单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-09	Single-cell analysis of nonhuman primate preimplantation development in comparison to humans and mice 2021-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.295 PMID:33449399	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了食蟹猴早期胚胎发育的基因网络，并与人类和小鼠的早期胚胎发育进行了比较	发现食蟹猴的基因网络与人类胚胎的保守性更高，且在早期内细胞团/滋养层细胞分化基因和WNT信号通路相关基因方面与人类更为相似	NA	探讨非人灵长类动物在人类胚胎发生中的模型作用	食蟹猴早期胚胎的单细胞转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	食蟹猴、人类和小鼠的早期胚胎单细胞
162	2024-08-09	Dynamic Transcriptional and Epigenetic Changes Drive Cellular Plasticity in the Liver 2021-07, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31704 PMID:33423324	研究论文	研究探讨了肝脏损伤后肝细胞向胆道上皮细胞（BECs）重编程过程中的分子事件	揭示了肝细胞在胆道重编程过程中广泛的染色质和转录变化，以及TGF-β信号通路在其中的双重作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	阐明肝细胞向胆道上皮细胞重编程过程中的分子机制	肝细胞和胆道上皮细胞的重编程过程	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、转座酶可及染色质的高通量测序	NA	基因表达数据	涉及肝细胞特异性删除Smad4的小鼠细胞
163	2024-08-09	Improving gene network inference with graph wavelets and making insights about ageing-associated regulatory changes in lungs 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa360 PMID:33381809	研究论文	本文提出了一种使用图小波滤波器的方法，用于改进基于基因网络（GWNet）的转录组分析，特别是在单细胞表达谱中提高基因网络推断的性能和一致性	本文创新性地使用了图小波滤波器来改进基因网络推断方法，特别是在处理含有批次效应的稀疏单细胞表达谱时，提高了预测基因调控网络的一致性	NA	旨在改进基因网络推断方法，并探索肺部细胞老化相关的调控变化	单细胞转录组表达谱和基因调控网络	生物信息学	NA	图小波滤波器	基因网络（GWNet）	单细胞转录组表达谱	NA
164	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals that maternal obesity affects DNA repair, histone methylation, and autophagy level in mouse embryos 2021-07, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.30201 PMID:33368268	研究论文	本研究利用单细胞RNA转录组测序技术，探讨了母体肥胖对小鼠胚胎发育的影响及其潜在机制	首次揭示了母体肥胖通过影响DNA修复、组蛋白甲基化和自噬水平，从而影响小鼠胚胎早期发育	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类胚胎中验证这些发现	探究母体肥胖对小鼠胚胎发育的影响及其分子机制	小鼠胚胎在母体肥胖条件下的发育情况	数字病理学	NA	单细胞RNA转录组测序	NA	转录组数据	涉及肥胖小鼠的2细胞胚胎及其他发育阶段的胚胎
165	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in vision research: Insights into human retinal health and disease 2021-07, Progress in retinal and eye research IF:18.6Q1 DOI:10.1016/j.preteyeres.2020.100934 PMID:33383180	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在视觉研究中的应用，特别是在人类视网膜健康和疾病研究中的进展	单细胞RNA测序技术提供了前所未有的信息分辨率，能够将RNA映射到单个细胞，从而促进视网膜和脉络膜细胞类型的分组和进一步研究	NA	总结单细胞RNA测序在视觉研究领域的应用，并探讨其在视网膜疾病研究中的未来方向	视网膜、视网膜色素上皮、脉络膜以及视网膜类器官的生物学特性	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及动物模型、视网膜类器官和人类原代视网膜、视网膜色素上皮及脉络膜样本
166	2024-08-09	Niche-specific functional heterogeneity of intestinal resident macrophages 2021-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2020-323121 PMID:33384336	综述	本文综述了肠道常驻巨噬细胞在黏膜屏障中的特定功能异质性	利用单细胞RNA测序技术揭示了肠道各部位常驻巨噬细胞的功能特化，增进了对这些细胞异质性和潜在生物学功能的理解	NA	整合新发现与现有知识，更新对胃肠道巨噬细胞功能的理解，并推测特定亚群在稳态和疾病中的作用	肠道常驻巨噬细胞的功能特化和生物学作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
167	2024-08-09	Human Dermal Fibroblast Subpopulations Are Conserved across Single-Cell RNA Sequencing Studies 2021-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.11.028 PMID:33385399	研究论文	本文通过对13,823个人类成年皮肤成纤维细胞的转录组数据进行重新评估，展示了成纤维细胞可以被分为三个主要类型及其下的十个亚型，这些类型和亚型在不同数据集中具有一致性	本文通过重新评估单细胞RNA测序数据，揭示了成纤维细胞的三个主要类型及其下的十个亚型，这些类型和亚型在不同数据集中具有一致性	目前单细胞RNA测序研究的结果尚不明确，成纤维细胞亚群在不同数据集中的重叠性很低，数量和组成也各不相同	旨在通过单细胞RNA测序技术，提高对皮肤稳态和细胞功能的转录组水平理解	人类皮肤成纤维细胞的转录组异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13,823个人类成年皮肤成纤维细胞
168	2024-08-09	scGMAI: a Gaussian mixture model for clustering single-cell RNA-Seq data based on deep autoencoder 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa316 PMID:33300547	研究论文	提出了一种基于自动编码器和高斯混合模型的单细胞RNA测序数据聚类方法scGMAI	scGMAI结合了自动编码器网络和快速独立成分分析(FastICA)，在17个公共单细胞RNA测序数据集上优于现有工具，如Seurat	NA	开发一种有效的单细胞RNA测序数据聚类和细胞类型识别工具	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	高斯混合模型	基因表达数据	17个公共单细胞RNA测序数据集
169	2024-08-09	ColorCells: a database of expression, classification and functions of lncRNAs in single cells 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa325 PMID:33313674	研究论文	本文开发了ColorCells数据库，用于比较分析单细胞RNA-Seq数据中lncRNA的表达、分类和功能	首次识别出一批细胞特异性的lncRNA，并验证了其在细胞分类中的能力与已知标记基因相当	NA	揭示lncRNA在单细胞水平上的表达特异性和功能	lncRNA在单细胞中的表达和功能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	167,913个来自六种物种的公开单细胞RNA-Seq数据集
170	2024-08-09	Goals and approaches for each processing step for single-cell RNA sequencing data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa314 PMID:33316046	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据处理各步骤的目标和最流行的计算分析工具	提供了对单细胞RNA测序数据质量控制、归一化、插补、特征选择和降维等步骤的全面概述	尚未形成适用于所有数据集的金标准分析流程	帮助研究者根据特定数据集选择合适的分析工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
171	2024-08-09	Coupled co-clustering-based unsupervised transfer learning for the integrative analysis of single-cell genomic data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa347 PMID:33279962	研究论文	本文提出了一种基于耦合协同聚类的无监督迁移学习算法（coupleCoC），用于多模态单细胞基因组数据的整合分析	coupleCoC算法基于信息理论的协同聚类框架，能够同时对细胞和基因组特征进行聚类，减少单细胞数据的噪声，并促进单细胞数据集之间的知识转移	NA	开发一种新的无监督迁移学习算法，用于整合分析多模态单细胞基因组数据	多模态单细胞基因组数据，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和单细胞甲基化数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、单细胞甲基化数据	协同聚类	基因组数据	涉及多种单细胞基因组数据集，包括scATAC-seq和scRNA-seq数据、单细胞甲基化和scRNA-seq数据以及来自小鼠和人类的scRNA-seq数据
172	2024-08-09	FEATS: feature selection-based clustering of single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa306 PMID:33285568	研究论文	本文介绍了一种基于特征选择的单细胞RNA测序数据聚类工具FEATS	FEATS采用单变量特征选择方法进行聚类，通过选择最具有信息量的特征来提高聚类性能	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	多种单细胞RNA测序数据集
173	2024-08-09	Ultra-fast scalable estimation of single-cell differentiation potency from scRNA-Seq data 2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa987 PMID:33244588	研究论文	本文介绍了一种名为Correlation of Connectome and Transcriptome (CCAT)的单细胞分化潜能评估方法，该方法能够快速准确地处理大规模scRNA-Seq数据	CCAT方法在处理大规模数据时比现有最先进方法快100倍，且具有更高的鲁棒性和较低的计算成本	NA	开发一种快速且准确的算法来评估单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	生物信息学	NA	scRNA-Seq	CCAT	RNA-Seq数据	超过200万个细胞
174	2024-08-09	FunRes: resolving tissue-specific functional cell states based on a cell-cell communication network model 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa283 PMID:33179736	研究论文	本文介绍了一种名为FunRes的计算方法，用于识别组织特异性的功能细胞状态，该方法基于单细胞RNA测序数据重建细胞间通信网络，进而划分细胞类型为功能细胞状态	FunRes能够识别现有计算工具无法再现的各种细胞类型的已知功能细胞状态	NA	开发一种新的计算方法来识别组织特异性的功能细胞状态	177种细胞类型在10种不同组织中的功能细胞状态	数字病理学	NA	scRNA-seq	细胞间通信网络模型	单细胞RNA测序数据	177种细胞类型在10种不同组织中
175	2024-08-09	Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scHi-C data? 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa289 PMID:33201180	研究论文	本文探讨了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的缺失值插补方法应用于单细胞Hi-C（scHiC）数据的有效性	本文首次将scRNA-seq的插补方法应用于scHiC数据，并评估了其在识别结构零和插补缺失值方面的效果	文章未提及具体的局限性	研究目的是评估scRNA-seq插补方法在scHiC数据中的应用效果	研究对象是scHiC数据中的缺失值和结构零	生物信息学	NA	scRNA-seq, scHiC	NA	基因组数据	文章未提及具体的样本数量
176	2024-08-09	CellTalkDB: a manually curated database of ligand-receptor interactions in humans and mice 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa269 PMID:33147626	研究论文	本文介绍了一个名为CellTalkDB的手动 curated 数据库，该数据库包含了人类和小鼠中的配体-受体相互作用对	CellTalkDB数据库不仅包含了2033对小鼠的配体-受体相互作用，还额外包含了377对人类的配体-受体相互作用，相比于现有的SingleCellSignalR资源，提供了更全面的数据	NA	构建一个全面的手动 curated 数据库，以帮助进一步推断和理解基于配体-受体相互作用的细胞间通信	人类和小鼠中的配体-受体相互作用对	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	数据库	3398对人类配体-受体相互作用和2033对小鼠配体-受体相互作用
177	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of murine mural cells reveals cellular heterogeneity 2021-Jul, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1823-2 PMID:33165809	研究论文	本研究利用公开的单细胞数据集GSE109774，展示了小鼠壁细胞（MCs）的转录异质性	首次详细研究了壁细胞的转录异质性，并通过重新聚类识别了五个不同的亚群	NA	揭示壁细胞的转录异质性及其在组织中的分布和相互作用	小鼠壁细胞（MCs）	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	使用公开数据集GSE109774
178	2024-08-09	scAPAtrap: identification and quantification of alternative polyadenylation sites from single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa273 PMID:33142319	研究论文	提出了一种名为scAPAtrap的工具，用于从基于3'标签的单细胞RNA测序数据中识别和量化选择性多聚腺苷酸化位点	scAPAtrap能够识别低读取覆盖率的精确多聚腺苷酸化位点，并且不依赖于先验基因组注释，有助于发现先前被忽视区域的新的多聚腺苷酸化位点	NA	开发一种新的计算方法，用于在单细胞分辨率下识别和分析选择性多聚腺苷酸化位点	单细胞RNA测序数据中的选择性多聚腺苷酸化位点	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	测序数据	不同实验技术和物种的单细胞RNA测序数据
179	2024-08-09	Recent Advances in Understandings Towards Pathogenesis and Treatment for Intrauterine Adhesion and Disruptive Insights from Single-Cell Analysis 2021-07, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-020-00343-y PMID:33125685	综述	本文综述了宫腔粘连的发病机制和治疗进展，并强调了单细胞分析在该领域的重要性	强调了单细胞RNA测序在揭示子宫细胞异质性和细胞间相互作用中的重要性	干细胞相关疗法的潜力虽大，但主要基于动物研究且研究设计不标准	总结和评估宫腔粘连的当前治疗进展和研究方法	宫腔粘连的发病机制和治疗方法	NA	妇科疾病	scRNA-seq	NA	细胞数据	110篇文章
180	2024-08-09	Different Roles of Stem/Progenitor Cells in Vascular Remodeling 2021-07-20, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2020.8199 PMID:33107320	综述	本文综述了血管干细胞在心血管研究领域的最新进展，并展望了干细胞在再生医学中的未来前景	使用遗传谱系追踪小鼠模型，提供了关于血管干细胞本质的解决方案，并监测了细胞迁移和分化过程	尽管取得了进展，但血管干细胞的本质和细胞命运仍不明确	阐明血管干细胞的行为及其机制，为干细胞的临床治疗应用设计提供新机会	血管干细胞及其在血管重塑中的作用	心血管疾病	心血管疾病	遗传细胞谱系追踪和单细胞RNA测序	NA	NA	NA