单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 183 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-20 |
Differential Expression Levels of Sox9 in Early Neocortical Radial Glial Cells Regulate the Decision between Stem Cell Maintenance and Differentiation
2021-08-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2905-20.2021
PMID:34266896
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研究论文 | 研究早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的不同表达水平如何调节干细胞维持与分化的决策 | 首次揭示了Sox9在早期新皮质放射状胶质细胞中的不同表达水平对干细胞维持与分化决策的影响 | 仅在胚胎小鼠中进行了实验，未涉及其他物种 | 探讨早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的表达差异及其对神经发生行为的影响 | 早期新皮质放射状胶质细胞及其亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎小鼠 |
| 2 | 2024-08-25 |
Single cell analyses to understand the immune continuum in atherosclerosis
2021-08, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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综述 | 本文综述了单细胞分析技术在理解动脉粥样硬化中免疫连续性的应用 | 介绍了单细胞技术如CyTOF、scRNA-seq和CITE-seq在解析动脉粥样硬化病变中细胞可塑性的价值 | 讨论了单细胞技术在应用于人类血管组织时面临的挑战，以及分离式单细胞方法的局限性 | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究中的应用，以实现针对心血管疾病的个性化治疗 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞及其在疾病进展中的结构和功能变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞质谱流式细胞术(CyTOF)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞转录组和表位索引测序(CITE-seq) | NA | 组织 | NA |
| 3 | 2024-08-23 |
Scaling up reproducible research for single-cell transcriptomics using MetaNeighbor
2021-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00575-5
PMID:34234317
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研究论文 | 本文介绍了使用MetaNeighbor方法进行单细胞转录组数据的可重复性研究 | 提出了一种高效且稳健的细胞类型可重复性量化方法MetaNeighbor，该方法保持数据集独立性并具有高度可扩展性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的可重复性和通用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百万个细胞 |
| 4 | 2024-08-16 |
Hippocampal glucose uptake as a surrogate of metabolic change of microglia in Alzheimer's disease
2021-Aug-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02244-6
PMID:34465358
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研究论文 | 本文研究了阿尔茨海默病中微胶质细胞代谢变化与海马体葡萄糖摄取之间的关系 | 发现海马体葡萄糖摄取可以作为评估微胶质细胞介导炎症的可行成像生物标志物 | NA | 研究阿尔茨海默病中微胶质细胞代谢变化与海马体葡萄糖摄取的关系 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞和海马体葡萄糖代谢 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | FDG PET, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 生物标志物 | 8个月和12个月大的5xFAD小鼠模型, 以及来自阿尔茨海默病神经影像倡议的人脑FDG PET数据 |
| 5 | 2024-08-16 |
A systematic dissection of human primary osteoblasts in vivo at single-cell resolution
2021-08-24, Aging
DOI:10.18632/aging.203452
PMID:34428745
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术对从一名31岁男性髋关节置换术后新鲜分离的人类原代成骨细胞进行了系统的细胞分类学剖析 | 首次在单细胞水平上识别出三种不同的人类原代成骨细胞亚型，包括前成骨细胞、成熟成骨细胞和一个未确定的稀有成骨细胞亚群，并揭示了这些亚型在骨形成、血管生成和造血调节中的潜在生物学功能 | 研究样本仅来自一名31岁男性，可能限制了结果的普遍性 | 旨在揭示人类原代成骨细胞的细胞异质性和潜在生物学功能 | 人类原代成骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 一名31岁男性 |
| 6 | 2024-08-16 |
Current Methodological Challenges of Single-Cell and Single-Nucleus RNA-Sequencing in Glomerular Diseases
2021-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021020157
PMID:34140401
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在肾小球疾病研究中的方法学挑战 | 介绍了单细胞和单核RNA测序技术在肾小球疾病研究中的应用前景 | 肾小球细胞的分离困难，依赖于多种因素，如组织材料少、细胞分离协议不统一等 | 探讨单细胞转录组学实验在肾小球疾病研究中的技术挑战 | 肾小球疾病 | 数字病理学 | 肾小球疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 需要多个样本以识别肾小球细胞 |
| 7 | 2024-08-15 |
Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages
2021-08-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66703
PMID:34423778
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研究论文 | 研究探讨了Mir146b在衰老过程中对腹膜巨噬细胞炎症和线粒体功能障碍的影响 | 首次通过RNA测序方法发现Mir146b在衰老的腹膜巨噬细胞中表达下降，并揭示了其对巨噬细胞功能的影响 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探究巨噬细胞衰老过程中的分子机制及其对免疫功能的影响 | 衰老过程中的腹膜巨噬细胞 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠腹膜巨噬细胞 |
| 8 | 2024-08-15 |
CD11b+ lung dendritic cells at different stages of maturation induce Th17 or Th2 differentiation
2021-08-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25307-x
PMID:34413303
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研究论文 | 研究报道了在不同成熟阶段的小鼠肺部CD11b+树突状细胞（DC）如何诱导Th17或Th2分化 | 首次揭示了肺部cDC2在不同成熟阶段对Th17和Th2分化的影响，并通过单细胞RNA测序分析了其发展过程 | 研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨肺部树突状细胞在不同成熟阶段对T细胞分化的影响 | 小鼠肺部的CD11b+树突状细胞及其在Th17和Th2分化中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠肺部的多个树突状细胞亚群 |
| 9 | 2024-08-15 |
CoCoA-diff: counterfactual inference for single-cell gene expression analysis
2021-08-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02438-4
PMID:34404460
|
研究论文 | 本文介绍了一种因果推断框架CoCoA-diff，用于在单细胞RNA-seq数据中优先考虑疾病基因，无需事先了解控制变量即可调整混杂因素 | CoCoA-diff方法在模拟和真实世界数据分析中显著提高了统计能力，并识别了215个在不同细胞类型中差异调节的因果基因 | NA | 寻找基因组医学中的因果基因 | 单细胞RNA-seq数据中的疾病基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq | 因果推断框架 | 基因表达数据 | 70,000个脑细胞 |
| 10 | 2024-08-15 |
Exploring the Biological Activity and Mechanism of Xenoestrogens and Phytoestrogens in Cancers: Emerging Methods and Concepts
2021-Aug-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168798
PMID:34445499
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综述 | 本文综述了外源性雌激素和植物雌激素在癌症中的生物活性和机制，以及新兴的研究方法和概念 | 介绍了患者来源的异种移植（PDX）模型和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的新应用，以及敏感期（WOS）这一新兴概念 | NA | 探讨外源性雌激素和植物雌激素在癌症中的作用及其机制，以及如何利用这些知识开发预防和治疗癌症的新方法 | 外源性雌激素和植物雌激素在癌症中的生物活性和机制 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 患者来源的异种移植（PDX）模型 | RNA | 18项临床试验 |
| 11 | 2024-08-15 |
Defining the variety of cell types in developing and adult human kidneys by single-cell RNA sequencing
2021-Aug-11, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-021-00156-w
PMID:34381054
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了发育中和成人人类肾脏中的细胞类型多样性 | 本文通过比较单细胞RNA测序时代前后的文献，发现了新的细胞类型和中间细胞阶段，以及复杂的分子特征和谱系途径 | 单细胞RNA测序技术存在局限性，导致细胞类型多样性在文献中仍然存在差异 | 确定人类肾脏中细胞类型的数量 | 发育中和成人人类肾脏组织中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成人肾脏中鉴定出41种肾源性细胞群和32种非肾源性细胞群 |
| 12 | 2024-08-15 |
RNA velocity-current challenges and future perspectives
2021-08, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202110282
PMID:34435732
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综述 | 本文回顾了RNA速度建模方法的现状，讨论了其局限性和潜在缺陷，并提供了应对挑战的指导 | 提出了将RNA速度概念推广到更广泛的生物系统和模式的未来方向 | 讨论了RNA速度方法的局限性和潜在陷阱 | 探讨RNA速度方法的现状及未来发展方向 | RNA速度建模方法及其在生物系统中的应用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13 | 2024-08-14 |
A Transcriptionally Distinct Subpopulation of Healthy Acinar Cells Exhibit Features of Pancreatic Progenitors and PDAC
2021-08-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0427
PMID:34049974
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研究论文 | 本研究重新分析了多个胰腺和胰腺导管腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据集，发现了一组非恶性腺泡细胞亚群，称为腺泡边缘（AE）细胞，其转录组与典型腺泡细胞有显著差异 | 发现了在健康胰腺组织中随年龄增长的AE-like细胞亚群，这些细胞显示出胰腺祖细胞和癌前状态的特征，且这一现象在多个器官中普遍存在 | NA | 探讨胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤起源细胞的特征及其与健康细胞亚群的关系 | 胰腺和胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个胰腺和PDAC样本 |
| 14 | 2024-08-10 |
Transfer learning between preclinical models and human tumors identifies a conserved NK cell activation signature in anti-CTLA-4 responsive tumors
2021-08-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00944-5
PMID:34376232
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研究论文 | 本文通过计算转移学习方法projectR，在鼠和人的抗CTLA-4反应性肿瘤中识别出保守的NK细胞激活特征，并探讨了其在转移性黑色素瘤中的临床相关性 | 本文首次应用转移学习方法在临床前模型和人类肿瘤之间识别出保守的NK细胞激活特征，为癌症治疗提供了新的理解 | 目前的方法在临床前模型中识别的治疗机制未能完全转化为人类疾病，限制了转化研究的进展 | 通过转移学习方法识别肿瘤微环境中免疫细胞的保守转录变化，以提高免疫检查点抑制剂的疗效 | 研究对象包括鼠和人的抗CTLA-4反应性肿瘤，以及转移性黑色素瘤中的NK细胞激活特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 转移学习 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及鼠和人的肿瘤样本，具体数量未在摘要中提及 |
| 15 | 2024-08-05 |
Implication of specific retinal cell-type involvement and gene expression changes in AMD progression using integrative analysis of single-cell and bulk RNA-seq profiling
2021-Aug-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-95122-3
PMID:34341398
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研究论文 | 本研究分析了与年龄相关性黄斑变性（AMD）进展相关的特定视网膜细胞类型及基因表达变化 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和大量RNA测序深入探讨了视网膜疾病的分子机制，识别了267个细胞类型特异基因 | 研究对象仅包括两名成人供体的视网膜细胞，样本限制可能影响结果的广泛适用性 | 探讨AMD进展过程中的细胞类型组成和基因表达变化 | 来自两名成人供体的视网膜细胞及十五名成人供体的RNA样本 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约93,000个细胞和15名成人供体的样本 |
| 16 | 2024-08-05 |
Gene Deconvolution Reveals Aberrant Liver Regeneration and Immune Cell Infiltration in Alcohol-Associated Hepatitis
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31759
PMID:33619773
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研究论文 | 本文通过基因解卷积揭示了与酒精相关性肝炎中异常的肝脏再生和免疫细胞浸润 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了慢性肝病中细胞组成的显著变化，尤其是在严重急性肝炎患者中 | 样本数量有限，可能影响结果的广泛性和适用性 | 探讨慢性肝病中肝细胞再生和免疫细胞浸润的差异性贡献 | 健康肝脏和慢性肝病患者的肝细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 酒精相关性肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 有限数量的慢性肝病患者样本 |
| 17 | 2024-08-05 |
Improved integration of single-cell transcriptome and surface protein expression by LinQ-View
2021-08-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100056
PMID:35475142
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研究论文 | 提出了一种名为LinQ-View的工具包，用于单细胞数据的多模态可视化和分析 | LinQ-View能够整合转录组和细胞表面蛋白表达数据，提供量化的群体纯度评估指标 | 目前数据的应用主要集中在CITE-seq数据上，可能限制了其广泛适用性 | 研究单细胞转录组与表面蛋白表达的集成分析 | 针对受SARS-CoV-2感染患者的单细胞转录组和蛋白表达数据 | 数字病理学 | NA | CITE-seq | NA | 单细胞转录组与蛋白表达数据 | 多个公共CITE-seq数据集 |
| 18 | 2024-08-05 |
Distinct populations of antigen-specific tissue-resident CD8+ T cells in human cervix mucosa
2021-08-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.149950
PMID:34156975
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研究论文 | 研究了人类宫颈黏膜中抗原特异性组织驻留CD8+ T细胞的不同群体 | 首次通过单细胞RNA测序定义了人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的表型和TCR克隆型 | 缺乏广泛关于人类FRT中T细胞受体库的全面知识 | 研究人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的特征及其与特定病毒抗原的关系 | 主要研究人类宫颈黏膜中的CD8+ T细胞亚群 | 数字病理学 | 性传播感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | HSV-2血清阳性个体中的Cervical CD8+ TRM克隆型，具体数量未提供 |
| 19 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptional mapping of the human nephrogenic program
2021-08-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.017
PMID:34428401
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研究论文 | 本文建立了人类肾小管发育的空间转录组图谱 | 首次通过空间解析手段揭示了人类肾小管发育的过程，并构建了蛋白质三维图谱 | 样本数量和来源可能影响结果的普遍性 | 旨在建立人类肾小管发育的框架，以促进对肾脏发展和疾病的理解 | 人类肾小管的前体细胞及其发育 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 三维蛋白质图谱 | 一百万个肾小管前体细胞 |
| 20 | 2024-08-05 |
Unfolded Protein Response as a Compensatory Mechanism and Potential Therapeutic Target in PLN R14del Cardiomyopathy
2021-08-03, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了PLN R14del心肌病中的未折叠蛋白反应（UPR）作为补偿机制和潜在的治疗靶点 | 揭示了PLN R14del患者心脏中的UPR通路的激活，以及通过小分子激活剂改善心肌收缩缺陷的治疗潜力 | 该研究未提及使用人类临床数据验证治疗效果的局限性 | 探讨PLN R14del心肌病的机制和潜在的治疗方法 | 使用人源诱导多能干细胞的心肌细胞（hiPSC-CMs）作为研究对象 | 数字病理学 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | 同源异基因hiPSC-CMs | 细胞生物数据 | 使用的样本数量和种类未具体指明 |