法能够提高剪接接头检测的精确度，并在模拟数据上实现高准确性，增强单细胞与批量数据集之间的一致性，以及生物重复样本之间的一致性 | NA | 开发一种新方法以提高单细胞RNA测序数据中剪接接头检测的精确度 | 单细胞RNA测序数据中的剪接接头 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Reconstruction of lateral root formation through single-cell RNA sequencing reveals order of tissue initiation
2021-08-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2021.05.028
PMID:34062316
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥侧根形成过程中组织初始化的顺序 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了侧根原基的发育过程，揭示了组织初始化的顺序和细胞命运的重编程 | 未检测到类似表皮或根冠的细胞，暗示外部组织可能在侧根出现之前形成 | 探究植物侧根形成过程中的组织初始化和细胞命运 | 拟南芥侧根形成过程中的细胞和组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及拟南芥侧根形成的前四个阶段的细胞 |